单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-07	Protocol for functional profiling of patient-derived organoids for precision oncology 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102887 PMID:38367233	研究论文	本文提出了一种用于精准肿瘤学的患者来源类器官功能分析协议	提供了一种全面的协议，涵盖结直肠癌患者来源类器官的生成和培养、肿瘤浸润淋巴细胞的分离和扩增，以及外周血单个核细胞的分离和培养	需要参考Plattner等人的研究以获取完整的协议执行细节	开发一种用于精准肿瘤学的功能分析方法	结直肠癌患者来源的类器官、肿瘤浸润淋巴细胞和外周血单个核细胞	精准医学	结直肠癌	RNA-seq, WES, scRNA-seq, (磷酸化)蛋白质组学	NA	多组学数据	NA
22	2025-06-06	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	本研究利用空间和单细胞转录组学揭示了基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的细胞和分子结构	发现了神经元和星形胶质细胞亚群中记忆特异性的转录特征，并揭示了神经元与星形胶质细胞的相互作用对长期记忆编码的必要性	NA	阐明基底外侧杏仁核在长期记忆形成中的作用机制	基底外侧杏仁核中的神经元和星形胶质细胞	神经科学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
23	2025-06-04	Recent advances in cancer-associated fibroblast: Biomarkers, signaling pathways, and therapeutic opportunities 2024-Mar-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003031 PMID:38420743	综述	本文总结了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的研究进展，重点关注其表型和功能的异质性、特定信号通路以及涉及CAFs的治疗策略	综述了CAFs的异质性、信号通路和表观遗传变化，并探讨了CAFs作为治疗靶点的潜力	CAFs在肿瘤微环境中的复杂性仍知之甚少，针对CAFs的临床试验结果大多不理想	探讨CAFs在肿瘤微环境中的作用及其作为治疗靶点的潜力	癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	NA	NA	NA
24	2025-06-03	MSX1+PDGFRAlow limb mesenchyme-like cells as an efficient stem cell source for human cartilage regeneration 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.001 PMID:38428414	research paper	该研究识别并表征了具有显著骨软骨再生和微环境适应能力的MSX1间充质祖细胞，并开发了一种从人多能干细胞生成MSX1+PDGFRAlow肢体间充质样细胞（LML）的策略，用于人类软骨再生	发现了MSX1间充质祖细胞中的PDGFRA亚群具有最强的骨软骨能力，并成功从人多能干细胞生成LML细胞用于软骨再生	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	寻找更有效的干细胞来源用于人类软骨再生	MSX1间充质祖细胞和从人多能干细胞生成的LML细胞	再生医学	骨退行性疾病	单细胞测序	小鼠损伤模型	基因表达数据	NA
25	2025-06-03	Activated mesenchymal stem/stromal cells promote myeloid cell differentiation via CCL2/CCR2 signaling 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.002 PMID:38428413	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞/基质细胞（MSCs）通过CCL2/CCR2信号通路对造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及其祖细胞分化的影响	揭示了MSCs分泌的CCL2在髓系细胞分化早期阶段的重要作用，并通过单细胞RNA测序分析在人类骨髓细胞中验证了这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究MSCs通过CCL2/CCR2信号通路对HSPCs及其祖细胞分化的调控机制	小鼠和人类的造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及间充质干细胞/基质细胞（MSCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26	2025-06-03	ER stress and lipid imbalance drive diabetic embryonic cardiomyopathy in an organoid model of human heart development 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.01.003 PMID:38335962	研究论文	使用人类心脏类器官系统模拟胚胎心脏发育，研究糖尿病对先天性心脏缺陷的影响	首次使用人类心脏类器官系统模拟糖尿病条件下的胚胎心脏发育，揭示了内质网应激和脂质代谢失衡在糖尿病胚胎心肌病中的作用	研究结果仍需在更复杂的体内模型中验证	探究糖尿病对胚胎心脏发育的影响机制	人类心脏类器官	发育生物学	先天性心脏病	scRNA-seq, 脂质组学	人类心脏类器官系统	基因表达数据, 脂质组数据	NA
27	2025-05-22	Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023 PMID:38359834	研究论文	本文通过单细胞转录组学评估了源自新鲜分离的早期妊娠滋养层细胞或已建立的hTSC细胞系的类器官如何再现体内定义的发育细胞轨迹和转录调控过程	首次全面评估了不同来源的滋养层类器官在模拟滋养层发育和转录调控过程中的准确性和局限性	发现干细胞来源的类器官中存在一个在体内几乎不存在的扩展祖细胞状态，这表明当前类器官平台在模拟某些特定滋养层发育特征时存在偏差	评估当前滋养层类器官平台作为胎盘建模工具的准确性和局限性	人类滋养层干细胞(hTSCs)和相关的滋养层类器官	发育生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及新鲜分离的早期妊娠滋养层细胞和已建立的hTSC细胞系
28	2025-05-22	Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015 PMID:38330939	研究论文	开发了一种名为CH-ATAC-seq的组合杂交方法，用于构建斑马鱼、果蝇和蚯蚓的单细胞染色质可及性图谱	首次在非哺乳动物物种中构建单细胞染色质可及性图谱，并整合多物种数据系统识别细胞类型特异性调控元件	研究范围限于斑马鱼、果蝇和蚯蚓等特定非哺乳动物物种，未涵盖更广泛的生物多样性	探索脊椎动物和无脊椎动物之间保守的调控程序	斑马鱼、果蝇、蚯蚓、人类、猴子和小鼠的细胞	表观基因组学	NA	scATAC-seq, CH-ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因组数据	约80万个细胞类型特异性cCREs，涵盖152种主要细胞类型
29	2025-05-22	Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019 PMID:38354738	研究论文	本研究通过Wnt信号剂量递增实验，探索干细胞分化的分子调控机制，并发现小分子药物tranilast可协同激活Wnt信号促进心脏谱系分化	结合单细胞RNA测序、多元回归模型和Connectivity Map数据库，建立了一个集成工作流程，用于识别控制细胞分化的小分子化合物	研究主要基于体外hiPSC分化和鹌鹑胚胎的体内分析，尚未在更复杂的生物模型中进行验证	探索Wnt信号在干细胞分化中的分子调控机制，并寻找能够调控细胞分化的小分子药物	人类诱导多能干细胞(hiPSCs)和鹌鹑胚胎	干细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	多元回归模型	基因表达数据	NA
30	2025-05-17	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文介绍了一种从手术室到实验室处理前列腺癌患者临床标本的单细胞测序方案	提出了一种针对脊柱转移性前列腺癌患者临床标本的单细胞处理和分析方案	仅针对前列腺癌脊柱转移患者的样本，未涉及其他类型肿瘤	开发用于识别骨性脊柱转移患者预后标志物和治疗靶点的方案	前列腺癌脊柱转移患者的临床标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提及前列腺癌患者样本
31	2025-05-17	Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809 PMID:38180835	研究论文	本文介绍了一种使用条形码衰减谱系追踪技术研究非遗传编码状态继承和传播的协议	开发了BdLT-Seq技术，能够在保持同源性的同时评估克隆进化，并比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征	需要参考Shlyakhtina等人的完整细节来执行该协议	研究非遗传编码状态的继承和传播	细胞谱系	分子生物学	NA	BdLT-Seq（条形码衰减谱系追踪结合单细胞转录组分析）	NA	单细胞转录组数据	NA
32	2025-05-16	Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684 PMID:38219153	研究论文	提出了一种利用机器学习分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组协议	整合单细胞RNA测序数据，使用机器学习识别与免疫细胞浸润相关的基因，并探索这些基因在预后中的影响	未提及具体样本量或实验验证结果	分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组变化，寻找潜在药物靶点	肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	癌症	scRNA-seq, 微阵列, bulk RNA-seq	机器学习	转录组数据	NA
33	2025-05-11	Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24048 PMID:38133212	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌的瘤内异质性	利用单细胞RNA测序技术深入分析肺腺癌的瘤内异质性，并开发了一个在多队列中表现良好的预后模型	研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有临床情境	探索肺腺癌的瘤内异质性并开发预后模型	肺腺癌患者	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	转录组数据	来自TCGA-LUAD (n=503)、GSE68465 (n=442)、GSE72094 (n=398)和GSE26939 (n=115)数据集的总计1458个样本
34	2025-05-08	Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1 PMID:38558984	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了衰老骨细胞在乳腺癌骨转移中促进骨破坏的作用	首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移中骨微环境重编程对骨细胞的影响	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, multiplex hybridization, AI-assisted analysis	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和乳腺癌骨转移患者样本
35	2025-04-26	Spinster homolog 2 reduces malignancies of glioblastoma via PTEN/PI3K/AKT pathway 2024-03, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.2785 PMID:37728571	research paper	该研究探讨了Spinster homolog 2 (SPNS2)在胶质母细胞瘤(GBM)中的生物学功能和分子作用，发现SPNS2通过抑制PTEN/PI3K/AKT通路抑制GBM细胞的恶性进展、干细胞性和免疫浸润	首次揭示了SPNS2在GBM中的抑癌作用及其通过PTEN/PI3K/AKT通路的分子机制，并发现SPNS2与肿瘤免疫浸润的相关性	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要更多体内实验验证	探究SPNS2在胶质母细胞瘤中的生物学功能和分子机制	胶质母细胞瘤细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞测序、生物信息学分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA和CGGA数据库中的胶质瘤样本
36	2025-04-24	Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation 2024-03, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2372-y PMID:37930473	research paper	该研究通过遗传谱系追踪技术，探索了不同年龄启动的糖尿病小鼠模型中胰岛β细胞的适应性机制	首次在不同年龄启动的T1D和T2D小鼠模型中系统比较了β细胞的命运转变机制，并揭示了线粒体功能、染色质修饰等关键通路在β细胞动态转变中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明糖尿病发病过程中胰岛β细胞的适应性机制	糖尿病小鼠模型的胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	遗传谱系追踪技术、scRNA-seq	Cre-LoxP系统	基因表达数据	多种糖尿病小鼠模型（HFD和STZ处理）
37	2025-04-23	A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging 2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.01.583001 PMID:38496474	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱PanSci，分析了623个小鼠组织样本中的2000多万个细胞，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动态的全景视图	创建了一个全面的单细胞转录组图谱，识别了3000多个独特的细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，揭示了细胞动态的时间结构和器官特异性变化	研究仅基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老过程中全身细胞群体动态的变化	小鼠组织样本中的细胞群体	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	623个小鼠组织样本，超过2000万个细胞
38	2025-04-20	Exploring wound management in dental pulp: Utilizing single-cell RNA sequencing for global transcriptomic analysis in healthy and inflamed pulpal tissues 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14804 PMID:38385817	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了健康与炎症牙髓组织在伤口愈合过程中的转录组学变化	首次在牙髓伤口管理中应用单细胞RNA测序技术，揭示了炎症条件下细胞组成和基因表达的显著变化	样本量相对较小（50例患者），且仅关注了牙髓组织，未考虑其他口腔组织的影响	研究牙髓伤口愈合过程中信号级联、细胞反应和细胞外基质动态的复杂相互作用	健康与炎症状态的人类牙髓组织	数字病理	牙科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	50例患者的牙髓组织样本
39	2025-04-20	Evaluating the role of wound-healing genes in conjunction with stool routine and serum tumor markers for colorectal cancer diagnosis and prognostic implications 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14768 PMID:38446012	研究论文	本研究探讨了伤口愈合基因与粪便常规和血清肿瘤标志物在结直肠癌诊断和预后中的联合应用价值	结合粪便常规和血清肿瘤标志物提高了结直肠癌的诊断准确性，并探索了伤口愈合基因在疾病进展中的潜在作用	样本量较小（56例结直肠癌患者和56例健康对照）	评估伤口愈合基因与粪便常规和血清肿瘤标志物在结直肠癌诊断和预后中的联合应用价值	结直肠癌患者和健康对照	数字病理学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	临床信息、粪便样本、血清样本、RNA测序数据	56例结直肠癌患者和56例健康对照
40	2025-04-16	De novo antibody discovery in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotyped-resolved germline assemblies 2024-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.26.586834 PMID:38585716	研究论文	该研究通过结合基因组测序和单细胞转录组测序，探索了人类B细胞中抗体多样性的形成机制	首次将单细胞转录组测序与匹配的单倍型解析的种系组装相结合，用于新抗体的发现	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映所有免疫挑战下的抗体多样性	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	基因组学	麻疹	单细胞转录组测序, 基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	来自同一供体的B细胞