单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-04	Single-Cell Sequencing Reveals Functional Alterations in Tuberculosis 2024-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305592 PMID:38192178	研究论文	这项研究揭示了结核分枝杆菌与人类免疫细胞之间相互作用的功能异质性。	开发了一种新的技术平台，结合单细胞RNA测序和细胞表面抗体测序，提供同一样本的基因组和表型信息。	研究对象限于初次结核病患者和健康对照，可能无法全面代表所有结核患者。	阐明结核病患者的免疫功能差异及其对结核病结果的影响。	分析了23990个外周血单核细胞，来自新一组初次结核患者和健康对照。	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序，细胞表面抗体测序	NA	基因组数据，表型数据	23990个外周血单核细胞
382	2024-08-07	Exploration of the prognostic prediction value of the PANoptosis-based risk score and its correlation with tumor immunity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3682 PMID:38508210	研究论文	本研究探索了基于PANoptosis风险评分在肺腺癌中的预后预测价值及其与肿瘤免疫的相关性	首次构建了基于PANoptosis的15个相关基因的风险模型，用于肺腺癌的预后预测	NA	探索肺腺癌中PANoptosis相关基因的预后预测价值及与肿瘤免疫的相关性	肺腺癌患者	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归分析	RNA表达谱	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的肺腺癌患者数据
383	2024-08-07	Switch of innate to adaptative immune responses in the brain of patients with Alzheimer's disease correlates with tauopathy progression 2024-Mar-18, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-024-00145-5 PMID:38499592	研究论文	本研究通过分析阿尔茨海默病（AD）患者大脑中的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了在tauopathy进展过程中，从先天免疫反应向适应性免疫反应的转变	首次通过单细胞RNA测序数据证实了阿尔茨海默病患者大脑中先天免疫反应向适应性免疫反应的转变	NA	探讨阿尔茨海默病中神经炎症的关键特征及其与tauopathy进展的关系	阿尔茨海默病患者大脑中的免疫反应变化	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
384	2024-08-07	Antidepressant fluoxetine alleviates colitis by reshaping intestinal microenvironment 2024-03-12, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01538-5 PMID:38475799	research paper	本文研究了抗抑郁药氟西汀通过重塑肠道微环境缓解结肠炎的作用及其分子机制	首次揭示了氟西汀通过影响不同细胞群的分布、细胞间通讯和KEGG通路富集来减轻结肠炎症的作用	NA	探讨抗抑郁药氟西汀缓解结肠炎的生物效应和分子机制	C56BL/6小鼠的IBD模型及其对照组	NA	Inflammatory bowel diseases (IBD)	RT-qPCR, western blot, 单细胞RNA测序, H&E染色, 免疫组织化学染色	NA	单细胞RNA测序数据	C56BL/6小鼠的IBD模型及其对照组
385	2024-08-07	An organism-wide atlas of hormonal signaling based on the mouse lemur single-cell transcriptome 2024-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46070-9 PMID:38467625	研究论文	本研究利用鼠狐猴（Microcebus murinus）的全器官单细胞转录组图谱，系统地绘制了84类激素的源细胞和目标细胞	该研究揭示了先前未被表征的激素调控位点，并展示了激素信号网络密集连接、分散且富含反馈回路的特性	NA	旨在系统地研究激素信号在全器官水平上的作用	鼠狐猴的激素信号网络及其与人类的比较	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	涉及84类激素的源细胞和目标细胞
386	2024-08-04	Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad011 PMID:37022699	综述	本文讨论了单细胞RNA测序和空间解析转录组数据的差异表达分析的最新进展	本文填补了有关多条件、多样本实验设计的单细胞RNA测序和空间解析转录组数据差异表达基因检测的综述空白	缺乏对现有DE工具的系统评估	研究单细胞RNA-seq和空间解析转录组的差异表达分析	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组(SRT)数据的差异表达基因	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
387	2024-08-04	An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac056 PMID:36752035	研究论文	该文章提出了一种改进的层次变分自编码器模型，用于利用单细胞RNA-seq数据自动估算细胞间通信	提出了一种改进的HiVAE模型，通过学习细胞在已知配体-受体基因和所有基因上的潜在表示，提升了细胞间通信的估计准确性	使用的先前信息不足，仅涉及一部分细胞通信，可能导致假阳性或假阴性结果	旨在利用单细胞RNA-seq数据深入分析肿瘤微环境中的细胞间通信	研究对象为单细胞RNA-seq数据，特别是人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	层次变分自编码器（HiVAE）	RNA-seq数据	涉及人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集的单细胞样本
388	2024-08-04	Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad017 PMID:37208992	研究论文	本文提出了一种基于深度信息融合的单细胞数据聚类方法scDeepFC	scDeepFC通过深度自编码器和深度图卷积网络有效融合基因属性信息和细胞拓扑信息，以提升聚类效果	目前仍未提及具体的计算复杂度或模型训练时间等限制	旨在通过深度学习技术提升单细胞转录组数据的聚类和数据插补能力	研究对象为单细胞转录组数据	数字病理学	NA	深度自编码器，深度图卷积网络	深度自编码器，图卷积网络	单细胞转录组数据	在真实单细胞数据集上进行了广泛实验
389	2024-08-07	Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad025 PMID:37340787	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据与全基因组关联分析数据，揭示了流感病毒感染和COVID-19中与疾病相关的细胞类型	首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究相结合，以高分辨率解析流感疾病中的细胞多样性	研究结果需要在未来的研究中得到更多的关注和验证	揭示流感疾病和COVID-19的发病机制中与疾病相关的细胞类型	流感病毒感染和COVID-19的细胞类型关联	基因组学	流感	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	约70,000个细胞，涉及欧洲和东亚人群
390	2024-08-07	Spatially Resolved Tumor Microenvironment Predicts Treatment Outcomes in Relapsed/Refractory Hodgkin Lymphoma 2024-Mar-20, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO.23.01115 PMID:38113419	研究论文	研究通过空间解析的肿瘤微环境（TME）生态系统，为复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤（r/r CHL）的治疗失败建立新型生物标志物	开发了一种新的预后模型RHL4S，利用TME生物学特性，适用于r/r CHL活检，为空间生物标志物的发展开辟了新途径	NA	描述空间解析的肿瘤微环境生态系统，建立与r/r CHL治疗失败相关的生物标志物	复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	成像质谱流式细胞术（IMC）	NA	图像	71对原发诊断和复发活检样本
391	2024-08-04	ISR inhibition reverses pancreatic β-cell failure in Wolfram syndrome models 2024-03, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01258-w PMID:38321214	研究论文	本研究探讨了Wolfram综合征中胰腺β细胞功能失衡的机制以及ISR抑制剂的治疗潜力	首次在Wolfram综合征模型中揭示ISR作为β细胞失功能的关键机制，并验证了ISR抑制剂的治疗效果	在研究中可能忽略了其他潜在的治疗路径或机制	研究Wolfram综合征模型中胰腺β细胞失功能的病因及潜在治疗方法	WFS1缺乏的胰腺β细胞和小鼠模型	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠Wfs1特异性敲除模型	细胞数据	人体多能干细胞衍生的胰岛细胞(NA)和小鼠模型
392	2024-08-04	Deep-qGFP: A Generalist Deep Learning Assisted Pipeline for Accurate Quantification of Green Fluorescent Protein Labeled Biological Samples in Microreactors 2024-Mar, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301293 PMID:38010980	研究论文	本文介绍了一种用于准确量化绿色荧光蛋白标记生物样本的深度学习辅助管道Deep-qGFP	Deep-qGFP是第一个成功实现于多种荧光标记场景的全能图像分析算法，适用于多种数字PCR和细胞测序技术，无需迁移学习或改动	当前方法在不同实验室的适应性和普遍性可能受限于不同设备测量的一致性	提高微反应器中绿色荧光蛋白标记样本的绝对量化精度和效率	使用标准实验室荧光显微镜对绿色荧光蛋白标记的微反应器进行检测和分类	机器学习	NA	荧光成像	深度学习模型	图像	超过2000个微反应器
393	2024-08-04	Identification of macrophage-related genes correlated with prognosis and immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27170 PMID:38500993	研究论文	本文研究了与非小细胞肺癌预后及免疫疗效相关的巨噬细胞相关基因	本研究首次识别出与非小细胞肺癌患者预后和免疫疗效相关的特定巨噬细胞相关基因	缺乏临床验证和更大规模的样本确认	探索能预测非小细胞肺癌预后和药物有效性的基因标志物	非小细胞肺癌及其周围组织中的细胞	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
394	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils the hidden powers of zebrafish kidney for generating both hematopoiesis and adaptive antiviral immunity 2024-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92424 PMID:38497789	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了斑马鱼肾脏在造血和适应性抗病毒免疫中的双重功能	首次全面展示了斑马鱼肾脏中59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型，并揭示了其在抗病毒免疫中的多样性功能	NA	阐明斑马鱼肾脏在造血和免疫系统中的功能	斑马鱼肾脏中的造血干细胞/祖细胞和免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型
395	2024-08-07	scRNA-seq analysis discovered suppression of immunomodulatory dependent inflammatory response in PMBCs exposed to silver nanoparticles 2024-Mar-17, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02364-0 PMID:38494495	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析揭示了银纳米颗粒暴露下PBMCs中免疫调节依赖性炎症反应的抑制	本研究首次深入分析了单细胞水平上细胞与金属离子的关联以及特定的免疫反应	研究主要集中在体外模型，未涉及体内模型的验证	探究银纳米颗粒对PBMCs的免疫毒性	银纳米颗粒对PBMCs的免疫反应	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	PBMCs样本
396	2024-08-04	JAK/STAT3 represents a therapeutic target for colorectal cancer patients with stromal-rich tumors 2024-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02958-4 PMID:38424636	研究论文	本研究探讨了抑制JAK/STAT3在不同结直肠癌（CRC）模型中的有效性，并建立了其预后意义。	揭示了JAK/STAT3在高间质侵袭性结直肠癌患者中的预后价值，指出抑制其信号通路为有前景的治疗策略。	研究中可能存在样本历程偏倚，并且需要在更大规模的人群中验证结果。	探讨JAK/STAT3信号传导在结直肠癌中的作用及其抑制对治疗的潜力。	研究对象包括结直肠癌细胞系、小鼠模型类器官和患者导向类器官。	数字病理学	结直肠癌	RNA测序、免疫组化、NanoString GeoMx®空间转录组学	NA	RNA	三个独立的CRC患者队列和TransSCOT临床试验队列
397	2024-08-07	odd skipped-related 2 as a novel mark for labeling the proximal convoluted tubule within the zebrafish kidney 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27582 PMID:38496848	研究论文	本文通过分析成年斑马鱼肾脏的单细胞转录组数据，发现odd-skipped-related 2（Osr2）在近端卷曲小管（PCT）中的表达，并生成了一种表达增强绿色荧光蛋白（EGFP）的转基因斑马鱼系，用于研究PCT的形态发生。	首次识别并利用Osr2作为标记物来标记斑马鱼肾脏中的PCT，并成功生成了一种转基因斑马鱼系，该系可以用于PCT的遗传和化学分析。	文章未明确提及研究的具体局限性。	研究近端卷曲小管（PCT）的形态发生及其在斑马鱼肾脏中的功能。	斑马鱼肾脏中的近端卷曲小管（PCT）。	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	成年斑马鱼肾脏的单细胞样本
398	2024-08-07	Temporospatial hierarchy and allele-specific expression of zygotic genome activation revealed by distant interspecific urochordate hybrids 2024-Mar-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46780-0 PMID:38493164	研究论文	本文通过研究两种深度分化（1.2亿年前）的栉水母物种的杂交后代，揭示了合子基因组激活（ZGA）的时空层次结构和等位基因特异性表达	本文首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了ZGA的两个协调波，分别代表早期发育和管家基因的重新激活，并展示了空间异质性和细胞命运的显著相关性	NA	研究合子基因组激活（ZGA）的机制及其在早期胚胎发生中的作用	两种深度分化的栉水母物种的杂交后代	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
399	2024-08-04	Holistic exploration of CHGA and hsa-miR-137 in colorectal cancer via multi-omic data Integration 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27046 PMID:38495181	研究论文	本研究通过多组学数据整合，探索了与结直肠癌相关的mRNA-miRNA网络	提出了hsa-miR-137和Chromogranin A作为有前景的结直肠癌生物标志物	尽管蛋白质组分析未能直接相关，但多方面的方法提供了对结直肠癌复杂调控机制的全面理解	揭示与结直肠癌发病机制有关的复杂mRNA-miRNA网络	结直肠癌相关转录组和关键基因，其中特别关注Chromogranin A和hsa-miR-137	数字病理学	结直肠癌	微阵列、Bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq	WGCNA	转录组数据	多种数据集的综合，具体样本数量未明确提及
400	2024-08-07	Identification of immune characteristic biomarkers and therapeutic targets in cuproptosis for sepsis by integrated bioinformatics analysis and single-cell RNA sequencing analysis 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27379 PMID:38495196	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析和单细胞RNA测序分析，识别了铜依赖性细胞死亡（cuproptosis）在脓毒症中的免疫特征生物标志物和治疗靶点	首次揭示了cuproptosis在脓毒症免疫特征中的作用，并识别了关键的差异表达cuproptosis相关基因（DECuGs）和潜在的新药	研究依赖于已有的公开数据集，未涉及临床试验验证	探索cuproptosis在脓毒症中的免疫特征和潜在的治疗靶点	脓毒症患者的免疫细胞和cuproptosis相关基因	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	两个脓毒症数据集（GSE9960和GSE134347），具体样本数量未详细说明