单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-07	Integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data reveal the significant role of macrophages in lupus nephritis 2024-Apr-12, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03311-y PMID:38610007	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量转录组数据，揭示了巨噬细胞在狼疮性肾炎中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序数据和批量转录组数据的综合分析，揭示了狼疮性肾炎中巨噬细胞的表型变化和细胞间信号交流	研究主要集中在巨噬细胞和LGALS9基因的功能影响上，可能忽略了其他免疫细胞和基因的作用	旨在识别狼疮性肾炎中的异常免疫细胞成分和信号通路，并发现潜在的治疗靶点	狼疮性肾炎中的巨噬细胞和LGALS9基因	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及狼疮性肾炎和正常肾组织的批量转录组数据，以及狼疮性肾炎的单细胞RNA测序数据
322	2024-08-04	The implications of single-cell RNA-seq analysis in prostate cancer: unraveling tumor heterogeneity, therapeutic implications and pathways towards personalized therapy 2024-Apr-11, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00526-7 PMID:38605399	综述	本文概述了单细胞RNA测序在前列腺癌研究中的重要性及其临床应用	介绍了单细胞RNA测序在揭示前列腺癌肿瘤异质性和提供个性化治疗的新见解	目前单细胞技术在前列腺癌中的应用相对较少，存在一定的局限性	探讨单细胞RNA测序在前列腺癌研究中的应用和前景	主要关注前列腺癌的分子特征及其临床应用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
323	2024-08-04	Evolution of T cells in the cancer-resistant naked mole-rat 2024-Apr-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47264-x PMID:38605005	研究论文	本研究探讨了癌症抗性裸鼹鼠中T细胞的进化。	发现裸鼹鼠拥有大量循环的γδT细胞，并且这些细胞在抗癌方面具有重要作用。	对裸鼹鼠的T细胞亚群及其功能调节基因的演变了解有限。	研究裸鼹鼠免疫系统的演变及其在抗癌中的作用。	研究裸鼹鼠的T细胞亚群和基因演变.	NA	NA	单细胞转录组学和单细胞T细胞受体测序	NA	NA	NA
324	2024-08-04	Spatiotemporal immune atlas of a clinical-grade gene-edited pig-to-human kidney xenotransplant 2024-Apr-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47454-7 PMID:38605083	研究论文	该研究探讨了基因编辑猪肾脏移植到人类受体后的免疫反应	研究提供了传统药物免疫抑制可以限制人类免疫细胞侵入猪肾移植物的概念验证	尚不清楚哪些免疫调节方案能有效控制人类对猪异种移植物的免疫反应	研究基因编辑猪肾脏在脑死亡人类受体中的免疫反应	脑死亡人类受体的基因编辑猪肾脏移植	数字病理学	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	1个脑死亡人类受体
325	2024-08-04	Exploring the relationship between Treg-mediated risk in COPD and lung cancer through Mendelian randomization analysis and scRNA-seq data integration 2024-Apr-11, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12076-1 PMID:38605291	研究论文	本文探讨了慢性阻塞性肺疾病与肺癌之间的因果关系，并揭示了调节性T细胞在这一关联中的中介作用	首次将单细胞免疫细胞数据与双样本孟德尔随机化相结合	未提及具体的实验室验证和潜在的遗传异质性影响	研究COPD与肺癌之间的因果关系及其免疫中介机制	468,475名有COPD的欧洲血统个体和492,803名有肺癌的欧洲血统个体	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	孟德尔随机化	基因数据	468,475名COPD患者，492,803名肺癌患者，731个免疫细胞特征
326	2024-08-04	The integration of single-cell and bulk RNA-seq atlas reveals ERS-mediated acinar cell damage in acute pancreatitis 2024-Apr-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05156-0 PMID:38605381	研究论文	本研究揭示了急性胰腺炎中腺泡细胞损伤的单细胞和bulk RNA-seq整合分析	首次提供了急性胰腺炎中腺泡细胞的单细胞转录组图景，指出ERS和ERAD通路在病理中的重要性	该研究可能受限于样本量和选取的特定动物模型	揭示急性胰腺炎中腺泡细胞的转录组特征和发病机制	急性胰腺炎小鼠模型和急性胰腺炎患者外周血样本	数字病理学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序、bulk RNA测序	NA	RNA序列数据	急性胰腺炎小鼠的单细胞样本和急性胰腺炎患者的外周血样本
327	2024-08-07	Proinflammatory phenotype of B10 and B10pro cells elicited by TNF-α in rheumatoid arthritis 2024-Apr-11, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224878 PMID:38302261	研究论文	本研究探讨了肿瘤坏死因子α（TNF-α）在类风湿关节炎（RA）中对B10和B10pro细胞促炎表型的影响及其机制	首次揭示了TNF-α通过下调IL-10和上调干扰素-γ及IL-17A诱导B10和B10pro细胞的促炎特征，并阐明了其通过抑制糖酵解和增殖以及调节磷脂酰肌醇磷酸信号来影响这些细胞的机制	NA	探究TNF-α在类风湿关节炎中对B10和B10pro细胞的调控及其在疾病发展中的作用	B10和B10pro细胞在健康个体和RA患者中的频率与功能，以及TNF-α对这些细胞数量、稳定性和致病表型的影响	免疫学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组测序	NA	RNA序列	包括健康个体和RA患者，以及TNF-α-/-和B细胞特异性SHIP-1-/-小鼠疾病模型
328	2024-08-04	Elevated ADH5 expression suggested better prognosis in kidney renal clear cell carcinoma (KIRC) and related to immunity through single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Apr-10, BMC urology IF:1.7Q3 DOI:10.1186/s12894-024-01478-9 PMID:38600527	研究论文	该研究探讨了ADH5在肾透明细胞癌（KIRC）预后中的价值，并与免疫学相关。	发现ADH5表达水平与KIRC患者的预后及免疫环境密切相关，且低表达的ADH5与免疫治疗的高敏感性相关。	未提供对ADH5与肿瘤突变负荷（TMB）、肿瘤微卫星不稳定性（MSI）的相关性分析结果。	研究ADH5在肾透明细胞癌中的作用及其对患者预后的影响。	主要研究对象为肾透明细胞癌（KIRC）患者。	数字病理学	肾癌	RNA测序	Cox回归模型	基因表达矩阵	使用了TCGA数据库中的相关样本，具体样本数量未说明
329	2024-08-04	Cell-type-specific mRNA transcription and degradation kinetics in zebrafish embryogenesis from metabolically labeled single-cell RNA-seq 2024-Apr-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47290-9 PMID:38600066	研究论文	本研究结合单细胞RNA-seq和代谢标记，探讨斑马鱼胚胎中细胞特异性mRNA转录和降解动力学。	引入动力学模型定量分析不同细胞类型内的mRNA转录和降解速率，并揭示了细胞类型特异的降解差异。	本研究的局限性在于可能未能涵盖所有细胞类型的转录和降解机制。	研究mRNA转录和降解在斑马鱼胚胎发育中的贡献。	斑马鱼胚胎中的特定细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	动力学模型	转录组数据	NA
330	2024-08-07	Sorafenib inhibits ossification of the posterior longitudinal ligament by blocking LOXL2-mediated vascularization 2024-Apr-10, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00327-7 PMID:38594260	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序，揭示了后纵韧带骨化（OPLL）过程中的分子特征、细胞成分及其演变，并在临床样本中验证了这些发现。	本研究首次发现LOXL2在韧带细胞的血管样分化中的关键作用，并证实了索拉非尼通过抑制LOXL2介导的血管形态发生，有效抑制OPLL的进展。	NA	探讨后纵韧带骨化（OPLL）的分子机制及潜在治疗策略。	后纵韧带骨化（OPLL）及其相关细胞和分子机制。	数字病理学	脊柱疾病	RNA测序	NA	RNA	涉及批量和单细胞样本
331	2024-08-07	Novel T cell exhaustion gene signature to predict prognosis and immunotherapy response in thyroid carcinoma from integrated RNA-sequencing analysis 2024-04-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-58419-7 PMID:38600248	研究论文	本研究通过整合RNA测序分析，揭示了甲状腺癌中耗竭CD8 T淋巴细胞与预后的负相关关系，并构建了一个八基因预后标志物，开发了耗竭相关基因评分（ERGS）来预测甲状腺癌的预后和免疫治疗反应。	首次构建了一个基于耗竭CD8 T细胞标志基因的八基因预后标志物，并开发了ERGS评分系统，用于预测甲状腺癌的预后和免疫治疗反应。	研究主要基于RNA测序数据，未来需要更多的临床验证和实验研究来证实这些发现。	旨在通过RNA测序分析揭示甲状腺癌中耗竭CD8 T淋巴细胞与预后的关系，并开发新的预后标志物和评分系统。	甲状腺癌患者的预后和免疫治疗反应。	数字病理学	甲状腺癌	RNA测序	NA	RNA	研究涉及大量RNA测序和单细胞RNA测序分析，具体样本数量未在摘要中明确提及。
332	2024-08-07	An integrated toolkit for human microglia functional genomics 2024-Apr-10, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03700-9 PMID:38600587	研究论文	本文介绍了一种集成工具包，用于优化人诱导多能干细胞（iPSC）衍生的微胶质细胞（iMG）的功能基因组学研究	该工具包通过简化的两步20天过程优化iPSC向iMG的分化，并包含药物依赖的CRISPR-ON/OFF系统，以及一个综合的多组学数据平台	NA	开发一种高效的工具包，用于研究人微胶质细胞的功能基因组学，特别是在神经退行性疾病中的应用	人诱导多能干细胞衍生的微胶质细胞（iMG）	数字病理学	阿尔茨海默病	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, ATAC-Seq, 蛋白质组学	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据, 染色质可及性数据	NA
333	2024-08-04	Decoding spatiotemporal transcriptional dynamics and epithelial fibroblast crosstalk during gastroesophageal junction development through single cell analysis 2024-Apr-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47173-z PMID:38594232	研究论文	本研究通过单细胞转录组学研究胃食管交界处的细胞动态和间质细胞与上皮细胞的相互作用	首次揭示了胃食管交界处发育过程中的转录状态和信号通路，以及成纤维细胞与上皮细胞之间的相互作用机制	研究主要基于小鼠模型，可能对人类的适用性有限	探索胃食管交界处的发育过程及其间质细胞与上皮细胞之间的相互作用	小鼠的胃食管交界处组织，具体研究细胞的异质性和时空动态	数字病理学	胃肠道疾病	单细胞转录组学、类器官、空间分析	NA	转录组数据	胎鼠到成年鼠的胃食管交界处组织
334	2024-08-07	OASIS: An interpretable, finite-sample valid alternative to Pearson's X2 for scientific discovery 2024-Apr-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2304671121 PMID:38564640	研究论文	本文开发了一种名为OASIS的统计测试方法，用于处理计数矩阵形式的列联表数据，旨在提供一种计算效率高且对有限样本统计有效的替代方法	OASIS提供了一种新的测试统计量，该统计量在线性于归一化数据矩阵的同时，通过经典集中不等式提供封闭形式的p值界限，并能解释性地拒绝原假设	NA	开发一种新的统计测试方法，以解决现有统计测试在计算效率和统计有效性方面的不足	列联表形式的计数矩阵数据	统计学	NA	统计测试方法	OASIS	计数矩阵	有限样本
335	2024-08-07	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.547944 PMID:37461466	研究论文	本文介绍了一种名为MultiModal Classifier Hierarchy (MMoCHi)的多模态层次分类方法，用于整合单细胞转录组和表面蛋白组数据，以准确注释细胞类型	MMoCHi方法不依赖于参考图谱，能够识别传统转录组分类器难以区分的免疫细胞亚群，并揭示新的亚群标记	NA	开发一种新的分类器，以整合多模态数据进行细胞类型注释	单细胞转录组和表面蛋白组数据	单细胞测序	NA	CITE-seq	MMoCHi	转录组和蛋白组数据	使用排序的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集进行基准测试
336	2024-08-07	Tumor and Peritoneum-Associated Macrophage Gene Signature as a Novel Molecular Biomarker in Gastric Cancer 2024-Apr-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25074117 PMID:38612926	研究论文	本文研究了胃癌中肿瘤和腹膜相关巨噬细胞的基因特征作为新型分子生物标志物的作用	首次探讨了M2型巨噬细胞在胃癌中的表达与患者生存率的关系，并验证了其在腹膜液中的表达	研究样本量相对较小，且仅基于TCGA数据集进行分析	探讨胃癌中巨噬细胞的基因特征与患者生存率的关系	胃癌患者的肿瘤和腹膜相关巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	341个TCGA胃癌样本及28个胃癌患者的前瞻性收集腹膜液样本
337	2024-08-07	Boosting Clear Cell Renal Carcinoma-Specific Drug Discovery Using a Deep Learning Algorithm and Single-Cell Analysis 2024-Apr-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25074134 PMID:38612943	研究论文	本文利用单细胞转录组测序数据和深度学习算法，针对透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境进行分析，以发现特定的药物化合物	结合深度图神经网络和机器学习算法，从生物活性化合物库中筛选出针对ccRCC的特定化合物	NA	发现针对透明细胞肾细胞癌的特定药物化合物，以改善临床治疗效果	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境及其特定药物化合物	机器学习	肾细胞癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	深度图神经网络	基因表达数据	6名患者的单细胞转录组测序数据
338	2024-08-07	BuDDI: BulkDeconvolution withDomainInvariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.20.549951 PMID:37503097	研究论文	提出了一种名为BuDDI的方法，利用域适应技术整合病例对照的批量数据和参考的单细胞RNA测序观察，以推断细胞类型特异性扰动效应	BuDDI通过学习独立潜在空间，在一个变分自编码器（VAE）中整合至少四种变异性来源，并独立组合每个潜在空间来模拟细胞类型特异性扰动响应	NA	旨在弥合单细胞实验和批量实验之间的差距，通过预测细胞类型特异性扰动效应	细胞类型特异性扰动效应	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	变分自编码器（VAE）	单细胞RNA测序数据	涉及多种复杂实验设计的模拟和真实数据
339	2024-08-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.17.576110 PMID:38328153	研究论文	本文汇总了九种癌症类型的单细胞RNA测序数据集，以研究癌细胞对免疫检查点抑制治疗的反应	该研究整合了不同癌症类型的多个单细胞RNA测序数据集，提供了独特资源以便研究水肿及探索用户友好的界面	该研究整合了有限的样本数量，可能无法代表所有癌症类型的广泛反应	本研究旨在探索癌细胞对免疫检查点抑制治疗的反应	研究对象为174名患者的90270个癌细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	174名患者和90270个癌细胞
340	2024-08-04	CIRI-Deep Enables Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Circular RNAs with Deep Learning 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308115 PMID:38308181	研究论文	本文提出了一种深度学习模型CIRI-deep，用于对环状RNA的转录组分析	CIRI-deep通过深度学习方法，解决了现有单细胞和空间转录组技术对环状RNA分析的局限	目前尚未提供具体的局限性信息	研究环状RNA在不同RNA-seq数据中的调控和分析	使用高达2500万的高置信度环状RNA调控事件的数据集	数字病理学	NA	RNA-seq	深度学习模型	RNA-seq数据	2500万