本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis upon ECM-remodeling meningioma cells
2024-Mar-16, Neurosurgical review
IF:2.5Q1
DOI:10.1007/s10143-024-02349-5
PMID:38491247
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录特征和生物学特性 | 首次在单细胞水平系统研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录特征,发现其主要分布于脑-肿瘤界面且恶性程度较低 | NA | 研究ECM重塑脑膜瘤细胞的转录组特征和生物学特性 | 脑膜瘤细胞 | 数字病理学 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 102 | 2025-10-07 |
Synovial Tissue Insights into Heterogeneity of Rheumatoid Arthritis
2024-03, Current rheumatology reports
IF:5.7Q1
DOI:10.1007/s11926-023-01129-2
PMID:38157158
|
综述 | 本文综述了类风湿关节炎滑膜组织异质性的最新研究进展 | 整合单细胞RNA测序和空间转录组学等新技术揭示RA滑膜中新型细胞群体和分子异质性 | 作为综述文章,不涉及原始实验数据,主要依赖已有研究结果的整合分析 | 探讨类风湿关节炎滑膜组织的细胞和分子异质性及其临床意义 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,机器学习 | NA | 转录组数据,空间表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 103 | 2025-10-07 |
Associating growth factor secretions and transcriptomes of single cells in nanovials using SEC-seq
2024-Mar, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-023-01560-7
PMID:38082117
|
研究论文 | 开发并应用SEC-seq技术,在单细胞水平同时测量分泌因子和转录组 | 首次实现通过纳米孔水凝胶颗粒捕获单细胞及其分泌物,并同时测量VEGF-A分泌量和转录组 | 仅研究了VEGF-A一种生长因子和间充质基质细胞一种细胞类型 | 建立单细胞分泌因子与转录组关联分析方法 | 间充质基质细胞 | 单细胞多组学 | NA | SEC-seq,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质分泌数据 | 数千个单个间充质基质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,分泌组分析 | NA | 纳米孔水凝胶颗粒(nanovials)技术 |
| 104 | 2025-10-07 |
Highlights of how single-cell analyses are illuminating differentiation and disease in the gastric corpus
2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00164.2023
PMID:38193187
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在胃体分化与疾病研究中的应用进展 | 系统总结了单细胞RNA测序在揭示胃体器官发生、细胞谱系标记物鉴定以及再生和肿瘤发生过程中转录变化的最新发现 | NA | 探讨单细胞分析技术在胃体分化与疾病研究中的应用价值 | 人类和小鼠系统的胃体组织 | 单细胞组学 | 胃部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2025-10-07 |
Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons
2024-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00200.2023
PMID:38193160
|
研究论文 | 本研究系统表征了小鼠肠道神经系统中VGLUT2阳性神经元(VGLUT2-ENs)的形态、分子和功能特性 | 首次通过稀疏标记、单细胞RNA测序和钙成像技术系统揭示了VGLUT2阳性肠神经元的独特解剖结构和功能特征 | 研究仅针对小鼠远端结肠和直肠区域,样本量相对有限(52个VGLUT2-ENs进行scRNA-seq) | 阐明VGLUT2阳性肠神经元在肠道神经系统中的结构和功能特性 | 小鼠远端结肠和直肠的VGLUT2阳性肠神经元 | 神经科学 | NA | 腺相关病毒稀疏标记,单细胞mRNA测序(scRNA-seq),GCaMP6f钙成像 | NA | 形态学数据,基因表达数据,钙成像数据 | 52个VGLUT2-ENs进行scRNA-seq,215个VGLUT2-ENs进行功能记录 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2025-10-07 |
Incongruity between T cell receptor recognition of breast cancer hotspot mutations ESR1 Y537S and D538G following exogenous peptide loading versus endogenous antigen processing
2024-03, Cytotherapy
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.jcyt.2023.12.002
PMID:38231165
|
研究论文 | 本研究探讨了T细胞受体对乳腺癌热点突变ESR1 Y537S和D538G的识别差异,发现外源性肽负载与内源性抗原加工之间存在不一致性 | 首次揭示了ESR1 Y537S突变肽虽能与HLA结合但在内源性加工过程中未被有效呈递,解释了TCR-T疗法识别失败的原因 | 研究基于体外实验和过表达细胞系,需要在更多临床样本和体内模型中验证 | 探索TCR-T疗法在转移性乳腺癌中的新抗原靶点及其识别机制 | 健康供体和转移性乳腺癌患者的T细胞,ESR1突变肽 | 免疫学 | 乳腺癌 | IFN-γ ELISpot, 单细胞RNA测序, 免疫肽组学分析 | NA | 基因表达数据, 肽段识别数据 | 健康供体和转移性乳腺癌患者的T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 107 | 2025-10-07 |
IL-33 potentiates histaminergic itch
2024-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.038
PMID:37984799
|
研究论文 | 本研究揭示了IL-33通过肥大细胞和IL-13依赖机制增强组胺诱导的瘙痒 | 首次发现IL-33可不依赖感觉神经元信号直接通过肥大细胞-IL-13通路增强组胺性瘙痒 | 主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步研究 | 探究IL-33是否能增强组胺诱导的瘙痒及其机制 | 小鼠模型、人类和小鼠皮肤样本、肥大细胞 | 免疫学 | 慢性自发性荨麻疹 | 单细胞RNA测序、微阵列分析、条件性基因敲除 | 基因敲除小鼠模型 | 转录组数据、行为学数据 | 多种小鼠模型和人类皮肤样本 | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 108 | 2025-10-07 |
Single cell RNA-seq: a novel tool to unravel virus-host interplay
2024-Mar, Virusdisease
DOI:10.1007/s13337-024-00859-w
PMID:38817399
|
综述 | 本文探讨单细胞RNA测序技术在解析病毒-宿主相互作用机制中的应用价值 | 突破传统测序技术局限,首次实现单细胞水平解析病毒与宿主互作动态 | 技术方法仍需完善,多组学整合分析能力有待提升 | 推动单细胞测序技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用发展 | 病毒与宿主细胞的相互作用机制 | 单细胞组学 | 病毒性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2025-10-07 |
Illuminating the terminal nerve: Uncovering the link between GnRH-1 neuron and olfactory development
2024-03, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25599
PMID:38488687
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了终末神经神经元在GnRH-1神经元形成和迁移中的关键作用 | 首次发现Prokr2在终末神经神经元中的表达,并通过单细胞技术确认终末神经与嗅觉神经元的差异 | 研究主要基于小鼠模型,人类直接证据有限 | 阐明嗅觉系统与GnRH-1神经元发育的机制联系 | 小鼠胚胎发育过程中的终末神经神经元和GnRH-1神经元 | 发育神经生物学 | 卡尔曼综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 110 | 2025-10-07 |
Application of Single Cell Gene Expression Technologies to Neurotoxicology
2024-Mar, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2023.100458
PMID:38617035
|
综述 | 探讨单细胞RNA测序技术在神经毒理学研究中的应用价值 | 首次系统阐述单细胞转录组技术在解决神经毒理学中细胞类型特异性差异和选择性脆弱性等挑战的潜力 | 未涉及具体实验数据验证,主要基于技术前景的理论分析 | 探索单细胞基因表达技术在神经毒理学领域的应用前景 | 神经元细胞及复杂组织模型中的多种细胞类型 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Salivary Gland Endothelial Cells
2024-03, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345231219987
PMID:38411696
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的配体-受体相互作用 | 首次系统比较稳态与损伤状态下唾液腺内皮细胞的转录特征,并预测其与其他细胞类型的动态相互作用变化 | 研究仅基于雌性小鼠模型,样本量有限,且预测的相互作用需要实验验证 | 探索唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的细胞间通讯机制 | 成年雌性小鼠颌下腺和舌下腺的基质富集细胞 | 单细胞生物学 | 唾液腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量,使用成年雌性小鼠唾液腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 112 | 2025-10-07 |
Multiscale differential geometry learning of networks with applications to single-cell RNA sequencing data
2024-03, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108211
PMID:38422960
|
研究论文 | 本文提出了一种多尺度微分几何策略,用于解决单细胞RNA测序数据分析中的挑战 | 首次将多尺度微分几何方法应用于scRNA-seq数据分析,通过构建多尺度细胞间相互作用流形来揭示复杂细胞网络关系 | NA | 开发新的计算方法以提升单细胞RNA测序数据的分析能力 | 单细胞RNA测序数据中的细胞网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多尺度微分几何模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 113 | 2025-10-07 |
Molecular and Spatial Signatures of Mouse Embryonic Endothelial Cells at Single-Cell Resolution
2024-03, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323956
PMID:38348657
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组技术绘制了小鼠胚胎内皮细胞的时空异质性图谱 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘胚胎内皮细胞异质性,发现动脉和静脉内皮细胞共享具有静脉特征的毛细血管前体细胞 | 研究局限于小鼠胚胎模型,人类相关性需要进一步验证 | 揭示血管系统发育过程中内皮细胞异质性建立机制 | E9.5、E12.5和E15.5小鼠胚胎的内皮细胞和内皮祖细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 多重错误鲁棒荧光原位杂交, CRISPR基因敲除 | 轨迹推断, 网络分析 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 7682个E9.5至E15.5内皮细胞进行单细胞测序,15448个内皮细胞进行空间转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 液滴式单细胞RNA测序 |
| 114 | 2025-10-07 |
Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma
2024-03-04, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad207
PMID:37934854
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童高级别胶质瘤中肿瘤细胞与免疫细胞的相互作用及其异质性 | 首次在单细胞水平揭示PHGG包含三种主要肿瘤细胞类型及其与免疫细胞的相互作用机制 | 样本量较小(仅19个PHGG样本),需要更大规模研究验证 | 解析儿童高级别胶质瘤的肿瘤异质性及其形成机制 | 19例儿童高级别胶质瘤样本中的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 19个儿童高级别胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 115 | 2025-10-07 |
Pharmacological suppression of the OTUD4/CD73 proteolytic axis revives antitumor immunity against immune-suppressive breast cancers
2024-Mar-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176390
PMID:38530357
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析发现OTUD4/CD73蛋白水解轴是治疗免疫抑制性三阴性乳腺癌的潜在靶点,并开发了特异性抑制剂ST80 | 首次揭示OTUD4通过去泛素化稳定CD73的机制,开发了特异性抑制剂ST80,并证明其能增强抗PD-L1疗法的效果 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验 | 开发针对免疫抑制性乳腺癌的新型免疫治疗策略 | 三阴性乳腺癌(TNBC)及其肿瘤微环境 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 多组学分析,空间转录组学,实验验证 | NA | 多组学数据,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 116 | 2025-10-07 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma
2024-03, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18083
PMID:38393307
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq分析头颈鳞状细胞癌中M2巨噬细胞的分子特征 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建M2巨噬细胞相关特征模型,并鉴定FCGR2A作为潜在免疫治疗靶点 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 阐明M2肿瘤相关巨噬细胞在头颈鳞状细胞癌中的作用机制 | 头颈鳞状细胞癌患者和肿瘤微环境中的M2巨噬细胞 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | Consensus Clustering, 特征模型 | 基因表达谱, 临床数据 | TCGA数据库HNSC患者数据 + GSE139324单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 117 | 2025-10-07 |
A Foundation Model for Cell Segmentation
2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.17.567630
PMID:38045277
|
研究论文 | 提出了一种名为CellSAM的基础模型,用于实现跨多种细胞成像数据的通用细胞分割 | 基于Segment Anything Model开发了提示工程方法,结合自动细胞检测器CellFinder,实现了在哺乳动物细胞、酵母和细菌等多种成像模态下的通用细胞分割 | NA | 开发一个能够跨不同细胞成像领域通用的基础细胞分割模型 | 哺乳动物细胞(组织和细胞培养)、酵母和细菌的成像数据 | 计算机视觉 | NA | 深度学习,提示工程 | 基础模型,目标检测器,Segment Anything Model | 细胞成像数据 | NA | NA | 空间转录组学,细胞追踪 | NA | NA |
| 118 | 2025-10-07 |
[Analysis of the types and functions of CD34+ cells in full-thickness skin defect wounds of normal mice and diabetic mice by single-cell RNA sequencing]
2024-Mar-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析正常小鼠和糖尿病小鼠全层皮肤缺损创面中CD34+细胞的类型和功能 | 首次使用CD34细胞谱系示踪小鼠结合单细胞RNA测序技术,系统比较了正常和糖尿病小鼠创面愈合过程中CD34+细胞的异质性和功能差异 | 样本量较小(对照组3只,糖尿病组2只),仅观察了伤后第4天的时间点 | 探究CD34+细胞在正常和糖尿病小鼠皮肤创面愈合过程中的细胞类型和功能差异 | CD34细胞谱系示踪小鼠(正常组和糖尿病模型组) | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选 | Seurat 4.0.2 | 单细胞RNA测序数据 | 6只CD34细胞谱系示踪小鼠(3只对照组,2只糖尿病组用于单细胞测序) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2025-10-07 |
CD7 activation regulates cytotoxicity-driven pathology in systemic sclerosis, yielding a target for selective cell depletion
2024-Mar-12, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2023-224827
PMID:38123919
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学等技术发现CD7激活调控系统性硬化症中细胞毒性驱动的病理过程,并验证了靶向CD7的选择性细胞清除策略 | 首次揭示CD7在系统性硬化症中作为共刺激分子调控细胞毒性T细胞和NK细胞的致病作用,并证明靶向CD7的选择性细胞清除可改善疾病表现 | 样本量相对有限(165例患者),临床验证仅基于单个同情用药案例 | 探究系统性硬化症中细胞毒性细胞的调控机制及潜在治疗靶点 | 系统性硬化症患者和健康对照者的皮肤和血液样本 | 免疫学 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组学, 流式细胞术, 多重免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据, 图像数据 | 165例系统性硬化症患者和80例健康个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 120 | 2025-10-07 |
Ibudilast Protects Retinal Bipolar Cells from Excitotoxic Retinal Damage and Activates the mTOR Pathway
2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.585556
PMID:38562805
|
研究论文 | 本研究探讨了伊布地司特在兴奋性毒性视网膜损伤模型中对视网膜神经元的保护作用及其作用机制 | 首次发现伊布地司特通过激活mTOR通路保护视网膜双极细胞,并揭示双极细胞与穆勒胶质细胞之间的旁分泌信号交流在神经保护中的重要作用 | 研究仅使用鸡视网膜损伤模型,mTOR抑制剂雷帕霉素未能减少细胞死亡,机制尚未完全阐明 | 研究伊布地司特对视网膜神经元的保护作用及其分子机制 | 鸡视网膜神经元,特别是双极细胞和穆勒胶质细胞 | 神经科学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序,光谱域光学相干断层扫描,视网膜电图,TUNEL检测 | NA | 基因表达数据,影像数据,电生理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |