单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-06-17	Human surface ectoderm and amniotic ectoderm are sequentially specified according to cellular density 2024-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh7748 PMID:38427729	research paper	该研究开发了一种人类多能干细胞模型，用于研究羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制	提出了基于细胞密度的人类羊膜外胚层和表面外胚层分化机制的新模型	研究结果基于体外培养系统，可能无法完全反映体内发育情况	探究人类非神经外胚层发育机制	人类多能干细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	干细胞分化模型	基因表达数据	NA
42	2025-06-07	Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908 PMID:38461411	研究论文	本文提出了一种用于小鼠脑干单细胞RNA测序的解剖、解离和冷冻保存方案	该方案允许异步样本收集和下游处理，适用于脑干组织中的细胞，特别是新生儿小鼠	虽然该方案以孤立的preBötzinger复合体和SmartSeq3 cDNA文库制备为例，但可能不适用于所有脑干区域和文库制备方法	开发一种适用于小鼠脑干单细胞RNA测序的样本处理方案	小鼠脑干组织，特别是新生儿小鼠的脑干细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SmartSeq3 cDNA文库制备	NA	RNA测序数据	新生儿小鼠的脑干组织
43	2025-06-07	Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825 PMID:38280199	研究论文	本文提出了一种获取高质量新鲜小鼠肺空间转录组数据的实验方案	针对肺肺泡中存在空腔导致切片困难的问题，提出了一种新的实验方案，包括肺灌注、获取冷冻切片、收集肺切片cDNA及数据分析等步骤	NA	解决肺组织空间转录组实验中切片困难的问题，获取高质量的空间转录组数据	小鼠肺组织	空间转录组学	NA	空间转录组分析	NA	空间转录组数据	NA
44	2025-06-07	An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836 PMID:38219150	研究论文	本文提出了一种从小鼠胰腺中快速分离单细胞的优化方案，旨在减少消化酶对胰腺外分泌细胞的损伤	优化了解剖顺序、酶组成和操作步骤，从而获得高产量且高纯度的胰腺单细胞	NA	开发一种高效的小鼠胰腺单细胞分离方案	小鼠胰腺单细胞	细胞生物学	NA	单细胞分离技术	NA	NA	NA
45	2025-06-07	Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893 PMID:38416649	研究论文	开发了一种用于人类和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序工作流程，整合了样本多重标记	整合流式细胞术进行质量控制、计数和精确核池化，显著减少低质量核、环境RNA污染及试剂浪费	未提及具体样本量或实验验证的广泛性	优化脂肪组织的单核RNA测序流程，提高信息内容和成本效率	人类和小鼠脂肪组织	单细胞测序	NA	流式细胞术, 单核RNA测序, 10× Chromium控制器	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
46	2025-06-07	Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819 PMID:38183653	研究论文	介绍了一个名为COMET的R包，用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化(EMT)轨迹和状态间转换速率	开发了COMET这一新工具，能够优化EMT基因数量并拟合连续时间马尔可夫链来估计状态转换速率	未提及具体验证数据集或应用范围的限制	开发从单细胞RNA测序数据推断EMT轨迹的分析方法	上皮-间质转化过程	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	连续时间马尔可夫链	基因表达数据	NA
47	2025-06-07	Establishing a 3D culture system for early organogenesis of monkey embryos ex vivo and single-cell transcriptome analysis of cultured embryos 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102835 PMID:38224493	研究论文	建立了一个用于猴子胚胎早期器官发生的3D体外培养系统，并对培养的胚胎进行了单细胞转录组分析	开发了一种能够在体外培养食蟹猴胚胎长达25天的3D培养系统，并利用单细胞RNA测序技术解析了原肠胚形成和早期器官发生的关键发育事件	NA	理解灵长类动物胚胎发生最初4周的发育过程	食蟹猴胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、生物信息学分析	3D培养系统	转录组数据	NA
48	2025-06-07	Protocol for optimized dissociation of human scalp tissue for hair follicle transcriptomics by scRNA-seq 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102848 PMID:38319786	research paper	本文提出了一种优化的人体头皮组织解离方案，用于通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究毛囊转录组学	优化了人体头皮组织的解离步骤，以获得高质量的单细胞悬液用于scRNA-seq	NA	研究人体毛囊的转录组学	人体头皮组织	转录组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
49	2025-06-07	Protocol for functional profiling of patient-derived organoids for precision oncology 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102887 PMID:38367233	研究论文	本文提出了一种用于精准肿瘤学的患者来源类器官功能分析协议	提供了一种全面的协议，涵盖结直肠癌患者来源类器官的生成和培养、肿瘤浸润淋巴细胞的分离和扩增，以及外周血单个核细胞的分离和培养	需要参考Plattner等人的研究以获取完整的协议执行细节	开发一种用于精准肿瘤学的功能分析方法	结直肠癌患者来源的类器官、肿瘤浸润淋巴细胞和外周血单个核细胞	精准医学	结直肠癌	RNA-seq, WES, scRNA-seq, (磷酸化)蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
50	2025-06-06	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	本研究利用空间和单细胞转录组学揭示了基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子结构	发现了神经元和星形胶质细胞亚群中记忆特异性的转录特征，并揭示了神经元与星形胶质细胞的相互作用对长期记忆编码的必要性	NA	阐明基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的作用机制	基底外侧杏仁核中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
51	2025-06-04	Recent advances in cancer-associated fibroblast: Biomarkers, signaling pathways, and therapeutic opportunities 2024-Mar-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003031 PMID:38420743	综述	本文总结了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的研究进展，重点关注其表型和功能的异质性、特定信号通路以及涉及CAFs的治疗策略	综述了CAFs的异质性、信号通路和表观遗传变化，并探讨了CAFs作为治疗靶点的潜力	CAFs在肿瘤微环境中的复杂性仍知之甚少，针对CAFs的临床试验结果大多不理想	探讨CAFs在肿瘤微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	NA	NA	NA
52	2025-06-03	MSX1+PDGFRAlow limb mesenchyme-like cells as an efficient stem cell source for human cartilage regeneration 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.001 PMID:38428414	research paper	该研究识别并表征了具有显著骨软骨再生和微环境适应能力的MSX1间充质祖细胞，并开发了一种从人多能干细胞生成MSX1+PDGFRAlow肢体间充质样细胞（LML）的策略，用于人类软骨再生	发现了MSX1间充质祖细胞中的PDGFRA亚群具有最强的骨软骨能力，并成功从人多能干细胞生成LML细胞用于软骨再生	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	寻找更有效的干细胞来源用于人类软骨再生	MSX1间充质祖细胞和从人多能干细胞生成的LML细胞	再生医学	骨退行性疾病	单细胞测序	小鼠损伤模型	基因表达数据	NA
53	2025-06-03	Activated mesenchymal stem/stromal cells promote myeloid cell differentiation via CCL2/CCR2 signaling 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.002 PMID:38428413	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞/基质细胞（MSCs）通过CCL2/CCR2信号通路对造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及其祖细胞分化的影响	揭示了MSCs分泌的CCL2在髓系细胞分化早期阶段的重要作用，并通过单细胞RNA测序分析在人类骨髓细胞中验证了这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究MSCs通过CCL2/CCR2信号通路对HSPCs及其祖细胞分化的调控机制	小鼠和人类的造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及间充质干细胞/基质细胞（MSCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
54	2025-06-03	ER stress and lipid imbalance drive diabetic embryonic cardiomyopathy in an organoid model of human heart development 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.01.003 PMID:38335962	研究论文	使用人类心脏类器官系统模拟胚胎心脏发育，研究糖尿病对先天性心脏缺陷的影响	首次使用人类心脏类器官系统模拟糖尿病条件下的胚胎心脏发育，揭示了内质网应激和脂质代谢失衡在糖尿病胚胎心肌病中的作用	研究结果仍需在更复杂的体内模型中验证	探究糖尿病对胚胎心脏发育的影响机制	人类心脏类器官	发育生物学	先天性心脏病	scRNA-seq, 脂质组学	人类心脏类器官系统	基因表达数据, 脂质组数据	NA
55	2025-05-22	Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023 PMID:38359834	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了源自新鲜分离的早期妊娠滋养层细胞或已建立的hTSC细胞系的类器官如何再现体内定义的发育细胞轨迹和转录调控过程	首次全面评估了不同来源的滋养层类器官在模拟滋养层发育和转录调控过程中的准确性和局限性	发现干细胞来源的类器官中存在一个在体内几乎不存在的扩展祖细胞状态，这表明当前类器官平台在模拟某些特定滋养层发育特征时存在偏差	评估当前滋养层类器官平台作为胎盘建模工具的准确性和局限性	人类滋养层干细胞(hTSCs)和相关的滋养层类器官	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及新鲜分离的早期妊娠滋养层细胞和已建立的hTSC细胞系
56	2025-05-22	Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015 PMID:38330939	研究论文	开发了一种名为CH-ATAC-seq的组合杂交方法，用于构建斑马鱼、果蝇和蚯蚓的单细胞染色质可及性图谱	首次在非哺乳动物物种中构建单细胞染色质可及性图谱，并整合多物种数据系统识别细胞类型特异性调控元件	研究范围限于斑马鱼、果蝇和蚯蚓等特定非哺乳动物物种，未涵盖更广泛的生物多样性	探索脊椎动物和无脊椎动物之间保守的调控程序	斑马鱼、果蝇、蚯蚓、人类、猴子和小鼠的细胞	表观基因组学	NA	scATAC-seq, CH-ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	约80万个细胞类型特异性cCREs，涵盖152种主要细胞类型
57	2025-05-22	Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019 PMID:38354738	研究论文	本研究通过Wnt信号剂量递增实验，探索干细胞分化的分子调控机制，并发现小分子药物tranilast可协同激活Wnt信号促进心脏谱系分化	结合单细胞RNA测序、多元回归模型和Connectivity Map数据库，建立了一个集成工作流程，用于识别控制细胞分化的小分子化合物	研究主要基于体外hiPSC分化和鹌鹑胚胎的体内分析，尚未在更复杂的生物模型中进行验证	探索Wnt信号在干细胞分化中的分子调控机制，并寻找能够调控细胞分化的小分子药物	人类诱导多能干细胞(hiPSCs)和鹌鹑胚胎	干细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	多元回归模型	基因表达数据	NA
58	2025-05-17	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文介绍了一种从手术室到实验室处理前列腺癌患者临床标本的单细胞测序方案	提出了一种针对脊柱转移性前列腺癌患者临床标本的单细胞处理和分析方案	仅针对前列腺癌脊柱转移患者的样本，未涉及其他类型肿瘤	开发用于识别骨性脊柱转移患者预后标志物和治疗靶点的方案	前列腺癌脊柱转移患者的临床标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提及前列腺癌患者样本
59	2025-05-17	Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809 PMID:38180835	研究论文	本文介绍了一种使用条形码衰减谱系追踪技术研究非遗传编码状态继承和传播的协议	开发了BdLT-Seq技术，能够在保持同源性的同时评估克隆进化，并比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征	需要参考Shlyakhtina等人的完整细节来执行该协议	研究非遗传编码状态的继承和传播	细胞谱系	分子生物学	NA	BdLT-Seq（条形码衰减谱系追踪结合单细胞转录组分析）	NA	单细胞转录组数据	NA
60	2025-05-16	Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684 PMID:38219153	研究论文	提出了一种利用机器学习分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组协议	整合单细胞RNA测序数据，使用机器学习识别与免疫细胞浸润相关的基因，并探索这些基因在预后中的影响	未提及具体样本量或实验验证结果	分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组变化，寻找潜在药物靶点	肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	癌症	scRNA-seq, 微阵列, bulk RNA-seq	机器学习	转录组数据	NA