单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-08-07	MSCsDB: a database of single-cell transcriptomic profiles and in-depth comprehensive analyses of human mesenchymal stem cells 2024-Mar-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00496-5 PMID:38449024	研究论文	介绍了一个名为MSCsDB的数据库，该数据库整合了人类间充质干细胞的单细胞转录组数据，并提供深度综合分析	MSCsDB数据库提供了一个一站式交互查询平台，支持调控子活动、基因本体富集、特征基因可视化和转录因子调控子分析，并开发了专门模块评估MSC质量	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术深入研究间充质干细胞的异质性，并提供一个系统分析已发表数据集的平台	人类间充质干细胞的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	包括来自26个受试者的5个组织中的470,000个细胞
462	2024-08-07	Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation 2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937 PMID:38269588	研究论文	研究探讨了脂蛋白(a)（Lp[a]）中富含的二酰甘油（DGs）和溶血磷脂酸（LPA）对单核细胞炎症的贡献	首次揭示了Lp(a)中DGs和LPA对单核细胞炎症的影响，并发现这种炎症部分依赖于NLRP3炎症小体	研究主要集中在体外实验和部分临床样本分析，需要进一步的临床研究来验证这些发现	探讨Lp(a)中其他促炎介质对动脉粥样硬化的影响	脂蛋白(a)（Lp[a]）及其相关脂质对单核细胞炎症的影响	心血管疾病	心血管疾病	脂质组学、RNA测序、ELISA、Western blot、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	血液样本、细胞样本	健康个体13人，高Lp(a)水平个体12人，心血管疾病患者若干
463	2024-08-07	Human surface ectoderm and amniotic ectoderm are sequentially specified according to cellular density 2024-Mar, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adh7748 PMID:38427729	研究论文	本文通过建立人类多能干细胞模型，研究了羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制	首次提出人类羊膜外胚层和表面外胚层是根据细胞密度沿着共同非神经外胚层轨迹指定的	NA	探究人类羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制	人类羊膜外胚层和表面外胚层	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
464	2024-08-07	Ezrin's role in gastric cancer progression: Implications for immune microenvironment modulation and therapeutic potential 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27155 PMID:38449647	研究论文	本研究通过蛋白质组技术分析胃癌细胞系MKN-45和HGC-27之间的差异表达蛋白，筛选出ezrin作为目标蛋白，并探讨了ezrin表达水平与免疫微环境和基因组变化之间的关系。	首次探讨了ezrin在胃癌中的免疫调节作用及其与基因组不稳定性的关系，并预测了ezrin与免疫治疗和化疗敏感性的关联。	研究主要基于细胞系和数据库分析，未来需要更多临床样本验证ezrin在胃癌中的作用。	阐明ezrin在胃癌中的预后、免疫学和治疗价值。	胃癌细胞系MKN-45和HGC-27，以及TCGA和GEO数据库中的患者信息。	数字病理学	胃癌	蛋白质组技术	NA	蛋白质数据	涉及胃癌细胞系和数据库中的患者信息
465	2024-08-07	Bulk anda single-cell transcriptome profiling reveals the molecular characteristics of T cell-mediated tumor killing in pancreatic cancer 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27216 PMID:38449660	研究论文	本文通过批量和单细胞转录组分析，揭示了胰腺癌中T细胞介导的肿瘤杀伤的分子特征	开发了TRGscore评分系统，有效预测胰腺癌患者对化疗或免疫治疗的反应及总体生存率	NA	探索胰腺癌中T细胞介导的肿瘤杀伤的分子机制，并识别可能从免疫检查点阻断治疗中获益的患者亚群	胰腺癌患者的T细胞介导的肿瘤杀伤机制	数字病理学	胰腺癌	转录组分析	NA	基因表达数据	涉及胰腺癌患者的样本，分为两个亚群进行分析
466	2024-08-07	Loss of chromosome Y in regulatory T cells 2024-Mar-05, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10168-7 PMID:38443832	研究论文	研究探讨了染色体Y在调节性T细胞中的缺失情况及其对T淋巴细胞分化的影响	首次发现调节性T细胞中染色体Y的缺失显著增加，并影响淋巴细胞分化	研究样本量有限，需要进一步的大规模研究验证	探究染色体Y在特定CD4+ T淋巴细胞亚群中的缺失情况及其对疾病风险的影响	调节性T细胞及其他T淋巴细胞亚群	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	23个PBMC样本和32个CD4+ T淋巴细胞富集样本
467	2024-08-07	Targeted knockdown of PGAM5 in synovial macrophages efficiently alleviates osteoarthritis 2024-Mar-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00318-8 PMID:38433252	研究论文	本研究探讨了磷酸甘油酸变位酶5（PGAM5）在滑膜巨噬细胞中的作用及其对骨关节炎（OA）的影响	首次发现PGAM5在OA滑膜巨噬细胞中的显著增加，并通过条件性敲除PGAM5减轻OA症状，促进软骨细胞的合成代谢	NA	研究PGAM5在滑膜巨噬细胞中的作用，探索其作为治疗骨关节炎的新策略	骨关节炎（OA）中的滑膜巨噬细胞和软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类样本的组织学分析和鼠模型的单细胞RNA测序结果
468	2024-08-04	Drug resistance mechanisms in dopamine agonist-resistant prolactin pituitary neuroendocrine tumors and exploration for new drugs 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101056 PMID:38277755	研究论文	本研究探讨了耐多巴胺激动剂的泌乳素瘤中的耐药机制，并探索了新的潜在药物。	本研究首次发现耐多巴胺激动剂的泌乳素瘤与Focal Adhesion信号通路的上调相关，并筛选出了新药Genistein作为潜在的有效治疗药物。	研究主要集中在小样本量的组织模型和细胞系上，可能影响结果的普适性。	调查泌乳素瘤中的多巴胺激动剂耐药机制并识别新的潜在有效药物。	研究对象为27例耐多巴胺激动剂的泌乳素瘤和10例敏感泌乳素瘤的病例。	数字病理学	泌乳素瘤	转录组测序和单细胞测序	类器官模型	组织样本和细胞系	27例耐药泌乳素瘤，10例敏感泌乳素瘤，3例耐药和3例敏感的单细胞
469	2024-08-07	MAFF confers vulnerability to cisplatin-based and ionizing radiation treatments by modulating ferroptosis and cell cycle progression in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101057 PMID:38266355	研究论文	本研究探讨了MAFF在肺腺癌中的作用及其对顺铂和电离辐射治疗的影响	首次揭示了MAFF通过调节铁死亡和细胞周期进程影响肺腺癌对顺铂和电离辐射治疗的敏感性	NA	研究MAFF在肺腺癌中的作用及其对化疗和放疗的影响	肺腺癌细胞和肿瘤模型	数字病理学	肺癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、RNA和ChIP测序	NA	RNA	细胞和小鼠模型
470	2024-08-07	The role of histone H1.2 in pancreatic cancer metastasis and chemoresistance 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2023.101027 PMID:38290407	研究论文	本研究探讨了胰腺癌（PC）中的化学耐药性和肿瘤转移之间的联系及其分子和细胞机制	构建并验证了一个转移和化学耐药性特征（MCS）评分系统，并发现H1-2的高表达与化学耐药性和上皮-间质转化（EMT）相关	NA	探索胰腺癌中化学耐药性和肿瘤转移之间的联系及其可能的分子和细胞机制	胰腺癌的化学耐药性和肿瘤转移	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
471	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals the association between histone lactylation and cisplatin resistance in bladder cancer 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101059 PMID:38295753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了组蛋白乳酸化与膀胱癌顺铂耐药性的关联	首次发现H3赖氨酸18乳酸化（H3K18la）在顺铂耐药膀胱癌细胞中的重要作用，并通过靶向抑制H3K18la恢复了顺铂敏感性	NA	探讨膀胱癌顺铂耐药的机制，并寻找新的干预靶点	膀胱癌顺铂耐药细胞及组蛋白乳酸化	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	特定数量的膀胱癌细胞
472	2024-08-04	Detecting horizontal gene transfer with metagenomics co-barcoding sequencing 2024-Mar-05, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.03602-23 PMID:38315121	研究论文	本文开发了一种新的元基因组共条形码测序系统，以检测水平基因转移 (HGT)	引入了元基因组共条形码测序（MECOS），实现了长DNA片段提取和综合生物信息学管道	传统方法如短读长程元基因组测序和单细胞测序存在片段短、输入DNA量大、测序成本高等限制	旨在揭示微生物群落中水平基因转移的机制	研究对象为人类和小鼠的肠道微生物群落	数字病理学	NA	元基因组共条形码测序	NA	DNA序列	超过3000个HGT块，涉及约6000个基因和100个分类组
473	2024-08-07	Identification and validation of RNA-binding protein SLC3A2 regulates melanocyte ferroptosis in vitiligo by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Mar-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10147-y PMID:38438962	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了RNA结合蛋白SLC3A2调控黑色素细胞铁死亡在白癜风中的作用。	首次确定了与白癜风相关的RNA结合蛋白基因及其潜在的发病机制，特别是在黑色素细胞中SLC3A2的下调促进铁死亡的作用。	研究主要集中在细胞实验层面，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	揭示白癜风的发病机制，特别是RNA结合蛋白在其中的作用。	白癜风患者的不同细胞亚群及其RNA结合蛋白基因。	数字病理学	白癜风	单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	14种不同细胞类型，28种细胞亚群
474	2024-08-04	Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics 2024-Mar-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46413-6 PMID:38431724	研究论文	该文章介绍了一种基于领域泛化的深度学习算法Cancer-Finder，能够快速识别恶性细胞	提出了一种新的算法Cancer-Finder，具有95.16%的准确率并能跨多个数据集进行恶性细胞标注	目前研究未提及该算法在其他类型癌症样本上的表现	研究旨在提高单细胞和空间转录组数据中恶性细胞的注释准确性	研究对象为清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本	数字病理学	肾细胞癌	单细胞转录组测序和空间转录组测序	深度学习	基因表达数据	5个清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本
475	2024-08-04	Exercise potentially prevents colorectal cancer liver metastases by suppressing tumor epithelial cell stemness via RPS4X downregulation 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26604 PMID:38439884	研究论文	本研究探讨了运动通过下调RPS4X抑制结直肠癌肝转移的机制	研究首次揭示了运动通过调节RPS4X表达来抑制结直肠癌的干性和转移风险	该研究主要依赖于生物信息学分析和实验验证，临床数据的验证尚未充分	研究运动对结直肠癌肝转移的影响及其机制	重点研究结直肠癌的上皮细胞及其干性标志物	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序分析、肿瘤微阵列、细胞/动物实验	NA	基因表达数据	19331个样本，涉及多种癌症数据集
476	2024-08-07	Liver-restricted Type I IFN Signature Precedes Liver Damage in Chronic Hepatitis B Patients Stopping Antiviral Therapy 2024-Mar-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300569 PMID:38294274	研究论文	本研究追踪了停止抗病毒治疗的慢性乙型肝炎患者肝脏中的免疫成分和激活状态，使用流式细胞术和单细胞RNA测序分析，发现I型干扰素信号在肝脏损伤前出现。	首次揭示了I型干扰素信号在慢性乙型肝炎患者肝脏损伤前的出现，并确认了MIF在炎症反应中的作用。	研究样本量未明确提及，且仅限于慢性乙型肝炎患者，可能限制了结果的普遍性。	探讨慢性乙型肝炎患者停止抗病毒治疗后，肝脏损伤前的早期免疫激活事件。	慢性乙型肝炎患者的肝脏免疫反应。	NA	乙型肝炎	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA	NA
477	2024-08-07	CD169+ classical monocyte as an important participant in Graves' ophthalmopathy through CXCL12-CXCR4 axis 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109213 PMID:38439953	research paper	本研究通过单细胞RNA测序和多平台分析，探讨了CD169经典单核细胞在Graves眼病中的作用及其通过CXCL12-CXCR4轴的机制	首次揭示了CD169经典单核细胞在Graves眼病中的临床意义及其分化为CD169巨噬细胞促进炎症、脂肪生成和纤维化的作用	需要进一步研究针对循环中单核细胞和CXCL12-CXCR4轴的治疗策略	探究Graves眼病的病理机制及其潜在的治疗靶点	Graves病和Graves眼病患者	NA	Graves眼病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括Graves病和Graves眼病患者
478	2024-08-07	Single-cell transcriptome profiling implicates the psychological stress-induced disruption of spermatogenesis 2024-Mar-12, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2024.102158 PMID:38439912	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了心理压力对大鼠精子发生的影响，揭示了心理压力导致的细胞和分子层面的变化	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了心理压力对精子发生的细胞和分子机制的影响	研究仅限于大鼠模型，未来需要进一步在其他物种中验证这些发现	揭示心理压力如何通过细胞和分子机制影响精子发生	心理压力对大鼠精子发生的影响	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	11,744个睾丸细胞
479	2024-08-07	Neoadjuvant chemotherapy-induced remodeling of human hormonal receptor-positive breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Mar-31, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216656 PMID:38266804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色分析，探讨了新辅助化疗对人类激素受体阳性乳腺癌免疫微环境的重塑作用	发现了新辅助化疗后增加的先前未被识别的免疫细胞亚群，并验证了它们的抗肿瘤功能，同时识别了化疗耐药癌细胞的新基因组和转录模式	NA	探索化疗耐药机制及化疗如何重塑激素受体阳性乳腺癌的免疫微环境	激素受体阳性乳腺癌样本（新辅助化疗前后的配对样本）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	配对的新辅助化疗前后的激素受体阳性乳腺癌样本
480	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing reveals epithelial cells driving brain metastasis in lung adenocarcinoma 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109258 PMID:38433899	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌脑转移的上皮细胞角色	发现了一种与脑转移相关的上皮细胞群体，这些细胞在脑转移中发挥重要作用	缺乏直接证据证明脑转移病灶与淋巴结转移病灶之间的关联	阐明肺腺癌脑转移的细胞起源及其驱动因素	主要研究肺腺癌、脑转移和淋巴结转移样本中的细胞组成	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	样本	涉及的样本包括初级肺腺癌、脑转移和淋巴结转移样本