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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-07 |
Versican Promotes Cardiomyocyte Proliferation and Cardiac Repair
2024-03-26, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 研究探讨了versican在心肌细胞增殖和心脏修复中的作用 | 首次揭示了versican作为心脏成纤维细胞来源的促进增殖的蛋白聚糖,并阐明了其在促进成年心脏修复中的作用 | NA | 探究versican在心肌细胞增殖和心脏修复中的作用 | 新生和成年小鼠的心脏 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、液相色谱-质谱分析、Western blot、免疫染色、定量逆转录聚合酶链反应、Masson三色染色、超声心动图 | NA | NA | 新生和成年小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 362 | 2024-08-07 |
DESP demixes cell-state profiles from dynamic bulk molecular measurements
2024-Mar-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100729
PMID:38490205
|
research paper | 本文介绍了一种名为DESP的算法,该算法利用单细胞RNA测序等独立估计的细胞状态比例,解析细胞状态对批量分子测量(特别是定量蛋白质组学)的相对贡献 | DESP算法能够从批量分子测量中准确重建细胞状态特征,为研究细胞状态水平的蛋白质组和其他分子谱提供了一个可推广的计算框架 | NA | 开发一种算法,用于解析细胞状态对批量分子测量的贡献,并提供对细胞状态水平分子谱的研究方法 | 细胞状态对批量分子测量的贡献,特别是蛋白质组和转录组的测量 | machine learning | NA | single-cell RNA sequencing, quantitative proteomics | DESP algorithm | proteome, transcriptome | NA | NA | NA | NA | NA |
| 363 | 2024-08-07 |
Anchored-fusion enables targeted fusion search in bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-Mar-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100733
PMID:38503288
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Anchored-fusion的高灵敏度融合基因检测工具,该工具能够锚定感兴趣的基因并恢复传统算法通常过滤掉的短读序列匹配 | Anchored-fusion包含基于深度学习层次结构的模块,采用自蒸馏学习(HVLD)有效过滤假阳性融合片段,同时保持真实融合基因 | NA | 开发一种高灵敏度的融合基因检测工具,适用于低测序深度的应用 | 融合基因的检测 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 深度学习 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 364 | 2024-08-04 |
EIF2Ss, a Novel c-Myc-Correlated Gene Family, is Associated with Poor Prognosis and Immune Infiltration in Pancreatic Adenocarcinoma
2024-Mar-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2903119
PMID:38538250
|
研究论文 | 本研究分析了EIF2S基因家族在胰腺腺癌中的诊断、预后和治疗中的作用 | 发现EIF2S在胰腺腺癌组织中高表达,并与不良预后和免疫浸润相关 | 尚未报告EIF2S在PAAD中的具体功能机制 | 探讨EIF2S基因家族与胰腺腺癌的关系 | 胰腺腺癌患者的基因表达和生存情况 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),功能富集分析,免疫共沉淀,质谱分析,西方印迹 | NA | 基因表达数据 | 基于TCGA数据库,具体样本数未提供 | NA | NA | NA | NA |
| 365 | 2024-08-04 |
Construction of an immune predictive model and identification of TRIP6 as a prognostic marker and therapeutic target of CRC by integration of single-cell and bulk RNA-seq data
2024-Mar-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03658-w
PMID:38430268
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研究论文 | 本研究构建了一个免疫预测模型,并识别了TRIP6作为结直肠癌的预后标志物和治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序和总RNA测序数据构建了结直肠癌的分子免疫预测模型 | 未能深入探讨模型的临床应用效果 | 识别结直肠癌患者的免疫状态,并构建预后模型以预测患者结果 | 结直肠癌患者的免疫细胞浸润和关键基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq,单细胞RNA-seq | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 包含来自GEO的结直肠癌单细胞RNA-seq数据和UCSC Xena的总RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 366 | 2024-08-04 |
Proteomic and transcriptomic profiling of brainstem, cerebellum and olfactory tissues in early- and late-phase COVID-19
2024-Mar, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01573-y
PMID:38366144
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研究论文 | 本文分析了不同阶段COVID-19患者脑干、脑小脑和嗅觉组织的蛋白质组和转录组特征 | 首次通过单核RNA测序和空间转录组学整合分析COVID-19不同阶段的神经炎症反应 | 研究对象为已故个体,可能会影响结果的临床适用性 | 探讨COVID-19过程中神经系统的免疫反应及其对神经功能的影响 | 不同阶段的COVID-19患者的脑干组织 | 数字病理学 | COVID-19 | 单核RNA测序和空间转录组学 | NA | 组织样本 | 不同阶段的已故COVID-19患者脑干组织 | NA | NA | NA | NA |
| 367 | 2024-08-04 |
Mutational signature and prognosis in adenocarcinoma of the bladder
2024-03, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6239
PMID:38180342
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研究论文 | 本文揭示了膀胱腺癌的突变和转录组特征,并评估了其与预后的关系 | 首次报告了膀胱腺癌中与化学致癌物相关的突变特征,并与预后相关联 | 样本数量较少,仅包含23名患者,可能限制结果的广泛适用性 | 揭示膀胱腺癌的突变和转录组特征 | 23名膀胱腺癌患者,包括16名原发性膀胱腺癌患者和7名尿管腺癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 全外显子测序、全基因组测序、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 23个样本,包含16个原发性膀胱腺癌和7个尿管腺癌 | NA | NA | NA | NA |
| 368 | 2024-08-04 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA-seq reveals the molecular characterization of the immune microenvironment and oxidative stress signature in melanoma
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28244
PMID:38560689
|
研究论文 | 本研究探讨了黑色素瘤免疫微环境和氧化应激特征的异质性。 | 通过整合散装和单细胞RNA测序数据,识别出六种肿瘤亚群,并构建了预测风险模型。 | 研究主要集中在黑色素瘤上,可能无法推广至其他类型肿瘤。 | 旨在分析黑色素瘤的免疫微环境和氧化应激标志物的分子特征。 | 研究对象为黑色素瘤的细胞及其脉络中的免疫细胞。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA-seq | NA | 单细胞和散装RNA测序数据 | 不明确提供样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 369 | 2024-08-07 |
An immune cell map of human lung adenocarcinoma development reveals an anti-tumoral role of the Tfh-dependent tertiary lymphoid structure
2024-Mar-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101448
PMID:38458196
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了人肺腺癌发展过程中的免疫细胞图谱,揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在抗肿瘤中的作用 | 首次揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在人肺腺癌发展中的抗肿瘤作用,并通过IL-21-IL-21受体信号通路介导 | 研究主要基于小鼠模型,需要在人体中进一步验证 | 探究人肺腺癌发展过程中的免疫反应及其对患者生存的影响 | 人肺腺癌发展过程中的免疫细胞及其动态变化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 370 | 2024-08-04 |
Identification of spatially-resolved markers of malignant transformation in Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms
2024-Mar-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46994-2
PMID:38553466
|
研究论文 | 该论文研究了乳头状粘液性肿瘤中的恶性转化的空间分辨标记 | 本研究确认了乳头状粘液性肿瘤的亚型特异性标记,为风险分层提供了新的分子依据 | 研究依赖于两个独立患者队列,但可能存在样本多样性和外部验证的不足 | 研究乳头状粘液性肿瘤中恶性转化的分子标记 | 调查乳头状粘液性肿瘤患者的亚型特异性分子标记 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 两个独立的患者队列 | NA | NA | NA | NA |
| 371 | 2024-08-07 |
Aberrant activated Notch1 promotes prostate enlargement driven by androgen signaling via disrupting mitochondrial function in mouse
2024-Mar-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05143-0
PMID:38538986
|
研究论文 | 本研究证明过度激活的Notch1信号在小鼠前列腺上皮细胞中通过增强增殖和抑制凋亡导致前列腺增大 | 揭示了过度激活的Notch1信号通过增加雄激素受体敏感性、破坏细胞线粒体代谢、增加活性氧和增加前体细胞数量诱导前列腺增大的机制,并发现N-乙酰-L-半胱氨酸治疗可以缓解这种过度激活引起的增生 | NA | 探讨Notch信号在前列腺增大和增生中的潜在调控机制 | 小鼠前列腺上皮细胞和人类良性前列腺增生患者 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | scRNA-seq | NA | 细胞 | 涉及小鼠和人类良性前列腺增生患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 372 | 2024-08-07 |
Analysis of the effect of CCR7 on the microenvironment of mouse oral squamous cell carcinoma by single-cell RNA sequencing technology
2024-Mar-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03013-y
PMID:38539232
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析CCR7对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析CCR7基因敲除对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境中细胞类型和基因表达的影响 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类口腔鳞状细胞癌中验证CCR7的作用 | 探讨CCR7在口腔鳞状细胞癌微环境中的作用 | CCR7基因敲除小鼠和野生型小鼠的口腔鳞状细胞癌模型 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三只CCR7基因敲除小鼠和三只野生型小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 373 | 2024-08-07 |
Single-cell atlas of the small intestine throughout the human lifespan demonstrates unique features of fetal immune cells
2024-Mar-28, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2024.03.011
PMID:38555026
|
研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集,创建了人类小肠在整个生命周期中的转录组图谱,特别关注免疫细胞,并揭示了胎儿期小肠免疫细胞的独特特征 | 首次展示了胎儿小肠免疫细胞的复杂免疫景观,并识别了其在整个生命周期中的变化 | NA | 探讨人类小肠黏膜免疫系统的发育过程及其在不同生命阶段的特点 | 人类小肠的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 涵盖从第一孕期到成年的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 374 | 2024-08-04 |
Systematic immune cell dysregulation and molecular subtypes revealed by single-cell RNA-seq of subjects with type 1 diabetes
2024-Mar-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01300-z
PMID:38539228
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病患者的免疫细胞失调及其分子亚型 | 首次在单细胞层面全面评估1型糖尿病中的免疫细胞表型 | 可能缺乏其他类型糖尿病的对照数据 | 评估1型糖尿病的免疫细胞特征及分子亚型 | 46名明显的1型糖尿病患者和31名匹配的对照者 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 46名1型糖尿病患者和31名对照者 | NA | NA | NA | NA |
| 375 | 2024-08-07 |
Pan-cancer evaluation of regulated cell death to predict overall survival and immune checkpoint inhibitor response
2024-Mar-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00570-5
PMID:38538696
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研究论文 | 本研究评估了调控细胞死亡(RCD)在泛癌水平上的状态及其与免疫检查点抑制剂(ICI)反应和总体生存率的关系 | 首次在泛癌水平上全面评估RCD状态及其相关特征,并开发了用于预测ICI反应和总体生存率的RCD签名 | NA | 探索RCD状态作为预测恶性肿瘤患者ICI反应和总体生存率的生物标志物的潜力 | RCD水平在30种癌症类型、29种正常组织和82个scRNA-Seq数据集中的2,573,921个细胞中的分布 | 数字病理学 | 泛癌 | scRNA-Seq | 机器学习算法 | 数据集 | 30种癌症类型,29种正常组织,2,573,921个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 376 | 2024-08-04 |
Cell Heterogeneity and Variability in Peripheral Nerve after Injury
2024-Mar-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25063511
PMID:38542483
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综述 | 本文总结了外周神经损伤后的细胞异质性和变异性。 | 本研究通过总结当前的测序数据,揭示了外周神经中特别是坐骨神经的细胞异质性。 | 没有提到具体的实验数据,主要依赖于现有文献的汇总。 | 研究外周神经的细胞组成和其在损伤后的变化。 | 探讨施旺细胞、成纤维细胞、免疫细胞和内皮细胞的细胞变异。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 377 | 2024-08-07 |
Subepithelial Stromal Cells: Their Roles and Interactions with Intestinal Epithelial Cells during Gut Mucosal Homeostasis and Regeneration
2024-Mar-17, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12030668
PMID:38540281
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综述 | 本文综述了肠道黏膜稳态和再生过程中上皮下基质细胞与肠上皮细胞的相互作用及其功能 | 利用单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、共聚焦显微镜和计算重构等新技术,识别和表征了特定的肠道间质干细胞亚群 | 由于缺乏大多数功能同质亚群的特异性标记,探索这些异质性肠道间质干细胞的功能仍然具有挑战性 | 旨在理解调控这些细胞激活的细胞途径及其在肠上皮再生过程中的相互作用 | 肠道间质干细胞及其在肠道形态发生、稳态和再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS), 共聚焦显微镜 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 378 | 2024-08-04 |
A Retrospective View of the Triple-Negative Breast Cancer Microenvironment: Novel Markers, Interactions, and Mechanisms of Tumor-Associated Components Using Public Single-Cell RNA-Seq Datasets
2024-Mar-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16061173
PMID:38539508
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研究论文 | 该文章回顾了三阴性乳腺癌的肿瘤微环境,探讨了新的标记物、相互作用及相关机制 | 通过公共单细胞RNA测序数据集发现了特定的TNBC标记和细胞类型间的相互作用 | 该研究使用了公共数据集,可能限制了对特定临床背景的分析 | 寻找新的治疗靶点,以更好地理解三阴性乳腺癌的肿瘤微环境 | 分析三阴性乳腺癌肿瘤细胞及其微环境中的不同细胞类型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 利用公共单细胞RNA测序数据集分析多种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 379 | 2024-08-07 |
Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Elucidate the Etiology of Severe COVID-19
2024-Mar-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25063280
PMID:38542251
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序技术,探讨了严重COVID-19的潜在病因及其与系统性自身免疫疾病的相似性 | 本研究首次综合分析了批量和单细胞RNA测序数据,揭示了严重COVID-19与炎症相关基因的上调关系 | NA | 阐明严重COVID-19的病因 | 严重COVID-19的基因表达模式及其与炎症综合征的关联 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 27项研究和8项meta分析的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 380 | 2024-08-04 |
Unveiling Shared Immune Responses in Porcine Alveolar Macrophages during ASFV and PRRSV Infection Using Single-Cell RNA-seq
2024-Mar-12, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms12030563
PMID:38543614
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研究论文 | 本研究揭示了非洲猪瘟病毒(ASFV)和猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)感染期间猪肺泡巨噬细胞的共同免疫反应 | 首次比较了ASFV和PRRSV感染后猪肺泡巨噬细胞共享的免疫反应 | 本研究可能仅适用于特定的细胞类型和病毒模型,结果的普遍性尚待验证 | 研究ASFV和PRRSV感染对猪肺泡巨噬细胞免疫反应的影响 | 猪肺泡巨噬细胞(PAMs)在ASFV和PRRSV感染后的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用两个单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |