单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-03-12	Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.24.590986 PMID:38712156	研究论文	本研究通过开发新生和成年小鼠的完整组织外植模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，为SV相关听力损失的研究提供了新的视角	开发了新生和成年小鼠的完整组织外植模型，并结合单细胞RNA测序技术揭示了SV在新生和成年阶段的分子差异，为SV研究提供了新的平台和方法	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，以探索SV相关听力损失的生物学解决方案	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）	生物医学研究	听力损失	单细胞RNA测序	小鼠组织外植模型	RNA测序数据	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）组织
22	2025-03-12	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	研究论文	本文报告了小鼠精囊的第一个单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的精囊	研究精囊的细胞组成及其在生殖过程中的作用	小鼠精囊	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
23	2025-03-12	Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.29.587285 PMID:38617262	研究论文	本文介绍了一种名为Seq-Scope的新技术，该技术重新利用Illumina测序平台进行高分辨率、高内容的空间转录组分析	Seq-Scope技术通过重新利用Illumina测序平台，克服了传统空间转录组技术在分辨率、基因范围、可扩展性、成本及设备复杂性方面的限制	尽管Seq-Scope技术具有显著优势，但其应用仍受限于需要复杂的实验步骤和计算分析流程	开发并优化一种高分辨率、高内容的空间转录组分析技术，以克服现有技术的限制	多种生物组织的冷冻切片	分子生物学与组织学	NA	Illumina NovaSeq 6000测序平台	NA	转录组数据与组织学图像	7 mm × 7 mm或更大的多个组织切片
24	2025-03-11	Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates 2024-Apr, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062 PMID:38368736	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了六种捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组特征，揭示了其基因组进化与捕食能力的关系	首次使用单细胞测序技术分析捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组，揭示了与捕食能力相关的基因家族扩展和全基因组复制事件	研究仅基于转录组数据，缺乏基因组数据的直接验证	探讨Litostomatea纤毛虫捕食能力的遗传基础及其进化机制	六种捕食性Litostomatea纤毛虫	基因组学	NA	单细胞测序技术	NA	转录组数据	六种捕食性Litostomatea纤毛虫
25	2025-03-08	Inflammatory recruitment of healthy hematopoietic stem and progenitor cells in the acute myeloid leukemia niche 2024-04, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02136-7 PMID:38228679	研究论文	本文研究了急性髓性白血病（AML）微环境中炎症对健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的影响	揭示了HSPCs在白血病微环境中作为炎症传播的未被识别的组成部分，并发现AML来源的纳米级细胞外囊泡（EV）足以触发HSPCs的炎症反应	研究主要基于两种同源AML模型，可能无法完全代表所有AML亚型的炎症反应	探讨AML微环境中炎症对HSPCs功能的影响及其在疾病进展中的作用	健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	两种同源AML模型
26	2025-03-05	Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases 2024-Apr-02, Neurosurgical review IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s10143-024-02375-3 PMID:38561568	comments	本文对最近关于ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究进行了细致评估	强调了在肿瘤异质性和微环境影响方面更全面的研究视角的重要性	数据解释和验证存在挑战，且ECM重塑的研究焦点可能忽视了肿瘤生物学的其他关键方面	评估单细胞转录组分析在ECM重塑脑膜瘤细胞研究中的应用及其局限性	ECM重塑的脑膜瘤细胞	digital pathology	脑膜瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
27	2025-03-04	Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone 2024-04, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158 PMID:38479598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对小鼠骨相关间充质细胞进行了详细分类和比较，旨在澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	通过整合已发表的数据集和内部数据，创建了小鼠骨相关细胞的图谱，揭示了11个主要细胞簇，并定义了新的细胞类型Osteo-X	研究主要集中在小鼠模型上，结果可能无法直接推广到人类	增加骨母细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据，比较骨膜和骨内细胞，澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	小鼠骨相关间充质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过100,000个间充质细胞
28	2025-02-28	Redox signalling regulates breast cancer metastasis via phenotypic and metabolic reprogramming due to p63 activation by HIF1α 2024-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02522-5 PMID:38238426	研究论文	本文研究了氧化还原信号通过HIF1α激活p63，导致表型和代谢重编程，从而促进乳腺癌转移的机制	首次揭示了GPx2敲低通过HIF1α激活p63，调控表型和代谢可塑性，促进乳腺癌转移的分子机制	研究主要基于PyMT乳腺肿瘤模型，结果是否适用于其他乳腺癌模型尚需验证	探讨氧化还原信号在乳腺癌转移中的作用机制	PyMT乳腺肿瘤模型中的肿瘤细胞亚群及其肺转移灶	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	PyMT乳腺肿瘤模型及其配对肺转移灶
29	2025-02-27	Adult Human, but Not Rodent, Spermatogonial Stem Cells Retain States with a Foetal-like Signature 2024-04-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13090742 PMID:38727278	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了人类和啮齿动物精原干细胞（SSCs）的转录状态，揭示了人类成年精原干细胞保留胎儿样特征的状态	研究发现人类成年精原干细胞中存在一种胎儿样特征的状态0B，这种状态在啮齿动物中不会持续到成年，表明不同物种在确保生育力和基因组完整性方面采取了不同的进化策略	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证来确认这些转录状态的功能意义	研究旨在揭示人类和啮齿动物精原干细胞在发育和物种间的转录异质性	人类和啮齿动物的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	34个青春期后人类睾丸样本，28个胎儿和青春期前样本，以及来自绵羊、猪、水牛、猕猴、大鼠和小鼠的数据
30	2025-02-27	The rise of single-cell transcriptomics in yeast 2024-04, Yeast (Chichester, England) DOI:10.1002/yea.3934 PMID:38403881	review	本文回顾了酵母单细胞转录组学（scRNA-seq）的当前技术，探讨了其优缺点，并展望了新技术的发展潜力	本文首次系统性地总结了酵母单细胞转录组学技术的现状，并提出了未来技术发展的方向	由于酵母细胞壁、细胞体积小和RNA含量少等固有特性，scRNA-seq在酵母中的应用受到技术限制	探讨酵母单细胞转录组学技术的现状及其在基础和应用研究中的潜力	酵母	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
31	2025-02-27	A single-cell atlas enables mapping of homeostatic cellular shifts in the adult human breast 2024-Apr, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01688-9 PMID:38548988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，构建了一个包含55名接受乳房缩小术或风险降低乳房切除术的捐赠者的人类乳腺细胞图谱	首次通过单细胞RNA测序技术构建了人类乳腺细胞图谱，并揭示了年龄、生育史和基因突变对乳腺细胞稳态的影响	研究样本主要来自接受手术的捐赠者，可能无法完全代表普通人群	研究人类乳腺细胞的稳态变化及其与乳腺癌风险的关系	55名接受乳房缩小术或风险降低乳房切除术的捐赠者的乳腺细胞	单细胞测序	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	55名捐赠者，超过800,000个细胞
32	2025-02-22	[Microglia differential genes and their functions in paraquat-induced Parkinson's disease-like in mice's brains based on single-cell RNA sequencing] 2024-Apr-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases DOI:10.3760/cma.j.cn121094-20230524-00184 PMID:38677987	研究论文	本文基于单细胞RNA测序技术，分析了百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及相关信号通路，为阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制提供线索	首次利用单细胞RNA测序技术研究百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及其功能	样本量较小，仅使用了6只小鼠，且仅验证了部分差异基因的表达	阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制	百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中的小胶质细胞亚群	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6只6周龄的C57BL/6雄性小鼠
33	2025-02-22	Association of HLA-DRB1*15:01 Status with Transcriptomic Pattern of B cells in CSF in Multiple Sclerosis (P7-6.011) 2024-Apr-09, Neurology IF:7.7Q1 DOI:10.1212/WNL.0000000000208131 PMID:39977876	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了多发性硬化症（MS）患者和健康对照者中HLA-DRB1*15:01单倍型状态对脑脊液（CSF）中B细胞基因表达模式的影响	首次在单细胞水平上揭示了HLA-DRB115:01单倍型状态对CSF中B细胞转录组模式的影响，并发现DRB115:01单倍型与特定基因（如SLC26A3和HSP90AA1）的表达变化相关	样本量相对较小（25个CSF样本），且仅关注了B细胞的转录组变化，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HLA-DRB1*15:01单倍型状态对MS患者CSF中B细胞基因表达模式的影响	多发性硬化症患者和健康对照者的脑脊液（CSF）样本	生物信息学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	25个CSF样本，包含1376个B系细胞
34	2025-02-20	Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47933-x PMID:38670973	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的转录和染色质可及性变化	结合单细胞RNA测序和空间转录组学，首次展示了人类视网膜发育过程中早期视网膜祖细胞在睫状缘区的短暂存在	研究仅涵盖人类视网膜发育至中期，未涉及后期发育阶段	揭示人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的规范和分化机制	人类视网膜发育过程中的视网膜祖细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	人类早期眼组织样本
35	2025-02-20	Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109397 PMID:38510120	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次展示了人类视网膜类器官发育的单细胞时空转录组	首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了类器官发育各阶段细胞类型特异性转录因子结合位点，并展示了染色质可及性与发育中人类视网膜的高度相关性	研究中使用的视网膜类器官与真实人类视网膜在部分视网膜神经元的时间出现和丰度上存在差异	研究人类视网膜早期发育的分子信息	多能干细胞衍生的视网膜类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 单细胞ATAC测序数据	NA
36	2025-02-16	Interleukin-22 inhibits cardiac fibrosis by regulating fibroblast metabolic reprogramming in myocardial infarction 2024-Apr, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155256 PMID:38492359	研究论文	本研究探讨了Interleukin-22 (IL-22)在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	揭示了IL-22通过抑制有氧糖酵解和激活JNK/PKM2通路来减轻心肌纤维化和成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	研究IL-22在心肌梗死后的心肌纤维化中的作用及其代谢机制	心肌梗死患者和小鼠模型	心血管疾病	心血管疾病	单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
37	2025-02-13	Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues 2024-Apr-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03227-x PMID:38615064	研究论文	本文介绍了小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织的批量、单细胞和核水平转录组数据集	首次对小鼠胎儿和成年卵巢网进行转录组分析，揭示了其在卵巢发育和女性成熟中的潜在作用	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示卵巢网在卵巢发育和女性成熟中的功能	小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织	转录组学	NA	转录组分析	NA	转录组数据	Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠的胎儿和成年卵巢网组织
38	2025-02-09	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	本研究使用BARseq高通量原位测序技术，揭示了小鼠大脑皮层中神经元转录组特征与区域身份的关系，并探讨了这些特征在发育过程中的形成机制	首次在全皮层范围内使用原位测序技术，揭示了神经元转录组特征与皮层区域身份的关联，并发现外周输入对皮层模块内区域转录组特征的塑造作用	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于其他物种尚不明确	探讨大脑皮层神经元转录组特征与区域身份的关系及其发育机制	小鼠前脑半球中的4,194,658个皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	10.3百万个细胞，包括9个小鼠前脑半球中的4,194,658个皮层神经元
39	2025-02-09	Single-cell profiling of bronchoalveolar cells reveals a Th17 signature in neutrophilic severe equine asthma 2024-04, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13745 PMID:38153159	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术，研究了严重马哮喘（SEA）中的免疫机制，揭示了Th17免疫反应在其中的主导作用	首次在SEA中通过单细胞mRNA测序技术揭示了Th17免疫反应的主导作用，并发现了单核细胞-淋巴细胞复合物及CXCL13在中间单核细胞中的上调	研究样本量较小，仅包括11匹温血马	揭示严重马哮喘（SEA）中的免疫机制	温血马（5匹对照马和6匹SEA马）的冷冻保存的支气管肺泡细胞	数字病理学	哮喘	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	mRNA序列数据	11匹温血马（5匹对照马和6匹SEA马）
40	2025-02-06	Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges 2024-Apr-30, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09553-y PMID:38689046	综述	本文综述了单细胞转录组学技术的最新进展，包括技术方法、工作流程、数据处理统计方法及其潜在应用和挑战	介绍了单细胞转录组学技术的最新进展，包括空间转录组学和多组学的切入点	单细胞测序技术的高成本和技术限制最初阻碍了其广泛应用	探讨单细胞转录组学技术的应用、机会和挑战	单细胞转录组学技术及其应用	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA