单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing highlights epithelial and microenvironmental heterogeneity in malignant progression of pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216607 PMID:38246225	研究论文	本文揭示了胰腺导管腺癌进展中上皮和微环境的异质性	采用单细胞RNA测序技术，识别了不同类型的细胞，并揭示了与癌症发展相关的新的细胞通路和预后标志物	样本数量有限，仅基于五个病例，可能不完全代表所有患者的情况	探索从良性胰腺内乳头状粘液瘤（IPMN）到侵袭性胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的细胞异质性	研究了来自三例高等级IPMN和两例IPMN衍生PDAC的35,693个单细胞的转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	来自五个手术切除病例的35,693个细胞
502	2024-08-04	Empagliflozin attenuates inflammation levels in autoimmune myocarditis through the STAT3 pathway and macrophage phenotype transformation 2024-Mar, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.02.006 PMID:38354482	研究论文	本研究探讨了SGLT-2抑制剂empagliflozin在自身免疫性心肌炎中的抗炎作用及其分子机制	发现empagliflozin通过STAT3通路和巨噬细胞表型转化降低自身免疫性心肌炎的炎症水平	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的临床情况	探索empagliflozin在自身免疫性心肌炎中的抗炎机制	实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型及体外巨噬细胞实验	数字病理学	自身免疫性心肌炎	HE染色、Sirius红染色、Masson染色、西方印迹、ELISA、免疫荧光染色、逆转录PCR	NA	基因组空间事件数据集、单细胞测序结果	未具体说明样本数量，但使用了小鼠模型和体外细胞实验
503	2024-08-04	High-throughput omics technologies in inflammatory bowel disease 2024-Mar-01, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry DOI:10.1016/j.cca.2024.117828 PMID:38355001	综述	该文章综述了高通量组学技术在炎症性肠病中的应用和进展	文章强调了高通量技术在炎症性肠病研究中的重要性和最新进展	需要更标准化的方法和大规模数据集处理以实现个体化医学的目标	阐明高通量技术在炎症性肠病病理机制研究中的应用	高通量技术在炎症性肠病的基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢组学等领域的应用	数字病理学	炎症性肠病	高通量组学技术	NA	大数据	NA
504	2024-08-04	Single-Cell RNA-Seq Reveals Coronary Heterogeneity and Identifies CD133+TRPV4high Endothelial Subpopulation in Regulating Flow-Induced Vascular Tone in Mice 2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319516 PMID:38269590	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了冠状动脉内皮细胞的异质性并确定了CD133+TRPV4high内皮亚群在调节流动诱导的血管张力中的作用	该研究发现了冠状动脉内皮细胞的异质性，并首次识别了CD133+TRPV4high内皮亚群在调节冠状动脉血流中的重要性	本研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全适用于人类冠状动脉内皮细胞的研究	研究冠状动脉内皮细胞的异质性及其对血流的反应	研究对象为小鼠冠状动脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	31,962个细胞
505	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals transdifferentiation of parathyroid chief cells into oxyphil cells in patients with uremic secondary hyperparathyroidism 2024-Mar, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.11.027 PMID:38142040	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者中甲状旁腺主细胞向嗜酸细胞转分化的现象	首次建立了人类甲状旁腺的转录组图谱，并发现了与尿毒症环境相关的线粒体逐渐富集的主细胞向嗜酸细胞转分化的机制	NA	探究尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者中嗜酸细胞的起源及其转分化机制	尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者的甲状旁腺结节	数字病理学	慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三名尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者的甲状旁腺混合结节
506	2024-08-07	Advanced insights on tumor-associated macrophages revealed by single-cell RNA sequencing: The intratumor heterogeneity, functional phenotypes, and cellular interactions 2024-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216610 PMID:38244910	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肿瘤相关巨噬细胞的肿瘤内异质性、功能表型和细胞相互作用方面的最新进展	利用单细胞RNA测序技术深入分析肿瘤相关巨噬细胞的异质性和功能表型，为优化新型治疗策略提供依据	NA	深入理解肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的作用	肿瘤相关巨噬细胞的表型和功能变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
507	2024-08-07	scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells 2024-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216664 PMID:38253219	研究论文	本研究通过分析来自结直肠癌（CRC）和配对正常组织的39,484个单细胞转录数据，揭示了CRC不同区域的免疫特征，特别是B细胞的功能。	发现了CRC不同区域的免疫细胞浸润显著不同，特别是CD20 B细胞与患者预后的关联，以及它们在肿瘤杀伤活性中的作用。	NA	旨在表征结直肠癌不同区域的免疫景观，并寻找潜在的治疗靶点。	结直肠癌（CRC）及其配对正常组织。	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq	NA	转录数据	39,484个单细胞转录数据来自19个CRC样本和配对正常组织
508	2024-08-07	Cinchophen induces RPA1 related DNA damage and apoptosis to impair ENS development of zebrafish 2024-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116032 PMID:38306819	研究论文	研究探讨了非甾体抗炎药辛可芬对斑马鱼肠道神经系统发育的影响及其分子机制	首次证实辛可芬通过诱导RPA1相关的DNA损伤和细胞凋亡，损害斑马鱼的肠道神经系统发育	NA	探究辛可芬对斑马鱼肠道神经系统发育的影响及其分子机制	斑马鱼的肠道神经系统	数字病理学	先天性神经嵴病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
509	2024-08-07	2-bromoacetamide exposure impairs oocyte maturation in mice and humans primarily via disrupting the cytoskeleton 2024-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116105 PMID:38364760	研究论文	研究探讨了2-溴乙酰胺（BAcAm）对小鼠和人类卵母细胞成熟的影响，发现BAcAm通过破坏细胞骨架主要干扰卵母细胞成熟	首次全面展示了BAcAm对卵母细胞成熟的毒性影响	研究主要基于体外培养系统，可能与体内环境存在差异	探究BAcAm对哺乳动物卵母细胞质量的毒性效应	小鼠和人类的卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠卵母细胞中识别了605个差异表达基因，其中366个上调，239个下调
510	2024-08-07	Advancing parathyroid anatomy understanding through single-cell RNA sequencing in uremic secondary hyperparathyroidism 2024-Mar, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.12.005 PMID:38388141	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨了尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症中甲状旁腺的细胞动态变化	利用单细胞RNA测序揭示了主细胞和高嗜酸细胞的分化过程，挑战了传统观点	NA	通过单细胞RNA测序技术深入理解甲状旁腺的解剖结构	尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症中的甲状旁腺细胞	数字病理学	尿毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
511	2024-08-04	Combining Global-Constrained Concept Factorization and a Regularized Gaussian Graphical Model for Clustering Single-Cell RNA-seq Data 2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00587-7 PMID:37815679	研究论文	本文提出了一种新颖的计算方法GCFG，用于聚类单细胞RNA测序数据	该方法考虑了全局和局部信息，通过概念分解和正则化高斯图模型相结合来增强聚类性能	虽然GCFG在多个数据集上表现出色，但仍需在更多应用场景中验证其有效性	旨在提高单细胞RNA-seq数据聚类的准确性和可用性	研究对象为单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	RNA-seq	正则化高斯图模型	基因组数据	14个真实的单细胞RNA-seq数据集
512	2024-08-07	Comprehensive scRNA-seq Model Reveals Artery Endothelial Cell Heterogeneity and Metabolic Preference in Human Vascular Disease 2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00591-x PMID:37976024	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，结合深度学习算法，分析了人类血管疾病中的动脉内皮细胞异质性和代谢偏好	本研究开发了一种基于细胞聚类的基因集评分系统，有助于识别血管疾病发展的相对阶段，并使用图形神经网络模型估计代谢偏好模式	NA	揭示血管疾病中内皮细胞的变化，为临床治疗提供新靶点	人类血管疾病中的动脉内皮细胞	数字病理学	血管疾病	单细胞RNA测序	图形神经网络	scRNA-seq数据	多个类型的人类血管疾病数据集
513	2024-08-04	Mapping the developmental potential of mouse inner ear organoids at single-cell resolution 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109069 PMID:38375227	研究论文	本文使用单细胞测序研究小鼠内耳类器官的细胞异质性	本研究揭示了支持细胞亚型和耳蜗样及前庭样毛细胞的发展轨迹	尚未明确改进突触连接和区域特异性的未来策略	研究内耳类器官的发育潜能及其对基本科学研究的应用	小鼠内耳类器官的感官上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞数据	late-stage小鼠内耳类器官的细胞
514	2024-08-07	Prothioconazole exposure disrupts oocyte maturation and fertilization by inducing mitochondrial dysfunction and apoptosis in mice 2024-03, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.01.027 PMID:38244729	研究论文	研究探讨了新型广谱三唑类杀菌剂普托康唑（PTC）对小鼠卵母细胞成熟和受精的影响，发现PTC通过诱导线粒体功能障碍和细胞凋亡来破坏卵母细胞的发育和受精能力	首次报道了PTC对卵母细胞发育能力和受精能力的具体影响，包括破坏纺锤体形态、染色体排列、α-微管蛋白乙酰化水平及动粒-微管连接，以及影响精子结合能力和Juno、皮质颗粒和Ovastacin的动态	研究主要集中在PTC对卵母细胞的影响，未涉及对其他生殖细胞或整个生殖系统的影响	探究PTC对卵母细胞质量和雌性生育能力的影响	小鼠的卵母细胞	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
515	2024-08-07	Crosstalk between endothelial cells with a non-canonical EndoMT phenotype and cardiomyocytes/fibroblasts via IGFBP5 aggravates TAC-induced cardiac dysfunction 2024-Mar-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.176378 PMID:38309679	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，在横断主动脉缩窄（TAC）后两周内识别出经历纤维化分化的内皮细胞，并探讨了这些内皮细胞在病理性心脏重塑中的作用。	本研究首次描述了一种非经典的内皮细胞向肌成纤维细胞转化（EndoMT）表型，称为短暂纤维化样表型（EndoFP），并揭示了其在心脏重塑中的关键作用。	研究主要集中在细胞和分子层面，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	探讨内皮细胞在心脏纤维化和重塑中的作用及其分子机制。	内皮细胞、心肌细胞和成纤维细胞在心脏纤维化过程中的相互作用。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及内皮细胞、心肌细胞和成纤维细胞的单细胞样本
516	2024-08-04	Mapping the cellular landscape of Atlantic salmon head kidney by single cell and single nucleus transcriptomics 2024-Mar, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109357 PMID:38181891	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析大西洋鲑鱼头肾的细胞异质性	比较了单细胞RNA-seq和单核RNA-seq两种转录组学方法，以揭示细胞类型及其亚群体的复杂性	在单细胞悬液准备过程中，某些细胞类型可能丢失，这影响了对特定细胞群体的全面捕捉	研究大西洋鲑鱼头肾中免疫细胞类型及其功能	健康的养殖大西洋鲑鱼(Salmo salar)头肾中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq(scRNA-seq)和单核RNA-seq(snRNA-seq)	NA	转录组数据	14,149个细胞转录组和18,067个细胞核转录组
517	2024-08-07	Single-cell profiling of MC1R-inhibited melanocytes 2024-Mar, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13141 PMID:37972124	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了MC1R抑制的黑色素细胞，揭示了与黑色素生成和肿瘤转化相关的新基因集。	首次定义了MC1R抑制的基因签名（MiGS），并发现TBX3基因在黑色素生成和细胞衰老逃避中的作用。	NA	探究MC1R信号减弱如何影响黑色素生成和增加黑色素瘤易感性的机制。	MC1R抑制的黑色素细胞。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自红色头发颜色（RHC）小鼠模型的黑色素细胞
518	2024-08-07	Adipose tissue macrophage dysfunction is associated with a breach of vascular integrity in NASH 2024-Mar, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.10.039 PMID:37977244	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者内脏脂肪组织中的脂肪组织巨噬细胞（ATM）异质性，并探讨了其在NAFLD进展中的作用及其与血管完整性丧失的关系。	首次在单细胞水平上描述了人类内脏脂肪组织中的髓系细胞景观，并揭示了非酒精性脂肪肝炎（NASH）特异性的代谢活性巨噬细胞（MMacs）和血管相关巨噬细胞（ResVAMs）的转录变化及其在血管周围的定位。	NA	评估脂肪组织巨噬细胞在NAFLD患者中的异质性，并探讨其在NAFLD进展中的作用及其与血管完整性丧失的关系。	内脏脂肪组织中的巨噬细胞及其在NAFLD中的作用。	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	蛋白质水平数据	来自瘦和肥胖患者的内脏脂肪组织巨噬细胞，根据NAFLD表型进行分层。
519	2024-08-07	Single-cell transcriptome landscape of zebrafish liver reveals hepatocytes and immune cell interactions in understanding nonalcoholic fatty liver disease 2024-Mar, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2024.109428 PMID:38325594	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了斑马鱼肝脏的转录组图谱，揭示了肝细胞与免疫细胞在非酒精性脂肪肝病发展中的相互作用	首次构建了斑马鱼肝脏的单细胞转录组图谱，并揭示了肝细胞与免疫细胞在非酒精性脂肪肝病中的相互作用	NA	研究非酒精性脂肪肝病中肝细胞与免疫细胞的相互作用	斑马鱼肝脏中的肝细胞和免疫细胞	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及10种细胞类型
520	2024-08-07	A deep learning adversarial autoencoder with dynamic batching displays high performance in denoising and ordering scRNA-seq data 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109027 PMID:38361616	研究论文	本文提出了一种动态批量对抗自编码器（DB-AAE），用于提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的去噪效果和生物信号保留	DB-AAE能够直接从输入数据中捕获最优特征，并增强特征保留，包括细胞类型特异性基因表达模式	NA	提高scRNA-seq数据分析的质量和可靠性	scRNA-seq数据的去噪和生物信号保留	机器学习	NA	scRNA-seq	对抗自编码器（AAE）	基因表达数据	NA