单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 492 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-05 |
Lipoxin A 4 /FPR2 signaling mitigates ferroptosis of alveolar epithelial cells via NRF2-dependent pathway during lung ischemia-reperfusion injury
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590127
PMID:38712069
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研究论文 | 本研究探讨了Lipoxin A4对肺缺血再灌注损伤中肺泡上皮细胞铁死亡的保护作用 | 揭示了LxA4/FPR2信号通路通过NRF2依赖性机制减轻肺泡上皮细胞的铁死亡 | 本研究的局限性在于尚未探讨不同类型肺移植患者的普遍适用性 | 研究Lipoxin A4对肺缺血再灌注损伤中铁死亡的保护作用 | 主要研究对象为肺泡II型上皮细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 组织样本 | 包括来自肺移植患者的样本，以及WT、Fpr2 -/-和Nrf2 -/-小鼠的样本 |
| 262 | 2024-08-04 |
ALDH2 as an immunological and prognostic biomarker: Insights from pan-cancer analysis
2024-Apr-19, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037820
PMID:38640328
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研究论文 | 本研究全面评估了ALDH2在全癌症中的重要性 | 首次揭示了ALDH2与多种癌症类型及其免疫微环境的关联 | 尚未深入探讨ALDH2在各癌症类型中的具体机制 | 研究ALDH2在全癌症中的免疫学和预后生物标志物作用 | 分析ALDH2在不同癌症类型中的表达与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序、免疫组化染色 | NA | 基因表达数据、组织样本 | 跨16种不同癌症类型的肿瘤及正常组织样本 |
| 263 | 2024-08-04 |
Myeloid-Mas Signaling Modulates Pathogenic Crosstalk among MYC+CD63+ Endothelial Cells, MMP12+ Macrophages, and Monocytes in Acetaminophen-Induced Liver Injury
2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306066
PMID:38350725
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研究论文 | 本研究探讨了在乙酰氨基酚诱导的肝损伤中，髓系Mas信号通路对细胞间病理性交互的调节作用 | 首次揭示了髓系Mas在乙酰氨基酚诱导的肝损伤微环境中的作用，提供了细胞间相互作用的新视角 | 未明确Mas在乙酰氨基酚诱导肝损伤中的具体作用机制和细分功能 | 研究髓系Mas信号通路在乙酰氨基酚诱导的肝损伤微环境中的作用 | MYC+CD63+内皮细胞、MMP12+巨噬细胞和单核细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学和动态观测成像 | NA | 生物样本 | 来自急性肝衰竭患者的样本 |
| 264 | 2024-08-05 |
Characterization of macrophages in head and neck squamous cell carcinoma and development of MRG-based risk signature
2024-04-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-60516-6
PMID:38688945
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研究论文 | 本研究探讨了头颈部鳞状细胞癌中的巨噬细胞特征，并开发了基于MRG的风险标志。 | 首次识别了8个具有预后潜力的巨噬细胞相关基因，并构建了预测模型，探讨了它们在HNSCC中的作用。 | 研究可能未考虑到所有可能影响HNSCC预后的因素，样本量和分类可能存在局限性。 | 研究巨噬细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其与疾病预后的关系。 | 头颈部鳞状细胞癌的患者样本及其巨噬细胞特征。 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | scRNA-seq，bulk RNA-seq | Cox回归模型 | 临床数据，基因表达数据 | 包含特定的HNSCC患者数据，样本量在文中未具体说明 |
| 265 | 2024-08-05 |
Functional specialization of hippocampal somatostatin-expressing interneurons
2024-Apr-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2306382121
PMID:38640347
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研究论文 | 该文章探讨了海马体中表达生长抑素的GABA能抑制神经元的功能特化。 | 该研究为功能性不同的海马CA1抑制神经元亚群提供了一种新的识别和访问方法，揭示了它们在功能上的多样性。 | 该研究未完全解决神经元的具体功能与其转录组特征之间的联系。 | 研究海马抑制神经元的亚群特征及其功能特化。 | 研究对象为海马CA1区的抑制神经元亚群。 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组分析 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 四种小鼠模型 |
| 266 | 2024-08-04 |
Spatiotemporal transcriptomic changes of human ovarian aging and the regulatory role of FOXP1
2024-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-024-00607-1
PMID:38594460
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研究论文 | 该研究系统性地表征人类卵巢衰老过程中的时空转录组变化 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学的方法，首次揭示了八种卵巢细胞在衰老过程中的时空分子特征 | 本文对衰老机制的理解仍有限，可能需要更多的实验进行验证 | 旨在全面理解人类卵巢衰老过程中的时空转录组变化 | 研究对象为人类卵巢细胞的岁月变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 267 | 2024-08-05 |
Novel Phosphate Transporter-B PvPTB1;1/1;2 Contribute to Efficient Phosphate Uptake and Arsenic Accumulation in As-Hyperaccumulator Pteris vittata
2024-Apr-30, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.3c09335
PMID:38624169
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研究论文 | 本研究揭示了低亲和力磷转运体-B 1家族介导的新型磷/砷运输系统在As-超积累植物中的作用 | 首次在维管植物中识别出两种膜蛋白基因，并确认其在磷摄取和砷积累中的作用 | 未提供关于其他植物转运体的对比分析数据 | 研究磷和砷在As-超积累植物中的摄取机制 | As-超积累植物Pteris vittata及其低亲和力磷转运体-B 1家族 | 植物生理学 | NA | 功能补偿实验和转基因分析 | NA | 基因表达数据和细胞转录组数据 | NA |
| 268 | 2024-08-05 |
Cauchy hyper-graph Laplacian nonnegative matrix factorization for single-cell RNA-sequencing data analysis
2024-Apr-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05797-4
PMID:38684942
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研究论文 | 本文提出了一种Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解方法用于单细胞RNA测序数据分析 | 使用Cauchy损失函数替代传统非负矩阵分解中的欧几里得距离，大大降低噪声影响，并结合超图约束。 | 至于模型的训练和优化过程的复杂性，具体应用于更大规模数据时的表现尚未讨论 | 探讨和改善单细胞数据分析中的聚类准确性 | 七个单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 非负矩阵分解 | Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 七个数据集 |
| 269 | 2024-08-05 |
A novel defined programmed cell death related gene signature for predicting the prognosis of serous ovarian cancer
2024-Apr-29, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-024-01419-y
PMID:38685095
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研究论文 | 本研究探讨了差异表达的程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌中的作用及其作为临床预后预测因子的潜力 | 该研究通过单细胞RNA测序鉴定了48个与凋亡信号和氧化应激通路显著相关的差异表达程序性细胞死亡基因，并发现GNA15作为独立预后标志物 | 研究的局限性在于主要依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏差或数据不完整的情况 | 研究旨在探讨程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌异质性中的贡献以及其作为预后标志的潜力 | 研究对象为浆液性卵巢癌患者的细胞和基因数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | Cox模型 | 基因表达数据 | 研究涉及的样本数量未具体说明，主要利用两组大型社会数据集进行验证 |
| 270 | 2024-08-05 |
scCompressSA: dual-channel self-attention based deep autoencoder model for single-cell clustering by compressing gene-gene interactions
2024-Apr-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10286-2
PMID:38684946
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研究论文 | 提出了一种基于自注意力的深度自编码器模型scCompressSA，用于单细胞聚类，通过压缩基因间相互作用来增强聚类精度 | 该研究提出的双通道自注意力块能够有效整合拓扑特征，从而提高单细胞聚类的准确性 | 对于RNA测序数据的高随机性仍然是细胞类型检测面临的挑战 | 研究单细胞聚类的分子机制并提高细胞类型的检测精度 | 利用scRNA-seq数据中的基因间相互作用来提取特征进行细胞聚类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度自编码器 | 基因表达数据 | 多个基准scRNA-seq数据集 |
| 271 | 2024-08-04 |
Targeting nucleotide metabolic pathways in colorectal cancer by integrating scRNA-seq, spatial transcriptome, and bulk RNA-seq data
2024-Apr-10, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01356-5
PMID:38594466
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，对结直肠癌中的核苷酸代谢途径进行分析 | 通过不同的实验方法识别出新的结直肠癌治疗靶点ACO1和CPT2，并建立了以核苷酸代谢相关基因为基础的预后模型 | 研究主要依赖于数据分析和体外实验，临床应用需要进一步验证 | 探索结直肠癌中核苷酸代谢的特征及其对预后的影响 | 结直肠癌（CRC）及其相关的核苷酸代谢基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | 风险预后模型 | 基因表达数据 | 涉及多个结直肠癌样本，具体样本量未详细说明 |
| 272 | 2024-08-05 |
Ranking of cell clusters in a single-cell RNA-sequencing analysis framework using prior knowledge
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011550
PMID:38635836
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法，通过结合先验知识和用户经验信息来对单细胞RNA测序中的细胞类型进行排名 | 本研究的创新点在于引入先验知识和药物信息，以增强对细胞类型的排名，这在之前的研究中未曾尝试 | 现有的细胞排名技术存在缺陷和局限性，需要更好的新方法来改善细胞排名 | 旨在改进单细胞RNA测序分析中的细胞类型排名 | 研究的对象为在特定疾病下的单细胞类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 273 | 2024-08-05 |
T-Cell-Based Platform for Functional Screening of T-Cell Receptors Identified in Single-Cell RNA Sequencing Data Sets of Tumor-Infiltrating T-Cells
2024-Apr-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4972
PMID:38686347
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研究论文 | 本研究展示了一种结合全转录组和T细胞受体测序的有效方法，用以识别肿瘤反应性TCR克隆类型 | 创新点在于建立了一种高效的体外功能检测平台，以筛选大量通过单细胞RNA测序识别的TCR克隆类型 | 最初开发的检测主要针对人源TCR，虽然也成功应用于小鼠源的TCR，但适用性仍需进一步验证 | 研究旨在开发和验证一种高效的TCR功能筛选方法 | 研究对象为从肿瘤浸润的T细胞中隔离出的TCR克隆 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq），全转录组测序 | NA | mRNA | 肿瘤样本和同系小鼠肿瘤模型中衍生的CD8和CD4 T细胞 |
| 274 | 2024-08-05 |
Tumor-associated macrophage subtypes on cancer immunity along with prognostic analysis and SPP1-mediated interactions between tumor cells and macrophages
2024-Apr, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011235
PMID:38648200
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）亚型对癌症免疫和预后的影响 | 研究揭示了TAM的异质性，识别了十一种亚型及其对预后的影响，并发现SPP1通路在TAM亚型之间及与肿瘤细胞之间的关键通信作用 | 对不同癌症类型中TAM的分子特征和临床相关性的系统性研究仍然缺乏 | 系统探索不同癌症类型中TAM的分子特征及其对癌症预后的影响 | 三种不同肿瘤类型的单细胞RNA测序数据，分析巨噬细胞的克隆和分类 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 三种不同肿瘤类型的单细胞样本 |
| 275 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics analysis reveals the tumour microenvironment in patients with endometrial cancer responding to anti-PD-1 treatment
2024-Apr, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1668
PMID:38649737
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-08-04 |
Stratification and prognostic evaluation of breast cancer subtypes defined by obesity-associated genes
2024-Apr-27, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-00988-0
PMID:38676834
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研究论文 | 研究探讨与肥胖相关基因定义的乳腺癌亚型的分层与预后评估 | 识别了七个中心基因作为乳腺癌的分子诊断生物标志物，并提出了通过神经网络模型进行有效的诊断 | 七个中心基因作为预后分子标志物表现不佳，生存预测AUC值大多数低于0.5 | 研究肥胖作为乳腺癌风险因素对其机制的影响 | 1226名乳腺癌患者，其被分为BRCA亚型1和亚型2 | 数字病理学 | 乳腺癌 | qRT-PCR，RNA转录组数据分析 | 神经网络模型 | 基因表达数据 | 1226名乳腺癌患者 |
| 277 | 2024-08-05 |
Integrative analysis of metabolomics and transcriptomics to uncover biomarkers in sepsis
2024-04-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-59400-0
PMID:38678059
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研究论文 | 利用代谢组学结合RNA测序识别脓毒症患者血液中的生物标志物并发现新的诊断和治疗靶点 | 首次联合应用代谢组学和转录组学，鉴定脓毒症特异性生物标志物和靶基因 | 样本量较小，仅包含16个脓毒症患者和11个系统性炎症反应综合症患者 | 识别脓毒症的生物标志物和潜在靶点 | 脓毒症患者和系统性炎症反应综合症患者的血液样本 | 数字病理学 | 脓毒症 | 液相色谱-质谱联用技术（LC-MS/MS）和RNA测序 | NA | 代谢物和基因数据 | 16个脓毒症患者和11个SIRS患者的血液样本 |
| 278 | 2024-08-04 |
Ptch1 is essential for cochlear marginal cell differentiation and stria vascularis formation
2024-Apr-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114083
PMID:38602877
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研究论文 | 本文探讨了Ptch1在耳蜗边缘细胞分化和血管条形成中的重要性 | 发现Ptch1对边缘细胞分化和SV形成至关重要，并揭示了Ptch1-Gli2轴在耳蜗发展中的关键作用 | 未明确提及具体的实验限制或样本限制 | 研究耳蜗非感官上皮细胞的早期特化及其在听力中的作用 | 研究耳蜗边缘细胞及其分化过程 | 数字病理学 | 听力障碍 | 单细胞RNA测序 | Shh信号突变体 | 基因表达数据 | 涉及的样本数量和类型未明确说明 |
| 279 | 2024-08-05 |
Regulation of muscle hypertrophy through granulin: Relayed communication among mesenchymal progenitors, macrophages, and satellite cells
2024-Apr-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114052
PMID:38573860
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研究论文 | 该文章探讨了通过granulin调节肌肉肥大，并分析了间充质祖细胞、巨噬细胞和卫星细胞之间的通讯 | 该研究揭示了granulin在间充质祖细胞、巨噬细胞和MuSC之间的中介通讯在肌肉肥大中的关键作用 | 该研究的局限性在于对肌肉适应的细胞网络理解不足，相较于肌肉再生的研究较少 | 研究肌肉在过载和再生过程中细胞网络的变化及其在肌肉肥大中的调节作用 | 研究对象是过载肌肉和再生肌肉中的细胞组成及其基因表达模式 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 4天过载肌肉和10天再生肌肉 |
| 280 | 2024-08-05 |
MAFB in macrophages regulates cold-induced neuronal density in brown adipose tissue
2024-Apr-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113978
PMID:38522069
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子MAFB在冷诱导的棕色脂肪组织中调节巨噬细胞功能的作用 | 揭示了MAFB缺乏与棕色脂肪组织热生热能力下降和神经元密度减少之间的关系 | 缺乏针对其他环境因素的综合分析 | 研究MAFB在巨噬细胞中对棕色脂肪组织中的热生热和神经密度的影响 | 使用巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠来观察冷环境中的生理变化 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 生物样本 | 使用巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠，样本数未具体说明 |