单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 535 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-11-06 |
Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women
2024-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.07.583985
PMID:38559249
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研究论文 | 本文应用单细胞RNA测序技术分析了5名健康育龄女性子宫内膜和子宫肌层的细胞异质性和动态变化 | 本文构建了一个包含超过167,000个细胞的正常子宫细胞图谱，并提出了一个包含39个子类型的共识注释系统 | 本文仅分析了健康育龄女性的子宫细胞，未涉及其他年龄段或疾病状态 | 研究健康育龄女性子宫的细胞异质性和动态变化 | 子宫内膜和子宫肌层的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5名健康育龄女性 |
| 162 | 2024-11-06 |
In situ tissue profile of rat trigeminal nerve in trigeminal neuralgia using spatial transcriptome sequencing
2024-Mar-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001110
PMID:38270619
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研究论文 | 本研究通过空间转录组测序技术分析了三叉神经痛大鼠模型中三叉神经组织的细胞间相互作用 | 揭示了三叉神经节对施万细胞脱髓鞘和再髓鞘化反应的影响机制，并发现了新的重要靶基因和调控通路 | NA | 探讨三叉神经痛中不同类型细胞间的相互作用，特别是脱髓鞘对三叉神经节的影响及其内在机制 | 三叉神经痛大鼠模型的三叉神经组织 | NA | 三叉神经痛 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达矩阵 | 三叉神经痛大鼠模型的三叉神经组织样本 |
| 163 | 2024-11-04 |
Integration of scRNA-seq data by disentangled representation learning with condition domain adaptation
2024-Mar-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05706-9
PMID:38493095
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研究论文 | 提出了一种名为scDisco的单细胞RNA测序数据整合方法，通过解耦表示学习和条件域适应策略来减少批次效应并分离生物效应和条件特异性效应 | scDisco通过条件特异性域适应网络和条件特异性批量归一化层，成功解耦生物效应和条件特异性效应，并增强条件特异性表示 | NA | 加速在不同生物条件下系统差异的探索 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 164 | 2024-11-04 |
OralExplorer: a web server for exploring the mechanisms of oral inflammatory diseases
2024-03-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05019-8
PMID:38491529
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研究论文 | 开发了一个名为OralExplorer的网络工具，用于探索口腔炎症性疾病的机制 | 整合了公开的口腔炎症性疾病数据，并提供全面的在线生物信息学分析 | NA | 解决口腔炎症性疾病数据未充分利用的问题，探索其分子机制 | 口腔炎症性疾病及其相关数据 | 生物信息学 | 口腔炎症性疾病 | qPCR, IHC | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 35个相关数据集，涵盖6种主要疾病类型和901个样本 |
| 165 | 2024-11-04 |
In vivo CRISPR screening directly targeting testicular cells
2024-Mar-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100510
PMID:38447574
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研究论文 | 本文开发了一种体内CRISPR筛选方法，通过靶向睾丸细胞来识别影响精子发生的关键基因 | 首次将体外CRISPR筛选方法应用于体内，成功识别了影响精子发生的Rd3基因，并开发了Hub-Explorer工具来分析细胞类型特异性信号通路 | NA | 研究CRISPR-Cas9在体内筛选中的应用，识别影响精子发生的分子机制 | 睾丸细胞和精子发生过程 | 生物技术 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA |
| 166 | 2024-11-04 |
Proteomic analysis of ascitic extracellular vesicles describes tumour microenvironment and predicts patient survival in ovarian cancer
2024-Mar, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12420
PMID:38490958
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研究论文 | 本文通过质谱分析腹水外泌体中的蛋白质，描述了卵巢癌的肿瘤微环境并预测患者生存 | 本文首次定义了卵巢癌腹水外泌体的核心蛋白质组，并发现这些外泌体主要来源于非恶性细胞类型，如巨噬细胞和成纤维细胞 | NA | 研究卵巢癌腹水外泌体的蛋白质组成及其在肿瘤微环境中的作用，并评估其对患者生存的预测潜力 | 卵巢癌患者的腹水外泌体及其蛋白质组成 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱分析 | NA | 蛋白质 | NA |
| 167 | 2024-10-30 |
Proneural-mesenchymal antagonism dominates the patterns of phenotypic heterogeneity in glioblastoma
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109184
PMID:38433919
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）表型异质性的分子亚型及其相互关系 | 通过基因和基因签名的成对相关性分析，揭示了GBM中proneural和mesenchymal亚型之间的主要对抗关系，并提出了重新思考GBM表型特征化的建议 | NA | 探讨胶质母细胞瘤表型异质性的分子亚型及其相互关系 | 胶质母细胞瘤（GBM）的表型异质性及其分子亚型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过100个单细胞和bulk转录组数据集 |
| 168 | 2024-10-30 |
Unraveling the role of M1 macrophage and CXCL9 in predicting immune checkpoint inhibitor efficacy through multicohort analysis and single-cell RNA sequencing
2024-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.471
PMID:38434763
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研究论文 | 研究探讨了M1巨噬细胞和CXCL9在预测免疫检查点抑制剂疗效中的作用，通过多队列分析和单细胞RNA测序进行了综合分析 | 开发了一种基于M1巨噬细胞、CXCL9和APOBEC3G相关基因的多层次注意力图神经网络模型，用于预测免疫检查点抑制剂的疗效 | NA | 探讨M1巨噬细胞和CXCL9在预测免疫检查点抑制剂疗效中的作用 | M1巨噬细胞、CXCL9和APOBEC3G在免疫检查点抑制剂疗效预测中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多层次注意力图神经网络 | 基因表达数据 | 多队列样本 |
| 169 | 2024-10-29 |
Single-cell transcriptomics reveal the remodeling landscape of bladder in patients with obstruction-induced detrusor underactivity
2024-Mar, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.490
PMID:38414668
|
研究论文 | 研究使用单细胞转录组测序揭示了膀胱在阻塞性逼尿肌活动低下患者中的重塑景观 | 首次构建了阻塞性逼尿肌活动低下的单细胞图谱，揭示了细胞异质性和功能变化 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 揭示逼尿肌活动低下的潜在病理生理机制 | 膀胱功能障碍患者的膀胱细胞 | 数字病理学 | 泌尿系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 69,973个细胞，包括5个对照组和9个患者组 |
| 170 | 2024-10-28 |
Pan-cancer analysis of ABCC1 as a potential prognostic and immunological biomarker
2024-Mar, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101882
PMID:38290247
|
研究论文 | 本文研究了ABCC1在多种癌症中的表达及其作为预后和免疫生物标志物的潜力 | 首次全面分析了ABCC1在癌症免疫浸润和泛癌预后中的作用 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏临床试验验证 | 探讨ABCC1在癌症中的表达及其对预后和免疫反应的影响 | ABCC1在不同癌症类型中的表达及其与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症类型的TCGA数据和GEO数据库中的肝细胞癌scRNA-seq数据 |
| 171 | 2024-10-20 |
SSR1 and CKAP4 as potential biomarkers for intervertebral disc degeneration based on integrated bioinformatics analysis
2024-Mar, JOR spine
IF:3.4Q1
DOI:10.1002/jsp2.1309
PMID:38222802
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析，鉴定了SSR1和CKAP4作为椎间盘退变潜在的生物标志物，并在体外进行了验证 | 本研究首次通过综合生物信息学方法鉴定了SSR1和CKAP4作为椎间盘退变的潜在生物标志物，并在体外实验中验证了其诊断价值 | 本研究的样本量较小，且仅限于人类椎间盘组织，未来需要更大规模和多样本的验证 | 鉴定椎间盘退变的潜在生物标志物并验证其诊断价值 | 椎间盘退变相关的关键基因和潜在生物标志物 | 生物信息学 | 脊柱疾病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）、MCODE、LASSO算法、ROC曲线、免疫浸润分析、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 30个人类椎间盘样本 |
| 172 | 2024-10-14 |
Utilization of an Artery-on-a-Chip to Unravel Novel Regulators and Therapeutic Targets in Vascular Diseases
2024-03, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202302907
PMID:37797407
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研究论文 | 本研究利用器官芯片技术开发了一种体外中大型动脉模型，旨在重现动脉壁结构和影响管腔细胞的血液动力学力 | 首次使用动脉芯片模型来揭示剪切应力调节的新基因，并将其应用于药物测试 | NA | 揭示血管疾病中的新调节因子和治疗靶点 | 中大型动脉的结构和功能 | 生物医学工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括患病和非患病（内部对照）血管区域的患者样本 |
| 173 | 2024-10-08 |
A TGF-β-dominant chemoresistant phenotype of hepatoblastoma associated with aflatoxin exposure in children
2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000534
PMID:37459556
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研究论文 | 本文研究了儿童肝母细胞瘤（HB）中与黄曲霉素暴露相关的TGF-β主导的化疗耐药表型 | 首次定义了HB的四种转录亚型，并发现S2A亚型是一种新的化疗耐药亚型，与TGF-β上调和黄曲霉素暴露相关 | NA | 探讨黄曲霉素与肝母细胞瘤化疗耐药性的关系 | 肝母细胞瘤（HB）样本及其化疗耐药性 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、全外显子测序、批量RNA测序 | NA | RNA | 180个HB样本 |
| 174 | 2024-10-08 |
Single-cell immune profiling of mouse liver aging reveals Cxcl2+ macrophages recruit neutrophils to aggravate liver injury
2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000590
PMID:37695548
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析不同年龄小鼠肝脏免疫细胞，揭示Cxcl2+巨噬细胞招募中性粒细胞加剧肝脏损伤的机制 | 首次揭示Cxcl2+巨噬细胞通过CXCL2-CXCR2轴招募中性粒细胞，加剧老年小鼠肝脏损伤 | 研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人类中的适用性 | 探究年龄相关肝脏损伤中局部免疫微环境的动态变化及其机制 | 不同年龄小鼠肝脏中的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 89,542个免疫细胞 |
| 175 | 2024-09-30 |
Cryopreservation of cerebrospinal fluid cells preserves the transcriptional landscape for single-cell analysis
2024-Mar-23, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03047-1
PMID:38521932
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研究论文 | 研究探讨了不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响 | 首次比较了三种不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响，发现冷冻保存方法对细胞类型比例、细胞应激标志物和整体基因表达的影响较小 | 研究样本量较小，仅涉及三种冷冻保存方法，且样本来自单一来源 | 评估不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响 | 脑脊液细胞的冷冻保存方法及其对单细胞RNA测序结果的影响 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 来自三种不同冷冻保存方法的脑脊液样本，每种方法各一份 |
| 176 | 2024-09-21 |
FOXO1 reshapes neutrophils to aggravate acute brain damage and promote late depression after traumatic brain injury
2024-Mar-31, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00523-w
PMID:38556884
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研究论文 | 研究探讨了FOXO1蛋白在创伤性脑损伤（TBI）后中性粒细胞中的表达及其对脑损伤和后期抑郁的影响 | 首次揭示了FOXO1高表达的中性粒细胞在TBI急性期和慢性期对脑损伤和抑郁的促进作用 | NA | 研究TBI后中性粒细胞的异质性、多功能性和时间依赖性调节对脑损伤和结果的影响 | TBI患者和TBI小鼠模型中的中性粒细胞 | NA | 创伤性脑损伤 | 单细胞转录组学、代谢组学、蛋白质组学分析 | NA | 转录组数据、代谢数据、蛋白质数据 | TBI患者和TBI小鼠模型 |
| 177 | 2024-09-17 |
Metabolic targeting of cancer associated fibroblasts overcomes T-cell exclusion and chemoresistance in soft-tissue sarcomas
2024-Mar-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46504-4
PMID:38509063
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研究论文 | 研究通过代谢靶向癌症相关成纤维细胞（CAFs）克服软组织肉瘤中的T细胞排除和化学抗性 | 首次识别并命名了一种依赖GLUT1表达CXCL16的糖酵解癌症相关成纤维细胞（glyCAF），并证明靶向糖酵解可以减少glyCAF在肿瘤边缘的积累，增强T细胞浸润和化疗效果 | 研究结果需要在进一步的临床试验中验证 | 探索通过靶向CAFs改善软组织肉瘤中T细胞浸润和化疗效果的策略 | 软组织肉瘤中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞浸润 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用雌性小鼠模型进行研究 |
| 178 | 2024-09-14 |
ICARUS v3, a massively scalable web server for single-cell RNA-seq analysis of millions of cells
2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae167
PMID:38539041
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研究论文 | 本文介绍了ICARUS v3，一个用于大规模单细胞RNA测序数据分析的网络服务器应用 | ICARUS v3采用几何细胞草图方法对细胞进行子采样，以进行降维和聚类，并将其投影到大数据集上，支持多种下游数据分析应用 | NA | 开发一个能够有效分析大规模单细胞RNA测序数据的计算工作流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 130万细胞 |
| 179 | 2024-09-14 |
CTEC: a cross-tabulation ensemble clustering approach for single-cell RNA sequencing data analysis
2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae130
PMID:38552307
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研究论文 | 提出了一种名为CTEC的交叉表集成聚类方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | CTEC方法通过交叉表制定了两种重聚类策略（基于分布和基于异常值），显著改进了现有的单细胞数据聚类方法 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成聚类 | 基因表达数据 | 五个单细胞RNA测序数据集 |
| 180 | 2024-09-14 |
scDAC: deep adaptive clustering of single-cell transcriptomic data with coupled autoencoder and Dirichlet process mixture model
2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae198
PMID:38603616
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDAC的单细胞深度自适应聚类模型，结合了自编码器和狄利克雷过程混合模型，用于单细胞转录组数据的聚类分析 | scDAC通过联合优化自编码器和狄利克雷过程混合模型的参数，实现了对单细胞转录组数据的自适应聚类，能够准确识别细胞类型或亚型的数量 | NA | 开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中准确识别细胞类型或亚型数量的自适应聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 自编码器和狄利克雷过程混合模型 | 自编码器和狄利克雷过程混合模型 | 转录组数据 | 五个不同细胞类型数量的子采样数据集，以及九个单细胞RNA测序数据集 |