单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-11-19	Increased CD8+ tissue resident memory T cells, regulatory T cells and activated natural killer cells in systemic sclerosis lungs 2024-03-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/kead273 PMID:37310903	研究论文	研究系统性硬化症肺部组织中CD8+组织驻留记忆T细胞、调节性T细胞和活化自然杀伤细胞的增加	首次分析了系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群	样本量较小，仅包括13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照	识别和分析系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群	系统性硬化症相关间质性肺病患者的肺组织和健康对照的肺组织	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照
122	2024-11-17	CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens 2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585235 PMID:38558968	研究论文	本文介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码系统，用于在CRISPR筛选中实现多重扰动	开发了一种基于CROPseq的慢病毒系统，能够与mRNA嵌入的条形码兼容，并支持多种筛选方法	NA	旨在提高单目标筛选的性能，并支持基因相互作用的研究	CRISPR筛选中的多重扰动和解码	基因组学	NA	CRISPR筛选	NA	mRNA	NA
123	2024-11-14	Maximum Likelihood Inference of Time-scaled Cell Lineage Trees with Mixed-type Missing Data 2024-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.05.583638 PMID:38496496	研究论文	本文介绍了一种用于推断带有混合类型缺失数据的时间缩放细胞谱系树的最大似然方法	引入了Probabilistic Mixed-type Missing (PMM)模型，并开发了LAML算法，该算法结合了期望最大化(EM)算法和启发式树搜索，能够更准确地推断树拓扑结构和分支长度	NA	解决动态谱系追踪中的关键计算问题，即从测量的CRISPR诱导突变中推断细胞谱系树	细胞谱系树的推断	生物信息学	肺癌	CRISPR-based genome editing, single-cell sequencing	最大似然模型	基因组数据	NA
124	2024-11-14	Comprehensive phenotypic and genomic characterization of venous malformations 2024-03, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2024.02.004 PMID:38367816	研究论文	研究静脉畸形（VMs）的表型和基因型特征，并探讨基因突变与临床病理特征之间的关系	首次系统地分析了TEK和PIK3CA基因突变与静脉畸形临床病理特征之间的关联，并揭示了基因特异性效应	研究样本量有限，且未涉及所有可能的基因突变类型	探讨静脉畸形中基因突变与临床病理特征之间的关联	静脉畸形患者及其基因突变和临床病理特征	数字病理学	血管疾病	空间转录组学	NA	基因数据	114名静脉畸形患者
125	2024-11-13	FixNCut: single-cell genomics through reversible tissue fixation and dissociation 2024-03-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03219-5 PMID:38553769	研究论文	介绍了一种名为FixNCut的方法，用于可逆的组织固定和解离，以提高单细胞基因组学在临床应用中的鲁棒性和可重复性	FixNCut方法克服了现有技术的局限性，能够在固定和解离过程中保持RNA完整性、测序库复杂性和细胞组成，同时减少应激相关的人工假象	NA	开发一种新的方法，以提高单细胞技术在临床应用中的鲁棒性和可重复性	人类和小鼠的组织	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和小鼠的组织样本
126	2024-11-13	Single-cell time series analysis reveals the dynamics of HSPC response to inflammation 2024-03, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302309 PMID:38110222	研究论文	研究了HSPC在炎症反应中的动态变化和异质性	开发了新的计算方法来处理和分析单细胞时间序列数据，包括无偏细胞类型注释和丰度分析、全局和细胞类型特异性响应基因的鉴定工具，以及用于响应伪时间重建的半监督线性回归方法	NA	研究HSPC在急性炎症中的动态变化	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	NA	NA	单细胞测序	半监督线性回归	单细胞时间序列数据	10,046个细胞，来自四个时间点，涵盖炎症反应的前72小时
127	2024-11-12	Multi-organ single-cell transcriptomics of immune cells uncovered organ-specific gene expression and functions 2024-Mar-27, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03152-z PMID:38538617	研究论文	本文通过多器官单细胞转录组学分析，揭示了免疫细胞在不同器官中的基因表达和功能的特异性	本文通过大规模的单细胞转录组数据集，发现了免疫细胞在不同器官中的基因表达差异，并揭示了这些差异与转录因子活性和代谢途径的关联	本文仅分析了健康捐赠者的数据，未涉及疾病状态下的免疫细胞表达模式	研究免疫细胞在不同人体器官中的基因表达特异性和功能	来自14个器官的114,275个CD45+免疫细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	114,275个CD45+免疫细胞
128	2024-11-11	Spatial transcriptomics reveals molecular dysfunction associated with cortical Lewy pathology 2024-Mar-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47027-8 PMID:38531900	研究论文	研究使用空间转录组学技术分析了与皮质Lewy病理相关的分子功能障碍	首次在帕金森病和相关痴呆症中识别出易受Lewy病理影响的特定兴奋性神经元类别，并描述了由聚集物引起的分子功能障碍的保守特征	NA	研究皮质神经元中Lewy病理相关的分子变化	帕金森病和相关痴呆症中的皮质神经元	数字病理学	帕金森病	空间转录组学	NA	转录组数据	包括帕金森病、Lewy体痴呆和预形成纤维α-突触核蛋白病变的鼠模型中的神经元
129	2024-11-11	Identification of novel protein biomarkers from the blood and urine for the early diagnosis of bladder cancer via proximity extension analysis 2024-03-26, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04951-z PMID:38532419	研究论文	本研究通过邻近延伸分析技术，从血液和尿液中识别出膀胱癌的潜在新型蛋白质生物标志物，并建立了一种新的非侵入性检测方法用于早期诊断	本研究首次通过邻近延伸分析技术，从血液和尿液中识别出与膀胱癌发展相关的蛋白质生物标志物，并建立了一个诊断模型用于早期膀胱癌的检测	本研究仅在有限的样本量中验证了蛋白质生物标志物的表达，未来需要在更大规模的临床样本中进行验证	识别膀胱癌的早期诊断生物标志物，并建立一种新的非侵入性检测方法	膀胱癌患者和健康对照组的血液和尿液样本	数字病理学	膀胱癌	邻近延伸分析（PEA）	LASSO回归	蛋白质表达数据	99名膀胱癌患者和50名健康对照组
130	2024-11-11	Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment 2024-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306515 PMID:38229179	研究论文	本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境的分子机制	首次发现部分口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌细胞在原位癌区域发生部分上皮-间质转化，获得成纤维细胞样表型并参与胶原蛋白沉积，并揭示了肿瘤微环境中上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞之间的复杂相互作用	NA	揭示口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌的分子机制	口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境	数字病理学	口腔癌	空间转录组学和空间代谢组学	NA	转录组和代谢组数据	NA
131	2024-11-08	InPACT: a computational method for accurate characterization of intronic polyadenylation from RNA sequencing data 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46875-8 PMID:38519498	研究论文	提出了一种名为InPACT的计算方法，用于从RNA测序数据中准确表征内含子多聚腺苷酸化	InPACT能够从常规RNA-seq数据中精确表征内含子多聚腺苷酸化，并成功识别出许多先前未注释的内含子多聚腺苷酸化转录本	NA	开发一种可靠的方法来准确表征内含子多聚腺苷酸化	内含子多聚腺苷酸化转录本及其在不同细胞类型中的表达	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	人类细胞、单细胞RNA测序数据
132	2024-11-08	Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness 2024-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583333 PMID:38496661	研究论文	研究探讨了光线和多巴胺如何影响果蝇的昼夜节律神经元，促进早晨的清醒	首次揭示了光线通过调节多巴胺受体Dop1R1的mRNA水平，影响果蝇早晨清醒的机制	研究仅限于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证	探讨光线和多巴胺对果蝇早晨清醒的影响机制	果蝇的昼夜节律神经元和多巴胺受体Dop1R1	神经科学	NA	单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、活体成像	NA	mRNA表达数据	17组昼夜节律神经元，包括两组特定的侧神经元(LNs)
133	2024-11-08	Enhancing prognostic power in multiple myeloma using a plasma cell signature derived from single-cell RNA sequencing 2024-03-06, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01024-8 PMID:38443358	研究论文	利用单细胞RNA测序数据开发了一种新的浆细胞基因特征，并评估了其在多发性骨髓瘤中的预后能力	开发了一种新的浆细胞基因特征（PBM评分），该评分在多发性骨髓瘤中的预后效果独立于现有的国际分期系统（ISS）和修订ISS（R-ISS）	NA	提高多发性骨髓瘤的预后能力	多发性骨髓瘤及其相关浆细胞恶性肿瘤	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2115个样本，包括1978个多发性骨髓瘤、65个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、35个冒烟型多发性骨髓瘤和37个健康对照
134	2024-11-08	PPARγ Attenuates Cellular Senescence of Alveolar Macrophages in Asthma- COPD Overlap 2024-Mar-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4009724/v1 PMID:38496493	研究论文	研究探讨了哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）中肺泡巨噬细胞的细胞衰老及其调控基因PPARγ的作用	首次揭示了PPARγ在调节ACO患者肺泡巨噬细胞衰老中的关键作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性	研究主要基于公共单细胞RNA测序数据和独立队列研究的bulk RNA-Seq及CyTOF数据，缺乏体内实验验证	探讨ACO中主要炎症细胞及其细胞衰老情况，并揭示调控衰老的关键基因	ACO患者的肺组织和支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞	数字病理学	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、bulk RNA-Seq、CyTOF	NA	RNA序列数据	ACO患者肺组织样本及支气管肺泡灌洗液样本
135	2024-11-07	Expansion of memory Vδ2 T cells following SARS-CoV-2 vaccination revealed by temporal single-cell transcriptomics 2024-Mar-20, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-024-00853-9 PMID:38509155	研究论文	研究了mRNA SARS-CoV-2疫苗接种后Vδ2 T细胞的分子变化	揭示了第二次疫苗接种后Vδ2 T细胞的记忆特征，并通过体外实验验证了其效应功能	NA	探讨mRNA SARS-CoV-2疫苗接种后Vδ2 T细胞的免疫反应变化	Vδ2 T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序和γδ-TCR测序	NA	RNA	纵向研究中的多个时间点样本
136	2024-11-07	Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805 PMID:38309446	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析，探讨了垂直袖状胃切除术（VSG）对小肠上皮细胞的影响	首次在单细胞分辨率下定义了VSG对小肠上皮细胞的适应性变化，并揭示了VSG恢复高脂饮食扰动的细胞类型特异性基因和通路	研究基于小鼠模型，结果的临床相关性需进一步验证	探讨垂直袖状胃切除术（VSG）对小肠上皮细胞的分子和细胞水平的影响	小肠上皮细胞及其在VSG后的适应性变化	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
137	2024-11-07	YAP induces a neonatal-like pro-renewal niche in the adult heart 2024-Mar, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00428-w PMID:38510108	研究论文	研究探讨了YAP激活在成年心脏中诱导新生儿样再生微环境的作用	发现YAP激活可以重建心肌梗死后心脏的微环境，并诱导心脏再生	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中验证	研究YAP激活在成年心脏中的再生潜力及其微环境重建机制	成年表达YAP5SA的心肌细胞和心脏微环境	心血管疾病	心血管疾病	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠和人类心脏样本
138	2024-11-06	Identification of estrogen response-associated STRA6+ granulosa cells within high-grade serous ovarian carcinoma by single-cell sequencing 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27790 PMID:38509903	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了高级别浆液性卵巢癌中的细胞异质性，并识别出与雌激素反应相关的STRA6+颗粒细胞	首次在高级别浆液性卵巢癌中发现STRA6+颗粒细胞，并揭示其通过雌激素反应促进肿瘤生长的潜力	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证	揭示高级别浆液性卵巢癌中的细胞异质性，并探索潜在的治疗靶点	高级别浆液性卵巢癌中的细胞亚群及其生物学功能	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	高级别浆液性卵巢癌的单细胞RNA测序数据
139	2024-11-06	Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women 2024-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.07.583985 PMID:38559249	研究论文	本文应用单细胞RNA测序技术分析了5名健康育龄女性子宫内膜和子宫肌层的细胞异质性和动态变化	本文构建了一个包含超过167,000个细胞的正常子宫细胞图谱，并提出了一个包含39个子类型的共识注释系统	本文仅分析了健康育龄女性的子宫细胞，未涉及其他年龄段或疾病状态	研究健康育龄女性子宫的细胞异质性和动态变化	子宫内膜和子宫肌层的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5名健康育龄女性
140	2024-11-06	In situ tissue profile of rat trigeminal nerve in trigeminal neuralgia using spatial transcriptome sequencing 2024-Mar-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001110 PMID:38270619	研究论文	本研究通过空间转录组测序技术分析了三叉神经痛大鼠模型中三叉神经组织的细胞间相互作用	揭示了三叉神经节对施万细胞脱髓鞘和再髓鞘化反应的影响机制，并发现了新的重要靶基因和调控通路	NA	探讨三叉神经痛中不同类型细胞间的相互作用，特别是脱髓鞘对三叉神经节的影响及其内在机制	三叉神经痛大鼠模型的三叉神经组织	NA	三叉神经痛	空间转录组测序	NA	基因表达矩阵	三叉神经痛大鼠模型的三叉神经组织样本