单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 490 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-04 |
Pianno: a probabilistic framework automating semantic annotation for spatial transcriptomics
2024-Apr-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47152-4
PMID:38565531
|
研究论文 | 该论文介绍了一个名为Pianno的贝叶斯框架，用于自动化空间转录组的结构语义注释。 | Pianno能够基于标记基因自动进行生物身份注释，显著提高了空间语义注释的准确性。 | 研究中未提及Pianno在特定情况下的有效性或可能的局限性。 | 研究旨在优化空间转录组中生物标识注释的自动化过程。 | 研究的对象包括各种空间转录组数据生成的组织切片。 | 数字病理学 | NA | 贝叶斯框架 | NA | 空间转录组数据 | 多种空间转录组平台生成的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 282 | 2024-08-05 |
Integrating Multi-omics Data for Alzheimer's Disease to Explore Its Biomarkers Via the Hypergraph-Regularized Joint Deep Semi-Non-Negative Matrix Factorization Algorithm
2024-Apr-15, Journal of molecular neuroscience : MN
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12031-024-02211-9
PMID:38619646
|
研究论文 | 本文提出了一种超图正则化联合深度半非负矩阵分解算法，以集成与阿尔茨海默病相关的多组学数据 | 本文的创新点在于提出了一种新算法HR-JDSNMF，通过高阶关联挖掘和多层次数据分解来整合多组学数据 | 尽管该方法优于多种其他算法，但可能仍存在在更大规模的真实世界数据上验证结果的限制 | 本研究旨在探讨阿尔茨海默病的多组学生物标志物 | 研究对象包括与阿尔茨海默病相关的基因组学、转录组学和影像数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 正电子发射断层扫描（PET）、单核苷酸多态性（SNP）、基因表达 | 深度半非负矩阵分解（JDSNMF） | 基因组数据、转录组数据、影像数据 | 实验数据通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）收集，但具体样本大小未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2024-08-04 |
Glutamine metabolism prognostic index predicts tumour microenvironment characteristics and therapeutic efficacy in ovarian cancer
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18198
PMID:38506093
|
研究论文 | 本文探讨了谷氨酰胺代谢在卵巢癌肿瘤微环境特征和治疗效果中的预测作用 | 构建了谷氨酰胺代谢预测指数（GMPI），作为卵巢癌的独立预测因子 | 尚未全面阐明谷氨酰胺代谢在肿瘤微环境中的总体角色 | 研究谷氨酰胺代谢在卵巢癌中的作用及其预测患者预后的能力 | 患者的卵巢癌及其在肿瘤微环境中的特征 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 284 | 2024-08-05 |
Combining bulk and scRNA-seq to explore the molecular mechanisms governing the distinct efferocytosis activities of a macrophage subpopulation in PDAC
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18266
PMID:38501838
|
研究论文 | 本研究探讨了在胰腺导管腺癌（PDAC）中不同巨噬细胞亚群的吞噬活性所涉及的分子机制。 | 首次结合大样本和单细胞RNA测序数据，揭示了PDAC中巨噬细胞亚型在吞噬过程中的活性差异及其转录因子的作用。 | 样本量虽大，但只来自于基因表达公共数据库，缺乏临床数据的交叉验证。 | 分析巨噬细胞亚群在PDAC中的作用，以提高PDAC患者的预后。 | 涉及22,124个细胞的PDAC组织样本，分析其在吞噬过程中的活性及转录因子。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞类型数据 | 8个PDAC组织样本，分析了22,124个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-08-05 |
Exploring the current landscape of single-cell RNA sequencing applications in gastric cancer research
2024-04, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18159
PMID:38494861
|
综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序在胃癌研究中的应用现状 | 研究单细胞RNA测序在揭示肿瘤异质性及识别潜在治疗靶点方面的重要性 | 肿瘤异质性和技术限制仍然是该领域面临的主要障碍 | 探讨单细胞RNA测序对胃癌研究的意义及其优缺点 | 胃癌的细胞群体、稀有细胞及动态转录变化 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-08-05 |
Systematic mapping of TF-mediated cell fate changes by a pooled induction coupled with scRNA-seq and multi-omics approaches
2024-04-25, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277926.123
PMID:38580401
|
研究论文 | 本文介绍了一种新方法iTF-seq，用于识别可以诱导细胞命运改变的转录因子 | 创新点在于引入了iTF-seq方法，能够在单细胞水平上监测转录组变化并识别影响细胞命运的转录因子 | 对多个转录因子在可诱导方式下的命运转换潜力的理解仍然有限 | 探索转录因子介导的细胞命运变化机制 | 小鼠胚胎干细胞 | 数字病理学 | NA | 多组学方法 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-08-07 |
Corrigendum: A statistical learning method for simultaneous copy number estimation and subclone clustering with single-cell sequencing data
2024-Apr-25, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279293.124
PMID:38664005
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveal distinct immune-infiltrating phenotypes and macrophage-tumor interaction axes among different lineages of pituitary neuroendocrine tumors
2024-04-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01325-4
PMID:38658971
|
研究论文 | 本研究揭示了不同垂体神经内分泌肿瘤的免疫细胞浸润表型及巨噬细胞与肿瘤细胞的相互作用轴。 | 首次系统分析并分类了PitNET中的肿瘤免疫微环境亚型及其与肿瘤细胞的独特相互作用。 | 该研究未涉及PitNET以外的其他肿瘤类型，可能限制了结论的广泛适用性。 | 探讨不同类型PitNET中肿瘤及免疫细胞的多样性及其影响。 | 23例PitNET样本以及与之相关的细胞类型和免疫细胞。 | 数字病理学 | 垂体癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），大量RNA测序，空间转录组学，免疫组织化学，量热免疫荧光（QIF） | NA | RNA数据 | 23个PitNET样本和365个大量RNA测序样本 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-08-05 |
Human umbilical cord mesenchymal stem cells promote steroid-induced osteonecrosis of the femoral head repair by improving microvascular endothelial cell function
2024-04-29, Aging
DOI:10.18632/aging.205794
PMID:38696318
|
研究论文 | 本研究探讨了人脐带间充质干细胞对类固醇诱导的股骨头坏死修复的作用及其机制 | 研究显示hUCMSCs通过调节FAK/PI3K/AKT信号通路，促进内皮细胞功能和血管生成 | 本研究的样本主要基于兔模型，临床转化尚需进一步验证 | 研究人脐带间充质干细胞在治疗类固醇诱导的股骨头坏死中的效果及机制 | 研究对象为类固醇诱导的股骨头坏死兔模型及Dexamethasone处理的骨微血管内皮细胞模型 | 数字病理学 | 股骨头坏死 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、组织学数据 | 兔模型和细胞模型 | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-08-04 |
Immune cell senescence and exhaustion promote the occurrence of liver metastasis in colorectal cancer by regulating epithelial-mesenchymal transition
2024-04-26, Aging
DOI:10.18632/aging.205778
PMID:38683136
|
研究论文 | 本研究探讨了衰老和耗竭的免疫细胞如何通过调节上皮-间充质转化促进结直肠癌的肝转移。 | 该研究通过单细胞多组学分析揭示了衰老和耗竭的免疫细胞在结直肠癌肝转移中的分子机制，并构建了相关的调控网络。 | 该研究可能在样本量和研究范围上存在限制，尚需更大规模的验证。 | 研究衰老和耗竭免疫细胞在结直肠癌肝转移中的作用机制。 | 16名转移性结直肠癌患者的原发性结直肠癌及其对应的肝转移组织。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 16名转移性结直肠癌患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing
2024-04-24, Aging
DOI:10.18632/aging.205727
PMID:38663915
|
研究论文 | 本文全面分析了前列腺癌中与巨噬细胞相关的基因及其在肿瘤微环境和免疫疗法中的作用 | 提出了一个基于巨噬细胞相关的8基因风险特征，并鉴定了其在多个外部前列腺癌队列中的有效性 | 当前研究对巨噬细胞在前列腺癌免疫疗法中的作用探讨较少 | 研究巨噬细胞相关基因在前列腺癌中的分子分层、预后及对免疫治疗反应的影响 | 前列腺癌中的巨噬细胞相关基因及其相互作用 | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA测序 | LASSO Cox回归模型 | 单细胞RNA测序和整体RNA测序数据 | 八个外部前列腺癌队列 | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-08-05 |
Biological significance of METTL5 in atherosclerosis: comprehensive analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data
2024-04-24, Aging
DOI:10.18632/aging.205755
PMID:38663914
|
研究论文 | 该研究分析了METTL5在动脉粥样硬化中的生物学意义，结合单细胞和大规模RNA测序数据。 | 首次深入探讨了METTL5在动脉粥样硬化中的作用，并通过不同的方法确定了其在该疾病中的潜在病理机制。 | 本研究仅限于分析公共数据库中的数据，缺乏实际病理验证和临床样本的直接支持。 | 探讨m6A甲基转移酶METTL5在动脉粥样硬化发病机制中的作用。 | 动脉粥样硬化样本及其相关的m6A甲基化基因。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq, qRT-PCR | NA | RNA序列数据 | 使用了动脉粥样硬化样本以及与之对照的健康组织样本的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-08-04 |
An integrated single-cell RNA-seq map of human neuroblastoma tumors and preclinical models uncovers divergent mesenchymal-like gene expression programs
2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.13.536639
PMID:38712039
|
研究论文 | 本文生成了神经母细胞瘤细胞系、患者来源的异种移植模型（PDX）和基因工程小鼠模型（GEMM）的单细胞RNA-seq图谱 | 提出了一种无监督机器学习方法，可以比较临床样本与前临床模型中的基因表达程序 | 关于肿瘤异质性与前临床模型之间关系的理解仍需进一步加强 | 研究神经母细胞瘤患者肿瘤异质性与前临床模型之间的关系 | 神经母细胞瘤细胞系、PDX模型和GEMM模型 | 数字病理学 | 小儿癌症 | 单细胞RNA-seq | 无监督机器学习 | 基因表达数据 | 多个神经母细胞瘤细胞系和来自高风险患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-08-05 |
Tertiary lymphoid structures associated with enhanced anti-tumor immunity and favorable prognosis in cervical squamous carcinoma
2024-04-17, Aging
DOI:10.18632/aging.205733
PMID:38709170
|
研究论文 | 本研究探讨了三级淋巴结构与宫颈鳞状癌免疫和预后之间的关系 | 首次总结了三级淋巴结构在宫颈鳞状癌中的临床重要性，并显示其与更佳预后相关 | 目前尚无针对高级和复发性宫颈鳞状癌的有效治疗选择 | 研究三级淋巴结构对宫颈鳞状癌预后的影响及其与免疫相关性的分析 | 主要研究对象为宫颈鳞状癌患者的组织样本和免疫特征 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用大量转录组和单细胞RNA-seq数据集，另有独立的内部队列进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-08-04 |
FERMT2 upregulation in CAFs enhances EMT of OSCC and M2 macrophage polarization
2024-04, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14610
PMID:37357349
|
研究论文 | 该研究探讨了FERMT2在口腔鳞状细胞癌中的表达及其在肿瘤微环境中的作用 | FERMT2在肿瘤相关成纤维细胞中的上调可能独立预测口腔鳞状细胞癌患者不良的疾病特异性生存 | 该研究未涉及临床试验数据 | 了解FERMT2在口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境中的作用 | 主要研究对象为口腔鳞状细胞癌细胞系及正常口腔成纤维细胞 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了人类口腔鳞状细胞癌细胞系SCC15和CAL27，以及初级正常口腔成纤维细胞和OCAFs | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-08-04 |
SOX18 meditates the resistance of Bmi1-expressing cells to cetuximab in HNSCC
2024-04, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14596
PMID:37184032
|
研究论文 | 本研究发现了Bmi1表达细胞在cetuximab治疗下的抗药性机制 | 首次揭示了SRY-box转录因子18(SOX18)在HNSCC中促进Bmi1表达细胞对cetuximab抗性的作用 | 研究中未提及相关临床试验或样本的数据 | 探讨SOX18在Bmi1阳性细胞中的调节机制并寻找更好的治疗靶点 | Bmi1表达细胞及其在HNSCC中的作用 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, 免疫组化, 免疫荧光, 西方印迹法 | NA | NA | 使用了Bmi1CreER, RosatdTomato, 和RosaDTA小鼠进行相关研究 | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-08-05 |
METTL3-mediated ALDH m6A methylation regulates the malignant behavior of BMI1+ HNSCC stem cells
2024-04, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14609
PMID:37249063
|
研究论文 | 本研究揭示了甲基转移酶样蛋白3（METTL3）对头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）癌症干细胞的影响及其机制 | 首次揭示METTL3通过SOX4调节BMI1+ HNSCC癌症干细胞的恶性行为和细胞分裂通路 | 本研究未详细探讨METTL3在其他癌症类型中的作用 | 研究METTL3对HNSCC癌症干细胞的影响及其机制 | BMI1+ HNSCC癌症干细胞 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、MeRIP测序 | 小鼠模型 | 基因组数据 | 14名HNSCC患者的样本数据 | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-08-04 |
Single Cell Atlas: a single-cell multi-omics human cell encyclopedia
2024-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03246-2
PMID:38641842
|
研究论文 | 构建了一个包含人类组织的单细胞多组学地图 | 首次整合五种单细胞组学、空间转录组学和两种体积组学的数据，形成全面的单细胞多组学图谱 | 未提及特定的局限性 | 旨在深入探索健康成人和胎儿组织中的异质细胞群体 | 涉及125个健康成人和胎儿组织的细胞样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 组学数据 | 125个健康成人和胎儿组织 | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-08-04 |
Powerful and accurate detection of temporal gene expression patterns from multi-sample multi-stage single-cell transcriptomics data with TDEseq
2024-04-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03237-3
PMID:38622747
|
研究论文 | 本研究提出了一种名为TDEseq的非参数统计方法，旨在从单细胞转录组数据中检测时间基因表达模式 | TDEseq利用平滑样条基函数和分层结构线性加性混合模型，增强了对时间点相关性的处理能力 | NA | 提高在单细胞转录组研究中识别时间基因表达模式的准确性和能力 | 特定细胞类型中的时间表达模式 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 分层结构线性加性混合模型 | 转录组数据 | 分析了四个已发布的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-08-05 |
Demuxafy: improvement in droplet assignment by integrating multiple single-cell demultiplexing and doublet detection methods
2024-04-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03224-8
PMID:38622708
|
研究论文 | 本研究开发了Demuxafy框架，通过整合多种单细胞去重和双细胞检测方法，提升了单细胞RNA测序中的供体分配和双细胞去除的准确性 | Demuxafy框架通过多个去重和双细胞检测方法的共识交集，显著提高了液滴分配的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序中液滴分配和双细胞去除的准确性 | 液滴，单细胞RNA测序样本 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 液滴 | NA | NA | NA | NA | NA |