单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-07	Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46912-6 PMID:38519500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了头颈部鳞状细胞癌在不同阶段的肿瘤生态系统进展轨迹	首次揭示了恶性上皮细胞的转录发育轨迹及由TFDP1调控的肿瘤生成上皮亚群，并发现了POSTN纤维母细胞和SPP1巨噬细胞在肿瘤进展中的浸润增加及其与恶性细胞的相互作用增强	NA	旨在更好地表征头颈部鳞状细胞癌的肿瘤进展轨迹	头颈部鳞状细胞癌的正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织样本	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织样本，包括正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织
342	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis identifies a tumor immune microenvironment-related lncRNA signature in lung adenocarcinoma 2024-Mar-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01866-5 PMID:38519942	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与肺腺癌肿瘤免疫微环境相关的长非编码RNA（lncRNA）特征	首次开发了一种基于肿瘤免疫微环境相关lncRNA的特征（TRLS），该特征在预测肺腺癌患者总体生存方面表现出色，并显示出对免疫治疗的敏感性	NA	开发一种新的工具，用于肺腺癌患者的个性化治疗和预后管理	肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境相关的lncRNA	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	机器学习框架	RNA测序数据	1368名肺腺癌患者
343	2024-08-07	Involvement of TGFBI-TAGLN axis in cancer stem cell property of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57478-0 PMID:38514830	研究论文	本研究探讨了TGFBI在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其通过TAGLN轴促进癌症干细胞特性的机制	首次揭示了TGFBI通过上调TAGLN促进HNSCC中癌症干细胞特性的新机制	NA	阐明TGFBI对HNSCC细胞恶性行为的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	使用TCGA数据库中的RNA测序数据进行验证
344	2024-08-04	Transcriptomic changes associated with oral immunotherapy for food allergy 2024-Mar, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology IF:4.3Q1 DOI:10.1111/pai.14106 PMID:38520061	综述	这篇综述总结了与口服免疫疗法相关的转录通路的最新进展	采用单细胞测序等技术，提供了对口服免疫疗法后基因表达变化的新见解	对长期和明确临床结果相关的免疫特征的研究仍然不足	研究口服免疫疗法后免疫机制的转录变化	关注过敏性食物患者在接受口服免疫疗法后的基因表达变化	数字病理学	食物过敏	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
345	2024-08-04	Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals 2024-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29539 PMID:38516755	研究论文	本研究评估了SARS-CoV-2疫苗接种后近期异基因移植患者与健康个体的CD8+ T细胞反应的比较	该研究首次通过单细胞转录组学分析比较了异基因移植患者与健康个体对疫苗接种的CD8+ T细胞反应	研究中保护性抗体浓度仅在40%的患者中检测到，且样本数量可能影响结论	研究目的在于模拟分析异基因造血干细胞移植患者的免疫反应和疫苗效应	研究对象为近期接受异基因移植的患者及健康疫苗接种者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，T细胞受体/B细胞受体分析	NA	基因表达数据，免疫学数据	NA
346	2024-08-04	Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754 PMID:38428147	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞	识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因，提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点	本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰，针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议	探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因	本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA-seq和总体RNA-seq	NA	基因表达数据	包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本
347	2024-08-07	Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696 PMID:38412672	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂（ICBs）联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效，并发现与主要病理反应（MPR）相关的免疫预测因子。	本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定时间段内的患者。	研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。	局部晚期食管癌患者。	免疫学	食管癌	Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光	NA	RNA序列数据, 免疫荧光图像	76名患者
348	2024-08-04	eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05724-7 PMID:38486150	研究论文	本文介绍了eSVD-DE，一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法	提出了一种新的矩阵分解方法，能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试	在较大的数据集中，可能仍然存在一些人类变异的影响	旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因	对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	使用了多个生物系统的已发布数据集
349	2024-08-07	Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes 2024-Mar-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25053071 PMID:38474316	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据，研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式	大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据
350	2024-08-04	eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568369 PMID:38045428	研究论文	本文提出了一种新方法eSVD-DE，用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因	eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息，并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异	本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战	旨在开发一套新方法，分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因	研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	多个生物系统的已发布数据集
351	2024-08-07	The pelvic organs receive no parasympathetic innervation 2024-Mar-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91576 PMID:38488657	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术，发现小鼠盆腔神经节由四种不同于交感和副交感神经元的神经元组成，这些神经元与交感神经元有亲缘关系，但不与副交感神经元相关。研究还表明，脊髓腰段节前神经元在盆腔神经节中与去甲肾上腺素能和胆碱能细胞形成突触，这两种细胞均作为交感神经的传递介质。因此，盆腔器官不接受来自副交感或典型交感神经元的神经支配，而是接受来自交感神经链末端分支的神经支配，负责其特有的功能。	本研究首次揭示了盆腔神经节中的神经元类型及其与交感和副交感神经元的关系，并证明了盆腔器官不接受副交感神经的神经支配。	NA	探讨盆腔器官的自主神经支配机制	小鼠盆腔神经节中的神经元类型及其功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
352	2024-08-04	STEP: profiling cellular-specific targets and pathways of bioactive small molecules in tissues via integrating single-cell transcriptomics and chemoproteomics 2024-Mar-20, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d3sc04826h PMID:38516082	研究论文	本文提出了一种新颖的多组学集成管道STEP，能够在单细胞分辨率下剖析哺乳动物组织中的蛋白质靶标。	STEP是一种新策略，首次实现了细胞特异性靶标和功能过程的全球剖析，提供了前所未有的分辨率。	未提及具体的局限性	本研究旨在提升对生物活性小分子的药物作用机制的理解。	研究对象为哺乳动物组织中的生物活性小分子及其细胞靶标。	化学生物学	NA	单细胞转录组学与化学蛋白组学的集成	NA	蛋白质靶标数据	采用了经典药物（如阿司匹林、马兜铃酸和顺铂）作为示例
353	2024-08-04	Single cell atlas of Xenoturbella bocki highlights limited cell-type complexity 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45956-y PMID:38503762	研究论文	这篇文章展示了对海洋生物Xenoturbella bocki进行单细胞RNA测序的研究，突出了其细胞类型的复杂性有限。	首次通过单细胞RNA测序揭示了Xenacoelomorpha的细胞类型补充，提供了与其他动物的比较。	研究主要集中在单一物种上，可能无法全面代表整个Xenacoelomorpha门的细胞类型多样性。	探索Xenacoelomorpha中的细胞类型及其与其他生物的关系，理解动物细胞类型演化。	研究对象为海洋生物Xenoturbella bocki及其细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及Xenoturbella bocki的样本
354	2024-08-07	Long-term effects of Omicron BA.2 breakthrough infection on immunity-metabolism balance: a 6-month prospective study 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46692-z PMID:38503738	研究论文	本研究追踪了轻度BA.2突破性感染康复者在六个月内的免疫代谢平衡情况	首次详细探讨了Omicron BA.2突破性感染后长期免疫代谢失衡的机制和病理特征	研究仅限于轻度BA.2突破性感染康复者，可能无法完全代表所有感染情况	评估COVID-19长期影响及Omicron突破性感染后的免疫恢复情况，为理解疾病和新一代疫苗管理提供依据	轻度BA.2突破性感染康复者	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液检测数据	具体样本数量未在摘要中提及
355	2024-08-07	CD38-RyR2 axis-mediated signaling impedes CD8+ T cell response to anti-PD1 therapy in cancer 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2315989121 PMID:38451948	研究论文	本文探讨了CD38通过RyR2轴介导的信号传导如何阻碍CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的反应，并提出通过靶向CD38来提高抗PD1治疗癌症的疗效。	首次揭示了CD38通过RyR2钙通道激活导致细胞内钙水平升高，进而促进AKT慢性激活和TCF1表达抑制，导致CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的抵抗。	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的人体临床试验来验证其效果。	研究CD38在CD8+ T细胞中的作用机制，以及如何通过靶向CD38提高抗PD1治疗的疗效。	CD8+ T细胞、CD38、RyR2、PD1阻断疗法。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外慢性刺激和肿瘤内CD8+ T细胞
356	2024-08-04	Region-specific cellular and molecular basis of liver regeneration after acute pericentral injury 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.013 PMID:38402618	研究论文	本研究探讨了急性中心周围损伤后肝脏再生的细胞和分子基础	使用Cyp2e1-DreER追踪肝脏再生，并揭示了mTOR/4E-BP1轴和乳酸脱氢酶A在中心周围再生中的重要作用	研究主要集中在特定的损伤模式上，可能不适用于所有类型的肝脏损伤	研究急性中心周围损伤后肝脏的再生机制	重点关注中心周围肝细胞及其再生反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫染色、体内功能测定	NA	NA	使用Cyp2e1-DreER命运追踪系统进行的实验，样本数量未具体说明
357	2024-08-07	Canonical Wnt signaling directs the generation of functional human PSC-derived atrioventricular canal cardiomyocytes in bioprinted cardiac tissues 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.008 PMID:38366588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析和3D生物打印技术，发现阶段特异性激活的规范Wnt信号通路可以生成功能性的人类多能干细胞衍生的房室管（AVC）心肌细胞	首次发现规范Wnt信号通路在体外调控AVC心肌细胞分化的关键作用，并提供了一种用于功能性人心脏生物制造的关键细胞来源	NA	探索生成功能性3D生物打印人类心脏的方法	房室管（AVC）心肌细胞	生物工程	NA	单细胞RNA测序分析，3D生物打印技术	NA	细胞	NA
358	2024-08-04	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	使用空间转录组学研究神经元与星形胶质细胞在长期记忆中的协同作用	揭示了脑下部杏仁体内存储长期记忆的神经元和星形胶质细胞的转录特征	未提及具体的局限性	探讨脑下部杏仁体在长期记忆形成中的细胞和分子机制	脑下部杏仁体的神经元和星形胶质细胞亚群	数字病理学	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了完整切片的单细胞样本
359	2024-08-07	Exploring the metastasis-related biomarker and carcinogenic mechanism in liver cancer based on single cell technology 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27473 PMID:38509894	研究论文	本研究利用单细胞技术探索肝癌中的转移相关生物标志物和致癌机制	本研究首次定义了四种支持转移的细胞集群，并发现特定共享基因在促进癌症进展中发挥关键作用	NA	探索肝细胞癌（HCC）发展背后的转移相关机制	肝细胞癌中的细胞集群及其与癌症转移的关系	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	9种细胞集群
360	2024-08-07	Combined analysis of bulk RNA and single-cell RNA sequencing to identify pyroptosis-related markers and the role of dendritic cells in chronic obstructive pulmonary disease 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27808 PMID:38509896	研究论文	本研究结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别与慢性阻塞性肺疾病（COPD）相关的焦亡标志物，并探讨树突状细胞在COPD中的作用	本研究首次结合多种机器学习算法，从GEO数据集中筛选出与COPD诊断相关的焦亡相关基因，并通过外部数据集验证其有效性	NA	旨在识别与COPD相关的焦亡标志物，并探讨树突状细胞在COPD发病机制中的作用	慢性阻塞性肺疾病（COPD）及其相关焦亡标志物和树突状细胞的作用	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	RNA测序	深度神经网络，逻辑回归	RNA测序数据	使用了GEO数据集和外部数据集进行验证