单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-10-08	Single-cell immune profiling of mouse liver aging reveals Cxcl2+ macrophages recruit neutrophils to aggravate liver injury 2024-03-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000590 PMID:37695548	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析不同年龄小鼠肝脏免疫细胞，揭示Cxcl2+巨噬细胞招募中性粒细胞加剧肝脏损伤的机制	首次揭示Cxcl2+巨噬细胞通过CXCL2-CXCR2轴招募中性粒细胞，加剧老年小鼠肝脏损伤	研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人类中的适用性	探究年龄相关肝脏损伤中局部免疫微环境的动态变化及其机制	不同年龄小鼠肝脏中的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	89,542个免疫细胞
122	2024-09-30	Cryopreservation of cerebrospinal fluid cells preserves the transcriptional landscape for single-cell analysis 2024-Mar-23, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03047-1 PMID:38521932	研究论文	研究探讨了不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响	首次比较了三种不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响，发现冷冻保存方法对细胞类型比例、细胞应激标志物和整体基因表达的影响较小	研究样本量较小，仅涉及三种冷冻保存方法，且样本来自单一来源	评估不同冷冻保存方法对脑脊液细胞单细胞RNA测序结果的影响	脑脊液细胞的冷冻保存方法及其对单细胞RNA测序结果的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	来自三种不同冷冻保存方法的脑脊液样本，每种方法各一份
123	2024-09-21	FOXO1 reshapes neutrophils to aggravate acute brain damage and promote late depression after traumatic brain injury 2024-Mar-31, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00523-w PMID:38556884	研究论文	研究探讨了FOXO1蛋白在创伤性脑损伤（TBI）后中性粒细胞中的表达及其对脑损伤和后期抑郁的影响	首次揭示了FOXO1高表达的中性粒细胞在TBI急性期和慢性期对脑损伤和抑郁的促进作用	NA	研究TBI后中性粒细胞的异质性、多功能性和时间依赖性调节对脑损伤和结果的影响	TBI患者和TBI小鼠模型中的中性粒细胞	NA	创伤性脑损伤	单细胞转录组学、代谢组学、蛋白质组学分析	NA	转录组数据、代谢数据、蛋白质数据	TBI患者和TBI小鼠模型
124	2024-09-17	Metabolic targeting of cancer associated fibroblasts overcomes T-cell exclusion and chemoresistance in soft-tissue sarcomas 2024-Mar-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46504-4 PMID:38509063	研究论文	研究通过代谢靶向癌症相关成纤维细胞（CAFs）克服软组织肉瘤中的T细胞排除和化学抗性	首次识别并命名了一种依赖GLUT1表达CXCL16的糖酵解癌症相关成纤维细胞（glyCAF），并证明靶向糖酵解可以减少glyCAF在肿瘤边缘的积累，增强T细胞浸润和化疗效果	研究结果需要在进一步的临床试验中验证	探索通过靶向CAFs改善软组织肉瘤中T细胞浸润和化疗效果的策略	软组织肉瘤中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞浸润	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用雌性小鼠模型进行研究
125	2024-09-17	Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade 2024-Mar-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957 PMID:37851052	研究论文	研究探讨了默克尔细胞癌中的免疫抑制性髓系细胞及其与PD-1通路阻断抗性的关系	首次通过单细胞转录组学和多重免疫组化染色分析了默克尔细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞（TAM），并揭示了其免疫抑制基因特征和潜在的免疫抑制机制	研究样本量较小，且未探讨TAM与其他免疫细胞的相互作用对治疗反应的具体影响	进一步阐明默克尔细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的特征及其可能的免疫抑制机制	默克尔细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其与免疫治疗反应的关系	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组学、多重免疫组化染色	NA	基因表达数据、组织切片图像	9名默克尔细胞癌患者和54名接受免疫治疗前的肿瘤样本
126	2024-09-14	ICARUS v3, a massively scalable web server for single-cell RNA-seq analysis of millions of cells 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae167 PMID:38539041	研究论文	本文介绍了ICARUS v3，一个用于大规模单细胞RNA测序数据分析的网络服务器应用	ICARUS v3采用几何细胞草图方法对细胞进行子采样，以进行降维和聚类，并将其投影到大数据集上，支持多种下游数据分析应用	NA	开发一个能够有效分析大规模单细胞RNA测序数据的计算工作流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	130万细胞
127	2024-09-14	CTEC: a cross-tabulation ensemble clustering approach for single-cell RNA sequencing data analysis 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae130 PMID:38552307	研究论文	提出了一种名为CTEC的交叉表集成聚类方法，用于单细胞RNA测序数据分析	CTEC方法通过交叉表制定了两种重聚类策略（基于分布和基于异常值），显著改进了现有的单细胞数据聚类方法	NA	改进单细胞RNA测序数据的细胞类型聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成聚类	基因表达数据	五个单细胞RNA测序数据集
128	2024-09-14	scDAC: deep adaptive clustering of single-cell transcriptomic data with coupled autoencoder and Dirichlet process mixture model 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae198 PMID:38603616	研究论文	本文提出了一种名为scDAC的单细胞深度自适应聚类模型，结合了自编码器和狄利克雷过程混合模型，用于单细胞转录组数据的聚类分析	scDAC通过联合优化自编码器和狄利克雷过程混合模型的参数，实现了对单细胞转录组数据的自适应聚类，能够准确识别细胞类型或亚型的数量	NA	开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中准确识别细胞类型或亚型数量的自适应聚类方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	自编码器和狄利克雷过程混合模型	自编码器和狄利克雷过程混合模型	转录组数据	五个不同细胞类型数量的子采样数据集，以及九个单细胞RNA测序数据集
129	2024-09-14	Clustering single-cell multi-omics data via graph regularized multi-view ensemble learning 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae169 PMID:38547401	研究论文	本文提出了一种基于图正则化的多视图集成学习模型，用于单细胞多组学数据的聚类	该模型能够自适应地整合多种组学数据，并利用多个基础聚类结果的洞察力	NA	提出一种新的聚类方法，以有效整合单细胞多组学数据，提高聚类性能	单细胞多组学数据	机器学习	NA	单细胞多组学测序技术	图正则化多视图集成聚类模型	多组学数据	五个多组学数据集
130	2024-09-14	Flexiplex: a versatile demultiplexer and search tool for omics data 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae102 PMID:38379414	研究论文	本文介绍了一种名为Flexiplex的多功能解复用和搜索工具，用于组学数据分析	Flexiplex基于Levenshtein距离，允许不完美的匹配，适用于多种实验类型，并能处理噪声数据	NA	开发一种多功能且高效的序列搜索和解复用工具，以克服现有工具的局限性	单细胞数据中的细胞条形码和UMI，以及特定遗传变异	生物信息学	NA	Levenshtein距离	NA	序列数据	NA
131	2024-09-14	SST-editing: in silico spatial transcriptomic editing at single-cell resolution 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae077 PMID:38341653	研究论文	本文提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的基因表达引导的免疫荧光图像编辑方法，用于空间转录组学数据	首次将生成对抗网络应用于空间转录组学数据的基因表达引导图像编辑	尚未在其他类型的生物医学图像数据上进行广泛验证	开发一种新的方法，能够在空间转录组学数据中实现基因表达引导的图像编辑	正常和肿瘤组织切片中的细胞级空间转录组数据	计算机视觉	NA	生成对抗网络（GAN）	GAN	图像	正常和肿瘤组织切片中的细胞级空间转录组数据
132	2024-09-14	BERMAD: batch effect removal for single-cell RNA-seq data using a multi-layer adaptation autoencoder with dual-channel framework 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae127 PMID:38439545	研究论文	本文提出了一种名为BERMAD的多层适应自编码器双通道框架，用于去除单细胞RNA测序数据中的批次效应	创新点在于设计了多层适应架构和双通道框架，以解决批次效应去除中的欠校正和过校正问题	NA	解决单细胞RNA测序数据中批次效应的去除问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
133	2024-09-14	SpatialView: an interactive web application for visualization of multiple samples in spatial transcriptomics experiments 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae117 PMID:38444087	研究论文	开发了一个名为SpatialView的交互式网络应用程序，用于可视化空间转录组学实验中的多个样本	填补了空间转录组学数据可视化工具的空白，提供了一个开源的基于浏览器的交互式应用程序	NA	开发一个交互式工具，以增强空间转录组学数据的可视化和分析能力	空间转录组学实验中的数据和结果	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	多个10× Genomics Visium ST实验样本
134	2024-09-14	ICELLNET v2: a versatile method for cell-cell communication analysis from human transcriptomic data 2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae089 PMID:38490248	研究论文	本文介绍了ICELLNET的重大更新版本，扩展了配体-受体数据库并优化了单细胞RNA测序数据的分析框架	将ICELLNET的配体-受体数据库从380个扩展到1669个，整合了免疫交叉对话、细胞粘附和Wnt通路中的重要通信分子，并优化了单细胞RNA测序数据的分析框架	NA	开发和优化用于从转录组数据推断细胞间通信网络的方法	人类转录组数据中的细胞间通信	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
135	2024-09-13	Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14481 PMID:37986676	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法，揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制	首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法，识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块，并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型	研究样本量较小，且仅限于皮肤样本，未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性	揭示肥厚性瘢痕形成机制，并开发新的诊断和治疗标志物	肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因	机器学习	皮肤疾病	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因表达数据	正常皮肤和肥厚性瘢痕样本
136	2024-09-08	Universal recording of immune cell interactions in vivo 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07134-4 PMID:38448581	研究论文	本文介绍了一种名为uLIPSTIC的新技术，用于在体内记录免疫细胞间的物理相互作用	开发了一种通用的LIPSTIC版本（uLIPSTIC），能够记录免疫细胞与非免疫细胞之间的物理相互作用，不受受体和配体类型的限制	NA	研究免疫细胞在体内的瞬时物理相互作用	免疫细胞与非免疫细胞的相互作用	免疫学	NA	LIPSTIC	NA	单细胞转录组学	NA
137	2024-09-06	CD52 mRNA expression predicts prognosis and response to immune checkpoint blockade in melanoma 2024-03, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13151 PMID:37975535	研究论文	研究CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应预测价值	首次分析了CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和预测免疫检查点阻断反应的作用，并探讨了其与不同免疫细胞亚群和免疫检查点表达的关系	研究样本量有限，且仅基于TCGA数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏临床试验验证	探讨CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应的预测价值	CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据	445例未治疗的黑色素瘤患者和121例接受抗PD-1免疫检查点阻断的黑色素瘤患者
138	2024-09-05	Identification and functional activity of Nik related kinase (NRK) in benign hyperplastic prostate 2024-03-09, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05048-3 PMID:38459501	研究论文	本研究旨在识别良性增生前列腺中的差异表达基因（DEGs），并探讨Nik相关激酶（NRK）在良性前列腺增生（BPH）中的作用	首次发现NRK在良性增生前列腺中显著上调，并与前列腺基质细胞的增殖、凋亡、细胞周期、迁移、纤维化和上皮-间质转化（EMT）过程相关	NA	识别良性增生前列腺中的差异表达基因，并探讨NRK在BPH中的作用	良性前列腺增生（BPH）中的差异表达基因和Nik相关激酶（NRK）的功能	数字病理学	前列腺疾病	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、western-blot、免疫组化染色、流式细胞术、伤口愈合实验、Transwell实验、CCK-8实验	NA	RNA	四个数据集，包括三个批量RNA测序和一个单细胞RNA测序数据集
139	2024-09-04	CHAI: Consensus Clustering Through Similarity Matrix Integration for Cell-Type Identification 2024-Mar-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585758 PMID:38562750	研究论文	本文介绍了CHAI方法，通过集成相似矩阵的共识聚类来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型	CHAI采用了一种众包方法，结合了七种最先进的聚类方法的结果，提供了改进的性能，并支持多组学数据的集成	NA	解决在单细胞RNA测序数据分析中选择最佳聚类方法的挑战	单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类	基因表达数据	多种基准数据集
140	2024-08-29	Human Pluripotent Stem Cells Derived Endothelial Cells Repair Choroidal Ischemia 2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202302940 PMID:38115754	研究论文	本文研究了从人多能干细胞衍生的内皮细胞修复脉络膜缺血的能力	首次证明了人多能干细胞衍生的内皮细胞能够整合到脉络膜血管中，并改善动物模型的视觉功能	NA	探索人多能干细胞衍生的内皮细胞在修复脉络膜缺血中的应用	人多能干细胞衍生的内皮细胞及其在脉络膜缺血修复中的作用	NA	年龄相关性黄斑变性，视网膜色素变性，病理性近视	单细胞RNA测序	NA	NA	涉及大鼠模型