单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-08-07	Antidepressant fluoxetine alleviates colitis by reshaping intestinal microenvironment 2024-03-12, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01538-5 PMID:38475799	research paper	本文研究了抗抑郁药氟西汀通过重塑肠道微环境缓解结肠炎的作用及其分子机制	首次揭示了氟西汀通过影响不同细胞群的分布、细胞间通讯和KEGG通路富集来减轻结肠炎症的作用	NA	探讨抗抑郁药氟西汀缓解结肠炎的生物效应和分子机制	C56BL/6小鼠的IBD模型及其对照组	NA	Inflammatory bowel diseases (IBD)	RT-qPCR, western blot, 单细胞RNA测序, H&E染色, 免疫组织化学染色	NA	单细胞RNA测序数据	C56BL/6小鼠的IBD模型及其对照组
362	2024-08-07	An organism-wide atlas of hormonal signaling based on the mouse lemur single-cell transcriptome 2024-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46070-9 PMID:38467625	研究论文	本研究利用鼠狐猴（Microcebus murinus）的全器官单细胞转录组图谱，系统地绘制了84类激素的源细胞和目标细胞	该研究揭示了先前未被表征的激素调控位点，并展示了激素信号网络密集连接、分散且富含反馈回路的特性	NA	旨在系统地研究激素信号在全器官水平上的作用	鼠狐猴的激素信号网络及其与人类的比较	NA	NA	单细胞转录组	NA	转录组数据	涉及84类激素的源细胞和目标细胞
363	2024-08-04	Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad011 PMID:37022699	综述	本文讨论了单细胞RNA测序和空间解析转录组数据的差异表达分析的最新进展	本文填补了有关多条件、多样本实验设计的单细胞RNA测序和空间解析转录组数据差异表达基因检测的综述空白	缺乏对现有DE工具的系统评估	研究单细胞RNA-seq和空间解析转录组的差异表达分析	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组(SRT)数据的差异表达基因	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
364	2024-08-04	An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac056 PMID:36752035	研究论文	该文章提出了一种改进的层次变分自编码器模型，用于利用单细胞RNA-seq数据自动估算细胞间通信	提出了一种改进的HiVAE模型，通过学习细胞在已知配体-受体基因和所有基因上的潜在表示，提升了细胞间通信的估计准确性	使用的先前信息不足，仅涉及一部分细胞通信，可能导致假阳性或假阴性结果	旨在利用单细胞RNA-seq数据深入分析肿瘤微环境中的细胞间通信	研究对象为单细胞RNA-seq数据，特别是人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	层次变分自编码器（HiVAE）	RNA-seq数据	涉及人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集的单细胞样本
365	2024-08-04	Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad017 PMID:37208992	研究论文	本文提出了一种基于深度信息融合的单细胞数据聚类方法scDeepFC	scDeepFC通过深度自编码器和深度图卷积网络有效融合基因属性信息和细胞拓扑信息，以提升聚类效果	目前仍未提及具体的计算复杂度或模型训练时间等限制	旨在通过深度学习技术提升单细胞转录组数据的聚类和数据插补能力	研究对象为单细胞转录组数据	数字病理学	NA	深度自编码器，深度图卷积网络	深度自编码器，图卷积网络	单细胞转录组数据	在真实单细胞数据集上进行了广泛实验
366	2024-08-07	Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad025 PMID:37340787	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据与全基因组关联分析数据，揭示了流感病毒感染和COVID-19中与疾病相关的细胞类型	首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究相结合，以高分辨率解析流感疾病中的细胞多样性	研究结果需要在未来的研究中得到更多的关注和验证	揭示流感疾病和COVID-19的发病机制中与疾病相关的细胞类型	流感病毒感染和COVID-19的细胞类型关联	基因组学	流感	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	约70,000个细胞，涉及欧洲和东亚人群
367	2024-08-07	Spatially Resolved Tumor Microenvironment Predicts Treatment Outcomes in Relapsed/Refractory Hodgkin Lymphoma 2024-Mar-20, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO.23.01115 PMID:38113419	研究论文	研究通过空间解析的肿瘤微环境（TME）生态系统，为复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤（r/r CHL）的治疗失败建立新型生物标志物	开发了一种新的预后模型RHL4S，利用TME生物学特性，适用于r/r CHL活检，为空间生物标志物的发展开辟了新途径	NA	描述空间解析的肿瘤微环境生态系统，建立与r/r CHL治疗失败相关的生物标志物	复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	成像质谱流式细胞术（IMC）	NA	图像	71对原发诊断和复发活检样本
368	2024-08-04	ISR inhibition reverses pancreatic β-cell failure in Wolfram syndrome models 2024-03, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01258-w PMID:38321214	研究论文	本研究探讨了Wolfram综合征中胰腺β细胞功能失衡的机制以及ISR抑制剂的治疗潜力	首次在Wolfram综合征模型中揭示ISR作为β细胞失功能的关键机制，并验证了ISR抑制剂的治疗效果	在研究中可能忽略了其他潜在的治疗路径或机制	研究Wolfram综合征模型中胰腺β细胞失功能的病因及潜在治疗方法	WFS1缺乏的胰腺β细胞和小鼠模型	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠Wfs1特异性敲除模型	细胞数据	人体多能干细胞衍生的胰岛细胞(NA)和小鼠模型
369	2024-08-04	Deep-qGFP: A Generalist Deep Learning Assisted Pipeline for Accurate Quantification of Green Fluorescent Protein Labeled Biological Samples in Microreactors 2024-Mar, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301293 PMID:38010980	研究论文	本文介绍了一种用于准确量化绿色荧光蛋白标记生物样本的深度学习辅助管道Deep-qGFP	Deep-qGFP是第一个成功实现于多种荧光标记场景的全能图像分析算法，适用于多种数字PCR和细胞测序技术，无需迁移学习或改动	当前方法在不同实验室的适应性和普遍性可能受限于不同设备测量的一致性	提高微反应器中绿色荧光蛋白标记样本的绝对量化精度和效率	使用标准实验室荧光显微镜对绿色荧光蛋白标记的微反应器进行检测和分类	机器学习	NA	荧光成像	深度学习模型	图像	超过2000个微反应器
370	2024-08-04	Identification of macrophage-related genes correlated with prognosis and immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27170 PMID:38500993	研究论文	本文研究了与非小细胞肺癌预后及免疫疗效相关的巨噬细胞相关基因	本研究首次识别出与非小细胞肺癌患者预后和免疫疗效相关的特定巨噬细胞相关基因	缺乏临床验证和更大规模的样本确认	探索能预测非小细胞肺癌预后和药物有效性的基因标志物	非小细胞肺癌及其周围组织中的细胞	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
371	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils the hidden powers of zebrafish kidney for generating both hematopoiesis and adaptive antiviral immunity 2024-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92424 PMID:38497789	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了斑马鱼肾脏在造血和适应性抗病毒免疫中的双重功能	首次全面展示了斑马鱼肾脏中59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型，并揭示了其在抗病毒免疫中的多样性功能	NA	阐明斑马鱼肾脏在造血和免疫系统中的功能	斑马鱼肾脏中的造血干细胞/祖细胞和免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型
372	2024-08-07	scRNA-seq analysis discovered suppression of immunomodulatory dependent inflammatory response in PMBCs exposed to silver nanoparticles 2024-Mar-17, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02364-0 PMID:38494495	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析揭示了银纳米颗粒暴露下PBMCs中免疫调节依赖性炎症反应的抑制	本研究首次深入分析了单细胞水平上细胞与金属离子的关联以及特定的免疫反应	研究主要集中在体外模型，未涉及体内模型的验证	探究银纳米颗粒对PBMCs的免疫毒性	银纳米颗粒对PBMCs的免疫反应	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	PBMCs样本
373	2024-08-04	Protocol to dissect and dissociate the mouse brainstem for single-cell RNA-seq applications 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102908 PMID:38461411	研究论文	本文提供了一种用于解剖和分离小鼠脑干以进行单细胞RNA-seq应用的协议	提出了一种针对小脑结构（如脑干核）的单细胞转录组学样本处理的新方法	样本产量可能较低，协议主要针对新生小鼠的脑干组织	研究小鼠脑干的单细胞转录组学	小鼠脑干及其相应的细胞样本	数字病理学	NA	SmartSeq3 cDNA文库准备	NA	细胞	新生小鼠的脑干组织样本
374	2024-08-04	Protocol for acquiring high-quality fresh mouse lung spatial transcriptomics data 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102825 PMID:38280199	研究论文	本文介绍了一种高质量新鲜小鼠肺部空间转录组数据的获取协议	提出了一种新的协议来克服肺泡内腔给空间转录组实验带来的挑战	未提及协议在不同实验条件下的适用性	旨在为空间转录组学的实验提供一种有效的样本获取方法	新鲜小鼠肺组织	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	cDNA数据	NA
375	2024-08-04	An optimized protocol for isolation of murine pancreatic single cells with high yield and purity 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.102836 PMID:38219150	研究论文	本文介绍了一种快速分离小鼠胰腺单细胞的优化协议	此研究通过优化解剖顺序、酶组成和操作程序，显著提高了可存活胰腺单细胞的产率和纯度	NA	旨在提供一种高效的单细胞分离方法，以支持多种研究领域	小鼠胰腺单细胞	数字病理学	NA	NA	NA	单细胞	NA
376	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文介绍了一种针对前列腺癌患者脊柱肿瘤临床标本的单细胞处理协议	提出了一种从手术室到实验室的单细胞处理方法，以应对脊柱肿瘤组织的异质性	未提及具体样本的异质性对结果的潜在影响	旨在识别脊柱转移瘤患者的预后标志物和治疗靶点	涉及前列腺癌患者的脊柱肿瘤标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	临床标本	NA
377	2024-08-07	Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809 PMID:38180835	研究论文	本文介绍了一种名为条码衰变谱系追踪结合单细胞转录组分析（BdLT-Seq）的实验方案，用于研究非遗传编码状态的继承和传播	提出了一种新的BdLT-Seq技术，能够在保持同质性的同时，以定向方式评估克隆进化，从而比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征	NA	开发一种新的实验方案，用于研究细胞谱系中的非遗传分子特征的继承和传播	非遗传编码状态的继承和传播	生物技术	NA	条码衰变谱系追踪结合单细胞转录组分析（BdLT-Seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
378	2024-08-07	Protocol for inferring epithelial-to-mesenchymal transition trajectories from single-cell RNA sequencing data using R 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102819 PMID:38183653	研究论文	本文介绍了COMET，一个用于从单细胞RNA测序数据推断上皮-间质转化（EMT）轨迹和状态间转换率的R包	提出了COMET R包，用于从单细胞RNA测序数据中推断EMT轨迹和状态间转换率	NA	研究上皮-间质转化（EMT）在癌症转移过程中的作用及其在癌症预后中的价值	上皮-间质转化（EMT）轨迹和状态间转换率	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	连续时间马尔可夫链	RNA测序数据	NA
379	2024-08-07	Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684 PMID:38219153	研究论文	本文介绍了一种通过转录组分析肿瘤微环境中免疫细胞表型变化和浸润的协议	利用单细胞RNA测序数据和机器学习方法，分析免疫细胞在肿瘤微环境中的表型变化和浸润过程	NA	研究免疫治疗在癌症治疗中的应用	肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	机器学习	转录组数据	NA
380	2024-08-07	Establishing a 3D culture system for early organogenesis of monkey embryos ex vivo and single-cell transcriptome analysis of cultured embryos 2024-Mar-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102835 PMID:38224493	研究论文	本文介绍了一种用于体外培养猕猴胚胎3D培养系统的建立及单细胞转录组分析的方法	首次成功在体外培养猕猴胚胎长达25天，并详细描述了原肠形成和早期器官发生的关键发育事件	NA	旨在理解早期灵长类胚胎发生的最初4周	猕猴胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	3D培养系统	单细胞转录组数据	NA