单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-12-18	The multifaceted roles of COL4A4 in lung adenocarcinoma: An integrated bioinformatics and experimental study 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107896 PMID:38217972	研究论文	本研究综合生物信息学和实验方法，探讨了COL4A4在肺腺癌中的多方面作用	首次报道了COL4A4在肺腺癌中的重要性，并揭示了其在肿瘤微环境重塑、免疫调节和药物抗性中的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨COL4A4在肺腺癌中的作用及其潜在机制	COL4A4在肺腺癌中的表达及其与临床参数、肿瘤微环境、药物抗性和免疫治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自公共数据库的COL4A4表达数据、单细胞测序数据和临床数据
62	2024-12-18	Identification of the key DNA damage response genes for predicting immunotherapy and chemotherapy efficacy in lung adenocarcinoma based on bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108078 PMID:38340438	研究论文	本文通过bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出EGLN3作为预测肺腺癌免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	首次通过多组学数据分析识别出EGLN3作为肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因，并验证了其在不同数据集中的预测能力	研究主要基于公共数据库和现有数据集，缺乏体内实验验证	识别并验证肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	肺腺癌患者的肿瘤组织和相关基因表达	数字病理学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，包括bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据
63	2024-12-18	Identifying potential ligand-receptor interactions based on gradient boosted neural network and interpretable boosting machine for intercellular communication analysis 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108110 PMID:38367445	研究论文	本文介绍了一种名为CellGiQ的高置信度配体-受体相互作用预测框架，用于细胞间通信分析	本研究的创新点在于基于机器学习方法识别高置信度的配体-受体相互作用，并设计了多种验证方法	由于缺乏“金标准”数据集，评估配体-受体相互作用介导的细胞间通信结果仍然是一个挑战	开发一种高置信度的配体-受体相互作用预测框架，以改进细胞间通信分析	配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	梯度提升神经网络和可解释提升机	RNA	涉及人类HNSCC组织的多个数据集
64	2024-12-18	Chromatin region binning of gene expression for improving embryo cell subtype identification 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108049 PMID:38290319	研究论文	本文介绍了一种基于染色质区域分箱的方法scChrBin，用于改进胚胎细胞亚型识别	提出了scChrBin方法，将scRNA-seq数据转换为基于染色质的矩阵，以揭示胚胎发育和谱系分化的动态	NA	改进胚胎细胞亚型识别的准确性	哺乳动物胚胎发育过程中的染色质区域和基因表达	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个单细胞胚胎数据集
65	2024-12-15	Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells 2024-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46428-z PMID:38467611	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了细胞间通讯在视网膜神经节细胞（RGC）存活中的作用，并验证了μ-阿片受体（Oprm1）在视网膜损伤模型中的神经保护作用	首次揭示了细胞间通讯在视网膜神经节细胞存活中的作用，并发现了Oprm1作为神经保护因子的潜力	研究主要集中在视网膜损伤模型中，未来需要进一步验证其在其他神经系统疾病中的作用	探讨细胞间通讯对视网膜神经节细胞存活的影响，并验证Oprm1的神经保护作用	视网膜神经节细胞及其在视网膜损伤后的存活机制	神经科学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
66	2024-12-15	Profiling human brain vascular cells using single-cell transcriptomics and organoids 2024-Mar, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-023-00929-1 PMID:38102365	研究论文	本文描述了一种通过单细胞转录组学和类器官研究人类大脑血管细胞的协议扩展	提出了一个简单、高效的方法，通过FACS纯化胎脑内皮细胞和壁细胞，并将其应用于下游实验，包括转录组学、培养和类器官移植	实验需要在24小时内完成，且不同转录组和表观基因组协议所需时间可能不同	研究大脑发育过程中血管生成与神经生成之间的功能联系	人类大脑的血管细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	少量组织
67	2024-12-14	Segregation of morphogenetic regulatory function of Shox2 from its cell fate guardian role in sinoatrial node development 2024-03-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06039-2 PMID:38553636	研究论文	研究探讨了Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与其细胞命运守护角色之间的分离	首次展示了Shox2在窦房结发育中细胞命运决定与形态发生调控功能的分离	研究仅限于Shox2和Nkx2-5的共同失活对窦房结发育的影响，未探讨其他可能的调控因子	探讨Shox2在窦房结发育中的双重角色及其相互关系	Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与细胞命运守护角色	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Shox2突变体、Nkx2-5突变体及两者的共同失活突变体（dKO）的窦房结细胞
68	2024-12-14	Endothelial gene regulatory elements associated with cardiopharyngeal lineage differentiation 2024-03-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06017-8 PMID:38514806	研究论文	研究识别了与心脏咽弓中胚层分化相关的内皮细胞基因调控元件	通过整合染色质重塑和基因表达数据与单细胞RNA测序数据，识别了101个内皮细胞基因的潜在调控元件，并使用机器学习策略预测增强子	研究主要基于小鼠胚胎数据，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性	识别和验证在心脏咽弓中胚层分化过程中激活的内皮细胞基因调控元件	内皮细胞基因调控元件及其在心脏咽弓中胚层分化中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠胚胎
69	2024-12-13	ScLinear predicts protein abundance at single-cell resolution 2024-03-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05958-4 PMID:38438709	研究论文	本文介绍了一种基于线性回归的方法scLinear，用于预测单细胞蛋白质丰度	scLinear比现有方法更高效，且不降低准确性，同时具有可解释性	未提及	开发一种高效且准确的单细胞蛋白质丰度预测方法	单细胞蛋白质丰度	机器学习	NA	线性回归	线性回归	RNA表达数据	未提及
70	2024-12-13	Single Cell High Dimensional Analysis of Human Peripheral Blood Mononuclear Cells Reveals Unique Intermediate Monocyte Subsets Associated with Sex Differences in Coronary Artery Disease 2024-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25052894 PMID:38474140	研究论文	研究通过单细胞高维分析人类外周血单核细胞，揭示了与冠状动脉疾病性别差异相关的独特中间单核细胞亚群	首次在单细胞水平上识别出与冠状动脉疾病严重程度相关的中间单核细胞亚群，并发现这些亚群在女性中表现出更强的相关性	研究样本量较小，且仅限于冠状动脉疾病患者，可能限制了结果的普适性	探讨中间单核细胞亚群在冠状动脉疾病进展中的作用及其性别差异	人类外周血单核细胞及其在冠状动脉疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组和蛋白质分析	NA	单细胞数据	61名冠状动脉疾病患者的外周血单核细胞
71	2024-12-12	Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning 2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585637 PMID:38562882	研究论文	本文介绍了一种名为CytoTRACE 2的可解释深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中绝对尺度上表征细胞潜能和分化状态	CytoTRACE 2在31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集中，表现优于现有方法，能够恢复实验确定的潜能水平和分化状态，并重建小鼠胚胎发生的时间层次结构	NA	开发一种新的方法来表征单细胞的潜能和分化状态，并应用于健康和疾病中的单细胞分化景观	单细胞RNA测序数据中的细胞潜能和分化状态	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	RNA测序数据	31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集
72	2024-12-12	Chronic SIV-Induced neuroinflammation disrupts CCR7+ CD4+ T cell immunosurveillance in the rhesus macaque brain 2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175332 PMID:38470479	研究论文	研究慢性SIV感染引发的神经炎症如何破坏恒河猴大脑中CCR7+ CD4+ T细胞的免疫监视功能	首次结合单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学和流式细胞术，揭示了CCR7+ CD4+ T细胞在脑中的独特亚群及其功能特性	研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨慢性SIV感染对大脑中CCR7+ CD4+ T细胞免疫监视功能的影响	恒河猴大脑中的CCR7+ CD4+ T细胞及其在神经炎症中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学、流式细胞术	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	恒河猴样本
73	2024-12-10	Integrated analysis of disulfidptosis-related immune genes signature to boost the efficacy of prognostic prediction in gastric cancer 2024-Mar-25, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03294-5 PMID:38528532	研究论文	研究探讨了二硫化物应激相关免疫基因在胃癌中的潜在生物标志物价值，并构建了一个预测模型	首次揭示了二硫化物应激相关免疫基因在胃癌中的潜在生物标志物价值	NA	探索二硫化物应激与免疫相关基因在胃癌中的内在关联，并评估其作为生物标志物的潜力	胃癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	Cox和LASSO分析	基因表达数据	63对胃癌组织样本
74	2024-12-08	Cell-specific housekeeping role of lncRNAs in COVID-19-infected and recovered patients 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae023 PMID:38426128	研究论文	研究了lncRNA在COVID-19感染和康复患者中的时空表达动态及其在调节疾病和康复中的功能	首次使用单细胞RNA测序技术分析了lncRNA在健康、SARS-CoV-2感染和康复个体中的时空表达动态，并发现了调节免疫功能的细胞类型特异性lncRNA	研究主要集中在lncRNA的表达变化，未深入探讨其具体的调控机制	探讨lncRNA在COVID-19感染和康复患者中的时空表达模式及其功能	lncRNA在健康、SARS-CoV-2感染和康复个体中的表达及其对免疫功能的调节作用	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康、SARS-CoV-2感染和康复个体
75	2024-12-08	Comparative analysis of cell-cell communication at single-cell resolution 2024-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01782-z PMID:37169965	研究论文	本文介绍了一种名为Scriabin的灵活且可扩展的框架，用于在单细胞分辨率下进行细胞间通信的比较分析	Scriabin能够在不进行细胞聚合或降采样的情况下，准确恢复预期的细胞间通信边并识别被聚合方法掩盖的通信网络	NA	揭示健康和疾病中微环境与表型关系的完整结构	细胞间通信的比较分析	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用多个已发表的图谱规模数据集、遗传扰动筛选和直接实验验证
76	2024-12-07	Early amyloid-induced changes in microglia gene expression in male APP/PS1 mice 2024-03, Journal of neuroscience research IF:2.9Q2 DOI:10.1002/jnr.25295 PMID:38515329	研究论文	研究了阿尔茨海默病模型小鼠中早期淀粉样蛋白诱导的微胶质细胞基因表达变化	首次揭示了早期淀粉样蛋白诱导的微胶质细胞基因表达变化，并使用单细胞RNA测序技术分析了从稳态到CD11c阳性微胶质细胞的转录轨迹	研究仅限于雄性APP/PS1小鼠，且样本量较小	探究阿尔茨海默病早期淀粉样蛋白诱导的微胶质细胞基因表达变化	雄性APP/PS1小鼠的海马微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	基因表达数据	6个月大的APP/PS1小鼠和野生型同窝小鼠的海马微胶质细胞
77	2024-12-01	A genome-wide CRISPR screen identifies BRD4 as a regulator of cardiomyocyte differentiation 2024-03, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00431-1 PMID:39196112	研究论文	本研究通过全基因组CRISPR筛选，揭示了BRD4在心肌细胞分化中的调控作用	首次揭示了BRD4在心肌细胞命运决定中的新角色，并发现SHF心脏前体细胞对BRD4的需求存在异质性	NA	研究BRD4在心肌细胞分化中的作用	人诱导多能干细胞（hiPSC）和心肌细胞（CM）的分化	NA	心血管疾病	CRISPR筛选	NA	单细胞转录组数据	NA
78	2024-12-01	Bone morphogenic protein-4 availability in the cardiac microenvironment controls inflammation and fibrosis in autoimmune myocarditis 2024-03, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00432-0 PMID:39196111	研究论文	研究探讨了骨形态发生蛋白4（BMP4）在心脏微环境中的作用，揭示了其在控制自身免疫性心肌炎中的炎症和纤维化过程中的关键作用	首次通过单细胞转录组学分析揭示了BMP4在心脏组织稳态中的作用，并证明了通过抗体介导的BMP抑制剂中和可以改善心肌炎症	研究主要基于小鼠模型和人类样本的单细胞转录组学分析，可能需要进一步的临床验证	探讨BMP4在自身免疫性心肌炎中的分子机制及其在炎症和纤维化控制中的作用	BMP4在心脏微环境中的作用及其对心肌炎和纤维化的影响	NA	心血管疾病	单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	小鼠和人类心肌组织样本
79	2024-12-01	Kupffer cells dictate hepatic responses to the atherogenic dyslipidemic insult 2024-03, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00448-6 PMID:39196121	研究论文	研究探讨了Kupffer细胞在应对动脉粥样硬化性血脂异常损伤中的作用	首次揭示了Kupffer细胞在肝脏对动脉粥样硬化性血脂异常损伤的早期响应中的关键作用，并展示了Kupffer细胞特异的转录程序	研究主要基于诱导模型，可能无法完全代表自然状态下的情况	探讨肝脏在动脉粥样硬化性血脂异常损伤中的响应机制	Kupffer细胞在肝脏中的作用及其对血脂异常的响应	NA	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA	NA
80	2024-11-27	Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma 2024-Mar-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3997426/v1 PMID:38496447	研究论文	研究了APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达及其在鳞状上皮和鳞状细胞癌中的调控机制	首次揭示了GRHL3在调节APOBEC3A表达中的作用，并展示了APOBEC3A在鳞状细胞癌中的表达和活性扩展机制	NA	探讨APOBEC3A和APOBEC3B在癌症中的表达及其对肿瘤发展和药物抗性的影响	健康和恶性黏膜上皮细胞中的APOBEC3A和APOBEC3B表达	数字病理学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	NA	RNA	NA