单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-08-04	Correcting PCR amplification errors in unique molecular identifiers to generate accurate numbers of sequencing molecules 2024-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02168-y PMID:38317008	研究论文	本研究探讨了PCR扩增误差对RNA分子绝对计数的准确性影响。	研究展示了一种使用同聚三聚体核苷酸块合成唯一分子标识符的方法，以纠正PCR错误并实现精确计数。	研究未提及样本数量及多样性限制。	探讨PCR扩增误差对RNA分子计数准确性的影响。	研究对象为RNA分子及其测序数据。	数字病理	NA	PCR	NA	RNA数据	NA
422	2024-08-04	In situ single-cell profiling sheds light on IFI27 localisation during SARS-CoV-2 infection 2024-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105016 PMID:38377798	研究论文	本研究利用单细胞空间转录组技术描绘了SARS-CoV-2感染期间的免疫反应	首次识别了在感染部位M1巨噬细胞中IFI27的高表达	NA	探讨SARS-CoV-2感染下的免疫反应	感染部位的M1巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞空间转录组技术	NA	NA	NA
423	2024-08-07	Amphiregulin switches progenitor cell fate for lineage commitment during gastric mucosal regeneration 2024-Mar-14, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.03.009 PMID:38492892	研究论文	研究胃黏膜再生过程中，Amphiregulin如何调控前体细胞的谱系承诺	首次揭示了Amphiregulin在胃黏膜再生中对前体细胞谱系承诺的调控作用	NA	探讨胃黏膜损伤后前体细胞微环境的调控机制	胃黏膜中的Isthmic前体细胞及其在再生过程中的谱系承诺	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胃黏膜上皮细胞
424	2024-08-04	BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis 2024-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01664-3 PMID:38413725	研究论文	本研究提出了一种名为BANKSY的算法，用于统一细胞类型和组织区域的空间聚类问题	通过将细胞嵌入到自身和局部邻域转录组的乘积空间中，BANKSY提供了一种新的空间特征增强策略，显著提高了任务性能	NA	研究旨在提供一种准确且可扩展的框架，以分析空间分辨的组学数据	主要研究对象为细胞类型和组织域在空间组学数据中的聚类	数字病理学	NA	RNA测序，蛋白质成像	NA	RNA和蛋白质图像数据	数百万个细胞数据集
425	2024-08-07	The platelet-related genes associated with the prognosis of HCC by regulating cycling T cell and prolif-TAMs 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26798 PMID:38486758	研究论文	本研究通过TCGA和ICGC数据库分析了92个与肝细胞癌（HCC）相关的差异表达的血小板相关基因（PRGs），并开发了PRGs预后标志物，揭示了这些基因在HCC中的潜在机制。	首次详细探讨了血小板相关基因在HCC中的预后价值及其对免疫微环境的调控作用。	研究主要基于数据库分析，需要进一步的实验验证。	构建与HCC相关的血小板相关基因风险标志物，并揭示其调控免疫微环境的潜在机制。	血小板相关基因在HCC中的表达及其预后价值。	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	92个差异表达的血小板相关基因
426	2024-08-04	The HIF-1α/PLOD2 axis integrates extracellular matrix organization and cell metabolism leading to aberrant musculoskeletal repair 2024-Mar-12, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00320-0 PMID:38472175	研究论文	本文研究了HIF-1α/PLOD2轴在异常骨骼修复中的作用	揭示了HIF-1α在间充质前体细胞中调控胶原蛋白交叉链接的分子机制	实验仅在小鼠模型中进行，可能无法完全代表人类情况	探讨缺氧信号在肌肉骨骼损伤后细胞命运和细胞外基质组织中的作用	研究对象是间充质前体细胞和异位骨化模型	数字病理学	异位骨化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学分析	NA	RNA序列数据	小鼠模型
427	2024-08-04	Single-cell division tracing and transcriptomics reveal cell types and differentiation paths in the regenerating lung 2024-Mar-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46469-4 PMID:38472236	研究论文	本研究结合小鼠模型和单细胞转录组学，揭示了再生肺的细胞类型和分化路径	首次展示了Krt13基底细胞与Krt15俱乐部细胞之间的中间细胞状态，并揭示了腺泡细胞作为积极分裂的前体细胞	未提及具体的样本数量和实验限制	理解肺上皮再生中的分子和细胞过程，以促进肺疾病的治疗方法发展	特定上皮细胞类型的损伤小鼠模型，细胞分裂功能标记细胞和单细胞转录组学	数字病理学	肺疾病	单细胞转录组学	NA	细胞	NA
428	2024-08-07	Combined IL6 and CCR2 blockade potentiates antitumor activity of NK cells in HPV-negative head and neck cancer 2024-Mar-12, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03002-1 PMID:38468260	研究论文	本研究探讨了在HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌中，联合阻断IL6和CCR2通路对NK细胞抗肿瘤活性的增强作用	首次展示了在HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌中，通过联合阻断IL6和CCR2通路可以有效增强NK细胞的抗肿瘤活性	NA	探索增强NK细胞在HPV阴性头颈部鳞状细胞癌中的抗肿瘤活性的新治疗方法	HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了HPV阳性和阴性的头颈部鳞状细胞癌细胞系及同种异体小鼠模型
429	2024-08-07	Single-cell integrative analysis reveals consensus cancer cell states and clinical relevance in breast cancer 2024-Mar-12, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03127-0 PMID:38472225	研究论文	本研究通过综合分析单细胞RNA测序数据，揭示了乳腺癌中跨患者复现的七种共识癌细胞状态及其临床相关性	首次系统地阐明了共识癌细胞状态的生物学功能、亚型特异性分布、潜在起源细胞及其相互关系，并揭示了肿瘤微环境中内部调节子和外部细胞成分对这些状态的贡献	NA	揭示乳腺癌中常见的癌细胞状态及其驱动因素，并探索其与临床结果的关联	乳腺癌中的癌细胞状态及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个独立数据集
430	2024-08-07	Decoding gene regulatory circuitry underlying TNBC chemoresistance reveals biomarkers for therapy response and therapeutic targets 2024-Mar-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00529-6 PMID:38472332	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，揭示了三阴性乳腺癌（TNBC）化疗耐药性的基因调控机制，并发现了潜在的治疗反应生物标志物和治疗靶点	本研究首次通过单细胞转录组数据和全基因组H3K27ac标记映射，揭示了TNBC化疗耐药性的表观遗传和转录因子网络	NA	揭示三阴性乳腺癌化疗耐药性的分子机制，并发现新的治疗策略	三阴性乳腺癌患者及其化疗耐药性	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组	NA	转录组数据	NA
431	2024-08-04	Mefloquine enhances the efficacy of anti-PD-1 immunotherapy via IFN-γ-STAT1-IRF1-LPCAT3-induced ferroptosis in tumors 2024-Mar-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008554 PMID:38471712	研究论文	本研究探讨了美氟喹如何通过IFN-γ-STAT1-IRF1-LPCAT3诱导肿瘤中的铁死亡来增强抗PD-1免疫疗法的疗效	发现美氟喹通过激活IFN-γ诱导的STAT1-IRF1信号通路来调节LPCAT3的表达，这一机制尚未被阐明	本研究未提供不同肿瘤类型的广泛比较数据	探讨美氟喹增强抗PD-1免疫疗法的机制	研究对象包括黑色素瘤和肺癌细胞	数字病理学	黑色素瘤与肺癌	RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、染色质免疫沉淀-qPCR	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	临床数据分析涉及黑色素瘤患者与对照个体，具体样本大小未明确
432	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing reveals critical modulators of extracellular matrix of penile cavernous cells in erectile dysfunction 2024-03-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-56428-0 PMID:38467692	研究论文	这项研究揭示了勃起功能障碍（ED）中阴茎海绵细胞外基质的关键调节因子	该研究首次利用单细胞RNA测序描绘了ED中阴茎海绵细胞的转录组图谱，并揭示了细胞与细胞之间的相互作用	该研究可能未能完全阐明所有细胞类型之间的相互作用和复杂性	研究ED与细胞外基质（ECM）之间的关系	分析ED与非ED样本中82,554个海绵单细胞的转录组特征	数字病理学	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	82,554个海绵单细胞
433	2024-08-04	Combinatorial expression of γ-protocadherins regulates synaptic connectivity in the mouse neocortex 2024-Mar-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.89532 PMID:38470230	研究论文	本文研究了γ-protocadherins在小鼠新皮层突触连接中的作用	识别了组合性γ-protocadherin表达在突触连接中的关键角色	尚未探讨如何在其他类型神经元中应用这一发现	探讨突触形成过程中的连接选择机制	小鼠新皮层中的神经元	数字病理学	NA	5'端单细胞测序	NA	NA	NA
434	2024-08-04	Differentiation is accompanied by a progressive loss in transcriptional memory 2024-Mar-12, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01846-9 PMID:38468285	研究论文	本研究探讨了细胞分化过程中的转录记忆丧失与基因表达变异之间的关系	首次提供了关于相同细胞在分化早期阶段转录组分化速度的实验数据	研究主要集中在两种分化生物系统，可能限制了广泛应用性	研究细胞分化过程中转录记忆如何随着细胞分裂而丧失	人CD34+细胞和T2EC鸡初级红细胞前体	数字病理学	NA	scRT-qPCR和scRNA-seq	NA	转录组数据	相关细胞的转录组，包含一代和二代细胞
435	2024-08-07	Rejuvenated iPSC-derived GD2-directed CART Cells Harbor Robust Cytotoxicity Against Small Cell Lung Cancer 2024-Mar-11, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0259 PMID:38380966	研究论文	本文研究了通过引入GD2-CAR到诱导多能干细胞（iPSC）衍生的 rejuvenated 细胞毒性T淋巴细胞（GD2-CARrejT）来增强针对小细胞肺癌（SCLC）的GD2-CART细胞的细胞毒性。	本文创新性地使用iPSC衍生的 rejuvenated 细胞毒性T淋巴细胞（GD2-CARrejT），其在体外和体内对SCLC细胞的细胞毒性显著强于传统的GD2-CART细胞。	NA	旨在增强GD2-CART细胞对小细胞肺癌的细胞毒性。	研究对象为小细胞肺癌（SCLC）细胞和GD2-CART细胞。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	CAR T细胞	RNA	NA
436	2024-08-04	Principled and interpretable alignability testing and integration of single-cell data 2024-Mar-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2313719121 PMID:38416677	研究论文	该文章提出了一种可解释的单细胞数据对齐测试和集成的方法。	文章创新性地提出了SMAI框架，提供了严谨的统计检验以评估单细胞数据集的对齐能力，并保持数据结构的完整性。	现有方法缺乏对高维单细胞数据集是否可对齐的严格统计检验，并且在对齐过程中可能会严重扭曲数据。	研究旨在改进单细胞数据集成的方法，以提高分析的可靠性和可解释性。	本研究的对象是不同的单细胞数据集，包括真实和模拟的基准数据集。	数字病理学	NA	统计检验	谱流形对齐与推断框架	单细胞数据	多种真实和模拟的基准数据集
437	2024-08-07	Adipocyte Precursor-Derived NRG1 Promotes Resistance to FGFR Inhibition in Urothelial Carcinoma 2024-03-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1398 PMID:38175774	研究论文	本文研究了脂肪细胞前体衍生的NRG1如何促进尿路上皮癌对FGFR抑制剂的抵抗	发现脂肪细胞前体通过旁分泌方式促进对erdafitinib的抵抗，并揭示了NRG1通过激活ERBB3信号传导介导的抵抗机制	NA	探讨尿路上皮癌对FGFR抑制剂的抵抗机制	尿路上皮癌及其对FGFR抑制剂的抵抗	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
438	2024-08-07	Adipose Stromal Cell-Derived Cancer-Associated Fibroblasts Suppress FGFR Inhibitor Efficacy 2024-03-04, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3904 PMID:38437636	研究论文	研究揭示了脂肪组织中的前体细胞通过分泌神经调节蛋白1（NRG1）激活HER3信号通路，导致尿路上皮癌对FGFR抑制剂erdafitinib产生耐药性	发现NRG1介导的FGFR抑制剂耐药性可通过pertuzumab抗体进行干预	NA	探讨脂肪组织来源的细胞如何影响癌症治疗效果	脂肪组织中的前体细胞及其在癌症治疗中的作用	NA	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
439	2024-08-07	Deciphering the molecular and clinical characteristics of TREM2, HCST, and TYROBP in cancer immunity: A comprehensive pan-cancer study 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26993 PMID:38468942	研究论文	本研究全面分析了TREM2、HCST和TYROBP在多种癌症中的分子和临床特征，探讨了它们在肿瘤免疫治疗中的作用	首次进行了TREM2、HCST和TYROBP的泛癌分析，揭示了它们在免疫相关通路和巨噬细胞分化中的关键作用，并探讨了它们作为免疫治疗标志物的潜力	NA	探讨TREM2、HCST和TYROBP在肿瘤免疫治疗中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	TREM2、HCST和TYROBP在多种癌症中的分子和临床特征	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	mRNA表达数据	多种癌症类型
440	2024-08-07	A gene signature linked to fibroblast differentiation for prognostic prediction of mesothelioma 2024-Mar-10, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-023-01180-7 PMID:38462627	研究论文	本研究旨在通过分析与成纤维细胞分化相关的基因集，开发一种新的恶性间皮瘤分类和预后预测模型	本研究首次识别了六种成纤维细胞亚型和三种分化状态，并基于这些发现提出了新的分类和预后模型	研究结果需要在更多的临床样本中进行验证	开发一种新的恶性间皮瘤分类和预后预测模型	恶性间皮瘤的成纤维细胞分化相关基因	数字病理学	间皮瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了来自NCBI-GEO, TCGA和MET-500数据库的数据，包括单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据和骨转移肿瘤的RNA测序信息