单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-05	Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer 2024-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02598-7 PMID:38332180	研究论文	本文研究了在膀胱癌中，通过化疗和免疫疗法的联合使用促进三级淋巴结构的形成	首次系统评估了化疗和免疫疗法对膀胱癌患者免疫反应和淋巴结构成熟的联合效应	未提供对其他类型癌症的验证或比较研究	探讨其他治疗方式与免疫疗法联合使用以提高膀胱癌患者免疫反应的可能性	膀胱癌患者，特别是接受免疫检查点抑制剂治疗的患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	RNA数据	包括接受免疫检查点抑制剂和化疗的膀胱癌患者相关样本
282	2024-08-05	Comprehensive Analysis of a Dendritic Cell Marker Genes Signature to Predict Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma 2024-Apr-29, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000521 PMID:38679823	研究论文	这项研究构建了一种新的树突状细胞标记基因特征，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应	提出了一种新的树突细胞标记基因特征，能够独立预测患者预后和免疫治疗效果	仅在有限的独立队列中验证了预测能力	开发预测肺腺癌预后及其对免疫治疗反应的新方法	肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	风险评分模型	基因表达数据	在训练队列和6个独立队列中涉及到多个样本
283	2024-08-05	Naive and regulatory B-cell transcription patterns guide the increased risk of papillary thyroid carcinoma in obesity 2024-Apr-28, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France) DOI:10.14715/cmb/2024.70.4.19 PMID:38678617	研究论文	本文探讨了肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系，分析了B细胞转录模式的影响	揭示了肥胖人群中B细胞的转录模式与乳头状甲状腺癌风险增加之间的关联	尚未明确肥胖相关脂肪因子的具体调控机制	探讨肥胖如何增加乳头状甲状腺癌的风险及其相关机制	研究肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系及相关B细胞转录模式	数字病理学	乳头状甲状腺癌	RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA序列数据	从GEO数据库下载的肥胖和健康人群的皮下脂肪组织RNA序列数据，以及乳头状甲状腺癌的肿瘤组织数据
284	2024-08-04	Comprehensiveness cuproptosis related genes study for prognosis and medication sensitiveness across cancers, and validation in prostate cancer 2024-04-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57303-8 PMID:38671021	研究论文	本研究对铜死亡相关基因（CRGs）在多种癌症中的作用进行了全面调查	揭示了CRGs在不同癌症中的预后价值和药物敏感性关联，建立了前列腺癌的预后特征	研究中关于CRGs功能的机制仍然模糊，可能需要更多的实验来验证	探讨CRGs在各种癌症中的作用及其在前列腺癌中的验证	参与分析的26种癌症及前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	26种癌症中的多种样本，以及前列腺癌细胞
285	2024-08-05	Short-Term Dietary Restriction Potentiates an Anti-Inflammatory Circulating Mucosal-Associated Invariant T-Cell Response 2024-Apr-22, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu16081245 PMID:38674935	研究论文	这篇文章探讨了短期饮食限制对抗炎症的循环粘膜相关不变T细胞反应的影响	本研究通过单细胞RNA测序解析了短期蛋白-卡路里饮食限制下MAIT细胞的转录组反应，并揭示了与肠道微生物种类变化的关系	对短期饮食限制及其对全身免疫影响的理解仍然不足，研究样本仅限于健康志愿者	研究短期饮食限制在调节术后炎症中的潜在作用	健康志愿者的PBMCs和粪便样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	血液和粪便样本	健康志愿者4名，进行为期4天的饮食限制
286	2024-08-05	PPARγ attenuates cellular senescence of alveolar macrophages in asthma-COPD overlap 2024-Apr-20, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02790-6 PMID:38643159	研究论文	本研究探讨了PPARγ在哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中的作用。	首次揭示了PPARγ在调节与细胞衰老相关的巨噬细胞特征中的重要作用。	本研究主要基于公共数据集，临床验证尚需进行。	研究PPARγ如何影响哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中巨噬细胞的衰老。	主要关注于哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症患者的肺部单核细胞/巨噬细胞。	数字病理学	哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA-Seq、CyTOF	NA	RNA，细胞数据	通过公共数据集及独立队列研究得到的BALF样本数据
287	2024-08-05	Exploring MiR-484 Regulation by Polyalthia longifolia: A Promising Biomarker and Therapeutic Target in Cervical Cancer through Integrated Bioinformatics and an In Vitro Analysis 2024-Apr-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12040909 PMID:38672263	研究论文	本研究通过综合生物信息学和体外分析探讨了MiR-484在宫颈癌中的作用	研究首次揭示了MiR-484在宫颈癌中的预后价值和作为治疗靶点的潜力	未在临床样本中进行验证	探索MiR-484作为宫颈癌的生物标志物和治疗靶点的可能性	宫颈癌细胞和相关的生物信息学数据	数字病理学	宫颈癌	qRT-PCR和单细胞RNA测序	多元Cox回归模型	基因表达数据	涉及多种癌症样本和宫颈癌细胞系
288	2024-08-05	Evolutionary and developmental specialization of foveal cell types in the marmoset 2024-Apr-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2313820121 PMID:38598343	研究论文	本文探讨了狨猴中心凹细胞类型的进化与发育特化	研究揭示了狨猴以及其他灵长类的中心凹细胞类型的保守细胞结构，并发现了不同区域细胞类型的独特发育轨迹	研究对象仅限于狨猴，可能无法完全代表其他灵长类动物的情况	探索中心凹的发育、结构和进化	普通狨猴的视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	包括新生儿和成人狨猴的视网膜细胞
289	2024-08-04	Renal Endothelial Single-Cell Transcriptomics Reveals Spatiotemporal Regulation and Divergent Roles of Differential Gene Transcription and Alternative Splicing in Murine Diabetic Nephropathy 2024-Apr-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25084320 PMID:38673910	研究论文	该研究揭示了与糖尿病肾病进展相关的基因转录和选择性剪接的时空调控	通过单细胞转录组学方法识别了不同内皮细胞表型及其在疾病进展中的不同作用	研究仅使用了小鼠模型，可能无法完全代表人类疾病	探索糖尿病肾病中内皮细胞的异质性及其分子机制	来自糖尿病小鼠和非糖尿病同窝小鼠的肾脏内皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	SmartSeq2单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	5464个内皮细胞
290	2024-08-05	Cellular senescence and metabolic reprogramming model based on bulk/single-cell RNA sequencing reveals PTGER4 as a therapeutic target for ccRCC 2024-Apr-11, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12234-5 PMID:38605343	研究论文	本研究建立了一个基于RNA测序的细胞衰老与代谢重编程模型，并提出了PTGER4作为治疗ccRCC的靶点。	首次系统性探讨了与衰老相关的代谢过程变更与ccRCC之间的关系，并开发了一个新模型SeMRM以预测患者的生存率。	本研究可能受限于数据集的偏差及其适用性，且缺乏长期跟踪数据验证。	研究细胞衰老和代谢重编程在ccRCC中的作用，探讨其潜在的治疗靶点。	以ccRCC患者为对象，研究其代谢活动、免疫微环境及治疗反应等。	数字病理学	肾癌	RNA测序	风险评分模型 (SeMRM)	基因组数据，临床信息	使用了两个ccRCC数据集和一个单细胞数据集，具体样本量未明确说明
291	2024-08-05	Immune Characteristic Genes and Neutrophil Immune Transformation Studies in Severe COVID-19 2024-Apr-04, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms12040737 PMID:38674681	研究论文	本研究识别了六个与 COVID-19 重症相关的免疫特征基因，并探讨了中性粒细胞在重症中的免疫转化。	本研究首次确定了 COVID-19 重症的免疫特征基因和关键免疫细胞，以及中性粒细胞的转变机制。	本研究的免疫特征基因和细胞机制尚需在更大规模的研究中验证。	探讨 COVID-19 重症的免疫病理特征及中性粒细胞的免疫转化过程。	研究对象为 COVID-19 重症患者外周血和支气管肺泡灌洗液中的细胞。	数字病理学	COVID-19	mRNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	来自 COVID-19 患者的外周血和支气管肺泡灌洗液样本
292	2024-08-04	GTADC: A Graph-Based Method for Inferring Cell Spatial Distribution in Cancer Tissues 2024-Apr-03, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14040436 PMID:38672453	研究论文	本研究提出了一种基于图的方法GTADC，旨在推断癌症组织中细胞的空间分布。	GTADC通过利用轮廓得分来捕捉细胞类型内具有显著表达差异的基因，相较于传统方法增强了基因选择的准确性。	传统分析方法在处理癌细胞与正常细胞之间的基因表达差异时并不够准确，依赖于统计方法可能无法精确捕捉细胞类型的差异。	研究旨在更深入了解早期癌症，并为早期癌症诊断提供潜在支持。	研究对象为癌症组织中的细胞，特别是识别不同细胞类型的空间组合。	数字病理学	癌症	空间转录组学（ST）和单细胞测序（scRNA-seq）	图神经网络	基因表达数据	NA
293	2024-08-05	Tumor Cell-Derived Complement Component C1r Acts as a Prognostic Biomarker and Promotes Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression 2024-Apr-02, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2904138 PMID:38682192	研究论文	本研究探讨了C1r在食道鳞状细胞癌（ESCC）中的表达模式及其肿瘤促进作用	C1r被发现不仅作为预后生物标志物，还促进了食道鳞状细胞癌的进展	本研究可能未全面揭示C1r其他潜在的肿瘤相关功能	旨在调查C1r在食道鳞状细胞癌中的作用及其相关机制	食道鳞状细胞癌组织、恶性上皮细胞以及培养的ESCC细胞	数字病理学	食道癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Western blotting	无毛小鼠模型	组织样本、细胞培养样本	样本数量未具体提及，涉及ESCC组织、恶性上皮细胞和小鼠实验
294	2024-08-05	Single-cell insights: pioneering an integrated atlas of chromatin accessibility and transcriptomic landscapes in diabetic cardiomyopathy 2024-Apr-25, Cardiovascular diabetology IF:8.5Q1 DOI:10.1186/s12933-024-02233-y PMID:38664790	研究论文	本研究揭示了糖尿病性心肌病中细胞状态和分子变化的复杂性	整合了scRNA-seq和scATAC-seq数据，提供了对糖尿病性心肌病进展的单细胞水平理解	本研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全代表人类情况	深入了解糖尿病性心肌病(DCM)中的细胞状态和分子特征	从WT小鼠和DCM小鼠心脏中提取的单细胞RNA和ATAC数据	数字病理学	糖尿病性心肌病	scRNA-seq和scATAC-seq	NA	单细胞RNA和ATAC数据	从10个小鼠心脏提取的单细胞数据
295	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals the complex cellular niche of pterygium 2024-Apr, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.01.013 PMID:38290663	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了翼状胬肉的复杂细胞环境	首次确定了促进翼状胬肉的新的细胞亚群和细胞间相互作用	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未进行更广泛的临床验证	揭示翼状胬肉的病理机制及潜在治疗靶点	翼状胬肉患者和正常对照的结膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	细胞	45605个细胞来自翼状胬肉患者和正常对照
296	2024-08-04	Pan-cancer analysis implicates novel insights of lactate metabolism into immunotherapy response prediction and survival prognostication 2024-Apr-25, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03042-7 PMID:38664705	研究论文	该文章探讨了乳酸代谢与免疫治疗反应之间的关系及其在癌症预后中的应用	提出了一个与乳酸代谢相关的新标记（LM.SIG），用于预测免疫治疗反应和生存预后	研究依赖于公开的转录组数据，可能存在样本选择偏差	揭示乳酸代谢对免疫治疗反应的影响并预测癌症患者的生存状况	分析接受免疫治疗的癌症患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	40个泛癌症单细胞RNA测序队列和8个免疫治疗转录组队列以及30个TCGA数据集
297	2024-08-05	Loss of Y in regulatory T lymphocytes in the tumor micro-environment of primary colorectal cancers and liver metastases 2024-04-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60049-y PMID:38658633	研究论文	该文章研究了原发性结直肠癌和肝转移癌的肿瘤微环境中调节性T淋巴细胞Y染色体缺失的频率和功能影响	首次探讨了肿瘤微环境中浸润性白血球中的Y染色体缺失与结直肠癌的关系	目前仅关注了调节性T淋巴细胞，未能探讨其他类型淋巴细胞的影响	研究肿瘤微环境中Y染色体缺失在结直肠癌发生中的作用	研究对象为血液、肿瘤微环境和非肿瘤组织中的细胞	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq	NA	细胞	在肿瘤微环境中调节性T淋巴细胞的Y染色体缺失频率为22%
298	2024-08-04	Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing reveals the alterations in epithelial cells during nodular formation in benign prostatic hyperplasia 2024-Apr-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05212-9 PMID:38654277	研究论文	本研究揭示了良性前列腺肥大（BPH）中上皮细胞在结节形成过程中的变化	研究首次识别了BE5这一基底上皮细胞亚组，并探讨了其在缺氧诱导的上皮-间充质转化过程中的重要作用	技术限制影响了在BPH患者体内进行深入研究	探究良性前列腺肥大中结节形成过程中上皮细胞的变化机制	良性前列腺肥大患者的上皮细胞	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	生物组织样本	NA
299	2024-08-05	An autophagy program that promotes T cell egress from the lymph node controls responses to immune checkpoint blockade 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114020 PMID:38554280	研究论文	本文研究了淋巴结中淋巴内皮细胞如何通过自噬程序促进T细胞从淋巴结的离开。	首次系统阐明了淋巴内皮细胞如何调控T细胞动态及其在肿瘤免疫检查点治疗中的作用	缺乏在不同免疫监视环境下的系统比较分析	探讨淋巴内皮细胞自噬在调控T细胞动态和免疫治疗反应中的角色	主要研究淋巴结中的淋巴内皮细胞及其对T细胞行为的影响	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序和活体成像	NA	生物学数据, RNA测序数据	肿瘤引流淋巴结的样本
300	2024-08-05	Stem cell-derived vessels-on-chip for cardiovascular disease modeling 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114008 PMID:38536819	研究论文	本文构建了一个基于人类干细胞衍生内皮细胞的微流控血管芯片平台，以模拟心血管疾病	该研究首次实现了干细胞衍生内皮细胞的成熟，包括屏障形成、动脉调节和在重力驱动流动下的高水平一氧化氮合成	在流动条件下的研究中涉及的样本体积和细胞数量较低	研究旨在更好地理解血管功能障碍并指导临床治疗	研究对象为人类多能干细胞衍生的内皮细胞，主要用于模拟动脉粥样硬化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、质谱蛋白组学、高分辨率成像	微流控芯片	细胞、蛋白质组	低样本体积和细胞数量的样本