单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
161	2024-08-05	Gene-expression memory-based prediction of cell lineages from scRNA-seq datasets 2024-Mar-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47158-y PMID:38553478	研究论文	该文章介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，用于从scRNA-seq数据集中识别细胞谱系	GEMLI能够从缺乏谱系信息的scRNA-seq数据中可靠地识别小到中型细胞谱系，并重建多细胞结构	该方法在技术上复杂，通常受限于时间分辨率	研究细胞分化过程中的遗传信息传递	人类乳腺癌活检样本中的细胞谱系	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	人类乳腺癌活检样本
162	2024-08-05	Endocrine islet β-cell subtypes with differential function are derived from biochemically distinct embryonic endocrine islet progenitors that are regulated by maternal nutrients 2024-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946483/v1 PMID:38496675	研究论文	这篇文章探讨了内分泌岛β细胞亚型的起源及其功能差异	本研究首次展示了胚胎内分泌岛前体的生化特性如何导致不同功能的β细胞亚型产生	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全概括人类的情况	旨在揭示β细胞亚型的产生机制及其与糖尿病的关联	研究对象为小鼠胚胎内分泌岛前体细胞及其衍生的β细胞亚型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序和DNA甲基化分析	组合细胞谱系追踪	基因表达数据	多个小鼠胚胎的内分泌岛前体细胞
163	2024-08-05	Incongruity between T cell receptor recognition of breast cancer hotspot mutations ESR1 Y537S and D538G following exogenous peptide loading versus endogenous antigen processing 2024-03, Cytotherapy IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.jcyt.2023.12.002 PMID:38231165	研究论文	本研究探讨了T细胞受体工程化的T细胞在乳腺癌突变ESR1 Y537S和D538G的识别中的不一致性	本文创新在于识别了特定的T细胞克隆，这些克隆对外源性肽加载敏感，但对内源性突变不具反应性	研究并未探讨所有可能的抗原及其处理方式，可能限制了结果的普遍适用性	研究旨在识别针对转移性乳腺癌驱动突变的T细胞受体	研究对象为健康供体和转移性乳腺癌患者的T细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	克隆型分析	细胞	从健康供体和转移性乳腺癌患者中扩增的T细胞系
164	2024-08-04	Navigating the landscapes of spatial transcriptomics: How computational methods guide the way 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1839 PMID:38527900	综述	本文综述了空间转录组数据挖掘的当前计算方法	提出了对现有分析理论和工具的更新和改革建议，以应对新的实验技术	数据分析和生物学见解生成的困难尚未完全解决	探讨空间转录组研究中的计算方法	空间转录组数据及其挖掘方法	计算生物学	NA	NA	NA	空间转录组数据	NA
165	2024-08-04	Spatial analysis toolkits for RNA in situ sequencing 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1842 PMID:38605484	综述	本文介绍了RNA原位测序（ISS）的生物信息学工具包及其数据分析流程	提出了适用于ISS数据分析的先进生物信息学工具，并详细审查了每种工具的应用及其与ISS数据的兼容性	未提及具体的实验实例支持工具的有效性	帮助研究者选择合适的工具以进行ISS数据分析	RNA原位测序（ISS）和相关数据分析工具	数字病理学	NA	原位测序（ISS）	NA	图像数据	NA
166	2024-08-04	Pharmacological suppression of the OTUD4/CD73 proteolytic axis revives antitumor immunity against immune-suppressive breast cancers 2024-Mar-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176390 PMID:38530357	研究论文	本研究揭示了OTUD4/CD73蛋白水解轴在免疫抑制型乳腺癌治疗中的重要性	提出了通过抑制OTUD4/CD73蛋白水解轴的新策略，以恢复对免疫抑制型乳腺癌的抗肿瘤免疫	未提供关于临床试验的具体数据和长期效果的评估	探索治疗免疫抑制型三阴性乳腺癌的新策略	主要研究免疫抑制型三阴性乳腺癌细胞及其免疫细胞的相互作用	数字病理学	乳腺癌	多组学分析	NA	NA	前临床模型的TNBC样本
167	2024-08-04	MEF2C Hypofunction in GABAergic Cells Alters Sociability and Prefrontal Cortex Inhibitory Synaptic Transmission in a Sex-Dependent Manner 2024-Mar, Biological psychiatry global open science DOI:10.1016/j.bpsgos.2024.100289 PMID:38390348	研究论文	本研究探讨了MEF2C在GABA能细胞中的低功能对社交性和前额叶皮层抑制突触传递的影响，并呈现性别差异。	首次揭示了MEF2C在发育GABA能细胞中的低功能导致的性别特异性社交偏好缺陷和行为改变。	只在小鼠模型中进行研究，可能无法完全反映人类的情况。	研究MEF2C在GABA能细胞中的低功能如何影响社交行为及前额叶皮层的突触传递。	以小鼠为研究对象，聚焦于MEF2C低功能对GABA能细胞的影响。	神经科学	自闭症谱系障碍	电生理、单细胞转录组学、光遗传学	小鼠模型	基因表达数据、脑电图数据	使用了多个小鼠样本，具体样本数量未提及
168	2024-08-05	IL-33 potentiates histaminergic itch 2024-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.038 PMID:37984799	研究论文	本研究探讨了IL-33在组胺引起的瘙痒中的作用	揭示了IL-33通过刺激肥大细胞和依赖于IL-13的机制放大组胺诱导的瘙痒，挑战了IL-33在感觉神经元中的角色	未能详细探讨IL-33在感觉神经元信号传导中的具体机制	确定IL-33是否能够增强组胺诱导的瘙痒	利用小鼠模型评估IL-33对组胺引起的瘙痒行为的影响	免疫学	慢性自发性荨麻疹	单细胞RNA测序，基因芯片	条件性和全局敲除小鼠	生物样本，包括皮肤组织样本	涉及人类和小鼠皮肤的多个转录组数据集以及不同刺激下的小鼠肥大细胞
169	2024-08-05	scX: A user-friendly tool for scRNA-seq exploration 2024-Mar-07, ArXiv PMID:37961742	研究论文	本论文介绍了scX，一个基于Shiny框架的R包，用于简化单细胞RNA测序的数据分析和可视化	scX提供了一个用户友好的互动图形界面，使用户能够轻松访问关键的scRNA-seq分析	需要熟练的专业知识来处理和解释数据	研究旨在简化单细胞RNA测序实验的数据分析和可视化	单细胞RNA测序实验的数据	数字病理学	NA	NA	NA	数据集	NA
170	2024-08-05	A distinct tumor microenvironment makes anaplastic thyroid cancer more lethal but immunotherapy sensitive than papillary thyroid cancer 2024-Mar-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173712 PMID:38478516	研究论文	本文探讨了非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响	研究首次构建了甲状腺癌的单细胞图谱，并发现CXCL13+ T细胞在非分化甲状腺癌样本中的富集	缺乏对不同治疗方案长时间观察的临床数据	探究非分化甲状腺癌与乳头状甲状腺癌之间的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响	主要研究对象为非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	涉及的样本包括非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌样本，但具体样本数未列出
171	2024-08-05	Targeting HIV persistence in the tissue 2024-03-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000836 PMID:38169333	研究论文	该文章探讨了针对HIV在组织中的持存现象的挑战和新策略。	文章提出了针对HIV持存的组织特定疗法，强调微环境的重要性以及使用新工具获得的详细信息。	未提及具体的实验数据或临床试验结果来支持所提出的策略。	研究HIV组织储存的复杂性及其消除策略。	HIV感染者组织中的HIV储存及相关细胞。	数字病理学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序，CRISPR筛选，mRNA技术，组织类器官	NA	组织样本	NA
172	2024-08-05	Single cell RNA-seq: a novel tool to unravel virus-host interplay 2024-Mar, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00859-w PMID:38817399	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在揭示病毒与宿主相互作用中的应用	该研究展示了scRNA-seq如何通过全面的转录组分析理解病毒-宿主交互，并能够识别病毒基因组和宿主细胞反应的异质性	本文未提及具体的实验局限性	研究旨在利用scRNA-seq技术深入理解病毒与宿主之间的相互作用	研究对象为宿主细胞及其与病毒的相互作用	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
173	2024-08-05	Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae180 PMID:38653489	研究论文	该研究介绍了一种名为scGATE的新计算工具，用于推断特定细胞类型或状态的转录因子与基因之间的调控关系	scGATE通过使用贝叶斯框架推断布尔规则，无需为每个布尔规则单独进行公式和可能性计算，从而显著减少了时间复杂度	NA	推断特定细胞类型或状态的基因调控网络	转录因子与基因的相互作用网络	数字病理学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	使用小鼠组织和人血的合成及真实单细胞数据
174	2024-08-05	Investigation of cellular communication and signaling pathways in tumor microenvironment for high TP53-expressing osteosarcoma cells through single-cell RNA sequencing 2024-Mar-25, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-024-02318-4 PMID:38526643	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨高TP53表达骨肉瘤细胞在肿瘤微环境中的细胞间通信和信号通路	探究了高TP53表达骨肉瘤细胞与肿瘤微环境内相邻细胞类型之间的细胞间动态，识别了重要的信号通路	对细胞间通信网络的理解仍需更深入的研究	阐明骨肉瘤TME内细胞间通信网络的复杂性	高TP53表达骨肉瘤细胞及其周围的巨噬细胞、单核细胞、内皮细胞和PVLs	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
175	2024-08-04	Casp11 Deficiency Alters Subgingival Microbiota and Attenuates Periodontitis 2024-03, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231221712 PMID:38197150	研究论文	本研究探讨了Caspase-11介导的非经典焦亡、亚龈微生物群变化与巨噬细胞极化之间的相互作用	揭示了Caspase-11在牙周炎病理生理过程中的关键作用，并强调其对亚龈微生物群和巨噬细胞M1极化的影响	具体机制尚不清楚，需进一步研究以验证这些发现	探讨Caspase-11缺失对亚龈微生物群及牙周炎的影响	牙周炎患者的临床样本以及实验性牙周炎小鼠模型	数字病理学	牙周炎	单细胞测序	小鼠模型	临床样本	牙周炎患者的临床样本及实验性小鼠模型
176	2024-08-04	A revised conceptual framework for mouse vomeronasal pumping and stimulus sampling 2024-03-25, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.01.036 PMID:38320553	研究论文	本文重新审视了鼠类嗅诱导器的泵送和刺激采样的概念框架	揭示了鼠类嗅诱导器的平滑肌组织新结构及其在刺激采样中的作用	未涉及其他哺乳动物的比较研究	深入理解嗅诱导器的物理和机械功能	鼠类的嗅诱导器及其平滑肌结构	生物学	NA	解剖学、组织学和生理学方法	NA	影像、转录组数据	通过解剖和成像技术分析的鼠类样本
177	2024-08-05	Tumor-infiltrating monocytic myeloid-derived suppressor cells contribute to the development of an immunosuppressive tumor microenvironment in gastric cancer 2024-03, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association IF:6.0Q1 DOI:10.1007/s10120-023-01456-4 PMID:38217732	研究论文	本研究探讨了不同免疫抑制细胞在胃癌免疫微环境发展中的作用	识别了肿瘤浸润的单核细胞来源抑制性细胞在胃癌免疫抑制微环境中的关键作用，尤其是IER3+ M-MDSCs	研究主要集中于未治疗或对免疫检查点抑制剂(Ici)有抵抗性的胃癌患者的样本	探讨不同免疫抑制细胞类型在胃癌免疫微环境中的作用	未治疗或对免疫检查点抑制剂抵抗的胃癌患者的样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和多重免疫染色	NA	基因表达数据	未处理或免疫检查点抑制剂抵抗的胃癌患者样本
178	2024-08-04	Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae233 PMID:38770716	研究论文	本文介绍了一种名为EMOGEA的RNA-seq数据分析框架，能够处理时间序列测量的基因表达数据	该框架综合考虑了测量不确定性，适用于低计数转录本的数据分析，有助于提取基因表达的动态特征	本文未提到具体的局限性	改善对动态现象中基因调控的理解，尤其是在肿瘤进展和药物反应过程中	主要涉及RNA-seq数据，特别是低计数转录本	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	时间序列数据	使用了斑马鱼胚胎和小鼠早期植入的实验数据进行验证
179	2024-08-05	A molecular atlas of adult C. elegans motor neurons reveals ancient diversity delineated by conserved transcription factor codes 2024-Mar-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113857 PMID:38421866	研究论文	本研究生成了成年线虫运动神经元的全面分子图谱，并建立了一个可搜索的数据库	通过单细胞RNA测序揭示了C. elegans运动神经元的29个分子亚类，并展示了保守的转录因子编码的组合代码	未提及具体的限制	定义成年线虫运动神经元的分子特征以及提取组织原则	成年Caenorhabditis elegans的运动神经元	数字病理学	成人发病疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	13200个细胞
180	2024-08-04	Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs) 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae230 PMID:38739758	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞中的早期神经发育相关生物标志物及其调控网络	该文章揭示了539个差异表达基因及其在早期人脑发育中的功能角色，并构建了基因调控网络	研究中所使用的样本主要来自体外分化的胚胎干细胞，可能无法完全代表完整的生物体内发育过程	识别早期神经发育中的差异表达基因及其分子机制	人类胚胎干细胞在不同发育阶段的差异表达基因	数字病理学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	在hESC分化为神经元的体外实验中，共分析了26天（D26）和54天（D54）时的样本