单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 540 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-11-26 |
Exploring the tumor microenvironment: Chemokine-related genes and immunotherapy/chemotherapy response in clear-cell renal cell carcinoma
2024-Mar-15, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24190
PMID:38488671
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研究论文 | 研究探讨了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中与免疫治疗和化疗反应相关的趋化因子相关基因，并构建了预后模型 | 首次基于ccRCC患者的综合转录组图谱构建了趋化因子相关基因的预后模型，并揭示了肿瘤微环境对ccRCC生物学和免疫治疗反应的重要影响 | NA | 识别与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）预后相关的趋化因子相关基因，并构建预后模型 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者及细胞系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 531个样本的bulk转录组数据和GSE159115单细胞RNA测序数据 |
| 82 | 2024-11-21 |
Roles of bone morphogenetic proteins in endometrial remodeling during the human menstrual cycle and pregnancy
2024-03-01, Human reproduction update
IF:14.8Q1
DOI:10.1093/humupd/dmad031
PMID:38037193
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综述 | 本文综述了骨形态发生蛋白（BMPs）在人类月经周期和妊娠期间子宫内膜重塑中的作用及其分子机制 | 本文总结了BMPs在调节人类子宫内膜增殖和蜕膜化中的已知病理生理作用及其分子机制，旨在促进诊断、治疗和预防与子宫内膜重塑失调相关的生育障碍和不良妊娠并发症的创新策略的发展 | 需要进一步的临床试验来验证BMPs作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力 | 探讨BMPs在人类月经周期和妊娠期间子宫内膜重塑中的作用，并评估其作为诊断和治疗靶点的潜力 | BMPs在子宫内膜重塑中的作用及其分子机制 | NA | 生育障碍 | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-11-20 |
Endovascular biopsy in neurointerventional surgery: A systematic review
2024-Mar-22, Interventional neuroradiology : journal of peritherapeutic neuroradiology, surgical procedures and related neurosciences
IF:1.5Q3
DOI:10.1177/15910199241240508
PMID:38515364
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综述 | 本文系统综述了神经介入手术中血管内活检的应用 | 介绍了血管内活检在获取内皮细胞生物信息方面的潜力 | 研究样本量有限，难以识别与动脉瘤生长或破裂相关的特征基因 | 总结血管内活检在神经介入手术中的文献 | 内皮细胞及其在脑血管疾病中的分子异常 | NA | 脑血管疾病 | 荧光激活细胞分选（FACS）、单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 9项研究，使用各种血管内设备收集内皮细胞 |
| 84 | 2024-11-20 |
Interpretable Spatial Gradient Analysis for Spatial Transcriptomics Data
2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.19.585725
PMID:38562886
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LSGI的计算框架，用于从空间转录组数据中系统地识别具有显著可解释空间转录组梯度的空间位置 | LSGI通过非负矩阵分解（NMF）结合线性回归的方法，对滑动窗口进行详细分析，能够识别空间上接近但方向相反的信号通路梯度 | NA | 开发一种能够从空间转录组数据中识别和解释空间转录组梯度的计算框架 | 空间转录组数据中的空间转录组梯度 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 非负矩阵分解（NMF），线性回归 | NA | 空间转录组数据 | 87个肿瘤空间转录组数据集 |
| 85 | 2024-11-20 |
Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis
2024-Mar-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1
PMID:38558984
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研究论文 | 研究揭示了乳腺癌骨转移中衰老的成骨细胞对骨破坏的贡献 | 首次证明乳腺癌骨转移中的成骨细胞会提前衰老并表现出衰老相关分泌表型，促进骨破坏 | NA | 探讨乳腺癌骨转移中成骨细胞的病理重编程及其对骨破坏的影响 | 乳腺癌骨转移中的成骨细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和乳腺癌患者的成骨细胞样本 |
| 86 | 2024-11-19 |
Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics
2024-Mar-29, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koae003
PMID:38231860
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评论 | 本文讨论了植物单细胞/单核转录组学实验、分析和数据存储的最佳实践 | 提出了改进可重复性、质量、可比性和解释性的通用指南 | NA | 提高植物单细胞转录组学数据的质量和可重复性 | 植物单细胞/单核转录组学数据 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 87 | 2024-11-19 |
Increased CD8+ tissue resident memory T cells, regulatory T cells and activated natural killer cells in systemic sclerosis lungs
2024-03-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/kead273
PMID:37310903
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研究论文 | 研究系统性硬化症肺部组织中CD8+组织驻留记忆T细胞、调节性T细胞和活化自然杀伤细胞的增加 | 首次分析了系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群 | 样本量较小，仅包括13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照 | 识别和分析系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群 | 系统性硬化症相关间质性肺病患者的肺组织和健康对照的肺组织 | NA | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照 |
| 88 | 2024-11-17 |
CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens
2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码系统，用于在CRISPR筛选中实现多重扰动 | 开发了一种基于CROPseq的慢病毒系统，能够与mRNA嵌入的条形码兼容，并支持多种筛选方法 | NA | 旨在提高单目标筛选的性能，并支持基因相互作用的研究 | CRISPR筛选中的多重扰动和解码 | 基因组学 | NA | CRISPR筛选 | NA | mRNA | NA |
| 89 | 2024-11-14 |
Maximum Likelihood Inference of Time-scaled Cell Lineage Trees with Mixed-type Missing Data
2024-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.05.583638
PMID:38496496
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研究论文 | 本文介绍了一种用于推断带有混合类型缺失数据的时间缩放细胞谱系树的最大似然方法 | 引入了Probabilistic Mixed-type Missing (PMM)模型，并开发了LAML算法，该算法结合了期望最大化(EM)算法和启发式树搜索，能够更准确地推断树拓扑结构和分支长度 | NA | 解决动态谱系追踪中的关键计算问题，即从测量的CRISPR诱导突变中推断细胞谱系树 | 细胞谱系树的推断 | 生物信息学 | 肺癌 | CRISPR-based genome editing, single-cell sequencing | 最大似然模型 | 基因组数据 | NA |
| 90 | 2024-11-14 |
Comprehensive phenotypic and genomic characterization of venous malformations
2024-03, Human pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1016/j.humpath.2024.02.004
PMID:38367816
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研究论文 | 研究静脉畸形（VMs）的表型和基因型特征，并探讨基因突变与临床病理特征之间的关系 | 首次系统地分析了TEK和PIK3CA基因突变与静脉畸形临床病理特征之间的关联，并揭示了基因特异性效应 | 研究样本量有限，且未涉及所有可能的基因突变类型 | 探讨静脉畸形中基因突变与临床病理特征之间的关联 | 静脉畸形患者及其基因突变和临床病理特征 | 数字病理学 | 血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因数据 | 114名静脉畸形患者 |
| 91 | 2024-11-13 |
FixNCut: single-cell genomics through reversible tissue fixation and dissociation
2024-03-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03219-5
PMID:38553769
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研究论文 | 介绍了一种名为FixNCut的方法，用于可逆的组织固定和解离，以提高单细胞基因组学在临床应用中的鲁棒性和可重复性 | FixNCut方法克服了现有技术的局限性，能够在固定和解离过程中保持RNA完整性、测序库复杂性和细胞组成，同时减少应激相关的人工假象 | NA | 开发一种新的方法，以提高单细胞技术在临床应用中的鲁棒性和可重复性 | 人类和小鼠的组织 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和小鼠的组织样本 |
| 92 | 2024-11-13 |
Single-cell time series analysis reveals the dynamics of HSPC response to inflammation
2024-03, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302309
PMID:38110222
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研究论文 | 研究了HSPC在炎症反应中的动态变化和异质性 | 开发了新的计算方法来处理和分析单细胞时间序列数据，包括无偏细胞类型注释和丰度分析、全局和细胞类型特异性响应基因的鉴定工具，以及用于响应伪时间重建的半监督线性回归方法 | NA | 研究HSPC在急性炎症中的动态变化 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | NA | NA | 单细胞测序 | 半监督线性回归 | 单细胞时间序列数据 | 10,046个细胞，来自四个时间点，涵盖炎症反应的前72小时 |
| 93 | 2024-11-12 |
Multi-organ single-cell transcriptomics of immune cells uncovered organ-specific gene expression and functions
2024-Mar-27, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03152-z
PMID:38538617
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研究论文 | 本文通过多器官单细胞转录组学分析，揭示了免疫细胞在不同器官中的基因表达和功能的特异性 | 本文通过大规模的单细胞转录组数据集，发现了免疫细胞在不同器官中的基因表达差异，并揭示了这些差异与转录因子活性和代谢途径的关联 | 本文仅分析了健康捐赠者的数据，未涉及疾病状态下的免疫细胞表达模式 | 研究免疫细胞在不同人体器官中的基因表达特异性和功能 | 来自14个器官的114,275个CD45+免疫细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 114,275个CD45+免疫细胞 |
| 94 | 2024-11-11 |
Spatial transcriptomics reveals molecular dysfunction associated with cortical Lewy pathology
2024-Mar-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47027-8
PMID:38531900
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研究论文 | 研究使用空间转录组学技术分析了与皮质Lewy病理相关的分子功能障碍 | 首次在帕金森病和相关痴呆症中识别出易受Lewy病理影响的特定兴奋性神经元类别，并描述了由聚集物引起的分子功能障碍的保守特征 | NA | 研究皮质神经元中Lewy病理相关的分子变化 | 帕金森病和相关痴呆症中的皮质神经元 | 数字病理学 | 帕金森病 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 包括帕金森病、Lewy体痴呆和预形成纤维α-突触核蛋白病变的鼠模型中的神经元 |
| 95 | 2024-11-11 |
Identification of novel protein biomarkers from the blood and urine for the early diagnosis of bladder cancer via proximity extension analysis
2024-03-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04951-z
PMID:38532419
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研究论文 | 本研究通过邻近延伸分析技术，从血液和尿液中识别出膀胱癌的潜在新型蛋白质生物标志物，并建立了一种新的非侵入性检测方法用于早期诊断 | 本研究首次通过邻近延伸分析技术，从血液和尿液中识别出与膀胱癌发展相关的蛋白质生物标志物，并建立了一个诊断模型用于早期膀胱癌的检测 | 本研究仅在有限的样本量中验证了蛋白质生物标志物的表达，未来需要在更大规模的临床样本中进行验证 | 识别膀胱癌的早期诊断生物标志物，并建立一种新的非侵入性检测方法 | 膀胱癌患者和健康对照组的血液和尿液样本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 邻近延伸分析（PEA） | LASSO回归 | 蛋白质表达数据 | 99名膀胱癌患者和50名健康对照组 |
| 96 | 2024-11-11 |
Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment
2024-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306515
PMID:38229179
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境的分子机制 | 首次发现部分口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌细胞在原位癌区域发生部分上皮-间质转化，获得成纤维细胞样表型并参与胶原蛋白沉积，并揭示了肿瘤微环境中上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞之间的复杂相互作用 | NA | 揭示口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌的分子机制 | 口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 口腔癌 | 空间转录组学和空间代谢组学 | NA | 转录组和代谢组数据 | NA |
| 97 | 2024-11-08 |
InPACT: a computational method for accurate characterization of intronic polyadenylation from RNA sequencing data
2024-Mar-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46875-8
PMID:38519498
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研究论文 | 提出了一种名为InPACT的计算方法，用于从RNA测序数据中准确表征内含子多聚腺苷酸化 | InPACT能够从常规RNA-seq数据中精确表征内含子多聚腺苷酸化，并成功识别出许多先前未注释的内含子多聚腺苷酸化转录本 | NA | 开发一种可靠的方法来准确表征内含子多聚腺苷酸化 | 内含子多聚腺苷酸化转录本及其在不同细胞类型中的表达 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类细胞、单细胞RNA测序数据 |
| 98 | 2024-11-08 |
Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness
2024-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.04.583333
PMID:38496661
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研究论文 | 研究探讨了光线和多巴胺如何影响果蝇的昼夜节律神经元，促进早晨的清醒 | 首次揭示了光线通过调节多巴胺受体Dop1R1的mRNA水平，影响果蝇早晨清醒的机制 | 研究仅限于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证 | 探讨光线和多巴胺对果蝇早晨清醒的影响机制 | 果蝇的昼夜节律神经元和多巴胺受体Dop1R1 | 神经科学 | NA | 单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、活体成像 | NA | mRNA表达数据 | 17组昼夜节律神经元，包括两组特定的侧神经元(LNs) |
| 99 | 2024-11-08 |
Enhancing prognostic power in multiple myeloma using a plasma cell signature derived from single-cell RNA sequencing
2024-03-06, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-024-01024-8
PMID:38443358
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据开发了一种新的浆细胞基因特征，并评估了其在多发性骨髓瘤中的预后能力 | 开发了一种新的浆细胞基因特征（PBM评分），该评分在多发性骨髓瘤中的预后效果独立于现有的国际分期系统（ISS）和修订ISS（R-ISS） | NA | 提高多发性骨髓瘤的预后能力 | 多发性骨髓瘤及其相关浆细胞恶性肿瘤 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2115个样本，包括1978个多发性骨髓瘤、65个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、35个冒烟型多发性骨髓瘤和37个健康对照 |
| 100 | 2024-11-08 |
PPARγ Attenuates Cellular Senescence of Alveolar Macrophages in Asthma- COPD Overlap
2024-Mar-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4009724/v1
PMID:38496493
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研究论文 | 研究探讨了哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）中肺泡巨噬细胞的细胞衰老及其调控基因PPARγ的作用 | 首次揭示了PPARγ在调节ACO患者肺泡巨噬细胞衰老中的关键作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性 | 研究主要基于公共单细胞RNA测序数据和独立队列研究的bulk RNA-Seq及CyTOF数据，缺乏体内实验验证 | 探讨ACO中主要炎症细胞及其细胞衰老情况，并揭示调控衰老的关键基因 | ACO患者的肺组织和支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、bulk RNA-Seq、CyTOF | NA | RNA序列数据 | ACO患者肺组织样本及支气管肺泡灌洗液样本 |