单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2025-01-22	Differentiation route determines the functional outputs of adult megakaryopoiesis 2024-03-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.02.006 PMID:38447571	研究论文	本文探讨了造血干细胞向巨核细胞分化的两种途径（直接途径和逐步途径）对巨核细胞生成的功能输出的影响	开发了命运映射系统以区分两种分化途径，并通过单细胞RNA测序揭示了两种途径对巨核细胞异质性的贡献	未明确说明样本量及具体实验条件	研究两种分化途径对巨核细胞生成的功能输出的影响	造血干细胞和巨核细胞	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
82	2025-01-19	Brooklyn plots to identify co-expression dysregulation in single cell sequencing 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad112 PMID:38213836	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据检测基因组相关相邻基因共表达全局变化的方法，并开发了一个软件包来生成和测试非随机性	创新点在于使用'Brooklyn plots'来识别同一染色体上显著共表达的基因百分比，并发现扩张型心肌病心肌细胞中开放染色质模式的改变	局限性在于该方法主要适用于单细胞数据，可能不适用于批量数据集	研究目的是检测单细胞RNA测序数据中基因组相关相邻基因共表达的全局变化	研究对象是单细胞RNA测序数据中的基因共表达模式	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
83	2025-01-16	The cell-type-specific spatial organization of the anterior thalamic nuclei of the mouse brain 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113842 PMID:38427564	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和多重荧光原位杂交技术，揭示了小鼠前丘脑核（ATN）的细胞类型组成和空间组织	首次在单细胞和空间分辨率上绘制了ATN的细胞类型组成，并发现了与ATN已知核团对应的三个离散兴奋性细胞类型簇	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或人类	解析前丘脑核的细胞类型组成和空间组织，以理解其计算和功能	小鼠前丘脑核（ATN）	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重荧光原位杂交	NA	基因表达数据、空间分布数据	未明确提及样本数量，但涉及小鼠前丘脑核的多个细胞类型
84	2025-01-16	Single-cell spatial transcriptomic and translatomic profiling of dopaminergic neurons in health, aging, and disease 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113784 PMID:38386560	研究论文	本文通过单细胞空间转录组和多巴胺能神经元翻译组分析，研究了年轻和老年小鼠大脑中多巴胺能神经元在健康、衰老和疾病状态下的表达特征	利用单细胞空间转录组学的高分辨率能力，深入表征了多巴胺能神经元及其他27种细胞类型在其空间背景下的表达特征，并识别了健康和衰老细胞的标志物	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑的复杂性	研究多巴胺能神经元在健康、衰老和疾病状态下的基因表达特征	年轻和老年小鼠大脑中的多巴胺能神经元及其他27种细胞类型	数字病理学	帕金森病	单细胞空间转录组学、翻译组分析	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠大脑样本
85	2025-01-16	A transcription factor atlas of stem cell fate in planarians 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113843 PMID:38401119	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，系统地绘制了Schmidtea mediterranea涡虫中干细胞及其后代细胞的命运选择图谱，并定义了与所有检测到的命运相关的转录因子表达特征	首次系统地绘制了涡虫干细胞及其后代细胞的命运选择图谱，并识别了多个新的祖细胞类别和调控它们的命运特异性转录因子	研究主要集中在Schmidtea mediterranea涡虫，结果可能不直接适用于其他生物体	研究涡虫干细胞命运选择的调控机制及其转录因子表达特征	Schmidtea mediterranea涡虫的干细胞（neoblasts）及其后代细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
86	2025-01-16	A molecular atlas of adult C. elegans motor neurons reveals ancient diversity delineated by conserved transcription factor codes 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113857 PMID:38421866	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了成年秀丽隐杆线虫运动神经元的分子图谱，并揭示了其分子多样性由保守的转录因子代码所界定	首次生成了成年秀丽隐杆线虫运动神经元的全面分子图谱，并发现其分子多样性由保守的转录因子代码所界定，这一发现在小鼠中也得到了验证	研究主要集中于秀丽隐杆线虫和小鼠，未涉及其他动物模型	定义成年运动神经元的分子组成，并提取其组织原则	成年秀丽隐杆线虫的运动神经元	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13,200个细胞
87	2025-01-16	Mosaic deletion of claudin-5 reveals rapid non-cell-autonomous consequences of blood-brain barrier leakage 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113911 PMID:38446668	研究论文	本文研究了Claudin-5（CLDN5）在成熟大脑中的缺失对血脑屏障（BBB）的影响，揭示了BBB渗漏后的非细胞自主性后果	通过诱导成年小鼠内皮特异性Cldn5基因的镶嵌缺失，揭示了CLDN5缺失后BBB渗漏的快速非细胞自主性反应	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	研究CLDN5在成熟大脑中的缺失对BBB的影响及其后果	成年小鼠	生物医学	脑疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年小鼠模型
88	2025-01-16	The TET-Sall4-BMP regulatory axis controls craniofacial cartilage development 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113873 PMID:38427557	研究论文	本文利用斑马鱼模型研究了颅面微畸形的分子机制，揭示了TET2/3、Sall4和BMP信号在咽软骨发育中的关键作用	发现了TET2/3通过Sall4调控BMP4表达的分子机制，揭示了TET-Sall4-BMP调控轴在咽软骨发育中的关键作用	研究主要基于斑马鱼模型，尚未在人类样本中验证	研究颅面微畸形的分子机制	斑马鱼胚胎的咽软骨发育	发育生物学	颅面微畸形	单细胞RNA测序	斑马鱼模型	基因表达数据	NA
89	2025-01-16	Transgenic tools targeting the basal ganglia reveal both evolutionary conservation and specialization of neural circuits in zebrafish 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113916 PMID:38484735	研究论文	本文通过生成针对成年斑马鱼基底神经节特定亚群的转基因工具，揭示了哺乳动物直接和间接通路纹状体神经元的进化同源物，并发现了斑马鱼基底神经节回路的独特特征	开发了针对成年斑马鱼基底神经节特定亚群的转基因工具，揭示了斑马鱼基底神经节回路的独特特征，包括主要捷径通路和进化保守的闭环通路	研究主要局限于斑马鱼模型，可能无法完全反映哺乳动物基底神经节回路的所有特征	研究基底神经节回路在斑马鱼中的进化和功能特征	成年斑马鱼的基底神经节回路	神经科学	NA	转基因工具、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、神经回路数据	NA
90	2025-01-15	Single-cell analysis reveals insights into epithelial abnormalities in ovarian endometriosis 2024-03-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113716 PMID:38412094	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，分析了卵巢子宫内膜异位症中正常、在位和异位子宫内膜的细胞特征，揭示了该疾病的病理生理机制	首次利用高精度单细胞RNA测序技术，全面描绘了卵巢子宫内膜异位症的细胞图谱，并揭示了凋亡抵抗和慢性炎症的潜在机制	样本量相对较小，仅包括34名个体，且未涉及长期随访数据	研究卵巢子宫内膜异位症的病理生理机制，寻找潜在的治疗靶点	34名个体的正常、在位和异位子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	34名个体的子宫内膜组织
91	2025-01-15	Single-cell RNA-seq reveals keratinocyte and fibroblast heterogeneity and their crosstalk via epithelial-mesenchymal transition in psoriasis 2024-03-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06583-z PMID:38472183	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了银屑病中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性及其通过上皮-间质转化的相互作用	首次在单细胞水平上揭示了银屑病皮肤中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性，并发现它们通过上皮-间质转化相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索银屑病的发病机制，特别是角质形成细胞和成纤维细胞在其中的作用	银屑病模型小鼠和野生型小鼠的皮肤细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13个样本中的94,759个细胞
92	2025-01-15	Gasdermin E promotes translocation of p65 and c-jun into nucleus in keratinocytes for progression of psoriatic skin inflammation 2024-03-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06545-5 PMID:38429278	研究论文	本文研究了Gasdermin E（GSDME）在角质形成细胞中对银屑病皮肤炎症进展的作用	揭示了GSDME在角质形成细胞中通过促进p65和c-jun的核转位，以不依赖焦亡的方式参与银屑病的发病机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探讨GSDME在银屑病皮肤炎症中的作用机制	角质形成细胞和银屑病皮肤炎症	生物医学	银屑病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	GEO数据集中的银屑病患者样本和IMQ诱导的银屑病样皮炎小鼠模型
93	2024-12-19	Deciphering the molecular pathways underlying dopaminergic neuronal damage in Parkinson's disease associated with SARS-CoV-2 infection 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108200 PMID:38428099	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了SARS-CoV-2感染与帕金森病中多巴胺能神经元损伤的分子通路	揭示了COVID-19与帕金森病在多巴胺能神经元中的共同发病机制，并开发了疾病诊断和进展预测模型	需要进一步的实验验证和临床试验来确认研究结果的可靠性和应用性	探讨SARS-CoV-2感染与帕金森病中多巴胺能神经元损伤的分子机制	COVID-19和帕金森病患者的多巴胺能神经元	数字病理学	帕金森病	转录组分析、单细胞测序、分子对接模拟、分子动力学模拟	机器学习模型	转录组数据	包括COVID-19和帕金森病患者的样本以及MPTP诱导的帕金森病小鼠模型
94	2024-12-19	SinCWIm: An imputation method for single-cell RNA sequence dropouts using weighted alternating least squares 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108225 PMID:38442556	研究论文	本文提出了一种基于加权交替最小二乘法（WALS）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据缺失值填补方法SinCWIm	SinCWIm方法利用Pearson相关系数和层次聚类量化零值的置信度，并结合WALS进行矩阵分解，通过异常值去除和数据校正操作使填补结果接近实际数值	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的缺失值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	加权交替最小二乘法（WALS）	基因表达矩阵	8个单细胞测序数据集
95	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatial T-cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585657 PMID:38562799	研究论文	研究揭示了化疗诱导的高级别浆液性卵巢癌中，髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次发现化疗通过髓系网络中的巨噬细胞延长抗原呈递，导致CD8+ T细胞的空间性重分布和耗竭，并提出了通过免疫检查点阻断与化疗结合来增强CD8+ T细胞活性的新策略	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，且样本量相对较小，可能限制了结果的普适性	揭示化疗对肿瘤微环境的时空重塑效应，并探索新的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本及其化疗前后的免疫细胞状态	NA	卵巢癌	单细胞和空间分析	NA	单细胞和空间转录组数据	97个高级别浆液性卵巢癌样本
96	2024-12-18	A novel PCDscore based on programmed cell death-related genes can effectively predict prognosis and therapy responses of colon adenocarcinoma 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107933 PMID:38217978	研究论文	本研究基于程序性细胞死亡相关基因，开发了一种新的PCDscore评分系统，用于预测结肠腺癌的预后和治疗反应	首次综合分析了所有已知的程序性细胞死亡相关基因，建立了PCDscore评分系统，并验证了其在结肠腺癌预后和治疗反应预测中的有效性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证	开发一种新的评分系统，用于预测结肠腺癌患者的预后和治疗反应	结肠腺癌患者的预后和治疗反应	数字病理学	结肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了TCGA-COAD、GSE17538和GSE39582队列的数据，包括2013-2017年和2018-2019年的结直肠癌样本
97	2024-12-18	The multifaceted roles of COL4A4 in lung adenocarcinoma: An integrated bioinformatics and experimental study 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107896 PMID:38217972	研究论文	本研究综合生物信息学和实验方法，探讨了COL4A4在肺腺癌中的多方面作用	首次报道了COL4A4在肺腺癌中的重要性，并揭示了其在肿瘤微环境重塑、免疫调节和药物抗性中的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨COL4A4在肺腺癌中的作用及其潜在机制	COL4A4在肺腺癌中的表达及其与临床参数、肿瘤微环境、药物抗性和免疫治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自公共数据库的COL4A4表达数据、单细胞测序数据和临床数据
98	2024-12-18	Identification of the key DNA damage response genes for predicting immunotherapy and chemotherapy efficacy in lung adenocarcinoma based on bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108078 PMID:38340438	研究论文	本文通过bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出EGLN3作为预测肺腺癌免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	首次通过多组学数据分析识别出EGLN3作为肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因，并验证了其在不同数据集中的预测能力	研究主要基于公共数据库和现有数据集，缺乏体内实验验证	识别并验证肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	肺腺癌患者的肿瘤组织和相关基因表达	数字病理学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，包括bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据
99	2024-12-18	Identifying potential ligand-receptor interactions based on gradient boosted neural network and interpretable boosting machine for intercellular communication analysis 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108110 PMID:38367445	研究论文	本文介绍了一种名为CellGiQ的高置信度配体-受体相互作用预测框架，用于细胞间通信分析	本研究的创新点在于基于机器学习方法识别高置信度的配体-受体相互作用，并设计了多种验证方法	由于缺乏“金标准”数据集，评估配体-受体相互作用介导的细胞间通信结果仍然是一个挑战	开发一种高置信度的配体-受体相互作用预测框架，以改进细胞间通信分析	配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	梯度提升神经网络和可解释提升机	RNA	涉及人类HNSCC组织的多个数据集
100	2024-12-18	Chromatin region binning of gene expression for improving embryo cell subtype identification 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108049 PMID:38290319	研究论文	本文介绍了一种基于染色质区域分箱的方法scChrBin，用于改进胚胎细胞亚型识别	提出了scChrBin方法，将scRNA-seq数据转换为基于染色质的矩阵，以揭示胚胎发育和谱系分化的动态	NA	改进胚胎细胞亚型识别的准确性	哺乳动物胚胎发育过程中的染色质区域和基因表达	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个单细胞胚胎数据集