单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 549 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-11-11 |
Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment
2024-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306515
PMID:38229179
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境的分子机制 | 首次发现部分口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌细胞在原位癌区域发生部分上皮-间质转化，获得成纤维细胞样表型并参与胶原蛋白沉积，并揭示了肿瘤微环境中上皮细胞、成纤维细胞和免疫细胞之间的复杂相互作用 | NA | 揭示口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌的分子机制 | 口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 口腔癌 | 空间转录组学和空间代谢组学 | NA | 转录组和代谢组数据 | NA |
| 42 | 2024-11-08 |
InPACT: a computational method for accurate characterization of intronic polyadenylation from RNA sequencing data
2024-Mar-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46875-8
PMID:38519498
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研究论文 | 提出了一种名为InPACT的计算方法，用于从RNA测序数据中准确表征内含子多聚腺苷酸化 | InPACT能够从常规RNA-seq数据中精确表征内含子多聚腺苷酸化，并成功识别出许多先前未注释的内含子多聚腺苷酸化转录本 | NA | 开发一种可靠的方法来准确表征内含子多聚腺苷酸化 | 内含子多聚腺苷酸化转录本及其在不同细胞类型中的表达 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类细胞、单细胞RNA测序数据 |
| 43 | 2024-11-08 |
Light and dopamine impact two circadian neurons to promote morning wakefulness
2024-Mar-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.04.583333
PMID:38496661
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研究论文 | 研究探讨了光线和多巴胺如何影响果蝇的昼夜节律神经元，促进早晨的清醒 | 首次揭示了光线通过调节多巴胺受体Dop1R1的mRNA水平，影响果蝇早晨清醒的机制 | 研究仅限于果蝇模型，尚未在哺乳动物中验证 | 探讨光线和多巴胺对果蝇早晨清醒的影响机制 | 果蝇的昼夜节律神经元和多巴胺受体Dop1R1 | 神经科学 | NA | 单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑、活体成像 | NA | mRNA表达数据 | 17组昼夜节律神经元，包括两组特定的侧神经元(LNs) |
| 44 | 2024-11-08 |
Enhancing prognostic power in multiple myeloma using a plasma cell signature derived from single-cell RNA sequencing
2024-03-06, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-024-01024-8
PMID:38443358
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序数据开发了一种新的浆细胞基因特征，并评估了其在多发性骨髓瘤中的预后能力 | 开发了一种新的浆细胞基因特征（PBM评分），该评分在多发性骨髓瘤中的预后效果独立于现有的国际分期系统（ISS）和修订ISS（R-ISS） | NA | 提高多发性骨髓瘤的预后能力 | 多发性骨髓瘤及其相关浆细胞恶性肿瘤 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2115个样本，包括1978个多发性骨髓瘤、65个意义未明的单克隆丙种球蛋白病、35个冒烟型多发性骨髓瘤和37个健康对照 |
| 45 | 2024-11-08 |
PPARγ Attenuates Cellular Senescence of Alveolar Macrophages in Asthma- COPD Overlap
2024-Mar-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4009724/v1
PMID:38496493
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研究论文 | 研究探讨了哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠（ACO）中肺泡巨噬细胞的细胞衰老及其调控基因PPARγ的作用 | 首次揭示了PPARγ在调节ACO患者肺泡巨噬细胞衰老中的关键作用，并提出其作为潜在治疗靶点的可能性 | 研究主要基于公共单细胞RNA测序数据和独立队列研究的bulk RNA-Seq及CyTOF数据，缺乏体内实验验证 | 探讨ACO中主要炎症细胞及其细胞衰老情况，并揭示调控衰老的关键基因 | ACO患者的肺组织和支气管肺泡灌洗液中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、bulk RNA-Seq、CyTOF | NA | RNA序列数据 | ACO患者肺组织样本及支气管肺泡灌洗液样本 |
| 46 | 2024-11-08 |
A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging
2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.01.583001
PMID:38496474
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研究论文 | 本文介绍了PanSci，一个包含超过2000万个细胞的单细胞转录组图谱，涵盖了623个不同生命阶段、性别和基因型的鼠类组织样本，以揭示哺乳动物衰老过程中的细胞群体动态变化 | 本文首次提供了全面的单细胞转录组数据，揭示了衰老过程中细胞动态变化的时空结构和器官特异性变化 | NA | 揭示哺乳动物衰老过程中全身细胞群体的动态变化 | 鼠类不同器官和生命阶段的细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 623个鼠类组织样本，包含超过2000万个细胞 |
| 47 | 2024-11-07 |
Modeling primitive and definitive erythropoiesis with induced pluripotent stem cells
2024-03-26, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2023011708
PMID:38290102
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研究论文 | 本文利用诱导多能干细胞（iPSCs）模型研究了原始和确定性红细胞生成过程中的差异 | 首次通过iPSCs生成了同基因的原始和确定性红细胞，并进行了功能和转录组学比较 | NA | 研究原始和确定性红细胞生成的差异及其在遗传性血液疾病建模中的应用 | 诱导多能干细胞（iPSCs）生成的原始和确定性红细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 从健康胎儿肝脏细胞生成的iPSCs及其衍生的红细胞 |
| 48 | 2024-11-07 |
Gastrulation-stage gene expression in Nipbl+/- mouse embryos foreshadows the development of syndromic birth defects
2024-Mar-22, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl4239
PMID:38507484
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研究论文 | 研究了Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚形成阶段的基因表达，揭示了与Cornelia de Lange综合征相关的出生缺陷的早期迹象 | 首次通过单细胞RNA测序技术分析了Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚形成和早期心脏新月阶段的基因表达变化，发现了与出生缺陷相关的基因表达失调和谱系分配错误 | NA | 探讨Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚形成阶段的基因表达变化及其与出生缺陷的关系 | Nipbl+/-小鼠胚胎在原肠胚形成和早期心脏新月阶段的基因表达 | NA | 遗传性出生缺陷 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和Nipbl+/-小鼠胚胎 |
| 49 | 2024-11-07 |
Expansion of memory Vδ2 T cells following SARS-CoV-2 vaccination revealed by temporal single-cell transcriptomics
2024-Mar-20, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-024-00853-9
PMID:38509155
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研究论文 | 研究了mRNA SARS-CoV-2疫苗接种后Vδ2 T细胞的分子变化 | 揭示了第二次疫苗接种后Vδ2 T细胞的记忆特征，并通过体外实验验证了其效应功能 | NA | 探讨mRNA SARS-CoV-2疫苗接种后Vδ2 T细胞的免疫反应变化 | Vδ2 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序和γδ-TCR测序 | NA | RNA | 纵向研究中的多个时间点样本 |
| 50 | 2024-11-07 |
A Foundation Model for Cell Segmentation
2024-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.17.567630
PMID:38045277
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CellSAM的细胞分割基础模型，该模型能够跨多种细胞成像数据进行泛化 | CellSAM基于Segment Anything Model (SAM)开发了一种提示工程方法用于掩码生成，并通过训练对象检测器CellFinder来自动检测细胞并提示SAM生成分割结果 | NA | 开发一种能够跨不同细胞成像领域泛化的细胞分割模型 | 细胞分割在多种成像数据中的应用 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 基础模型 | 图像 | 涉及哺乳动物细胞（组织和细胞培养）、酵母和细菌的图像，跨越多种成像模式 |
| 51 | 2024-11-07 |
Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution
2024-03, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805
PMID:38309446
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析，探讨了垂直袖状胃切除术（VSG）对小肠上皮细胞的影响 | 首次在单细胞分辨率下定义了VSG对小肠上皮细胞的适应性变化，并揭示了VSG恢复高脂饮食扰动的细胞类型特异性基因和通路 | 研究基于小鼠模型，结果的临床相关性需进一步验证 | 探讨垂直袖状胃切除术（VSG）对小肠上皮细胞的分子和细胞水平的影响 | 小肠上皮细胞及其在VSG后的适应性变化 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠模型 |
| 52 | 2024-11-07 |
YAP induces a neonatal-like pro-renewal niche in the adult heart
2024-Mar, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00428-w
PMID:38510108
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研究论文 | 研究探讨了YAP激活在成年心脏中诱导新生儿样再生微环境的作用 | 发现YAP激活可以重建心肌梗死后心脏的微环境，并诱导心脏再生 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类心脏中验证 | 研究YAP激活在成年心脏中的再生潜力及其微环境重建机制 | 成年表达YAP5SA的心肌细胞和心脏微环境 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 空间转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠和人类心脏样本 |
| 53 | 2024-11-06 |
Identification of estrogen response-associated STRA6+ granulosa cells within high-grade serous ovarian carcinoma by single-cell sequencing
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27790
PMID:38509903
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了高级别浆液性卵巢癌中的细胞异质性，并识别出与雌激素反应相关的STRA6+颗粒细胞 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中发现STRA6+颗粒细胞，并揭示其通过雌激素反应促进肿瘤生长的潜力 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 揭示高级别浆液性卵巢癌中的细胞异质性，并探索潜在的治疗靶点 | 高级别浆液性卵巢癌中的细胞亚群及其生物学功能 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 高级别浆液性卵巢癌的单细胞RNA测序数据 |
| 54 | 2024-11-06 |
Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women
2024-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.07.583985
PMID:38559249
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研究论文 | 本文应用单细胞RNA测序技术分析了5名健康育龄女性子宫内膜和子宫肌层的细胞异质性和动态变化 | 本文构建了一个包含超过167,000个细胞的正常子宫细胞图谱，并提出了一个包含39个子类型的共识注释系统 | 本文仅分析了健康育龄女性的子宫细胞，未涉及其他年龄段或疾病状态 | 研究健康育龄女性子宫的细胞异质性和动态变化 | 子宫内膜和子宫肌层的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5名健康育龄女性 |
| 55 | 2024-11-06 |
In situ tissue profile of rat trigeminal nerve in trigeminal neuralgia using spatial transcriptome sequencing
2024-Mar-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001110
PMID:38270619
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研究论文 | 本研究通过空间转录组测序技术分析了三叉神经痛大鼠模型中三叉神经组织的细胞间相互作用 | 揭示了三叉神经节对施万细胞脱髓鞘和再髓鞘化反应的影响机制，并发现了新的重要靶基因和调控通路 | NA | 探讨三叉神经痛中不同类型细胞间的相互作用，特别是脱髓鞘对三叉神经节的影响及其内在机制 | 三叉神经痛大鼠模型的三叉神经组织 | NA | 三叉神经痛 | 空间转录组测序 | NA | 基因表达矩阵 | 三叉神经痛大鼠模型的三叉神经组织样本 |
| 56 | 2024-11-04 |
Integration of scRNA-seq data by disentangled representation learning with condition domain adaptation
2024-Mar-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05706-9
PMID:38493095
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研究论文 | 提出了一种名为scDisco的单细胞RNA测序数据整合方法，通过解耦表示学习和条件域适应策略来减少批次效应并分离生物效应和条件特异性效应 | scDisco通过条件特异性域适应网络和条件特异性批量归一化层，成功解耦生物效应和条件特异性效应，并增强条件特异性表示 | NA | 加速在不同生物条件下系统差异的探索 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 变分自编码器（VAE） | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 57 | 2024-11-04 |
OralExplorer: a web server for exploring the mechanisms of oral inflammatory diseases
2024-03-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05019-8
PMID:38491529
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研究论文 | 开发了一个名为OralExplorer的网络工具，用于探索口腔炎症性疾病的机制 | 整合了公开的口腔炎症性疾病数据，并提供全面的在线生物信息学分析 | NA | 解决口腔炎症性疾病数据未充分利用的问题，探索其分子机制 | 口腔炎症性疾病及其相关数据 | 生物信息学 | 口腔炎症性疾病 | qPCR, IHC | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据 | 35个相关数据集，涵盖6种主要疾病类型和901个样本 |
| 58 | 2024-11-04 |
In vivo CRISPR screening directly targeting testicular cells
2024-Mar-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100510
PMID:38447574
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研究论文 | 本文开发了一种体内CRISPR筛选方法，通过靶向睾丸细胞来识别影响精子发生的关键基因 | 首次将体外CRISPR筛选方法应用于体内，成功识别了影响精子发生的Rd3基因，并开发了Hub-Explorer工具来分析细胞类型特异性信号通路 | NA | 研究CRISPR-Cas9在体内筛选中的应用，识别影响精子发生的分子机制 | 睾丸细胞和精子发生过程 | 生物技术 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | NA |
| 59 | 2024-11-04 |
Tumor and immune cell types interact to produce heterogeneous phenotypes of pediatric high-grade glioma
2024-03-04, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad207
PMID:37934854
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研究论文 | 研究探讨了儿科高级别胶质瘤中肿瘤和免疫细胞类型的相互作用及其对肿瘤表型的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和多通道免疫荧光染色技术，揭示了儿科高级别胶质瘤中多种肿瘤和免疫细胞类型的基因表达差异及其对肿瘤表型的影响 | 研究样本量较小，仅包括19个样本，可能影响结果的普适性 | 探讨儿科高级别胶质瘤的异质性及其背后的细胞类型和基因表达机制 | 儿科高级别胶质瘤中的肿瘤和免疫细胞类型及其相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 19个儿科高级别胶质瘤样本 |
| 60 | 2024-11-04 |
Proteomic analysis of ascitic extracellular vesicles describes tumour microenvironment and predicts patient survival in ovarian cancer
2024-Mar, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.12420
PMID:38490958
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研究论文 | 本文通过质谱分析腹水外泌体中的蛋白质，描述了卵巢癌的肿瘤微环境并预测患者生存 | 本文首次定义了卵巢癌腹水外泌体的核心蛋白质组，并发现这些外泌体主要来源于非恶性细胞类型，如巨噬细胞和成纤维细胞 | NA | 研究卵巢癌腹水外泌体的蛋白质组成及其在肿瘤微环境中的作用，并评估其对患者生存的预测潜力 | 卵巢癌患者的腹水外泌体及其蛋白质组成 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 质谱分析 | NA | 蛋白质 | NA |