单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-02-06	Single-cell analysis reveals the transcriptional alterations in the submandibular glands of aged mice 2024-03, Journal of oral biosciences IF:2.6Q1 DOI:10.1016/j.job.2023.12.002 PMID:38142941	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了成年和老年小鼠颌下腺中各类细胞基因表达的变化	首次在单细胞水平上分析了老年小鼠颌下腺的基因表达变化，揭示了细胞衰老标志物的表达增加与唾液腺老化的关联	研究仅局限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未深入探讨MHC I类分子表达增加的具体机制	探讨老年小鼠颌下腺细胞基因表达的变化及其与唾液腺老化的关系	成年和老年小鼠的颌下腺细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	成年和老年小鼠的颌下腺细胞样本
102	2025-02-05	Transcript-specific enrichment enables profiling rare cell states via scRNA-seq 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.27.587039 PMID:38586040	研究论文	本文介绍了一种名为PERFF-seq的可扩展检测方法，用于通过特定RNA转录本的存在或缺失来定义复杂细胞混合物中的亚群，并进行单细胞RNA测序分析	提出了PERFF-seq方法，通过RNA流式细胞术和测序技术实现对特定RNA转录本定义的细胞亚群的可编程富集，解决了传统流式分选在稀有细胞状态研究中的局限性	需要进一步验证该方法在不同组织和细胞类型中的广泛适用性	开发一种可扩展的方法，用于通过特定RNA转录本的存在或缺失来富集和描述复杂细胞混合物中的稀有细胞亚群	免疫细胞群体和新鲜冷冻及福尔马林固定石蜡包埋的脑组织	单细胞基因组学	NA	scRNA-seq, RNA Flow-FISH	NA	RNA测序数据	141,227个细胞和29,522个细胞核
103	2024-08-07	Correction to: Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae155 PMID:38581651	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
104	2025-01-24	Cell-cell communication and initial population composition shape the structure of potato spindle tuber viroid quasispecies 2024-Mar-29, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koae012 PMID:38252648	研究论文	本文研究了细胞间通讯和初始种群组成如何影响马铃薯纺锤块茎类病毒准种的结构	通过比较缺乏胞间连丝连接的成熟保卫细胞和体外培养的叶肉细胞原生质体中的类病毒变异体积累，揭示了细胞间通讯和初始种群组成对准种结构的影响	研究仅针对马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系，未涵盖其他类病毒或病毒	探讨细胞间通讯和初始种群组成对类病毒准种结构的影响	马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系（PSTVd-I）及其变异体	病毒学	NA	测序技术	NA	RNA序列数据	成熟保卫细胞和体外培养的叶肉细胞原生质体
105	2025-01-22	CD7 activation regulates cytotoxicity-driven pathology in systemic sclerosis, yielding a target for selective cell depletion 2024-Mar-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224827 PMID:38123919	研究论文	本研究探讨了CD7激活在系统性硬化症（SSc）中调节细胞毒性驱动的病理机制，并提出了选择性细胞耗竭的新靶点	揭示了CD7在系统性硬化症中的新作用，并提出了通过抗CD3/CD7免疫毒素治疗选择性耗竭CD7+细胞的新策略	研究样本量相对较小，且仅在一个严重SSc患者中进行了治疗试验	研究系统性硬化症中细胞毒性T细胞和NK细胞的调节机制，并探索新的治疗靶点	系统性硬化症患者的皮肤和血液样本	免疫学	系统性硬化症	单细胞转录组学、流式细胞术、多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据、细胞表型数据	165名SSc患者和80名健康个体的皮肤和血液样本
106	2025-01-22	Differentiation route determines the functional outputs of adult megakaryopoiesis 2024-03-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.02.006 PMID:38447571	研究论文	本文探讨了造血干细胞向巨核细胞分化的两种途径（直接途径和逐步途径）对巨核细胞生成的功能输出的影响	开发了命运映射系统以区分两种分化途径，并通过单细胞RNA测序揭示了两种途径对巨核细胞异质性的贡献	未明确说明样本量及具体实验条件	研究两种分化途径对巨核细胞生成的功能输出的影响	造血干细胞和巨核细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
107	2025-01-19	Brooklyn plots to identify co-expression dysregulation in single cell sequencing 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad112 PMID:38213836	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据检测基因组相关相邻基因共表达全局变化的方法，并开发了一个软件包来生成和测试非随机性	创新点在于使用'Brooklyn plots'来识别同一染色体上显著共表达的基因百分比，并发现扩张型心肌病心肌细胞中开放染色质模式的改变	局限性在于该方法主要适用于单细胞数据，可能不适用于批量数据集	研究目的是检测单细胞RNA测序数据中基因组相关相邻基因共表达的全局变化	研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
108	2025-01-16	The cell-type-specific spatial organization of the anterior thalamic nuclei of the mouse brain 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113842 PMID:38427564	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和多重荧光原位杂交技术，揭示了小鼠前丘脑核（ATN）的细胞类型组成和空间组织	首次在单细胞和空间分辨率上绘制了ATN的细胞类型组成，并发现了与ATN已知核团对应的三个离散兴奋性细胞类型簇	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或人类	解析前丘脑核的细胞类型组成和空间组织，以理解其计算和功能	小鼠前丘脑核（ATN）	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重荧光原位杂交	NA	基因表达数据、空间分布数据	未明确提及样本数量，但涉及小鼠前丘脑核的多个细胞类型
109	2025-01-16	Single-cell spatial transcriptomic and translatomic profiling of dopaminergic neurons in health, aging, and disease 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113784 PMID:38386560	研究论文	本文通过单细胞空间转录组和多巴胺能神经元翻译组分析，研究了年轻和老年小鼠大脑中多巴胺能神经元在健康、衰老和疾病状态下的表达特征	利用单细胞空间转录组学的高分辨率能力，深入表征了多巴胺能神经元及其他27种细胞类型在其空间背景下的表达特征，并识别了健康和衰老细胞的标志物	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑的复杂性	研究多巴胺能神经元在健康、衰老和疾病状态下的基因表达特征	年轻和老年小鼠大脑中的多巴胺能神经元及其他27种细胞类型	数字病理学	帕金森病	单细胞空间转录组学、翻译组分析	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠大脑样本
110	2025-01-16	A transcription factor atlas of stem cell fate in planarians 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113843 PMID:38401119	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，系统地绘制了Schmidtea mediterranea涡虫中干细胞及其后代细胞的命运选择图谱，并定义了与所有检测到的命运相关的转录因子表达特征	首次系统地绘制了涡虫干细胞及其后代细胞的命运选择图谱，并识别了多个新的祖细胞类别和调控它们的命运特异性转录因子	研究主要集中在Schmidtea mediterranea涡虫，结果可能不直接适用于其他生物体	研究涡虫干细胞命运选择的调控机制及其转录因子表达特征	Schmidtea mediterranea涡虫的干细胞（neoblasts）及其后代细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
111	2025-01-16	A molecular atlas of adult C. elegans motor neurons reveals ancient diversity delineated by conserved transcription factor codes 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113857 PMID:38421866	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了成年秀丽隐杆线虫运动神经元的分子图谱，并揭示了其分子多样性由保守的转录因子代码所界定	首次生成了成年秀丽隐杆线虫运动神经元的全面分子图谱，并发现其分子多样性由保守的转录因子代码所界定，这一发现在小鼠中也得到了验证	研究主要集中于秀丽隐杆线虫和小鼠，未涉及其他动物模型	定义成年运动神经元的分子组成，并提取其组织原则	成年秀丽隐杆线虫的运动神经元	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13,200个细胞
112	2025-01-16	Mosaic deletion of claudin-5 reveals rapid non-cell-autonomous consequences of blood-brain barrier leakage 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113911 PMID:38446668	研究论文	本文研究了Claudin-5（CLDN5）在成熟大脑中的缺失对血脑屏障（BBB）的影响，揭示了BBB渗漏后的非细胞自主性后果	通过诱导成年小鼠内皮特异性Cldn5基因的镶嵌缺失，揭示了CLDN5缺失后BBB渗漏的快速非细胞自主性反应	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	研究CLDN5在成熟大脑中的缺失对BBB的影响及其后果	成年小鼠	生物医学	脑疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年小鼠模型
113	2025-01-16	The TET-Sall4-BMP regulatory axis controls craniofacial cartilage development 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113873 PMID:38427557	研究论文	本文利用斑马鱼模型研究了颅面微畸形的分子机制，揭示了TET2/3、Sall4和BMP信号在咽软骨发育中的关键作用	发现了TET2/3通过Sall4调控BMP4表达的分子机制，揭示了TET-Sall4-BMP调控轴在咽软骨发育中的关键作用	研究主要基于斑马鱼模型，尚未在人类样本中验证	研究颅面微畸形的分子机制	斑马鱼胚胎的咽软骨发育	发育生物学	颅面微畸形	单细胞RNA测序	斑马鱼模型	基因表达数据	NA
114	2025-01-16	Transgenic tools targeting the basal ganglia reveal both evolutionary conservation and specialization of neural circuits in zebrafish 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113916 PMID:38484735	研究论文	本文通过生成针对成年斑马鱼基底神经节特定亚群的转基因工具，揭示了哺乳动物直接和间接通路纹状体神经元的进化同源物，并发现了斑马鱼基底神经节回路的独特特征	开发了针对成年斑马鱼基底神经节特定亚群的转基因工具，揭示了斑马鱼基底神经节回路的独特特征，包括主要捷径通路和进化保守的闭环通路	研究主要局限于斑马鱼模型，可能无法完全反映哺乳动物基底神经节回路的所有特征	研究基底神经节回路在斑马鱼中的进化和功能特征	成年斑马鱼的基底神经节回路	神经科学	NA	转基因工具、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、神经回路数据	NA
115	2025-01-15	Single-cell analysis reveals insights into epithelial abnormalities in ovarian endometriosis 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113716 PMID:38412094	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，分析了卵巢子宫内膜异位症中正常、在位和异位子宫内膜的细胞特征，揭示了该疾病的病理生理机制	首次利用高精度单细胞RNA测序技术，全面描绘了卵巢子宫内膜异位症的细胞图谱，并揭示了凋亡抵抗和慢性炎症的潜在机制	样本量相对较小，仅包括34名个体，且未涉及长期随访数据	研究卵巢子宫内膜异位症的病理生理机制，寻找潜在的治疗靶点	34名个体的正常、在位和异位子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	34名个体的子宫内膜组织
116	2025-01-15	Single-cell RNA-seq reveals keratinocyte and fibroblast heterogeneity and their crosstalk via epithelial-mesenchymal transition in psoriasis 2024-03-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06583-z PMID:38472183	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了银屑病中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性及其通过上皮-间质转化的相互作用	首次在单细胞水平上揭示了银屑病皮肤中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性，并发现它们通过上皮-间质转化相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索银屑病的发病机制，特别是角质形成细胞和成纤维细胞在其中的作用	银屑病模型小鼠和野生型小鼠的皮肤细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13个样本中的94,759个细胞
117	2025-01-15	Gasdermin E promotes translocation of p65 and c-jun into nucleus in keratinocytes for progression of psoriatic skin inflammation 2024-03-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06545-5 PMID:38429278	研究论文	本文研究了Gasdermin E（GSDME）在角质形成细胞中对银屑病皮肤炎症进展的作用	揭示了GSDME在角质形成细胞中通过促进p65和c-jun的核转位，以不依赖焦亡的方式参与银屑病的发病机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨GSDME在银屑病皮肤炎症中的作用机制	角质形成细胞和银屑病皮肤炎症	生物医学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	GEO数据集中的银屑病患者样本和IMQ诱导的银屑病样皮炎小鼠模型
118	2024-12-19	Deciphering the molecular pathways underlying dopaminergic neuronal damage in Parkinson's disease associated with SARS-CoV-2 infection 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108200 PMID:38428099	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了SARS-CoV-2感染与帕金森病中多巴胺能神经元损伤的分子通路	揭示了COVID-19与帕金森病在多巴胺能神经元中的共同发病机制，并开发了疾病诊断和进展预测模型	需要进一步的实验验证和临床试验来确认研究结果的可靠性和应用性	探讨SARS-CoV-2感染与帕金森病中多巴胺能神经元损伤的分子机制	COVID-19和帕金森病患者的多巴胺能神经元	数字病理学	帕金森病	转录组分析、单细胞测序、分子对接模拟、分子动力学模拟	机器学习模型	转录组数据	包括COVID-19和帕金森病患者的样本以及MPTP诱导的帕金森病小鼠模型
119	2024-12-19	SinCWIm: An imputation method for single-cell RNA sequence dropouts using weighted alternating least squares 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108225 PMID:38442556	研究论文	本文提出了一种基于加权交替最小二乘法（WALS）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据缺失值填补方法SinCWIm	SinCWIm方法利用Pearson相关系数和层次聚类量化零值的置信度，并结合WALS进行矩阵分解，通过异常值去除和数据校正操作使填补结果接近实际数值	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的缺失值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	加权交替最小二乘法（WALS）	基因表达矩阵	8个单细胞测序数据集
120	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatial T-cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585657 PMID:38562799	研究论文	研究揭示了化疗诱导的高级别浆液性卵巢癌中，髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次发现化疗通过髓系网络中的巨噬细胞延长抗原呈递，导致CD8+ T细胞的空间性重分布和耗竭，并提出了通过免疫检查点阻断与化疗结合来增强CD8+ T细胞活性的新策略	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，且样本量相对较小，可能限制了结果的普适性	揭示化疗对肿瘤微环境的时空重塑效应，并探索新的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本及其化疗前后的免疫细胞状态	NA	卵巢癌	单细胞和空间分析	NA	单细胞和空间转录组数据	97个高级别浆液性卵巢癌样本