本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-07 |
Unveiling the functional heterogeneity of cytokine-primed human umbilical cord mesenchymal stem cells through single-cell RNA sequencing
2024-Mar-26, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-024-01219-3
PMID:38532459
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了由不同细胞因子预处理的脐带间充质干细胞的功能异质性及其分子机制 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了细胞因子预处理对间充质干细胞异质性、生物功能及其功能亚群的调控作用 | NA | 揭示细胞因子预处理的间充质干细胞的细胞异质性、功能亚群及分子机制 | 脐带间充质干细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及IFN-γ、TNF-α、IL-4、IL-6、IL-15和IL-17预处理的脐带间充质干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 362 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Endometrium Reveals ISL1 as a Potential Biomarker for Diagnosis and Treatment
2024-Mar-13, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2903100
PMID:38538277
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了子宫内膜小细胞神经内分泌癌的转录组,揭示了ISL1作为潜在的诊断和治疗生物标志物 | 首次在子宫内膜小细胞神经内分泌癌中探讨了ISL1的表达及其作为生物标志物的潜力 | 研究样本量较小,仅基于单一病例的样本进行分析 | 探索子宫内膜小细胞神经内分泌癌的诊断和治疗标志物 | 子宫内膜小细胞神经内分泌癌及其细胞内的ISL1表达 | 数字病理学 | 妇科肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单一病例样本 | NA | NA | NA | NA |
| 363 | 2024-08-04 |
Comprehensive single-cell analysis reveals heterogeneity of fibroblast subpopulations in ovarian cancer tissue microenvironment
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27873
PMID:38533040
|
研究论文 | 该研究揭示了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的异质性。 | 首次较为全面地分析了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的特性及其在TGFβ信号通路中的功能。 | 对成纤维细胞亚群的特定功能了解仍然不够充分。 | 探讨卵巢癌组织中成纤维细胞亚群的异质性及其在癌症进展中的作用。 | 卵巢癌组织样本中的成纤维细胞亚群。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序 | NA | RNA-seq | 32个卵巢癌样本和3226个公共数据库中的大规模RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 364 | 2024-08-04 |
Modulator of TMB-associated immune infiltration (MOTIF) predicts immunotherapy response and guides combination therapy
2024-Mar-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.01.025
PMID:38320897
|
研究论文 | 本研究开发了一种新工具MOTIF,用于预测免疫疗法响应并指导联合治疗 | MOTIF将肿瘤突变负担(TMB)与CD8 T细胞浸润之间的关系进行了综合分析,提供了新的预测模型 | 该研究主要基于已有的RNA-seq数据,没有进行前瞻性临床试验 | 研究旨在提高TMB水平高的癌症患者对免疫检查点抑制剂的响应 | 研究对象是9311个肿瘤样本及84个单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA-seq | NA | RNA数据 | 9311个肿瘤样本和84个人类单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 365 | 2024-08-07 |
Prognostic prediction using a gene signature developed based on exhausted T cells for liver cancer patients
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28156
PMID:38533068
|
研究论文 | 本研究基于T细胞耗竭的关键预后基因开发了一个用于肝癌患者的预后预测模型 | 利用单细胞RNA测序数据和基因共表达网络分析,结合Lasso和多/单变量Cox分析构建了一个新的风险评分系统,并开发了一个能够预测不同风险组免疫浸润和免疫治疗敏感性的诺模图 | NA | 开发一个基于T细胞耗竭的关键预后基因的预后预测模型,以改善肝癌患者的临床治疗 | 肝癌患者 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分系统 | 单细胞RNA测序数据 | 18,413个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 366 | 2024-08-07 |
Nephroblastoma-specific dysregulated gene SNHG15 with prognostic significance: scRNA-Seq with bulk RNA-Seq data and experimental validation
2024-Mar-25, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-024-00946-w
PMID:38526609
|
研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和批量RNA测序(RNA-Seq)数据,识别并验证了在肾母细胞瘤(WT)中具有预后意义的失调基因SNHG15。 | 首次整合单细胞和批量RNA测序数据,揭示了SNHG15在肾母细胞瘤中的预后价值及其功能机制。 | 实验仅限于G401细胞系,未来研究需在更多细胞系和临床样本中验证SNHG15的作用。 | 探索肾母细胞瘤中的预后标志物及其分子机制。 | 肾母细胞瘤组织中的SNHG15基因及其在细胞增殖、迁移和凋亡中的作用。 | 数字病理学 | 肾母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq),批量RNA测序(RNA-Seq) | NA | RNA | 基于scRNA-seq数据识别了20个簇,并注释了10种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 367 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils tumor heterogeneity and immune microenvironment between subungual and plantar melanoma
2024-03-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-57640-8
PMID:38528036
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探讨了指(趾)甲下黑色素瘤(SM)和足底黑色素瘤(PM)之间的肿瘤异质性和免疫微环境差异 | 首次详细比较了SM和PM在基因表达、拷贝数变异(CNV)及肿瘤相关通路(如NF-κb和Wnt)的差异,并揭示了免疫微环境中特定轴(EPHA3-EFNA1和TIGIT-NECTIN2)的表达情况 | 研究样本仅限于SM和PM患者,可能无法完全代表所有类型的黑色素瘤 | 探索不同亚型黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫微环境 | 指(趾)甲下黑色素瘤(SM)和足底黑色素瘤(PM) | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 24,789个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 368 | 2024-08-07 |
Identification of the shared hub gene signatures and molecular mechanisms between HIV-1 and pulmonary arterial hypertension
2024-03-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55645-x
PMID:38528047
|
研究论文 | 本研究通过分析HIV-1和肺动脉高压(PAH)的微阵列数据,利用WGCNA、GO和通路富集分析等方法,识别了两者之间的共享枢纽基因和分子机制 | 首次揭示了HIV-1与PAH之间通过I型干扰素(IFN)途径的共享分子机制,并确定了关键枢纽基因ISG15和IFI27 | NA | 阐明HIV-1感染与肺动脉高压之间的分子机制 | HIV-1感染和肺动脉高压的共享枢纽基因及其分子机制 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | WGCNA, GO和通路富集分析, CIBERSORT, scRNA-seq | NA | 微阵列数据, scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 369 | 2024-08-07 |
Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains antitumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47
2024-Mar, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-023-00691-z
PMID:38200243
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌组织,发现肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞在免疫抑制特征上显著增加,且Sirpα在这些细胞中的表达增强,与肿瘤进展抵抗性相关。 | 首次揭示了Sirpα在肿瘤相关髓系细胞中独立于CD47的免疫抑制作用,并展示了Sirpα缺乏通过重编程肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫活性的机制。 | NA | 探究肿瘤相关髓系细胞中Sirpα的免疫抑制机制及其对结直肠癌免疫治疗的影响。 | 结直肠癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 370 | 2024-08-07 |
Single Cell Analysis of Lung Lymphatic Endothelial Cells and Lymphatic Responses during Influenza Infection
2024-Mar, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.35534/jrbtm.2024.10003
PMID:38529320
|
研究论文 | 研究了流感感染期间肺淋巴内皮细胞和淋巴反应的单细胞分析 | 发现了流感感染期间肺淋巴内皮细胞中存在的新的PD-L1亚群 | NA | 探讨感染期间淋巴系统的重塑过程 | 肺淋巴内皮细胞和淋巴反应 | 数字病理学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 371 | 2024-08-07 |
Siglec9 + tumor-associated macrophages predict prognosis and therapeutic vulnerability in patients with colon cancer
2024-Mar-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111771
PMID:38430807
|
研究论文 | 研究探讨了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达模式及其临床意义 | 首次全面分析了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达及其对预后和辅助化疗反应的影响 | 研究为回顾性分析,可能存在选择偏倚 | 评估Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的临床意义及治疗潜力 | 结肠癌患者中的Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 结肠癌 | 免疫组织化学、免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 组织样本 | 两个不同医疗中心的临床队列 | NA | NA | NA | NA |
| 372 | 2024-08-07 |
UFL1 ablation in T cells suppresses PD-1 UFMylation to enhance anti-tumor immunity
2024-Mar-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.01.024
PMID:38377992
|
研究论文 | 本研究探讨了UFMylation在T细胞中的生理作用,特别是UFL1 E3连接酶在调节PD-1 UFMylation和增强抗肿瘤免疫中的作用。 | 首次揭示了UFL1通过促进PD-1 UFMylation来拮抗PD-1的泛素化和降解,以及AMPK通过磷酸化UFL1来破坏PD-1 UFMylation的机制。 | NA | 探究UFMylation在T细胞中的生理作用及其在癌症治疗中的潜在应用。 | UFL1 E3连接酶在T细胞中的功能及其对PD-1 UFMylation的影响。 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Ufl1条件性敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 373 | 2024-08-07 |
Lower respiratory tract single-cell RNA sequencing and neutrophil extracellular trap profiling of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: a single centre, retrospective, observational study
2024-03, The Lancet. Microbe
DOI:10.1016/S2666-5247(23)00368-3
PMID:38280387
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和嗜中性粒细胞外捕获物(NETs)分析,探讨了COVID-19相关肺曲霉病(CAPA)患者的免疫特征,特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度 | 首次详细描述了CAPA患者的免疫细胞景观,特别是嗜中性粒细胞的成熟轨迹和NETs的形成,以及这些特征与患者预后的关系 | 本研究为回顾性观察研究,样本量有限,且仅在一个中心进行 | 旨在描述重症COVID-19患者,无论是否伴有CAPA,其免疫特征,特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度 | 重症COVID-19患者,包括伴有和不伴有CAPA的患者 | 数字病理学 | COVID-19相关肺曲霉病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 43份支气管肺泡灌洗样本,59名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 374 | 2024-08-07 |
Identification, sorting and profiling of functional killer cells via the capture of fluorescent target-cell lysate
2024-Mar, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-023-01089-z
PMID:37652987
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PAINTKiller的流式细胞术兼容检测方法,用于准确识别和分离共培养物中的功能性杀伤细胞亚群 | 该方法通过检测被裂解细胞内荧光蛋白在裂解细胞表面的标记,实现了对杀伤细胞亚群的精确识别和分离 | NA | 开发一种新的检测方法,用于评估细胞介导的细胞毒性,并能够识别和分离细胞毒性效应细胞的亚群 | 功能性杀伤细胞亚群的识别和分离 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 375 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk RNA sequencing highlights the role of M1-like infiltrating macrophages in antibody-mediated rejection after kidney transplantation
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27865
PMID:38524599
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析,揭示了肾移植后抗体介导排斥反应中M1样浸润巨噬细胞的作用 | 首次详细描述了肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的亚群及其在病理和预后中的作用 | 研究主要基于已有的数据库和临床数据,未涉及前瞻性临床试验 | 探讨肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的表型、起源和机制 | 肾移植后抗体介导排斥反应中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 五份肾移植后活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 376 | 2024-08-04 |
Dynamic video recognition for cell-encapsulating microfluidic droplets
2024-Mar-25, The Analyst
DOI:10.1039/d4an00022f
PMID:38441128
|
研究论文 | 本研究探讨了在微流体液滴视频识别中应用弱监督细胞计数网络的软件 | 提出了一种实时视频处理方法,能够在没有监督位置信息的情况下准确定位液滴和被包覆的细胞,并显著减少标注工作量 | 未提及研究的具体限制 | 优化液滴微流控技术中的质量控制,并提高基于视频识别的细胞包覆评估 | 主要研究不同微流体结构中包覆六种类型细胞/珠子的液滴 | 数字病理学 | NA | 弱监督细胞计数网络 | NA | 视频 | 六种类型的细胞/珠子液滴 | NA | NA | NA | NA |
| 377 | 2024-08-04 |
Spatial High-resolution Analysis of Gene Expression Levels in Tendons
2024-Mar-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65852
PMID:38526117
|
method paper | 本文集中于使用新型原位杂交实验分析肌腱组织中基因表达水平的空间方法 | 提出了一种新的在单细胞水平上检测目标RNA的技术,并增强了对肌腱细胞的分子表征 | 尚未讨论在多种动物模型或人类肌腱组织分析中的潜在局限性 | 研究和分析肌腱中基因表达水平的空间分布 | 肌腱组织中的特定细胞以及其他富含基质的组织如骨、软骨和韧带 | 数字病理学 | NA | 原位杂交 | NA | NA | 不同动物模型和人类肌腱组织的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 378 | 2024-08-04 |
Dynamic YAP expression in the non-parenchymal liver cell compartment controls heterologous cell communication
2024-Mar-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05126-1
PMID:38436764
|
研究论文 | 该文章探讨了YAP和TAZ在小鼠非实质性肝细胞中的动态表达如何控制细胞间的通信。 | 提出了一种新的机制,说明YAP如何通过影响非实质性细胞的细胞间通信来促进炎症。 | 研究主要集中在小鼠模型,结果是否适用于人类尚不清楚 | 研究YAP和TAZ的失活对肝细胞特征和细胞间通信的影响 | 使用了专门缺失YAP和TAZ的小鼠模型进行观察 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 免疫组化,单细胞测序,蛋白质组学 | NA | 组织样本,血清 | YAPKO和DKO小鼠,具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 379 | 2024-08-07 |
Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer
2024-Mar-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46912-6
PMID:38519500
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了头颈部鳞状细胞癌在不同阶段的肿瘤生态系统进展轨迹 | 首次揭示了恶性上皮细胞的转录发育轨迹及由TFDP1调控的肿瘤生成上皮亚群,并发现了POSTN纤维母细胞和SPP1巨噬细胞在肿瘤进展中的浸润增加及其与恶性细胞的相互作用增强 | NA | 旨在更好地表征头颈部鳞状细胞癌的肿瘤进展轨迹 | 头颈部鳞状细胞癌的正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种组织样本,包括正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织 | NA | NA | NA | NA |
| 380 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis identifies a tumor immune microenvironment-related lncRNA signature in lung adenocarcinoma
2024-Mar-22, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-01866-5
PMID:38519942
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,识别出与肺腺癌肿瘤免疫微环境相关的长非编码RNA(lncRNA)特征 | 首次开发了一种基于肿瘤免疫微环境相关lncRNA的特征(TRLS),该特征在预测肺腺癌患者总体生存方面表现出色,并显示出对免疫治疗的敏感性 | NA | 开发一种新的工具,用于肺腺癌患者的个性化治疗和预后管理 | 肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境相关的lncRNA | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | 机器学习框架 | RNA测序数据 | 1368名肺腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |