单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-08-07	CDKN1A regulation on chondrogenic differentiation of human chondrocytes in osteoarthritis through single-cell and bulk sequencing analysis 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27466 PMID:38463824	研究论文	本研究通过单细胞和批量测序分析，验证了CDKN1A基因在骨关节炎（OA）中软骨细胞软骨形成分化的作用	首次结合单细胞和批量测序方法，探讨CDKN1A在OA软骨细胞软骨形成分化中的作用	NA	验证CDKN1A在OA软骨细胞软骨形成分化中的作用	人软骨细胞在骨关节炎中的软骨形成分化	数字病理学	骨关节炎	RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的三个RNA-seq数据集（GSE114007, GSE55235, GSE152805）
442	2024-08-04	Interrogations of single-cell RNA splicing landscapes with SCASL define new cell identities with physiological relevance 2024-Mar-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46480-9 PMID:38461306	研究论文	本研究介绍了SCASL方法，以探讨单细胞RNA剪接的异质性并确定新的细胞身份	SCASL方法解决了单细胞RNA剪接数据的偏见和稀疏覆盖问题，并提供了细胞身份分类的新方案	该方法的局限性尚未明确提及	研究单细胞RNA剪接的异质性及其与生理过程的关系	利用SCASL方法分析三阴性乳腺癌的潜在癌前和早期肿瘤阶段的细胞群体	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA-seq	NA	RNA数据	使用之前发布的数据集作为例子
443	2024-08-04	Transcriptome and single-cell transcriptomics reveal prognostic value and potential mechanism of anoikis in skin cutaneous melanoma 2024-Mar-09, Discover. Oncology DOI:10.1007/s12672-024-00926-0 PMID:38460046	研究论文	本文探讨了皮肤黑色素瘤中anoikis的预后价值和作用机制	建立了一种基于anoikis的新分类系统，并发现FASLG基因在耗竭的CD8(+) T细胞中的高表达与预后相关	样本量和临床数据的局限性可能影响结果的普适性	研究anoikis在皮肤黑色素瘤中的预后价值及其作用机制	研究对象为皮肤黑色素瘤的样本，特别是与anoikis相关的基因	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
444	2024-08-07	[Analysis of the differences in the characteristics of mesenchymal stem cells derived from jaw and long bones based on single-cell RNA-sequencing] 2024-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology DOI:10.3760/cma.j.cn112144-20230824-00109 PMID:38432656	研究论文	研究下颌骨和大腿骨骨髓细胞组成，分析这两种组织来源的间充质干细胞（MSCs）的异质性，探讨不同来源骨MSCs功能特性的差异	使用单细胞RNA测序技术分析下颌骨和大腿骨骨髓细胞组成，揭示了下颌骨来源的MSCs（M-MSCs）和大腿骨来源的MSCs（F-MSCs）在基因表达模式和上调信号通路上的显著差异	NA	探索不同来源骨MSCs功能特性的差异	下颌骨和大腿骨来源的间充质干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	下颌骨和大腿骨的骨髓细胞
445	2024-08-07	Single-cell transcriptome reveals a novel mechanism of C-Kit+-liver sinusoidal endothelial cells in NASH 2024-Mar-09, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01215-7 PMID:38461242	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了C-Kit+肝窦内皮细胞在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中的新型机制	发现了C-Kit+肝窦内皮细胞在NASH中的异质性和复杂性，并确认了其通过恢复Pink1相关线粒体自噬来促进NASH进展的作用	NA	理解肝窦内皮细胞（LSECs）如何响应非酒精性脂肪性肝炎（NASH）	C-Kit+肝窦内皮细胞的功能及其在NASH中的作用	数字病理学	非酒精性脂肪性肝炎	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	来自对照组和MCD饮食喂养小鼠的肝脏单个LSEC样本
446	2024-08-04	scFSNN: a feature selection method based on neural network for single-cell RNA-seq data 2024-Mar-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10160-1 PMID:38459442	研究论文	提出了一种基于神经网络的特征选择方法scFSNN，用于单细胞RNA测序数据的分类问题	scFSNN可以在模型训练过程中自动选择特征并控制假发现率，还能够自适应确定要消除的特征数量	NA	解决单细胞RNA测序数据的分类问题	单细胞RNA测序数据中的基因特征	机器学习	NA	NA	神经网络	基因表达数据	进行了广泛的模拟和真实数据研究
447	2024-08-07	Integrated analysis reveals FLI1 regulates the tumor immune microenvironment via its cell-type-specific expression and transcriptional regulation of distinct target genes of immune cells in breast cancer 2024-Mar-06, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10174-9 PMID:38448802	研究论文	本文通过综合分析揭示了FLI1在乳腺癌中通过其细胞类型特异性表达和转录调控免疫细胞的不同靶基因来调节肿瘤免疫微环境	本文通过SMR分析和ncRNA网络构建，以及单细胞RNA测序数据的整合分析，验证了FLI1甲基化到基因表达再到乳腺癌发生的因果途径，并构建了以FLI1为中心的ceRNA网络	NA	探讨FLI1在乳腺癌中的具体作用及其在免疫调节中的角色	FLI1在乳腺癌中的表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	乳腺癌	GWAS, eQTLs, mQTLs, scRNA-seq	NA	基因组数据, 表达数据, 甲基化数据, 单细胞RNA测序数据	使用乳腺癌基因组关联研究总结数据，血液中的表达数量性状位点和DNA甲基化数量性状位点，以及一系列的单细胞RNA测序数据
448	2024-08-07	Deciphering the molecular regulatory of RAB32/GPRC5A axis in chronic obstructive pulmonary disease 2024-Mar-06, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02724-2 PMID:38448858	研究论文	本研究通过多种生物信息学挖掘和实验验证，探讨了RAB32在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的分子调控机制，并识别了GPRC5A作为与RAB32相互作用的潜在分子。	本研究首次详细探讨了RAB32与GPRC5A在COPD中的相互作用及其在肺组织中的共定位，为COPD的机制研究提供了新的视角。	研究主要基于生物信息学分析和实验室检测，未来需要更多的临床数据和实验验证来进一步证实这些发现。	旨在揭示RAB32在COPD中的分子调控轴及其与GPRC5A的相互作用。	RAB32在COPD中的分子调控机制及其与GPRC5A的相互作用。	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	RT-qPCR, 免疫荧光, WGCNA, mfuzz聚类, Spearman相关分析	NA	RNA序列, 蛋白质	从中山医院收集的肺组织手术样本，以及来自Gene Expression Omnibus (GEO)的四个COPD微阵列数据集和GSE173896数据集的COPD相关上皮细胞scRNA-seq数据。
449	2024-08-04	Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic analysis reveals propagation of early acute vein harvest and distension injury signaling pathways following arterial implantation 2024-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.31.564995 PMID:37961724	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了静脉移植物收获和扩张后信号通路的传播。	首次应用单核RNA测序和空间转录组学分析研究静脉病理，提供了对静脉移植物损伤响应的深入理解。	使用的模型数量有限，仅包含4个犬模型，可能限制结果的广泛适用性。	揭示静脉移植物收获和移植后的响应，识别导致移植物失败的关键不适应性通路。	研究对象为犬模型中的静脉移植物，重点关注其在收获和扩张后的基因组效应。	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）	犬模型	基因组数据	4个犬模型的静脉移植物样本
450	2024-08-07	S100A9+CD14+ monocytes contribute to anti-PD-1 immunotherapy resistance in advanced hepatocellular carcinoma by attenuating T cell-mediated antitumor function 2024-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02985-1 PMID:38454445	研究论文	本研究探讨了S100A9+CD14+单核细胞在晚期肝细胞癌患者中通过减弱T细胞介导的抗肿瘤功能，促进对PD-1免疫疗法的抵抗作用	本研究首次揭示了S100A9+CD14+单核细胞作为预测免疫检查点抑制剂治疗效果的生物标志物，并提出了通过抑制S100A9来增强免疫疗法效果的新策略	NA	旨在探索晚期肝细胞癌患者接受PD-1单药治疗前可预测治疗效果的外周生物标志物，并阐明免疫检查点阻断抵抗的分子机制	晚期肝细胞癌患者及其对PD-1免疫疗法的反应	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	血液样本	晚期肝细胞癌患者的血液样本
451	2024-08-07	Single-cell profiling identifies IL1Bhi macrophages associated with inflammation in PD-1 inhibitor-induced inflammatory arthritis 2024-Mar-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46195-x PMID:38453911	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎（PD-1-IA）和类风湿性关节炎（RA）患者的外周血和滑液中的CD45细胞，发现PD-1-IA中IL1B髓系细胞的显著扩张及其与耗竭的CD8 T细胞的相互作用。	首次揭示了PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎中IL1B髓系细胞的扩张及其与耗竭CD8 T细胞的相互作用，为该疾病的治疗提供了新的潜在靶点。	研究仅限于外周血和滑液样本，未涉及其他组织或器官，可能限制了对疾病机制的全面理解。	探讨PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎与类风湿性关节炎在细胞和分子水平上的差异。	PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎和类风湿性关节炎患者的外周血和滑液中的CD45细胞。	数字病理学	炎症性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎和类风湿性关节炎患者的外周血和滑液样本
452	2024-08-04	Spatial transcriptomics data and analytical methods: An updated perspective 2024-Mar, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2024.103889 PMID:38244672	综述	本文讨论了空间转录组学的数据库和基于深度学习的空间转录组数据分析模型	本文为空间转录组学领域的分析方法提供了更新的视角，强调了AI技术的整合	尽管在ST数据分析技术方面取得了显著进展，但模型的生物学相关性仍需提升	研究空间转录组学数据分析方法及其在生物医学中的应用	空间转录组学相关的数据库和深度学习模型	数字病理学	NA	高分辨率成像与转录组学	深度学习模型	转录组数据	NA
453	2024-08-04	Construction and analysis of a joint diagnostic model of machine learning for cryptorchidism based on single-cell sequencing 2024-Mar, Birth defects research IF:1.6Q4 DOI:10.1002/bdr2.2316 PMID:38459615	研究论文	本研究开发了一种新型的隐睾诊断模型，并确定了与隐睾相关的新生物标志物	创新点在于利用人工神经网络构建隐睾的新型诊断模型，并通过单细胞测序分析验证中心基因	未提及此模型在临床应用中的局限性	研究的目的是开发隐睾的新诊断模型并识别新的生物标志物	研究对象为隐睾患者的RNA测序数据	数字病理学	隐睾	RNA测序	人工神经网络	基因表达数据	样本来源于南通大学医院和基因表达综合数据库(GEO)
454	2024-08-07	Staphylococcus aureus lysate induces an IgE response via memory B cells in nasal polyps 2024-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.10.033 PMID:38056634	研究论文	研究探讨了金黄色葡萄球菌裂解物在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中诱导IgE合成的机制	首次揭示了金黄色葡萄球菌通过IgE阴性记忆B细胞在CRSwNP患者中诱导IgE反应的机制	NA	研究金黄色葡萄球菌是否能在CRSwNP中诱导异常IgE合成及其潜在机制	金黄色葡萄球菌裂解物对CRSwNP中IgE合成的影响及机制	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	ELISA, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 定量逆转录PCR, 免疫组织化学, 免疫荧光	NA	细胞	NA
455	2024-08-07	Altered tumor signature and T-cell profile after chemotherapy reveal new therapeutic opportunities in high-grade serous ovarian carcinoma 2024-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16074 PMID:38226451	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者在接受化疗后肿瘤标志物和T细胞谱的变化	揭示了化疗后肿瘤标志物和T细胞谱的显著变化，为克服治疗抵抗提供了新的治疗策略线索	NA	理解并解决高级别浆液性卵巢癌患者化疗抵抗的问题	高级别浆液性卵巢癌患者的组织样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
456	2024-08-07	Fallopian tube single cell analysis reveals myeloid cell alterations in high-grade serous ovarian cancer 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.108990 PMID:38384837	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析输卵管和高度浆液性卵巢癌组织，揭示了免疫和基质细胞的转录多样性及其在肿瘤进展中的作用	首次综合分析了人类输卵管单细胞RNA测序数据和高度浆液性卵巢癌相关组织，发现了输卵管中丰富的单核细胞，并揭示了单核细胞和巨噬细胞在肿瘤和正常组织中的特定交互作用和功能通路	NA	探索高度浆液性卵巢癌早期检测标志物的发现	输卵管和高度浆液性卵巢癌组织中的免疫和基质细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及两个独立队列的输卵管和高度浆液性卵巢癌相关组织
457	2024-08-04	Single cell transcriptome analysis of the THY-Tau22 mouse model of Alzheimer's disease reveals sex-dependent dysregulations 2024-Mar-07, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-01885-9 PMID:38453894	研究论文	本文通过单细胞转录组分析THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型，揭示了与性别相关的失调现象。	研究首次深入探讨了阿尔茨海默病中早期分子变化的性别依赖性，并识别了关键的调控因子。	研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类阿尔茨海默病的复杂性。	旨在探讨阿尔茨海默病的早期分子变化及其性别差异。	研究对象是THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	THY-Tau22小鼠模型的样本量NA
458	2024-08-04	Tissue-resident memory T cell signatures from single-cell analysis associated with better melanoma prognosis 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109277 PMID:38455971	研究论文	本研究系统性地探讨了组织驻留记忆T细胞与黑色素瘤肿瘤免疫微环境之间的关系	提出了基于T细胞浸润的22基因风险评分，以有效分类黑色素瘤患者的生存风险	NA	阐明组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其与患者生存的关系	黑色素瘤患者的组织驻留记忆T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	多个临床单细胞RNA-seq数据集
459	2024-08-07	Synaptic endocytosis in adult adipose stromal cell-derived neurons 2024-03-15, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2023.148746 PMID:38184164	研究论文	本研究探讨了从脂肪来源的间充质干细胞（ADSCs）衍生的神经元中的突触内吞作用	首次研究了从ADSCs衍生的神经元中的内吞功能	NA	旨在检查从ADSCs衍生的神经元中的突触内吞作用	从ADSCs衍生的神经元中的突触内吞作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质和量子点	NA
460	2024-08-07	A single-cell atlas of Drosophila trachea reveals glycosylation-mediated Notch signaling in cell fate specification 2024-Mar-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46455-w PMID:38448482	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了果蝇气管系统的细胞图谱，揭示了糖基化介导的Notch信号在细胞命运决定中的作用	首次提供了果蝇气管系统的全面单细胞转录组图谱，并发现了糖基化对Notch信号在细胞命运决定中的响应	NA	探究果蝇气管系统的管状形态发生程序	果蝇气管系统的细胞类型和Notch信号在细胞命运决定中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	9种主要亚型的气管细胞