单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-09-19	ICOS costimulation in combination with CTLA-4 blockade remodels tumor-associated macrophages toward an antitumor phenotype 2024-04-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231263 PMID:38517331	研究论文	本研究通过CyTOF和单细胞RNA测序发现，ICOS共刺激联合CTLA-4阻断可重塑肿瘤相关巨噬细胞向抗肿瘤表型极化，且该过程依赖于IFN-γ。	揭示了ICOS共刺激联合CTLA-4阻断治疗中，瘤内效应T细胞与肿瘤相关巨噬细胞之间存在正反馈环路，其中T细胞产生的IFN-γ驱动TAM向M1样表型极化，而M1样TAM反过来重塑肿瘤微环境以促进T细胞浸润、免疫功能和肿瘤排斥。	摘要中未提及具体研究局限性。	探究ICOS共刺激联合CTLA-4阻断治疗中髓系和淋巴系细胞区室的重塑机制，特别是肿瘤相关巨噬细胞在联合治疗疗效中的作用。	黑色素瘤小鼠模型（B16-F10）、肿瘤浸润免疫细胞（T细胞和巨噬细胞）。	肿瘤免疫学	黑色素瘤	CyTOF、单细胞RNA测序	NA	单细胞蛋白质组数据、单细胞转录组数据	NA	NA	质谱流式细胞术、单细胞RNA-seq	NA	NA
2	2026-09-16	The IRG1-itaconate axis protects from cholesterol-induced inflammation and atherosclerosis 2024-04-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400675121 PMID:38564634	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和体内外实验，证明IRG1-衣康酸轴可抑制胆固醇诱导的炎症和动脉粥样硬化，并探索4-OI作为治疗手段的潜力	首次系统性地验证IRG1-衣康酸轴在人类动脉粥样硬化中的治疗潜力，结合scRNA-seq、CyTOF和离体系统免疫学方法，揭示其通过抑制NET形成和NLRP3炎症小体活化来减少IL-1β释放的机制	摘要中未明确提及研究局限性，但基于小鼠模型和离体实验的结果仍需进一步临床验证	评估IRG1-衣康酸轴补充作为人类动脉粥样硬化治疗方法的潜力	人类冠状动脉粥样硬化病变组织、患者匹配的健康血管组织、动脉粥样硬化小鼠模型、CVD患者外周血单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，CyTOF	NA	图像，文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
3	2026-09-16	OASIS: An interpretable, finite-sample valid alternative to Pearson's X2 for scientific discovery 2024-04-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2304671121 PMID:38564640	研究论文	本文提出了一种名为OASIS的统计检验方法，用于列联表分析，能够提供有限样本有效的p值界限，并在基因组测序数据中展示了其检测SARS-CoV-2和流感病毒变种的能力	OASIS是一种可解释的、有限样本有效的统计检验方法，优于传统的Pearson卡方检验，能够处理过度离散数据，并提供闭式p值界限和表格分解	OASIS的p值界限在方差项上可能存在不精确性，且在某些情况下可能不如Pearson卡方检验强大	开发一种新的统计检验方法，用于列联表分析，以解决现有方法在有限样本和过度离散数据下的局限性	列联表和计数矩阵数据	机器学习	新冠肺炎	基因组测序	NA	计数数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
4	2026-09-14	β-Catenin in Dendritic Cells Negatively Regulates CD8 T Cell Immune Responses through the Immune Checkpoint Molecule Tim-3 2024-Apr-25, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines12050460 PMID:38793711	研究论文	本文揭示了树突状细胞中β-catenin通过上调免疫检查点分子Tim-3负向调控CD8 T细胞免疫应答，并证明抗Tim-3抗体与DC靶向疫苗联合治疗可提高抗肿瘤疗效	首次发现β-catenin在cDC1中上调Tim-3表达，鉴定出β-catenin/Tim-3轴是抑制抗肿瘤CD8 T细胞免疫的新机制，并提出DC靶向疫苗联合抗Tim-3治疗的组合免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证β-catenin/Tim-3轴的作用及联合治疗的临床可行性	探究树突状细胞中β-catenin调控CD8 T细胞免疫应答的分子机制，并评估联合免疫治疗的抗肿瘤效果	CD11c-β-catenin小鼠、gp100特异性CD8 T细胞（Pmel-1）、B16F10荷瘤小鼠	免疫学、肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	文本（基因表达数据）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
5	2026-09-13	Evolutionary and developmental specialization of foveal cell types in the marmoset 2024-04-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2313820121 PMID:38598343	研究论文	该研究利用高通量单细胞RNA测序对普通狨猴（一种早期分化的类人猿）的视网膜细胞进行了 profiling，构建了新生儿和成年狨猴的中央凹和外周视网膜图谱，并通过单细胞ATAC-seq和基因调控网络推断揭示了中央凹视锥细胞与外周视锥细胞的不同转录调控机制	首次构建了普通狨猴中央凹和外周视网膜在新生儿和成年阶段的单细胞转录组图谱，揭示了狨猴与人类和猕猴中央凹细胞类型的高度保守性，并通过单细胞ATAC-seq鉴定了区分中央凹视锥细胞与外周视锥细胞的转录调控差异	研究主要基于普通狨猴这一物种，虽然与人类和猕猴进行了比较分析，但狨猴与人类在进化上仍有较大分歧，研究结果向人类的直接转化仍需进一步验证	探究类人猿中央凹细胞类型的进化保守性以及中央凹出生后成熟的分子机制	普通狨猴（Callithrix jacchus）的中央凹和外周视网膜组织，涵盖新生儿和成年两个发育阶段	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据	普通狨猴新生儿和成年的中央凹及外周视网膜组织样本	10x Genomics	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	10x Chromium	NA
6	2026-09-10	RNA splicing analysis deciphers developmental hierarchies and reveals therapeutic targets in adult glioma 2024-04-25, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173789 PMID:38662454	研究论文	通过计算分析揭示成人胶质瘤RNA可变剪接与神经发育层级关联，并验证其治疗靶点	利用计算方法和iPSC胶质瘤模型，首次揭示与神经发育层级相关的预后性剪接特征，并发现PTBP1作为关键调控因子，靶向PTBP1可抑制肿瘤生长并促进神经元标志物表达	摘要未明确说明局限性	探讨成人胶质瘤中RNA可变剪接的调控机制、生物学意义及治疗潜力	成人胶质瘤患者的bulk和单细胞RNA测序数据、iPSC胶质瘤模型、胶质瘤干细胞样细胞	生物信息学、癌症生物学、分子生物学	成人胶质瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, iPSC模型	计算分析模型	基因表达数据（bulk和单细胞RNA-seq）、细胞模型	成人胶质瘤患者的bulk和单细胞RNA-seq数据（具体数量未给出），iPSC胶质瘤模型，胶质瘤干细胞样细胞	NA	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
7	2026-09-10	NR2E3 loss disrupts photoreceptor cell maturation and fate in human organoid models of retinal development 2024-04-23, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173892 PMID:38652563	研究论文	该研究利用人视网膜类器官模型，结合单细胞RNA测序等技术，探讨NR2E3基因缺失如何破坏光感受器细胞的成熟和命运决定	首次在人类视网膜类器官模型中揭示NR2E3缺失导致视杆细胞发育异常及视锥基因异位表达，并发现与啮齿动物模型的显著差异	未提及具体限制，但可能依赖于类器官模型，其与体内环境的差异需考虑	阐明人视网膜光感受器细胞发育的物种特异性机制，以及NR2E3在健康与疾病中的作用	人视网膜类器官，包括携带NR2E3致病基因变异的类器官及同源和无关对照组	单细胞转录组学, 发育生物学	遗传性视网膜营养不良	单细胞RNA测序, 多模态单细胞测序	类器官模型	单细胞RNA测序数据, 多模态单细胞数据	多个时间点的类器官样本，来自不同基因型组	10x Genomics	单细胞RNA-seq, 单细胞多组学	10x Chromium	10x Chromium Single Cell 3' 和多组学平台
8	2026-09-10	The estrogen signaling pathway reprograms prostate cancer cell metabolism and supports proliferation and disease progression 2024-04-16, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI170809 PMID:38625747	研究论文	研究雌激素信号通路如何重编程前列腺癌细胞的代谢并促进肿瘤增殖和疾病进展	揭示了雌激素受体α（ERα）在前列腺癌中表达异质性，并首次证明其通过重编程癌细胞代谢支持增殖和疾病进展，且可作为治疗靶点	未提及具体局限性	探究ERα在前列腺癌中的功能，评估其临床相关性以及靶向雌激素信号通路治疗前列腺癌的潜力	人类前列腺癌组织样本、前列腺癌细胞系、患者来源类器官、正常前列腺组织模型	癌症生物学	前列腺癌	RNA-seq	NA	RNA测序数据，代谢组学数据，组织微阵列数据	两群人类前列腺癌组织微阵列队列，细胞系和小鼠模型，患者来源类器官	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
9	2026-09-10	NFĸB signaling drives myocardial injury via CCR2+ macrophages in a preclinical model of arrhythmogenic cardiomyopathy 2024-04-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172014 PMID:38564300	研究论文	本研究利用遗传方法和单细胞RNA测序，在致心律失常性心肌病的临床前模型中揭示了NFκB信号通过CCR2+巨噬细胞驱动心肌损伤的机制	首次阐明心肌细胞中的NFκB信号通过动员CCR2+巨噬细胞导致心肌损伤和心律失常，并揭示了心脏肌细胞、炎症细胞和成纤维细胞之间的免疫损伤和调控串扰的复杂机制	未提及	研究NFκB信号在致心律失常性心肌病进展中对心肌细胞和巨噬细胞免疫信号的贡献	Dsg2mut/mut小鼠及来源于ACM患者的iPSC心肌细胞	生物信息学	致心律失常性心肌病	单细胞RNA测序, CITE-seq, 遗传方法	NA	基因表达数据, 单细胞转录组数据	未明确提及样本数量，涉及Dsg2mut/mut小鼠模型	NA	单细胞RNA-seq, CITE-seq	NA	NA
10	2026-09-06	Programmed Death Ligand 1-Expressing Macrophages and Their Protective Role in the Joint During Arthritis 2024-04, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42749 PMID:37997621	研究论文	本研究探讨了程序性死亡配体1（PD-L1）阳性巨噬细胞在关节炎中对关节的保护作用	首次阐明PD-L1+巨噬细胞在关节炎中的保护作用，并发现其兼具促吞噬和抗炎特性，且在人体滑膜中也存在类似细胞	研究主要基于胶原诱导性关节炎小鼠模型，结论是否完全适用于人类关节炎仍需更多验证	探究PD-L1在滑膜中的表达及PD-L1+巨噬细胞在关节炎中的作用机制	胶原诱导性关节炎小鼠模型和人类滑膜组织中的PD-L1+巨噬细胞	免疫学	关节炎	基因敲除小鼠、单细胞RNA测序	NA	基因表达和细胞表型数据	小鼠和人类滑膜样本，具体数量未提及	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
11	2026-08-28	Direct programming of human pluripotent stem cells into endothelial progenitors with SOX17 and FGF2 2024-04-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.006 PMID:38518781	研究论文	利用单细胞RNA测序和过表达实验，证明转录因子SOX17单独结合FGF2处理即可高效地将人多能干细胞直接编程为内皮祖细胞。	发现SOX17单独过表达就足以将hPSCs编程为内皮祖细胞，且与FGF2联合时效率超过90%。	摘要中未提及研究局限。	探究转录因子在人多能干细胞向内皮祖细胞分化中的作用机制。	人类多能干细胞（hPSCs）及其衍生的内皮祖细胞（EPs）。	基因组学	NA	单细胞RNA测序、CRISPR-Cas13d敲低、慢病毒过表达	NA	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
12	2026-08-27	A specific enterotype derived from gut microbiome of older individuals enables favorable responses to immune checkpoint blockade therapy 2024-04-10, Cell host & microbe IF:20.6Q1 DOI:10.1016/j.chom.2024.03.002 PMID:38513657	研究论文	通过元分析和单细胞RNA测序数据再分析，探讨老年人肠道微生物组特定肠型对免疫检查点阻断疗法敏感性的增强作用	首次揭示老年人肠道微生物组中富集的特定肠型与免疫检查点阻断疗法良好反应相关，并通过粪菌移植实验验证其治疗潜力	未明确提及局限性	解释老年人对免疫检查点阻断疗法敏感性增强的机制，并探索肠道微生物组在其中的调节作用	老年癌症患者及小鼠模型	微生物组学、免疫肿瘤学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、粪菌移植	NA	单细胞RNA测序数据、临床试验数据、小鼠实验数据	25项小型至中型临床试验的元分析，以及多项研究的scRNA-seq数据	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
13	2026-08-25	Quantitative Multiplexed Analysis of Indoleamine 2,3-Dioxygenase (IDO) and Arginase-1 (ARG1) Expression and Myeloid Cell Infiltration in Colorectal Cancer 2024-04, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100450 PMID:38369188	研究论文	本研究使用定制10重免疫组化分析和监督机器学习数字图像分析，评估了833例结直肠癌患者中IDO和ARG1的表达及髓系细胞浸润，并探讨了其预后价值和空间分布	首次在大型结直肠癌队列中结合多重免疫组化和机器学习进行定量空间分析，揭示IDO和ARG1在不同髓系细胞及肿瘤细胞中的分布模式及其预后意义	研究基于观察性数据，未进行功能实验验证，且IDO/ARG1表达分析依赖于特定抗体和算法，可能影响结果的普适性	阐明IDO和ARG1在结直肠癌微环境中的表达模式、空间分布及预后价值，以理解宿主免疫反应在肿瘤进展中的作用	833例结直肠癌患者的肿瘤组织样本，包括单核细胞、粒细胞、肥大细胞和肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	免疫组化, 机器学习, 单细胞RNA测序	监督机器学习模型	图像, 基因表达数据	833例结直肠癌患者的组织样本及62例单细胞RNA测序数据	NA	免疫组化, 单细胞RNA-seq	NA	定制10重免疫组化检测，单细胞RNA测序使用公共数据
14	2026-08-22	Single-cell RNA-seq of Drosophila miranda testis reveals the evolution and trajectory of germline sex chromosome regulation 2024-04, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002605 PMID:38687805	研究论文	利用单细胞RNA测序研究果蝇miranda睾丸中生殖系性染色体调控的演化轨迹，揭示剂量补偿关闭而非减数分裂性染色体失活导致X连锁基因下调，并探讨neo-Y染色体对剂量平衡的补偿机制	首次在果蝇中结合单细胞和批量RNA测序与核糖体分析，以年轻性染色体为模型，揭示生殖系中X下调主要由剂量补偿关闭而非传统MSCI驱动，并发现neo-Y连锁基因通过翻译补偿蛋白剂量	研究局限于单一果蝇物种，且依赖转录和翻译数据，未直接验证调控机制的功能性	探究果蝇中年轻性染色体如何获得性、细胞类型特异的调控程序，以及这些机制对性染色体架构演化的影响	果蝇miranda的睾丸生殖细胞（包括精原细胞、精母细胞等）及其性染色体（X、neo-X、neo-Y）	单细胞转录组学	不适用	单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、核糖体分析	不适用	单细胞基因表达数据、批量转录组数据、翻译组数据	未明确说明样本数量，涉及果蝇miranda睾丸的多个细胞类型	NA	单细胞RNA-seq、批量RNA-seq	NA	NA
15	2026-08-20	PDGFRα+ITGA11+ fibroblasts foster early-stage cancer lymphovascular invasion and lymphatic metastasis via ITGA11-SELE interplay 2024-04-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.02.002 PMID:38428409	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学，鉴定出早期膀胱癌中一种新的PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞亚群，并揭示其通过ITGA11-SELE相互作用促进淋巴管生成和早期癌症淋巴血管浸润及淋巴结转移的机制	首次在早期膀胱癌中鉴定出PDGFRα+ITGA11+ CAF亚群，并阐明其通过ITGA11-SELE相互作用激活SRC-p-VEGFR3-MAPK通路促进淋巴管生成及通过CHI3L1调节基质促进癌细胞浸润的机制	研究主要基于早期膀胱癌样本，可能不适用于其他癌症类型；机制验证主要在细胞和动物模型中，临床转化仍需进一步验证	阐明早期癌症中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在淋巴血管浸润和淋巴结转移中的作用机制	早期膀胱癌中的癌症相关成纤维细胞亚群及其与淋巴管内皮细胞的相互作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	CAF特异性缺陷小鼠模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据、临床样本数据	910例临床队列样本	10x Genomics	单细胞RNA测序, 空间转录组学	10x Chromium, 10x Visium	10x Chromium单细胞3' 转录组, 10x Visium空间转录组
16	2026-08-20	Investigating the basis of lineage decisions and developmental trajectories in the dorsal spinal cord through pseudotime analyses 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.24.550380 PMID:37546781	研究论文	通过伪时间分析研究背侧脊髓中背侧中间神经元的谱系决策和发育轨迹，结合单细胞RNA测序图谱并验证新基因。	开发了一个结合小鼠ESC来源的背侧中间神经元单细胞RNA测序图谱与伪时间分析的资源，用以识别调控谱系轨迹转变状态的新基因，并发现了dI5谱系轨迹的新终点。	摘要中未提及明确的局限性。	探究背侧脊髓中背侧中间神经元的命运决定和发育轨迹的分子机制。	小鼠胚胎干细胞来源的背侧中间神经元以及发育中的小鼠脊髓。	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	伪时间分析	单细胞基因表达数据	未明确说明样本数量	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
17	2026-08-19	Modeling single cell trajectory using forward-backward stochastic differential equations 2024-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012015 PMID:38620017	研究论文	提出一种结合前向-后向随机微分方程的新方法，用于更准确地推断单细胞发育轨迹	创新性地引入FBSDE模型，整合两个SDE的前向和后向运动，以实现对非线性单细胞发育轨迹的动态建模，并通过改进的近似过程提高推断精度	现有SDE方法依赖数值近似可能导致推断不准确，偏离真实轨迹	准确推断单细胞发育过程中的动态轨迹，特别是捕捉非线性路径	单细胞发育轨迹	机器学习	NA	scRNA-seq	前向-后向随机微分方程（FBSDE）	单细胞基因表达数据	多个scRNA-seq数据集，具体样本数量未提供	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
18	2026-08-19	Ranking of cell clusters in a single-cell RNA-sequencing analysis framework using prior knowledge 2024-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011550 PMID:38635836	研究论文	本文提出一种利用先验知识和专家用户信息对单细胞RNA测序分析中的细胞类型进行排序和优先排序的新方法，并基于与疾病相关的分子机制和药物匹配程度进行评估	首次利用标准化、结构化的先验知识（分子机制和药物）结合细胞间通讯扰动，以自动化方式对细胞类型进行排序，且已实现为R包scRANK	方法依赖先验知识的准确性和完整性，且可能受专家用户输入偏差影响	改进单细胞RNA测序框架中的细胞类型排序方法，以突出与疾病研究最相关的细胞类型	单细胞RNA测序框架中的细胞类型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
19	2026-08-19	Partial label learning for automated classification of single-cell transcriptomic profiles 2024-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012006 PMID:38578796	研究论文	研究部分标签学习框架下自动分类单细胞转录组谱的方法，并验证其性能与全监督学习相当	提出将部分标签学习应用于单细胞转录组分类，利用候选标签集而非完整标签，并探讨标签层次结构对方法的影响	未提及具体限制，但可能依赖模拟和特定真实数据集验证，泛化性有待进一步检验	开发自动化方法，利用部分注释数据分类单细胞转录组谱并识别谱系关系	单细胞转录组谱数据（模拟和真实数据集）	机器学习	不适用	单细胞RNA测序	SVM、kNN、原型法、逻辑回归、集成方法	基因表达数据	模拟和真实数据集，具体数量未说明	不适用	单细胞RNA-seq	不适用	不适用
20	2026-08-18	Reconstruction Set Test (RESET): A computationally efficient method for single sample gene set testing based on randomized reduced rank reconstruction error 2024-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012084 PMID:38683883	研究论文	提出了一种新的单样本基因集测试方法RESET，基于随机化降秩重构误差量化基因集重要性，并展示了其在真实和模拟单细胞RNA测序数据上的优越性能	RESET在方法上具有分析新颖性，采用计算高效的随机化降秩重构算法，能够同时检测差异丰度和差异相关模式，且计算成本较低	未在摘要中明确提及局限性	开发一种计算高效的单样本基因集测试方法，以有效检测差异丰度和差异相关模式	基因集和基因表达数据	机器学习	NA	RNA-seq（单细胞）	随机化降秩重构算法	基因表达数据	使用了真实和模拟的单细胞RNA测序数据	NA	单细胞RNA测序	NA	NA