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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae202
PMID:38706319
|
研究论文 | 提出一种名为IGAN的新方法,通过空间相邻细胞间的基因关联网络推断细胞间通讯及其上下游通路 | 首次实现估计两个特定空间相邻单细胞间的基因关联网络,并构建全景细胞互作-通路图谱 | NA | 开发能够探索细胞间通讯上下游通路的新计算方法 | 空间相邻的单个细胞 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 基因关联网络 | 空间转录组数据 | 多个公共数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae209
PMID:38706317
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据插值的双层特征传播方法 | 开发了scBFP方法,通过两步图特征传播同时利用基因-基因和细胞-细胞关系,避免影响非零值并减少噪声传播 | 未明确说明方法在极端稀疏数据或特定细胞类型中的性能限制 | 解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声、丢失事件和稀疏性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图特征传播 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice
2024-Mar, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894
PMID:38311286
|
研究论文 | 本研究探讨了Jagged1在肥胖小鼠胰岛Notch信号激活和胰岛素分泌缺陷中的作用 | 首次证明β细胞Jagged1足以但非必要引起肥胖小鼠的胰岛Notch活性和胰岛素分泌缺陷 | 遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源,机制仍需进一步阐明 | 研究Jagged1在肥胖诱导的β细胞功能障碍中的作用机制 | 高脂饮食喂养小鼠、瘦素受体缺陷小鼠、2型糖尿病患者胰岛 | 分子生物学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序, 葡萄糖耐量测试, 葡萄糖刺激胰岛素分泌测定 | 转基因小鼠模型, 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 生理功能数据 | 多种小鼠模型和人类胰岛样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
Targeting HIV persistence in the tissue
2024-03-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000836
PMID:38169333
|
综述 | 探讨HIV在人体组织中持久存在的机制及靶向清除策略 | 提出针对不同组织微环境的HIV储存库靶向治疗新思路,整合单细胞测序等前沿技术 | 组织特异性潜伏机制复杂,缺乏统一有效的清除策略 | 研究HIV在组织储存库中的持久性机制和清除方法 | HIV感染者的淋巴组织、滤泡辅助T细胞、CD4+T细胞和组织巨噬细胞 | 传染病学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选, mRNA技术, 组织类器官 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade
2024-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957
PMID:37851052
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和多重免疫组化分析,揭示了默克尔细胞癌中免疫抑制性髓系细胞的特性及其与PD-1阻断治疗耐药性的关联 | 首次在默克尔细胞癌中系统鉴定肿瘤相关巨噬细胞为主要的髓系细胞成分,并发现其表达免疫抑制基因特征和可靶向的免疫检查点分子 | 样本量相对有限,空间相互作用分析未发现与治疗反应的明确关联 | 探究默克尔细胞癌中髓系细胞的免疫抑制特性及其对PD-1阻断治疗反应的影响 | 默克尔细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 默克尔细胞癌 | 单细胞转录组学, 多重免疫组化染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 9例患者用于单细胞分析,54例患者用于免疫组化分析 | NA | 单细胞RNA测序, 空间分析 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-06 |
Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST
2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae186
PMID:38579257
|
研究论文 | 介绍了一种名为RegionalST的计算方法,用于分析空间转录组数据中的区域内异质性 | 首次实现了跨区域细胞类型特异性差异分析,能够量化细胞类型混合和相互作用,识别感兴趣的子区域 | 当前空间转录组技术的空间分辨率有限 | 开发计算工具以探索组织异质性,特别是肿瘤内异质性 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 27 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Patient Myeloid-Derived Suppressor Cells and the Response to Inhibition of Bruton's Tyrosine Kinase
2024-03-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0572
PMID:38015751
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析患者髓源性抑制细胞对布鲁顿酪氨酸激酶抑制剂的基因表达响应 | 首次在患者MDSC中应用单细胞RNA测序技术分析BTK抑制剂伊布替尼的基因调控作用 | 样本量有限,仅包含乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞癌患者,体外处理时间较短(4小时) | 研究BTK抑制剂对癌症患者髓源性抑制细胞基因表达的影响 | 癌症患者(乳腺癌、黑色素瘤、头颈鳞癌)的髓源性抑制细胞 | 单细胞基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,荧光激活细胞分选 | Seurat v4标准整合工作流程 | 单细胞基因表达数据 | 来自乳腺癌、黑色素瘤和头颈鳞癌患者的MDSC样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | Chromium | Chromium 10× Genomics平台 |
| 28 | 2025-10-06 |
Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation
2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937
PMID:38269588
|
研究论文 | 本研究探讨脂蛋白(a)上富集的甘油二酯和溶血磷脂酸对单核细胞炎症反应的贡献 | 首次发现脂蛋白(a)上富集的特定甘油二酯亚型能通过NLRP3炎症小体途径促进单核细胞炎症反应 | 样本量较小(低脂蛋白(a)组13例,高脂蛋白(a)组12例),且为体外实验需要进一步体内验证 | 探究脂蛋白(a)中除氧化磷脂外的其他促炎脂质介质 | 人类单核细胞和动脉粥样硬化斑块中的巨噬细胞 | 心血管研究 | 心血管疾病 | 非靶向脂质组学,RNA测序,ELISA,Western blot,跨内皮迁移实验,免疫荧光染色,单细胞RNA测序 | NA | 脂质组学数据,基因表达数据,蛋白质数据,细胞功能数据 | 25名受试者(13名低脂蛋白(a),12名高脂蛋白(a))加上动脉粥样硬化斑块患者 | NA | 单细胞RNA测序,脂质组学 | NA | NA |
| 29 | 2025-10-06 |
Bioengineered hydrogels enhance ex vivo preservation of patient-derived tumor explants for drug evaluation
2024-03, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究开发了一种生物工程水凝胶系统,可显著延长患者来源肿瘤切片在体外的存活时间并保持肿瘤微环境完整性 | 首次利用生物工程水凝胶确定关键基质参数,显著增强患者来源肿瘤切片的体外存活能力,并保持肿瘤微环境的细胞组成和细胞间通讯网络 | NA | 开发改进的患者来源肿瘤切片体外培养系统,用于药物评估 | 头颈癌患者的肿瘤组织切片 | 数字病理 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, 高维流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 30 | 2025-10-06 |
Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.22.586316
PMID:38585776
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研究论文 | 通过单细胞转录组和表观基因组分析系统性硬化症3D皮肤模型中的成纤维细胞亚群 | 首次在自组装人类皮肤等效物中通过单细胞多组学分析揭示CREB1/EGR1轴在系统性硬化症成纤维细胞表观遗传失调中的作用 | 研究基于体外3D皮肤模型,可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究系统性硬化症皮肤纤维化的单细胞表观遗传机制 | 系统性硬化症患者和健康对照的自体成纤维细胞、巨噬细胞和血浆构建的3D皮肤组织 | 单细胞多组学 | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 3D皮肤等效物模型 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 系统性硬化症患者和健康对照捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 31 | 2025-10-06 |
Inositol phosphatase INPP4B sustains ILC1s and intratumoral NK cells through an AKT-driven pathway
2024-Mar-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20230124
PMID:38197946
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现INPP4B是组织驻留ILC1和肿瘤内NK细胞的标志性特征,并揭示其通过AKT通路维持这些细胞稳态和抗肿瘤功能 | 首次鉴定INPP4B作为组织驻留ILC1和肿瘤内NK细胞的新型调节因子,揭示其通过AKT驱动的生存通路发挥作用 | 研究主要关注稳态和肿瘤环境,其他病理状态下INPP4B的功能尚未探索 | 探究INPP4B在先天淋巴细胞亚群特别是ILC1和NK细胞中的功能作用 | 先天淋巴细胞(ILC)、自然杀伤细胞(NK)、1型先天淋巴细胞(ILC1) | 免疫学 | 肿瘤免疫 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 32 | 2025-10-06 |
Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells
2024-Mar-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46428-z
PMID:38467611
|
研究论文 | 通过单细胞RNA-seq分析揭示细胞间通讯对视网膜神经节细胞存活的影响,并发现Oprm1的神经保护作用 | 首次从细胞间通讯角度研究视网膜神经节细胞存活机制,发现高存活RGCs具有更多配体-受体相互作用,并验证Oprm1的神经保护功能 | 研究主要聚焦于视网膜细胞,尚未在其他神经系统中验证Oprm1的普适性神经保护作用 | 探索细胞间通讯对视网膜神经节细胞在视神经损伤后存活的贡献 | 视网膜神经节细胞及其与星形胶质细胞、Müller胶质细胞的相互作用 | 单细胞转录组学 | 视网膜神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 三个视网膜损伤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 33 | 2025-10-06 |
An organism-wide atlas of hormonal signaling based on the mouse lemur single-cell transcriptome
2024-Mar-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46070-9
PMID:38467625
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研究论文 | 基于小鼠狐猴单细胞转录组构建了全生物体范围的激素信号图谱 | 首次利用非人灵长类动物全生物体单细胞转录组图谱系统绘制了84类激素的源细胞和靶细胞 | 研究局限于小鼠狐猴这一特定物种,需要进一步验证在人类中的适用性 | 系统绘制激素信号网络并研究其进化特征 | 小鼠狐猴(Microcebus murinus)的全生物体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 全生物体范围的单细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 34 | 2025-10-06 |
Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals
2024-03, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29539
PMID:38516755
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学比较了异基因造血干细胞移植患者与健康个体对SARS-CoV-2疫苗的CD8+ T细胞应答 | 首次在ASCT患者中结合单细胞RNA测序与TCR/BCR谱分析,揭示疫苗诱导的CD8 T细胞应答特征 | 样本量有限,仅40%患者产生保护性抗体滴度 | 评估ASCT患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫应答特征 | 异基因造血干细胞移植患者和健康疫苗接种者 | 单细胞转录组学 | 免疫缺陷状态 | 单细胞RNA测序,TCR/BCR谱分析 | NA | 单细胞转录组数据,血清学数据 | ASCT患者队列与公开健康疫苗接种者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 35 | 2025-10-06 |
Neoadjuvant chemotherapy-induced remodeling of human hormonal receptor-positive breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing
2024-03-31, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216656
PMID:38266804
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示新辅助化疗对人类激素受体阳性乳腺癌的免疫微环境重塑作用 | 首次在单细胞水平系统揭示HR乳腺癌化疗前后免疫细胞组成变化,发现新的免疫细胞亚群与化疗敏感性相关 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探索激素受体阳性乳腺癌化疗耐药机制及化疗对肿瘤微环境的重塑作用 | 激素受体阳性乳腺癌患者配对的化疗前后肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,免疫荧光图像数据 | 配对的化疗前后HR乳腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 36 | 2025-10-06 |
scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells
2024-03-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216664
PMID:38253219
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结直肠癌不同区域的免疫图谱,揭示CD20+ B细胞的功能 | 首次系统描绘结直肠癌不同解剖区域的免疫特征,发现CD20+ B细胞在右半和左半结直肠癌中具有不同的发育轨迹并与预后相关 | 样本量相对有限(19个样本),需要在更大队列中验证 | 表征结直肠癌不同区域的免疫景观并寻找潜在治疗靶点 | 结直肠癌患者肿瘤组织和配对正常组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 19个样本(来自4个区域),共39,484个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 37 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing highlights epithelial and microenvironmental heterogeneity in malignant progression of pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-03-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216607
PMID:38246225
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析胰腺导管腺癌恶性进展过程中的上皮细胞和微环境异质性 | 首次在单细胞水平揭示IPMN向PDAC进展过程中上皮细胞和肿瘤微环境的异质性变化,发现SPP1-CD44通路在PDAC中显著增强 | 样本量相对有限(仅5个手术切除样本),需要更大队列验证发现 | 解析胰腺导管腺癌恶性进展的细胞分子机制 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)和胰腺导管腺癌(PDAC)患者手术样本 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 35,693个细胞,来自3个高级别IPMN和2个IPMN来源的PDAC | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞测序技术 |
| 38 | 2025-10-06 |
Advanced insights on tumor-associated macrophages revealed by single-cell RNA sequencing: The intratumor heterogeneity, functional phenotypes, and cellular interactions
2024-03-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216610
PMID:38244910
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肿瘤相关巨噬细胞异质性、功能表型和细胞相互作用方面的最新研究进展 | 从发育角度系统总结TAM表型和功能变化,深入理解TAM在肿瘤微环境中的意义 | NA | 探讨单细胞RNA测序在肿瘤相关巨噬细胞研究中的应用和意义 | 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) | 单细胞组学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 39 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis
2024-03, Thoracic cancer
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/1759-7714.15243
PMID:38316626
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析乳腺癌脑转移患者脑脊液中的免疫细胞,揭示肿瘤免疫微环境特征 | 首次利用脑脊液单细胞测序非侵入性地描绘乳腺癌脑转移的免疫微环境景观 | 样本量有限,脑脊液可能无法完全代表肿瘤组织内的免疫微环境 | 解析乳腺癌脑转移患者的肿瘤免疫微环境特征 | 乳腺癌脑转移患者的脑脊液免疫细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 40 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq reveals the links between the metabolic heterogeneity and cell identity in NBM and AML
2024-03, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19233
PMID:38009537
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |