单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-07	Long-term effects of Omicron BA.2 breakthrough infection on immunity-metabolism balance: a 6-month prospective study 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46692-z PMID:38503738	研究论文	本研究追踪了轻度BA.2突破性感染康复者在六个月内的免疫代谢平衡情况	首次详细探讨了Omicron BA.2突破性感染后长期免疫代谢失衡的机制和病理特征	研究仅限于轻度BA.2突破性感染康复者，可能无法完全代表所有感染情况	评估COVID-19长期影响及Omicron突破性感染后的免疫恢复情况，为理解疾病和新一代疫苗管理提供依据	轻度BA.2突破性感染康复者	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液检测数据	具体样本数量未在摘要中提及
382	2024-08-07	CD38-RyR2 axis-mediated signaling impedes CD8+ T cell response to anti-PD1 therapy in cancer 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2315989121 PMID:38451948	研究论文	本文探讨了CD38通过RyR2轴介导的信号传导如何阻碍CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的反应，并提出通过靶向CD38来提高抗PD1治疗癌症的疗效。	首次揭示了CD38通过RyR2钙通道激活导致细胞内钙水平升高，进而促进AKT慢性激活和TCF1表达抑制，导致CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的抵抗。	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的人体临床试验来验证其效果。	研究CD38在CD8+ T细胞中的作用机制，以及如何通过靶向CD38提高抗PD1治疗的疗效。	CD8+ T细胞、CD38、RyR2、PD1阻断疗法。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外慢性刺激和肿瘤内CD8+ T细胞
383	2024-08-04	Region-specific cellular and molecular basis of liver regeneration after acute pericentral injury 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.013 PMID:38402618	研究论文	本研究探讨了急性中心周围损伤后肝脏再生的细胞和分子基础	使用Cyp2e1-DreER追踪肝脏再生，并揭示了mTOR/4E-BP1轴和乳酸脱氢酶A在中心周围再生中的重要作用	研究主要集中在特定的损伤模式上，可能不适用于所有类型的肝脏损伤	研究急性中心周围损伤后肝脏的再生机制	重点关注中心周围肝细胞及其再生反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫染色、体内功能测定	NA	NA	使用Cyp2e1-DreER命运追踪系统进行的实验，样本数量未具体说明
384	2024-08-07	Canonical Wnt signaling directs the generation of functional human PSC-derived atrioventricular canal cardiomyocytes in bioprinted cardiac tissues 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.008 PMID:38366588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析和3D生物打印技术，发现阶段特异性激活的规范Wnt信号通路可以生成功能性的人类多能干细胞衍生的房室管（AVC）心肌细胞	首次发现规范Wnt信号通路在体外调控AVC心肌细胞分化的关键作用，并提供了一种用于功能性人心脏生物制造的关键细胞来源	NA	探索生成功能性3D生物打印人类心脏的方法	房室管（AVC）心肌细胞	生物工程	NA	单细胞RNA测序分析，3D生物打印技术	NA	细胞	NA
385	2024-08-07	Exploring the metastasis-related biomarker and carcinogenic mechanism in liver cancer based on single cell technology 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27473 PMID:38509894	研究论文	本研究利用单细胞技术探索肝癌中的转移相关生物标志物和致癌机制	本研究首次定义了四种支持转移的细胞集群，并发现特定共享基因在促进癌症进展中发挥关键作用	NA	探索肝细胞癌（HCC）发展背后的转移相关机制	肝细胞癌中的细胞集群及其与癌症转移的关系	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	9种细胞集群
386	2024-08-07	Combined analysis of bulk RNA and single-cell RNA sequencing to identify pyroptosis-related markers and the role of dendritic cells in chronic obstructive pulmonary disease 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27808 PMID:38509896	研究论文	本研究结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别与慢性阻塞性肺疾病（COPD）相关的焦亡标志物，并探讨树突状细胞在COPD中的作用	本研究首次结合多种机器学习算法，从GEO数据集中筛选出与COPD诊断相关的焦亡相关基因，并通过外部数据集验证其有效性	NA	旨在识别与COPD相关的焦亡标志物，并探讨树突状细胞在COPD发病机制中的作用	慢性阻塞性肺疾病（COPD）及其相关焦亡标志物和树突状细胞的作用	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	RNA测序	深度神经网络，逻辑回归	RNA测序数据	使用了GEO数据集和外部数据集进行验证
387	2024-08-07	Single-cell analysis of age-related changes in leukocytes of diabetic mouse hindpaws 2024-Mar-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05128-z PMID:38502310	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了健康和糖尿病小鼠后爪中免疫细胞群在12周和21周龄时的失调情况，以揭示慢性糖尿病远端肢体中发生的免疫紊乱。	研究首次详细描述了糖尿病小鼠后爪中多种免疫细胞类型的免疫功能和表型随着代谢紊乱和疾病持续时间的改变，特别是在21周龄的Lepr小鼠中观察到 mast 细胞/basophils、真皮γδ T 细胞、异质性 T 细胞和 Type 2 先天淋巴细胞的增加。	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类糖尿病患者。	探讨糖尿病小鼠后爪中免疫细胞群的失调情况，以理解与糖尿病代谢紊乱相关的病理变化。	健康和糖尿病小鼠后爪中的免疫细胞群。	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康和糖尿病小鼠后爪中的免疫细胞群，年龄分别为12周和21周。
388	2024-08-04	Single-Cell Sequencing Reveals Functional Alterations in Tuberculosis 2024-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305592 PMID:38192178	研究论文	这项研究揭示了结核分枝杆菌与人类免疫细胞之间相互作用的功能异质性。	开发了一种新的技术平台，结合单细胞RNA测序和细胞表面抗体测序，提供同一样本的基因组和表型信息。	研究对象限于初次结核病患者和健康对照，可能无法全面代表所有结核患者。	阐明结核病患者的免疫功能差异及其对结核病结果的影响。	分析了23990个外周血单核细胞，来自新一组初次结核患者和健康对照。	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序，细胞表面抗体测序	NA	基因组数据，表型数据	23990个外周血单核细胞
389	2024-08-07	Exploration of the prognostic prediction value of the PANoptosis-based risk score and its correlation with tumor immunity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3682 PMID:38508210	研究论文	本研究探索了基于PANoptosis风险评分在肺腺癌中的预后预测价值及其与肿瘤免疫的相关性	首次构建了基于PANoptosis的15个相关基因的风险模型，用于肺腺癌的预后预测	NA	探索肺腺癌中PANoptosis相关基因的预后预测价值及与肿瘤免疫的相关性	肺腺癌患者	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归分析	RNA表达谱	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的肺腺癌患者数据
390	2024-08-07	Switch of innate to adaptative immune responses in the brain of patients with Alzheimer's disease correlates with tauopathy progression 2024-Mar-18, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-024-00145-5 PMID:38499592	研究论文	本研究通过分析阿尔茨海默病（AD）患者大脑中的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了在tauopathy进展过程中，从先天免疫反应向适应性免疫反应的转变	首次通过单细胞RNA测序数据证实了阿尔茨海默病患者大脑中先天免疫反应向适应性免疫反应的转变	NA	探讨阿尔茨海默病中神经炎症的关键特征及其与tauopathy进展的关系	阿尔茨海默病患者大脑中的免疫反应变化	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
391	2024-08-07	Antidepressant fluoxetine alleviates colitis by reshaping intestinal microenvironment 2024-03-12, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01538-5 PMID:38475799	research paper	本文研究了抗抑郁药氟西汀通过重塑肠道微环境缓解结肠炎的作用及其分子机制	首次揭示了氟西汀通过影响不同细胞群的分布、细胞间通讯和KEGG通路富集来减轻结肠炎症的作用	NA	探讨抗抑郁药氟西汀缓解结肠炎的生物效应和分子机制	C56BL/6小鼠的IBD模型及其对照组	NA	Inflammatory bowel diseases (IBD)	RT-qPCR, western blot, 单细胞RNA测序, H&E染色, 免疫组织化学染色	NA	单细胞RNA测序数据	C56BL/6小鼠的IBD模型及其对照组
392	2024-08-04	Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad011 PMID:37022699	综述	本文讨论了单细胞RNA测序和空间解析转录组数据的差异表达分析的最新进展	本文填补了有关多条件、多样本实验设计的单细胞RNA测序和空间解析转录组数据差异表达基因检测的综述空白	缺乏对现有DE工具的系统评估	研究单细胞RNA-seq和空间解析转录组的差异表达分析	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组(SRT)数据的差异表达基因	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
393	2024-08-04	An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac056 PMID:36752035	研究论文	该文章提出了一种改进的层次变分自编码器模型，用于利用单细胞RNA-seq数据自动估算细胞间通信	提出了一种改进的HiVAE模型，通过学习细胞在已知配体-受体基因和所有基因上的潜在表示，提升了细胞间通信的估计准确性	使用的先前信息不足，仅涉及一部分细胞通信，可能导致假阳性或假阴性结果	旨在利用单细胞RNA-seq数据深入分析肿瘤微环境中的细胞间通信	研究对象为单细胞RNA-seq数据，特别是人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	层次变分自编码器（HiVAE）	RNA-seq数据	涉及人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集的单细胞样本
394	2024-08-04	Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad017 PMID:37208992	研究论文	本文提出了一种基于深度信息融合的单细胞数据聚类方法scDeepFC	scDeepFC通过深度自编码器和深度图卷积网络有效融合基因属性信息和细胞拓扑信息，以提升聚类效果	目前仍未提及具体的计算复杂度或模型训练时间等限制	旨在通过深度学习技术提升单细胞转录组数据的聚类和数据插补能力	研究对象为单细胞转录组数据	数字病理学	NA	深度自编码器，深度图卷积网络	深度自编码器，图卷积网络	单细胞转录组数据	在真实单细胞数据集上进行了广泛实验
395	2024-08-07	Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad025 PMID:37340787	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据与全基因组关联分析数据，揭示了流感病毒感染和COVID-19中与疾病相关的细胞类型	首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究相结合，以高分辨率解析流感疾病中的细胞多样性	研究结果需要在未来的研究中得到更多的关注和验证	揭示流感疾病和COVID-19的发病机制中与疾病相关的细胞类型	流感病毒感染和COVID-19的细胞类型关联	基因组学	流感	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	约70,000个细胞，涉及欧洲和东亚人群
396	2024-08-07	Spatially Resolved Tumor Microenvironment Predicts Treatment Outcomes in Relapsed/Refractory Hodgkin Lymphoma 2024-Mar-20, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO.23.01115 PMID:38113419	研究论文	研究通过空间解析的肿瘤微环境（TME）生态系统，为复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤（r/r CHL）的治疗失败建立新型生物标志物	开发了一种新的预后模型RHL4S，利用TME生物学特性，适用于r/r CHL活检，为空间生物标志物的发展开辟了新途径	NA	描述空间解析的肿瘤微环境生态系统，建立与r/r CHL治疗失败相关的生物标志物	复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	成像质谱流式细胞术（IMC）	NA	图像	71对原发诊断和复发活检样本
397	2024-08-04	ISR inhibition reverses pancreatic β-cell failure in Wolfram syndrome models 2024-03, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01258-w PMID:38321214	研究论文	本研究探讨了Wolfram综合征中胰腺β细胞功能失衡的机制以及ISR抑制剂的治疗潜力	首次在Wolfram综合征模型中揭示ISR作为β细胞失功能的关键机制，并验证了ISR抑制剂的治疗效果	在研究中可能忽略了其他潜在的治疗路径或机制	研究Wolfram综合征模型中胰腺β细胞失功能的病因及潜在治疗方法	WFS1缺乏的胰腺β细胞和小鼠模型	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠Wfs1特异性敲除模型	细胞数据	人体多能干细胞衍生的胰岛细胞(NA)和小鼠模型
398	2024-08-04	Deep-qGFP: A Generalist Deep Learning Assisted Pipeline for Accurate Quantification of Green Fluorescent Protein Labeled Biological Samples in Microreactors 2024-Mar, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301293 PMID:38010980	研究论文	本文介绍了一种用于准确量化绿色荧光蛋白标记生物样本的深度学习辅助管道Deep-qGFP	Deep-qGFP是第一个成功实现于多种荧光标记场景的全能图像分析算法，适用于多种数字PCR和细胞测序技术，无需迁移学习或改动	当前方法在不同实验室的适应性和普遍性可能受限于不同设备测量的一致性	提高微反应器中绿色荧光蛋白标记样本的绝对量化精度和效率	使用标准实验室荧光显微镜对绿色荧光蛋白标记的微反应器进行检测和分类	机器学习	NA	荧光成像	深度学习模型	图像	超过2000个微反应器
399	2024-08-04	Identification of macrophage-related genes correlated with prognosis and immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27170 PMID:38500993	研究论文	本文研究了与非小细胞肺癌预后及免疫疗效相关的巨噬细胞相关基因	本研究首次识别出与非小细胞肺癌患者预后和免疫疗效相关的特定巨噬细胞相关基因	缺乏临床验证和更大规模的样本确认	探索能预测非小细胞肺癌预后和药物有效性的基因标志物	非小细胞肺癌及其周围组织中的细胞	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
400	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils the hidden powers of zebrafish kidney for generating both hematopoiesis and adaptive antiviral immunity 2024-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92424 PMID:38497789	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了斑马鱼肾脏在造血和适应性抗病毒免疫中的双重功能	首次全面展示了斑马鱼肾脏中59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型，并揭示了其在抗病毒免疫中的多样性功能	NA	阐明斑马鱼肾脏在造血和免疫系统中的功能	斑马鱼肾脏中的造血干细胞/祖细胞和免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型