单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-07	Characterization of gene regulatory networks underlying key properties in human hematopoietic stem cell ontogeny 2024-Apr-17, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-024-00192-z PMID:38630195	研究论文	本研究分析了不同发育阶段人源造血干细胞/祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组，并生成了与造血干细胞关键特性相关的高度共调控基因调控网络（GRNs）模块。	首次识别了控制淋巴潜能、自我更新及有氧呼吸等关键特性的基因调控网络和关键调控因子，并展示了这些调控因子在体外促进造血干细胞功能的能力。	NA	揭示造血干细胞发育过程中特性变化的内在机制，并为体外生成功能齐全的造血干细胞提供指导。	人源造血干细胞/祖细胞（HSPCs）在不同发育阶段的单细胞转录组。	基因调控	NA	单细胞转录组分析	基因调控网络（GRNs）	转录组数据	包括卵黄囊（YS）、AGM、胎肝（FL）、脐带血（UCB）和成人外周血动员的HSPCs等多个发育阶段的样本。
322	2024-08-07	Improvement of immune dysregulation in individuals with long COVID at 24-months following SARS-CoV-2 infection 2024-Apr-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47720-8 PMID:38632311	研究论文	本研究探讨了轻至中度长期COVID（LC）患者与年龄和性别匹配的恢复期COVID-19对照组（MC）在24个月内的体液和细胞免疫反应及与健康相关的生活质量指标	发现LC参与者在3个月时IgG水平升高，中和能力增强，以及特定CD4 T细胞和PD-1、TIM-3表达增加，但这些差异在24个月时不持续	研究仅关注了特定免疫标志物和细胞类型，未全面评估所有免疫相关指标	研究长期COVID患者的免疫反应及其与健康相关的生活质量随时间的变化	长期COVID患者和恢复期COVID-19患者的免疫反应和生活质量	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	LC和MC参与者
323	2024-08-04	Integration of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data to construct and validate a cancer-associated fibroblast-related prognostic signature for patients with ovarian cancer 2024-Apr-16, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01399-z PMID:38627854	研究论文	建立了基于癌症相关成纤维细胞的卵巢癌预后风险特征	开发了一种基于CAF的风险特征，可以准确预测卵巢癌患者的预后	NA	基于癌症相关成纤维细胞建立卵巢癌患者的预后风险轮廓	卵巢癌患者的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	Lasso回归	基因表达数据	使用了来自GEO和TCGA数据库的数据
324	2024-08-07	Pan-cancer transcriptional atlas of minimal residual disease links DUSP1 to chemotherapy persistence 2024-Apr-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00509-3 PMID:38627863	研究论文	本研究首次全面分析了多种癌症类型中的最小残留病（MRD），并揭示了DUSP1基因在MRD中的重要作用	首次全面分析了跨多种癌症类型的MRD，并发现了DUSP1基因在MRD中的广泛和显著富集	NA	全面理解化疗引起的改变，并识别预防和消除MRD的潜在靶点	多种癌症类型的最小残留病（MRD）	数字病理学	泛癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	包括大量和单细胞RNA测序数据
325	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals activation of endothelial cell and identifies LHPP as a potential target in ulcerative colitis 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e29163 PMID:38601522	研究论文	本研究探讨了单细胞转录组学在溃疡性结肠炎中的应用，并识别LHPP作为潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术揭示LHPP在溃疡性结肠炎中表达的显著下调及其与STAT3表达水平的反向相关	本研究没有涉及LHPP在溃疡性结肠炎患者治疗中实际应用的实验验证	研究溃疡性结肠炎病理中的细胞动态和分子机制	从溃疡性结肠炎患者中分析的单细胞RNA测序数据	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	研究涉及的样本数量和类型未明确说明
326	2024-08-04	Cathepsin L promotes oesophageal squamous cell carcinoma development and may be associated with tumour-associated macrophages 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e29273 PMID:38601581	研究论文	这篇文章探讨了Cathepsin L（CTSL）在食管鳞状细胞癌（ESCC）发展中的作用及其与肿瘤相关巨噬细胞的关系	本研究首次揭示了CTSL与食管鳞状细胞癌的关系，并确认其在免疫微环境中的重要性，特别是与M2型巨噬细胞的相互作用	尚未明确CTSL作为肿瘤基因在食管鳞状细胞癌中的确切机制	探索CTSL在食管鳞状细胞癌发展中的作用及其与免疫细胞的相互作用	研究对象包括CTSL表达与食管鳞状细胞癌的相关性及其在不同细胞类型中的表现	数字病理学	食管癌	全基因组关联研究（GWAS），单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据，生物信息数据	使用了多种数据来源，如GEO，TCGA和GEPIA的数据，具体样本数量未注明
327	2024-08-04	Exploring the immune-inflammatory mechanism of Maxing Shigan Decoction in treating influenza virus A-induced pneumonia based on an integrated strategy of single-cell transcriptomics and systems biology 2024-Apr-15, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01777-9 PMID:38622728	研究论文	本文探讨了麻杏石甘汤在治疗流感病毒A诱导的肺炎中的免疫-炎症机制	研究首次结合单细胞转录组学和系统生物学方法，揭示了麻杏石甘汤的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，临床应用需要进一步验证	探究麻杏石甘汤对流感A病毒肺炎的免疫-炎症作用机制	以流感A病毒肺炎小鼠模型为研究对象	数字病理学	流感肺炎	转录组学、实时荧光定量PCR（RT-PCR）、肠道微生物组和代谢组学	小鼠模型	生物样本数据	小鼠模型数量未明确提及
328	2024-08-04	Multi-omics and immunogenomics analysis revealed PFKFB3 as a targetable hallmark and mediates sunitinib resistance in papillary renal cell carcinoma: in silico study with laboratory verification 2024-Apr-15, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01808-5 PMID:38622715	研究论文	本研究揭示了PFKFB3作为靶点性特征，并在乳头状肾细胞癌中介导舒尼替尼耐药	构建和验证了糖酵解-免疫预测特征，并识别PFKFB3作为关键的糖酵解调节因子	实验主要集中在体外实验，缺乏大规模临床验证	探索糖酵解特征在乳头状肾细胞癌中的作用及其与免疫的关系	乳头状肾细胞癌患者及其肿瘤样本	数字病理	肾癌	qRT-PCR, siRNA技术, 单细胞RNA-seq	NA	生物样本	NA
329	2024-08-07	Interferon-α stimulates DExH-box helicase 58 to prevent hepatocyte ferroptosis 2024-Apr-15, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00524-9 PMID:38622688	研究论文	本研究探讨了干扰素-α通过刺激DExH-box解旋酶58（DHX58）来预防肝细胞铁死亡的机制	首次揭示了DHX58在肝缺血/再灌注损伤中通过促进m6A修饰的Gpx4 mRNA翻译来预防肝细胞铁死亡的作用	研究主要基于小鼠模型，临床应用的直接证据尚需进一步验证	探讨干扰素-α在肝缺血/再灌注损伤中通过DHX58预防肝细胞铁死亡的机制	肝细胞铁死亡在肝缺血/再灌注损伤中的调控机制	NA	肝病	转录组分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀测序（RIP-seq）和免疫沉淀质谱（IP-MS）	NA	RNA	构建了肝细胞特异性Dhx58敲除小鼠，并进行了部分肝缺血/再灌注操作
330	2024-08-07	Identification of the role of DAB2 and CXCL8 in uterine spiral artery remodeling in early-onset preeclampsia 2024-Apr-13, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05212-4 PMID:38613672	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了来自早期发病子痫前期患者及其对照组的整个胎盘组织，鉴定了DAB2作为关键基因，并探索了通过细胞模型和胎盘-蜕膜共培养模型在体外研究外胚层滋养细胞与蜕膜血管平滑肌细胞之间的通信机制	首次揭示了DAB2在早期发病子痫前期中调控子宫螺旋动脉重塑的关键作用，并发现了CXCL8/PI3K/AKT通路在此过程中的重要性	研究主要基于体外模型，需要进一步的体内实验验证	探讨早期发病子痫前期中子宫螺旋动脉异常重塑的分子机制	子宫螺旋动脉、外胚层滋养细胞和蜕膜血管平滑肌细胞	NA	早期发病子痫前期	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自早期发病子痫前期患者及其对照组的整个胎盘组织
331	2024-08-04	Single-B cell analysis correlates high-lactate secretion with stress and increased apoptosis 2024-04-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-58868-0 PMID:38605071	研究论文	该研究通过单细胞转录组学分析了B细胞代谢与功能之间的关系	提出了一种直接的并行测量个体小鼠B细胞功能和代谢通量的技术	未能显示抗体分泌与乳酸分泌速率之间的相关性	研究B细胞的代谢与其功能之间的关系	小鼠的脾脏B细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	小鼠的脾脏B细胞
332	2024-08-04	Split Pool Ligation-based Single-cell Transcriptome sequencing (SPLiT-seq) data processing pipeline comparison 2024-Apr-12, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10285-3 PMID:38609853	研究论文	本研究比较了八种用于处理SPLiT-seq数据的生物信息学管道	提供了对各种处理SPLiT-seq数据的管道的全面比较，帮助用户选择合适的分析工具	对于某些管道在处理大数据集时速度较慢，且某些结果难以解释	比较不同的生物信息学管道在处理SPLiT-seq数据时的性能和功能	八种处理SPLiT-seq数据的生物信息学管道	数字病理学	NA	SPLiT-seq	NA	数据集	八种管道的各类数据集
333	2024-08-07	Integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data reveal the significant role of macrophages in lupus nephritis 2024-Apr-12, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03311-y PMID:38610007	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量转录组数据，揭示了巨噬细胞在狼疮性肾炎中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序数据和批量转录组数据的综合分析，揭示了狼疮性肾炎中巨噬细胞的表型变化和细胞间信号交流	研究主要集中在巨噬细胞和LGALS9基因的功能影响上，可能忽略了其他免疫细胞和基因的作用	旨在识别狼疮性肾炎中的异常免疫细胞成分和信号通路，并发现潜在的治疗靶点	狼疮性肾炎中的巨噬细胞和LGALS9基因	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及狼疮性肾炎和正常肾组织的批量转录组数据，以及狼疮性肾炎的单细胞RNA测序数据
334	2024-08-04	The implications of single-cell RNA-seq analysis in prostate cancer: unraveling tumor heterogeneity, therapeutic implications and pathways towards personalized therapy 2024-Apr-11, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00526-7 PMID:38605399	综述	本文概述了单细胞RNA测序在前列腺癌研究中的重要性及其临床应用	介绍了单细胞RNA测序在揭示前列腺癌肿瘤异质性和提供个性化治疗的新见解	目前单细胞技术在前列腺癌中的应用相对较少，存在一定的局限性	探讨单细胞RNA测序在前列腺癌研究中的应用和前景	主要关注前列腺癌的分子特征及其临床应用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
335	2024-08-04	Evolution of T cells in the cancer-resistant naked mole-rat 2024-Apr-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47264-x PMID:38605005	研究论文	本研究探讨了癌症抗性裸鼹鼠中T细胞的进化。	发现裸鼹鼠拥有大量循环的γδT细胞，并且这些细胞在抗癌方面具有重要作用。	对裸鼹鼠的T细胞亚群及其功能调节基因的演变了解有限。	研究裸鼹鼠免疫系统的演变及其在抗癌中的作用。	研究裸鼹鼠的T细胞亚群和基因演变.	NA	NA	单细胞转录组学和单细胞T细胞受体测序	NA	NA	NA
336	2024-08-04	Spatiotemporal immune atlas of a clinical-grade gene-edited pig-to-human kidney xenotransplant 2024-Apr-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47454-7 PMID:38605083	研究论文	该研究探讨了基因编辑猪肾脏移植到人类受体后的免疫反应	研究提供了传统药物免疫抑制可以限制人类免疫细胞侵入猪肾移植物的概念验证	尚不清楚哪些免疫调节方案能有效控制人类对猪异种移植物的免疫反应	研究基因编辑猪肾脏在脑死亡人类受体中的免疫反应	脑死亡人类受体的基因编辑猪肾脏移植	数字病理学	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	1个脑死亡人类受体
337	2024-08-04	Exploring the relationship between Treg-mediated risk in COPD and lung cancer through Mendelian randomization analysis and scRNA-seq data integration 2024-Apr-11, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12076-1 PMID:38605291	研究论文	本文探讨了慢性阻塞性肺疾病与肺癌之间的因果关系，并揭示了调节性T细胞在这一关联中的中介作用	首次将单细胞免疫细胞数据与双样本孟德尔随机化相结合	未提及具体的实验室验证和潜在的遗传异质性影响	研究COPD与肺癌之间的因果关系及其免疫中介机制	468,475名有COPD的欧洲血统个体和492,803名有肺癌的欧洲血统个体	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	孟德尔随机化	基因数据	468,475名COPD患者，492,803名肺癌患者，731个免疫细胞特征
338	2024-08-04	The integration of single-cell and bulk RNA-seq atlas reveals ERS-mediated acinar cell damage in acute pancreatitis 2024-Apr-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05156-0 PMID:38605381	研究论文	本研究揭示了急性胰腺炎中腺泡细胞损伤的单细胞和bulk RNA-seq整合分析	首次提供了急性胰腺炎中腺泡细胞的单细胞转录组图景，指出ERS和ERAD通路在病理中的重要性	该研究可能受限于样本量和选取的特定动物模型	揭示急性胰腺炎中腺泡细胞的转录组特征和发病机制	急性胰腺炎小鼠模型和急性胰腺炎患者外周血样本	数字病理学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序、bulk RNA测序	NA	RNA序列数据	急性胰腺炎小鼠的单细胞样本和急性胰腺炎患者的外周血样本
339	2024-08-04	Elevated ADH5 expression suggested better prognosis in kidney renal clear cell carcinoma (KIRC) and related to immunity through single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Apr-10, BMC urology IF:1.7Q3 DOI:10.1186/s12894-024-01478-9 PMID:38600527	研究论文	该研究探讨了ADH5在肾透明细胞癌（KIRC）预后中的价值，并与免疫学相关。	发现ADH5表达水平与KIRC患者的预后及免疫环境密切相关，且低表达的ADH5与免疫治疗的高敏感性相关。	未提供对ADH5与肿瘤突变负荷（TMB）、肿瘤微卫星不稳定性（MSI）的相关性分析结果。	研究ADH5在肾透明细胞癌中的作用及其对患者预后的影响。	主要研究对象为肾透明细胞癌（KIRC）患者。	数字病理学	肾癌	RNA测序	Cox回归模型	基因表达矩阵	使用了TCGA数据库中的相关样本，具体样本数量未说明
340	2024-08-04	Cell-type-specific mRNA transcription and degradation kinetics in zebrafish embryogenesis from metabolically labeled single-cell RNA-seq 2024-Apr-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47290-9 PMID:38600066	研究论文	本研究结合单细胞RNA-seq和代谢标记，探讨斑马鱼胚胎中细胞特异性mRNA转录和降解动力学。	引入动力学模型定量分析不同细胞类型内的mRNA转录和降解速率，并揭示了细胞类型特异的降解差异。	本研究的局限性在于可能未能涵盖所有细胞类型的转录和降解机制。	研究mRNA转录和降解在斑马鱼胚胎发育中的贡献。	斑马鱼胚胎中的特定细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	动力学模型	转录组数据	NA