单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2024-08-04	Combining Global-Constrained Concept Factorization and a Regularized Gaussian Graphical Model for Clustering Single-Cell RNA-seq Data 2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00587-7 PMID:37815679	研究论文	本文提出了一种新颖的计算方法GCFG，用于聚类单细胞RNA测序数据	该方法考虑了全局和局部信息，通过概念分解和正则化高斯图模型相结合来增强聚类性能	虽然GCFG在多个数据集上表现出色，但仍需在更多应用场景中验证其有效性	旨在提高单细胞RNA-seq数据聚类的准确性和可用性	研究对象为单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	RNA-seq	正则化高斯图模型	基因组数据	14个真实的单细胞RNA-seq数据集
522	2024-08-07	Comprehensive scRNA-seq Model Reveals Artery Endothelial Cell Heterogeneity and Metabolic Preference in Human Vascular Disease 2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00591-x PMID:37976024	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，结合深度学习算法，分析了人类血管疾病中的动脉内皮细胞异质性和代谢偏好	本研究开发了一种基于细胞聚类的基因集评分系统，有助于识别血管疾病发展的相对阶段，并使用图形神经网络模型估计代谢偏好模式	NA	揭示血管疾病中内皮细胞的变化，为临床治疗提供新靶点	人类血管疾病中的动脉内皮细胞	数字病理学	血管疾病	单细胞RNA测序	图形神经网络	scRNA-seq数据	多个类型的人类血管疾病数据集
523	2024-08-04	Mapping the developmental potential of mouse inner ear organoids at single-cell resolution 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109069 PMID:38375227	研究论文	本文使用单细胞测序研究小鼠内耳类器官的细胞异质性	本研究揭示了支持细胞亚型和耳蜗样及前庭样毛细胞的发展轨迹	尚未明确改进突触连接和区域特异性的未来策略	研究内耳类器官的发育潜能及其对基本科学研究的应用	小鼠内耳类器官的感官上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞数据	late-stage小鼠内耳类器官的细胞
524	2024-08-07	Prothioconazole exposure disrupts oocyte maturation and fertilization by inducing mitochondrial dysfunction and apoptosis in mice 2024-03, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.01.027 PMID:38244729	研究论文	研究探讨了新型广谱三唑类杀菌剂普托康唑（PTC）对小鼠卵母细胞成熟和受精的影响，发现PTC通过诱导线粒体功能障碍和细胞凋亡来破坏卵母细胞的发育和受精能力	首次报道了PTC对卵母细胞发育能力和受精能力的具体影响，包括破坏纺锤体形态、染色体排列、α-微管蛋白乙酰化水平及动粒-微管连接，以及影响精子结合能力和Juno、皮质颗粒和Ovastacin的动态	研究主要集中在PTC对卵母细胞的影响，未涉及对其他生殖细胞或整个生殖系统的影响	探究PTC对卵母细胞质量和雌性生育能力的影响	小鼠的卵母细胞	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
525	2024-08-07	Crosstalk between endothelial cells with a non-canonical EndoMT phenotype and cardiomyocytes/fibroblasts via IGFBP5 aggravates TAC-induced cardiac dysfunction 2024-Mar-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.176378 PMID:38309679	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，在横断主动脉缩窄（TAC）后两周内识别出经历纤维化分化的内皮细胞，并探讨了这些内皮细胞在病理性心脏重塑中的作用。	本研究首次描述了一种非经典的内皮细胞向肌成纤维细胞转化（EndoMT）表型，称为短暂纤维化样表型（EndoFP），并揭示了其在心脏重塑中的关键作用。	研究主要集中在细胞和分子层面，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	探讨内皮细胞在心脏纤维化和重塑中的作用及其分子机制。	内皮细胞、心肌细胞和成纤维细胞在心脏纤维化过程中的相互作用。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及内皮细胞、心肌细胞和成纤维细胞的单细胞样本
526	2024-08-04	Mapping the cellular landscape of Atlantic salmon head kidney by single cell and single nucleus transcriptomics 2024-Mar, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109357 PMID:38181891	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析大西洋鲑鱼头肾的细胞异质性	比较了单细胞RNA-seq和单核RNA-seq两种转录组学方法，以揭示细胞类型及其亚群体的复杂性	在单细胞悬液准备过程中，某些细胞类型可能丢失，这影响了对特定细胞群体的全面捕捉	研究大西洋鲑鱼头肾中免疫细胞类型及其功能	健康的养殖大西洋鲑鱼(Salmo salar)头肾中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq(scRNA-seq)和单核RNA-seq(snRNA-seq)	NA	转录组数据	14,149个细胞转录组和18,067个细胞核转录组
527	2024-08-07	Single-cell profiling of MC1R-inhibited melanocytes 2024-Mar, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13141 PMID:37972124	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了MC1R抑制的黑色素细胞，揭示了与黑色素生成和肿瘤转化相关的新基因集。	首次定义了MC1R抑制的基因签名（MiGS），并发现TBX3基因在黑色素生成和细胞衰老逃避中的作用。	NA	探究MC1R信号减弱如何影响黑色素生成和增加黑色素瘤易感性的机制。	MC1R抑制的黑色素细胞。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自红色头发颜色（RHC）小鼠模型的黑色素细胞
528	2024-08-07	Adipose tissue macrophage dysfunction is associated with a breach of vascular integrity in NASH 2024-Mar, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.10.039 PMID:37977244	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者内脏脂肪组织中的脂肪组织巨噬细胞（ATM）异质性，并探讨了其在NAFLD进展中的作用及其与血管完整性丧失的关系。	首次在单细胞水平上描述了人类内脏脂肪组织中的髓系细胞景观，并揭示了非酒精性脂肪肝炎（NASH）特异性的代谢活性巨噬细胞（MMacs）和血管相关巨噬细胞（ResVAMs）的转录变化及其在血管周围的定位。	NA	评估脂肪组织巨噬细胞在NAFLD患者中的异质性，并探讨其在NAFLD进展中的作用及其与血管完整性丧失的关系。	内脏脂肪组织中的巨噬细胞及其在NAFLD中的作用。	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	蛋白质水平数据	来自瘦和肥胖患者的内脏脂肪组织巨噬细胞，根据NAFLD表型进行分层。
529	2024-08-07	Single-cell transcriptome landscape of zebrafish liver reveals hepatocytes and immune cell interactions in understanding nonalcoholic fatty liver disease 2024-Mar, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109428 PMID:38325594	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了斑马鱼肝脏的转录组图谱，揭示了肝细胞与免疫细胞在非酒精性脂肪肝病发展中的相互作用	首次构建了斑马鱼肝脏的单细胞转录组图谱，并揭示了肝细胞与免疫细胞在非酒精性脂肪肝病中的相互作用	NA	研究非酒精性脂肪肝病中肝细胞与免疫细胞的相互作用	斑马鱼肝脏中的肝细胞和免疫细胞	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及10种细胞类型
530	2024-08-07	A deep learning adversarial autoencoder with dynamic batching displays high performance in denoising and ordering scRNA-seq data 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109027 PMID:38361616	研究论文	本文提出了一种动态批量对抗自编码器（DB-AAE），用于提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的去噪效果和生物信号保留	DB-AAE能够直接从输入数据中捕获最优特征，并增强特征保留，包括细胞类型特异性基因表达模式	NA	提高scRNA-seq数据分析的质量和可靠性	scRNA-seq数据的去噪和生物信号保留	机器学习	NA	scRNA-seq	对抗自编码器（AAE）	基因表达数据	NA
531	2024-08-04	Spinster homolog 2 reduces malignancies of glioblastoma via PTEN/PI3K/AKT pathway 2024-Mar, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.2785 PMID:37728571	研究论文	本研究揭示了SPNS2在胶质母细胞瘤（GBM）中的生物功能及其通过PTEN/PI3K/AKT通路的作用	本研究首次明确SPNS2作为独立预后指标与胶质瘤进展和预后的显著关联，并提出其作为潜在免疫治疗靶点的可能性	尚未明确SPNS2在各类胶质瘤中的具体机制和作用	探讨SPNS2在胶质母细胞瘤中的作用及其机制	胶质母细胞瘤细胞及其相关的基因表达和预后	数字病理学	胶质瘤	RNA测序	NA	细胞实验数据	涉及多种胶质瘤样本的生存曲线、风险评分等分析
532	2024-08-04	Microfluidic platform for omics analysis on single cells with diverse morphology and size: A review 2024-Mar-15, Analytica chimica acta IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.aca.2024.342217 PMID:38336406	综述	本文综述了基于微流体的单细胞组学分析及其在形态学和大小多样性上的应用	本文的创新之处在于全面概述了基于微流体的单细胞组学最新成就，强调了不同微流体平台的整合及其在以细胞形态为基础的分离中的意义	当前缺乏对复杂形态和尺寸细胞的组学信息的综合分析	探讨最佳平台技术以解码复杂形态和尺寸细胞的组学数据	研究微流体技术在植物和动物单细胞分离中的应用	数字病理学	NA	微流体技术	NA	NA	NA
533	2024-08-07	Predicting Radiation-Induced Lung Injury in Patients With Lung Cancer: Challenges and Opportunities 2024-Mar-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2023.10.044 PMID:37924986	研究论文	本文探讨了预测肺癌患者放射治疗引发的肺损伤（RILI）的挑战与机遇	结合细胞因子评估、γH2AX-白细胞检测或表观遗传标记物等方法，以及使用计算机断层扫描密度测量、氟脱氧葡萄糖正电子发射断层扫描摄取、肺功能测量变化和呼气分析等工具，以更好地定义和量化RILI	RILI缺乏客观定义，且其严重程度的广泛范围和机制仅部分被理解	开发新的生物标志物，以更好地预测患者风险并实现个性化治疗决策	肺癌患者放射治疗引发的肺损伤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、质谱细胞术、患者特异性体外细胞培养模型	NA	生物标志物	NA
534	2024-08-07	Scrutinizing the human TEX genes in the context of human male infertility 2024-Mar, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13511 PMID:37594251	研究论文	本文通过筛选1305名男性的外显子测序数据，包括1056名隐匿性和无精子症患者，以及分析睾丸特异性单细胞RNA测序数据，研究了人类TEX基因在男性不育中的作用，并验证了先前描述的疾病关联。	本文发现了TEX10、ZFAND3（TEX27）和TEX33作为新的潜在候选基因，这些基因可能与非阻塞性无精子症相关。	NA	旨在筛选人类TEX基因中的新型潜在候选基因，并验证先前描述的疾病关联。	人类TEX基因及其在男性不育中的作用。	NA	男性不育	外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因数据	1305名男性，包括1056名隐匿性和无精子症患者
535	2024-08-07	Melatonin alleviates the toxic effect of di(2-ethylhexyl) phthalate on oocyte quality resulting from CEBPB suppression during primordial follicle formation 2024-03-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132997 PMID:38008054	研究论文	本研究通过建立暴露于邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯（DEHP）和褪黑素的怀孕小鼠模型，利用单细胞转录组技术探讨了褪黑素对卵巢细胞中DEHP影响的缓解作用	研究发现褪黑素通过增强CEBPB表达，改善了由DEHP引起的原始卵泡形成过程中的损害，并减少了卵巢细胞的凋亡	NA	探讨褪黑素如何缓解DEHP对卵子质量的毒性影响，特别是在原始卵泡形成过程中CEBPB抑制的作用	怀孕小鼠及其卵巢细胞	NA	生殖健康	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	NA
536	2024-08-04	Increased heterogeneity in expression of genes associated with cancer progression and drug resistance 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101879 PMID:38262110	研究论文	本文探讨了与癌症进展及药物耐受性相关的基因表达噪声的增加。	通过单细胞RNA测序数据，识别出37个在肺腺癌患者癌症进展过程中表现出表达噪声增加趋势的基因，揭示了线粒体在异质性生成中的重要作用。	该研究对实际癌症患者的表达噪声变化的探讨仍然不足，具体机制尚需进一步研究。	分析癌症进展过程中基因表达噪声的变化，以揭示肿瘤内部异质性的生成机制。	研究对象为不同阶段的肺腺癌患者的基因表达噪声。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同阶段的肺腺癌患者的单细胞 RNA 数据
537	2024-08-07	The role of tertiary lymphoid structure and B cells in nasopharyngeal carcinoma: Based on bioinformatics and experimental verification 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101885 PMID:38295746	研究论文	本研究探讨了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLS）和浸润B细胞的转录组特征及预后作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了鼻咽癌中不同B细胞亚群的转录特征，并验证了B细胞和TLS作为鼻咽癌患者生存预后标志物的可能性	NA	探究鼻咽癌中浸润B细胞和TLS的转录组特征及其临床相关性	鼻咽癌患者的转录组数据和临床样本	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	88名鼻咽癌患者
538	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24048 PMID:38133212	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了肺腺癌中的肿瘤内异质性，并开发了一个有效的预后指数。	本文首次在单细胞水平上分析了肺腺癌的肿瘤内异质性，并开发了一个跨多个队列的有效预后指数。	NA	探索肺腺癌的肿瘤内异质性，并开发个性化治疗策略。	肺腺癌的肿瘤内异质性及其对预后的影响。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了1458个样本，包括TCGA-LUAD（503个），GSE68465（442个），GSE72094（398个）和GSE26939（115个）。
539	2024-08-05	Spatial transcriptomics and the anatomical pathologist: Molecular meets morphology 2024-Mar, Histopathology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/his.15093 PMID:37991396	小型综述	本文概述了空间转录组学方法及其在解剖病理学实践中的应用	本研究强调了与福尔马林固定石蜡包埋组织（FFPE）兼容的空间转录组学技术的进展	目前这些技术仍主要在研究实验室中使用，对于在常规解剖病理学实践中的整合还需进一步发展	探讨空间转录组学在解剖病理学中的应用与潜力	空间转录组学技术及其与解剖病理学实践的关系	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
540	2024-08-05	Single-cell transcriptomics is revolutionizing the improvement of plant biotechnology research: recent advances and future opportunities 2024-Mar, Critical reviews in biotechnology IF:8.1Q1 DOI:10.1080/07388551.2023.2165900 PMID:36775666	评论	单细胞转录组学的现代进展促进了植物生物技术研究	提供了单细胞转录组学在植物中的最新进展，并探讨了其未来研究的潜力	分析了单细胞技术面临的各种技术障碍和固有限制	探讨单细胞转录组学在植物生物技术中的应用和发展	植物的单细胞转录组数据	植物生物学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA