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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-08-07 |
Identification of the shared hub gene signatures and molecular mechanisms between HIV-1 and pulmonary arterial hypertension
2024-03-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55645-x
PMID:38528047
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研究论文 | 本研究通过分析HIV-1和肺动脉高压(PAH)的微阵列数据,利用WGCNA、GO和通路富集分析等方法,识别了两者之间的共享枢纽基因和分子机制 | 首次揭示了HIV-1与PAH之间通过I型干扰素(IFN)途径的共享分子机制,并确定了关键枢纽基因ISG15和IFI27 | NA | 阐明HIV-1感染与肺动脉高压之间的分子机制 | HIV-1感染和肺动脉高压的共享枢纽基因及其分子机制 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | WGCNA, GO和通路富集分析, CIBERSORT, scRNA-seq | NA | 微阵列数据, scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 382 | 2024-08-07 |
Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains antitumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47
2024-Mar, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00691-z
PMID:38200243
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌组织,发现肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞在免疫抑制特征上显著增加,且Sirpα在这些细胞中的表达增强,与肿瘤进展抵抗性相关。 | 首次揭示了Sirpα在肿瘤相关髓系细胞中独立于CD47的免疫抑制作用,并展示了Sirpα缺乏通过重编程肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫活性的机制。 | NA | 探究肿瘤相关髓系细胞中Sirpα的免疫抑制机制及其对结直肠癌免疫治疗的影响。 | 结直肠癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 383 | 2024-08-07 |
Single Cell Analysis of Lung Lymphatic Endothelial Cells and Lymphatic Responses during Influenza Infection
2024-Mar, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.35534/jrbtm.2024.10003
PMID:38529320
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研究论文 | 研究了流感感染期间肺淋巴内皮细胞和淋巴反应的单细胞分析 | 发现了流感感染期间肺淋巴内皮细胞中存在的新的PD-L1亚群 | NA | 探讨感染期间淋巴系统的重塑过程 | 肺淋巴内皮细胞和淋巴反应 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 384 | 2024-08-07 |
Siglec9 + tumor-associated macrophages predict prognosis and therapeutic vulnerability in patients with colon cancer
2024-Mar-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111771
PMID:38430807
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研究论文 | 研究探讨了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达模式及其临床意义 | 首次全面分析了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达及其对预后和辅助化疗反应的影响 | 研究为回顾性分析,可能存在选择偏倚 | 评估Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的临床意义及治疗潜力 | 结肠癌患者中的Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 结肠癌 | 免疫组织化学、免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 组织样本 | 两个不同医疗中心的临床队列 | NA | NA | NA | NA |
| 385 | 2024-08-07 |
UFL1 ablation in T cells suppresses PD-1 UFMylation to enhance anti-tumor immunity
2024-Mar-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.01.024
PMID:38377992
|
研究论文 | 本研究探讨了UFMylation在T细胞中的生理作用,特别是UFL1 E3连接酶在调节PD-1 UFMylation和增强抗肿瘤免疫中的作用。 | 首次揭示了UFL1通过促进PD-1 UFMylation来拮抗PD-1的泛素化和降解,以及AMPK通过磷酸化UFL1来破坏PD-1 UFMylation的机制。 | NA | 探究UFMylation在T细胞中的生理作用及其在癌症治疗中的潜在应用。 | UFL1 E3连接酶在T细胞中的功能及其对PD-1 UFMylation的影响。 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Ufl1条件性敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 386 | 2024-08-07 |
Lower respiratory tract single-cell RNA sequencing and neutrophil extracellular trap profiling of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: a single centre, retrospective, observational study
2024-03, The Lancet. Microbe
DOI:10.1016/S2666-5247(23)00368-3
PMID:38280387
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和嗜中性粒细胞外捕获物(NETs)分析,探讨了COVID-19相关肺曲霉病(CAPA)患者的免疫特征,特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度 | 首次详细描述了CAPA患者的免疫细胞景观,特别是嗜中性粒细胞的成熟轨迹和NETs的形成,以及这些特征与患者预后的关系 | 本研究为回顾性观察研究,样本量有限,且仅在一个中心进行 | 旨在描述重症COVID-19患者,无论是否伴有CAPA,其免疫特征,特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度 | 重症COVID-19患者,包括伴有和不伴有CAPA的患者 | 数字病理学 | COVID-19相关肺曲霉病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 43份支气管肺泡灌洗样本,59名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 387 | 2024-08-07 |
Identification, sorting and profiling of functional killer cells via the capture of fluorescent target-cell lysate
2024-Mar, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-023-01089-z
PMID:37652987
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PAINTKiller的流式细胞术兼容检测方法,用于准确识别和分离共培养物中的功能性杀伤细胞亚群 | 该方法通过检测被裂解细胞内荧光蛋白在裂解细胞表面的标记,实现了对杀伤细胞亚群的精确识别和分离 | NA | 开发一种新的检测方法,用于评估细胞介导的细胞毒性,并能够识别和分离细胞毒性效应细胞的亚群 | 功能性杀伤细胞亚群的识别和分离 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 388 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk RNA sequencing highlights the role of M1-like infiltrating macrophages in antibody-mediated rejection after kidney transplantation
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27865
PMID:38524599
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析,揭示了肾移植后抗体介导排斥反应中M1样浸润巨噬细胞的作用 | 首次详细描述了肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的亚群及其在病理和预后中的作用 | 研究主要基于已有的数据库和临床数据,未涉及前瞻性临床试验 | 探讨肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的表型、起源和机制 | 肾移植后抗体介导排斥反应中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 五份肾移植后活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 389 | 2024-08-04 |
Dynamic video recognition for cell-encapsulating microfluidic droplets
2024-Mar-25, The Analyst
DOI:10.1039/d4an00022f
PMID:38441128
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研究论文 | 本研究探讨了在微流体液滴视频识别中应用弱监督细胞计数网络的软件 | 提出了一种实时视频处理方法,能够在没有监督位置信息的情况下准确定位液滴和被包覆的细胞,并显著减少标注工作量 | 未提及研究的具体限制 | 优化液滴微流控技术中的质量控制,并提高基于视频识别的细胞包覆评估 | 主要研究不同微流体结构中包覆六种类型细胞/珠子的液滴 | 数字病理学 | NA | 弱监督细胞计数网络 | NA | 视频 | 六种类型的细胞/珠子液滴 | NA | NA | NA | NA |
| 390 | 2024-08-04 |
Dynamic YAP expression in the non-parenchymal liver cell compartment controls heterologous cell communication
2024-Mar-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05126-1
PMID:38436764
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研究论文 | 该文章探讨了YAP和TAZ在小鼠非实质性肝细胞中的动态表达如何控制细胞间的通信。 | 提出了一种新的机制,说明YAP如何通过影响非实质性细胞的细胞间通信来促进炎症。 | 研究主要集中在小鼠模型,结果是否适用于人类尚不清楚 | 研究YAP和TAZ的失活对肝细胞特征和细胞间通信的影响 | 使用了专门缺失YAP和TAZ的小鼠模型进行观察 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 免疫组化,单细胞测序,蛋白质组学 | NA | 组织样本,血清 | YAPKO和DKO小鼠,具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 391 | 2024-08-07 |
Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer
2024-Mar-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46912-6
PMID:38519500
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了头颈部鳞状细胞癌在不同阶段的肿瘤生态系统进展轨迹 | 首次揭示了恶性上皮细胞的转录发育轨迹及由TFDP1调控的肿瘤生成上皮亚群,并发现了POSTN纤维母细胞和SPP1巨噬细胞在肿瘤进展中的浸润增加及其与恶性细胞的相互作用增强 | NA | 旨在更好地表征头颈部鳞状细胞癌的肿瘤进展轨迹 | 头颈部鳞状细胞癌的正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种组织样本,包括正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织 | NA | NA | NA | NA |
| 392 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis identifies a tumor immune microenvironment-related lncRNA signature in lung adenocarcinoma
2024-Mar-22, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01866-5
PMID:38519942
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,识别出与肺腺癌肿瘤免疫微环境相关的长非编码RNA(lncRNA)特征 | 首次开发了一种基于肿瘤免疫微环境相关lncRNA的特征(TRLS),该特征在预测肺腺癌患者总体生存方面表现出色,并显示出对免疫治疗的敏感性 | NA | 开发一种新的工具,用于肺腺癌患者的个性化治疗和预后管理 | 肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境相关的lncRNA | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | 机器学习框架 | RNA测序数据 | 1368名肺腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 393 | 2024-08-07 |
Involvement of TGFBI-TAGLN axis in cancer stem cell property of head and neck squamous cell carcinoma
2024-03-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-57478-0
PMID:38514830
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研究论文 | 本研究探讨了TGFBI在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中的作用及其通过TAGLN轴促进癌症干细胞特性的机制 | 首次揭示了TGFBI通过上调TAGLN促进HNSCC中癌症干细胞特性的新机制 | NA | 阐明TGFBI对HNSCC细胞恶性行为的影响 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)细胞 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用TCGA数据库中的RNA测序数据进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 394 | 2024-08-04 |
Transcriptomic changes associated with oral immunotherapy for food allergy
2024-Mar, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology
IF:4.3Q1
DOI:10.1111/pai.14106
PMID:38520061
|
综述 | 这篇综述总结了与口服免疫疗法相关的转录通路的最新进展 | 采用单细胞测序等技术,提供了对口服免疫疗法后基因表达变化的新见解 | 对长期和明确临床结果相关的免疫特征的研究仍然不足 | 研究口服免疫疗法后免疫机制的转录变化 | 关注过敏性食物患者在接受口服免疫疗法后的基因表达变化 | 数字病理学 | 食物过敏 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 395 | 2024-08-04 |
Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis
2024-Mar-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754
PMID:38428147
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞 | 识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因,提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点 | 本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰,针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议 | 探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因 | 本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA-seq和总体RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 396 | 2024-08-07 |
Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer
2024-Mar-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696
PMID:38412672
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研究论文 | 本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂(ICBs)联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效,并发现与主要病理反应(MPR)相关的免疫预测因子。 | 本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。 | 研究为回顾性分析,样本量相对较小,且仅限于特定时间段内的患者。 | 研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。 | 局部晚期食管癌患者。 | 免疫学 | 食管癌 | Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光 | NA | RNA序列数据, 免疫荧光图像 | 76名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 397 | 2024-08-04 |
eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings
2024-Mar-15, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05724-7
PMID:38486150
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研究论文 | 本文介绍了eSVD-DE,一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法 | 提出了一种新的矩阵分解方法,能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试 | 在较大的数据集中,可能仍然存在一些人类变异的影响 | 旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因 | 对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次模型 | 基因表达数据 | 使用了多个生物系统的已发布数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 398 | 2024-08-07 |
Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes
2024-Mar-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25053071
PMID:38474316
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据,研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达 | 首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式,并发现S3段是果糖重吸收的主要部位 | 研究仅基于公开数据库的数据,未进行实验验证 | 探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式 | 大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 399 | 2024-08-04 |
eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings
2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568369
PMID:38045428
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研究论文 | 本文提出了一种新方法eSVD-DE,用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因 | eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息,并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异 | 本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战 | 旨在开发一套新方法,分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因 | 研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次模型 | 基因表达数据 | 多个生物系统的已发布数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 400 | 2024-08-07 |
The pelvic organs receive no parasympathetic innervation
2024-Mar-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.91576
PMID:38488657
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research paper | 本研究使用单细胞RNA测序技术,发现小鼠盆腔神经节由四种不同于交感和副交感神经元的神经元组成,这些神经元与交感神经元有亲缘关系,但不与副交感神经元相关。研究还表明,脊髓腰段节前神经元在盆腔神经节中与去甲肾上腺素能和胆碱能细胞形成突触,这两种细胞均作为交感神经的传递介质。因此,盆腔器官不接受来自副交感或典型交感神经元的神经支配,而是接受来自交感神经链末端分支的神经支配,负责其特有的功能。 | 本研究首次揭示了盆腔神经节中的神经元类型及其与交感和副交感神经元的关系,并证明了盆腔器官不接受副交感神经的神经支配。 | NA | 探讨盆腔器官的自主神经支配机制 | 小鼠盆腔神经节中的神经元类型及其功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |