单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 535 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-03-05 |
Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893
PMID:38416649
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于人和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序协议，支持样本多重分析 | 开发了一种整合流式细胞术进行质量控制、计数和精确核池化的新工作流程，以直接加载到10x Chromium控制器，有效消除批次混淆、减少低质量核、环境RNA污染和试剂浪费 | NA | 优化脂肪组织的单细胞RNA测序方法，克服脂肪细胞大小、脆弱性和商业试剂盒成本限制 | 人和小鼠的脂肪组织 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium控制器 |
| 42 | 2026-03-03 |
Modulator of TMB-associated immune infiltration (MOTIF) predicts immunotherapy response and guides combination therapy
2024-03-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.01.025
PMID:38320897
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研究论文 | 开发了一种名为MOTIF的新工具，用于预测肿瘤突变负荷相关的免疫浸润，并指导免疫检查点抑制剂的治疗反应和联合疗法 | 首次提出MOTIF工具，通过整合多癌种的大规模RNA-seq数据，识别能决定CD8 T细胞浸润程度的基因，并揭示其在癌症-免疫循环中的完整性缺陷 | 研究主要基于回顾性数据，需要前瞻性临床试验进一步验证MOTIF的预测准确性 | 预测免疫检查点抑制剂的治疗反应并指导联合疗法 | 肿瘤样本和免疫细胞浸润 | 生物信息学 | 多种实体瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 9311个肿瘤样本（来自30种癌症类型）和84个人类单细胞RNA-seq数据集（来自32种实体瘤） | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 43 | 2026-02-28 |
Sirtuin 6 ameliorates bleomycin-induced pulmonary fibrosis via activation of lipid catabolism
2024-03, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31027
PMID:37099691
|
研究论文 | 本文探讨了Sirtuin 6通过激活脂质分解代谢改善博来霉素诱导的肺纤维化的机制 | 揭示了SIRT6通过PPARα介导的脂质分解代谢在肺纤维化中的保护作用，为治疗提供了新靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需进一步验证 | 探究SIRT6在肺纤维化中的作用机制及潜在治疗策略 | 人类肺组织、小鼠模型、肺泡上皮细胞 | 分子生物学 | 肺纤维化 | 单细胞测序、高通量测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-02-27 |
Multi-organ single-cell transcriptomics of immune cells uncovered organ-specific gene expression and functions
2024-03-27, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03152-z
PMID:38538617
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞转录组数据集，揭示了健康供体14个器官中免疫细胞的器官特异性基因表达和功能差异 | 首次大规模整合多器官单细胞转录组数据，系统识别了免疫细胞在器官间的特异性基因表达模式，如肾脏中的GTPX3和胸腺中的DNTT与ACVR2B，并关联了转录因子活性和代谢通路 | 研究基于公开数据集进行荟萃分析，可能受原始数据质量和批次效应影响；样本来源限于健康供体，未涵盖疾病状态 | 探究不同人类器官中驻留免疫细胞的独特基因表达特征和功能 | 114,275个CD45+免疫细胞，来源于健康供体的14个器官 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 114,275个免疫细胞，来自14个器官的健康供体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 45 | 2026-02-26 |
Single-cell integrative analysis reveals consensus cancer cell states and clinical relevance in breast cancer
2024-03-12, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03127-0
PMID:38472225
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研究论文 | 本研究通过整合分析乳腺癌单细胞RNA测序数据，揭示了七种跨患者重复出现的共识癌细胞状态，并系统阐明了其生物学功能、亚型特异性分布、潜在起源细胞及相互关系 | 首次通过整合分析识别出乳腺癌中七种跨患者重复出现的共识癌细胞状态，并揭示了其与肿瘤微环境的相互作用及对生存预后的影响 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能未完全捕捉到蛋白质水平或空间维度的异质性 | 探究乳腺癌中恶性细胞的共同状态及其临床相关性 | 乳腺癌恶性细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多个独立数据集中的乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
A prognostic risk prediction model based on ferroptosis-related long non-coding RNAs in bladder cancer: A bulk RNA-seq research and scRNA-seq validation: Erratum
2024-03-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037547
PMID:38489743
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2026-02-21 |
Canopy2: tumor phylogeny inference by bulk DNA and single-cell RNA sequencing
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.585595
PMID:38562795
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研究论文 | 本文提出Canopy2，一种贝叶斯框架，利用批量DNA和单细胞RNA测序数据推断肿瘤系统发育树并进行突变分析 | Canopy2通过结合批量DNA和单细胞RNA测序数据，使用马尔可夫链蒙特卡洛方法从二项分布和β-二项分布的混合概率分布中采样，能有效解析单细胞数据中的零值来源，区分非癌性、随机性和技术性零值 | 未在摘要中明确提及具体局限性 | 推断肿瘤系统发育树并进行肿瘤亚群的突变分析，以理解肿瘤异质性 | 肿瘤细胞，特别是乳腺癌和胶质母细胞瘤数据 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，批量DNA测序 | 贝叶斯框架，马尔可夫链蒙特卡洛方法 | 单核苷酸变异数据，单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，批量DNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-02-12 |
Mast cell activation disrupts interactions between endothelial cells and pericytes during early life allergic asthma
2024-Mar-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI173676
PMID:38487999
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研究论文 | 本研究通过定量成像和空间转录组学揭示了早期生命过敏性哮喘中肥大细胞激活破坏内皮细胞与周细胞相互作用的机制 | 首次发现新生儿期过敏暴露通过肥大细胞蛋白酶（如类胰蛋白酶）驱动周细胞覆盖缺失，并利用空间转录组学在儿科哮喘活检中验证血管应激与肥大细胞激活通路的关联 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自活检样本的空间转录组学分析，样本量有限 | 探究早期生命过敏性哮喘对肺微循环的影响及肥大细胞在血管重塑中的作用 | 新生小鼠的肺组织切片（PCLSs）和儿科哮喘患者的气管内活检样本 | 数字病理学 | 哮喘 | 定量成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 49 | 2026-02-06 |
MEF2C Hypofunction in GABAergic Cells Alters Sociability and Prefrontal Cortex Inhibitory Synaptic Transmission in a Sex-Dependent Manner
2024-Mar, Biological psychiatry global open science
DOI:10.1016/j.bpsgos.2024.100289
PMID:38390348
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研究论文 | 本研究探讨了GABA能细胞中MEF2C功能减退如何以性别依赖的方式影响小鼠的社交行为和前额叶皮层抑制性突触传递 | 首次在GABA能细胞中特异性操纵Mef2c杂合性，揭示了其在雌性小鼠中导致社交偏好缺陷和抑制性神经元功能异常的性别特异性效应 | 研究仅在小鼠模型中进行，未直接验证人类MCHS患者中的类似机制，且样本量可能有限 | 探究MEF2C功能减退在GABA能神经元中对MCHS样表型的影响，特别是社交行为和神经环路功能 | 小鼠模型，特别是GABA能细胞中Mef2c杂合性的雌雄个体 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学、膜片钳电生理学、光遗传学、脑电图 | 小鼠遗传模型 | 基因表达数据、电生理记录、行为数据 | 未明确指定，但涉及雌雄小鼠的多个实验组 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 50 | 2026-02-05 |
β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice
2024-Mar, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894
PMID:38311286
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研究论文 | 本研究探讨了Jagged1在肥胖小鼠胰岛Notch信号通路中的作用及其对胰岛素分泌缺陷的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和遗传学模型，揭示了β细胞Jagged1在肥胖诱导的Notch信号激活中的充分性而非必要性 | 遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源，限制了靶向β细胞Jagged1的治疗潜力 | 研究肥胖小鼠中β细胞Jagged1表达是否决定Notch信号异常及胰岛素分泌缺陷 | 高脂饮食或瘦素受体缺陷小鼠、2型糖尿病患者胰岛、诱导性β细胞特异性Jagged1转基因和功能缺失小鼠 | 糖尿病研究 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序、葡萄糖耐量测试、葡萄糖刺激胰岛素分泌测定 | 转基因小鼠模型、功能缺失模型 | 基因表达数据、生理功能数据 | 未明确样本数量，但涉及多种小鼠模型和人类胰岛样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2026-02-03 |
Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment
2024-03-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805
PMID:38341849
|
研究论文 | 本文提出了一种从前列腺癌患者临床样本中，从手术室到实验台进行单细胞处理的方案，并比较了人类转移性前列腺脊柱肿瘤的微环境 | 针对脊柱肿瘤组织异质性高、难以处理的特点，开发了从手术室到实验台的单细胞处理方案，用于骨性脊柱转移瘤的研究 | NA | 开发用于临床样本单细胞组学研究的方案，以识别预后标志物和治疗靶点 | 前列腺癌患者的脊柱转移瘤临床样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 52 | 2026-02-03 |
A deep learning adversarial autoencoder with dynamic batching displays high performance in denoising and ordering scRNA-seq data
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109027
PMID:38361616
|
研究论文 | 本文提出了一种名为动态批处理对抗自编码器（DB-AAE）的深度神经网络生成框架，用于有效去噪和排序单细胞RNA测序数据 | DB-AAE直接捕获输入数据中的最优特征，增强特征保留能力，包括细胞类型特异性基因表达模式，并在去噪准确性和生物信号保留方面优于其他方法 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的去噪质量和下游分析的可靠性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对抗自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 53 | 2026-01-14 |
Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306515
PMID:38229179
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化（OSF）衍生的口腔鳞状细胞癌（OSCC）及其肿瘤微环境中的细胞空间分布、转录组和代谢组景观 | 首次在OSF衍生的OSCC组织中，利用空间多组学技术揭示了部分癌细胞在原位癌区域经历部分上皮-间质转化（pEMT），获得成纤维细胞样表型并参与胶原沉积，同时发现了异常的聚胺代谢在促进肿瘤发生和免疫逃逸中的关键作用 | 研究样本可能有限，且空间多组学技术的分辨率或覆盖范围可能存在技术限制，需要进一步验证和扩展研究 | 探究OSF恶性转化为OSCC的具体分子机制，包括细胞表型变化、肿瘤微环境相互作用及代谢重编程 | OSF衍生的OSCC组织样本，包括癌细胞、成纤维细胞和免疫细胞 | 空间多组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学（ST）、空间代谢组学（SM） | NA | 空间转录组数据、空间代谢组数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间代谢组学 | NA | NA |
| 54 | 2026-01-14 |
Single-Cell Sequencing Reveals Functional Alterations in Tuberculosis
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305592
PMID:38192178
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研究论文 | 本研究开发了一个整合单细胞RNA测序和细胞表面抗体测序的新技术平台，以揭示结核病患者免疫细胞功能异质性 | 开发了一个整合基因组和表型信息的新技术平台，首次在结核病研究中同时分析单细胞转录组和表面抗体序列 | 样本量相对较小，仅基于外周血单个核细胞，未涉及组织特异性免疫反应 | 阐明结核分枝杆菌与人类免疫细胞相互作用的功能异质性，以确定宿主免疫强度和结核病结局 | 原发性结核病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | 结核病 | 单细胞RNA测序, 细胞表面抗体测序 | NA | 单细胞转录组数据, 抗体序列数据 | 23,990个外周血单个核细胞，来自新队列的原发性结核病患者和健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 55 | 2026-01-02 |
Spatial, transcriptomic and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition
2024-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.04.01.486135
PMID:41427296
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研究论文 | 本研究通过多物种方法，结合空间转录组学和表观基因组学分析，揭示了背角神经元与慢性疼痛遗传易感性之间的关联 | 首次构建了包含恒河猴、人类和小鼠的综合单细胞图谱，并利用细胞分辨率空间转录组学绘制了物种保守神经元亚型的层状分布，发现了意外的组织模式 | 研究主要基于动物模型和体外数据，尚未在人类患者中进行直接验证，且非编码调控区域的机制解析仍需进一步功能实验 | 探究慢性疼痛遗传变异是否影响背角神经元的调控元件，以解析慢性疼痛的遗传基础 | 背角神经元，涉及恒河猴、人类和小鼠的脊髓组织 | 数字病理学 | 慢性疼痛 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，单核开放染色质测序 | NA | 转录组数据，表观基因组数据，空间分布数据 | 多物种样本（恒河猴、人类、小鼠），具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学，单核ATAC-seq | NA | NA |
| 56 | 2025-12-03 |
scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data
2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.01.543296
PMID:37333088
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研究论文 | 本文介绍了scATAnno，一个用于自动注释单细胞ATAC测序数据的Python软件包 | 开发了基于大规模scATAC-seq参考图谱的自动注释工具，无需使用scRNA-seq数据，并整合了KNN和加权距离不确定性评分以提高准确性 | NA | 开发一种自动化工具，用于单细胞ATAC测序数据的细胞类型注释 | 单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌、基底细胞癌 | 单细胞ATAC测序 | KNN | 表观遗传数据 | 多个数据集，包括外周血单核细胞、三阴性乳腺癌和基底细胞癌样本 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 57 | 2025-12-03 |
Regorafenib plus nivolumab in unresectable hepatocellular carcinoma: the phase 2 RENOBATE trial
2024-03, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-02824-y
PMID:38374347
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研究论文 | 本研究是一项多中心、单臂、II期临床试验，评估了瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为不可切除肝细胞癌一线治疗的疗效和安全性 | 首次在II期临床试验中评估瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为uHCC一线治疗的疗效，并通过单细胞RNA测序探索了长期应答者的免疫生物标志物 | 研究为单臂设计，缺乏对照组，样本量较小（42例患者） | 评估瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为不可切除肝细胞癌一线治疗的疗效和安全性，并探索免疫应答的生物标志物 | 不可切除肝细胞癌患者 | NA | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据，单细胞RNA测序数据 | 42例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 58 | 2025-11-19 |
Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning
2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.19.585637
PMID:38562882
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研究论文 | 开发了可解释的深度学习框架CytoTRACE 2，用于从单细胞RNA测序数据中表征细胞发育潜能和分化状态 | 首次在绝对尺度上量化细胞潜能，在31个数据集上优于现有方法，能够重建胚胎发育时间层次并发现与癌症预后相关的细胞表型 | 仅基于scRNA-seq数据，未整合其他组学数据验证 | 表征单细胞发育潜能和分化状态 | 人类和小鼠单细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | 31个人类和小鼠scRNA-seq数据集，涵盖28种组织类型，62个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 59 | 2025-10-18 |
Dysregulation of cell state dynamics during early stages of serous endometrial carcinogenesis
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.15.585274
PMID:38562813
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了浆液性子宫内膜癌发生早期阶段的细胞状态动态失调机制 | 首次在SEC小鼠模型中系统描述了正常、癌前和发育异常子宫内膜的细胞类型和状态变化，发现了44个潜在早期诊断标志基因 | 研究基于小鼠模型，在人类中的临床验证仍需进一步研究 | 探索浆液性子宫内膜癌发生早期的分子和细胞动力学机制 | 小鼠子宫内膜组织（正常、癌前和发育异常阶段） | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 60 | 2025-10-05 |
Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data
2024-Mar, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-024-00804-y
PMID:41020135
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研究论文 | 评估PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的可重复性和可转移性 | 通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力，创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征 | 对输入扰动敏感，原始版本存在可重复性问题 | 评估和改进监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的性能 | 12个单细胞RNA测序数据集，代表四种不同表型 | 机器学习 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序，监督学习，基因集变异分析 | PENCIL框架 | 单细胞RNA测序数据 | 12个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |