单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-18	Single-cell RNA sequencing reveals the cellular and molecular heterogeneity of treatment-naïve primary osteosarcoma in dogs 2024-04-24, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06182-w PMID:38658617	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了未经治疗的犬原发性骨肉瘤的细胞和分子异质性	首次通过单细胞RNA测序揭示了犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子组成，并发现了41种转录组学上不同的细胞类型，包括滤泡辅助T细胞、成熟的调节性树突状细胞和8种肿瘤相关巨噬细胞群体	研究仅限于6只未经治疗的犬，样本量较小，可能无法完全代表所有犬骨肉瘤的情况	揭示犬原发性骨肉瘤的肿瘤微环境中的细胞和分子异质性，为转化免疫肿瘤学研究提供基础	6只未经治疗的犬原发性骨肉瘤	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	35,310个细胞
2	2024-12-17	Single-cell transcriptomics unveil profiles and interplay of immune subsets in rare autoimmune childhood Sjögren's disease 2024-04-19, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06124-6 PMID:38641668	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了儿童罕见自身免疫性疾病Sjögren病的免疫亚群特征及其相互作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出儿童Sjögren病中的关键免疫细胞亚群，包括IFN基因富集的单核细胞、CD4 T效应记忆细胞和XCL1 NK细胞，并发现这些细胞在伴有复发性腮腺炎的儿童患者中尤为显著	研究仅限于儿童Sjögren病的外周免疫细胞，未涉及其他组织或器官的免疫细胞	揭示儿童Sjögren病的免疫细胞亚群及其相互作用，为精准医学奠定基础	儿童Sjögren病患者的免疫细胞亚群及其相互作用	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
3	2024-12-17	SPADE: spatial deconvolution for domain specific cell-type estimation 2024-04-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06172-y PMID:38632414	研究论文	本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的组成	SPADE通过整合空间模式到细胞类型组成的分析中，显著提升了对空间基因表达模式的理解	NA	理解不同细胞类型在其空间背景下的基因表达	细胞类型的组成及其在不同位置的比例	基因组学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学数据	空间反卷积	基因表达数据	合成数据和真实数据集
4	2024-12-15	Vaccine-elicited IL-1R signaling results in Th17 TRM-mediated immunity 2024-04-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06138-0 PMID:38594380	研究论文	本文研究了疫苗引发的IL-1R信号传导如何导致Th17 TRM介导的免疫反应	首次揭示了IL-1α在疫苗介导的肺部Th17 TRM细胞生成中的关键作用，并证明了IL-1α可以作为分子佐剂独立于LTA1生成肺部Th17 TRM细胞	研究主要集中在IL-1α的作用，未探讨其他IL-1家族成员在Th17 TRM细胞生成中的潜在作用	探讨疫苗引发的IL-1R信号传导在肺部Th17 TRM细胞生成中的作用	疫苗引发的IL-1R信号传导、肺部Th17 TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5	2024-12-14	A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia 2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.26.559569 PMID:37808650	研究论文	本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经再生的化合物	首次使用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子分析，筛选出促进神经再生的化合物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经再生能力，以恢复视网膜疾病患者的视力	小鼠Müller胶质细胞的神经再生	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	92种化合物
6	2024-12-14	q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics 2024-04-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06104-w PMID:38565955	研究论文	本文介绍了一种名为q-diffusion的框架，用于捕捉单细胞转录组数据中基因共表达的完整维度	q-diffusion框架在捕捉基因共表达结构方面优于现有的分析工具，能够提供更丰富的细胞生物学理解	NA	探索单细胞RNA测序数据的完整维度，以更深入地理解细胞生物学	单细胞RNA测序数据中的基因共表达结构	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及CALGB/SWOG 80405临床试验、体外PBMC数据集和人类皮质组织的空间单细胞RNA测序数据
7	2024-12-13	Single-Cell Analysis Reveals a Subset of High IL-12p40-Secreting Dendritic Cells within Mouse Bone Marrow-Derived Macrophages Differentiated with M-CSF 2024-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300431 PMID:38416039	研究论文	本研究揭示了在小鼠骨髓来源的巨噬细胞中，通过M-CSF分化后存在一小部分高IL-12p40分泌的树突状细胞	首次发现M-CSF分化的小鼠骨髓来源巨噬细胞中存在高表达IL-12p40的树突状细胞亚群，并通过单细胞RNA测序证实了这一亚群的存在	研究仅限于小鼠模型，且主要在体外培养条件下进行，可能无法完全反映体内情况	探讨小鼠骨髓来源巨噬细胞中IL-12p40高表达的树突状细胞亚群的存在及其生物学意义	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的树突状细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的细胞亚群
8	2024-12-12	The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq 2024-Apr-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05788-5 PMID:38689234	研究论文	研究了数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	比较了16种数据转换方法对单细胞聚类分析和批次整合分析的影响，并探讨了数据转换对深度特征编码分析的影响	数据转换方法的性能在不同数据集之间差异较大，每个数据集的最优方法不同	研究数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器模型、原型网络	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
9	2024-12-12	NKX2-2 based nuclei sorting on frozen human archival pancreas enables the enrichment of islet endocrine populations for single-nucleus RNA sequencing 2024-Apr-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10335-w PMID:38689254	研究论文	本文开发了一种基于NKX2-2抗体的单核RNA测序方法，用于从冷冻存档的人胰腺组织中富集胰岛内分泌细胞群体	创新性地使用NKX2-2抗体进行荧光激活的核排序，以富集胰腺内分泌细胞的核，并首次在冷冻存档的胰腺组织中进行单核RNA测序	研究仅限于胰腺内分泌细胞群体，未涵盖其他细胞类型	开发一种新的方法，利用冷冻存档的胰腺组织进行单核RNA测序，以富集胰岛内分泌细胞群体	人胰腺组织中的胰岛内分泌细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	从冷冻存档的人胰腺组织中提取的多个样本
10	2024-12-12	Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28358 PMID:38689972	研究论文	本文比较了10X Chromium和BD Rhapsody两种单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的应用	首次直接比较了两种商业化的高通量单细胞RNA测序技术在前列腺癌样本中的应用，揭示了平台间的差异	研究仅限于局部前列腺癌样本，未涵盖其他类型的癌症或组织	比较不同单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的表现，为选择合适的测序平台提供依据	局部前列腺癌患者的样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自接受根治性前列腺切除术的局部前列腺癌患者的配对样本
11	2024-12-10	Joint Bayesian estimation of cell dependence and gene associations in spatially resolved transcriptomic data 2024-04-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60002-z PMID:38664448	研究论文	本文提出了一种联合贝叶斯方法，用于同时估计空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性	本文的创新点在于提出了一种联合贝叶斯方法，能够同时估计基因和空间细胞的相关性，从而保留基因表达的依赖结构	本文的局限性在于仅通过模拟和真实数据集进行了方法的验证，未探讨其在其他类型数据上的适用性	本文的研究目的是开发一种新的方法，用于分析空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性	本文的研究对象是空间转录组数据中的基因表达和细胞空间位置	生物信息学	NA	空间转录组学	贝叶斯模型	基因表达数据	多个真实空间转录组数据集
12	2024-12-10	Cross-modality mapping using image varifolds to align tissue-scale atlases to molecular-scale measures with application to 2D brain sections 2024-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47883-4 PMID:38664422	研究论文	本文提出了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的方法	通过将空间转录组数据表示为编码位置和高维特征（基因、细胞类型）身份的广义函数，解决了传统图像表示无法有效建模高维数据的问题	NA	解决在图谱构建和跨样本/技术对齐中，由于样本稀少和传统图像表示无法有效建模高维数据的问题	小鼠脑图谱与基于基因和细胞的转录组数据（来自MERFISH和BARseq技术）以及组织病理学和跨物种图谱	数字病理学	NA	LDDMM	NA	图像	NA
13	2024-12-10	Glioblastoma-instructed microglia transition to heterogeneous phenotypic states with phagocytic and dendritic cell-like features in patient tumors and patient-derived orthotopic xenografts 2024-04-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01321-8 PMID:38566128	研究论文	研究了胶质母细胞瘤（GBM）患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中，GBM诱导的微胶质细胞向具有吞噬和树突状细胞样特征的异质表型状态的转变	首次系统地描述了GBM患者肿瘤和PDOX中肿瘤微环境（TME）的单细胞和空间水平特征，揭示了GBM细胞与宿主细胞之间的相互作用及其在TME中的异质性	研究主要集中在GBM患者肿瘤和PDOX中的TME，未涉及其他类型的肿瘤或更广泛的免疫细胞群体	深入了解GBM生态系统及其在临床前模型中的再现，以提高临床试验的准确性和成功率	GBM患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中的肿瘤微环境（TME）	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多色流式细胞术、免疫组化	NA	基因表达数据	不同肿瘤表型的GBM PDOX和患者肿瘤样本
14	2024-12-10	Detecting early-warning biomarkers associated with heart-exosome genetic-signature for acute myocardial infarction: A source-tracking study of exosome 2024-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18334 PMID:38661439	研究论文	本研究通过源追踪分析，检测与急性心肌梗死相关的心脏外泌体遗传特征的早期预警生物标志物	本研究首次通过源追踪分析，结合单细胞测序、加权基因共表达网络和机器学习分析，识别出与急性心肌梗死相关的心脏外泌体遗传特征的早期预警生物标志物	本研究仅在急性心肌梗死患者中验证了生物标志物与临床指标的相关性，未来需要在更大样本和不同疾病阶段进行验证	检测与急性心肌梗死相关的心脏外泌体遗传特征的早期预警生物标志物	急性心肌梗死患者的外泌体	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	机器学习	基因数据	急性心肌梗死患者
15	2024-12-09	Shaoxia: a web-based interactive analysis platform for single cell RNA sequencing data 2024-Apr-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10322-1 PMID:38658838	研究论文	本文介绍了一个名为Shaoxia的基于网络的单细胞RNA测序数据交互分析平台	Shaoxia平台通过高性能计算能力和用户友好的界面，使不具备编程专业知识的实验室研究人员也能进行单细胞RNA测序数据分析	NA	开发一个易于使用的软件，涵盖单细胞RNA测序数据分析的所有方面	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
16	2024-12-09	Library size confounds biology in spatial transcriptomics data 2024-04-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03241-7 PMID:38637899	研究论文	本文探讨了空间转录组学数据中库大小对生物学解释的影响	首次揭示了库大小与组织结构之间的关联，并指出使用单细胞RNA测序的归一化方法会对空间域识别产生负面影响	仅限于空间转录组学数据，未涵盖其他类型的分子数据	研究空间转录组学数据中的库大小效应及其对分析的影响	空间转录组学数据及其分析方法	单细胞测序	NA	RNA-seq	NA	空间转录组数据	未具体说明样本数量
17	2024-12-09	The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588111 PMID:38617255	研究论文	本文详细研究了Seurat和Scanpy在单细胞RNA测序分析中的算法和方法差异	发现了Seurat和Scanpy在输出结果上存在显著差异，这种差异相当于在基准测试中减少5%的读取量或分析20%的细胞群体	本文未提及具体的解决方案或改进措施	探讨不同软件包和版本对单细胞RNA测序分析结果的影响	Seurat和Scanpy软件包及其不同版本	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
18	2024-12-09	Seq-Scope Protocol: Repurposing Illumina Sequencing Flow Cells for High-Resolution Spatial Transcriptomics 2024-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.29.587285 PMID:38617262	研究论文	本文介绍了一种名为Seq-Scope的新技术，利用Illumina测序平台进行高分辨率空间转录组分析	Seq-Scope技术重新利用Illumina测序流式细胞仪，实现了高分辨率和高内容的空间转录组分析，克服了传统方法的局限性	NA	开发一种新的技术，用于高分辨率空间转录组分析，以克服现有技术的局限性	利用Illumina NovaSeq 6000测序流式细胞仪进行空间转录组分析	分子生物学	NA	空间转录组分析	NA	转录组数据	多个组织切片，面积为7 mm × 7 mm或更大
19	2024-12-09	Distribution-Agnostic Deep Learning Enables Accurate Single-Cell Data Recovery and Transcriptional Regulation Interpretation 2024-Apr, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202307280 PMID:38380499	研究论文	本文介绍了一种名为Bis的分布无关深度学习模型，用于准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控	Bis模型采用最优传输自动编码器，能够捕捉单细胞RNA测序数据的复杂分布，并通过正则化细胞嵌入空间来处理数据稀疏性问题	NA	开发一种能够准确恢复单细胞基因表达数据并解释转录调控的深度学习模型	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	基因表达数据	NA
20	2024-12-07	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	使用BARseq技术对小鼠前脑九个半球中的104个细胞类型标记基因进行高通量原位测序，揭示了皮质区域身份与转录组特征之间的关系	首次使用BARseq技术在细胞分辨率下对大量皮质神经元进行转录组分析，揭示了皮质模块的转录组特征与连接性之间的关系	研究仅限于小鼠前脑，未涉及其他物种或脑区	探讨皮质区域的转录组特征及其在发育过程中的形成机制	小鼠前脑皮质神经元的转录组特征	神经科学	NA	BARseq	NA	基因表达数据	4,194,658个皮质神经元，来自九个小鼠前脑半球