单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 491 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-05 |
Characterization of macrophages in head and neck squamous cell carcinoma and development of MRG-based risk signature
2024-04-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-60516-6
PMID:38688945
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研究论文 | 本研究探讨了头颈部鳞状细胞癌中的巨噬细胞特征，并开发了基于MRG的风险标志。 | 首次识别了8个具有预后潜力的巨噬细胞相关基因，并构建了预测模型，探讨了它们在HNSCC中的作用。 | 研究可能未考虑到所有可能影响HNSCC预后的因素，样本量和分类可能存在局限性。 | 研究巨噬细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其与疾病预后的关系。 | 头颈部鳞状细胞癌的患者样本及其巨噬细胞特征。 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | scRNA-seq，bulk RNA-seq | Cox回归模型 | 临床数据，基因表达数据 | 包含特定的HNSCC患者数据，样本量在文中未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 322 | 2024-08-05 |
Functional specialization of hippocampal somatostatin-expressing interneurons
2024-Apr-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2306382121
PMID:38640347
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研究论文 | 该文章探讨了海马体中表达生长抑素的GABA能抑制神经元的功能特化。 | 该研究为功能性不同的海马CA1抑制神经元亚群提供了一种新的识别和访问方法，揭示了它们在功能上的多样性。 | 该研究未完全解决神经元的具体功能与其转录组特征之间的联系。 | 研究海马抑制神经元的亚群特征及其功能特化。 | 研究对象为海马CA1区的抑制神经元亚群。 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组分析 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 四种小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 323 | 2024-08-04 |
Spatiotemporal transcriptomic changes of human ovarian aging and the regulatory role of FOXP1
2024-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00607-1
PMID:38594460
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研究论文 | 该研究系统性地表征人类卵巢衰老过程中的时空转录组变化 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学的方法，首次揭示了八种卵巢细胞在衰老过程中的时空分子特征 | 本文对衰老机制的理解仍有限，可能需要更多的实验进行验证 | 旨在全面理解人类卵巢衰老过程中的时空转录组变化 | 研究对象为人类卵巢细胞的岁月变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 324 | 2024-08-05 |
Novel Phosphate Transporter-B PvPTB1;1/1;2 Contribute to Efficient Phosphate Uptake and Arsenic Accumulation in As-Hyperaccumulator Pteris vittata
2024-Apr-30, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.3c09335
PMID:38624169
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研究论文 | 本研究揭示了低亲和力磷转运体-B 1家族介导的新型磷/砷运输系统在As-超积累植物中的作用 | 首次在维管植物中识别出两种膜蛋白基因，并确认其在磷摄取和砷积累中的作用 | 未提供关于其他植物转运体的对比分析数据 | 研究磷和砷在As-超积累植物中的摄取机制 | As-超积累植物Pteris vittata及其低亲和力磷转运体-B 1家族 | 植物生理学 | NA | 功能补偿实验和转基因分析 | NA | 基因表达数据和细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2024-08-05 |
Cauchy hyper-graph Laplacian nonnegative matrix factorization for single-cell RNA-sequencing data analysis
2024-Apr-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05797-4
PMID:38684942
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研究论文 | 本文提出了一种Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解方法用于单细胞RNA测序数据分析 | 使用Cauchy损失函数替代传统非负矩阵分解中的欧几里得距离，大大降低噪声影响，并结合超图约束。 | 至于模型的训练和优化过程的复杂性，具体应用于更大规模数据时的表现尚未讨论 | 探讨和改善单细胞数据分析中的聚类准确性 | 七个单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 非负矩阵分解 | Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 七个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-08-05 |
A novel defined programmed cell death related gene signature for predicting the prognosis of serous ovarian cancer
2024-Apr-29, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-024-01419-y
PMID:38685095
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研究论文 | 本研究探讨了差异表达的程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌中的作用及其作为临床预后预测因子的潜力 | 该研究通过单细胞RNA测序鉴定了48个与凋亡信号和氧化应激通路显著相关的差异表达程序性细胞死亡基因，并发现GNA15作为独立预后标志物 | 研究的局限性在于主要依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏差或数据不完整的情况 | 研究旨在探讨程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌异质性中的贡献以及其作为预后标志的潜力 | 研究对象为浆液性卵巢癌患者的细胞和基因数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | Cox模型 | 基因表达数据 | 研究涉及的样本数量未具体说明，主要利用两组大型社会数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-08-05 |
scCompressSA: dual-channel self-attention based deep autoencoder model for single-cell clustering by compressing gene-gene interactions
2024-Apr-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10286-2
PMID:38684946
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研究论文 | 提出了一种基于自注意力的深度自编码器模型scCompressSA，用于单细胞聚类，通过压缩基因间相互作用来增强聚类精度 | 该研究提出的双通道自注意力块能够有效整合拓扑特征，从而提高单细胞聚类的准确性 | 对于RNA测序数据的高随机性仍然是细胞类型检测面临的挑战 | 研究单细胞聚类的分子机制并提高细胞类型的检测精度 | 利用scRNA-seq数据中的基因间相互作用来提取特征进行细胞聚类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度自编码器 | 基因表达数据 | 多个基准scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 328 | 2024-08-04 |
Targeting nucleotide metabolic pathways in colorectal cancer by integrating scRNA-seq, spatial transcriptome, and bulk RNA-seq data
2024-Apr-10, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01356-5
PMID:38594466
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，对结直肠癌中的核苷酸代谢途径进行分析 | 通过不同的实验方法识别出新的结直肠癌治疗靶点ACO1和CPT2，并建立了以核苷酸代谢相关基因为基础的预后模型 | 研究主要依赖于数据分析和体外实验，临床应用需要进一步验证 | 探索结直肠癌中核苷酸代谢的特征及其对预后的影响 | 结直肠癌（CRC）及其相关的核苷酸代谢基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | 风险预后模型 | 基因表达数据 | 涉及多个结直肠癌样本，具体样本量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-08-05 |
Ranking of cell clusters in a single-cell RNA-sequencing analysis framework using prior knowledge
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011550
PMID:38635836
|
研究论文 | 本文提出了一种新的方法，通过结合先验知识和用户经验信息来对单细胞RNA测序中的细胞类型进行排名 | 本研究的创新点在于引入先验知识和药物信息，以增强对细胞类型的排名，这在之前的研究中未曾尝试 | 现有的细胞排名技术存在缺陷和局限性，需要更好的新方法来改善细胞排名 | 旨在改进单细胞RNA测序分析中的细胞类型排名 | 研究的对象为在特定疾病下的单细胞类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2024-08-05 |
T-Cell-Based Platform for Functional Screening of T-Cell Receptors Identified in Single-Cell RNA Sequencing Data Sets of Tumor-Infiltrating T-Cells
2024-Apr-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4972
PMID:38686347
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研究论文 | 本研究展示了一种结合全转录组和T细胞受体测序的有效方法，用以识别肿瘤反应性TCR克隆类型 | 创新点在于建立了一种高效的体外功能检测平台，以筛选大量通过单细胞RNA测序识别的TCR克隆类型 | 最初开发的检测主要针对人源TCR，虽然也成功应用于小鼠源的TCR，但适用性仍需进一步验证 | 研究旨在开发和验证一种高效的TCR功能筛选方法 | 研究对象为从肿瘤浸润的T细胞中隔离出的TCR克隆 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq），全转录组测序 | NA | mRNA | 肿瘤样本和同系小鼠肿瘤模型中衍生的CD8和CD4 T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 331 | 2024-08-05 |
Tumor-associated macrophage subtypes on cancer immunity along with prognostic analysis and SPP1-mediated interactions between tumor cells and macrophages
2024-Apr, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011235
PMID:38648200
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）亚型对癌症免疫和预后的影响 | 研究揭示了TAM的异质性，识别了十一种亚型及其对预后的影响，并发现SPP1通路在TAM亚型之间及与肿瘤细胞之间的关键通信作用 | 对不同癌症类型中TAM的分子特征和临床相关性的系统性研究仍然缺乏 | 系统探索不同癌症类型中TAM的分子特征及其对癌症预后的影响 | 三种不同肿瘤类型的单细胞RNA测序数据，分析巨噬细胞的克隆和分类 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 三种不同肿瘤类型的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2024-08-04 |
Stratification and prognostic evaluation of breast cancer subtypes defined by obesity-associated genes
2024-Apr-27, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-00988-0
PMID:38676834
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研究论文 | 研究探讨与肥胖相关基因定义的乳腺癌亚型的分层与预后评估 | 识别了七个中心基因作为乳腺癌的分子诊断生物标志物，并提出了通过神经网络模型进行有效的诊断 | 七个中心基因作为预后分子标志物表现不佳，生存预测AUC值大多数低于0.5 | 研究肥胖作为乳腺癌风险因素对其机制的影响 | 1226名乳腺癌患者，其被分为BRCA亚型1和亚型2 | 数字病理学 | 乳腺癌 | qRT-PCR，RNA转录组数据分析 | 神经网络模型 | 基因表达数据 | 1226名乳腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2024-08-05 |
Integrative analysis of metabolomics and transcriptomics to uncover biomarkers in sepsis
2024-04-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-59400-0
PMID:38678059
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研究论文 | 利用代谢组学结合RNA测序识别脓毒症患者血液中的生物标志物并发现新的诊断和治疗靶点 | 首次联合应用代谢组学和转录组学，鉴定脓毒症特异性生物标志物和靶基因 | 样本量较小，仅包含16个脓毒症患者和11个系统性炎症反应综合症患者 | 识别脓毒症的生物标志物和潜在靶点 | 脓毒症患者和系统性炎症反应综合症患者的血液样本 | 数字病理学 | 脓毒症 | 液相色谱-质谱联用技术（LC-MS/MS）和RNA测序 | NA | 代谢物和基因数据 | 16个脓毒症患者和11个SIRS患者的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2024-08-05 |
Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer
2024-Apr, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02598-7
PMID:38332180
|
研究论文 | 本文研究了在膀胱癌中，通过化疗和免疫疗法的联合使用促进三级淋巴结构的形成 | 首次系统评估了化疗和免疫疗法对膀胱癌患者免疫反应和淋巴结构成熟的联合效应 | 未提供对其他类型癌症的验证或比较研究 | 探讨其他治疗方式与免疫疗法联合使用以提高膀胱癌患者免疫反应的可能性 | 膀胱癌患者，特别是接受免疫检查点抑制剂治疗的患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | RNA数据 | 包括接受免疫检查点抑制剂和化疗的膀胱癌患者相关样本 | NA | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-08-05 |
Comprehensive Analysis of a Dendritic Cell Marker Genes Signature to Predict Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2024-Apr-29, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000521
PMID:38679823
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研究论文 | 这项研究构建了一种新的树突状细胞标记基因特征，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 提出了一种新的树突细胞标记基因特征，能够独立预测患者预后和免疫治疗效果 | 仅在有限的独立队列中验证了预测能力 | 开发预测肺腺癌预后及其对免疫治疗反应的新方法 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 在训练队列和6个独立队列中涉及到多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-08-05 |
Naive and regulatory B-cell transcription patterns guide the increased risk of papillary thyroid carcinoma in obesity
2024-Apr-28, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France)
DOI:10.14715/cmb/2024.70.4.19
PMID:38678617
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研究论文 | 本文探讨了肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系，分析了B细胞转录模式的影响 | 揭示了肥胖人群中B细胞的转录模式与乳头状甲状腺癌风险增加之间的关联 | 尚未明确肥胖相关脂肪因子的具体调控机制 | 探讨肥胖如何增加乳头状甲状腺癌的风险及其相关机制 | 研究肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系及相关B细胞转录模式 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA序列数据 | 从GEO数据库下载的肥胖和健康人群的皮下脂肪组织RNA序列数据，以及乳头状甲状腺癌的肿瘤组织数据 | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2024-08-04 |
Comprehensiveness cuproptosis related genes study for prognosis and medication sensitiveness across cancers, and validation in prostate cancer
2024-04-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-57303-8
PMID:38671021
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研究论文 | 本研究对铜死亡相关基因（CRGs）在多种癌症中的作用进行了全面调查 | 揭示了CRGs在不同癌症中的预后价值和药物敏感性关联，建立了前列腺癌的预后特征 | 研究中关于CRGs功能的机制仍然模糊，可能需要更多的实验来验证 | 探讨CRGs在各种癌症中的作用及其在前列腺癌中的验证 | 参与分析的26种癌症及前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 26种癌症中的多种样本，以及前列腺癌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-08-05 |
Short-Term Dietary Restriction Potentiates an Anti-Inflammatory Circulating Mucosal-Associated Invariant T-Cell Response
2024-Apr-22, Nutrients
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/nu16081245
PMID:38674935
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研究论文 | 这篇文章探讨了短期饮食限制对抗炎症的循环粘膜相关不变T细胞反应的影响 | 本研究通过单细胞RNA测序解析了短期蛋白-卡路里饮食限制下MAIT细胞的转录组反应，并揭示了与肠道微生物种类变化的关系 | 对短期饮食限制及其对全身免疫影响的理解仍然不足，研究样本仅限于健康志愿者 | 研究短期饮食限制在调节术后炎症中的潜在作用 | 健康志愿者的PBMCs和粪便样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 血液和粪便样本 | 健康志愿者4名，进行为期4天的饮食限制 | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-08-05 |
PPARγ attenuates cellular senescence of alveolar macrophages in asthma-COPD overlap
2024-Apr-20, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02790-6
PMID:38643159
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研究论文 | 本研究探讨了PPARγ在哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中的作用。 | 首次揭示了PPARγ在调节与细胞衰老相关的巨噬细胞特征中的重要作用。 | 本研究主要基于公共数据集，临床验证尚需进行。 | 研究PPARγ如何影响哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中巨噬细胞的衰老。 | 主要关注于哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症患者的肺部单核细胞/巨噬细胞。 | 数字病理学 | 哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA-Seq、CyTOF | NA | RNA，细胞数据 | 通过公共数据集及独立队列研究得到的BALF样本数据 | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-08-05 |
Exploring MiR-484 Regulation by Polyalthia longifolia: A Promising Biomarker and Therapeutic Target in Cervical Cancer through Integrated Bioinformatics and an In Vitro Analysis
2024-Apr-19, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12040909
PMID:38672263
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学和体外分析探讨了MiR-484在宫颈癌中的作用 | 研究首次揭示了MiR-484在宫颈癌中的预后价值和作为治疗靶点的潜力 | 未在临床样本中进行验证 | 探索MiR-484作为宫颈癌的生物标志物和治疗靶点的可能性 | 宫颈癌细胞和相关的生物信息学数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | qRT-PCR和单细胞RNA测序 | 多元Cox回归模型 | 基因表达数据 | 涉及多种癌症样本和宫颈癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |