单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-04	Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders 2024-Apr-20, ArXiv PMID:37744467	研究论文	本文研究了多变量广义线性模型中存在的未测量混杂因素对大规模假设检验的影响	提出了一种统一的统计估计和推断框架，利用正交结构和线性投影应对混杂效应	未测量混杂因素的性质可能影响结果的普适性	解决基因组研究中的大规模假设检验问题	针对基因组研究中同时进行的假设检验	统计学	NA	Lasso型优化	广义线性模型	RNA测序计数	两个样本组的单细胞RNA测序计数
302	2024-08-04	scMoresDB: A comprehensive database of single-cell multi-omics data for human respiratory system 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109567 PMID:38617561	研究论文	本研究介绍了一个针对人类呼吸系统的单细胞多组学数据库平台 scMoresDB	scMoresDB 提供了一个用户友好的界面，具有跨组学搜索能力和交互式可视化工具	NA	创建一个方便的数据共享和综合分析的平台，专注于人类呼吸系统的单细胞多组学数据	人类呼吸系统相关的单细胞多组学数据	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞测序	NA	多组学数据	NA
303	2024-08-04	[Dynamic trajectory and cell communication of different cell clusters in malignant progression of glioblastoma] 2024-Apr-18, Beijing da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Peking University. Health sciences PMID:38595234	研究论文	本研究深入探讨了胶质母细胞瘤恶性进展过程中的细胞亚群以及免疫细胞亚群之间的通信网络	该研究结合单细胞测序和临床信息，提供了对胶质母细胞瘤动态演变及潜在生物标志物的新见解	本研究未提及样本的地区或具体实验方法的局限性	探讨胶质母细胞瘤恶性进展中的细胞动态和识别关键风险生物标志物	胶质母细胞瘤患者的细胞亚群及免疫细胞亚群	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序	NA	细胞数据	27,151个细胞，包括低级别胶质瘤患者的3,881个细胞、新诊断胶质母细胞瘤患者的10,166个细胞以及复发胶质瘤患者的13,104个细胞
304	2024-08-04	Spatial and single-cell explorations uncover prognostic significance and immunological functions of mitochondrial calcium uniporter in breast cancer 2024-Apr-17, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03327-z PMID:38632642	研究论文	本研究探讨了线粒体钙单元蛋白（MCU）在乳腺癌中的预后意义和免疫功能	本研究首次将MCU作为乳腺癌的独立诊断生物标志物，并揭示其与临床状态和总体生存率的相关性	该研究的限制在于基于公共数据集，需进一步验证多个独立样本	研究MCU在乳腺癌临床病理、肿瘤免疫微环境及精准肿瘤学中的潜在作用	分析乳腺癌患者样本中MCU的表达与临床病理特征及预后的关系	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	基因数据和生物信息学数据	59名乳腺癌患者样本
305	2024-08-04	Single-cell transcriptomics dissects the transcriptome alterations of hematopoietic stem cells in myelodysplastic neoplasms 2024-Apr-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05165-z PMID:38632656	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了骨髓增生异常综合症(MDS)患者造血干细胞的转录组变化	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了PLCB1在MDS转化为急性髓性白血病(AML)过程中的关键作用	未详细探讨其他可能影响MDS患者转化的分子机制	研究MDS患者造血干细胞转录组变化及其向急性白血病转化的机制	MDS患者的造血干细胞和祖细胞	数字病理学	骨髓增生异常综合症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	MDS患者的造血干细胞数据
306	2024-08-04	High-altitude hypoxia exposure inhibits erythrophagocytosis by inducing macrophage ferroptosis in the spleen 2024-Apr-17, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87496 PMID:38629942	研究论文	该研究探讨了高海拔缺氧通过诱导脾脏巨噬细胞铁死亡抑制红细胞吞噬作用的机制	揭示了高海拔缺氧导致脾脏巨噬细胞铁死亡进而影响红细胞清除的机制	研究主要在小鼠模型中进行，可能无法完全反映人类的情况	研究高海拔多血症的机制及其影响	小鼠模型和体外脾脏巨噬细胞	数字病理学	高海拔多血症	单细胞测序	小鼠模型	生物样本	小鼠和人类外周血单核细胞
307	2024-08-07	Characterization of gene regulatory networks underlying key properties in human hematopoietic stem cell ontogeny 2024-Apr-17, Cell regeneration (London, England) DOI:10.1186/s13619-024-00192-z PMID:38630195	研究论文	本研究分析了不同发育阶段人源造血干细胞/祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组，并生成了与造血干细胞关键特性相关的高度共调控基因调控网络（GRNs）模块。	首次识别了控制淋巴潜能、自我更新及有氧呼吸等关键特性的基因调控网络和关键调控因子，并展示了这些调控因子在体外促进造血干细胞功能的能力。	NA	揭示造血干细胞发育过程中特性变化的内在机制，并为体外生成功能齐全的造血干细胞提供指导。	人源造血干细胞/祖细胞（HSPCs）在不同发育阶段的单细胞转录组。	基因调控	NA	单细胞转录组分析	基因调控网络（GRNs）	转录组数据	包括卵黄囊（YS）、AGM、胎肝（FL）、脐带血（UCB）和成人外周血动员的HSPCs等多个发育阶段的样本。
308	2024-08-07	Improvement of immune dysregulation in individuals with long COVID at 24-months following SARS-CoV-2 infection 2024-Apr-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47720-8 PMID:38632311	研究论文	本研究探讨了轻至中度长期COVID（LC）患者与年龄和性别匹配的恢复期COVID-19对照组（MC）在24个月内的体液和细胞免疫反应及与健康相关的生活质量指标	发现LC参与者在3个月时IgG水平升高，中和能力增强，以及特定CD4 T细胞和PD-1、TIM-3表达增加，但这些差异在24个月时不持续	研究仅关注了特定免疫标志物和细胞类型，未全面评估所有免疫相关指标	研究长期COVID患者的免疫反应及其与健康相关的生活质量随时间的变化	长期COVID患者和恢复期COVID-19患者的免疫反应和生活质量	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	LC和MC参与者
309	2024-08-04	Integration of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq data to construct and validate a cancer-associated fibroblast-related prognostic signature for patients with ovarian cancer 2024-Apr-16, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01399-z PMID:38627854	研究论文	建立了基于癌症相关成纤维细胞的卵巢癌预后风险特征	开发了一种基于CAF的风险特征，可以准确预测卵巢癌患者的预后	NA	基于癌症相关成纤维细胞建立卵巢癌患者的预后风险轮廓	卵巢癌患者的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	卵巢癌	RNA-seq	Lasso回归	基因表达数据	使用了来自GEO和TCGA数据库的数据
310	2024-08-07	Single cell analysis unveils B cell-dominated immune subtypes in HNSCC for enhanced prognostic and therapeutic stratification 2024-Apr-16, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00292-1 PMID:38622125	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，揭示了头颈鳞状细胞癌中B细胞主导的免疫亚型，并探讨了其在预后和治疗分层中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了肿瘤浸润B细胞在头颈鳞状细胞癌免疫微环境中的作用，并开发了基于B细胞的预后模型	研究主要基于公开数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证	探讨肿瘤浸润B细胞在头颈鳞状细胞癌中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响	头颈鳞状细胞癌患者的肿瘤浸润B细胞及其基因表达模式	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确
311	2024-08-07	Pan-cancer transcriptional atlas of minimal residual disease links DUSP1 to chemotherapy persistence 2024-Apr-16, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00509-3 PMID:38627863	研究论文	本研究首次全面分析了多种癌症类型中的最小残留病（MRD），并揭示了DUSP1基因在MRD中的重要作用	首次全面分析了跨多种癌症类型的MRD，并发现了DUSP1基因在MRD中的广泛和显著富集	NA	全面理解化疗引起的改变，并识别预防和消除MRD的潜在靶点	多种癌症类型的最小残留病（MRD）	数字病理学	泛癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	包括大量和单细胞RNA测序数据
312	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals activation of endothelial cell and identifies LHPP as a potential target in ulcerative colitis 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e29163 PMID:38601522	研究论文	本研究探讨了单细胞转录组学在溃疡性结肠炎中的应用，并识别LHPP作为潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术揭示LHPP在溃疡性结肠炎中表达的显著下调及其与STAT3表达水平的反向相关	本研究没有涉及LHPP在溃疡性结肠炎患者治疗中实际应用的实验验证	研究溃疡性结肠炎病理中的细胞动态和分子机制	从溃疡性结肠炎患者中分析的单细胞RNA测序数据	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	研究涉及的样本数量和类型未明确说明
313	2024-08-04	Cathepsin L promotes oesophageal squamous cell carcinoma development and may be associated with tumour-associated macrophages 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e29273 PMID:38601581	研究论文	这篇文章探讨了Cathepsin L（CTSL）在食管鳞状细胞癌（ESCC）发展中的作用及其与肿瘤相关巨噬细胞的关系	本研究首次揭示了CTSL与食管鳞状细胞癌的关系，并确认其在免疫微环境中的重要性，特别是与M2型巨噬细胞的相互作用	尚未明确CTSL作为肿瘤基因在食管鳞状细胞癌中的确切机制	探索CTSL在食管鳞状细胞癌发展中的作用及其与免疫细胞的相互作用	研究对象包括CTSL表达与食管鳞状细胞癌的相关性及其在不同细胞类型中的表现	数字病理学	食管癌	全基因组关联研究（GWAS），单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据，生物信息数据	使用了多种数据来源，如GEO，TCGA和GEPIA的数据，具体样本数量未注明
314	2024-08-04	Exploring the immune-inflammatory mechanism of Maxing Shigan Decoction in treating influenza virus A-induced pneumonia based on an integrated strategy of single-cell transcriptomics and systems biology 2024-Apr-15, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01777-9 PMID:38622728	研究论文	本文探讨了麻杏石甘汤在治疗流感病毒A诱导的肺炎中的免疫-炎症机制	研究首次结合单细胞转录组学和系统生物学方法，揭示了麻杏石甘汤的作用机制	研究仅在小鼠模型中进行，临床应用需要进一步验证	探究麻杏石甘汤对流感A病毒肺炎的免疫-炎症作用机制	以流感A病毒肺炎小鼠模型为研究对象	数字病理学	流感肺炎	转录组学、实时荧光定量PCR（RT-PCR）、肠道微生物组和代谢组学	小鼠模型	生物样本数据	小鼠模型数量未明确提及
315	2024-08-04	Multi-omics and immunogenomics analysis revealed PFKFB3 as a targetable hallmark and mediates sunitinib resistance in papillary renal cell carcinoma: in silico study with laboratory verification 2024-Apr-15, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-024-01808-5 PMID:38622715	研究论文	本研究揭示了PFKFB3作为靶点性特征，并在乳头状肾细胞癌中介导舒尼替尼耐药	构建和验证了糖酵解-免疫预测特征，并识别PFKFB3作为关键的糖酵解调节因子	实验主要集中在体外实验，缺乏大规模临床验证	探索糖酵解特征在乳头状肾细胞癌中的作用及其与免疫的关系	乳头状肾细胞癌患者及其肿瘤样本	数字病理	肾癌	qRT-PCR, siRNA技术, 单细胞RNA-seq	NA	生物样本	NA
316	2024-08-07	Interferon-α stimulates DExH-box helicase 58 to prevent hepatocyte ferroptosis 2024-Apr-15, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00524-9 PMID:38622688	研究论文	本研究探讨了干扰素-α通过刺激DExH-box解旋酶58（DHX58）来预防肝细胞铁死亡的机制	首次揭示了DHX58在肝缺血/再灌注损伤中通过促进m6A修饰的Gpx4 mRNA翻译来预防肝细胞铁死亡的作用	研究主要基于小鼠模型，临床应用的直接证据尚需进一步验证	探讨干扰素-α在肝缺血/再灌注损伤中通过DHX58预防肝细胞铁死亡的机制	肝细胞铁死亡在肝缺血/再灌注损伤中的调控机制	NA	肝病	转录组分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA免疫沉淀测序（RIP-seq）和免疫沉淀质谱（IP-MS）	NA	RNA	构建了肝细胞特异性Dhx58敲除小鼠，并进行了部分肝缺血/再灌注操作
317	2024-08-07	Identification of the role of DAB2 and CXCL8 in uterine spiral artery remodeling in early-onset preeclampsia 2024-Apr-13, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05212-4 PMID:38613672	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了来自早期发病子痫前期患者及其对照组的整个胎盘组织，鉴定了DAB2作为关键基因，并探索了通过细胞模型和胎盘-蜕膜共培养模型在体外研究外胚层滋养细胞与蜕膜血管平滑肌细胞之间的通信机制	首次揭示了DAB2在早期发病子痫前期中调控子宫螺旋动脉重塑的关键作用，并发现了CXCL8/PI3K/AKT通路在此过程中的重要性	研究主要基于体外模型，需要进一步的体内实验验证	探讨早期发病子痫前期中子宫螺旋动脉异常重塑的分子机制	子宫螺旋动脉、外胚层滋养细胞和蜕膜血管平滑肌细胞	NA	早期发病子痫前期	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自早期发病子痫前期患者及其对照组的整个胎盘组织
318	2024-08-07	Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues 2024-Apr-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03227-x PMID:38615064	研究论文	本研究对小鼠胎儿和成年期的卵巢网及其周围组织的批量和单细胞转录组数据进行了分析	首次对卵巢网的三个区域进行转录组分析，并使用Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠品系进行严格验证	NA	揭示卵巢网在卵巢稳态和生理变化响应中的作用	小鼠胎儿和成年期的卵巢网及其周围组织	NA	NA	转录组分析	NA	转录组数据	使用Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠品系进行研究
319	2024-08-04	Single-B cell analysis correlates high-lactate secretion with stress and increased apoptosis 2024-04-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-58868-0 PMID:38605071	研究论文	该研究通过单细胞转录组学分析了B细胞代谢与功能之间的关系	提出了一种直接的并行测量个体小鼠B细胞功能和代谢通量的技术	未能显示抗体分泌与乳酸分泌速率之间的相关性	研究B细胞的代谢与其功能之间的关系	小鼠的脾脏B细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	小鼠的脾脏B细胞
320	2024-08-04	Split Pool Ligation-based Single-cell Transcriptome sequencing (SPLiT-seq) data processing pipeline comparison 2024-Apr-12, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10285-3 PMID:38609853	研究论文	本研究比较了八种用于处理SPLiT-seq数据的生物信息学管道	提供了对各种处理SPLiT-seq数据的管道的全面比较，帮助用户选择合适的分析工具	对于某些管道在处理大数据集时速度较慢，且某些结果难以解释	比较不同的生物信息学管道在处理SPLiT-seq数据时的性能和功能	八种处理SPLiT-seq数据的生物信息学管道	数字病理学	NA	SPLiT-seq	NA	数据集	八种管道的各类数据集