单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-05	Unravelling immune microenvironment features underlying tumor progression in the single-cell era 2024-Apr-22, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03335-z PMID:38649887	综述	本综述探讨了单细胞RNA测序(SC-RNA-seq)在肿瘤免疫微环境(TIME)特征解析中的重要性。	强调了SC-RNA-seq在肿瘤发生和进展中揭示TIME细胞和分子变化的新颖性。	未具体提及传统测序方法的局限性细节。	阐明免疫细胞与肿瘤发生和进展之间的关系。	肿瘤免疫微环境中细胞异质性的变化。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
282	2024-08-04	Dysregulation of CD4+ and CD8+ resident memory T, myeloid, and stromal cells in steroid-experienced, checkpoint inhibitor colitis 2024-Apr-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008628 PMID:38642938	研究论文	本研究揭示了使用检查点抑制剂引起的结肠炎中CD4+和CD8+记忆T细胞及内皮细胞的异常调节情况	本研究首次应用多重单细胞转录组学和蛋白质组学技术识别了特定的细胞群体，并探索了其在类固醇经历下的致病潜力	研究主要集中在类固醇经历的CPI结肠炎患者，可能不适用于类固醇未经历的患者群体	探索类固醇经历患者中检查点抑制剂结肠炎机制的细胞参与	类固醇经历的检查点抑制剂结肠炎患者的结肠活检和血液样本	数字病理学	结肠炎	多重单细胞转录组学和蛋白质组学	NA	活检样本和血液样本	主要来自类固醇经历的CPI结肠炎患者的样本
283	2024-08-05	Single-cell transcriptome atlas in C57BL/6 mice encodes morphological phenotypes in the aging kidneys 2024-Apr-19, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03514-0 PMID:38641839	研究论文	本研究提供了C57BL/6小鼠在不同发育阶段的肾脏形态和单细胞转录组图谱的综合数据。	提供了关于C57BL/6小鼠肾脏在整个发育阶段的详细形态学和单细胞转录组参考标准，有助于生物研究的进一步扩展。	缺乏对其他小鼠品系或其它管理条件下的肾脏形态及转录组的比较研究。	探究C57BL/6小鼠肾脏在不同发育阶段的形态变化及其单细胞转录组。	C57BL/6小鼠的肾脏在胚胎到老化过程中的各个阶段。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	肾脏组织数据	8组，每组5-6只小鼠
284	2024-08-05	Membrane to cortex attachment determines different mechanical phenotypes in LGR5+ and LGR5- colorectal cancer cells 2024-Apr-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47227-2 PMID:38637494	研究论文	本文研究了LGR5+和LGR5-结直肠癌细胞在机械性状上的差异	揭示了LGR5+细胞与LGR5-细胞在机械属性上的显著差异及其对转移的潜在影响	对不同细胞群体在转移过程中的具体机制尚未深入探讨	探讨结直肠癌细胞群体的机械性状如何影响其转移能力	分析LGR5+和LGR5-结直肠癌细胞的机械性能和生物学特性	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	来自患者队列的结直肠癌源性类器官样本
285	2024-08-04	Epigenetic dysregulation in Alzheimer's disease peripheral immunity 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.013 PMID:38340719	研究论文	这篇文章研究了阿尔茨海默病外周免疫系统中的表观遗传失调。	文章揭示了阿尔茨海默病外周免疫细胞中开放染色质的显著增加，并识别了新的与疾病相关的调控元件和转录因子结合位点	缺乏对阿尔茨海默病外周免疫系统的全面研究，可能影响结果的普遍性	探讨阿尔茨海默病外周免疫系统中的表观遗传和转录变化	外周免疫细胞，尤其是CD8 T细胞和单核细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞测序，包括转座酶可接近的染色质检测和RNA测序	NA	基因组数据	NA
286	2024-08-04	Identification of cells of leukemic stem cell origin with non-canonical regenerative properties 2024-Apr-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101485 PMID:38582086	研究论文	本研究揭示了一种来源于白血病干细胞但具有非典型再生特性的细胞群体	首次识别出具有促进或抑制白血病再生功能的 AML 再生富集细胞（RECs）	尚不清楚 RECs 在白血病复发中的具体机制	研究化疗后的急性髓性白血病（AML）细胞群体的特征和功能	焦点集中在来源于白血病干细胞的 AML 再生富集细胞（RECs）	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞转录组测序和空间转录组学	NA	生物样本数据	AML 患者的骨髓样本（具体样本数量未说明）
287	2024-08-05	Multicellular ecotypes shape progression of lung adenocarcinoma from ground-glass opacity toward advanced stages 2024-Apr-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101489 PMID:38554705	研究论文	本文分析了58例肺腺癌患者，以阐明不同临床影像表现之间的异质性	识别了六种肺多细胞生态型（LME），并揭示了其与放射学模式及癌细胞状态的关联	当前对这种异质性的理解仍然有限	探讨肺腺癌的临床放射学表现及其生物特征的异质性	58例肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，全外显子组测序，机器学习	NA	基因组数据	58例肺腺癌患者
288	2024-08-05	Establishment of a cholangiocarcinoma risk evaluation model based on mucin expression levels 2024-Apr-15, World journal of gastrointestinal oncology IF:2.5Q3 DOI:10.4251/wjgo.v16.i4.1344 PMID:38660669	研究论文	本研究建立了一个基于粘蛋白表达水平的胆管癌风险评估模型	首次系统性探讨了粘蛋白在胆管癌进展及预后中的作用，建立了风险评估公式	尚未完全理解粘蛋白家族如何影响胆管癌的进展和预后	研究粘蛋白在胆管癌进展中的作用并建立风险评估模型	14个胆管癌样本的单细胞RNA测序数据	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，免疫组化	LASSO回归	RNA数据	14个胆管癌样本
289	2024-08-05	Identification of receptors and factors associated with human coronaviruses in the oral cavity using single-cell RNA sequencing 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28280 PMID:38560173	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术识别了与人类冠状病毒在口腔中相关的受体和因素	本研究整合了多个口腔组织的单细胞RNA测序数据，识别了特定细胞簇及SARS-CoV-2和与冠状病毒相关的受体的表达模式	SCARFs在其他口腔部位的表达模式相对复杂，可能仅与SARS-CoV-2感染特定相关	探究四种人类冠状病毒在口腔中的感染机制和靶细胞特征	本研究对象为七种人类口腔组织中的单细胞数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	七种人类口腔组织的单细胞数据
290	2024-08-04	Staphylococcus aureus induces drug resistance in cancer T cells in Sézary syndrome 2024-Apr-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021671 PMID:38170178	研究论文	本研究报告了金黄色葡萄球菌及其肠毒素在Sézary综合症患者的恶性T细胞中诱导耐药性	首次揭示了金黄色葡萄球菌肠毒素诱导的抗药机制及其在Sézary综合症中的影响	本研究未涉及多种其他类型的细菌或影响因素	探索金黄色葡萄球菌诱导的药物耐受机制及其在SE综合症中的作用	对来自Sézary综合症患者的恶性T细胞进行研究	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞测序	NA	细胞样本	来自Sézary综合症患者的多个原代恶性T细胞样本
291	2024-08-04	Spatial motifs reveal patterns in cellular architecture of complex tissues 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588586 PMID:38645046	研究论文	空间组织对保证组织的生理功能和癌症等病理状态至关重要	提出了一种新方法，通过空间邻域图检测细胞类型的空间模式	未提及该方法在其他组织类型或更复杂条件下的适用性	旨在识别细胞类型之间的更高阶关联，以理解复杂组织的发育和功能	主要研究小鼠视网膜双极细胞和下丘脑前视区域的空间图谱	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	合成数据和空间图谱	使用合成数据进行验证，具体样本量未知
292	2024-08-04	MICROGLIA AGING IN THE HIPPOCAMPUS ADVANCES THROUGH INTERMEDIATE STATES THAT DRIVE INFLAMMATORY ACTIVATION AND COGNITIVE DECLINE 2024-Apr-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.09.588665 PMID:38645176	研究论文	本研究探讨了小鼠海马区微胶质细胞在衰老过程中经历的中间状态及其对炎症激活和认知衰退的影响	揭示了微胶质细胞在衰老过程中经历的中间老化状态，并证明其关联于炎症激活和认知衰退	研究主要集中在小鼠模型中，可能无法完全转化到其他物种	填补微胶质细胞从稳态到功能障碍衰老过程中知识的空白	成年小鼠海马区的微胶质细胞	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	多只成年小鼠样本
293	2024-08-04	Respiratory viral infection promotes the awakening and outgrowth of dormant metastatic breast cancer cells in lungs 2024-Apr-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4210090/v1 PMID:38645169	研究论文	这篇文章探讨了呼吸道病毒感染如何促进潜伏性转移性乳腺癌细胞在肺部的觉醒和扩展	首次揭示呼吸道病毒感染对肺部乳腺癌潜伏细胞表型改变及其扩展的影响	本研究主要基于小鼠模型，临床相关性仍需进一步验证	研究呼吸道病毒感染如何影响潜伏性转移性乳腺癌细胞的活跃性	乳腺癌潜伏转移细胞及其在呼吸道病毒感染下的变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	实验数据	使用了小鼠模型和人类观察数据
294	2024-08-05	Predictive and Prognostic Biomarkers in Patients With Mycosis Fungoides and Sézary Syndrome (BIO-MUSE): Protocol for a Translational Study 2024-Apr-04, JMIR research protocols IF:1.4Q3 DOI:10.2196/55723 PMID:38436589	研究论文	本研究旨在识别与真菌病和塞扎里综合症患者相关的预后生物标志物	首次综合分析血液和皮肤中的免疫细胞及微生物环境，以发现潜在的新预后生物标志物	由于样本数量尚少，可能影响研究结果的普遍适用性和统计学意义	识别与真菌病和塞扎里综合症相关的预后生物标志物	真菌病和塞扎里综合症患者的血液和皮肤样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序，数字空间分析	NA	血液和皮肤样本	正在招募120名真菌病或塞扎里综合症的成年患者以及20名健康志愿者
295	2024-08-04	Quantifying Landscape-Flux via Single-Cell Transcriptomics Uncovers the Underlying Mechanism of Cell Cycle 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308879 PMID:38353329	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示细胞周期的潜在机制	该研究重建了细胞周期的连续向量场，量化了单细胞的动态景观流，并揭示了关键基因在维持细胞周期动力学中扮演的角色	未提及具体的实验验证过程	探讨细胞周期的转录调控机制	单细胞转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
296	2024-08-05	Circulating immune cell landscape and T-cell abnormalities in patients with moyamoya disease 2024-04, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1647 PMID:38566524	研究论文	本研究揭示了与 moya moya 病相关的循环免疫细胞景观和 T 细胞异常	首次全面描绘了 moya moya 病患者的循环免疫细胞的变化及其潜在的免疫失调机制	缺乏对其他人群或地域的比较分析，可能限制研究结果的广泛适用性	探讨 moya moya 病患者中循环免疫细胞及 T 细胞的变化	监测 moya moya 病患者与年龄匹配的健康对照之间的外周血免疫细胞特征	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序、质谱细胞计数、RNA 测序	NA	外周血样本	来源于 moya moya 病患者和健康对照的外周血样本
297	2024-08-05	A single-cell atlas enables mapping of homeostatic cellular shifts in the adult human breast 2024-Apr, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01688-9 PMID:38548988	研究论文	本文利用单细胞RNA测序构建了一个人类乳腺细胞图谱	首次揭示了不同细胞群体在乳腺组织中的动态变化，并指出了与乳腺癌风险相关的免疫细胞特征	研究样本集中在接受过乳腺缩小手术或风险减少切除术的捐赠者，可能影响广泛适用性	研究乳腺细胞在健康状态下的细胞组成及其与乳腺癌风险的关系	来自55名捐赠者的乳腺细胞样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	55名捐赠者，超过800,000个细胞
298	2024-08-04	NIFK, a Potential Prognostic and Immunological Biomarker in Pan-- Cancer Analysis, Significantly Regulates Proliferation and Metastasis of Colorectal Cancer 2024-Apr-24, Recent patents on anti-cancer drug discovery IF:2.5Q3 DOI:10.2174/0115748928295346240406185103 PMID:38659266	研究论文	该研究系统分析了NIFK在全癌种中的表达及其在结直肠癌中的作用	揭示了NIFK在大多数肿瘤中过表达，并显示出显著的预后效能和与免疫特征的相关性	目前缺乏对NIFK在其他癌种的系统分析，如在非结直肠癌中的具体作用	探讨NIFK作为潜在预后和免疫生物标志物在癌症中的作用	研究NIFK在多种癌症中表达、突变及其在结直肠腺癌中的免疫特征	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	基因组数据	通过TCGA进行的大规模分析，具体样本数量未提供
299	2024-08-07	Integrative Analyses of Bulk and Single-Cell RNA Seq Identified the Shared Genes in Acute Respiratory Distress Syndrome and Rheumatoid Arthritis 2024-Apr-24, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01141-6 PMID:38656728	研究论文	本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了急性呼吸窘迫综合征和类风湿性关节炎之间的共享基因	首次通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别了急性呼吸窘迫综合征和类风湿性关节炎之间的共享基因，为未来的临床治疗和实验研究提供了新的理解	NA	通过综合分析批量RNA测序数据和单细胞转录组数据，识别急性呼吸窘迫综合征和类风湿性关节炎之间的潜在共享基因，以促进临床药物发现	急性呼吸窘迫综合征和类风湿性关节炎的共享基因	数字病理学	急性呼吸窘迫综合征，类风湿性关节炎	RNA测序，单细胞RNA测序	随机森林算法，最小绝对收缩和选择算子	基因表达数据	从基因表达 omnibus 数据库获得的批量RNA测序数据集，以及来自ALI小鼠的肺组织样本
300	2024-08-07	Identification of CNKSR1 as a biomarker for "cold" tumor microenvironment in lung adenocarcinoma: An integrative analysis based on a novel workflow 2024-Apr-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e29126 PMID:38628722	研究论文	本研究通过综合分析，将CNKSR1鉴定为免疫冷型肺腺癌的新型潜在生物标志物，并探讨了其在调节T细胞浸润中的作用。	本研究开发了一种新的策略来识别针对免疫冷肿瘤的抗PD1/PD-L1免疫治疗局限性的有希望的生物标志物，并首次将CNKSR1鉴定为免疫冷型肺腺癌的生物标志物。	NA	旨在识别对PD1/PD-L1免疫治疗无反应的肺腺癌患者的新型生物标志物，以扩大治疗选择。	肺腺癌（LUAD）患者的RNA-seq数据和临床样本。	数字病理学	肺腺癌	RNA-seq	机器学习方法	RNA-seq数据	使用了来自TCGA数据库的肺腺癌RNA-seq数据，并在三个独立的bulk数据集和一个scRNA-seq数据集中进行了验证。