单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-13	scRNA-seq analysis of cells comprising the amphioxus notochord 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.003 PMID:38224933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析文昌鱼脊索细胞的基因表达特征	首次在单细胞水平上揭示了文昌鱼脊索细胞的基因表达特征，并发现脊索中存在优先表达的肌原纤维基因	研究仅关注文昌鱼脊索细胞，未与其他脊索动物进行直接比较	解析脊索细胞的组成和功能，为理解脊索动物的起源和进化提供证据	文昌鱼脊索细胞	基因组学	NA	Iso-seq分析, 单细胞RNA-seq分析, 原位杂交(ISH)	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
22	2025-05-13	Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011 PMID:38286185	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的作用	揭示了中性粒细胞通过FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜细胞再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	阐明心脏再生早期事件中的关键细胞类型和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的中性粒细胞和心外膜细胞	再生医学	心血管疾病	scRNA-seq分析	斑马鱼心脏损伤模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了1 dpa（损伤后1天）的中性粒细胞进行scRNA-seq分析
23	2025-05-10	Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis 2024-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01666-3 PMID:38589485	研究论文	本研究利用单核和空间RNA测序技术，探索了截形苜蓿和Rhizophagus irregularis在AM共生中的转录组，揭示了共生过程中的细胞和空间动态	结合单细胞和空间转录组学技术，首次在细胞和空间分辨率上解析了AM共生的动态过程	研究仅针对截形苜蓿和Rhizophagus irregularis，结果可能不适用于其他植物-真菌共生系统	解析植物与AM真菌共生的分子机制，为作物改良提供理论基础	截形苜蓿和Rhizophagus irregularis	植物分子生物学	NA	单核RNA测序, 空间RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及截形苜蓿和Rhizophagus irregularis的多个细胞类型
24	2025-05-09	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	research paper	本文报告了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，研究了精囊在哺乳动物繁殖中的作用	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	理解精囊这一未被充分研究的生殖组织的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
25	2025-05-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.17.576110 PMID:38328153	research paper	本文整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合了多个单细胞RNA测序数据集，提供了一个独特的资源，并设计了用户友好的界面，便于研究人员探索	样本量虽大但仍有限，且需要一定的编码技能进行数据探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	174名患者的90,270个癌细胞	digital pathology	various cancers	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	174名患者的90,270个癌细胞
26	2025-05-03	How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs 2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.20.590421 PMID:38712150	research paper	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了结核分枝杆菌（MTB）ESX-1分泌系统在感染小鼠肺部时对单核吞噬细胞（MNPs）的招募和分化的影响	首次揭示了MTB ESX-1系统如何通过调控MNPs的招募和分化，促进抗炎信号的上调，从而帮助MTB在宿主体内生存	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究MTB ESX-1系统在感染过程中对宿主免疫反应的调控机制	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）	infectious disease	tuberculosis	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）
27	2025-05-03	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.547944 PMID:37461466	研究论文	介绍了一种名为MMoCHi的多模态分层分类方法，用于整合CITE-seq数据中的基因和蛋白质表达信息，以准确注释免疫细胞类型	提出了一种不依赖参考图谱的标记方法MMoCHi，能够整合基因和蛋白质表达数据，优于现有的转录组分类器和多模态无监督聚类方法	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地注释免疫细胞类型	免疫细胞，特别是T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集	单细胞测序数据分析	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	已分类的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集
28	2025-05-01	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	本文研究了部分重编程对老年小鼠脑部神经源性生态位的影响，发现其能恢复神经母细胞比例并改善衰老相关的分子特征	首次系统性地研究了部分重编程对老年脑部神经源性生态位的影响，并发现其具有细胞自主性的抗衰老效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索部分重编程对老年脑部神经再生的影响	老年小鼠的脑部神经源性生态位和神经干细胞	神经生物学	衰老相关脑功能衰退	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	老年小鼠的脑组织样本和神经干细胞培养物
29	2025-04-25	IL-12/IL23 blockade reveals patterns of asynchronous inflammation in pyoderma gangrenosum 2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.591387 PMID:38746177	research paper	本研究探讨了IL-12/IL-23阻断在坏疽性脓皮病(PG)中的免疫调节作用及其对炎症模式的影响	首次描述了PG病变皮肤中B细胞的主要浸润和三级淋巴结构的形成，并揭示了IL-12/IL-23阻断对不同炎症通路的异质性影响	研究样本量较小(仅2名患者)，且未阐明B细胞在PG耐药性中的具体作用机制	阐明PG的免疫失调机制及IL-12/IL-23阻断对病变皮肤的影响	坏疽性脓皮病患者的病变皮肤组织	免疫学	坏疽性脓皮病	空间转录组学，比较计算分析	NA	转录组数据	2名患者的病变皮肤活检样本(治疗前后)
30	2025-04-22	Nanoceria-Mediated Cyclosporin A Delivery for Dry Eye Disease Management through Modulating Immune-Epithelial Crosstalk 2024-04-30, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.3c11514 PMID:38632691	research paper	该研究开发了一种基于纳米酶的滴眼液，用于通过调节免疫-上皮细胞间的相互作用来治疗干眼病	开发了具有长期抗氧化和抗炎能力的纳米酶滴眼液，通过再生活性氧清除能力和持续释放环孢素A来打破氧化应激-炎症的恶性循环	NA	开发一种新型干眼病治疗方法，通过调节角膜微环境中的免疫-上皮细胞相互作用	干眼病(DED)患者	纳米医学	干眼病	流式细胞术、单细胞测序	NA	实验数据	NA
31	2025-04-22	Interleukin-1β polarization in M1 macrophage mediates myocardial fibrosis in diabetes 2024-Apr-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111858 PMID:38492336	研究论文	本研究探讨了M1巨噬细胞通过白细胞介素-1β（IL-1β）与成纤维细胞相互作用介导糖尿病心肌纤维化的机制	揭示了M1巨噬细胞通过IL-1β与成纤维细胞相互作用在糖尿病心肌纤维化中的关键作用	研究主要基于db/db小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究巨噬细胞在糖尿病心肌纤维化中的机制	db/db小鼠的心脏组织、巨噬细胞、成纤维细胞和内皮细胞	糖尿病研究	糖尿病心肌病	超声心动图、Masson三色染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	db/db小鼠模型	基因表达数据、图像数据	db/db小鼠的心脏组织样本
32	2025-04-19	Epigenetic dysregulation in Alzheimer's disease peripheral immunity 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.013 PMID:38340719	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探索阿尔茨海默病（AD）外周免疫系统的表观遗传和转录变化	揭示了AD外周免疫细胞中开放染色质的显著数量，发现了CD8 T细胞中的顺式调控DNA元件和单核细胞中AD特异性的RELA转录因子结合位点，以及载脂蛋白E基因型依赖的表观遗传变化	研究仅关注外周免疫系统，未涉及中枢神经系统	探究阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传和转录变化	阿尔茨海默病患者的外周免疫细胞	表观遗传学	阿尔茨海默病	单细胞测序，转座酶可及染色质测定（ATAC-seq），RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	未明确提及样本数量
33	2025-04-19	Mechanisms of sex differences in Alzheimer's disease 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.024 PMID:38402606	review	探讨阿尔茨海默病（AD）性别差异的潜在生物学机制	综述了性别激素和性染色体如何与衰老过程中的多种疾病机制相互作用，导致男女在疾病进展中的独特特征	NA	理解阿尔茨海默病性别差异的生物学机制	阿尔茨海默病（AD）	NA	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, metabolomics, multi-omics analyses	NA	NA	NA
34	2025-04-18	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.09.588557 PMID:38645223	research paper	该研究描述了前列腺癌中神经内分泌转化的动态过程及其对ASCL1的依赖性	开发了一个多功能平台来识别和探究前列腺癌进展不同阶段神经内分泌谱系转化的分子决定因素，揭示了ASCL1+细胞来源于KRT8+腔上皮细胞	该谱系转化需要原生微环境，而传统的类器官培养无法复制这一条件	探究前列腺癌中神经内分泌谱系转化的分子机制	前列腺癌模型中的神经内分泌转化过程	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光、空间转录组学和PrismSpot技术	NA	基因表达数据和空间转录组数据	使用原发性小鼠前列腺类器官进行原位移植
35	2025-04-15	Single cell analysis unveils B cell-dominated immune subtypes in HNSCC for enhanced prognostic and therapeutic stratification 2024-04-16, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00292-1 PMID:38622125	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中B细胞主导的免疫亚型，为预后和治疗分层提供了新视角	首次通过单细胞RNA测序技术识别了HNSCC中TIL-Bs的基因表达模式，并建立了基于B细胞的肿瘤分类方法	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索HNSCC中肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs）在免疫微环境中的作用及其对免疫检查点阻断治疗的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	来自GEO和TCGA数据库的HNSCC样本
36	2025-04-11	Single-cell analysis revealed a potential role of T-cell exhaustion in colorectal cancer with liver metastasis 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18341 PMID:38647235	研究论文	通过单细胞分析揭示了T细胞耗竭在结直肠癌肝转移中的潜在作用	首次通过单细胞测序技术揭示了T细胞耗竭在结直肠癌肝转移中的具体作用机制，并发现了CEACAM5和ADGRE5-CD55在Tex与Treg细胞-上皮细胞相互作用中的关键角色	研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究T细胞耗竭对结直肠癌肝转移的影响	结直肠癌肝转移患者的单细胞测序数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序，ssGSEA分析	Seurat包分析	单细胞RNA测序数据	NA
37	2025-04-11	Integrated analysis highlights the significance role of ITGAL in lung adenocarcinoma 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18289 PMID:38613346	研究论文	本研究通过整合分析揭示了ITGAL在肺腺癌中的重要作用	首次全面分析ITGAL在肺腺癌中的表达及其与临床预后的关系，并探索其在肿瘤微环境中的调控机制	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，缺乏大规模临床样本验证	探究ITGAL在肺腺癌中的生物学功能及其临床意义	肺腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	肺腺癌	单细胞测序、3D Matrigel培养、BrdU ELISA、伤口愈合迁移实验	NA	mRNA表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的肺腺癌样本及配对正常组织样本
38	2025-04-11	Detecting early-warning biomarkers associated with heart-exosome genetic-signature for acute myocardial infarction: A source-tracking study of exosome 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18334 PMID:38661439	研究论文	通过血浆外泌体源追踪分析，检测与心脏外泌体遗传特征相关的急性心肌梗死早期预警生物标志物	首次通过源追踪分析心脏外泌体遗传特征，识别出三个与急性心肌梗死相关的早期预警基因标志物	研究仅关注心脏来源外泌体，可能忽略了其他组织来源外泌体的潜在影响	发现急性心肌梗死的早期预警生物标志物	血浆外泌体及其遗传特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序、加权基因校正网络、机器学习分析	机器学习	遗传数据	住院患者队列
39	2025-04-11	Identification of PPAR-related differentially expressed genes liver hepatocellular carcinoma and construction of a prognostic model based on data analysis and molecular docking 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18304 PMID:38652093	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析肝细胞癌（LIHC）的分子机制，构建了一个基于PPAR相关基因的预后模型，并预测了潜在的小分子药物	利用单细胞RNA测序数据识别PPAR相关基因在LIHC中的差异表达，构建预后模型并预测潜在治疗药物	研究依赖于公共数据集，未进行大规模临床验证	探索LIHC的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌（LIHC）样本中的多种细胞群体（自然杀伤细胞、T细胞、B细胞、髓系细胞、内皮细胞、成纤维细胞和肝细胞）	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	TCGA-LIHC、ICGI-LIRI和GSE14520数据集中的样本
40	2025-04-11	Integrative analysis unveils ECM signatures and pathways driving hepatocellular carcinoma progression: A multi-omics approach and prognostic model development 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18230 PMID:38568083	研究论文	通过多组学方法揭示细胞外基质（ECM）在肝细胞癌（LIHC）进展中的特征和通路，并开发预后模型	整合单细胞转录组分析和多组学数据，揭示ECM在LIHC中的关键作用，并构建基于ECM的预后模型	样本量较小（10个LIHC样本），且依赖公共数据库数据	探索ECM在LIHC免疫浸润和预后分层中的潜在价值	肝细胞癌（LIHC）患者样本和细胞系	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, Western blotting, 侵袭实验, Transwell实验	Lasso回归	单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	10个LIHC样本（scRNA-seq数据）, TCGA-LIHC队列, CheckMate研究队列