单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 535 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad017
PMID:37208992
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研究论文 | 提出一种基于深度信息融合的单细胞RNA-seq数据聚类方法scDeepFC | 通过深度信息融合网络同时利用基因属性信息和细胞拓扑结构，结合ZINB模型处理dropout事件 | NA | 解决单细胞转录组数据聚类和插补的计算挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 深度自编码器, 图卷积网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad025
PMID:37340787
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和全基因组关联分析数据，识别与甲型流感病毒感染和COVID-19相关的显著细胞类型 | 首次将流感GWAS数据与scRNA-seq数据整合分析，识别不同人群中的疾病相关细胞类型 | 需要更多后续研究的关注和验证 | 揭示与流感疾病相关的细胞类型，为理解发病机制提供线索 | 甲型流感病毒和COVID-19 | 生物信息学 | 呼吸道传染病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | RolyPoly, LDSC-cts | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 约70,000个细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae207
PMID:38701411
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研究论文 | 基于对抗学习从基因表达数据中识别有效的乳腺癌干细胞分化诱导剂 | 开发了一种基于对抗学习的深度神经网络模型，能够有效消除不同数据域间的特异性偏差 | 仅基于转录组学数据，未考虑其他分子层面的信息 | 识别能够诱导乳腺癌干细胞分化的小分子化合物 | 乳腺癌干细胞(MDA-MB-231和MCF7细胞系) | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络, 对抗学习 | 基因表达数据 | 来自未处理人诱导多能干细胞不同分化阶段的公开单细胞RNA-Seq数据，以及LINCS数据库中的药物诱导基因表达谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae204
PMID:38701412
|
研究论文 | 提出了一种基于对比学习的降维模型scCRT，用于单细胞RNA测序数据的轨迹推断 | 整合了细胞级成对模块和集群级对比模块，充分利用上游分析的先验信息学习准确的细胞表示 | NA | 开发专门用于单细胞RNA测序轨迹推断的降维方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习降维模型 | 基因表达数据 | 54个真实数据集和81个合成数据集，总计135个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae203
PMID:38701413
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研究论文 | 提出一种基于高阶元素加权策略的单细胞RNA测序数据集成聚类方法scEWE | 提出高阶元素加权策略，为单个细胞分配不同的基聚类权重，并提取细胞间的高阶信息增强相似性关系表示能力 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的异质性分析性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习框架 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-06 |
Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae216
PMID:38725155
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研究论文 | 开发了一个名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据是否适合轨迹推断并量化分析决策对轨迹属性的影响 | 提出了首个通过数据驱动评估来指导单细胞轨迹分析决策选择的框架，减少了方法选择的不确定性 | NA | 解决单细胞RNA测序轨迹推断中分析方法选择的不确定性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs)
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae230
PMID:38739758
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞早期神经元发育过程中的差异表达基因及其调控网络 | 首次在人类胚胎干细胞神经元分化过程中系统识别了539个差异表达基因，并构建了包含转录因子和miRNA的基因调控网络 | 研究仅基于体外培养的干细胞分化模型，未验证在体内环境中的适用性 | 阐明早期人类大脑发育的分子机制和转录调控动态 | 人类胚胎干细胞(hESCs)及其分化至神经元的细胞 | 单细胞组学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胚胎干细胞分化第26天和第54天的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 28 | 2025-10-06 |
Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae233
PMID:38770716
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研究论文 | 提出一种名为EMOGEA的RNA-seq数据分析框架，专门用于处理时序RNA-seq数据和低计数基因表达分析 | 开发了能够整合测量不确定性的分析框架，特别适用于监测动态现象，并能处理低计数转录本和小倍数变化的基因表达 | NA | 改进时序RNA-seq数据的分析方法，提高对动态基因调控过程的理解 | 时序RNA-seq数据，包括斑马鱼胚胎发育和小鼠植入前胚胎的单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | EMOGEA框架 | RNA-seq数据，单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2025-10-06 |
Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae202
PMID:38706319
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研究论文 | 提出一种名为IGAN的新方法，通过空间相邻细胞间的基因关联网络推断细胞间通讯及其上下游通路 | 首次实现估计两个特定空间相邻单细胞间的基因关联网络，并构建全景细胞互作-通路图谱 | NA | 开发能够探索细胞间通讯上下游通路的新计算方法 | 空间相邻的单个细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 基因关联网络 | 空间转录组数据 | 多个公共数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae209
PMID:38706317
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研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据插值的双层特征传播方法 | 开发了scBFP方法，通过两步图特征传播同时利用基因-基因和细胞-细胞关系，避免影响非零值并减少噪声传播 | 未明确说明方法在极端稀疏数据或特定细胞类型中的性能限制 | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声、丢失事件和稀疏性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图特征传播 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
Targeting HIV persistence in the tissue
2024-03-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000836
PMID:38169333
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综述 | 探讨HIV在人体组织中持久存在的机制及靶向清除策略 | 提出针对不同组织微环境的HIV储存库靶向治疗新思路，整合单细胞测序等前沿技术 | 组织特异性潜伏机制复杂，缺乏统一有效的清除策略 | 研究HIV在组织储存库中的持久性机制和清除方法 | HIV感染者的淋巴组织、滤泡辅助T细胞、CD4+T细胞和组织巨噬细胞 | 传染病学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选, mRNA技术, 组织类器官 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 32 | 2025-10-06 |
Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade
2024-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957
PMID:37851052
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和多重免疫组化分析，揭示了默克尔细胞癌中免疫抑制性髓系细胞的特性及其与PD-1阻断治疗耐药性的关联 | 首次在默克尔细胞癌中系统鉴定肿瘤相关巨噬细胞为主要的髓系细胞成分，并发现其表达免疫抑制基因特征和可靶向的免疫检查点分子 | 样本量相对有限，空间相互作用分析未发现与治疗反应的明确关联 | 探究默克尔细胞癌中髓系细胞的免疫抑制特性及其对PD-1阻断治疗反应的影响 | 默克尔细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 默克尔细胞癌 | 单细胞转录组学, 多重免疫组化染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 9例患者用于单细胞分析，54例患者用于免疫组化分析 | NA | 单细胞RNA测序, 空间分析 | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST
2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae186
PMID:38579257
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研究论文 | 介绍了一种名为RegionalST的计算方法，用于分析空间转录组数据中的区域内异质性 | 首次实现了跨区域细胞类型特异性差异分析，能够量化细胞类型混合和相互作用，识别感兴趣的子区域 | 当前空间转录组技术的空间分辨率有限 | 开发计算工具以探索组织异质性，特别是肿瘤内异质性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Patient Myeloid-Derived Suppressor Cells and the Response to Inhibition of Bruton's Tyrosine Kinase
2024-03-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0572
PMID:38015751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析患者髓源性抑制细胞对布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂的基因表达响应 | 首次在患者MDSC中应用单细胞RNA测序技术分析BTK抑制剂伊布替尼的基因调控作用 | 样本量有限，仅包含乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞癌患者，体外处理时间较短（4小时） | 研究BTK抑制剂对癌症患者髓源性抑制细胞基因表达的影响 | 癌症患者（乳腺癌、黑色素瘤、头颈鳞癌）的髓源性抑制细胞 | 单细胞基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选 | Seurat v4标准整合工作流程 | 单细胞基因表达数据 | 来自乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞癌患者的MDSC样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium | Chromium 10× Genomics平台 |
| 35 | 2025-10-06 |
Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation
2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937
PMID:38269588
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研究论文 | 本研究探讨脂蛋白(a)上富集的甘油二酯和溶血磷脂酸对单核细胞炎症反应的贡献 | 首次发现脂蛋白(a)上富集的特定甘油二酯亚型能通过NLRP3炎症小体途径促进单核细胞炎症反应 | 样本量较小(低脂蛋白(a)组13例，高脂蛋白(a)组12例)，且为体外实验需要进一步体内验证 | 探究脂蛋白(a)中除氧化磷脂外的其他促炎脂质介质 | 人类单核细胞和动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 心血管研究 | 心血管疾病 | 非靶向脂质组学,RNA测序,ELISA,Western blot,跨内皮迁移实验,免疫荧光染色,单细胞RNA测序 | NA | 脂质组学数据,基因表达数据,蛋白质数据,细胞功能数据 | 25名受试者(13名低脂蛋白(a),12名高脂蛋白(a))加上动脉粥样硬化斑块患者 | NA | 单细胞RNA测序,脂质组学 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
Bioengineered hydrogels enhance ex vivo preservation of patient-derived tumor explants for drug evaluation
2024-03, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究开发了一种生物工程水凝胶系统，可显著延长患者来源肿瘤切片在体外的存活时间并保持肿瘤微环境完整性 | 首次利用生物工程水凝胶确定关键基质参数，显著增强患者来源肿瘤切片的体外存活能力，并保持肿瘤微环境的细胞组成和细胞间通讯网络 | NA | 开发改进的患者来源肿瘤切片体外培养系统，用于药物评估 | 头颈癌患者的肿瘤组织切片 | 数字病理 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, 高维流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.22.586316
PMID:38585776
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析系统性硬化症3D皮肤模型中的成纤维细胞亚群 | 首次在自组装人类皮肤等效物中通过单细胞多组学分析揭示CREB1/EGR1轴在系统性硬化症成纤维细胞表观遗传失调中的作用 | 研究基于体外3D皮肤模型，可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究系统性硬化症皮肤纤维化的单细胞表观遗传机制 | 系统性硬化症患者和健康对照的自体成纤维细胞、巨噬细胞和血浆构建的3D皮肤组织 | 单细胞多组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 3D皮肤等效物模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 系统性硬化症患者和健康对照捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 38 | 2025-10-06 |
Inositol phosphatase INPP4B sustains ILC1s and intratumoral NK cells through an AKT-driven pathway
2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230124
PMID:38197946
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现INPP4B是组织驻留ILC1和肿瘤内NK细胞的标志性特征，并揭示其通过AKT通路维持这些细胞稳态和抗肿瘤功能 | 首次鉴定INPP4B作为组织驻留ILC1和肿瘤内NK细胞的新型调节因子，揭示其通过AKT驱动的生存通路发挥作用 | 研究主要关注稳态和肿瘤环境，其他病理状态下INPP4B的功能尚未探索 | 探究INPP4B在先天淋巴细胞亚群特别是ILC1和NK细胞中的功能作用 | 先天淋巴细胞（ILC）、自然杀伤细胞（NK）、1型先天淋巴细胞（ILC1） | 免疫学 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-06 |
Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells
2024-Mar-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46428-z
PMID:38467611
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研究论文 | 通过单细胞RNA-seq分析揭示细胞间通讯对视网膜神经节细胞存活的影响，并发现Oprm1的神经保护作用 | 首次从细胞间通讯角度研究视网膜神经节细胞存活机制，发现高存活RGCs具有更多配体-受体相互作用，并验证Oprm1的神经保护功能 | 研究主要聚焦于视网膜细胞，尚未在其他神经系统中验证Oprm1的普适性神经保护作用 | 探索细胞间通讯对视网膜神经节细胞在视神经损伤后存活的贡献 | 视网膜神经节细胞及其与星形胶质细胞、Müller胶质细胞的相互作用 | 单细胞转录组学 | 视网膜神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个视网膜损伤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 40 | 2025-10-06 |
An organism-wide atlas of hormonal signaling based on the mouse lemur single-cell transcriptome
2024-Mar-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46070-9
PMID:38467625
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研究论文 | 基于小鼠狐猴单细胞转录组构建了全生物体范围的激素信号图谱 | 首次利用非人灵长类动物全生物体单细胞转录组图谱系统绘制了84类激素的源细胞和靶细胞 | 研究局限于小鼠狐猴这一特定物种，需要进一步验证在人类中的适用性 | 系统绘制激素信号网络并研究其进化特征 | 小鼠狐猴(Microcebus murinus)的全生物体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 全生物体范围的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |