单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-03-03	Single cell RNA-seq: a novel tool to unravel virus-host interplay 2024-Mar, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00859-w PMID:38817399	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在揭示病毒与宿主相互作用中的革命性作用	scRNA-seq技术通过高分辨率评估揭示细胞异质性，克服了传统测序技术只能检测细胞群体平均表达水平的不足	尽管scRNA-seq技术在病毒-宿主相互作用研究中具有潜力，但其分析方法和多组学方法的进一步发展仍需改进	研究目的是利用scRNA-seq技术深入理解病毒与宿主之间的相互作用，以促进新型抗病毒治疗策略的开发	病毒与宿主细胞的相互作用	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
62	2025-03-03	Illuminating the terminal nerve: Uncovering the link between GnRH-1 neuron and olfactory development 2024-03, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25599 PMID:38488687	研究论文	本文探讨了胚胎发育过程中嗅觉基板（OP）产生的迁移神经元，特别是GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的联系	发现了Prokr2在GnRH-1神经元形成、迁移和诱导嗅觉球（OB）形态发生的关键时期在终末神经（TN）神经元中的表达，并通过单细胞RNA测序确定了TN神经元与嗅觉神经元的不同	GnRH-1神经元与嗅觉系统之间精确的机制联系仍不明确	揭示GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的机制联系	小鼠和人类的GnRH-1神经元及终末神经（TN）神经元	神经科学	Kallmann综合征	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
63	2025-03-03	Application of Single Cell Gene Expression Technologies to Neurotoxicology 2024-Mar, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2023.100458 PMID:38617035	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在神经毒理学研究中的应用	利用scRNA-seq技术测量单个细胞的转录组，揭示不同细胞类型对毒性刺激的响应	需要将毒理学数据转化为对人类健康的影响，并理解物种间的差异	研究神经毒理学中生物变化与神经元功能之间的联系	多细胞类型样本中的细胞类型及其对毒性刺激的响应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
64	2025-03-03	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Salivary Gland Endothelial Cells 2024-03, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231219987 PMID:38411696	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的作用	首次使用单细胞RNA测序技术分析唾液腺内皮细胞的转录组，揭示了其在纤维化和再生过程中的独特基因表达和配体-受体相互作用	研究仅针对雌性小鼠的颌下腺和舌下腺，未涉及其他性别或物种的唾液腺	研究唾液腺内皮细胞在纤维化和再生过程中的作用及其与其他细胞类型的相互作用	成年雌性小鼠的颌下腺和舌下腺内皮细胞	单细胞转录组学	唾液腺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	成年雌性小鼠的颌下腺和舌下腺细胞
65	2025-03-03	Multiscale differential geometry learning of networks with applications to single-cell RNA sequencing data 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108211 PMID:38422960	研究论文	本文介绍了一种多尺度微分几何（MDG）策略，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中的挑战	首次将多尺度微分几何应用于scRNA-seq数据分析，通过构建多尺度细胞间交互流形揭示细胞网络的复杂关系	未提及具体的数据集或实验规模，可能限制了方法的普适性验证	解决scRNA-seq数据分析中的挑战，特别是细胞类型分类	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多尺度微分几何（MDG）	单细胞RNA测序数据	NA
66	2025-03-03	Molecular and Spatial Signatures of Mouse Embryonic Endothelial Cells at Single-Cell Resolution 2024-03, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323956 PMID:38348657	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重误差稳健荧光原位杂交技术，定义了小鼠胚胎内皮细胞及其前体亚型，并分析了动脉和静脉内皮细胞的发育轨迹	首次在单细胞分辨率下提供了胚胎内皮细胞异质性的时空图谱，揭示了胚胎内皮细胞多样性来源于组织起源和血管床位置	研究主要基于小鼠胚胎，人类胚胎内皮细胞的异质性可能有所不同	研究血管系统发育过程中内皮细胞异质性的建立，特别是动脉和静脉内皮细胞的指定	小鼠胚胎内皮细胞及其前体亚型	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序, 多重误差稳健荧光原位杂交, CRISPR功能缺失实验	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	7682个E9.5至E15.5的小鼠胚胎内皮细胞, 15448个内皮细胞的空间转录组分析
67	2025-03-02	Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma 2024-03-04, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad207 PMID:37934854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞类型，揭示了其异质性及其对肿瘤特性的影响	首次在单细胞水平上构建了PHGG的转录组数据集，并识别了主要的肿瘤细胞类型及其基因表达特征	样本量较小（19个PHGG样本），可能限制了结果的普遍性	探究儿童高级别胶质瘤的肿瘤和免疫细胞类型及其相互作用，以理解其异质性和治疗反应差异	儿童高级别胶质瘤（PHGG）的肿瘤和免疫细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多通道免疫荧光染色（IF）	NA	RNA测序数据，免疫荧光图像	19个PHGG样本
68	2025-02-23	Pharmacological suppression of the OTUD4/CD73 proteolytic axis revives antitumor immunity against immune-suppressive breast cancers 2024-Mar-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176390 PMID:38530357	研究论文	本文探讨了通过药理学手段抑制OTUD4/CD73蛋白水解轴，以恢复对免疫抑制性乳腺癌的抗肿瘤免疫反应	发现了OTUD4/CD73蛋白水解轴作为治疗免疫抑制性三阴性乳腺癌的新靶点，并开发了特异性抑制剂ST80	研究主要基于临床前模型，尚未在人体临床试验中验证	探索针对免疫抑制性乳腺癌的新治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）	肿瘤免疫学	乳腺癌	多组学分析、空间转录组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	临床前TNBC模型
69	2025-02-22	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18083 PMID:38393307	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中M2巨噬细胞的分子特征	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，系统地分析了HNSC中M2巨噬细胞的分子特征，并提出了M2巨噬细胞相关特征（MRS）模型	研究主要依赖于TCGA数据库的数据，可能受到数据来源和样本量的限制	研究HNSC中M2巨噬细胞的分子特征及其对肿瘤发展和预后的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	Consensus Clustering	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HNSC患者数据
70	2025-02-17	A Foundation Model for Cell Segmentation 2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.17.567630 PMID:38045277	研究论文	本文介绍了一种名为CellSAM的基础模型，用于细胞分割，该模型能够泛化到多种细胞成像数据	CellSAM基于Segment Anything Model (SAM)，通过开发一种提示工程方法进行掩码生成，实现了跨多种细胞成像数据的泛化能力	尽管CellSAM在多种细胞类型和成像模态上表现出色，但其在特定领域的性能可能仍需进一步优化	研究目标是开发一种能够泛化到多种细胞成像数据的细胞分割基础模型	研究对象包括哺乳动物细胞（组织和细胞培养）、酵母和细菌的成像数据	计算机视觉	NA	深度学习	SAM, CellFinder	图像	多种细胞类型和成像模态的数据
71	2025-02-14	[Analysis of the types and functions of CD34+ cells in full-thickness skin defect wounds of normal mice and diabetic mice by single-cell RNA sequencing] 2024-Mar-20, Zhonghua shao shang yu chuang mian xiu fu za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn501225-20231130-00217 PMID:38548393	研究论文	通过单细胞RNA测序分析正常小鼠和糖尿病小鼠全层皮肤缺损伤口中CD34+细胞的类型和功能	首次使用单细胞RNA测序技术对正常和糖尿病小鼠全层皮肤缺损伤口中的CD34+细胞进行详细分类和功能分析	样本量较小，仅包括6只糖尿病模型小鼠和6只正常小鼠	研究CD34+细胞在正常和糖尿病小鼠皮肤伤口愈合过程中的类型和功能	正常小鼠和糖尿病小鼠的全层皮肤缺损伤口中的CD34+细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序	Seurat 4.0.2	RNA测序数据	12只雄性CD34细胞谱系追踪小鼠（6只糖尿病模型，6只正常对照）
72	2025-02-11	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本文研究了肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中Jagged1的表达及其对Notch信号通路和胰岛素分泌缺陷的影响	研究发现Jagged1是肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中Notch活性增加的唯一配体，并通过中和抗体实验证明抑制Jagged1-Notch信号可能具有治疗益处	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的来源，这限制了Jagged1作为治疗靶点的潜力	研究Jagged1在肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中的表达及其对Notch信号通路和胰岛素分泌缺陷的影响	肥胖小鼠和2型糖尿病患者的胰岛	生物医学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），葡萄糖耐量测试，单克隆中和抗体	NA	基因表达数据，生理数据	高脂饮食喂养的小鼠和瘦素受体缺陷小鼠，以及有和无2型糖尿病患者的胰岛
73	2025-02-10	Identification of potential immunologic resilience in the healing process of diabetic foot ulcers 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14465 PMID:37926487	研究论文	本研究通过生物信息学工具和单细胞RNA测序技术，分析了糖尿病足溃疡（DFU）患者的基因表达数据，揭示了CD8 T细胞在DFU愈合过程中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别了DFU中不同细胞群体的分布，并验证了CD8 T细胞及其相关关键基因在DFU愈合过程中的作用	研究主要依赖于公共数据库的基因表达数据，样本来源和数量可能有限	探讨糖尿病足溃疡的发病机制及治疗新视角	糖尿病足溃疡患者	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术	NA	基因表达数据	NA
74	2025-02-09	Modeling primitive and definitive erythropoiesis with induced pluripotent stem cells 2024-03-26, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023011708 PMID:38290102	研究论文	本文利用诱导多能干细胞（iPSCs）模拟原始和最终红细胞生成，比较了两种红细胞的功能特性	通过iPSCs生成同基因背景的原始和最终红细胞，并直接与胎儿肝脏来源的红细胞进行比较，揭示了两种红细胞生成程序的差异	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内红细胞生成的复杂性	研究红细胞生成的不同阶段及其功能特性，探索iPSCs在遗传性血液疾病建模中的应用	诱导多能干细胞（iPSCs）及其分化的红细胞	细胞生物学	血液疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康胎儿肝脏细胞来源的iPSCs及其分化的红细胞
75	2025-02-09	Investigating adverse genomic and regulatory changes caused by replacement of the full-length CFTR cDNA using Cas9 and AAV 2024-Mar-12, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102134 PMID:38384445	研究论文	本文研究了使用Cas9和AAV替换全长CFTR cDNA后引起的基因组和调控变化的安全性	通过多种测序技术（CAST-seq、ATAC-seq、scRNA-seq）全面评估了基因编辑后的基因组和调控变化，验证了该策略的安全性	研究中发现的基因组重排和大片段插入/缺失虽然比例较低，但仍需进一步评估其长期影响	评估一种基于Cas9和AAV的通用基因编辑策略在治疗囊性纤维化中的安全性	气道基底干细胞	基因编辑	囊性纤维化	Cas9基因编辑、AAV、CAST-seq、ATAC-seq、scRNA-seq	NA	基因组数据、单细胞RNA测序数据、开放染色质数据	NA
76	2025-02-06	Single-cell analysis reveals the transcriptional alterations in the submandibular glands of aged mice 2024-03, Journal of oral biosciences IF:2.6Q1 DOI:10.1016/j.job.2023.12.002 PMID:38142941	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了成年和老年小鼠颌下腺中各类细胞基因表达的变化	首次在单细胞水平上分析了老年小鼠颌下腺的基因表达变化，揭示了细胞衰老标志物的表达增加与唾液腺老化的关联	研究仅局限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未深入探讨MHC I类分子表达增加的具体机制	探讨老年小鼠颌下腺细胞基因表达的变化及其与唾液腺老化的关系	成年和老年小鼠的颌下腺细胞	生物信息学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	成年和老年小鼠的颌下腺细胞样本
77	2025-02-05	Transcript-specific enrichment enables profiling rare cell states via scRNA-seq 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.27.587039 PMID:38586040	研究论文	本文介绍了一种名为PERFF-seq的可扩展检测方法，用于通过特定RNA转录本的存在或缺失来定义复杂细胞混合物中的亚群，并进行单细胞RNA测序分析	提出了PERFF-seq方法，通过RNA流式细胞术和测序技术实现对特定RNA转录本定义的细胞亚群的可编程富集，解决了传统流式分选在稀有细胞状态研究中的局限性	需要进一步验证该方法在不同组织和细胞类型中的广泛适用性	开发一种可扩展的方法，用于通过特定RNA转录本的存在或缺失来富集和描述复杂细胞混合物中的稀有细胞亚群	免疫细胞群体和新鲜冷冻及福尔马林固定石蜡包埋的脑组织	单细胞基因组学	NA	scRNA-seq, RNA Flow-FISH	NA	RNA测序数据	141,227个细胞和29,522个细胞核
78	2024-08-07	Correction to: Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae155 PMID:38581651	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
79	2025-01-24	Cell-cell communication and initial population composition shape the structure of potato spindle tuber viroid quasispecies 2024-Mar-29, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koae012 PMID:38252648	研究论文	本文研究了细胞间通讯和初始种群组成如何影响马铃薯纺锤块茎类病毒准种的结构	通过比较缺乏胞间连丝连接的成熟保卫细胞和体外培养的叶肉细胞原生质体中的类病毒变异体积累，揭示了细胞间通讯和初始种群组成对准种结构的影响	研究仅针对马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系，未涵盖其他类病毒或病毒	探讨细胞间通讯和初始种群组成对类病毒准种结构的影响	马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系（PSTVd-I）及其变异体	病毒学	NA	测序技术	NA	RNA序列数据	成熟保卫细胞和体外培养的叶肉细胞原生质体
80	2025-01-22	CD7 activation regulates cytotoxicity-driven pathology in systemic sclerosis, yielding a target for selective cell depletion 2024-Mar-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224827 PMID:38123919	研究论文	本研究探讨了CD7激活在系统性硬化症（SSc）中调节细胞毒性驱动的病理机制，并提出了选择性细胞耗竭的新靶点	揭示了CD7在系统性硬化症中的新作用，并提出了通过抗CD3/CD7免疫毒素治疗选择性耗竭CD7+细胞的新策略	研究样本量相对较小，且仅在一个严重SSc患者中进行了治疗试验	研究系统性硬化症中细胞毒性T细胞和NK细胞的调节机制，并探索新的治疗靶点	系统性硬化症患者的皮肤和血液样本	免疫学	系统性硬化症	单细胞转录组学、流式细胞术、多重免疫荧光染色	NA	基因表达数据、细胞表型数据	165名SSc患者和80名健康个体的皮肤和血液样本