单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-16	Primary nasal viral infection rewires the tissue-scale memory response 2024-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.11.539887 PMID:38562902	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了小鼠鼻黏膜在初次和再次流感感染前后的细胞变化，揭示了组织层面记忆反应的重塑	首次详细描述了初次感染后鼻黏膜中细胞类型、亚型和状态的逐步变化，以及再次感染时加速和协调的髓样和淋巴样细胞反应	NA	探讨初次病毒感染如何塑造组织层面的记忆反应，为鼻靶向治疗和疫苗的合理设计提供依据	小鼠鼻黏膜在初次和再次流感感染前后的细胞变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三个不同区域的鼻黏膜样本，包括初次和再次流感感染前后的样本
102	2024-08-14	Age-related dysregulation of the retinal transcriptome in African turquoise killifish 2024-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.21.581372 PMID:38559206	研究论文	研究使用非洲蓝绿杀鱼作为模型，通过批量和单细胞RNA测序分析不同年龄组的视网膜转录组变化，揭示与年龄相关的视网膜退行性病变和视觉下降的分子机制	首次在非洲蓝绿杀鱼模型中结合批量和单细胞RNA测序技术，揭示了视网膜细胞类型特异性基因表达的变化，以及与年龄相关的分子通路变化	研究主要集中在分子层面，未来研究需要进一步验证这些分子变化如何影响视网膜的生理功能	探究年龄对视网膜稳态的生理和分子影响，以及这些变化如何导致视觉下降和相关疾病	非洲蓝绿杀鱼的视网膜	数字病理学	视网膜疾病	RNA测序	NA	转录组数据	三个年龄组（6周、12周和18周）的非洲蓝绿杀鱼视网膜样本
103	2024-08-09	Single-cell RNA-seq revealed heterogeneous responses and functional differentiation of hemocytes against white spot syndrome virus infection in Litopenaeus vannamei 2024-Mar-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01805-23 PMID:38323810	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了白斑综合症病毒（WSSV）感染的南美白对虾血细胞的转录组图谱，并与健康血细胞的数据进行对比，揭示了血细胞在抗病毒免疫反应中的异质性响应和功能分化	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了南美白对虾血细胞在WSSV感染后的异质性响应和功能分化过程	NA	探究南美白对虾血细胞在白斑综合症病毒感染后的免疫响应和功能分化	南美白对虾的血细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康和WSSV感染的血细胞共16个转录不同的细胞簇
104	2024-08-09	TREX1 is required for microglial cholesterol homeostasis and oligodendrocyte terminal differentiation in human neural assembloids 2024-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-023-02348-w PMID:38129659	研究论文	研究探讨了TREX1基因在人神经集合体中对小胶质细胞胆固醇稳态和少突胶质细胞终末分化的作用	首次揭示了TREX1在人小胶质细胞中的功能，包括影响胆固醇代谢和少突胶质细胞的分化	NA	探究TREX1基因在人小胶质细胞生物学中的作用及其对神经发育和疾病的影响	人胚胎干细胞衍生的工程化小胶质细胞样细胞、集合体中的小胶质细胞和少突胶质细胞	NA	Aicardi-Goutières综合征	单细胞转录组学、光学和透射电子显微镜	NA	转录组数据	三个月大的集合体
105	2024-08-08	Enhancing the efficacy of vaccinia-based oncolytic virotherapy by inhibiting CXCR2-mediated MDSC trafficking 2024-03-29, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiad150 PMID:38066571	研究论文	研究通过抑制CXCR2介导的MDSC迁移，增强基于牛痘的溶瘤病毒疗法的疗效	首次证实CXCR2作为治疗靶点，通过特异性小分子抑制剂阻断PMN-MDSC迁移，增强溶瘤病毒疗法的抗肿瘤效果	NA	探索通过抑制CXCR2介导的MDSC迁移，提高溶瘤病毒疗法的抗肿瘤效果	牛痘病毒疗法在恶性间皮瘤模型中的应用及MDSC在肿瘤微环境中的作用	NA	恶性间皮瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	3个同基因癌症模型
106	2024-08-08	Tumor-infiltrating γδ T cells as targets of immune checkpoint blockade in melanoma 2024-03-29, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae023 PMID:38324004	研究论文	本研究分析了黑色素瘤中肿瘤浸润性γδ T细胞与免疫检查点受体之间的关联，旨在开发创新的联合免疫治疗策略。	研究揭示了γδ T细胞在黑色素瘤免疫反应中的潜在作用，并发现ICI治疗对不同γδ T细胞亚群的影响存在差异。	NA	探索γδ T细胞与免疫检查点受体在黑色素瘤中的相互作用，以开发新的治疗策略。	γδ T细胞、免疫检查点受体、黑色素瘤。	免疫学	黑色素瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及黑色素瘤患者的临床样本
107	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals recruitment of the M2-like CCL8high macrophages in Lewis lung carcinoma-bearing mice following hypofractionated radiotherapy 2024-03-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05118-6 PMID:38528587	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了在小鼠Lewis肺癌模型中，经过低分割放疗后，M2样CCL8高表达巨噬细胞的招募情况	首次揭示了低分割放疗通过上调免疫抑制基因，促进CCL8高表达巨噬细胞的浸润和重编程，从而形成免疫抑制的肿瘤微环境	NA	探究肿瘤相关巨噬细胞在放疗后的重编程机制及其对肿瘤微环境的影响	小鼠Lewis肺癌模型中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
108	2024-08-08	Immunological profile of lactylation-related genes in Crohn's disease: a comprehensive analysis based on bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-03-23, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05092-z PMID:38521905	研究论文	本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，探讨了乳酸化相关基因在克罗恩病中的免疫学特征	首次系统分析了乳酸化相关基因在克罗恩病发病机制中的作用，并利用单细胞测序数据揭示了不同免疫细胞中乳酸化水平的差异	研究仅基于公开数据库中的数据，未涉及临床样本的直接验证	探讨乳酸化相关基因在克罗恩病中的免疫学特征及其在疾病发病机制中的作用	克罗恩病患者肠道中的乳酸化相关基因及其在免疫细胞中的表达	数字病理学	克罗恩病	RNA测序	NA	RNA	使用了三个克罗恩病相关的数据集（GSE16879, GSE75214, 和 GSE112366）
109	2024-08-08	Potential anti-tumor effects of regulatory T cells in the tumor microenvironment: a review 2024-03-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05104-y PMID:38509593	综述	本文综述了调节性T细胞（Tregs）在肿瘤微环境中的潜在抗肿瘤作用	Tregs在肿瘤微环境中展现出显著的可塑性和功能多样性，不仅支持肿瘤进展，还表现出抗肿瘤活性	NA	总结Tregs的潜在抗肿瘤作用，并强调其在肿瘤治疗策略中的重要性	调节性T细胞（Tregs）及其在肿瘤微环境中的功能	NA	恶性肿瘤	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA	NA
110	2024-08-08	Investigation of the acute pathogenesis of spondyloarthritis/HLA-B27-associated anterior uveitis based on genome-wide association analysis and single-cell transcriptomics 2024-03-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05077-y PMID:38475831	研究论文	本研究通过全基因组关联分析和单细胞转录组学探讨了脊柱关节病/HLA-B27相关急性前葡萄膜炎的急性发病机制	本研究首次揭示了AIF1在脊柱关节病/HLA-B27相关急性前葡萄膜炎发病机制中的关键作用，并发现髓样细胞向DC分化及AIF1水平下降在此过程中的重要性	NA	探讨脊柱关节病/HLA-B27相关急性前葡萄膜炎的急性发病机制，以期为有效预防和治疗提供进一步的理解	脊柱关节病/HLA-B27相关急性前葡萄膜炎的发病机制	数字病理学	脊柱关节病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组分析	NA	基因组数据、转录组数据	使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的前葡萄膜炎数据集
111	2024-08-07	General Capillary Endothelial Cells Undergo Reprogramming into Arterial Endothelial Cells in Pulmonary Hypertension through HIF-2α/Notch4 Pathway 2024-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.13.580227 PMID:38464011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学分析、RNASCOPE和免疫染色分析，揭示了肺动脉高压（PAH）中肺毛细血管内皮细胞（ECs）向动脉内皮细胞的转变过程，并确定了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的作用	首次通过单细胞RNA测序和遗传操作证明了肺毛细血管内皮细胞在肺动脉高压发展过程中向动脉内皮细胞的转变，并揭示了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的关键作用	NA	探究肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞向动脉内皮细胞转变的机制	肺动脉高压患者的肺毛细血管内皮细胞和动脉内皮细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序，空间转录组学分析，RNASCOPE，免疫染色	NA	RNA序列	人类PAH患者和肺动脉高压（PH）小鼠的样本
112	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma 2024-Mar, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18083 PMID:38393307	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈鳞状细胞癌中M2型肿瘤相关巨噬细胞的分子特征	开发了M2型巨噬细胞相关特征（MRS），并利用单细胞测序数据识别了HNSC中三种不同的M2型巨噬细胞相关簇	NA	探究头颈鳞状细胞癌与M2型肿瘤相关巨噬细胞之间的关联	头颈鳞状细胞癌患者的基因表达和临床数据	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自TCGA数据库的HNSC患者数据
113	2024-08-07	Exploring wound management in dental pulp: Utilizing single-cell RNA sequencing for global transcriptomic analysis in healthy and inflamed pulpal tissues 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14804 PMID:38385817	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析健康和炎症牙髓组织的转录组景观，探讨牙髓损伤修复过程中的细胞和分子机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了牙髓损伤修复过程中细胞成分的变化和关键基因的表达增加，为牙髓病理学和再生医学提供了新的见解	NA	研究牙髓损伤修复过程中的信号传导、细胞反应和细胞外基质动态相互作用	健康和炎症状态下的牙髓组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	50名患者的样本
114	2024-08-07	Evaluating the role of wound-healing genes in conjunction with stool routine and serum tumor markers for colorectal cancer diagnosis and prognostic implications 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14768 PMID:38446012	研究论文	本研究探讨了粪便常规检查与血清肿瘤标志物联合检测在结直肠癌诊断中的临床应用价值，并分析了伤口愈合基因在疾病进展中的潜在作用	本研究首次将粪便常规检查与血清肿瘤标志物联合使用，提高了结直肠癌诊断的准确性，并探讨了伤口愈合基因在疾病进展中的作用	研究样本量较小，仅包括56名结直肠癌患者和56名健康对照，可能影响结果的普遍性	旨在提高结直肠癌的早期检测和诊断准确性，并探讨伤口愈合基因在疾病进展中的作用	结直肠癌患者和健康对照组的粪便及血清样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	生物标志物数据	56名结直肠癌患者和56名健康对照
115	2024-08-07	Identification of potential immunologic resilience in the healing process of diabetic foot ulcers 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14465 PMID:37926487	研究论文	本研究通过收集糖尿病足溃疡（DFU）患者的基因表达数据，利用生物信息学工具进行系统分析，包括差异表达基因（DEGs）的鉴定、加权基因共表达网络分析（WGCNA）和富集分析，以及单细胞RNA测序，以识别DFU中不同细胞群体的分布，并通过RT-qPCR和流式细胞术验证关键结果。	本研究首次通过WGCNA分析揭示了与健康皮肤和溃疡皮肤相关的基因模块，并发现CD8 T细胞及相关关键基因在DFU愈合过程中的重要作用。	NA	旨在深入理解糖尿病足溃疡的发病机制和治疗策略。	糖尿病足溃疡患者的基因表达数据和细胞分布。	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序、RT-qPCR、流式细胞术	WGCNA	基因表达数据	217个差异表达基因（溃疡与健康皮肤之间），37个差异表达基因（愈合溃疡与溃疡之间）
116	2024-08-05	scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae204 PMID:38701412	研究论文	提出了一种用于轨迹推断的新型降维模型scCRT，以提高单细胞RNA测序的分析性能	scCRT模型结合了细胞级和聚类级对比模块，以利用先前信息学习准确的细胞表示	模型依赖于先前的细胞状态信息，可能对数据的依赖性较强	旨在提高单细胞RNA测序中轨迹推断的准确性和效率	研究对象为单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	对比学习模型	数据集	共有135个数据集，包括54个真实数据集和81个合成数据集
117	2024-08-04	Sirtuin 6 ameliorates bleomycin-induced pulmonary fibrosis via activation of lipid catabolism 2024-Mar, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31027 PMID:37099691	研究论文	本文探讨了SIRT6在减轻博来霉素诱导的肺纤维化中的作用	首次揭示了SIRT6通过激活脂质分解代谢来改善肺纤维化	对SIRT6在肺纤维化机制中的具体作用尚需进一步研究	研究SIRT6在肺纤维化中的保护机制	人类肺组织中的SIRT6及其对小鼠的影响	数字病理学	肺纤维化	高通量测序	NA	数据	小鼠模型及单细胞测序数据库
118	2024-08-05	EML4-ALK fusions drive lung adeno-to-squamous transition through JAK-STAT activation 2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20232028 PMID:38284990	研究论文	本文揭示了EML4-ALK融合如何通过JAK-STAT激活驱动肺腺癌向鳞状细胞转变	研究发现ALK重排在LUAS中的存在以及EML4-ALK驱动的表型转变机理	未提及具体样本特征和研究范围的限制	探讨ALK重排肿瘤的表型转变及其药物耐药性机制	人类肺腺鳞癌（LUAS）和转基因小鼠模型	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	NA	细胞和组织样本	5.1-7.5%的LUAS样本和小鼠模型
119	2024-08-04	STRN3 promotes tumour growth in hepatocellular carcinoma by inhibiting the hippo pathway 2024-03, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18147 PMID:38429901	研究论文	本研究发现STRN3通过抑制Hippo通路促进肝细胞癌的肿瘤生长	首次揭示了STRN3通过抑制Hippo通路来促进肝细胞癌肿瘤生长的机制	本研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据来源的限制	旨在探究STRN3在肝细胞癌中的功能及其对肿瘤生长的影响	对371名肝癌患者及其肿瘤和正常组织进行了临床相关性分析	数字病理学	肝癌	qRT-PCR, western blotting, CCK8实验, 转移实验, 流式细胞术, 单细胞测序, 免疫组化	NA	细胞组织样本和临床数据	371名肝癌患者及其组织样本
120	2024-08-04	Single-cell transcriptomic analysis in clear cell renal cell carcinoma: Deciphering the role of APP within the tumour microenvironment 2024-03, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18186 PMID:38445803	研究论文	本研究探讨了淀粉样前体蛋白(APP)在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)肿瘤微环境中的角色	首次运用单细胞转录组分析揭示了APP在ccRCC的肿瘤相关巨噬细胞中的表达及其与临床结果的相关性	需要进一步研究来验证这些发现并探讨APP的调控机制及治疗意义	了解淀粉样前体蛋白(APP)在ccRCC肿瘤微环境中的潜在预后生物标志物作用	聚焦于肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)中APP的表达及其与ccRCC患者预后的关系	数字病理学	肾癌	单细胞转录组分析	NA	基因表达谱	NA