单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-04-02	Single-cell multi-ome regression models identify functional and disease-associated enhancers and enable chromatin potential analysis 2024-Apr, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01689-8 PMID:38514783	研究论文	提出了一种基因级调控模型SCARlink，用于预测单细胞基因表达并通过多组学测序数据将增强子与目标基因关联	使用正则化泊松回归在瓦片水平可及性数据上联合建模基因位点的所有调控效应，避免了基因-峰相关性的成对分析和依赖峰调用的限制	NA	开发一种新的基因级调控模型，以预测单细胞基因表达并识别功能性和疾病相关增强子	单细胞基因表达和增强子	生物信息学	NA	scRNA-seq和scATAC-seq共测序	正则化泊松回归	多组学测序数据	NA
2	2025-03-29	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	该研究探讨了部分重编程如何影响老年小鼠大脑中的神经生成区域，并发现其能恢复神经母细胞比例至年轻水平	首次系统性地研究了部分重编程对老年大脑神经生成区域的影响，并发现其对神经母细胞及其前体细胞的恢复作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未验证其在人类中的效果	探究部分重编程对老年大脑神经生成区域的影响及其潜在应用	老年小鼠大脑中的神经生成区域和神经母细胞	神经科学	老年性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	老年小鼠大脑组织
3	2025-03-28	Synovial fibroblast gene expression is associated with sensory nerve growth and pain in rheumatoid arthritis 2024-Apr-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk3506 PMID:38598614	research paper	该研究通过机器学习方法识别与类风湿关节炎疼痛相关的基因表达模块，并验证了滑膜成纤维细胞与疼痛感知神经元之间的相互作用	使用GbGMI机器学习方法识别815个与疼痛相关的基因模块，并发现滑膜成纤维细胞通过表达特定基因促进疼痛感知神经元的生长	研究主要基于有限炎症的滑膜活检样本，可能不适用于高炎症状态的类风湿关节炎患者	探究类风湿关节炎疼痛与滑膜成纤维细胞基因表达的关系	类风湿关节炎患者的滑膜活检样本和疼痛感知神经元	machine learning	rheumatoid arthritis	single-cell RNA sequencing, receptor-ligand interaction analysis	GbGMI	gene expression data	两个独立的滑膜活检样本队列（已确诊和早期未治疗的类风湿关节炎患者）
4	2025-03-28	Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state 2024-Apr-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011 PMID:38521057	研究论文	本文通过荧光寿命成像技术（FLIM）研究神经干细胞（NSCs）的静息和激活状态，发现自荧光可作为神经干细胞激活状态的生物标志物	利用非破坏性、活细胞、无标记的自荧光成像技术，首次发现静息和激活状态的神经干细胞具有独特的自荧光特征，并可作为预测细胞行为的标志物	研究仅限于小鼠神经干细胞，尚未在人类或其他物种中验证	研究神经干细胞从静息状态到激活状态的转变过程及其代谢特征	小鼠神经干细胞（NSCs）	生物医学成像	NA	荧光寿命成像（FLIM）、单细胞RNA测序	NA	图像、转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及小鼠神经干细胞
5	2025-03-26	β-Catenin in Dendritic Cells Negatively Regulates CD8 T Cell Immune Responses through the Immune Checkpoint Molecule Tim-3 2024-Apr-25, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines12050460 PMID:38793711	研究论文	本文揭示了β-连环蛋白在树突状细胞中通过上调Tim-3分子抑制CD8 T细胞免疫应答的新机制，并探索了联合免疫治疗的潜在效果	发现了β-连环蛋白通过Tim-3分子抑制CD8 T细胞免疫应答的新机制，并验证了抗Tim-3抗体与DC疫苗联合治疗的协同抗肿瘤效果	研究主要在小鼠模型中进行，人类临床应用的转化效果尚需进一步验证	探究β-连环蛋白在树突状细胞中调控CD8 T细胞免疫应答的分子机制及其在肿瘤免疫治疗中的应用	树突状细胞、CD8 T细胞、B16F10黑色素瘤小鼠模型	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、DC靶向疫苗模型	CD11c-β-catenin转基因小鼠模型	基因表达数据、免疫应答数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型和肿瘤模型
6	2025-03-26	A human-specific enhancer fine-tunes radial glia potency and corticogenesis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.10.588953 PMID:38645099	research paper	该研究探讨了人类特异性增强子HAR在调节神经前体细胞增殖和神经发生能力中的作用，以及对大脑皮层发育和连接的影响	揭示了人类特异性增强子HAR通过调节WNT信号受体来影响神经前体细胞的行为，进而促进大脑皮层的扩展和复杂性	研究主要依赖于基因编辑的小鼠和灵长类模型，可能无法完全模拟人类大脑发育的复杂性	探究人类特异性增强子HAR在人类大脑皮层发育中的功能和作用机制	神经前体细胞（NPCs）、小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩NPCs及皮层类器官	神经科学	NA	基因组编辑、活体成像、谱系分析、单细胞RNA测序	基因编辑小鼠和灵长类模型、皮层类器官	基因组数据、RNA测序数据、成像数据	基因编辑的小鼠和灵长类模型、人类和黑猩猩NPCs及皮层类器官
7	2025-03-19	STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF MUCOCILIARY CLEARANCE IN HUMAN AIRWAYS 2024-Apr-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4164522/v1 PMID:38746209	研究论文	本研究探讨了人类气道中组织水平结构与纤毛器官功能之间的复杂联系，特别是气道的形态组织及其在黏液纤毛清除中的作用	首次绘制了大鼠和人类气道树中纤毛和分泌细胞类型的分布图，并阐明了预测清除功能的气道上皮结构参数	对动物数据的依赖限制了对人类气道屏障功能的关键见解，并阻碍了与人类相关的气道疾病建模	理解气道上皮结构与清除功能之间的力学联系	人类和大鼠的气道	NA	慢性阻塞性肺病（COPD）和哮喘	单细胞转录组学	NA	NA	NA
8	2025-03-19	IQGAP2 regulates blood-brain barrier immune dynamics 2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.07.527394 PMID:38645082	研究论文	本文探讨了IQGAP2蛋白在调节血脑屏障免疫动态中的作用	揭示了IQGAP2在维持血脑屏障免疫特权中的关键作用，并发现其在阿尔茨海默病中的表达减少	研究主要基于小鼠和斑马鱼模型，人类组织分析样本有限	研究IQGAP2如何影响免疫细胞通过血脑屏障的渗透	脑内皮细胞（BECs）、小鼠、斑马鱼和人类组织	生物医学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、免疫组织学	NA	RNA测序数据、组织图像	小鼠、斑马鱼模型及人类组织样本
9	2025-03-15	Fine-mapping analysis including over 254,000 East Asian and European descendants identifies 136 putative colorectal cancer susceptibility genes 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47399-x PMID:38670944	研究论文	本研究通过精细定位分析，结合超过254,000名东亚和欧洲后裔的GWAS数据，识别出136个潜在的结直肠癌易感基因	发现了56个之前未报告的结直肠癌易感基因，并揭示了与结直肠癌风险相关的新途径	尽管识别了大量易感基因，但具体的因果变异和目标基因大多仍未知	精细定位所有已知的结直肠癌风险位点，以识别因果变异和目标基因	100,204例结直肠癌病例和154,587名对照，主要来自东亚和欧洲后裔	基因组学	结直肠癌	GWAS, cis-eQTL/mQTL分析, 单细胞RNA测序, 全外显子测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 甲基化数据	100,204例病例和154,587名对照，以及1,299名和321名个体的结直肠组织特异性转录组和甲基化数据
10	2025-03-15	Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46540-0 PMID:38565563	研究论文	本文研究了dupilumab治疗特应性皮炎（AD）时出现的头颈部皮炎（DAHND）的免疫特征，通过单细胞RNA测序分析揭示了其与未治疗的AD和健康皮肤的区别	首次通过单细胞RNA测序揭示了dupilumab相关头颈部皮炎的免疫特征，特别是寡克隆扩增的T细胞中IL22相关标志物的显著增加	研究样本量有限，且未探讨dupilumab对其他类型皮炎的影响	探讨dupilumab治疗特应性皮炎时出现的头颈部皮炎的免疫机制	dupilumab相关头颈部皮炎（DAHND）患者、未治疗的AD患者和健康对照者的皮肤样本	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
11	2025-03-12	Molecular differences between neonatal and adult stria vascularis from organotypic explants and transcriptomics 2024-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.24.590986 PMID:38712156	研究论文	本研究通过开发新生和成年小鼠的完整组织外植模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，为SV相关听力损失的研究提供了新的视角	开发了新生和成年小鼠的完整组织外植模型，并结合单细胞RNA测序技术揭示了SV在新生和成年阶段的分子差异，为SV研究提供了新的平台和方法	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类SV的生物学特性	研究耳蜗血管纹（SV）在新生和成年阶段的分子差异，以探索SV相关听力损失的生物学解决方案	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）	生物医学研究	听力损失	单细胞RNA测序	小鼠组织外植模型	RNA测序数据	新生和成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）组织
12	2025-03-12	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	研究论文	本文报告了小鼠精囊的第一个单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊中分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的精囊	研究精囊的细胞组成及其在生殖过程中的作用	小鼠精囊	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
13	2025-03-12	Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.29.587285 PMID:38617262	研究论文	本文介绍了一种名为Seq-Scope的新技术，该技术重新利用Illumina测序平台进行高分辨率、高内容的空间转录组分析	Seq-Scope技术通过重新利用Illumina测序平台，克服了传统空间转录组技术在分辨率、基因范围、可扩展性、成本及设备复杂性方面的限制	尽管Seq-Scope技术具有显著优势，但其应用仍受限于需要复杂的实验步骤和计算分析流程	开发并优化一种高分辨率、高内容的空间转录组分析技术，以克服现有技术的限制	多种生物组织的冷冻切片	分子生物学与组织学	NA	Illumina NovaSeq 6000测序平台	NA	转录组数据与组织学图像	7 mm × 7 mm或更大的多个组织切片
14	2025-03-11	Single-cell transcriptomic analysis reveals genome evolution in predatory litostomatean ciliates 2024-Apr, European journal of protistology IF:1.9Q4 DOI:10.1016/j.ejop.2024.126062 PMID:38368736	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术，研究了六种捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组特征，揭示了其基因组进化与捕食能力的关系	首次使用单细胞测序技术分析捕食性Litostomatea纤毛虫的转录组，揭示了与捕食能力相关的基因家族扩展和全基因组复制事件	研究仅基于转录组数据，缺乏基因组数据的直接验证	探讨Litostomatea纤毛虫捕食能力的遗传基础及其进化机制	六种捕食性Litostomatea纤毛虫	基因组学	NA	单细胞测序技术	NA	转录组数据	六种捕食性Litostomatea纤毛虫
15	2025-03-08	Inflammatory recruitment of healthy hematopoietic stem and progenitor cells in the acute myeloid leukemia niche 2024-04, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-024-02136-7 PMID:38228679	研究论文	本文研究了急性髓性白血病（AML）微环境中炎症对健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的影响	揭示了HSPCs在白血病微环境中作为炎症传播的未被识别的组成部分，并发现AML来源的纳米级细胞外囊泡（EV）足以触发HSPCs的炎症反应	研究主要基于两种同源AML模型，可能无法完全代表所有AML亚型的炎症反应	探讨AML微环境中炎症对HSPCs功能的影响及其在疾病进展中的作用	健康造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	急性髓性白血病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	两种同源AML模型
16	2025-03-05	Letter to editor: single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells of published cases 2024-Apr-02, Neurosurgical review IF:2.5Q1 DOI:10.1007/s10143-024-02375-3 PMID:38561568	comments	本文对最近关于ECM重塑脑膜瘤细胞的单细胞转录组分析研究进行了细致评估	强调了在肿瘤异质性和微环境影响方面更全面的研究视角的重要性	数据解释和验证存在挑战，且ECM重塑的研究焦点可能忽视了肿瘤生物学的其他关键方面	评估单细胞转录组分析在ECM重塑脑膜瘤细胞研究中的应用及其局限性	ECM重塑的脑膜瘤细胞	digital pathology	脑膜瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
17	2025-03-04	Refining the identity of mesenchymal cell types associated with murine periosteal and endosteal bone 2024-04, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107158 PMID:38479598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对小鼠骨相关间充质细胞进行了详细分类和比较，旨在澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	通过整合已发表的数据集和内部数据，创建了小鼠骨相关细胞的图谱，揭示了11个主要细胞簇，并定义了新的细胞类型Osteo-X	研究主要集中在小鼠模型上，结果可能无法直接推广到人类	增加骨母细胞和骨细胞的单细胞RNA测序数据，比较骨膜和骨内细胞，澄清与小鼠骨相关的主要细胞类型	小鼠骨相关间充质细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过100,000个间充质细胞
18	2025-02-28	Redox signalling regulates breast cancer metastasis via phenotypic and metabolic reprogramming due to p63 activation by HIF1α 2024-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02522-5 PMID:38238426	研究论文	本文研究了氧化还原信号通过HIF1α激活p63，导致表型和代谢重编程，从而促进乳腺癌转移的机制	首次揭示了GPx2敲低通过HIF1α激活p63，调控表型和代谢可塑性，促进乳腺癌转移的分子机制	研究主要基于PyMT乳腺肿瘤模型，结果是否适用于其他乳腺癌模型尚需验证	探讨氧化还原信号在乳腺癌转移中的作用机制	PyMT乳腺肿瘤模型中的肿瘤细胞亚群及其肺转移灶	癌症生物学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	PyMT乳腺肿瘤模型及其配对肺转移灶
19	2025-02-27	Adult Human, but Not Rodent, Spermatogonial Stem Cells Retain States with a Foetal-like Signature 2024-04-24, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13090742 PMID:38727278	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了人类和啮齿动物精原干细胞（SSCs）的转录状态，揭示了人类成年精原干细胞保留胎儿样特征的状态	研究发现人类成年精原干细胞中存在一种胎儿样特征的状态0B，这种状态在啮齿动物中不会持续到成年，表明不同物种在确保生育力和基因组完整性方面采取了不同的进化策略	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的实验验证来确认这些转录状态的功能意义	研究旨在揭示人类和啮齿动物精原干细胞在发育和物种间的转录异质性	人类和啮齿动物的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	34个青春期后人类睾丸样本，28个胎儿和青春期前样本，以及来自绵羊、猪、水牛、猕猴、大鼠和小鼠的数据
20	2025-02-27	An ultra high-throughput, massively multiplexable, single-cell RNA-seq platform in yeasts 2024-04, Yeast (Chichester, England) DOI:10.1002/yea.3927 PMID:38282330	研究论文	本文介绍了一种针对酵母的高通量单细胞RNA测序平台SPLiT-seq，并应用于43,388个不同物种和倍性的酵母细胞	优化了SPLiT-seq平台，使其能够以低成本对数百种酵母基因型或生长条件进行大规模并行RNA测序，无需特殊设备	该方法主要适用于酵母，可能不适用于其他生物体	开发并优化一种高通量单细胞RNA测序平台，以研究酵母的转录组	酵母细胞	单细胞RNA测序	NA	SPLiT-seq（Split Pool Ligation-based Transcriptome sequencing）	NA	RNA测序数据	43,388个酵母细胞