单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-05	Lipoxin A 4 /FPR2 signaling mitigates ferroptosis of alveolar epithelial cells via NRF2-dependent pathway during lung ischemia-reperfusion injury 2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590127 PMID:38712069	研究论文	本研究探讨了Lipoxin A4对肺缺血再灌注损伤中肺泡上皮细胞铁死亡的保护作用	揭示了LxA4/FPR2信号通路通过NRF2依赖性机制减轻肺泡上皮细胞的铁死亡	本研究的局限性在于尚未探讨不同类型肺移植患者的普遍适用性	研究Lipoxin A4对肺缺血再灌注损伤中铁死亡的保护作用	主要研究对象为肺泡II型上皮细胞和小鼠模型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	组织样本	包括来自肺移植患者的样本，以及WT、Fpr2 -/-和Nrf2 -/-小鼠的样本
222	2024-08-05	Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.24.590986 PMID:38712156	研究论文	本研究建立了一个新型的体外模型以研究新生幼鼠和成年鼠的内耳血管带。	本研究开发的全组织外植体模型有效模拟了体内的血管带增殖行为，并证明了药物干预的可能性	该研究的局限性在于未能全面了解血管带的所有生物学特性	本研究旨在探讨血管带的分子差异及其与听力损失的关系	研究对象包括新生幼鼠和成年鼠的血管带	数字病理学	听力损失	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	包括新生幼鼠和成年鼠的多个样本
223	2024-08-04	ALDH2 as an immunological and prognostic biomarker: Insights from pan-cancer analysis 2024-Apr-19, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000037820 PMID:38640328	研究论文	本研究全面评估了ALDH2在全癌症中的重要性	首次揭示了ALDH2与多种癌症类型及其免疫微环境的关联	尚未深入探讨ALDH2在各癌症类型中的具体机制	研究ALDH2在全癌症中的免疫学和预后生物标志物作用	分析ALDH2在不同癌症类型中的表达与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	NA	单细胞测序、免疫组化染色	NA	基因表达数据、组织样本	跨16种不同癌症类型的肿瘤及正常组织样本
224	2024-08-04	Myeloid-Mas Signaling Modulates Pathogenic Crosstalk among MYC+CD63+ Endothelial Cells, MMP12+ Macrophages, and Monocytes in Acetaminophen-Induced Liver Injury 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306066 PMID:38350725	研究论文	本研究探讨了在乙酰氨基酚诱导的肝损伤中，髓系Mas信号通路对细胞间病理性交互的调节作用	首次揭示了髓系Mas在乙酰氨基酚诱导的肝损伤微环境中的作用，提供了细胞间相互作用的新视角	未明确Mas在乙酰氨基酚诱导肝损伤中的具体作用机制和细分功能	研究髓系Mas信号通路在乙酰氨基酚诱导的肝损伤微环境中的作用	MYC+CD63+内皮细胞、MMP12+巨噬细胞和单核细胞的相互作用	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学和动态观测成像	NA	生物样本	来自急性肝衰竭患者的样本
225	2024-08-05	Characterization of macrophages in head and neck squamous cell carcinoma and development of MRG-based risk signature 2024-04-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60516-6 PMID:38688945	研究论文	本研究探讨了头颈部鳞状细胞癌中的巨噬细胞特征，并开发了基于MRG的风险标志。	首次识别了8个具有预后潜力的巨噬细胞相关基因，并构建了预测模型，探讨了它们在HNSCC中的作用。	研究可能未考虑到所有可能影响HNSCC预后的因素，样本量和分类可能存在局限性。	研究巨噬细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其与疾病预后的关系。	头颈部鳞状细胞癌的患者样本及其巨噬细胞特征。	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq，bulk RNA-seq	Cox回归模型	临床数据，基因表达数据	包含特定的HNSCC患者数据，样本量在文中未具体说明
226	2024-08-05	Functional specialization of hippocampal somatostatin-expressing interneurons 2024-Apr-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2306382121 PMID:38640347	研究论文	该文章探讨了海马体中表达生长抑素的GABA能抑制神经元的功能特化。	该研究为功能性不同的海马CA1抑制神经元亚群提供了一种新的识别和访问方法，揭示了它们在功能上的多样性。	该研究未完全解决神经元的具体功能与其转录组特征之间的联系。	研究海马抑制神经元的亚群特征及其功能特化。	研究对象为海马CA1区的抑制神经元亚群。	神经科学	NA	单细胞转录组分析	小鼠模型	转录组数据	四种小鼠模型
227	2024-08-05	Defining predictors of responsiveness to advanced therapies in Crohn's disease and ulcerative colitis: protocol for the IBD-RESPONSE and nested CD-metaRESPONSE prospective, multicentre, observational cohort study in precision medicine 2024-Apr-17, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-073639 PMID:38631839	研究论文	本文旨在通过多组学数据创建预测工具，以提高对克罗恩病和溃疡性结肠炎治疗响应的预测能力	首次利用多组学数据构建用于预测IBD治疗响应的模型，填补了以往研究中对治疗响应预测的空白	可能未能考虑所有影响治疗响应的因素，且结果需要在更广泛的群体中验证	开发精准医疗中用于预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的响应的工具	招募1325名开始接受先进疗法的IBD患者进行研究	数字病理学	IBD（炎症性肠病）	多组学分析	预测模型	临床数据、饮食数据、基因组数据、单细胞转录组数据、代谢组数据	1325个参与者
228	2024-08-04	Spatiotemporal transcriptomic changes of human ovarian aging and the regulatory role of FOXP1 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00607-1 PMID:38594460	研究论文	该研究系统性地表征人类卵巢衰老过程中的时空转录组变化	通过单细胞RNA测序和空间转录组学的方法，首次揭示了八种卵巢细胞在衰老过程中的时空分子特征	本文对衰老机制的理解仍有限，可能需要更多的实验进行验证	旨在全面理解人类卵巢衰老过程中的时空转录组变化	研究对象为人类卵巢细胞的岁月变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
229	2024-08-04	Nanoceria-Mediated Cyclosporin A Delivery for Dry Eye Disease Management through Modulating Immune-Epithelial Crosstalk 2024-Apr-30, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.3c11514 PMID:38632691	研究论文	本研究开发了一种纳米酶基础的眼药水，用于干眼病的治疗，具有抗氧化和抗炎能力	纳米酶修饰的环孢素A递送系统具有双重功能，能够调节免疫-上皮相互作用	研究未提及样本的长期效果和临床试验数据	探讨干眼病的治疗方法，通过调节免疫与上皮的相互作用	面向干眼病的干预治疗，特别是抗氧化和抗炎效果的评估	数字病理学	干眼病	纳米酶载体	NA	单细胞测序数据	NA
230	2024-08-05	Novel Phosphate Transporter-B PvPTB1;1/1;2 Contribute to Efficient Phosphate Uptake and Arsenic Accumulation in As-Hyperaccumulator Pteris vittata 2024-Apr-30, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.3c09335 PMID:38624169	研究论文	本研究揭示了低亲和力磷转运体-B 1家族介导的新型磷/砷运输系统在As-超积累植物中的作用	首次在维管植物中识别出两种膜蛋白基因，并确认其在磷摄取和砷积累中的作用	未提供关于其他植物转运体的对比分析数据	研究磷和砷在As-超积累植物中的摄取机制	As-超积累植物Pteris vittata及其低亲和力磷转运体-B 1家族	植物生理学	NA	功能补偿实验和转基因分析	NA	基因表达数据和细胞转录组数据	NA
231	2024-08-05	Cauchy hyper-graph Laplacian nonnegative matrix factorization for single-cell RNA-sequencing data analysis 2024-Apr-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05797-4 PMID:38684942	研究论文	本文提出了一种Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解方法用于单细胞RNA测序数据分析	使用Cauchy损失函数替代传统非负矩阵分解中的欧几里得距离，大大降低噪声影响，并结合超图约束。	至于模型的训练和优化过程的复杂性，具体应用于更大规模数据时的表现尚未讨论	探讨和改善单细胞数据分析中的聚类准确性	七个单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	非负矩阵分解	Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解	RNA测序数据	七个数据集
232	2024-08-05	A novel defined programmed cell death related gene signature for predicting the prognosis of serous ovarian cancer 2024-Apr-29, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01419-y PMID:38685095	研究论文	本研究探讨了差异表达的程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌中的作用及其作为临床预后预测因子的潜力	该研究通过单细胞RNA测序鉴定了48个与凋亡信号和氧化应激通路显著相关的差异表达程序性细胞死亡基因，并发现GNA15作为独立预后标志物	研究的局限性在于主要依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏差或数据不完整的情况	研究旨在探讨程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌异质性中的贡献以及其作为预后标志的潜力	研究对象为浆液性卵巢癌患者的细胞和基因数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	Cox模型	基因表达数据	研究涉及的样本数量未具体说明，主要利用两组大型社会数据集进行验证
233	2024-08-05	scCompressSA: dual-channel self-attention based deep autoencoder model for single-cell clustering by compressing gene-gene interactions 2024-Apr-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10286-2 PMID:38684946	研究论文	提出了一种基于自注意力的深度自编码器模型scCompressSA，用于单细胞聚类，通过压缩基因间相互作用来增强聚类精度	该研究提出的双通道自注意力块能够有效整合拓扑特征，从而提高单细胞聚类的准确性	对于RNA测序数据的高随机性仍然是细胞类型检测面临的挑战	研究单细胞聚类的分子机制并提高细胞类型的检测精度	利用scRNA-seq数据中的基因间相互作用来提取特征进行细胞聚类	机器学习	NA	RNA-seq	深度自编码器	基因表达数据	多个基准scRNA-seq数据集
234	2024-08-05	Tolerogenic dendritic cell-mediated regulatory T cell differentiation by Chinese herbal formulation attenuates colitis progression 2024-Apr-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.04.023 PMID:38677546	研究论文	本研究探讨了中草药配方CDD-2103在小鼠模型中介导免疫调节的机制	该研究首次揭示了CDD-2103通过促进耐受性树突细胞(Tregs)的生成来调控免疫耐受，从而减缓结肠炎的进程	该研究主要基于小鼠模型，尚需在临床试验中验证其效果和安全性	研究CDD-2103及其生物活性成分在结肠炎免疫调节中的作用	小鼠模型，包括慢性2,4,6-三硝基苯磺酸(TNBS)诱导的结肠炎模型和T细胞转移诱导的Rag1-/--小鼠	数字病理学	溃疡性结肠炎	液相色谱-质谱联用法 (LC-MS), 单细胞转录组分析	NA	细胞, 生物样本	NA
235	2024-08-04	Targeting nucleotide metabolic pathways in colorectal cancer by integrating scRNA-seq, spatial transcriptome, and bulk RNA-seq data 2024-Apr-10, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01356-5 PMID:38594466	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，对结直肠癌中的核苷酸代谢途径进行分析	通过不同的实验方法识别出新的结直肠癌治疗靶点ACO1和CPT2，并建立了以核苷酸代谢相关基因为基础的预后模型	研究主要依赖于数据分析和体外实验，临床应用需要进一步验证	探索结直肠癌中核苷酸代谢的特征及其对预后的影响	结直肠癌（CRC）及其相关的核苷酸代谢基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，空间转录组测序	风险预后模型	基因表达数据	涉及多个结直肠癌样本，具体样本量未详细说明
236	2024-08-04	Immune microniches shape intestinal Treg function 2024-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07251-0 PMID:38570678	研究论文	这篇文章探讨了肠道微环境如何影响T调节细胞的功能	通过实时成像、单细胞RNA测序和空间转录组学，我们揭示了肠道内微环境对T细胞反应性的空间机制	文章未探讨其他细胞类型在微环境中的作用	理解肠道中细胞网络如何维持免疫耐受和应对炎症	主要研究CD206巨噬细胞与效应T细胞之间的相互作用	数字病理学	炎症性疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	活体影像	NA
237	2024-08-05	Ranking of cell clusters in a single-cell RNA-sequencing analysis framework using prior knowledge 2024-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011550 PMID:38635836	研究论文	本文提出了一种新的方法，通过结合先验知识和用户经验信息来对单细胞RNA测序中的细胞类型进行排名	本研究的创新点在于引入先验知识和药物信息，以增强对细胞类型的排名，这在之前的研究中未曾尝试	现有的细胞排名技术存在缺陷和局限性，需要更好的新方法来改善细胞排名	旨在改进单细胞RNA测序分析中的细胞类型排名	研究的对象为在特定疾病下的单细胞类型	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
238	2024-08-05	T-Cell-Based Platform for Functional Screening of T-Cell Receptors Identified in Single-Cell RNA Sequencing Data Sets of Tumor-Infiltrating T-Cells 2024-Apr-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.4972 PMID:38686347	研究论文	本研究展示了一种结合全转录组和T细胞受体测序的有效方法，用以识别肿瘤反应性TCR克隆类型	创新点在于建立了一种高效的体外功能检测平台，以筛选大量通过单细胞RNA测序识别的TCR克隆类型	最初开发的检测主要针对人源TCR，虽然也成功应用于小鼠源的TCR，但适用性仍需进一步验证	研究旨在开发和验证一种高效的TCR功能筛选方法	研究对象为从肿瘤浸润的T细胞中隔离出的TCR克隆	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNAseq），全转录组测序	NA	mRNA	肿瘤样本和同系小鼠肿瘤模型中衍生的CD8和CD4 T细胞
239	2024-08-04	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2024-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.15.589676 PMID:38659941	研究论文	本研究发现小分子抑制剂RMC-113可以有效抑制多种RNA病毒的复制，包括SARS-CoV-2	揭示了PIP4K2C在SARS-CoV-2感染过程中的作用，并提出双重抑制PIP4K2C和PIKfyve作为对抗新兴病毒的候选策略	研究中未提及样本规模及人类体内的进一步验证	探索新型广谱抗病毒药物的潜力	人类肺类器官中对SARS-CoV-2及其他RNA病毒的研究	数字病理学	肺癌	脂质组学	NA	RNA病毒样本	人类肺类器官样本
240	2024-08-05	Tumor-associated macrophage subtypes on cancer immunity along with prognostic analysis and SPP1-mediated interactions between tumor cells and macrophages 2024-Apr, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011235 PMID:38648200	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）亚型对癌症免疫和预后的影响	研究揭示了TAM的异质性，识别了十一种亚型及其对预后的影响，并发现SPP1通路在TAM亚型之间及与肿瘤细胞之间的关键通信作用	对不同癌症类型中TAM的分子特征和临床相关性的系统性研究仍然缺乏	系统探索不同癌症类型中TAM的分子特征及其对癌症预后的影响	三种不同肿瘤类型的单细胞RNA测序数据，分析巨噬细胞的克隆和分类	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	三种不同肿瘤类型的单细胞样本