单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-08-07	UFL1 ablation in T cells suppresses PD-1 UFMylation to enhance anti-tumor immunity 2024-Mar-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.01.024 PMID:38377992	研究论文	本研究探讨了UFMylation在T细胞中的生理作用，特别是UFL1 E3连接酶在调节PD-1 UFMylation和增强抗肿瘤免疫中的作用。	首次揭示了UFL1通过促进PD-1 UFMylation来拮抗PD-1的泛素化和降解，以及AMPK通过磷酸化UFL1来破坏PD-1 UFMylation的机制。	NA	探究UFMylation在T细胞中的生理作用及其在癌症治疗中的潜在应用。	UFL1 E3连接酶在T细胞中的功能及其对PD-1 UFMylation的影响。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	Ufl1条件性敲除小鼠
362	2024-08-07	Molecular assessment of intratumoral immune cell subsets and potential mechanisms of resistance to odronextamab, a CD20×CD3 bispecific antibody, in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2024-Mar-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008338 PMID:38519055	研究论文	本研究评估了复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者肿瘤内免疫细胞亚群及对CD20×CD3双特异性抗体odronextamab的耐药机制。	研究发现了肿瘤程序性死亡配体1表达与odronextamab反应性增加之间的潜在联系，以及CD20表达通过失活基因突变作为耐药机制的可能性。	研究主要集中在复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者，可能不适用于其他类型的淋巴瘤或疾病。	旨在探索复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者对odronextamab的耐药机制及潜在的生物标志物。	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者及其肿瘤内免疫细胞亚群。	数字病理学	淋巴瘤	免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序和全基因组测序	NA	基因组数据	参与ELM-1研究的复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者
363	2024-08-07	Lower respiratory tract single-cell RNA sequencing and neutrophil extracellular trap profiling of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: a single centre, retrospective, observational study 2024-03, The Lancet. Microbe DOI:10.1016/S2666-5247(23)00368-3 PMID:38280387	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和嗜中性粒细胞外捕获物（NETs）分析，探讨了COVID-19相关肺曲霉病（CAPA）患者的免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	首次详细描述了CAPA患者的免疫细胞景观，特别是嗜中性粒细胞的成熟轨迹和NETs的形成，以及这些特征与患者预后的关系	本研究为回顾性观察研究，样本量有限，且仅在一个中心进行	旨在描述重症COVID-19患者，无论是否伴有CAPA，其免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	重症COVID-19患者，包括伴有和不伴有CAPA的患者	数字病理学	COVID-19相关肺曲霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	43份支气管肺泡灌洗样本，59名患者
364	2024-08-07	Identification, sorting and profiling of functional killer cells via the capture of fluorescent target-cell lysate 2024-Mar, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01089-z PMID:37652987	研究论文	本文介绍了一种名为PAINTKiller的流式细胞术兼容检测方法，用于准确识别和分离共培养物中的功能性杀伤细胞亚群	该方法通过检测被裂解细胞内荧光蛋白在裂解细胞表面的标记，实现了对杀伤细胞亚群的精确识别和分离	NA	开发一种新的检测方法，用于评估细胞介导的细胞毒性，并能够识别和分离细胞毒性效应细胞的亚群	功能性杀伤细胞亚群的识别和分离	细胞生物学	NA	流式细胞术	NA	细胞	NA
365	2024-08-07	Single-cell and bulk RNA sequencing highlights the role of M1-like infiltrating macrophages in antibody-mediated rejection after kidney transplantation 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27865 PMID:38524599	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了肾移植后抗体介导排斥反应中M1样浸润巨噬细胞的作用	首次详细描述了肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的亚群及其在病理和预后中的作用	研究主要基于已有的数据库和临床数据，未涉及前瞻性临床试验	探讨肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的表型、起源和机制	肾移植后抗体介导排斥反应中的巨噬细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五份肾移植后活检样本
366	2024-08-04	Dynamic video recognition for cell-encapsulating microfluidic droplets 2024-Mar-25, The Analyst DOI:10.1039/d4an00022f PMID:38441128	研究论文	本研究探讨了在微流体液滴视频识别中应用弱监督细胞计数网络的软件	提出了一种实时视频处理方法，能够在没有监督位置信息的情况下准确定位液滴和被包覆的细胞，并显著减少标注工作量	未提及研究的具体限制	优化液滴微流控技术中的质量控制，并提高基于视频识别的细胞包覆评估	主要研究不同微流体结构中包覆六种类型细胞/珠子的液滴	数字病理学	NA	弱监督细胞计数网络	NA	视频	六种类型的细胞/珠子液滴
367	2024-08-04	Spatial High-resolution Analysis of Gene Expression Levels in Tendons 2024-Mar-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65852 PMID:38526117	method paper	本文集中于使用新型原位杂交实验分析肌腱组织中基因表达水平的空间方法	提出了一种新的在单细胞水平上检测目标RNA的技术，并增强了对肌腱细胞的分子表征	尚未讨论在多种动物模型或人类肌腱组织分析中的潜在局限性	研究和分析肌腱中基因表达水平的空间分布	肌腱组织中的特定细胞以及其他富含基质的组织如骨、软骨和韧带	数字病理学	NA	原位杂交	NA	NA	不同动物模型和人类肌腱组织的样本
368	2024-08-04	Dynamic YAP expression in the non-parenchymal liver cell compartment controls heterologous cell communication 2024-Mar-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05126-1 PMID:38436764	研究论文	该文章探讨了YAP和TAZ在小鼠非实质性肝细胞中的动态表达如何控制细胞间的通信。	提出了一种新的机制，说明YAP如何通过影响非实质性细胞的细胞间通信来促进炎症。	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚不清楚	研究YAP和TAZ的失活对肝细胞特征和细胞间通信的影响	使用了专门缺失YAP和TAZ的小鼠模型进行观察	数字病理学	肝脏疾病	免疫组化，单细胞测序，蛋白质组学	NA	组织样本，血清	YAPKO和DKO小鼠，具体样本数量未提及
369	2024-08-07	Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46912-6 PMID:38519500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了头颈部鳞状细胞癌在不同阶段的肿瘤生态系统进展轨迹	首次揭示了恶性上皮细胞的转录发育轨迹及由TFDP1调控的肿瘤生成上皮亚群，并发现了POSTN纤维母细胞和SPP1巨噬细胞在肿瘤进展中的浸润增加及其与恶性细胞的相互作用增强	NA	旨在更好地表征头颈部鳞状细胞癌的肿瘤进展轨迹	头颈部鳞状细胞癌的正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织样本	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织样本，包括正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织
370	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis identifies a tumor immune microenvironment-related lncRNA signature in lung adenocarcinoma 2024-Mar-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01866-5 PMID:38519942	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与肺腺癌肿瘤免疫微环境相关的长非编码RNA（lncRNA）特征	首次开发了一种基于肿瘤免疫微环境相关lncRNA的特征（TRLS），该特征在预测肺腺癌患者总体生存方面表现出色，并显示出对免疫治疗的敏感性	NA	开发一种新的工具，用于肺腺癌患者的个性化治疗和预后管理	肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境相关的lncRNA	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	机器学习框架	RNA测序数据	1368名肺腺癌患者
371	2024-08-07	Involvement of TGFBI-TAGLN axis in cancer stem cell property of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57478-0 PMID:38514830	研究论文	本研究探讨了TGFBI在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其通过TAGLN轴促进癌症干细胞特性的机制	首次揭示了TGFBI通过上调TAGLN促进HNSCC中癌症干细胞特性的新机制	NA	阐明TGFBI对HNSCC细胞恶性行为的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	使用TCGA数据库中的RNA测序数据进行验证
372	2024-08-04	Transcriptomic changes associated with oral immunotherapy for food allergy 2024-Mar, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology IF:4.3Q1 DOI:10.1111/pai.14106 PMID:38520061	综述	这篇综述总结了与口服免疫疗法相关的转录通路的最新进展	采用单细胞测序等技术，提供了对口服免疫疗法后基因表达变化的新见解	对长期和明确临床结果相关的免疫特征的研究仍然不足	研究口服免疫疗法后免疫机制的转录变化	关注过敏性食物患者在接受口服免疫疗法后的基因表达变化	数字病理学	食物过敏	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
373	2024-08-04	Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754 PMID:38428147	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞	识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因，提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点	本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰，针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议	探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因	本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA-seq和总体RNA-seq	NA	基因表达数据	包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本
374	2024-08-07	Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696 PMID:38412672	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂（ICBs）联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效，并发现与主要病理反应（MPR）相关的免疫预测因子。	本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定时间段内的患者。	研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。	局部晚期食管癌患者。	免疫学	食管癌	Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光	NA	RNA序列数据, 免疫荧光图像	76名患者
375	2024-08-04	eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05724-7 PMID:38486150	研究论文	本文介绍了eSVD-DE，一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法	提出了一种新的矩阵分解方法，能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试	在较大的数据集中，可能仍然存在一些人类变异的影响	旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因	对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	使用了多个生物系统的已发布数据集
376	2024-08-07	Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes 2024-Mar-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25053071 PMID:38474316	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据，研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式	大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据
377	2024-08-04	eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568369 PMID:38045428	研究论文	本文提出了一种新方法eSVD-DE，用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因	eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息，并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异	本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战	旨在开发一套新方法，分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因	研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	多个生物系统的已发布数据集
378	2024-08-07	The pelvic organs receive no parasympathetic innervation 2024-Mar-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91576 PMID:38488657	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术，发现小鼠盆腔神经节由四种不同于交感和副交感神经元的神经元组成，这些神经元与交感神经元有亲缘关系，但不与副交感神经元相关。研究还表明，脊髓腰段节前神经元在盆腔神经节中与去甲肾上腺素能和胆碱能细胞形成突触，这两种细胞均作为交感神经的传递介质。因此，盆腔器官不接受来自副交感或典型交感神经元的神经支配，而是接受来自交感神经链末端分支的神经支配，负责其特有的功能。	本研究首次揭示了盆腔神经节中的神经元类型及其与交感和副交感神经元的关系，并证明了盆腔器官不接受副交感神经的神经支配。	NA	探讨盆腔器官的自主神经支配机制	小鼠盆腔神经节中的神经元类型及其功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
379	2024-08-04	STEP: profiling cellular-specific targets and pathways of bioactive small molecules in tissues via integrating single-cell transcriptomics and chemoproteomics 2024-Mar-20, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d3sc04826h PMID:38516082	研究论文	本文提出了一种新颖的多组学集成管道STEP，能够在单细胞分辨率下剖析哺乳动物组织中的蛋白质靶标。	STEP是一种新策略，首次实现了细胞特异性靶标和功能过程的全球剖析，提供了前所未有的分辨率。	未提及具体的局限性	本研究旨在提升对生物活性小分子的药物作用机制的理解。	研究对象为哺乳动物组织中的生物活性小分子及其细胞靶标。	化学生物学	NA	单细胞转录组学与化学蛋白组学的集成	NA	蛋白质靶标数据	采用了经典药物（如阿司匹林、马兜铃酸和顺铂）作为示例
380	2024-08-04	Single cell atlas of Xenoturbella bocki highlights limited cell-type complexity 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45956-y PMID:38503762	研究论文	这篇文章展示了对海洋生物Xenoturbella bocki进行单细胞RNA测序的研究，突出了其细胞类型的复杂性有限。	首次通过单细胞RNA测序揭示了Xenacoelomorpha的细胞类型补充，提供了与其他动物的比较。	研究主要集中在单一物种上，可能无法全面代表整个Xenacoelomorpha门的细胞类型多样性。	探索Xenacoelomorpha中的细胞类型及其与其他生物的关系，理解动物细胞类型演化。	研究对象为海洋生物Xenoturbella bocki及其细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及Xenoturbella bocki的样本