单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-08-04	Detecting horizontal gene transfer with metagenomics co-barcoding sequencing 2024-Mar-05, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.03602-23 PMID:38315121	研究论文	本文开发了一种新的元基因组共条形码测序系统，以检测水平基因转移 (HGT)	引入了元基因组共条形码测序（MECOS），实现了长DNA片段提取和综合生物信息学管道	传统方法如短读长程元基因组测序和单细胞测序存在片段短、输入DNA量大、测序成本高等限制	旨在揭示微生物群落中水平基因转移的机制	研究对象为人类和小鼠的肠道微生物群落	数字病理学	NA	元基因组共条形码测序	NA	DNA序列	超过3000个HGT块，涉及约6000个基因和100个分类组
482	2024-08-07	Identification and validation of RNA-binding protein SLC3A2 regulates melanocyte ferroptosis in vitiligo by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Mar-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10147-y PMID:38438962	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了RNA结合蛋白SLC3A2调控黑色素细胞铁死亡在白癜风中的作用。	首次确定了与白癜风相关的RNA结合蛋白基因及其潜在的发病机制，特别是在黑色素细胞中SLC3A2的下调促进铁死亡的作用。	研究主要集中在细胞实验层面，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	揭示白癜风的发病机制，特别是RNA结合蛋白在其中的作用。	白癜风患者的不同细胞亚群及其RNA结合蛋白基因。	数字病理学	白癜风	单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	14种不同细胞类型，28种细胞亚群
483	2024-08-04	Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics 2024-Mar-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46413-6 PMID:38431724	研究论文	该文章介绍了一种基于领域泛化的深度学习算法Cancer-Finder，能够快速识别恶性细胞	提出了一种新的算法Cancer-Finder，具有95.16%的准确率并能跨多个数据集进行恶性细胞标注	目前研究未提及该算法在其他类型癌症样本上的表现	研究旨在提高单细胞和空间转录组数据中恶性细胞的注释准确性	研究对象为清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本	数字病理学	肾细胞癌	单细胞转录组测序和空间转录组测序	深度学习	基因表达数据	5个清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本
484	2024-08-04	Exercise potentially prevents colorectal cancer liver metastases by suppressing tumor epithelial cell stemness via RPS4X downregulation 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26604 PMID:38439884	研究论文	本研究探讨了运动通过下调RPS4X抑制结直肠癌肝转移的机制	研究首次揭示了运动通过调节RPS4X表达来抑制结直肠癌的干性和转移风险	该研究主要依赖于生物信息学分析和实验验证，临床数据的验证尚未充分	研究运动对结直肠癌肝转移的影响及其机制	重点研究结直肠癌的上皮细胞及其干性标志物	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析、肿瘤微阵列、细胞/动物实验	NA	基因表达数据	19331个样本，涉及多种癌症数据集
485	2024-08-07	Liver-restricted Type I IFN Signature Precedes Liver Damage in Chronic Hepatitis B Patients Stopping Antiviral Therapy 2024-Mar-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300569 PMID:38294274	研究论文	本研究追踪了停止抗病毒治疗的慢性乙型肝炎患者肝脏中的免疫成分和激活状态，使用流式细胞术和单细胞RNA测序分析，发现I型干扰素信号在肝脏损伤前出现。	首次揭示了I型干扰素信号在慢性乙型肝炎患者肝脏损伤前的出现，并确认了MIF在炎症反应中的作用。	研究样本量未明确提及，且仅限于慢性乙型肝炎患者，可能限制了结果的普遍性。	探讨慢性乙型肝炎患者停止抗病毒治疗后，肝脏损伤前的早期免疫激活事件。	慢性乙型肝炎患者的肝脏免疫反应。	NA	乙型肝炎	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA	NA
486	2024-08-07	CD169+ classical monocyte as an important participant in Graves' ophthalmopathy through CXCL12-CXCR4 axis 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109213 PMID:38439953	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和多平台分析，探讨了CD169经典单核细胞在Graves眼病中的作用及其通过CXCL12-CXCR4轴的机制	首次揭示了CD169经典单核细胞在Graves眼病中的临床意义及其分化为CD169巨噬细胞促进炎症、脂肪生成和纤维化的作用	需要进一步研究针对循环中单核细胞和CXCL12-CXCR4轴的治疗策略	探究Graves眼病的病理机制及其潜在的治疗靶点	Graves病和Graves眼病患者	NA	Graves眼病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括Graves病和Graves眼病患者
487	2024-08-07	Single-cell transcriptome profiling implicates the psychological stress-induced disruption of spermatogenesis 2024-Mar-12, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102158 PMID:38439912	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了心理压力对大鼠精子发生的影响，揭示了心理压力导致的细胞和分子层面的变化	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了心理压力对精子发生的细胞和分子机制的影响	研究仅限于大鼠模型，未来需要进一步在其他物种中验证这些发现	揭示心理压力如何通过细胞和分子机制影响精子发生	心理压力对大鼠精子发生的影响	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	11,744个睾丸细胞
488	2024-08-07	Neoadjuvant chemotherapy-induced remodeling of human hormonal receptor-positive breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Mar-31, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216656 PMID:38266804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色分析，探讨了新辅助化疗对人类激素受体阳性乳腺癌免疫微环境的重塑作用	发现了新辅助化疗后增加的先前未被识别的免疫细胞亚群，并验证了它们的抗肿瘤功能，同时识别了化疗耐药癌细胞的新基因组和转录模式	NA	探索化疗耐药机制及化疗如何重塑激素受体阳性乳腺癌的免疫微环境	激素受体阳性乳腺癌样本（新辅助化疗前后的配对样本）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	配对的新辅助化疗前后的激素受体阳性乳腺癌样本
489	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing reveals epithelial cells driving brain metastasis in lung adenocarcinoma 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109258 PMID:38433899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌脑转移的上皮细胞角色	发现了一种与脑转移相关的上皮细胞群体，这些细胞在脑转移中发挥重要作用	缺乏直接证据证明脑转移病灶与淋巴结转移病灶之间的关联	阐明肺腺癌脑转移的细胞起源及其驱动因素	主要研究肺腺癌、脑转移和淋巴结转移样本中的细胞组成	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	样本	涉及的样本包括初级肺腺癌、脑转移和淋巴结转移样本
490	2024-08-04	Targeting ERBB2 and PIK3R1 as a therapeutic strategy for dilated cardiomyopathy: A single-cell sequencing and mendelian randomization analysis 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e25572 PMID:38434379	研究论文	这篇文章探讨了靶向ERBB2和PIK3R1作为扩张型心肌病的治疗策略。	文章创新地结合了单细胞测序和孟德尔随机化分析来识别药物可治疗的基因。	文章未能找到ERBB2的药物激动剂，并且对PIK3R1和心力衰竭的因果关系的探讨有限。	本研究旨在识别并验证扩张型心肌病中药物可治疗的基因，并分析其与心力衰竭的因果关系。	研究对象是扩张型心肌病中与心力衰竭相关的基因。	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	四个微阵列表达谱数据集
491	2024-08-07	Bioinformatics analysis of MMP14+ myeloid cells affecting endothelial-mesenchymal transformation and immune microenvironment in glioma 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26859 PMID:38434278	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了MMP14+髓系细胞在胶质瘤中影响内皮间质转化和免疫微环境的作用	识别MMP14为独立的预后标志物，并发现其通过CCL信号通路介导免疫抑制，为胶质瘤治疗提供了新的策略	NA	探讨MMP14+髓系细胞在胶质瘤中的作用及其对治疗策略的影响	MMP14+髓系细胞在胶质瘤中的功能及其对内皮间质转化和免疫微环境的影响	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	收集了六个批量RNA数据集和一个单细胞RNA测序数据集
492	2024-08-04	Shotgun lipidomics of human subretinal fluids under rod-dominant retina reveals cone-dominated lipids 2024-Mar, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.109807 PMID:38278468	研究论文	本研究利用质谱技术分析视网膜脱离患者的次视网膜液体脂质组成	首次揭示在杆细胞主导的视网膜下，锥细胞主导的脂质在次视网膜液体中的存在	样本量仅限于两位患者，可能影响结果的普遍性	探究次视网膜液体中脂质的组成及其潜在生理意义	研究了来自两位视网膜脱离患者的次视网膜液体样本	数字病理学	视网膜疾病	质谱法	NA	生物分子数据	2个样本来自2位患者
493	2024-08-04	The detection of Gper1 as an important gene promoting jawbone regeneration in the context of estrogen deficiency 2024-03, Bone IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.bone.2023.116990 PMID:38141748	研究论文	本研究揭示了Gper1在雌激素缺乏背景下促进下颌骨再生的重要性	探讨了Gper1如何通过cAMP/PKA/pCREB信号通路促进下颌骨再生	研究主要基于动物模型，临床应用的相关性尚需进一步验证	研究雌激素缺乏条件下维持骨再生的机制	分析接受拔牙手术的女性患者及雌激素缺乏的大鼠模型	数字病理学	NA	单细胞测序、定量PCR、免疫组织化学等	NA	临床病例数据及动物实验数据	1102名女性患者及雌激素缺乏的大鼠模型
494	2024-08-07	Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation 2024-Mar, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2372-y PMID:37930473	research paper	本研究利用Cre-LoxP系统在不同年龄诱导的糖尿病小鼠模型中，通过单细胞RNA测序探索胰腺β细胞的命运转变及其分子机制	首次揭示了在不同糖尿病模型中，胰腺β细胞通过去分化、转分化和自我复制等机制适应性再生，并明确了关键的分子途径	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类样本中验证这些发现	探究胰腺β细胞在不同糖尿病模型中的适应性机制及其分子基础	胰腺β细胞在不同糖尿病小鼠模型中的命运转变	digital pathology	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个糖尿病小鼠模型中的胰腺β细胞
495	2024-08-07	Allosteric inhibitor of SHP2 enhances macrophage endocytosis and bacteria elimination by increasing caveolae activation and protects against bacterial sepsis 2024-Mar, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107096 PMID:38320736	研究论文	本文研究了SHP2别构抑制剂通过增强巨噬细胞的胞吞作用和细菌清除能力，从而保护机体免受细菌性脓毒症的影响	发现SHP2别构抑制剂能有效维持巨噬细胞中Cav-1的磷酸化，增强其胞吞作用和细菌清除能力	NA	探讨SHP2别构抑制剂在细菌性脓毒症中的治疗潜力	巨噬细胞的胞吞作用和细菌清除能力	NA	细菌性脓毒症	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	RNA	NA
496	2024-08-04	Single-cell and spatial transcriptomics reveals that PTPRG activates the m6A methyltransferase VIRMA to block mitophagy-mediated neuronal death in Alzheimer's disease 2024-Mar, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107098 PMID:38325728	研究论文	本研究揭示了PTPRG通过激活m6A甲基转移酶VIRMA来阻止阿尔茨海默病中的线粒体自噬介导的神经元死亡	首次展示PTPRG在阿尔茨海默病进展中的作用，并揭示其通过VIRMA和PRKN相互作用影响神经元存活的机制	样本主要集中于特定的大脑区域，可能无法全面代表阿尔茨海默病的复杂病理	阐明阿尔茨海默病中神经元死亡的机制，以帮助开发有效的治疗方法	85个阿尔茨海默病样本和83个对照样本的单细胞RNA测序数据	数字病理	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 时空转录组学	5×FAD小鼠模型	基因表达数据	85个阿尔茨海默病样本和83个对照样本，以及6只App AD小鼠和6只对照C57Bl/6 J小鼠的空间转录组数据
497	2024-08-04	Understanding Mechanisms of Response to CAR T-cell Therapy through Single-Cell Sequencing: Insights and Challenges 2024-Mar-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0212 PMID:38324393	研究论文	本文章讨论了单细胞RNA测序在理解CAR T细胞疗法分子特征中的应用及其面临的挑战	采用单细胞RNA测序技术，揭示了与临床结果相关的CAR T细胞的分子特征	在解释这种复杂数据类型时存在挑战	旨在理解CAR T细胞疗法的反应机制	研究重点是CAR T细胞的分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
498	2024-08-04	Mutual Regulation of Transcriptomes between Murine Pneumocytes and Fibroblasts Mediates Alveolar Regeneration in Air-Liquid Interface Cultures 2024-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0078OC PMID:38051640	研究论文	该文章分析了肺成纤维细胞与肺上皮细胞在再生过程中的相互作用	通过单细胞转录组学揭示了成纤维细胞与肺泡上皮细胞之间的调节循环	本研究的局限性未在摘要中详细说明	阐明成纤维细胞和肺上皮细胞在再生过程中的相互作用	研究了小鼠肺泡 II 型细胞和成纤维细胞的相互作用	数字病理学	慢性肺病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
499	2024-08-07	NLRP3 Inhibition Leads to Impaired Mucosal Fibroblast Function in Patients with Inflammatory Bowel Diseases 2024-Mar-01, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjad164 PMID:37748021	研究论文	研究NLRP3炎症小体在炎症性肠病（IBD）中黏膜炎症和纤维化形成中的作用及其抑制效果	首次详细研究了NLRP3炎症小体在IBD患者中黏膜炎症和纤维化过程中的表达和功能，并探讨了NLRP3抑制剂对肠道纤维细胞增殖和胶原蛋白产生的影响	研究主要集中在NLRP3炎症小体的抑制作用上，未涉及其他可能的炎症途径或治疗方法	探讨NLRP3炎症小体在炎症性肠病中的作用及其抑制剂的治疗潜力	炎症性肠病患者的黏膜免疫细胞和纤维细胞	NA	炎症性肠病	单细胞RNA测序和微阵列分析	NA	RNA	来自炎症性肠病患者的肠道黏膜免疫细胞和纤维细胞
500	2024-08-07	Dissecting the immune discrepancies in mouse liver allograft tolerance and heart/kidney allograft rejection 2024-Mar, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13555 PMID:37748771	研究论文	本文构建了小鼠肝、心和肾同种异体移植模型，并利用单细胞RNA测序技术分析了66,393个细胞，以描述器官移植早期阶段的细胞组成和免疫细胞相互作用，同时通过批量RNA测序分析了移植后第7天至第60天的转录组动态变化。	首次详细描述了小鼠肝移植耐受与心/肾移植排斥反应中细胞组成和免疫细胞相互作用的差异，并揭示了Kupffer细胞和巨噬细胞在耐受诱导中的协同功能。	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。	深入理解实体器官移植中的耐受和排斥机制。	小鼠肝、心和肾同种异体移植模型中的细胞组成和免疫细胞相互作用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA序列	66,393个细胞