单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-04	Comprehensive assessment of regulatory T-cells-related scoring system for predicting the prognosis, immune microenvironment and therapeutic response in hepatocellular carcinoma 2024-03-08, Aging DOI:10.18632/aging.205649 PMID:38461439	研究论文	本文探讨了一种新的Tregs相关评分系统来预测肝细胞癌的肿瘤免疫微环境、临床结果和个体化治疗	构建了一种新的Tregs相关生物标志物，具有良好的预后预测效能和稳定性	可能在样本选择和数据一致性上存在局限性，未来需要更多的研究来验证	研究肝细胞癌的预后和免疫微环境	肝细胞癌患者的Tregs及其相关生物标志物	数字病理学	肝癌	单细胞测序	Cox回归和LASSO回归	基因组数据	三组独立队列的数据
142	2024-08-05	Investigating the mechanisms of drug resistance and prognosis in ovarian cancer using single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2024-03-08, Aging DOI:10.18632/aging.205628 PMID:38461424	研究论文	本文研究了卵巢癌中药物耐受性及预后的机制	揭示了不同表皮细胞亚群与卵巢癌预后的相关基因，特别是EPCs耐药性与氧化磷酸化通路之间的强关联	本文未详细探讨其他影响卵巢癌预后的因素	研究卵巢癌中药物耐受性与预后的机制	核心肿瘤细胞及其不同表皮细胞亚群	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	NA	NA
143	2024-08-05	Single-cell RNA combined with bulk RNA analysis to explore oxidative stress and energy metabolism factors and found a new prostate cancer oncogene MXRA8 2024-03-04, Aging DOI:10.18632/aging.205599 PMID:38441550	研究论文	本文探讨了氧化应激和能量代谢因素，并发现了一种新的前列腺癌致癌基因MXRA8	本研究首次整合单细胞RNA测序和总体RNA测序数据，识别了前列腺癌的分子亚型，并构建了风险评分模型	研究可能受到样本数量和异质性的限制，影响结果的普适性	旨在通过分析氧化应激和能量代谢相关基因，提升前列腺癌的预后评估和个性化治疗	前列腺癌患者及其组织样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序和总体RNA测序	风险评分模型	基因表达数据	NA
144	2024-08-04	STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF MUCOCILIARY CLEARANCE IN HUMAN AIRWAYS 2024-Mar-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.24.572054 PMID:38187619	研究论文	本研究首次探索了人类气道内纤毛和分泌细胞类型的分布及其与清除功能的关系	首次对大鼠和人类气道树的粘膜表面纤毛和分泌细胞类型的分布进行了映射，并识别了物种特异性的纤毛打击和清除功能差异	依赖动物模型的数据限制了对人类气道屏障功能的关键见解	研究人类气道的粘液纤毛清除机制及其与气道疾病的相关性	比较人类和大鼠气道的细胞类型分布及清除功能	数字病理学	慢性阻塞性肺病，哮喘	单细胞转录组学，物理建模	NA	NA	大鼠和人类的气道样本
145	2024-08-05	Investigating adverse genomic and regulatory changes caused by replacement of the full-length CFTR cDNA using Cas9 and AAV 2024-Mar-12, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102134 PMID:38384445	研究论文	本研究探讨了使用Cas9和AAV替换全长CFTR cDNA所引起的基因组和调控变化的安全性	提出了一种普适策略，该策略可能适用于超过99%的囊性纤维化患者，并通过基因编辑恢复CFTR功能	该研究中仅评估了少量基因组变动，可能无法全面反映所有潜在风险	评估使用全长cDNA替代治疗囊性纤维化的安全性	针对气道基底干细胞进行了cDNA插入的基因编辑和分析	基因组学	囊性纤维化	基因编辑 (Cas9), CAST-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	经编辑和富集的气道细胞与对照组相比，很少有基因表达变化
146	2024-08-04	Critical view on oligo(dT)-based RNA-seq: bias arising, modeling, and mitigating 2024-03-06, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyad190 PMID:37857456	研究论文	本文探讨了基于oligo(dT)的RNA测序中存在的偏差及其缓解方法。	本研究识别了两个新的未被考虑的偏差，并发展出一种普适的缓解方法以减少这些偏差的影响。	研究可能未涵盖所有类型的RNA测序偏差，且其通用性需进一步验证。	研究的目的是理解和解决基于oligo(dT)的RNA测序数据中的偏差。	研究主要集中在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集及其分析上。	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	数据集	NA
147	2024-08-05	Highlights of how single-cell analyses are illuminating differentiation and disease in the gastric corpus 2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00164.2023 PMID:38193187	综述	本文强调了单细胞RNA测序技术如何揭示胃体内的细胞分化和疾病。	提供了关于胃器官发生及发育过程中新标记的见解，以及在再生和肿瘤发生中的转录变化	未明确指出	探讨单细胞RNA测序在理解胃体细胞分化和疾病中的应用	涉及人类和小鼠的胃体相关的单细胞分析研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
148	2024-08-05	Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons 2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00200.2023 PMID:38193160	研究论文	本文系统性地表征了小鼠胃肠中VGLUT2阳性肠神经元的形态、分子特征和功能	揭示了VGLUT2阳性肠神经元是具有独特功能的肠神经元，具有穿越多个肠神经节的长轴突，并通过肠道机械扩张间接激活	仅研究了小鼠远端结肠和直肠中的VGLUT2阳性肠神经元，可能不适用于其他物种或部位	深入理解小鼠胃肠道中的VGLUT2阳性肠神经元的结构和功能特点	小鼠胃肠道中VGLUT2阳性肠神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, GCaMP6f钙成像	NA	生物组织	共研究了52个VGLUT2阳性肠神经元和215个从平坦的结肠-直肠组织中记录的钙信号
149	2024-08-04	Dual-Targeting Nanovesicles Carrying CSF1/CD47 Identified from Single-Cell Transcriptomics of Innate Immune Cells in Heart Transplant for Alleviating Acute Rejection 2024-03, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202302443 PMID:37962054	研究论文	本文研究了双靶向纳米囊泡CSF1/CD47在心脏移植中的作用，以缓解急性排斥反应	提出了一种新型的CSF1/CD47双靶向纳米囊泡，通过调节Ly6G Ly6C抑制性巨噬细胞来减轻免疫排斥	研究主要集中在小鼠模型上，临床应用可能需要更多验证	探讨固有免疫细胞在心脏移植急性排斥反应中的动态变化和调控机制	研究了Ly6G Ly6C炎性巨噬细胞及其与中性粒细胞的相互信号传导	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	基因组数据	NA
150	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Ameliorative Effect of Oridonin on Septic Liver Injury 2024-03, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300542 PMID:38408269	研究论文	该文章主要研究了Oridonin对脓毒症肝损伤的改善作用及其机制	通过单细胞转录组学揭示Oridonin在脓毒症模型中的保护机制	实验主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探索Oridonin对脓毒症引起的生理变化的保护作用	脓毒症诱导的小鼠肝脏模型	数字病理学	脓毒症	单细胞转录组测序	NA	细胞数据	63,486个细胞
151	2024-08-04	Identification of Surface Markers and Functional Characterization of Myeloid Derived Suppressor Cell-Like Adherent Cells 2024-03, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300159 PMID:37986133	研究论文	本研究识别了髓源抑制细胞样附着细胞的基因特征及功能	本研究首次识别了特定的MLAC表面标记，为进一步研究这种细胞类型提供了重要工具	缺乏对MLAC特异性标记的了解在进一步特性化该细胞类型时造成限制	研究髓源抑制细胞样附着细胞在肿瘤微环境中的角色以及其特征	髓源抑制细胞样附着细胞的基因签名和功能特性	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	使用公共单细胞RNA-seq数据分析特定细胞群体
152	2024-08-05	Single-cell transcriptomic analysis reveals transcriptional and cell subpopulation differences between human and pig immune cells 2024-03, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-023-01456-9 PMID:37979077	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人类与猪免疫细胞之间的转录和细胞亚群差异	首次研究了人类和猪免疫细胞亚群之间的基因转录谱差异	样本量较小，仅包含两只猪和两位健康人类PBMCs	评估猪和人类之间基因转录的相似性和差异	研究对象为猪和人类的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	NA	10×基因组单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	2只猪和2位健康人类的PBMC
153	2024-08-05	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07187-5 PMID:38509377	研究论文	研究揭示了一种表观遗传学控制的记忆星形胶质细胞亚群，这种亚群在重挑战时表现出加剧的促炎反应。	确定了一种由代谢酶ACLY控制的记忆星形胶质细胞，阐明其在神经系统病理中的作用。	具体的应用于人类的治疗方法尚未在研究中明确，以后需要进行更深入的临床研究。	探讨疾病相关星形胶质细胞亚群在中枢神经系统病理中的记忆功能。	主要研究疾病相关的星形胶质细胞及其表观遗传记忆机制。	数字病理学	多发性硬化	单细胞RNA测序, 转座酶可及染色质测序, 染色质免疫沉淀测序等	NA	细胞	急性和慢性EAE模型中增加的ACLYp300记忆星形胶质细胞数量，及体外检测到的人类星形胶质细胞
154	2024-08-04	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-Mar-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	本研究分析了系统性红斑狼疮患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	本研究揭示了系统性红斑狼疮患者在接种BNT162b2疫苗后存在明显的免疫反应缺陷	研究仅限于19名系统性红斑狼疮患者，样本量较小	了解系统性红斑狼疮患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	19名系统性红斑狼疮患者和56名健康对照志愿者	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	血液样本	19名系统性红斑狼疮患者，56名健康对照
155	2024-08-04	Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials 2024-Mar-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000866 PMID:38517078	review	本文回顾了数字病理学和空间组学在脂肪肝炎中的临床应用和发现潜力	文章创新点在于探讨了利用人工智能增强的数字病理学和空间组学方法，如何提高脂肪肝炎组织学解读的准确性	文章指出现有空间转录组学和蛋白组学技术的局限性，以及对这些工具和技术的知识空白	研究旨在探讨数字病理学与空间生物学的多模式整合对改善脂肪肝炎组织学解读的潜力	研究对象是肝病患者的组织样本，特别是与脂肪肝炎相关的组织切片	数字病理学	脂肪肝炎	数字病理学，空间转录组学，空间蛋白组学	人工智能算法，机器学习算法	图像，基因和蛋白表达数据	NA
156	2024-08-05	Integrated multiomics implicates dysregulation of ECM and cell adhesion pathways as drivers of severe COVID-associated kidney injury 2024-Mar-19, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.18.24304401 PMID:38562892	研究论文	本研究探讨了导致严重COVID相关肾损伤的机制，结合深度尿液蛋白组学和机器学习进行分析	通过整合多种组学数据，揭示了细胞外基质及细胞黏附通路在严重COVID肾损伤中的独特影响	研究样本及机制分析的复杂性可能限制了结果的普遍适用性	旨在理解严重COVID相关肾损伤的机制	住院COVID-19患者的尿液样本与肾小管细胞	数字病理学	COVID-19	深度蛋白组学, 单细胞RNA测序	随机森林算法	尿液蛋白质, 血浆蛋白质, 单细胞RNA测序	多个中心住院COVID-19患者的尿液样本
157	2024-08-05	Long noncoding RNA Malat1 protects against osteoporosis and bone metastasis 2024-Mar-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46602-3 PMID:38493144	研究论文	本研究发现长链非编码RNA Malat1在骨质疏松和骨转移中的保护作用	本研究首次揭示了MALAT1在骨吸收过程中的关键调控角色及其对骨质疏松和肿瘤骨转移的保护机制	本研究主要基于小鼠模型，临床应用性尚需进一步验证	探讨MALAT1在生理和病理过程中对骨质疏松及骨转移的影响	研究了MALAT1缺失对小鼠骨质疏松和黑色素瘤及乳腺肿瘤细胞骨转移的影响	数字病理学	骨质疏松	单细胞转录组分析	小鼠模型	临床骨样本	NA
158	2024-08-05	A Single-Cell Transcriptome of Bovine Milk Somatic Cells 2024-03-10, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15030349 PMID:38540408	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析牛奶中细胞，探讨乳腺的生物学特性	首次在单细胞水平上分析了高产乳牛的牛奶转录组	研究仅使用了两只荷斯坦奶牛的样本，结果的普遍适用性可能有限	探索牛奶产生过程中的细胞级机制	来自两只荷斯坦奶牛的乳液样本	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	2只牛的乳液样本，获得9313和14544个细胞
159	2024-08-05	Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells from Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway 2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.18.585556 PMID:38562805	研究论文	该文章探讨了伊布地拉斯对视网膜双极细胞在兴奋性视网膜损伤中的保护作用及其激活mTOR通路的机制	首次揭示伊布地拉斯在视网膜神经保护中的作用及其与mTOR通路的关系	没有提及特定的人类临床试验数据支持其临床应用	研究伊布地拉斯在神经保护中的潜力，特别是在视网膜损伤时	主要研究视网膜神经元，特别是内核层中的双极细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	使用小鸡兴奋性视网膜损伤模型进行实验
160	2024-08-04	Mapping the Cellular Biogeography of Human Bone Marrow Niches Using Single-Cell Transcriptomics and Proteomic Imaging 2024-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.14.585083 PMID:38559168	研究论文	本文使用单细胞转录组学和蛋白质组成像绘制了人类骨髓微环境的细胞生物地理学	首次全面构建了人类骨髓的空间分辨多组学图谱	研究主要集中于较小的样本量，可能无法代表所有人群	探索人类骨髓中非造血细胞的空间组织及其功能	29,325个富集的非造血骨髓细胞及18例个体的样品	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 和CO-检测通过索引 (CODEX) 多重成像	NA	图像和转录组数据	29,325个非造血骨髓细胞和18个个体样本