单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-11-04	Integration of scRNA-seq data by disentangled representation learning with condition domain adaptation 2024-Mar-16, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05706-9 PMID:38493095	研究论文	提出了一种名为scDisco的单细胞RNA测序数据整合方法，通过解耦表示学习和条件域适应策略来减少批次效应并分离生物效应和条件特异性效应	scDisco通过条件特异性域适应网络和条件特异性批量归一化层，成功解耦生物效应和条件特异性效应，并增强条件特异性表示	NA	加速在不同生物条件下系统差异的探索	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）	单细胞RNA测序数据	NA
142	2024-11-04	OralExplorer: a web server for exploring the mechanisms of oral inflammatory diseases 2024-03-15, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05019-8 PMID:38491529	研究论文	开发了一个名为OralExplorer的网络工具，用于探索口腔炎症性疾病的机制	整合了公开的口腔炎症性疾病数据，并提供全面的在线生物信息学分析	NA	解决口腔炎症性疾病数据未充分利用的问题，探索其分子机制	口腔炎症性疾病及其相关数据	生物信息学	口腔炎症性疾病	qPCR, IHC	NA	转录组数据, 单细胞测序数据	35个相关数据集，涵盖6种主要疾病类型和901个样本
143	2024-11-04	In vivo CRISPR screening directly targeting testicular cells 2024-Mar-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100510 PMID:38447574	研究论文	本文开发了一种体内CRISPR筛选方法，通过靶向睾丸细胞来识别影响精子发生的关键基因	首次将体外CRISPR筛选方法应用于体内，成功识别了影响精子发生的Rd3基因，并开发了Hub-Explorer工具来分析细胞类型特异性信号通路	NA	研究CRISPR-Cas9在体内筛选中的应用，识别影响精子发生的分子机制	睾丸细胞和精子发生过程	生物技术	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 蛋白质组学	NA	基因表达数据, 蛋白质相互作用数据	NA
144	2024-11-04	Proteomic analysis of ascitic extracellular vesicles describes tumour microenvironment and predicts patient survival in ovarian cancer 2024-Mar, Journal of extracellular vesicles IF:15.5Q1 DOI:10.1002/jev2.12420 PMID:38490958	研究论文	本文通过质谱分析腹水外泌体中的蛋白质，描述了卵巢癌的肿瘤微环境并预测患者生存	本文首次定义了卵巢癌腹水外泌体的核心蛋白质组，并发现这些外泌体主要来源于非恶性细胞类型，如巨噬细胞和成纤维细胞	NA	研究卵巢癌腹水外泌体的蛋白质组成及其在肿瘤微环境中的作用，并评估其对患者生存的预测潜力	卵巢癌患者的腹水外泌体及其蛋白质组成	数字病理学	卵巢癌	质谱分析	NA	蛋白质	NA
145	2024-10-30	Proneural-mesenchymal antagonism dominates the patterns of phenotypic heterogeneity in glioblastoma 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109184 PMID:38433919	研究论文	研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）表型异质性的分子亚型及其相互关系	通过基因和基因签名的成对相关性分析，揭示了GBM中proneural和mesenchymal亚型之间的主要对抗关系，并提出了重新思考GBM表型特征化的建议	NA	探讨胶质母细胞瘤表型异质性的分子亚型及其相互关系	胶质母细胞瘤（GBM）的表型异质性及其分子亚型	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过100个单细胞和bulk转录组数据集
146	2024-10-30	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-Mar-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本文开发了一种Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的不可或缺的作用	首次建立了Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型，并揭示了SON基因在器官发育和造血中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	研究SON基因在器官发育和造血中的作用，并开发一种罕见疾病的研究工具	Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim综合征的小鼠模型及其在器官发育和造血中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	Son+/−小鼠
147	2024-10-30	Unraveling the role of M1 macrophage and CXCL9 in predicting immune checkpoint inhibitor efficacy through multicohort analysis and single-cell RNA sequencing 2024-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.471 PMID:38434763	研究论文	研究探讨了M1巨噬细胞和CXCL9在预测免疫检查点抑制剂疗效中的作用，通过多队列分析和单细胞RNA测序进行了综合分析	开发了一种基于M1巨噬细胞、CXCL9和APOBEC3G相关基因的多层次注意力图神经网络模型，用于预测免疫检查点抑制剂的疗效	NA	探讨M1巨噬细胞和CXCL9在预测免疫检查点抑制剂疗效中的作用	M1巨噬细胞、CXCL9和APOBEC3G在免疫检查点抑制剂疗效预测中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	多层次注意力图神经网络	基因表达数据	多队列样本
148	2024-10-29	Single-cell transcriptomics reveal the remodeling landscape of bladder in patients with obstruction-induced detrusor underactivity 2024-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.490 PMID:38414668	研究论文	研究使用单细胞转录组测序揭示了膀胱在阻塞性逼尿肌活动低下患者中的重塑景观	首次构建了阻塞性逼尿肌活动低下的单细胞图谱，揭示了细胞异质性和功能变化	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	揭示逼尿肌活动低下的潜在病理生理机制	膀胱功能障碍患者的膀胱细胞	数字病理学	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	69,973个细胞，包括5个对照组和9个患者组
149	2024-10-28	Pan-cancer analysis of ABCC1 as a potential prognostic and immunological biomarker 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101882 PMID:38290247	研究论文	本文研究了ABCC1在多种癌症中的表达及其作为预后和免疫生物标志物的潜力	首次全面分析了ABCC1在癌症免疫浸润和泛癌预后中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，缺乏临床试验验证	探讨ABCC1在癌症中的表达及其对预后和免疫反应的影响	ABCC1在不同癌症类型中的表达及其与免疫细胞浸润的关系	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多种癌症类型的TCGA数据和GEO数据库中的肝细胞癌scRNA-seq数据
150	2024-10-24	Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae186 PMID:38579257	研究论文	本文介绍了一种名为RegionalST的计算方法，用于量化细胞类型混合和相互作用，识别感兴趣的子区域，并首次进行跨区域的细胞类型特异性差异分析	首次提出了一种能够利用跨区域信息并提高空间分辨率的计算方法RegionalST	NA	解决当前技术在利用跨区域信息和空间分辨率方面的不足，以更好地阐明组织异质性	空间转录组数据中的细胞类型混合、相互作用和组织异质性	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
151	2024-10-20	SSR1 and CKAP4 as potential biomarkers for intervertebral disc degeneration based on integrated bioinformatics analysis 2024-Mar, JOR spine IF:3.4Q1 DOI:10.1002/jsp2.1309 PMID:38222802	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析，鉴定了SSR1和CKAP4作为椎间盘退变潜在的生物标志物，并在体外进行了验证	本研究首次通过综合生物信息学方法鉴定了SSR1和CKAP4作为椎间盘退变的潜在生物标志物，并在体外实验中验证了其诊断价值	本研究的样本量较小，且仅限于人类椎间盘组织，未来需要更大规模和多样本的验证	鉴定椎间盘退变的潜在生物标志物并验证其诊断价值	椎间盘退变相关的关键基因和潜在生物标志物	生物信息学	脊柱疾病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、MCODE、LASSO算法、ROC曲线、免疫浸润分析、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	30个人类椎间盘样本
152	2024-10-14	Utilization of an Artery-on-a-Chip to Unravel Novel Regulators and Therapeutic Targets in Vascular Diseases 2024-03, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202302907 PMID:37797407	研究论文	本研究利用器官芯片技术开发了一种体外中大型动脉模型，旨在重现动脉壁结构和影响管腔细胞的血液动力学力	首次使用动脉芯片模型来揭示剪切应力调节的新基因，并将其应用于药物测试	NA	揭示血管疾病中的新调节因子和治疗靶点	中大型动脉的结构和功能	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括患病和非患病（内部对照）血管区域的患者样本
153	2024-10-08	A TGF-β-dominant chemoresistant phenotype of hepatoblastoma associated with aflatoxin exposure in children 2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000534 PMID:37459556	研究论文	本文研究了儿童肝母细胞瘤（HB）中与黄曲霉素暴露相关的TGF-β主导的化疗耐药表型	首次定义了HB的四种转录亚型，并发现S2A亚型是一种新的化疗耐药亚型，与TGF-β上调和黄曲霉素暴露相关	NA	探讨黄曲霉素与肝母细胞瘤化疗耐药性的关系	肝母细胞瘤（HB）样本及其化疗耐药性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、批量RNA测序	NA	RNA	180个HB样本
154	2024-10-08	Single-cell immune profiling of mouse liver aging reveals Cxcl2+ macrophages recruit neutrophils to aggravate liver injury 2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000590 PMID:37695548	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析不同年龄小鼠肝脏免疫细胞，揭示Cxcl2+巨噬细胞招募中性粒细胞加剧肝脏损伤的机制	首次揭示Cxcl2+巨噬细胞通过CXCL2-CXCR2轴招募中性粒细胞，加剧老年小鼠肝脏损伤	研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人类中的适用性	探究年龄相关肝脏损伤中局部免疫微环境的动态变化及其机制	不同年龄小鼠肝脏中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	89,542个免疫细胞
155	2024-09-30	Cryopreservation of cerebrospinal fluid cells preserves the transcriptional landscape for single-cell analysis 2024-Mar-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03047-1 PMID:38521932	研究论文	研究探讨了不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响	首次比较了三种不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响，发现冷冻保存方法对细胞类型比例、细胞应激标志物和整体基因表达的影响较小	研究样本量较小，仅涉及三种冷冻保存方法，且样本来自单一来源	评估不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响	脑脊液细胞的冷冻保存方法及其对单细胞RNA测序结果的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	来自三种不同冷冻保存方法的脑脊液样本，每种方法各一份
156	2024-09-21	FOXO1 reshapes neutrophils to aggravate acute brain damage and promote late depression after traumatic brain injury 2024-Mar-31, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00523-w PMID:38556884	研究论文	研究探讨了FOXO1蛋白在创伤性脑损伤（TBI）后中性粒细胞中的表达及其对脑损伤和后期抑郁的影响	首次揭示了FOXO1高表达的中性粒细胞在TBI急性期和慢性期对脑损伤和抑郁的促进作用	NA	研究TBI后中性粒细胞的异质性、多功能性和时间依赖性调节对脑损伤和结果的影响	TBI患者和TBI小鼠模型中的中性粒细胞	NA	创伤性脑损伤	单细胞转录组学、代谢组学、蛋白质组学分析	NA	转录组数据、代谢数据、蛋白质数据	TBI患者和TBI小鼠模型
157	2024-09-17	Metabolic targeting of cancer associated fibroblasts overcomes T-cell exclusion and chemoresistance in soft-tissue sarcomas 2024-Mar-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46504-4 PMID:38509063	研究论文	研究通过代谢靶向癌症相关成纤维细胞（CAFs）克服软组织肉瘤中的T细胞排除和化学抗性	首次识别并命名了一种依赖GLUT1表达CXCL16的糖酵解癌症相关成纤维细胞（glyCAF），并证明靶向糖酵解可以减少glyCAF在肿瘤边缘的积累，增强T细胞浸润和化疗效果	研究结果需要在进一步的临床试验中验证	探索通过靶向CAFs改善软组织肉瘤中T细胞浸润和化疗效果的策略	软组织肉瘤中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞浸润	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用雌性小鼠模型进行研究
158	2024-09-17	Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade 2024-Mar-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957 PMID:37851052	研究论文	研究探讨了默克尔细胞癌中的免疫抑制性髓系细胞及其与PD-1通路阻断抗性的关系	首次通过单细胞转录组学和多重免疫组化染色分析了默克尔细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞（TAM），并揭示了其免疫抑制基因特征和潜在的免疫抑制机制	研究样本量较小，且未探讨TAM与其他免疫细胞的相互作用对治疗反应的具体影响	进一步阐明默克尔细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的特征及其可能的免疫抑制机制	默克尔细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其与免疫治疗反应的关系	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组学、多重免疫组化染色	NA	基因表达数据、组织切片图像	9名默克尔细胞癌患者和54名接受免疫治疗前的肿瘤样本
159	2024-09-14	ICARUS v3, a massively scalable web server for single-cell RNA-seq analysis of millions of cells 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae167 PMID:38539041	研究论文	本文介绍了ICARUS v3，一个用于大规模单细胞RNA测序数据分析的网络服务器应用	ICARUS v3采用几何细胞草图方法对细胞进行子采样，以进行降维和聚类，并将其投影到大数据集上，支持多种下游数据分析应用	NA	开发一个能够有效分析大规模单细胞RNA测序数据的计算工作流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	130万细胞
160	2024-09-14	CTEC: a cross-tabulation ensemble clustering approach for single-cell RNA sequencing data analysis 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae130 PMID:38552307	研究论文	提出了一种名为CTEC的交叉表集成聚类方法，用于单细胞RNA测序数据分析	CTEC方法通过交叉表制定了两种重聚类策略（基于分布和基于异常值），显著改进了现有的单细胞数据聚类方法	NA	改进单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成聚类	基因表达数据	五个单细胞RNA测序数据集