单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 549 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-09-14 |
Clustering single-cell multi-omics data via graph regularized multi-view ensemble learning
2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae169
PMID:38547401
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研究论文 | 本文提出了一种基于图正则化的多视图集成学习模型，用于单细胞多组学数据的聚类 | 该模型能够自适应地整合多种组学数据，并利用多个基础聚类结果的洞察力 | NA | 提出一种新的聚类方法，以有效整合单细胞多组学数据，提高聚类性能 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序技术 | 图正则化多视图集成聚类模型 | 多组学数据 | 五个多组学数据集 |
| 82 | 2024-09-14 |
Flexiplex: a versatile demultiplexer and search tool for omics data
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae102
PMID:38379414
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Flexiplex的多功能解复用和搜索工具，用于组学数据分析 | Flexiplex基于Levenshtein距离，允许不完美的匹配，适用于多种实验类型，并能处理噪声数据 | NA | 开发一种多功能且高效的序列搜索和解复用工具，以克服现有工具的局限性 | 单细胞数据中的细胞条形码和UMI，以及特定遗传变异 | 生物信息学 | NA | Levenshtein距离 | NA | 序列数据 | NA |
| 83 | 2024-09-14 |
SST-editing: in silico spatial transcriptomic editing at single-cell resolution
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae077
PMID:38341653
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的基因表达引导的免疫荧光图像编辑方法，用于空间转录组学数据 | 首次将生成对抗网络应用于空间转录组学数据的基因表达引导图像编辑 | 尚未在其他类型的生物医学图像数据上进行广泛验证 | 开发一种新的方法，能够在空间转录组学数据中实现基因表达引导的图像编辑 | 正常和肿瘤组织切片中的细胞级空间转录组数据 | 计算机视觉 | NA | 生成对抗网络（GAN） | GAN | 图像 | 正常和肿瘤组织切片中的细胞级空间转录组数据 |
| 84 | 2024-09-14 |
BERMAD: batch effect removal for single-cell RNA-seq data using a multi-layer adaptation autoencoder with dual-channel framework
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae127
PMID:38439545
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研究论文 | 本文提出了一种名为BERMAD的多层适应自编码器双通道框架，用于去除单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 创新点在于设计了多层适应架构和双通道框架，以解决批次效应去除中的欠校正和过校正问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中批次效应的去除问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 85 | 2024-09-14 |
SpatialView: an interactive web application for visualization of multiple samples in spatial transcriptomics experiments
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae117
PMID:38444087
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研究论文 | 开发了一个名为SpatialView的交互式网络应用程序，用于可视化空间转录组学实验中的多个样本 | 填补了空间转录组学数据可视化工具的空白，提供了一个开源的基于浏览器的交互式应用程序 | NA | 开发一个交互式工具，以增强空间转录组学数据的可视化和分析能力 | 空间转录组学实验中的数据和结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个10× Genomics Visium ST实验样本 |
| 86 | 2024-09-14 |
ICELLNET v2: a versatile method for cell-cell communication analysis from human transcriptomic data
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae089
PMID:38490248
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研究论文 | 本文介绍了ICELLNET的重大更新版本，扩展了配体-受体数据库并优化了单细胞RNA测序数据的分析框架 | 将ICELLNET的配体-受体数据库从380个扩展到1669个，整合了免疫交叉对话、细胞粘附和Wnt通路中的重要通信分子，并优化了单细胞RNA测序数据的分析框架 | NA | 开发和优化用于从转录组数据推断细胞间通信网络的方法 | 人类转录组数据中的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 87 | 2024-09-13 |
Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14481
PMID:37986676
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法，揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制 | 首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法，识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块，并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型 | 研究样本量较小，且仅限于皮肤样本，未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性 | 揭示肥厚性瘢痕形成机制，并开发新的诊断和治疗标志物 | 肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因 | 机器学习 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 正常皮肤和肥厚性瘢痕样本 |
| 88 | 2024-09-08 |
Universal recording of immune cell interactions in vivo
2024-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07134-4
PMID:38448581
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研究论文 | 本文介绍了一种名为uLIPSTIC的新技术，用于在体内记录免疫细胞间的物理相互作用 | 开发了一种通用的LIPSTIC版本（uLIPSTIC），能够记录免疫细胞与非免疫细胞之间的物理相互作用，不受受体和配体类型的限制 | NA | 研究免疫细胞在体内的瞬时物理相互作用 | 免疫细胞与非免疫细胞的相互作用 | 免疫学 | NA | LIPSTIC | NA | 单细胞转录组学 | NA |
| 89 | 2024-09-06 |
CD52 mRNA expression predicts prognosis and response to immune checkpoint blockade in melanoma
2024-03, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.13151
PMID:37975535
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研究论文 | 研究CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应预测价值 | 首次分析了CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和预测免疫检查点阻断反应的作用，并探讨了其与不同免疫细胞亚群和免疫检查点表达的关系 | 研究样本量有限，且仅基于TCGA数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏临床试验验证 | 探讨CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应的预测价值 | CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA表达数据 | 445例未治疗的黑色素瘤患者和121例接受抗PD-1免疫检查点阻断的黑色素瘤患者 |
| 90 | 2024-09-05 |
Identification and functional activity of Nik related kinase (NRK) in benign hyperplastic prostate
2024-03-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05048-3
PMID:38459501
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研究论文 | 本研究旨在识别良性增生前列腺中的差异表达基因（DEGs），并探讨Nik相关激酶（NRK）在良性前列腺增生（BPH）中的作用 | 首次发现NRK在良性增生前列腺中显著上调，并与前列腺基质细胞的增殖、凋亡、细胞周期、迁移、纤维化和上皮-间质转化（EMT）过程相关 | NA | 识别良性增生前列腺中的差异表达基因，并探讨NRK在BPH中的作用 | 良性前列腺增生（BPH）中的差异表达基因和Nik相关激酶（NRK）的功能 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、western-blot、免疫组化染色、流式细胞术、伤口愈合实验、Transwell实验、CCK-8实验 | NA | RNA | 四个数据集，包括三个批量RNA测序和一个单细胞RNA测序数据集 |
| 91 | 2024-09-05 |
CFTR expression in human salivary gland acinar cells
2024-03-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00549.2023
PMID:38284125
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研究论文 | 本研究评估了CFTR在人类下颌下腺和腮腺中的表达情况 | 首次提供了功能性CFTR在人类唾液腺腺泡细胞中表达的证据，挑战了CFTR仅在外分泌腺导管细胞中表达的传统模型 | NA | 探讨CFTR在人类唾液腺功能中的作用 | 人类下颌下腺和腮腺中的CFTR表达 | NA | NA | 免疫定位和单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质和转录本 | 人类腮腺腺泡细胞 |
| 92 | 2024-09-04 |
CHAI: Consensus Clustering Through Similarity Matrix Integration for Cell-Type Identification
2024-Mar-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.19.585758
PMID:38562750
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研究论文 | 本文介绍了CHAI方法，通过集成相似矩阵的共识聚类来识别单细胞RNA测序数据的细胞类型 | CHAI采用了一种众包方法，结合了七种最先进的聚类方法的结果，提供了改进的性能，并支持多组学数据的集成 | NA | 解决在单细胞RNA测序数据分析中选择最佳聚类方法的挑战 | 单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识聚类 | 基因表达数据 | 多种基准数据集 |
| 93 | 2024-08-29 |
Human Pluripotent Stem Cells Derived Endothelial Cells Repair Choroidal Ischemia
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202302940
PMID:38115754
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研究论文 | 本文研究了从人多能干细胞衍生的内皮细胞修复脉络膜缺血的能力 | 首次证明了人多能干细胞衍生的内皮细胞能够整合到脉络膜血管中，并改善动物模型的视觉功能 | NA | 探索人多能干细胞衍生的内皮细胞在修复脉络膜缺血中的应用 | 人多能干细胞衍生的内皮细胞及其在脉络膜缺血修复中的作用 | NA | 年龄相关性黄斑变性，视网膜色素变性，病理性近视 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及大鼠模型 |
| 94 | 2024-08-29 |
Unbiased Single-Cell Sequencing of Hematopoietic and Immune Cells from Aplastic Anemia Reveals the Contributors of Hematopoiesis Failure and Dysfunctional Immune Regulation
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202304539
PMID:38145351
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研究论文 | 本研究通过无偏差的单细胞RNA测序技术，构建了再生障碍性贫血患者的细胞图谱和微环境相互作用，揭示了造血功能衰竭和免疫调节功能障碍的贡献者。 | 发现了新的KIR CD8调节性T细胞亚群，并揭示了其参与免疫稳态的机制，以及铁死亡在造血干细胞破坏中的作用。 | NA | 揭示再生障碍性贫血的造血功能衰竭和免疫调节功能障碍的机制。 | 再生障碍性贫血患者的造血和免疫细胞。 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq | NA |
| 95 | 2024-08-29 |
Targeting the cGAS-STING Pathway Inhibits Peripheral T-cell Lymphoma Progression and Enhances the Chemotherapeutic Efficacy
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306092
PMID:38145335
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研究论文 | 本研究探讨了cGAS-STING通路在周围T细胞淋巴瘤（PTCL）进展中的作用及其机制 | 发现cGAS抑制剂能抑制肿瘤生长并损害DNA损伤修复，CLK1抑制能增强对cGAS抑制剂的敏感性 | NA | 研究cGAS-STING通路在PTCL中的作用，以优化治疗策略 | 周围T细胞淋巴瘤（PTCL） | NA | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 96 | 2024-08-23 |
Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae216
PMID:38725155
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研究论文 | 本文开发了一种名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据对轨迹推断的适用性，并量化分析决策对轨迹属性的影响 | Escort框架通过数据驱动的评估，减少了轨迹推断分析中的不确定性和决策负担 | NA | 解决单细胞RNA测序实验中选择最合适计算方法和参数的挑战 | 单细胞RNA测序数据及其在轨迹推断中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 97 | 2024-08-20 |
TDP-43 was Involved in Radiation-induced Neuronal Damage and May Not Through the BDNF/TrkB Pathway
2024-03-01, Radiation research
IF:2.5Q2
DOI:10.1667/RADE-23-00168.1
PMID:38235539
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研究论文 | 本研究探讨了TDP-43在辐射诱导的海马损伤中的作用，并评估了BDNF/TrkB通路是否参与此过程。 | 首次揭示了TDP-43在辐射诱导的神经元损伤中的作用，并发现BDNF/TrkB信号通路可能不参与此过程。 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验，需要进一步的人体研究来验证结果。 | 探究TDP-43在辐射诱导的认知功能障碍中的作用及其与BDNF/TrkB通路的关系。 | 辐射诱导认知功能障碍的大鼠模型及体外神经元细胞。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大鼠海马组织及体外神经元细胞 |
| 98 | 2024-08-18 |
Heterogeneity and tumoral origin of medulloblastoma in the single-cell era
2024-03, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-02967-9
PMID:38355808
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综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的细胞异质性和肿瘤起源在单细胞技术时代的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了髓母细胞瘤各亚型的肿瘤内异质性和肿瘤起源，这是传统技术未能揭示的 | NA | 理解髓母细胞瘤的肿瘤发生和复发的机制 | 髓母细胞瘤的细胞异质性、细胞起源及肿瘤微环境内的相互作用网络 | 数字病理学 | 儿童脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | NA |
| 99 | 2024-08-18 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Pre-existing COVID-19 Vulnerability Factors in Lung Cancer Patients
2024-03-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0692
PMID:38063850
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据，分析了COVID-19和肺癌患者的细胞变化，揭示了肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制 | 首次通过单细胞转录组学揭示了肺癌患者中COVID-19易感性的预存因素，包括上调的TMPRSS2表达、增强的巨噬细胞炎症反应、增加的T细胞反应抑制和升高的纤维化风险 | 研究仅限于特定的肺癌类型和COVID-19患者，可能需要进一步研究以验证这些发现在更广泛人群中的适用性 | 探讨肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制 | COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据 |
| 100 | 2024-08-18 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Patient Myeloid-Derived Suppressor Cells and the Response to Inhibition of Bruton's Tyrosine Kinase
2024-03-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0572
PMID:38015751
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了患者髓源抑制细胞（MDSC）对Bruton酪氨酸激酶（BTK）抑制剂ibrutinib的反应 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究ibrutinib对不同癌症类型患者MDSC基因表达的影响 | 研究仅限于体外实验，且样本量较小 | 探讨BTK抑制剂ibrutinib对患者MDSC基因表达的影响及其在免疫治疗中的潜在作用 | 不同癌症类型患者的髓源抑制细胞（MDSC） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞状细胞癌（HNSCC）患者的MDSC样本，以及体外培养的黑色素瘤患者MDSC样本 |