单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2024-08-07	A deep learning adversarial autoencoder with dynamic batching displays high performance in denoising and ordering scRNA-seq data 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109027 PMID:38361616	研究论文	本文提出了一种动态批量对抗自编码器（DB-AAE），用于提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的去噪效果和生物信号保留	DB-AAE能够直接从输入数据中捕获最优特征，并增强特征保留，包括细胞类型特异性基因表达模式	NA	提高scRNA-seq数据分析的质量和可靠性	scRNA-seq数据的去噪和生物信号保留	机器学习	NA	scRNA-seq	对抗自编码器（AAE）	基因表达数据	NA
522	2024-08-04	Spinster homolog 2 reduces malignancies of glioblastoma via PTEN/PI3K/AKT pathway 2024-Mar, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.2785 PMID:37728571	研究论文	本研究揭示了SPNS2在胶质母细胞瘤（GBM）中的生物功能及其通过PTEN/PI3K/AKT通路的作用	本研究首次明确SPNS2作为独立预后指标与胶质瘤进展和预后的显著关联，并提出其作为潜在免疫治疗靶点的可能性	尚未明确SPNS2在各类胶质瘤中的具体机制和作用	探讨SPNS2在胶质母细胞瘤中的作用及其机制	胶质母细胞瘤细胞及其相关的基因表达和预后	数字病理学	胶质瘤	RNA测序	NA	细胞实验数据	涉及多种胶质瘤样本的生存曲线、风险评分等分析
523	2024-08-04	Microfluidic platform for omics analysis on single cells with diverse morphology and size: A review 2024-Mar-15, Analytica chimica acta IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.aca.2024.342217 PMID:38336406	综述	本文综述了基于微流体的单细胞组学分析及其在形态学和大小多样性上的应用	本文的创新之处在于全面概述了基于微流体的单细胞组学最新成就，强调了不同微流体平台的整合及其在以细胞形态为基础的分离中的意义	当前缺乏对复杂形态和尺寸细胞的组学信息的综合分析	探讨最佳平台技术以解码复杂形态和尺寸细胞的组学数据	研究微流体技术在植物和动物单细胞分离中的应用	数字病理学	NA	微流体技术	NA	NA	NA
524	2024-08-07	Predicting Radiation-Induced Lung Injury in Patients With Lung Cancer: Challenges and Opportunities 2024-Mar-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2023.10.044 PMID:37924986	研究论文	本文探讨了预测肺癌患者放射治疗引发的肺损伤（RILI）的挑战与机遇	结合细胞因子评估、γH2AX-白细胞检测或表观遗传标记物等方法，以及使用计算机断层扫描密度测量、氟脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描摄取、肺功能测量变化和呼气分析等工具，以更好地定义和量化RILI	RILI缺乏客观定义，且其严重程度的广泛范围和机制仅部分被理解	开发新的生物标志物，以更好地预测患者风险并实现个性化治疗决策	肺癌患者放射治疗引发的肺损伤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、质谱细胞术、患者特异性体外细胞培养模型	NA	生物标志物	NA
525	2024-08-07	Scrutinizing the human TEX genes in the context of human male infertility 2024-Mar, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13511 PMID:37594251	研究论文	本文通过筛选1305名男性的外显子测序数据，包括1056名隐匿性和无精子症患者，以及分析睾丸特异性单细胞RNA测序数据，研究了人类TEX基因在男性不育中的作用，并验证了先前描述的疾病关联。	本文发现了TEX10、ZFAND3（TEX27）和TEX33作为新的潜在候选基因，这些基因可能与非阻塞性无精子症相关。	NA	旨在筛选人类TEX基因中的新型潜在候选基因，并验证先前描述的疾病关联。	人类TEX基因及其在男性不育中的作用。	NA	男性不育	外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因数据	1305名男性，包括1056名隐匿性和无精子症患者
526	2024-08-07	Melatonin alleviates the toxic effect of di(2-ethylhexyl) phthalate on oocyte quality resulting from CEBPB suppression during primordial follicle formation 2024-03-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132997 PMID:38008054	研究论文	本研究通过建立暴露于邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯（DEHP）和褪黑素的怀孕小鼠模型，利用单细胞转录组技术探讨了褪黑素对卵巢细胞中DEHP影响的缓解作用	研究发现褪黑素通过增强CEBPB表达，改善了由DEHP引起的原始卵泡形成过程中的损害，并减少了卵巢细胞的凋亡	NA	探讨褪黑素如何缓解DEHP对卵子质量的毒性影响，特别是在原始卵泡形成过程中CEBPB抑制的作用	怀孕小鼠及其卵巢细胞	NA	生殖健康	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	NA
527	2024-08-04	Increased heterogeneity in expression of genes associated with cancer progression and drug resistance 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101879 PMID:38262110	研究论文	本文探讨了与癌症进展及药物耐受性相关的基因表达噪声的增加。	通过单细胞RNA测序数据，识别出37个在肺腺癌患者癌症进展过程中表现出表达噪声增加趋势的基因，揭示了线粒体在异质性生成中的重要作用。	该研究对实际癌症患者的表达噪声变化的探讨仍然不足，具体机制尚需进一步研究。	分析癌症进展过程中基因表达噪声的变化，以揭示肿瘤内部异质性的生成机制。	研究对象为不同阶段的肺腺癌患者的基因表达噪声。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同阶段的肺腺癌患者的单细胞 RNA 数据
528	2024-08-07	The role of tertiary lymphoid structure and B cells in nasopharyngeal carcinoma: Based on bioinformatics and experimental verification 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101885 PMID:38295746	研究论文	本研究探讨了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLS）和浸润B细胞的转录组特征及预后作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了鼻咽癌中不同B细胞亚群的转录特征，并验证了B细胞和TLS作为鼻咽癌患者生存预后标志物的可能性	NA	探究鼻咽癌中浸润B细胞和TLS的转录组特征及其临床相关性	鼻咽癌患者的转录组数据和临床样本	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	88名鼻咽癌患者
529	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24048 PMID:38133212	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了肺腺癌中的肿瘤内异质性，并开发了一个有效的预后指数。	本文首次在单细胞水平上分析了肺腺癌的肿瘤内异质性，并开发了一个跨多个队列的有效预后指数。	NA	探索肺腺癌的肿瘤内异质性，并开发个性化治疗策略。	肺腺癌的肿瘤内异质性及其对预后的影响。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了1458个样本，包括TCGA-LUAD（503个），GSE68465（442个），GSE72094（398个）和GSE26939（115个）。
530	2024-08-05	Spatial transcriptomics and the anatomical pathologist: Molecular meets morphology 2024-Mar, Histopathology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/his.15093 PMID:37991396	小型综述	本文概述了空间转录组学方法及其在解剖病理学实践中的应用	本研究强调了与福尔马林固定石蜡包埋组织（FFPE）兼容的空间转录组学技术的进展	目前这些技术仍主要在研究实验室中使用，对于在常规解剖病理学实践中的整合还需进一步发展	探讨空间转录组学在解剖病理学中的应用与潜力	空间转录组学技术及其与解剖病理学实践的关系	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
531	2024-08-05	Single-cell transcriptomics is revolutionizing the improvement of plant biotechnology research: recent advances and future opportunities 2024-Mar, Critical reviews in biotechnology IF:8.1Q1 DOI:10.1080/07388551.2023.2165900 PMID:36775666	评论	单细胞转录组学的现代进展促进了植物生物技术研究	提供了单细胞转录组学在植物中的最新进展，并探讨了其未来研究的潜力	分析了单细胞技术面临的各种技术障碍和固有限制	探讨单细胞转录组学在植物生物技术中的应用和发展	植物的单细胞转录组数据	植物生物学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
532	2024-08-05	Can uric acid affect the immune microenvironment in bladder cancer? A single-center multi-omics study 2024-Mar, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23664 PMID:38018692	研究论文	本研究探讨尿酸在膀胱癌免疫微环境中的作用	建立了与尿酸相关的11基因特征，并开发了用于预测膀胱癌患者生存率的命名图	仅在单中心进行研究，样本量有限	探索尿酸在膀胱癌代谢和免疫治疗中的影响	39名接受PD-1治疗的膀胱癌患者和169名接受根治性膀胱切除术的患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序，流式细胞术	小鼠模型	基因组数据，免疫细胞数据	39名膀胱癌患者和169名接受根治性膀胱切除术的患者
533	2024-08-07	Revealing PPP1R12B and COL1A1 as piRNA pathway genes contributing to abdominal aortic aneurysm through integrated analysis and experimental validation 2024-Mar-01, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.148068 PMID:38070790	研究论文	本研究通过综合生物信息学方法发现并验证了piRNA通路基因PPP1R12B和COL1A1作为腹主动脉瘤的生物标志物，并探讨了其可能的分子机制	首次揭示了piRNA通路基因在腹主动脉瘤中的作用，并验证了PPP1R12B和COL1A1作为诊断标志物的潜力	需要进一步的临床试验来验证这些基因作为诊断标志物的有效性	探索piRNA通路基因在腹主动脉瘤中的作用及其作为生物标志物的潜力	腹主动脉瘤及其相关piRNA通路基因	生物信息学	心血管疾病	qRT-PCR, 免疫组织化学, 蛋白质印迹, scRNA-seq	多因素逻辑回归, 极端梯度提升, 人工神经网络	基因表达数据	涉及腹主动脉瘤和正常血管组织的样本，以及小鼠腹主动脉瘤模型
534	2024-08-05	Hyperhomocysteinemia may aggravate abdominal aortic aneurysm formation by up-regulating RASSF2 2024-Mar-10, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.148036 PMID:38036076	研究论文	本研究探讨了高同型半胱氨酸血症通过上调RASSF2可能加重腹主动脉瘤形成的机制	揭示了RASSF2和IL-1β作为HHcy介导的腹主动脉瘤形成的潜在靶基因	研究主要集中在分子机制的探索，缺乏临床干预的研究	阐明高同型半胱氨酸血症加重腹主动脉瘤形成的潜在分子机制	腹主动脉瘤及其相关的内皮细胞	心血管疾病	心血管疾病	RNA测序	单细胞RNA测序	基因表达数据	分析了多组腹主动脉瘤和对照组织样本数据
535	2024-08-07	scBiG for representation learning of single-cell gene expression data based on bipartite graph embedding 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae004 PMID:38288376	research paper	本文介绍了一种名为scBiG的新型图节点嵌入方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的表示学习	scBiG通过建立连接细胞和表达基因的二分图，并构建多层图卷积网络来学习细胞和基因嵌入，超越了常用的降维技术	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据的高维度、稀疏性和技术噪声问题	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GCN	gene expression data	NA
536	2024-08-05	Comparison of high-throughput single-cell RNA-seq methods for ex vivo drug screening 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae001 PMID:38288374	研究论文	本研究比较了三种高通量单细胞RNA测序方法用于药物筛选的效果	该研究展示了一种集成实验系统，能够在一次单细胞测序实验中实现多种药物条件的条形码标记	本文未提及不同药物条件下的具体影响以及所使用细胞系的局限性	优化基于癌细胞特征的个性化药物选择	研究重点为糖皮质激素耐药的急性淋巴细胞白血病E/R+ Reh细胞系	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	27,327个细胞
537	2024-08-05	DMT-EV: An Explainable Deep Network for Dimension Reduction 2024-Mar, IEEE transactions on visualization and computer graphics IF:4.7Q1 DOI:10.1109/TVCG.2022.3223399 PMID:36409811	研究论文	DMT-EV是一种可解释的深度网络，用于进行维度减少。	提出了一种新方法DMT-EV，结合了优秀的结构保持性能和可解释性。	未提及具体的局限性	探索和改进维度减少技术的性能和可解释性。	高维数据的嵌入过程和结构保持。	机器学习	NA	深度神经网络	NA	高维数据	NA
538	2024-08-07	Bioengineered hydrogels enhance ex vivo preservation of patient-derived tumor explants for drug evaluation 2024-Mar, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2023.122460 PMID:38246018	研究论文	本文展示了生物工程水凝胶如何通过识别关键的基质参数，显著提高患者来源肿瘤组织切片（PDTS）的体外存活率，并维持肿瘤微环境中的细胞间通讯网络。	利用生物工程水凝胶增强PDTS的存活率，并维持肿瘤微环境中的细胞组成和细胞间通讯网络。	NA	研究如何通过生物工程水凝胶提高患者来源肿瘤组织切片在体外培养中的存活率，并维持其生物学特性。	患者来源的肿瘤组织切片（PDTS）及其在体外培养中的存活率和生物学特性。	生物工程	头颈癌	单细胞RNA测序，高维流式细胞术	NA	细胞	NA
539	2024-08-07	Genomic insights and prognostic significance of novel biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma: A comprehensive analysis 2024-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2023.101580 PMID:38107664	研究论文	本研究通过综合分析公共数据库，筛选与胰腺导管腺癌（PDAC）预后相关的基因，并构建预测模型	本研究首次鉴定了六个与PDAC预后强相关的基因，并构建了基于这些基因的临床预后模型	研究主要基于公共数据库，需要进一步的临床验证	探索胰腺导管腺癌的基因标记和分子靶点，以提高诊断和治疗策略	胰腺导管腺癌的预后相关基因	数字病理学	胰腺癌	基因差异分析，单变量Cox回归分析，LASSO回归，多变量Cox回归分析，单细胞RNA测序	NA	基因数据，单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
540	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing in juvenile idiopathic arthritis 2024-Mar, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2023.04.014 PMID:37692495	review	本文综述了单细胞RNA测序在幼年特发性关节炎（JIA）研究中的最新发现，并探讨了主要细胞亚群如何驱动JIA发病机制	利用单细胞RNA测序技术揭示JIA中细胞群体的生物学异质性和功能	NA	提供JIA诊断和治疗的新思路和潜在靶点	幼年特发性关节炎（JIA）及其发病机制	digital pathology	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA