单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-04	An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836 PMID:38219150	研究论文	本文介绍了一种快速分离小鼠胰腺单细胞的优化协议	此研究通过优化解剖顺序、酶组成和操作程序，显著提高了可存活胰腺单细胞的产率和纯度	NA	旨在提供一种高效的单细胞分离方法，以支持多种研究领域	小鼠胰腺单细胞	数字病理学	NA	NA	NA	单细胞	NA
382	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文介绍了一种针对前列腺癌患者脊柱肿瘤临床标本的单细胞处理协议	提出了一种从手术室到实验室的单细胞处理方法，以应对脊柱肿瘤组织的异质性	未提及具体样本的异质性对结果的潜在影响	旨在识别脊柱转移瘤患者的预后标志物和治疗靶点	涉及前列腺癌患者的脊柱肿瘤标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	临床标本	NA
383	2024-08-07	Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809 PMID:38180835	研究论文	本文介绍了一种名为条码衰变谱系追踪结合单细胞转录组分析（BdLT-Seq）的实验方案，用于研究非遗传编码状态的继承和传播	提出了一种新的BdLT-Seq技术，能够在保持同质性的同时，以定向方式评估克隆进化，从而比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征	NA	开发一种新的实验方案，用于研究细胞谱系中的非遗传分子特征的继承和传播	非遗传编码状态的继承和传播	生物技术	NA	条码衰变谱系追踪结合单细胞转录组分析（BdLT-Seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
384	2024-08-07	Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819 PMID:38183653	研究论文	本文介绍了COMET，一个用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化（EMT）轨迹和状态间转换率的R包	提出了COMET R包，用于从单细胞RNA测序数据中推断EMT轨迹和状态间转换率	NA	研究上皮-间质转化（EMT）在癌症转移过程中的作用及其在癌症预后中的价值	上皮-间质转化（EMT）轨迹和状态间转换率	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	连续时间马尔可夫链	RNA测序数据	NA
385	2024-08-07	Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684 PMID:38219153	研究论文	本文介绍了一种通过转录组分析肿瘤微环境中免疫细胞表型变化和浸润的协议	利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析免疫细胞在肿瘤微环境中的表型变化和浸润过程	NA	研究免疫治疗在癌症治疗中的应用	肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	NA
386	2024-08-07	Establishing a 3D culture system for early organogenesis of monkey embryos ex vivo and single-cell transcriptome analysis of cultured embryos 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102835 PMID:38224493	研究论文	本文介绍了一种用于体外培养猕猴胚胎3D培养系统的建立及单细胞转录组分析的方法	首次成功在体外培养猕猴胚胎长达25天，并详细描述了原肠形成和早期器官发生的关键发育事件	NA	旨在理解早期灵长类胚胎发生的最初4周	猕猴胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	3D培养系统	单细胞转录组数据	NA
387	2024-08-07	Protocol for optimized dissociation of human scalp tissue for hair follicle transcriptomics by scRNA-seq 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102848 PMID:38319786	研究论文	本文介绍了一种优化的人类头皮组织解离协议，用于通过scRNA-seq进行毛囊转录组学研究	提出了一种优化的头皮组织解离方法，以获得高质量的单细胞悬液用于scRNA-seq	NA	研究人类毛囊的转录组学	人类头皮组织和毛囊	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA序列	NA
388	2024-08-07	Protocol for functional profiling of patient-derived organoids for precision oncology 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102887 PMID:38367233	研究论文	本文介绍了一种全面的协议，用于生成和培养患者来源的结直肠类器官，以及分离和扩增肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和外周血单个核细胞（PBMCs），以支持精准肿瘤学的功能性分析。	该协议支持多种组学分析，如RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和（磷酸化）蛋白质组学。	NA	为个性化治疗提供基于扰动癌症患者原代肿瘤细胞的精准肿瘤学策略。	患者来源的结直肠类器官、肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）和外周血单个核细胞（PBMCs）。	数字病理学	结直肠癌	RNA测序（RNA-seq）、全外显子测序（WES）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和（磷酸化）蛋白质组学。	NA	细胞	NA
389	2024-08-07	Kidins220 and Aiolos promote thymic iNKT cell development by reducing TCR signals 2024-Mar-15, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj2802 PMID:38489359	研究论文	研究探讨了Kidins220和Aiolos在调节胸腺iNKT细胞发育中的作用，通过减少TCR信号强度	首次揭示了Kidins220在T细胞发育中的作用，并发现Aiolos是Kidins220在iNKT细胞发育中的下游效应因子	NA	探究Kidins220和Aiolos在胸腺iNKT细胞发育中的作用	胸腺iNKT细胞和常规T细胞的发育	免疫学	NA	scRNA-seq	NA	细胞	T细胞特异性Kidins220敲除（T-KO）小鼠
390	2024-08-04	JAK/STAT3 represents a therapeutic target for colorectal cancer patients with stromal-rich tumors 2024-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02958-4 PMID:38424636	研究论文	本研究探讨了抑制JAK/STAT3在不同结直肠癌（CRC）模型中的有效性，并建立了其预后意义。	揭示了JAK/STAT3在高间质侵袭性结直肠癌患者中的预后价值，指出抑制其信号通路为有前景的治疗策略。	研究中可能存在样本历程偏倚，并且需要在更大规模的人群中验证结果。	探讨JAK/STAT3信号传导在结直肠癌中的作用及其抑制对治疗的潜力。	研究对象包括结直肠癌细胞系、小鼠模型类器官和患者导向类器官。	数字病理学	结直肠癌	RNA测序、免疫组化、NanoString GeoMx®空间转录组学	NA	RNA	三个独立的CRC患者队列和TransSCOT临床试验队列
391	2024-08-07	odd skipped-related 2 as a novel mark for labeling the proximal convoluted tubule within the zebrafish kidney 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27582 PMID:38496848	研究论文	本文通过分析成年斑马鱼肾脏的单细胞转录组数据，发现odd-skipped-related 2（Osr2）在近端卷曲小管（PCT）中的表达，并生成了一种表达增强绿色荧光蛋白（EGFP）的转基因斑马鱼系，用于研究PCT的形态发生。	首次识别并利用Osr2作为标记物来标记斑马鱼肾脏中的PCT，并成功生成了一种转基因斑马鱼系，该系可以用于PCT的遗传和化学分析。	文章未明确提及研究的具体局限性。	研究近端卷曲小管（PCT）的形态发生及其在斑马鱼肾脏中的功能。	斑马鱼肾脏中的近端卷曲小管（PCT）。	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	成年斑马鱼肾脏的单细胞样本
392	2024-08-07	Temporospatial hierarchy and allele-specific expression of zygotic genome activation revealed by distant interspecific urochordate hybrids 2024-Mar-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46780-0 PMID:38493164	研究论文	本文通过研究两种深度分化（1.2亿年前）的栉水母物种的杂交后代，揭示了合子基因组激活（ZGA）的时空层次结构和等位基因特异性表达	本文首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了ZGA的两个协调波，分别代表早期发育和管家基因的重新激活，并展示了空间异质性和细胞命运的显著相关性	NA	研究合子基因组激活（ZGA）的机制及其在早期胚胎发生中的作用	两种深度分化的栉水母物种的杂交后代	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
393	2024-08-04	Holistic exploration of CHGA and hsa-miR-137 in colorectal cancer via multi-omic data Integration 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27046 PMID:38495181	研究论文	本研究通过多组学数据整合，探索了与结直肠癌相关的mRNA-miRNA网络	提出了hsa-miR-137和Chromogranin A作为有前景的结直肠癌生物标志物	尽管蛋白质组分析未能直接相关，但多方面的方法提供了对结直肠癌复杂调控机制的全面理解	揭示与结直肠癌发病机制有关的复杂mRNA-miRNA网络	结直肠癌相关转录组和关键基因，其中特别关注Chromogranin A和hsa-miR-137	数字病理学	结直肠癌	微阵列、Bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	WGCNA	转录组数据	多种数据集的综合，具体样本数量未明确提及
394	2024-08-07	Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for sepsis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27379 PMID:38495196	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析，识别了铜依赖性细胞死亡（cuproptosis）在脓毒症中的免疫特征生物标志物和治疗靶点	首次揭示了cuproptosis在脓毒症免疫特征中的作用，并识别了关键的差异表达cuproptosis相关基因（DECuGs）和潜在的新药	研究依赖于已有的公开数据集，未涉及临床试验验证	探索cuproptosis在脓毒症中的免疫特征和潜在的治疗靶点	脓毒症患者的免疫细胞和cuproptosis相关基因	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	两个脓毒症数据集（GSE9960和GSE134347），具体样本数量未详细说明
395	2024-08-07	Tumor-infiltrating CD8+ sub-populations in primary and recurrent glioblastoma: An in-silico study 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27329 PMID:38495199	研究论文	研究分析了原发性和复发性胶质母细胞瘤中肿瘤浸润性CD8+ T细胞的亚群，并探讨了其在肿瘤微环境中的作用	提供了原发性和复发性胶质母细胞瘤中CD8+ TILs亚群的详细图谱，为未来的精准免疫治疗提供了概念验证	NA	研究CD8+ TILs亚群在原发性和复发性胶质母细胞瘤中的分布及其在肿瘤微环境中的作用	原发性和复发性胶质母细胞瘤中的肿瘤浸润性CD8+ T细胞亚群	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
396	2024-08-07	Single-cell transcriptomes reveal the heterogeneity and microenvironment of vestibular schwannoma 2024-03-04, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad201 PMID:37862593	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了前庭神经鞘瘤的异质性和微环境	首次在单细胞水平上揭示了前庭神经鞘瘤的微环境，并发现了与快速生长相关的特定细胞亚群	研究仅限于少数样本，可能需要更多样本以验证结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的细胞异质性和微环境，以增进对该疾病临床表型的理解	前庭神经鞘瘤及其正常神经样本	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	7个前庭神经鞘瘤样本和2个正常神经样本
397	2024-08-07	5 signature genes revealed by single-cell profiling identified unique immune subtypes affecting the prognosis of ovarian cancer 2024-Mar, European review for medical and pharmacological sciences DOI:10.26355/eurrev_202403_35618 PMID:38497886	研究论文	本研究通过单细胞测序数据识别出五个与卵巢癌预后相关的标志性基因，并据此将患者分为五个亚型，分析了各亚型的临床预后和治疗反应	首次通过单细胞测序数据识别出五个影响卵巢癌预后的标志性基因，并据此进行患者亚型分类，为临床决策提供指导	NA	旨在识别预测卵巢癌临床预后的生物标志物，特别是针对免疫治疗和化疗的预后分组	卵巢癌患者的基因标志物和预后亚型	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	共识聚类	基因表达数据	TCGA-OV数据库中的患者样本
398	2024-08-04	Mast cell activation disrupts interactions between endothelial cells and pericytes during early life allergic asthma 2024-Mar-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173676 PMID:38487999	研究论文	这篇文章研究了过敏性哮喘如何影响早期生命小鼠的肺微循环	揭示了肥大细胞激活如何通过蛋白酶破坏内皮细胞与周细胞之间的相互作用	研究主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证	探讨过敏性哮喘对早期生命肺微循环的影响	新生小鼠肺脏切片以及儿童哮喘支气管活检样本	数字病理学	过敏性哮喘	定量成像与空间转录组学	NA	图像和生物样本	新生小鼠肺脏切片与儿童哮喘的支气管活检样本
399	2024-08-04	Single-cell sequencing shows mosaic aneuploidy in most human embryos 2024-Mar-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179134 PMID:38488008	研究论文	该文章探讨了人类胚胎中的马赛克非整倍体现象，指出这一现象在大多数胚胎中普遍存在	提供了单细胞基因组测序数据，严谨评估了健康人类IVF胚胎中马赛克非整倍体的发生率和程度	研究未探讨非整倍体对胚胎结果的具体临床后果	旨在评估人类IVF胚胎中马赛克非整倍体现象的普遍性及其影响	健康的人类体外受精（IVF）胚胎	数字病理学	NA	单细胞基因组测序	NA	基因组数据	至少80%的胚胎样本
400	2024-08-04	Single-cell RNA-sequencing of cellular heterogeneity and pathogenic mechanisms in paraquat-induced Parkinson's disease with depression 2024-Mar-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116169 PMID:38447518	研究论文	本研究探讨了对于帕金森病合并抑郁症的小鼠模型中细胞异质性及其病理机制的单细胞RNA测序分析	揭示了特定的谷氨酸能神经元群体在帕金森病合并抑郁症进展中的作用并建立了全面的基因表达图谱	该研究主要依赖小鼠模型，可能无法完全推导到人类疾病的复杂性	全面研究在帕金森病背景下抑郁症进展的细胞异质性和机制	以PQ诱导的帕金森病合并抑郁症小鼠模型为研究对象	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	使用了多只小鼠进行实验