单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-07	Poor clinical outcomes and immunoevasive contexture in CD161+CD8+ T cells barren human pancreatic cancer 2024-Mar-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008694 PMID:38531664	研究论文	本研究探讨了CD161+CD8+ T细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）中的预后价值及其分子特征	首次确认肿瘤浸润性CD161+CD8+ T细胞作为PDAC独立预后指标，并发现其与CA19-9水平结合可增强生存预测能力	需要进一步研究验证CD161+CD8+ T细胞在风险分层和治疗策略优化中的作用	阐明CD161+CD8+ T细胞在PDAC中的预后价值及其分子特征	CD161+CD8+ T细胞在PDAC中的作用	肿瘤学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	186名接受根治性切除的PDAC患者
342	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the immune features and viral tropism in the central nervous system of mice infected with Japanese encephalitis virus 2024-Mar-26, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03071-1 PMID:38532383	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了日本脑炎病毒感染小鼠中枢神经系统后的免疫特征和病毒趋向性	首次通过单细胞RNA测序揭示了日本脑炎病毒对小鼠大脑中不同神经亚型的病毒趋向性和细胞组成的改变	NA	探讨日本脑炎病毒在小鼠中枢神经系统中的作用机制及其对神经损伤和炎症的影响	日本脑炎病毒感染的小鼠中枢神经系统细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	88,000个单细胞
343	2024-08-07	Unveiling the functional heterogeneity of cytokine-primed human umbilical cord mesenchymal stem cells through single-cell RNA sequencing 2024-Mar-26, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01219-3 PMID:38532459	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了由不同细胞因子预处理的脐带间充质干细胞的功能异质性及其分子机制	本研究首次在单细胞水平上揭示了细胞因子预处理对间充质干细胞异质性、生物功能及其功能亚群的调控作用	NA	揭示细胞因子预处理的间充质干细胞的细胞异质性、功能亚群及分子机制	脐带间充质干细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及IFN-γ、TNF-α、IL-4、IL-6、IL-15和IL-17预处理的脐带间充质干细胞
344	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Endometrium Reveals ISL1 as a Potential Biomarker for Diagnosis and Treatment 2024-Mar-13, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2903100 PMID:38538277	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了子宫内膜小细胞神经内分泌癌的转录组，揭示了ISL1作为潜在的诊断和治疗生物标志物	首次在子宫内膜小细胞神经内分泌癌中探讨了ISL1的表达及其作为生物标志物的潜力	研究样本量较小，仅基于单一病例的样本进行分析	探索子宫内膜小细胞神经内分泌癌的诊断和治疗标志物	子宫内膜小细胞神经内分泌癌及其细胞内的ISL1表达	数字病理学	妇科肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单一病例样本
345	2024-08-04	Comprehensive single-cell analysis reveals heterogeneity of fibroblast subpopulations in ovarian cancer tissue microenvironment 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27873 PMID:38533040	研究论文	该研究揭示了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的异质性。	首次较为全面地分析了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的特性及其在TGFβ信号通路中的功能。	对成纤维细胞亚群的特定功能了解仍然不够充分。	探讨卵巢癌组织中成纤维细胞亚群的异质性及其在癌症进展中的作用。	卵巢癌组织样本中的成纤维细胞亚群。	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	RNA-seq	32个卵巢癌样本和3226个公共数据库中的大规模RNA-seq数据
346	2024-08-04	Modulator of TMB-associated immune infiltration (MOTIF) predicts immunotherapy response and guides combination therapy 2024-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.01.025 PMID:38320897	研究论文	本研究开发了一种新工具MOTIF，用于预测免疫疗法响应并指导联合治疗	MOTIF将肿瘤突变负担(TMB)与CD8 T细胞浸润之间的关系进行了综合分析，提供了新的预测模型	该研究主要基于已有的RNA-seq数据，没有进行前瞻性临床试验	研究旨在提高TMB水平高的癌症患者对免疫检查点抑制剂的响应	研究对象是9311个肿瘤样本及84个单细胞RNA-seq数据集	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	NA	RNA数据	9311个肿瘤样本和84个人类单细胞RNA-seq数据集
347	2024-08-07	Prognostic prediction using a gene signature developed based on exhausted T cells for liver cancer patients 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28156 PMID:38533068	研究论文	本研究基于T细胞耗竭的关键预后基因开发了一个用于肝癌患者的预后预测模型	利用单细胞RNA测序数据和基因共表达网络分析，结合Lasso和多/单变量Cox分析构建了一个新的风险评分系统，并开发了一个能够预测不同风险组免疫浸润和免疫治疗敏感性的诺模图	NA	开发一个基于T细胞耗竭的关键预后基因的预后预测模型，以改善肝癌患者的临床治疗	肝癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	风险评分系统	单细胞RNA测序数据	18,413个细胞
348	2024-08-07	scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.01.543296 PMID:37333088	研究论文	介绍scATAnno，一个用于自动注释scATAC-seq数据的Python包	scATAnno通过整合查询数据与参考图谱，无需使用scRNA-seq数据即可实现准确的细胞类型注释，并引入了基于KNN和加权距离的不确定性评分来提高注释准确性	NA	开发一个自动注释scATAC-seq数据的工具	scATAC-seq数据中的细胞类型	单细胞测序	NA	scATAC-seq	KNN	scATAC-seq数据	多个数据集，包括外周血单个核细胞（PBMC）、三阴性乳腺癌（TNBC）和基底细胞癌（BCC）
349	2024-08-07	Nephroblastoma-specific dysregulated gene SNHG15 with prognostic significance: scRNA-Seq with bulk RNA-Seq data and experimental validation 2024-Mar-25, Discover. Oncology DOI:10.1007/s12672-024-00946-w PMID:38526609	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（RNA-Seq）数据，识别并验证了在肾母细胞瘤（WT）中具有预后意义的失调基因SNHG15。	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了SNHG15在肾母细胞瘤中的预后价值及其功能机制。	实验仅限于G401细胞系，未来研究需在更多细胞系和临床样本中验证SNHG15的作用。	探索肾母细胞瘤中的预后标志物及其分子机制。	肾母细胞瘤组织中的SNHG15基因及其在细胞增殖、迁移和凋亡中的作用。	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（RNA-Seq）	NA	RNA	基于scRNA-seq数据识别了20个簇，并注释了10种细胞类型
350	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils tumor heterogeneity and immune microenvironment between subungual and plantar melanoma 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57640-8 PMID:38528036	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）之间的肿瘤异质性和免疫微环境差异	首次详细比较了SM和PM在基因表达、拷贝数变异（CNV）及肿瘤相关通路（如NF-κb和Wnt）的差异，并揭示了免疫微环境中特定轴（EPHA3-EFNA1和TIGIT-NECTIN2）的表达情况	研究样本仅限于SM和PM患者，可能无法完全代表所有类型的黑色素瘤	探索不同亚型黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫微环境	指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24,789个单细胞
351	2024-08-07	Identification of the shared hub gene signatures and molecular mechanisms between HIV-1 and pulmonary arterial hypertension 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55645-x PMID:38528047	研究论文	本研究通过分析HIV-1和肺动脉高压（PAH）的微阵列数据，利用WGCNA、GO和通路富集分析等方法，识别了两者之间的共享枢纽基因和分子机制	首次揭示了HIV-1与PAH之间通过I型干扰素（IFN）途径的共享分子机制，并确定了关键枢纽基因ISG15和IFI27	NA	阐明HIV-1感染与肺动脉高压之间的分子机制	HIV-1感染和肺动脉高压的共享枢纽基因及其分子机制	数字病理学	肺动脉高压	WGCNA, GO和通路富集分析, CIBERSORT, scRNA-seq	NA	微阵列数据, scRNA-seq数据	NA
352	2024-08-07	Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains antitumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47 2024-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00691-z PMID:38200243	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌组织，发现肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞在免疫抑制特征上显著增加，且Sirpα在这些细胞中的表达增强，与肿瘤进展抵抗性相关。	首次揭示了Sirpα在肿瘤相关髓系细胞中独立于CD47的免疫抑制作用，并展示了Sirpα缺乏通过重编程肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫活性的机制。	NA	探究肿瘤相关髓系细胞中Sirpα的免疫抑制机制及其对结直肠癌免疫治疗的影响。	结直肠癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
353	2024-08-07	Single Cell Analysis of Lung Lymphatic Endothelial Cells and Lymphatic Responses during Influenza Infection 2024-Mar, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.35534/jrbtm.2024.10003 PMID:38529320	研究论文	研究了流感感染期间肺淋巴内皮细胞和淋巴反应的单细胞分析	发现了流感感染期间肺淋巴内皮细胞中存在的新的PD-L1亚群	NA	探讨感染期间淋巴系统的重塑过程	肺淋巴内皮细胞和淋巴反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
354	2024-08-07	Siglec9 + tumor-associated macrophages predict prognosis and therapeutic vulnerability in patients with colon cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111771 PMID:38430807	研究论文	研究探讨了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达模式及其临床意义	首次全面分析了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达及其对预后和辅助化疗反应的影响	研究为回顾性分析，可能存在选择偏倚	评估Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的临床意义及治疗潜力	结肠癌患者中的Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结肠癌	免疫组织化学、免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	组织样本	两个不同医疗中心的临床队列
355	2024-08-07	UFL1 ablation in T cells suppresses PD-1 UFMylation to enhance anti-tumor immunity 2024-Mar-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.01.024 PMID:38377992	研究论文	本研究探讨了UFMylation在T细胞中的生理作用，特别是UFL1 E3连接酶在调节PD-1 UFMylation和增强抗肿瘤免疫中的作用。	首次揭示了UFL1通过促进PD-1 UFMylation来拮抗PD-1的泛素化和降解，以及AMPK通过磷酸化UFL1来破坏PD-1 UFMylation的机制。	NA	探究UFMylation在T细胞中的生理作用及其在癌症治疗中的潜在应用。	UFL1 E3连接酶在T细胞中的功能及其对PD-1 UFMylation的影响。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	Ufl1条件性敲除小鼠
356	2024-08-07	Molecular assessment of intratumoral immune cell subsets and potential mechanisms of resistance to odronextamab, a CD20×CD3 bispecific antibody, in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2024-Mar-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008338 PMID:38519055	研究论文	本研究评估了复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者肿瘤内免疫细胞亚群及对CD20×CD3双特异性抗体odronextamab的耐药机制。	研究发现了肿瘤程序性死亡配体1表达与odronextamab反应性增加之间的潜在联系，以及CD20表达通过失活基因突变作为耐药机制的可能性。	研究主要集中在复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者，可能不适用于其他类型的淋巴瘤或疾病。	旨在探索复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者对odronextamab的耐药机制及潜在的生物标志物。	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者及其肿瘤内免疫细胞亚群。	数字病理学	淋巴瘤	免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序和全基因组测序	NA	基因组数据	参与ELM-1研究的复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者
357	2024-08-07	Lower respiratory tract single-cell RNA sequencing and neutrophil extracellular trap profiling of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: a single centre, retrospective, observational study 2024-03, The Lancet. Microbe DOI:10.1016/S2666-5247(23)00368-3 PMID:38280387	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和嗜中性粒细胞外捕获物（NETs）分析，探讨了COVID-19相关肺曲霉病（CAPA）患者的免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	首次详细描述了CAPA患者的免疫细胞景观，特别是嗜中性粒细胞的成熟轨迹和NETs的形成，以及这些特征与患者预后的关系	本研究为回顾性观察研究，样本量有限，且仅在一个中心进行	旨在描述重症COVID-19患者，无论是否伴有CAPA，其免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	重症COVID-19患者，包括伴有和不伴有CAPA的患者	数字病理学	COVID-19相关肺曲霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	43份支气管肺泡灌洗样本，59名患者
358	2024-08-07	Identification, sorting and profiling of functional killer cells via the capture of fluorescent target-cell lysate 2024-Mar, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01089-z PMID:37652987	研究论文	本文介绍了一种名为PAINTKiller的流式细胞术兼容检测方法，用于准确识别和分离共培养物中的功能性杀伤细胞亚群	该方法通过检测被裂解细胞内荧光蛋白在裂解细胞表面的标记，实现了对杀伤细胞亚群的精确识别和分离	NA	开发一种新的检测方法，用于评估细胞介导的细胞毒性，并能够识别和分离细胞毒性效应细胞的亚群	功能性杀伤细胞亚群的识别和分离	细胞生物学	NA	流式细胞术	NA	细胞	NA
359	2024-08-07	Single-cell and bulk RNA sequencing highlights the role of M1-like infiltrating macrophages in antibody-mediated rejection after kidney transplantation 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27865 PMID:38524599	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了肾移植后抗体介导排斥反应中M1样浸润巨噬细胞的作用	首次详细描述了肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的亚群及其在病理和预后中的作用	研究主要基于已有的数据库和临床数据，未涉及前瞻性临床试验	探讨肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的表型、起源和机制	肾移植后抗体介导排斥反应中的巨噬细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五份肾移植后活检样本
360	2024-08-04	Dynamic video recognition for cell-encapsulating microfluidic droplets 2024-Mar-25, The Analyst DOI:10.1039/d4an00022f PMID:38441128	研究论文	本研究探讨了在微流体液滴视频识别中应用弱监督细胞计数网络的软件	提出了一种实时视频处理方法，能够在没有监督位置信息的情况下准确定位液滴和被包覆的细胞，并显著减少标注工作量	未提及研究的具体限制	优化液滴微流控技术中的质量控制，并提高基于视频识别的细胞包覆评估	主要研究不同微流体结构中包覆六种类型细胞/珠子的液滴	数字病理学	NA	弱监督细胞计数网络	NA	视频	六种类型的细胞/珠子液滴