单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 497 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-08-07 |
Sorafenib inhibits ossification of the posterior longitudinal ligament by blocking LOXL2-mediated vascularization
2024-Apr-10, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00327-7
PMID:38594260
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序，揭示了后纵韧带骨化（OPLL）过程中的分子特征、细胞成分及其演变，并在临床样本中验证了这些发现。 | 本研究首次发现LOXL2在韧带细胞的血管样分化中的关键作用，并证实了索拉非尼通过抑制LOXL2介导的血管形态发生，有效抑制OPLL的进展。 | NA | 探讨后纵韧带骨化（OPLL）的分子机制及潜在治疗策略。 | 后纵韧带骨化（OPLL）及其相关细胞和分子机制。 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及批量和单细胞样本 |
| 342 | 2024-08-07 |
Novel T cell exhaustion gene signature to predict prognosis and immunotherapy response in thyroid carcinoma from integrated RNA-sequencing analysis
2024-04-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-58419-7
PMID:38600248
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研究论文 | 本研究通过整合RNA测序分析，揭示了甲状腺癌中耗竭CD8 T淋巴细胞与预后的负相关关系，并构建了一个八基因预后标志物，开发了耗竭相关基因评分（ERGS）来预测甲状腺癌的预后和免疫治疗反应。 | 首次构建了一个基于耗竭CD8 T细胞标志基因的八基因预后标志物，并开发了ERGS评分系统，用于预测甲状腺癌的预后和免疫治疗反应。 | 研究主要基于RNA测序数据，未来需要更多的临床验证和实验研究来证实这些发现。 | 旨在通过RNA测序分析揭示甲状腺癌中耗竭CD8 T淋巴细胞与预后的关系，并开发新的预后标志物和评分系统。 | 甲状腺癌患者的预后和免疫治疗反应。 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | RNA测序 | NA | RNA | 研究涉及大量RNA测序和单细胞RNA测序分析，具体样本数量未在摘要中明确提及。 |
| 343 | 2024-08-07 |
An integrated toolkit for human microglia functional genomics
2024-Apr-10, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03700-9
PMID:38600587
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研究论文 | 本文介绍了一种集成工具包，用于优化人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的微胶质细胞（iMG）的功能基因组学研究 | 该工具包通过简化的两步20天过程优化iPSC向iMG的分化，并包含药物依赖的CRISPR-ON/OFF系统，以及一个综合的多组学数据平台 | NA | 开发一种高效的工具包，用于研究人微胶质细胞的功能基因组学，特别是在神经退行性疾病中的应用 | 人诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞（iMG） | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, ATAC-Seq, 蛋白质组学 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 染色质可及性数据 | NA |
| 344 | 2024-08-04 |
Decoding spatiotemporal transcriptional dynamics and epithelial fibroblast crosstalk during gastroesophageal junction development through single cell analysis
2024-Apr-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47173-z
PMID:38594232
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学研究胃食管交界处的细胞动态和间质细胞与上皮细胞的相互作用 | 首次揭示了胃食管交界处发育过程中的转录状态和信号通路，以及成纤维细胞与上皮细胞之间的相互作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，可能对人类的适用性有限 | 探索胃食管交界处的发育过程及其间质细胞与上皮细胞之间的相互作用 | 小鼠的胃食管交界处组织，具体研究细胞的异质性和时空动态 | 数字病理学 | 胃肠道疾病 | 单细胞转录组学、类器官、空间分析 | NA | 转录组数据 | 胎鼠到成年鼠的胃食管交界处组织 |
| 345 | 2024-08-07 |
OASIS: An interpretable, finite-sample valid alternative to Pearson's X2 for scientific discovery
2024-Apr-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2304671121
PMID:38564640
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研究论文 | 本文开发了一种名为OASIS的统计测试方法，用于处理计数矩阵形式的列联表数据，旨在提供一种计算效率高且对有限样本统计有效的替代方法 | OASIS提供了一种新的测试统计量，该统计量在线性于归一化数据矩阵的同时，通过经典集中不等式提供封闭形式的p值界限，并能解释性地拒绝原假设 | NA | 开发一种新的统计测试方法，以解决现有统计测试在计算效率和统计有效性方面的不足 | 列联表形式的计数矩阵数据 | 统计学 | NA | 统计测试方法 | OASIS | 计数矩阵 | 有限样本 |
| 346 | 2024-08-07 |
Tumor and Peritoneum-Associated Macrophage Gene Signature as a Novel Molecular Biomarker in Gastric Cancer
2024-Apr-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25074117
PMID:38612926
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研究论文 | 本文研究了胃癌中肿瘤和腹膜相关巨噬细胞的基因特征作为新型分子生物标志物的作用 | 首次探讨了M2型巨噬细胞在胃癌中的表达与患者生存率的关系，并验证了其在腹膜液中的表达 | 研究样本量相对较小，且仅基于TCGA数据集进行分析 | 探讨胃癌中巨噬细胞的基因特征与患者生存率的关系 | 胃癌患者的肿瘤和腹膜相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 341个TCGA胃癌样本及28个胃癌患者的前瞻性收集腹膜液样本 |
| 347 | 2024-08-07 |
Boosting Clear Cell Renal Carcinoma-Specific Drug Discovery Using a Deep Learning Algorithm and Single-Cell Analysis
2024-Apr-08, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25074134
PMID:38612943
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组测序数据和深度学习算法，针对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境进行分析，以发现特定的药物化合物 | 结合深度图神经网络和机器学习算法，从生物活性化合物库中筛选出针对ccRCC的特定化合物 | NA | 发现针对透明细胞肾细胞癌的特定药物化合物，以改善临床治疗效果 | 透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境及其特定药物化合物 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | 深度图神经网络 | 基因表达数据 | 6名患者的单细胞转录组测序数据 |
| 348 | 2024-08-04 |
CIRI-Deep Enables Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Circular RNAs with Deep Learning
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308115
PMID:38308181
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研究论文 | 本文提出了一种深度学习模型CIRI-deep，用于对环状RNA的转录组分析 | CIRI-deep通过深度学习方法，解决了现有单细胞和空间转录组技术对环状RNA分析的局限 | 目前尚未提供具体的局限性信息 | 研究环状RNA在不同RNA-seq数据中的调控和分析 | 使用高达2500万的高置信度环状RNA调控事件的数据集 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 深度学习模型 | RNA-seq数据 | 2500万 |
| 349 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveal metastatic CLDN4+ cancer cells underlying the recurrence of malignant pleural effusion in patients with advanced non-small-cell lung cancer
2024-04, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1649
PMID:38629624
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研究论文 | 本研究揭示了在晚期非小细胞肺癌患者中，CLDN4+癌细胞与恶性胸腔积液复发之间的关联 | 首次通过单细胞转录组学方法识别出与复发性恶性胸腔积液相关的CLDN4+转移性癌细胞 | 需要在更大样本量的群体中进一步验证CLDN4的临床价值和其生物功能的机制研究 | 探讨非小细胞肺癌患者中复发性恶性胸腔积液的细胞和基因标志 | 研究对象为16名合并胸腔积液的非小细胞肺癌患者 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 16名非小细胞肺癌患者的胸腔积液样本 |
| 350 | 2024-08-04 |
Modeling single cell trajectory using forward-backward stochastic differential equations
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012015
PMID:38620017
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研究论文 | 本文提出了一种利用前向-后向随机微分方程建模单细胞发育轨迹的方法 | 结合前向-后向随机微分方程与精细化近似程序，以动态方式建模非线性轨迹 | 现有的SDE方法通常依赖数值近似，可能导致推断不准确，偏离真实轨迹 | 研究单细胞发育轨迹的动态建模 | 单细胞转录组测序数据 | 计算机视觉 | NA | 随机微分方程 | 前向-后向随机微分方程 | 单细胞转录组数据 | 多个scRNA-seq数据集 |
| 351 | 2024-08-07 |
High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation
2024-Apr, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01815-7
PMID:37291427
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MAS-ISO-seq的高通量RNA异构体测序技术，通过编程连接cDNA分子以优化长读长测序，显著提高了测序通量 | MAS-ISO-seq技术通过编程连接cDNA，实现了超过15倍的测序通量提升，并能发现更多差异剪接基因 | NA | 开发一种新的RNA异构体测序技术，以提高测序通量和发现差异剪接基因的能力 | 肿瘤浸润T细胞的单细胞RNA测序 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | cDNA读取 | 近4000万cDNA读取每运行 |
| 352 | 2024-08-07 |
Itraconazole inhibits tumor growth via CEBPB-mediated glycolysis in colorectal cancer
2024-Apr, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16082
PMID:38278779
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研究论文 | 研究探讨了伊曲康唑通过CEBPB介导的糖酵解抑制结直肠癌肿瘤生长的效果和机制 | 发现了伊曲康唑通过CEBPB-ENO1轴抑制结直肠癌糖酵解和肿瘤生长的新机制 | NA | 探索伊曲康唑在结直肠癌治疗中的潜在疗效及其作用机制 | 结直肠癌肿瘤及其在伊曲康唑处理下的细胞组成和基因表达变化 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四只携带肿瘤的小鼠 |
| 353 | 2024-08-07 |
NAMPT-Driven M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages Leads to an Immunosuppressive Microenvironment in Colorectal Cancer
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303177
PMID:38308188
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研究论文 | 本研究探讨了NAMPT在结直肠癌肿瘤微环境中对肿瘤相关巨噬细胞M2极化的作用及其对免疫抑制微环境的影响 | 首次发现NAMPT在SPP1肿瘤相关巨噬细胞中高表达，并与结直肠癌患者的预后不良相关 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需进一步临床验证 | 探究NAMPT在结直肠癌肿瘤微环境中对肿瘤相关巨噬细胞的作用及其对患者预后的影响 | NAMPT在肿瘤相关巨噬细胞中的表达及其对免疫微环境的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及结直肠癌患者样本 |
| 354 | 2024-08-07 |
Identification of Potent siRNA Delivery Peptides Using Computer Modeling
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308345
PMID:38311577
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研究论文 | 本文通过计算机建模和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的综合程序，筛选出理想的siRNA递送肽 | 开发了一种基于计算机建模和scRNA-seq的综合程序，用于筛选具有理想组装和递送能力的siRNA递送肽 | NA | 开发新的siRNA递送肽，用于RNA干扰（RNAi）疗法 | siRNA递送肽及其在体内的安全性和有效性 | 计算机建模 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 序列数据 | 包含12种氨基酸的肽库 |
| 355 | 2024-08-07 |
Pericyte signaling via soluble guanylate cyclase shapes the vascular niche and microenvironment of tumors
2024-Apr, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00078-5
PMID:38528180
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了通过特定删除可溶性鸟苷酸环化酶（sGC）的NO受体，研究了周细胞如何影响肿瘤血管微环境和血管生态位 | 首次详细探讨了周细胞在肿瘤血管微环境中的作用，并提出针对周细胞sGC的治疗策略 | 研究主要集中在细胞和分子层面，未来需进一步在动物模型和临床试验中验证 | 阐明周细胞在肿瘤血管微环境中的作用，并探索新的癌症治疗策略 | 周细胞、内皮细胞、癌症相关成纤维细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 356 | 2024-08-07 |
Partial label learning for automated classification of single-cell transcriptomic profiles
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012006
PMID:38578796
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研究论文 | 本文研究了如何利用部分标签学习框架自动分类单细胞转录组数据，并探讨了标签集结构的整合效果 | 提出了利用部分标签学习框架，而不是完全监督的训练数据集，来分类单细胞转录组数据 | 文章未明确提及具体的局限性 | 旨在解决单细胞转录组数据的自动分类问题 | 单细胞转录组数据的分类及其细胞谱系关系的识别 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNASeq） | SVM, kNN, 基于原型的方法, 逻辑回归, 集成方法 | 转录组数据 | 文章未提供具体的样本数量 |
| 357 | 2024-08-07 |
Calcified apoptotic vesicles from PROCR+ fibroblasts initiate heterotopic ossification
2024-Apr, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12425
PMID:38594791
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研究论文 | 本文研究了异位骨化（HO）的异常形成过程，发现钙化的凋亡小体（apoVs）是HO的启动因子。 | 首次识别出PROCR+成纤维细胞分泌的钙化凋亡小体作为HO的启动因子，并提出其可能作为抑制病理性钙化的治疗靶点。 | NA | 探讨异位骨化的启动因子及其治疗靶点。 | 异位骨化过程中的钙化凋亡小体及其作用机制。 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 不同阶段的异位骨化样本 |
| 358 | 2024-08-07 |
Cell Heterogeneity Analysis Revealed the Key Role of Fibroblasts in the Magnum Regression of Ducks
2024-Apr-01, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani14071072
PMID:38612311
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了鸭子输卵管中段（magnum）在产蛋和停产后细胞异质性的变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了鸭子输卵管中段在产蛋和停产后细胞异质性的差异，特别是涉及蛋白质分泌和细胞外基质（ECM）产生的成纤维细胞的变化 | 研究仅限于特定年龄的鸭子，且样本数量有限，可能需要进一步扩大样本范围以验证结果的普遍性 | 探究鸭子输卵管中段在产蛋和停产后分子机制的差异 | 鸭子输卵管中段的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 13,708个单细胞样本 |
| 359 | 2024-08-07 |
Integration analysis of single-cell transcriptome reveals specific monocyte subsets associated with melanoma brain and leptomeningeal metastasis
2024-Apr, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13710
PMID:38616506
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研究论文 | 本研究通过整合分析单细胞转录组数据，揭示了与黑色素瘤脑和软脑膜转移相关的特定单核细胞亚群 | 本研究首次详细分析了黑色素瘤脑转移和软脑膜转移中单核细胞亚群的组成和分子表达差异，并发现了与转移相关的特定单核细胞亚群 | NA | 阐明黑色素瘤中枢神经系统转移的病理机制，为开发针对单核细胞或细胞因子的治疗策略提供依据 | 黑色素瘤脑转移和软脑膜转移中的单核细胞亚群 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 涉及血液、原发肿瘤、脑转移和软脑膜转移组织中的单核细胞 |
| 360 | 2024-08-04 |
[Current status and prospects of genetic research on IgA nephropathy]
2024-Apr-23, Zhonghua yi xue za zhi
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评论 | 本文讨论了IgA肾病的遗传研究现状和前景 | 提出了基因组医学时代如何通过全基因组测序和多组学研究寻找IgA肾病的易感基因及靶向药物的见解 | 仅讨论了目前的研究进展，未提供新的实验数据或结果 | 探讨IgA肾病的遗传因素及其在发病机制中的作用 | IgA肾病相关的易感基因和临床表型 | 数字病理学 | NA | 全基因组测序（WGS），单细胞测序，表达数量性性状位点（eQTL） | NA | NA | NA |