单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
341	2024-08-07	Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696 PMID:38412672	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂（ICBs）联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效，并发现与主要病理反应（MPR）相关的免疫预测因子。	本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定时间段内的患者。	研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。	局部晚期食管癌患者。	免疫学	食管癌	Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光	NA	RNA序列数据, 免疫荧光图像	76名患者
342	2024-08-04	eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05724-7 PMID:38486150	研究论文	本文介绍了eSVD-DE，一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法	提出了一种新的矩阵分解方法，能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试	在较大的数据集中，可能仍然存在一些人类变异的影响	旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因	对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	使用了多个生物系统的已发布数据集
343	2024-08-07	Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes 2024-Mar-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25053071 PMID:38474316	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据，研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式	大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据
344	2024-08-04	eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568369 PMID:38045428	研究论文	本文提出了一种新方法eSVD-DE，用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因	eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息，并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异	本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战	旨在开发一套新方法，分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因	研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	多个生物系统的已发布数据集
345	2024-08-07	The pelvic organs receive no parasympathetic innervation 2024-Mar-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91576 PMID:38488657	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术，发现小鼠盆腔神经节由四种不同于交感和副交感神经元的神经元组成，这些神经元与交感神经元有亲缘关系，但不与副交感神经元相关。研究还表明，脊髓腰段节前神经元在盆腔神经节中与去甲肾上腺素能和胆碱能细胞形成突触，这两种细胞均作为交感神经的传递介质。因此，盆腔器官不接受来自副交感或典型交感神经元的神经支配，而是接受来自交感神经链末端分支的神经支配，负责其特有的功能。	本研究首次揭示了盆腔神经节中的神经元类型及其与交感和副交感神经元的关系，并证明了盆腔器官不接受副交感神经的神经支配。	NA	探讨盆腔器官的自主神经支配机制	小鼠盆腔神经节中的神经元类型及其功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
346	2024-08-04	STEP: profiling cellular-specific targets and pathways of bioactive small molecules in tissues via integrating single-cell transcriptomics and chemoproteomics 2024-Mar-20, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d3sc04826h PMID:38516082	研究论文	本文提出了一种新颖的多组学集成管道STEP，能够在单细胞分辨率下剖析哺乳动物组织中的蛋白质靶标。	STEP是一种新策略，首次实现了细胞特异性靶标和功能过程的全球剖析，提供了前所未有的分辨率。	未提及具体的局限性	本研究旨在提升对生物活性小分子的药物作用机制的理解。	研究对象为哺乳动物组织中的生物活性小分子及其细胞靶标。	化学生物学	NA	单细胞转录组学与化学蛋白组学的集成	NA	蛋白质靶标数据	采用了经典药物（如阿司匹林、马兜铃酸和顺铂）作为示例
347	2024-08-04	Single cell atlas of Xenoturbella bocki highlights limited cell-type complexity 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45956-y PMID:38503762	研究论文	这篇文章展示了对海洋生物Xenoturbella bocki进行单细胞RNA测序的研究，突出了其细胞类型的复杂性有限。	首次通过单细胞RNA测序揭示了Xenacoelomorpha的细胞类型补充，提供了与其他动物的比较。	研究主要集中在单一物种上，可能无法全面代表整个Xenacoelomorpha门的细胞类型多样性。	探索Xenacoelomorpha中的细胞类型及其与其他生物的关系，理解动物细胞类型演化。	研究对象为海洋生物Xenoturbella bocki及其细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及Xenoturbella bocki的样本
348	2024-08-07	Long-term effects of Omicron BA.2 breakthrough infection on immunity-metabolism balance: a 6-month prospective study 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46692-z PMID:38503738	研究论文	本研究追踪了轻度BA.2突破性感染康复者在六个月内的免疫代谢平衡情况	首次详细探讨了Omicron BA.2突破性感染后长期免疫代谢失衡的机制和病理特征	研究仅限于轻度BA.2突破性感染康复者，可能无法完全代表所有感染情况	评估COVID-19长期影响及Omicron突破性感染后的免疫恢复情况，为理解疾病和新一代疫苗管理提供依据	轻度BA.2突破性感染康复者	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液检测数据	具体样本数量未在摘要中提及
349	2024-08-07	CD38-RyR2 axis-mediated signaling impedes CD8+ T cell response to anti-PD1 therapy in cancer 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2315989121 PMID:38451948	研究论文	本文探讨了CD38通过RyR2轴介导的信号传导如何阻碍CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的反应，并提出通过靶向CD38来提高抗PD1治疗癌症的疗效。	首次揭示了CD38通过RyR2钙通道激活导致细胞内钙水平升高，进而促进AKT慢性激活和TCF1表达抑制，导致CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的抵抗。	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的人体临床试验来验证其效果。	研究CD38在CD8+ T细胞中的作用机制，以及如何通过靶向CD38提高抗PD1治疗的疗效。	CD8+ T细胞、CD38、RyR2、PD1阻断疗法。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外慢性刺激和肿瘤内CD8+ T细胞
350	2024-08-04	Region-specific cellular and molecular basis of liver regeneration after acute pericentral injury 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.013 PMID:38402618	研究论文	本研究探讨了急性中心周围损伤后肝脏再生的细胞和分子基础	使用Cyp2e1-DreER追踪肝脏再生，并揭示了mTOR/4E-BP1轴和乳酸脱氢酶A在中心周围再生中的重要作用	研究主要集中在特定的损伤模式上，可能不适用于所有类型的肝脏损伤	研究急性中心周围损伤后肝脏的再生机制	重点关注中心周围肝细胞及其再生反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫染色、体内功能测定	NA	NA	使用Cyp2e1-DreER命运追踪系统进行的实验，样本数量未具体说明
351	2024-08-07	Canonical Wnt signaling directs the generation of functional human PSC-derived atrioventricular canal cardiomyocytes in bioprinted cardiac tissues 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.008 PMID:38366588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析和3D生物打印技术，发现阶段特异性激活的规范Wnt信号通路可以生成功能性的人类多能干细胞衍生的房室管（AVC）心肌细胞	首次发现规范Wnt信号通路在体外调控AVC心肌细胞分化的关键作用，并提供了一种用于功能性人心脏生物制造的关键细胞来源	NA	探索生成功能性3D生物打印人类心脏的方法	房室管（AVC）心肌细胞	生物工程	NA	单细胞RNA测序分析，3D生物打印技术	NA	细胞	NA
352	2024-08-04	Spatial transcriptomics reveal neuron-astrocyte synergy in long-term memory 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07011-6 PMID:38326616	研究论文	使用空间转录组学研究神经元与星形胶质细胞在长期记忆中的协同作用	揭示了脑下部杏仁体内存储长期记忆的神经元和星形胶质细胞的转录特征	未提及具体的局限性	探讨脑下部杏仁体在长期记忆形成中的细胞和分子机制	脑下部杏仁体的神经元和星形胶质细胞亚群	数字病理学	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了完整切片的单细胞样本
353	2024-08-07	Exploring the metastasis-related biomarker and carcinogenic mechanism in liver cancer based on single cell technology 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27473 PMID:38509894	研究论文	本研究利用单细胞技术探索肝癌中的转移相关生物标志物和致癌机制	本研究首次定义了四种支持转移的细胞集群，并发现特定共享基因在促进癌症进展中发挥关键作用	NA	探索肝细胞癌（HCC）发展背后的转移相关机制	肝细胞癌中的细胞集群及其与癌症转移的关系	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	9种细胞集群
354	2024-08-07	Combined analysis of bulk RNA and single-cell RNA sequencing to identify pyroptosis-related markers and the role of dendritic cells in chronic obstructive pulmonary disease 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27808 PMID:38509896	研究论文	本研究结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，识别与慢性阻塞性肺疾病（COPD）相关的焦亡标志物，并探讨树突状细胞在COPD中的作用	本研究首次结合多种机器学习算法，从GEO数据集中筛选出与COPD诊断相关的焦亡相关基因，并通过外部数据集验证其有效性	NA	旨在识别与COPD相关的焦亡标志物，并探讨树突状细胞在COPD发病机制中的作用	慢性阻塞性肺疾病（COPD）及其相关焦亡标志物和树突状细胞的作用	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	RNA测序	深度神经网络，逻辑回归	RNA测序数据	使用了GEO数据集和外部数据集进行验证
355	2024-08-07	Single-cell analysis of age-related changes in leukocytes of diabetic mouse hindpaws 2024-Mar-19, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05128-z PMID:38502310	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了健康和糖尿病小鼠后爪中免疫细胞群在12周和21周龄时的失调情况，以揭示慢性糖尿病远端肢体中发生的免疫紊乱。	研究首次详细描述了糖尿病小鼠后爪中多种免疫细胞类型的免疫功能和表型随着代谢紊乱和疾病持续时间的改变，特别是在21周龄的Lepr小鼠中观察到 mast 细胞/basophils、真皮γδ T 细胞、异质性 T 细胞和 Type 2 先天淋巴细胞的增加。	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类糖尿病患者。	探讨糖尿病小鼠后爪中免疫细胞群的失调情况，以理解与糖尿病代谢紊乱相关的病理变化。	健康和糖尿病小鼠后爪中的免疫细胞群。	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康和糖尿病小鼠后爪中的免疫细胞群，年龄分别为12周和21周。
356	2024-08-04	Single-Cell Sequencing Reveals Functional Alterations in Tuberculosis 2024-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305592 PMID:38192178	研究论文	这项研究揭示了结核分枝杆菌与人类免疫细胞之间相互作用的功能异质性。	开发了一种新的技术平台，结合单细胞RNA测序和细胞表面抗体测序，提供同一样本的基因组和表型信息。	研究对象限于初次结核病患者和健康对照，可能无法全面代表所有结核患者。	阐明结核病患者的免疫功能差异及其对结核病结果的影响。	分析了23990个外周血单核细胞，来自新一组初次结核患者和健康对照。	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序，细胞表面抗体测序	NA	基因组数据，表型数据	23990个外周血单核细胞
357	2024-08-07	Exploration of the prognostic prediction value of the PANoptosis-based risk score and its correlation with tumor immunity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3682 PMID:38508210	研究论文	本研究探索了基于PANoptosis风险评分在肺腺癌中的预后预测价值及其与肿瘤免疫的相关性	首次构建了基于PANoptosis的15个相关基因的风险模型，用于肺腺癌的预后预测	NA	探索肺腺癌中PANoptosis相关基因的预后预测价值及与肿瘤免疫的相关性	肺腺癌患者	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归分析	RNA表达谱	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的肺腺癌患者数据
358	2024-08-07	Recent advances in cancer-associated fibroblast: Biomarkers, signaling pathways, and therapeutic opportunities 2024-Mar-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000003031 PMID:38420743	综述	本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的研究进展，重点关注其表型和功能的异质性、特定信号通路以及涉及CAFs的治疗策略	单细胞RNA测序和遗传工程小鼠模型增进了对CAF多样性的理解，并定义了许多亚型	CAFs在肿瘤微环境中的复杂性仍大部分未知，且针对CAFs的临床试验结果并不乐观	探讨CAFs在肿瘤微环境中的作用及其作为潜在治疗靶点的可能性	癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
359	2024-08-07	Switch of innate to adaptative immune responses in the brain of patients with Alzheimer's disease correlates with tauopathy progression 2024-Mar-18, npj aging IF:4.1Q2 DOI:10.1038/s41514-024-00145-5 PMID:38499592	研究论文	本研究通过分析阿尔茨海默病（AD）患者大脑中的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，揭示了在tauopathy进展过程中，从先天免疫反应向适应性免疫反应的转变	首次通过单细胞RNA测序数据证实了阿尔茨海默病患者大脑中先天免疫反应向适应性免疫反应的转变	NA	探讨阿尔茨海默病中神经炎症的关键特征及其与tauopathy进展的关系	阿尔茨海默病患者大脑中的免疫反应变化	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
360	2024-08-07	Activated mesenchymal stem/stromal cells promote myeloid cell differentiation via CCL2/CCR2 signaling 2024-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.002 PMID:38428413	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞/基质细胞（MSCs）通过CCL2/CCR2信号通路对造血干细胞/祖细胞（HSPCs）分化的影响	首次揭示了MSCs通过分泌CCL2促进粒细胞/巨噬细胞祖细胞向髓系分化的机制	NA	探索MSCs对HSPCs分化的影响及其机制	间充质干细胞、造血干细胞/祖细胞、髓系细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠和人类骨髓细胞