单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-23	Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma 2024-04-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2023.7.JNS23122 PMID:37773782	研究论文	本研究通过单细胞分析探讨了5-氨基乙酰丙酸（5-ALA）在胶质母细胞瘤（GBM）手术中标记的特异性	首次在单细胞水平上验证了5-ALA标记的特异性，并揭示了非肿瘤细胞也能被标记的现象	需要进一步研究系统比较5-ALA与其他潜在FGS替代物的性能	确定5-ALA在GBM手术中标记各种细胞类型的特异性	人类GBM手术标本、细胞培养和共培养模型、小鼠胶质瘤模型的急性切片培养	数字病理学	胶质母细胞瘤	SCOPE-seq2（单细胞光学表型和表达测序技术）	NA	图像、RNA测序数据	人类GBM手术标本、细胞培养模型和小鼠胶质瘤模型切片
22	2025-07-22	Fine-mapping analysis including over 254,000 East Asian and European descendants identifies 136 putative colorectal cancer susceptibility genes 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47399-x PMID:38670944	研究论文	本研究通过精细定位分析，结合东亚和欧洲后裔的大规模GWAS数据，鉴定了136个潜在的结直肠癌易感基因	发现了56个之前未报告的结直肠癌易感基因，并揭示了与结直肠癌风险相关的新通路	研究依赖于已有的GWAS数据，可能未覆盖所有潜在的遗传变异	精细定位已知的结直肠癌风险位点，鉴定因果变异和目标基因	100,204例结直肠癌患者和154,587例对照的GWAS数据，以及来自1,299和321个体的结直肠组织特异性转录组和甲基化数据	基因组学	结直肠癌	GWAS, cis-eQTL/mQTL分析, 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 甲基化数据	254,791名东亚和欧洲后裔（100,204例患者和154,587例对照），以及1,299和321个体的组织特异性数据
23	2025-07-22	Single cell analysis reveals the roles and regulatory mechanisms of type-I interferons in Parkinson's disease 2024-04-02, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01590-1 PMID:38566100	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了I型干扰素在帕金森病中的角色及其调控机制	首次在单细胞水平上系统描述了I型干扰素在不同细胞类型中的特征及其在帕金森病中的调控机制，并鉴定出转录因子NFATc2作为关键调控因子	样本量相对较小(5例PD患者和6例健康对照)，且主要基于生物信息学分析，部分机制需进一步实验验证	探究I型干扰素在帕金森病神经炎症中的具体作用机制	帕金森病患者和健康对照的单细胞RNA测序数据，MPTP诱导的PD小鼠模型，MPP诱导的BV2细胞模型	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，AUCell评分，monocle轨迹分析，SCENIC分析	MPTP诱导的PD小鼠模型，MPP诱导的BV2细胞模型	单细胞RNA测序数据	5例PD患者和6例健康对照的39,024个单细胞RNA测序结果
24	2025-07-21	High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524 PMID:38385291	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术详细描述了人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其与临床病理生理学的关联	首次通过单细胞转录组和表位测序技术全面绘制了人类颈动脉粥样硬化的高维多组学细胞图谱，并鉴定了25个具有独特多组学特征的细胞亚群	样本量相对较小（n=21），且主要关注颈动脉粥样硬化，结果可能不适用于其他血管床的病变	全面解析人类颈动脉粥样硬化的细胞组成特征及其临床意义	人类颈动脉粥样硬化斑块中的各类细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），转录组和表位测序（CITE-seq）	NA	单细胞多组学数据	21例人类颈动脉粥样硬化斑块样本（13例有症状）
25	2025-07-20	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-04-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03734-z PMID:38679747	research paper	研究探讨了PEG化血小板生成素模拟肽JNJ-26366821（TPOm）在急性放射综合征（ARS）中通过调节骨髓血管和基质微环境促进造血干细胞和祖细胞（HSPCs）再生的作用	首次揭示了TPOm通过调节骨髓血管和基质微环境支持HSPC再生的机制，并证明其作为辐射医学对策（MCM）的潜力	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TPOm在急性放射综合征中促进骨髓再生的作用机制	C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞和祖细胞（HSPCs）、内皮细胞（ECs）和间充质基质细胞（MSCs）	放射医学	急性放射综合征	流式细胞术、全组织共聚焦显微镜、单细胞RNA测序	小鼠急性放射综合征模型	组织学数据、流式细胞数据、RNA测序数据	9-14周龄的C57BL/6J小鼠，具体数量未明确说明
26	2025-07-20	STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF MUCOCILIARY CLEARANCE IN HUMAN AIRWAYS 2024-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4164522/v1 PMID:38746209	研究论文	本研究探讨了人类气道中组织水平结构与纤毛器官功能之间的复杂联系，特别是气道的形态组织及其在粘液纤毛清除中的作用	首次绘制了大鼠和人类气道树中纤毛和分泌细胞类型的分布图，揭示了物种间纤毛功能的特异性差异，并阐明了气道上皮的结构参数如何预测清除功能	研究依赖于动物数据，限制了人类气道屏障功能的关键见解，并阻碍了与人类相关的气道疾病建模	理解粘液纤毛清除的机制及其与气道结构的关系，以更好地认识清除功能障碍与呼吸系统疾病的关联	人类和大鼠的气道组织	生物医学研究	慢性阻塞性肺疾病(COPD)和哮喘	单细胞转录组学	NA	组织样本和转录组数据	NA
27	2025-07-19	Candida albicans-myeloid cells-T lymphocytes axis in the tumor microenvironment of oral tumor-bearing mice 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216814 PMID:38499264	研究论文	该研究探讨了白色念珠菌感染对口腔肿瘤微环境中髓系细胞和T淋巴细胞轴的影响	揭示了白色念珠菌感染通过改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成促进口腔肿瘤发展的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索白色念珠菌感染如何通过免疫微环境促进口腔肿瘤发展	口腔肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	口腔癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
28	2025-07-19	An effective two-stage NMBzA-induced rat esophageal tumor model revealing that the FAT-Hippo-YAP1 axis drives the progression of ESCC 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216813 PMID:38499266	研究论文	本研究建立了一种高效的两阶段NMBzA诱导的大鼠食管鳞状细胞癌(ESCC)模型，并发现FAT-Hippo-YAP1轴驱动ESCC的进展	使用多激酶抑制剂索拉非尼作为肿瘤促进剂，显著提高了肿瘤发生率和缩短了肿瘤形成时间，并通过多组学分析揭示了FAT-Hippo-YAP1轴的激活在ESCC进展中的关键作用	研究仅基于大鼠模型，结果在人类ESCC中的直接应用需要进一步验证	研究ESCC的发病机制和新的治疗策略	NMBzA诱导的大鼠ESCC模型及衍生的肿瘤细胞系	癌症研究	食管鳞状细胞癌	全基因组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、三维器官培养	NA	基因组数据、转录组数据	NA
29	2025-07-18	Antigen/HLA-agnostic strategies for Characterizing Tumor-responsive T cell receptors in PDAC patients via single-cell sequencing and autologous organoid application 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216741 PMID:38395378	研究论文	本研究通过单细胞测序和自体类器官技术，识别并验证了胰腺导管腺癌(PDAC)患者中肿瘤反应性T细胞受体(TCRs)，为个性化TCR-T细胞疗法提供了新策略	结合超深度单细胞测序和类器官技术，以抗原/HLA无关的方式快速鉴定肿瘤反应性TCRs	研究仅纳入两名代表性PDAC患者，样本量较小	开发个性化TCR-T细胞疗法的新方法	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的T细胞受体(TCRs)	肿瘤免疫治疗	胰腺导管腺癌(PDAC)	单细胞TCR/RNA测序，自体类器官培养	NA	单细胞测序数据	两名PDAC患者，超过82,000个细胞
30	2025-07-18	Characterization of the distinct immune microenvironments between hepatocellular carcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216799 PMID:38479553	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统比较了肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境（TIME）的异同	首次系统性评估了HCC和ICC的TIME差异，并发现HCC中的T细胞表现出更高的免疫抑制和耗竭水平，以及HCC中特异富集的EGR1巨噬细胞簇	研究样本量相对有限（41个单细胞RNA-seq样本），且仅基于转录组数据，缺乏蛋白质或功能验证	比较HCC和ICC的肿瘤免疫微环境差异，为肝癌治疗靶点开发提供新见解	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	41个单细胞RNA-seq样本（来自HCC和ICC的四种不同组织类型）
31	2025-07-18	Association of preoperative aspartate aminotransferase to platelet ratio index with outcomes and tumour microenvironment among colorectal cancer with liver metastases 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216778 PMID:38458593	研究论文	本研究探讨了术前天门冬氨酸氨基转移酶与血小板比值指数（APRI）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后及肿瘤微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序和多重免疫组化/免疫荧光技术，揭示了APRI水平与CRLM肿瘤微环境的关联	研究样本来自多中心，可能存在选择偏倚	寻找能够改善CRLM患者预后预测的生物标志物	1323名接受同步切除的CRLM患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 多重免疫组化/免疫荧光（mIHC/IF）	NA	血液样本, 肿瘤组织样本	1323名CRLM患者
32	2025-07-18	CD63+ cancer-associated fibroblasts confer CDK4/6 inhibitor resistance to breast cancer cells by exosomal miR-20 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216747 PMID:38403110	研究论文	本文揭示了CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20赋予乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂的耐药性	首次发现CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20介导CDK4/6抑制剂耐药性，并设计了cRGD-miR-20海绵纳米颗粒增强治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床验证	探究乳腺癌对CDK4/6抑制剂耐药的分子机制并开发新的治疗策略	ER阳性乳腺癌细胞和肿瘤异种移植模型	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
33	2025-07-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the landscape of epithelial-mesenchymal transition molecular heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-04-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216723 PMID:38342234	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了食管鳞状细胞癌中上皮-间质转化分子异质性的全景	首次在单细胞水平上描绘了ESCC中EMT的分子异质性，并鉴定了87个EMT相关分子及潜在标志物SERPINH1	样本量相对有限（44名患者），且未涵盖所有ESCC亚型	阐明食管鳞癌EMT分子异质性及其在肿瘤进展中的作用	39个肿瘤样本和16个癌旁样本中的209,231个ESCC细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据	44名患者的55个样本（39肿瘤+16癌旁）
34	2025-07-17	Up-regulation of RAN by MYBL2 maintains osteosarcoma cancer stem-like cells population during heterogeneous tumor generation 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216708 PMID:38336287	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤癌症干细胞样细胞（CSCs）在异质性肿瘤生成中的分子特征，并发现MYBL2-RAN通路在维持CSCs自我更新中的关键作用	首次揭示了MYBL2-RAN通路在骨肉瘤CSCs自我更新中的调控机制，并证明阻断该通路可增强CSCs对顺铂治疗的敏感性	研究主要基于体外实验和临床组织分析，缺乏体内动物模型的验证	探索骨肉瘤异质性肿瘤生成过程中癌症干细胞样细胞的调控机制	骨肉瘤癌症干细胞样细胞及其衍生的异质性肿瘤细胞	癌症生物学	骨肉瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床骨肉瘤组织样本（数量未明确说明）
35	2025-07-17	Inhibition of ATM promotes PD-L1 expression by activating JNK/c-Jun/TNF-α signaling axis in triple-negative breast cancer 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216642 PMID:38278470	研究论文	本研究揭示了ATM通过下调JNK/c-Jun/TNF-α信号轴在三阴性乳腺癌中负调控PD-L1表达的新机制	发现ATM通过抑制JNK/c-Jun/TNF-α信号轴负调控PD-L1表达的新机制，为免疫检查点阻断疗法在多线耐药TNBC中的广泛应用提供了新思路	样本量相对有限（86例TNBC临床标本），且机制研究主要在细胞和动物模型中进行	探究ATM在TNBC中调控PD-L1表达的分子机制	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系、动物模型和临床标本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、细胞因子阵列分析、Western blot、荧光素酶报告基因检测	ATM敲低TNBC稳定细胞系	RNA测序数据、蛋白质表达数据、临床标本数据	86例TNBC临床标本和4例TNBC临床标本的scRNA-seq数据
36	2025-07-17	Single-cell characterization of infiltrating T cells identifies novel targets for gallbladder cancer immunotherapy 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216675 PMID:38280478	研究论文	通过单细胞RNA测序构建T细胞图谱，识别胆囊癌免疫治疗的新靶点	首次基于T细胞异质性建立胆囊癌分子分型标准，并提出个性化免疫治疗策略	未提及样本量是否足够大以覆盖所有T细胞亚型	探索胆囊癌中T细胞的异质性及其在免疫治疗中的应用	胆囊癌患者的T细胞	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
37	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2024-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.15.589676 PMID:38659941	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过双重抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，有效抑制SARS-CoV-2等多种RNA病毒的复制，并揭示了PIP4K2C在病毒入侵、RNA复制及组装/释放中的作用	揭示了PIP4K2C这一未被充分研究的激酶在病毒诱导的自噬调控中的作用，并提出了双重抑制PIP4K2C和PIKfyve作为对抗新兴病毒的候选策略	NA	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2等多种RNA病毒及人类肺类器官	病毒学	COVID-19	脂质组学、蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	分子生物学数据	人类肺类器官
38	2025-07-08	DPSCs regulate epithelial-T cell interactions in oral submucous fibrosis 2024-04-23, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03720-5 PMID:38650025	研究论文	本研究探讨了口腔黏膜下纤维化(OSF)的致病机制，并探索了牙髓干细胞(DPSCs)作为治疗手段的潜力	发现了一个具有促炎和促纤维化功能的上皮细胞亚群Epi1.2，揭示了其通过MIF-CD74和CXCR4途径与T细胞互作的机制，并首次评估了DPSCs在OSF治疗中的应用效果	OSF的动物模型可能无法完全模拟人类疾病，DPSCs的治疗机制仍需进一步验证	探索OSF的致病机制并开发新的治疗方法	口腔黏膜下纤维化(OSF)患者组织样本、大鼠模型	口腔医学	口腔黏膜下纤维化	单细胞RNA测序、组织染色、免疫组化、扫描电镜、原子力显微镜	动物模型	基因表达数据、组织图像	未明确说明样本数量，涉及人类组织样本和大鼠模型
39	2025-07-08	An integrated toolkit for human microglia functional genomics 2024-04-10, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03700-9 PMID:38600587	研究论文	本文介绍了一个集成的工具包，用于人类小胶质细胞的功能基因组学研究，优化了iPSC向iMG的分化过程，并提供了多组学数据分析平台	开发了一个优化的两步骤、20天的iPSC分化流程，结合了CRISPR-ON/OFF系统和多组学数据平台，显著提高了iMG的生成效率和研究能力	未提及在体内环境中的验证，可能限制了其在真实生理条件下的应用	开发一个高效的工具包，用于人类小胶质细胞的功能基因组学研究	人类诱导多能干细胞(iPSC)衍生的小胶质细胞(iMG)	功能基因组学	阿尔茨海默病(AD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质可及性分析(ATAC-Seq)、蛋白质组学、CRISPR-Cas9	iPSC-derived Microglia (iMG)模型	多组学数据(转录组、蛋白质组、表观基因组)	未明确提及具体样本数量，但强调了可重复收获iMG的能力
40	2025-07-06	Identification of a novel de novo mutation in SOX4 for syndromic tooth agenesis 2024-04-30, Clinical oral investigations IF:3.1Q1 DOI:10.1007/s00784-024-05659-6 PMID:38684576	研究论文	本研究通过全外显子测序等技术，鉴定了一个与Coffin-Siris综合征（CSS）患者牙齿发育不全相关的新SOX4突变，并探索了其潜在的调控机制	首次报告了SOX4错义突变导致综合征性牙齿发育不全，并验证了Sox4在小鼠牙齿发育过程中的高表达及其在牙齿发育通路中的核心作用	研究仅针对一名中国CSS患者，样本量较小，且未进行功能实验验证突变的具体机制	鉴定CSS患者牙齿发育不全的致病突变并探索其调控机制	Coffin-Siris综合征（CSS）患者和小鼠牙齿发育过程	遗传学	Coffin-Siris综合征	全外显子测序、Sanger验证、单细胞RNA测序、荧光原位杂交（FISH）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因组数据、RNA测序数据	一名中国CSS患者和小鼠牙齿发育样本