单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 534 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2026-08-01 |
scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae188
PMID:38678389
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研究论文 | 提出了一种通用的细胞类型鉴定框架scBOL，用于单细胞和空间转录组数据，通过二部原型对齐实现已知和新型细胞类型的注释。 | 首次提出通用细胞类型鉴定任务，采用端到端的二部原型对齐算法，结合语义感知的原型学习，同时处理已知和新型细胞类型，并能适应多种基础模型生成的特征。 | 未提及具体局限性，但可能受限于参考数据的质量、计算复杂度以及在不同平台上的泛化能力。 | 开发一种通用的细胞类型鉴定方法，能够同时注释单细胞转录组数据（包括空间和非空间）中的已知及新型细胞类型。 | 单细胞转录组数据和空间转录组数据中的细胞。 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | 自编码器、图卷积网络 | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | NA | NA |
| 22 | 2026-08-01 |
stDiff: a diffusion model for imputing spatial transcriptomics through single-cell transcriptomics
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae171
PMID:38628114
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研究论文 | 介绍stDiff，一种利用单细胞转录组数据中基因表达丰度关系来增强空间转录组数据的条件扩散模型 | 创新性地利用scRNA-seq数据中基因表达丰度之间的关系，而非直接的细胞相似性，来增强空间转录组数据，并通过两个马尔可夫过程（加噪和去噪）实现 | 未在摘要中提及具体局限性 | 提升空间转录组学的数据质量，特别是在成像方法受限于基因数量和检测灵敏度的情况下，增强细胞群体识别和空间表达模式重建 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 条件扩散模型 | 基因表达数据 | 16个数据集 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 23 | 2026-08-01 |
Attention-guided variational graph autoencoders reveal heterogeneity in spatial transcriptomics
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae173
PMID:38627939
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研究论文 | 本研究提出了一种名为AttentionVGAE（AVGN）的模型，整合切片图像、空间信息和原始基因表达数据，通过变分图自编码器与多头注意力块结合，以改进空间转录组学中组织空间域的识别和聚类性能 | 引入多头注意力块到变分图自编码器中，自适应关注关键特征并减少对聚类数先验知识的需求，同时平衡局部和全局结构关注度，这是当前图神经网络未广泛解决的方面 | 信息不足，未提供明确的局限性说明 | 改进空间转录组学中空间域的精确识别，并揭示组织微环境中的基因表达模式异质性 | 空间转录组学数据，包括切片图像、空间信息和基因表达数据 | 机器学习 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 变分图自编码器、多头注意力网络 | 图像（切片图像）、基因表达数据、空间信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 24 | 2026-08-01 |
Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae180
PMID:38653489
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研究论文 | 介绍scGATE，一种利用单细胞RNA测序数据推断转录因子-基因相互作用网络和重建布尔逻辑门的新型计算工具，并通过单细胞多组学数据验证其性能。 | scGATE采用贝叶斯框架，在模型拟合后推断布尔规则，无需对每个布尔规则单独制定和计算似然，显著降低基于逻辑研究的时间复杂度。 | 摘要中未提及明确局限性，可能包括计算复杂性或数据依赖性方面的潜在限制。 | 开发一种高效的计算工具，从单细胞RNA测序数据中推断上下文特异的基因调控网络和转录因子间的布尔逻辑关系。 | 合成数据以及来自小鼠组织和人类血液的真实的单细胞多组学数据。 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、TF DNA结合基序分析 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 未具体说明样本数量 | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 不适用 | 不适用 |
| 25 | 2026-08-01 |
Topological and geometric analysis of cell states in single-cell transcriptomic data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae176
PMID:38632952
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研究论文 | 介绍scGeom工具，利用曲率和持续同调分析单细胞转录组数据中的多尺度、多维结构，以识别转变细胞和评估细胞分化潜力 | 首次将拓扑和几何分析（持续同调与曲率）应用于单细胞转录组数据的细胞网络和基因网络，揭示高阶结构特征，用于指示转变细胞和分化潜能，并提升细胞类型分类 | 未提及 | 开发基于拓扑和几何分析的工具（scGeom），以更全面利用单细胞RNA测序数据中的复杂高维结构，改进细胞状态识别和分类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态和细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞表达数据 | 未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2026-07-10 |
Intermittent fasting promotes type 3 innate lymphoid cells secreting IL-22 contributing to the beigeing of white adipose tissue
2024-03-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.91060
PMID:38536726
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研究论文 | 间歇性禁食通过促进3型先天淋巴细胞分泌IL-22从而诱导白色脂肪组织褐变 | 首次揭示肠道3型先天淋巴细胞在间歇性禁食诱导白色脂肪组织褐变中的关键作用，阐明了ILC3/IL-22/IL-22R信号轴参与间歇性禁食代谢益处的机制 | 尚未明确间歇性禁食如何具体调节ILC3细胞的芳香烃受体信号通路，以及树突状细胞和巨噬细胞与ILC3相互作用的详细分子机制 | 探究间歇性禁食促进白色脂肪组织褐变的细胞和分子机制 | 饮食诱导肥胖小鼠模型及肠道免疫细胞 | NA | 代谢性疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 饮食诱导肥胖小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 对分选的肠道免疫细胞进行单细胞测序 |
| 27 | 2026-07-07 |
scNovel: a scalable deep learning-based network for novel rare cell discovery in single-cell transcriptomics
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae112
PMID:38555470
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研究论文 | 提出了scNovel，一个基于深度学习的可扩展神经网络，用于单细胞转录组学中发现新型稀有细胞 | 首次专门针对单细胞转录组中的新型稀有细胞发现设计深度学习网络，在AUROC性能上显著优于现有最优模型（平均AUROC超过94%，比第二好方法高16.26%） | 未明确说明局限性 | 开发一种可自动发现单细胞转录组中新型稀有细胞类型的方法 | 不同规模、协议和不平衡程度的单细胞转录组数据集，以及临床COVID-19数据集 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 深度学习神经网络 | 单细胞转录组数据 | 多种数据集，包括百万级规模的数据集及临床COVID-19数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2026-07-07 |
PANoptosis, an indicator of COVID-19 severity and outcomes
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae124
PMID:38555477
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研究论文 | 通过生物信息学分析探索PANoptosis作为COVID-19严重程度和预后指标的潜力 | 首次将PANoptosis作为COVID-19严重程度和预后的生物标志物，并揭示其与炎症性单核细胞的关系及地塞米松的缓解机制 | 需要进一步研究阐明PANoptosis调控COVID-19免疫反应和预后的确切过程 | 探索PANoptosis作为COVID-19严重程度指标的可能性 | COVID-19患者支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞中的PANoptosis程度 | 机器学习 | 新冠病毒病 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 在线单细胞RNA测序和批量RNA测序公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 29 | 2026-07-07 |
SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information-aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae130
PMID:38557675
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研究论文 | 提出深度图共嵌入框架SpatialcoGCN，用于空间转录组数据的去卷积和空间信息模拟 | 首次将深度图共嵌入框架应用于空间转录组数据的细胞类型去卷积和缺失转录本空间分布恢复，并基于此开发了空间信息感知的模拟方法SpatialcoGCN-Sim | 未提及 | 提高空间转录组数据的空间分辨率和检测转录本数量，开发高效的数据去卷积和模拟工具 | 空间转录组数据和单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | 导管原位癌（人类） | 空间转录组学 | 图卷积网络（GCN） | 基因表达数据 | 模拟数据集、人类导管原位癌、发育中人类心脏和小鼠大脑的真实空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 30 | 2026-07-07 |
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae152
PMID:38581422
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研究论文 | 提出了一种基于混合图神经网络的细胞类型注释方法HyGAnno，用于单细胞ATAC测序数据的细胞类型标注 | 利用全基因组可及性峰特征而非仅基因表达或基因活性特征，并通过并行图神经网络在半监督方式下实现scRNA-seq参考到scATAC-seq目标的细胞类型信息转移；重建参考-目标细胞图以检测低预测可靠性的细胞 | 未在文中明确说明局限性 | 解决单细胞ATAC-seq数据因极端稀疏性和染色质可及性不一致导致的细胞类型注释不准确问题 | 单细胞ATAC-seq数据中的细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞ATAC测序 | 图神经网络 | 单细胞ATAC-seq数据及scRNA-seq参考数据 | 多种数据集评估 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 31 | 2026-06-30 |
scRNA-Seq: First Atlas and Cellular Landscape of Lacrimal Sac: Implications in Primary Acquired Nasolacrimal Duct Obstruction Pathogenesis
2024-03-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.3.38
PMID:38551583
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建泪囊首次细胞图谱，揭示原发性获得性鼻泪管阻塞发病机制中的细胞转录变化 | 首次构建泪囊细胞图谱，阐明PANDO不同炎症阶段T细胞、B细胞和上皮细胞的转录变化及细胞间信号网络 | 样本量较小（仅5例患者），可能未完全覆盖疾病异质性 | 阐明原发性获得性鼻泪管阻塞发病机制中的细胞转录变化和潜在驱动因素 | 泪囊组织中的上皮细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 原发性获得性鼻泪管阻塞 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5例患者的泪囊样本，共25,791个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 32 | 2026-06-30 |
Mutual Regulation of Transcriptomes between Murine Pneumocytes and Fibroblasts Mediates Alveolar Regeneration in Air-Liquid Interface Cultures
2024-03, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0078OC
PMID:38051640
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研究论文 | 通过气液界面共培养模型，研究鼠肺上皮细胞与成纤维细胞之间的转录组相互调控，揭示肺泡再生机制 | 利用单细胞转录组学首次揭示共培养中成纤维细胞促进肺泡2型细胞标志物表达、Etv5调控子激活及Club细胞向肺泡细胞转分化，并发现NF-κB通路和IL-6在成纤维细胞中上调 | 基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂微环境；未涉及体内验证 | 理解成纤维细胞与肺上皮细胞在肺泡再生过程中的相互作用机制 | 小鼠肺上皮细胞（肺泡2型细胞和Club细胞）与成纤维细胞 | 单细胞转录组学 | 慢性肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量（小鼠气液界面培养模型） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2026-06-30 |
Predicting Radiation-Induced Lung Injury in Patients With Lung Cancer: Challenges and Opportunities
2024-03-01, International journal of radiation oncology, biology, physics
DOI:10.1016/j.ijrobp.2023.10.044
PMID:37924986
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综述 | 探讨预测肺癌患者放射性肺损伤的挑战与机遇 | 结合细胞因子评估、γH2AX检测、表观遗传标记以及CT密度测定、FDG-PET摄取等工具，提出通过组学技术、单细胞RNA测序等新技术加速生物标志物发现，实现个性化治疗决策 | 缺乏对放射性肺损伤的客观定义，且其发生机制尚不完全清楚 | 探讨肺癌放疗中放射性肺损伤的预测方法及其临床应用的挑战与前景 | 肺癌患者放射性肺损伤的预测 | 机器学习 | 肺癌 | NA | NA | NA | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序 |
| 34 | 2026-06-29 |
Decoding the Cell Atlas and Inflammatory Features of Human Intracranial Aneurysm Wall by Single-Cell RNA Sequencing
2024-03-05, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.123.032456
PMID:38390814
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解码人颅内动脉瘤壁的细胞图谱和炎症特征 | 首次在颅内动脉瘤穹顶中鉴定出由ABCC9和HIGD1B标记的周细胞，并利用机器学习算法发现巨噬细胞与动脉瘤破裂的稳健关联，且不依赖于其极化状态 | 未提及明确的局限性 | 阐明颅内动脉瘤穹顶的细胞结构和炎症特征 | 破裂和未破裂的人颅内动脉瘤穹顶样本 | 数字病理学, 自然语言处理 | 颅内动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 21332个合格细胞，来自破裂和未破裂颅内动脉瘤穹顶；另外收集了126名患者的血清学结果和两个外部批量mRNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2026-06-29 |
Can uric acid affect the immune microenvironment in bladder cancer? A single-center multi-omics study
2024-03, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.23664
PMID:38018692
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研究论文 | 通过一项单中心多组学研究，探讨尿酸如何影响膀胱癌的免疫微环境 | 首次揭示尿酸作为独立预后生物标志物与膀胱癌免疫治疗反应不良相关，并通过单细胞测序等多组学分析阐明其机制 | 单中心回顾性研究，样本量有限（39例PD-1治疗患者、169例根治性膀胱切除术患者） | 研究尿酸对膀胱癌免疫微环境的影响及其作为预后生物标志物的潜力 | 膀胱癌患者及高尿酸血症小鼠模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序 | NA | 多组学数据（包括单细胞测序数据） | 39例PD-1治疗患者和169例根治性膀胱切除术患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2026-06-26 |
Liver-restricted Type I IFN Signature Precedes Liver Damage in Chronic Hepatitis B Patients Stopping Antiviral Therapy
2024-03-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300569
PMID:38294274
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研究论文 | 本研究通过纵向采样慢性乙型肝炎患者停止抗病毒治疗后的肝脏样本，发现肝脏限制性I型干扰素信号在肝损伤之前出现，并揭示了先天免疫激活先于临床显著肝损伤的早期免疫触发机制 | 首次在停止抗病毒治疗的慢性乙肝患者中捕获肝损伤前的早期免疫事件，发现肝脏特异性I型干扰素信号和MIF因子是旁观者淋巴细胞活化的最早免疫触发因子 | 未明确说明 | 阐明慢性乙型肝炎患者停止抗病毒治疗后肝损伤发生前的早期免疫激活机制 | 慢性乙型肝炎患者停止抗病毒治疗后的肝脏和血液样本 | 数字病理学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 测序数据, 流式数据 | 纵向采样的慢性乙型肝炎患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 37 | 2026-06-26 |
Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus
2024-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176556
PMID:38456511
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研究论文 | 系统性红斑狼疮患者对BNT162b2 SARS-CoV-2疫苗的先天性和适应性免疫反应受损 | 首次全面比较系统性红斑狼疮患者与健康对照者对BNT162b2 mRNA疫苗的先天性和适应性免疫反应，发现免疫抑制治疗与未治疗患者均存在T细胞反应受损，并揭示疫苗诱导的单核细胞群体减少 | 样本量较小（19例SLE患者和56例健康对照），且未评估长期免疫持久性 | 评估系统性红斑狼疮患者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫反应，优化自身免疫疾病患者的疫苗接种策略 | 系统性红斑狼疮患者和健康志愿者 | 机器学习和生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，临床样本数据 | 19例系统性红斑狼疮患者和56例健康对照 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于分析外周血单个核细胞 |
| 38 | 2026-06-26 |
A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis
2024-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.175053
PMID:38290089
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研究论文 | 通过构建Son单倍剂量不足的小鼠模型，揭示SON基因在器官发育和造血过程中的重要作用 | 首次通过小鼠模型系统研究SON单倍剂量不足导致的ZTTK综合征的临床症状，并利用单细胞转录组分析揭示造血异常机制 | 未提及具体局限性，可能缺乏对人类患者与小鼠模型差异的全面比较 | 建立ZTTK综合征的小鼠模型并探索SON基因在器官发育和造血中的功能 | Son单倍剂量不足小鼠（Son+/-）及其造血干细胞和祖细胞 | 机器学习和转录组分析 | ZTTK综合征（罕见遗传病） | RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | Son+/-小鼠及对照组，具体数量未在摘要中说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 39 | 2026-06-17 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2024-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3997426/v1
PMID:38496447
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组和功能实验，研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康与恶性黏膜上皮中的表达，揭示分化信号通过GRHL3诱导APOBEC3A表达及其在鳞状细胞癌中的突变机制 | 首次发现APOBEC3A主要在终末分化细胞中表达，需GRHL3调控；在鳞状细胞癌中，APOBEC3A表达扩展到DNA复制的细胞亚群，与APOBEC3B在增殖细胞中的表达共同驱动突变 | 未提供具体局限性信息 | 阐明APOBEC3A和APOBEC3B在正常组织和鳞状细胞癌中的表达模式及调控机制 | 健康与恶性黏膜上皮组织中的角质形成细胞及鳞状细胞癌细胞 | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 40 | 2026-06-17 |
Empagliflozin attenuates inflammation levels in autoimmune myocarditis through the STAT3 pathway and macrophage phenotype transformation
2024-03, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.02.006
PMID:38354482
|
研究论文 | 探究恩格列净通过STAT3通路和巨噬细胞表型转化减轻自身免疫性心肌炎炎症水平的作用及机制 | 首次揭示SGLT-2抑制剂恩格列净通过STAT3通路调节巨噬细胞M2表型转化从而减轻自身免疫性心肌炎炎症 | NA | 研究SGLT-2抑制剂恩格列净对自身免疫性心肌炎的抗炎作用及其分子机制 | 实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型及巨噬细胞 | 机器学习和数字病理学 | 自身免疫性心肌炎 | 单细胞测序、Western blot、ELISA、免疫荧光染色、逆转录聚合酶链反应 | NA | 基因表达数据、图像数据 | EAM小鼠模型（具体数量未提及）及单细胞测序数据（第0天和第21天） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | Genomic Spatial Event 142564数据集 |