单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-04	Dysregulation of cell state dynamics during early stages of serous endometrial carcinogenesis 2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.15.585274 PMID:38562813	研究论文	本文提供了关于小鼠模型中正常、前发病和发病子宫内膜细胞类型及其状态的综合调查。	鉴定出44个基因作为早期诊断和预后标志物，并强调了腔上皮在SEC发病机制中的重要角色。	主要基于小鼠模型，可能与人类SEC的病理生理有所不同。	研究SEC早期阶段细胞状态动态和分子机制。	正常、前发病和发病子宫内膜的细胞类型及其状态。	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞转录组学和空间转录组学	小鼠模型	基因组数据	44个基因 panel，涉及正常和病变子宫内膜样本
322	2024-08-04	Identification of spatially-resolved markers of malignant transformation in Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms 2024-Mar-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46994-2 PMID:38553466	研究论文	该论文研究了乳头状粘液性肿瘤中的恶性转化的空间分辨标记	本研究确认了乳头状粘液性肿瘤的亚型特异性标记，为风险分层提供了新的分子依据	研究依赖于两个独立患者队列，但可能存在样本多样性和外部验证的不足	研究乳头状粘液性肿瘤中恶性转化的分子标记	调查乳头状粘液性肿瘤患者的亚型特异性分子标记	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	NA	两个独立的患者队列
323	2024-08-07	Aberrant activated Notch1 promotes prostate enlargement driven by androgen signaling via disrupting mitochondrial function in mouse 2024-Mar-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05143-0 PMID:38538986	研究论文	本研究证明过度激活的Notch1信号在小鼠前列腺上皮细胞中通过增强增殖和抑制凋亡导致前列腺增大	揭示了过度激活的Notch1信号通过增加雄激素受体敏感性、破坏细胞线粒体代谢、增加活性氧和增加前体细胞数量诱导前列腺增大的机制，并发现N-乙酰-L-半胱氨酸治疗可以缓解这种过度激活引起的增生	NA	探讨Notch信号在前列腺增大和增生中的潜在调控机制	小鼠前列腺上皮细胞和人类良性前列腺增生患者	数字病理学	前列腺疾病	scRNA-seq	NA	细胞	涉及小鼠和人类良性前列腺增生患者的样本
324	2024-08-07	Analysis of the effect of CCR7 on the microenvironment of mouse oral squamous cell carcinoma by single-cell RNA sequencing technology 2024-Mar-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03013-y PMID:38539232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析CCR7对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析CCR7基因敲除对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境中细胞类型和基因表达的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类口腔鳞状细胞癌中验证CCR7的作用	探讨CCR7在口腔鳞状细胞癌微环境中的作用	CCR7基因敲除小鼠和野生型小鼠的口腔鳞状细胞癌模型	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三只CCR7基因敲除小鼠和三只野生型小鼠
325	2024-08-07	Adipose stem cells control obesity-induced T cell infiltration into adipose tissue 2024-Mar-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113963 PMID:38492218	研究论文	本研究探讨了脂肪干细胞（ASCs）在肥胖诱导的脂肪组织中T细胞浸润的作用	首次揭示了脂肪干细胞通过上调C-C基序趋化因子配体5（CCL5）在肥胖早期阶段调控T细胞积累的关键作用	NA	阐明肥胖诱导的脂肪组织中T细胞浸润的机制	脂肪干细胞和T细胞	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用肥胖小鼠的脂肪干细胞和骨髓进行移植实验
326	2024-08-07	scRNA-Seq: First Atlas and Cellular Landscape of Lacrimal Sac: Implications in Primary Acquired Nasolacrimal Duct Obstruction Pathogenesis 2024-Mar-05, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.3.38 PMID:38551583	研究论文	本研究旨在描述原发性获得性鼻泪管阻塞（PANDO）患者泪囊中个体细胞成分的转录变化，并尝试构建首个泪囊细胞图谱，以阐明可能驱动疾病发病机制的潜在机制。	本研究首次构建了泪囊细胞图谱，并揭示了T细胞、B细胞和上皮细胞在炎症反应中的作用以及细胞间信号网络的构建。	NA	描述PANDO患者泪囊中个体细胞成分的转录变化，并构建泪囊细胞图谱以阐明疾病发病机制。	泪囊样本中的个体细胞群体，包括上皮细胞和免疫细胞。	数字病理学	鼻泪管阻塞	单细胞RNA测序	NA	细胞	5名患者的泪囊样本，共25,791个细胞
327	2024-08-07	Single-cell atlas of the small intestine throughout the human lifespan demonstrates unique features of fetal immune cells 2024-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2024.03.011 PMID:38555026	研究论文	本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了人类小肠在整个生命周期中的转录组图谱，特别关注免疫细胞，并揭示了胎儿期小肠免疫细胞的独特特征	首次展示了胎儿小肠免疫细胞的复杂免疫景观，并识别了其在整个生命周期中的变化	NA	探讨人类小肠黏膜免疫系统的发育过程及其在不同生命阶段的特点	人类小肠的免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涵盖从第一孕期到成年的多个样本
328	2024-08-04	Systematic immune cell dysregulation and molecular subtypes revealed by single-cell RNA-seq of subjects with type 1 diabetes 2024-Mar-27, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01300-z PMID:38539228	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病患者的免疫细胞失调及其分子亚型	首次在单细胞层面全面评估1型糖尿病中的免疫细胞表型	可能缺乏其他类型糖尿病的对照数据	评估1型糖尿病的免疫细胞特征及分子亚型	46名明显的1型糖尿病患者和31名匹配的对照者	数字病理学	1型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	46名1型糖尿病患者和31名对照者
329	2024-08-07	Pan-cancer evaluation of regulated cell death to predict overall survival and immune checkpoint inhibitor response 2024-Mar-27, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00570-5 PMID:38538696	研究论文	本研究评估了调控细胞死亡（RCD）在泛癌水平上的状态及其与免疫检查点抑制剂（ICI）反应和总体生存率的关系	首次在泛癌水平上全面评估RCD状态及其相关特征，并开发了用于预测ICI反应和总体生存率的RCD签名	NA	探索RCD状态作为预测恶性肿瘤患者ICI反应和总体生存率的生物标志物的潜力	RCD水平在30种癌症类型、29种正常组织和82个scRNA-Seq数据集中的2,573,921个细胞中的分布	数字病理学	泛癌	scRNA-Seq	机器学习算法	数据集	30种癌症类型，29种正常组织，2,573,921个细胞
330	2024-08-04	Cell Heterogeneity and Variability in Peripheral Nerve after Injury 2024-Mar-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25063511 PMID:38542483	综述	本文总结了外周神经损伤后的细胞异质性和变异性。	本研究通过总结当前的测序数据，揭示了外周神经中特别是坐骨神经的细胞异质性。	没有提到具体的实验数据，主要依赖于现有文献的汇总。	研究外周神经的细胞组成和其在损伤后的变化。	探讨施旺细胞、成纤维细胞、免疫细胞和内皮细胞的细胞变异。	数字病理学	NA	单细胞测序技术	NA	测序数据	NA
331	2024-08-07	Subepithelial Stromal Cells: Their Roles and Interactions with Intestinal Epithelial Cells during Gut Mucosal Homeostasis and Regeneration 2024-Mar-17, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12030668 PMID:38540281	综述	本文综述了肠道黏膜稳态和再生过程中上皮下基质细胞与肠上皮细胞的相互作用及其功能	利用单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、共聚焦显微镜和计算重构等新技术，识别和表征了特定的肠道间质干细胞亚群	由于缺乏大多数功能同质亚群的特异性标记，探索这些异质性肠道间质干细胞的功能仍然具有挑战性	旨在理解调控这些细胞激活的细胞途径及其在肠上皮再生过程中的相互作用	肠道间质干细胞及其在肠道形态发生、稳态和再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS), 共聚焦显微镜	NA	NA	NA
332	2024-08-04	Unique Spatial Transcriptomic Profiling of the Murine Femoral Fracture Callus: A Preliminary Report 2024-Mar-16, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13060522 PMID:38534368	研究论文	本文探讨了小鼠股骨骨折愈合过程中独特的空间转录组特征	使用Visium CytAssist空间转录组平台提供了首次空间完整的基因表达变化特征	未提及研究的具体限制	研究骨折愈合过程中基因表达的动态变化及其空间分布	采用BALB/c小鼠模型及其在转移性乳腺癌影响下的骨折愈合情况	数字病理学	乳腺癌	空间转录组技术	NA	组织切片	BALB/c小鼠的样本，具体数量未提及
333	2024-08-04	A Retrospective View of the Triple-Negative Breast Cancer Microenvironment: Novel Markers, Interactions, and Mechanisms of Tumor-Associated Components Using Public Single-Cell RNA-Seq Datasets 2024-Mar-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16061173 PMID:38539508	研究论文	该文章回顾了三阴性乳腺癌的肿瘤微环境，探讨了新的标记物、相互作用及相关机制	通过公共单细胞RNA测序数据集发现了特定的TNBC标记和细胞类型间的相互作用	该研究使用了公共数据集，可能限制了对特定临床背景的分析	寻找新的治疗靶点，以更好地理解三阴性乳腺癌的肿瘤微环境	分析三阴性乳腺癌肿瘤细胞及其微环境中的不同细胞类型	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	利用公共单细胞RNA测序数据集分析多种细胞类型
334	2024-08-07	Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Elucidate the Etiology of Severe COVID-19 2024-Mar-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25063280 PMID:38542251	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，探讨了严重COVID-19的潜在病因及其与系统性自身免疫疾病的相似性	本研究首次综合分析了批量和单细胞RNA测序数据，揭示了严重COVID-19与炎症相关基因的上调关系	NA	阐明严重COVID-19的病因	严重COVID-19的基因表达模式及其与炎症综合征的关联	数字病理学	COVID-19	RNA测序	NA	基因表达数据	27项研究和8项meta分析的数据
335	2024-08-04	Unveiling Shared Immune Responses in Porcine Alveolar Macrophages during ASFV and PRRSV Infection Using Single-Cell RNA-seq 2024-Mar-12, Microorganisms IF:4.1Q2 DOI:10.3390/microorganisms12030563 PMID:38543614	研究论文	本研究揭示了非洲猪瘟病毒（ASFV）和猪繁殖与呼吸综合症病毒（PRRSV）感染期间猪肺泡巨噬细胞的共同免疫反应	首次比较了ASFV和PRRSV感染后猪肺泡巨噬细胞共享的免疫反应	本研究可能仅适用于特定的细胞类型和病毒模型，结果的普遍性尚待验证	研究ASFV和PRRSV感染对猪肺泡巨噬细胞免疫反应的影响	猪肺泡巨噬细胞（PAMs）在ASFV和PRRSV感染后的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用两个单细胞转录组数据集
336	2024-08-04	Exploring Transcriptional Regulation of Beta Cell SASP by Brd4-Associated Proteins and Cell Cycle Control Protein p21 2024-Mar-06, Epigenomes IF:2.5Q3 DOI:10.3390/epigenomes8010010 PMID:38534794	研究论文	这篇文章探讨了Brd4相关蛋白和细胞周期控制蛋白p21对β细胞SASP的转录调控。	揭示了Brd4与多种蛋白绑定，并探讨了p21在β细胞SASP机制中的作用。	在NIT-1细胞中，p21的RNAi干扰对细胞活力或SASP没有显著影响，这可能限制了对p21功能的全面理解。	探讨在1型糖尿病模型中β细胞SASP的转录调控机制。	使用NOD小鼠模型的β细胞系NIT-1作为研究对象。	数字病理学	1型糖尿病	RNA干扰	NA	单细胞RNA测序数据	NOD小鼠模型中的小鼠β细胞和来自对照、自身抗体阳性及1型糖尿病供体的人类β细胞
337	2024-08-04	Population-level comparisons of gene regulatory networks modeled on high-throughput single-cell transcriptomics data 2024-Mar, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00597-5 PMID:38438786	研究论文	该文章介绍了一种名为SCORPION的工具，通过高通量单细胞转录组数据重建可比较的基因调控网络	SCORPION使用信息传递算法重建基因调控网络，并在合成数据上优于12种现有技术，显示其准确识别不同细胞间调控网络差异的能力	文章未讨论SCORPION在不同生物背景下的适应性	研究旨在实现单细胞RNA测序数据在群体水平的基因调控网络比较	文章研究了来自结直肠癌及其相邻健康组织的200,436个单细胞的基因调控网络	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	NA	单细胞 RNA 测序数据	200,436个单细胞
338	2024-08-07	Schnurri-3 controls osteogenic fate of Adipoq-lineage progenitors in bone marrow 2024-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.01.008 PMID:38549808	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型，探讨了Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的作用及其对骨形成和骨折愈合的影响	首次揭示了Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的功能，及其对骨形成和骨折愈合的促进作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证其临床应用潜力	探讨Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的作用及其对骨形成和骨折愈合的影响	Adipoq谱系前体细胞和Schnurri-3基因	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA序列数据	小鼠和人类样本
339	2024-08-07	Predicting mechanism of immune response in microsatellite instability colorectal cancer 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28120 PMID:38545192	研究论文	本研究利用计算程序分析单细胞RNA测序数据，识别出微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-CRC）中特定的表达程序，并探讨了这些程序与免疫反应和转移功能的关系	首次通过非负矩阵分解（NMF）识别出MSI-CRC特有的三个复发模块，并发现这些模块与代谢和炎症反应功能富集相关	研究主要集中在MSI-CRC的免疫反应机制，未涉及微卫星稳定性（MSS）结直肠癌的比较分析	探讨微卫星不稳定性结直肠癌中免疫反应的预测机制	微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-CRC）的免疫反应和转移功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	涉及多个结直肠癌细胞系的单细胞RNA测序数据
340	2024-08-07	A p53 score derived from TP53 CRISPR/Cas9 HMCLs predicts survival and reveals a major role of BAX in the response to BH3 mimetics 2024-Mar-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021581 PMID:38096363	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术从TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)中衍生出TP53-/-克隆，建立了严格的p53依赖性基因表达谱，并开发了一个功能性p53评分系统，该评分系统涉及13个在p53沉默时特异性下调的基因。	本研究首次建立了一个功能性p53评分系统，能够有效识别双等位TP53失活的骨髓瘤患者样本，并预测其总体生存率。此外，研究还发现p53调控的BAX表达对骨髓瘤细胞对BH3模拟物的敏感性有直接影响，并且MCL1和BCL2 BH3模拟物的组合显示出协同效应。	研究主要集中在骨髓瘤细胞系和患者样本上，未来需要进一步验证该评分系统在其他癌症类型中的应用。	建立一个功能性p53评分系统，以识别双等位TP53失活的骨髓瘤细胞，并研究p53调控的BAX在骨髓瘤细胞对BH3模拟物反应中的作用。	TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)，以及骨髓瘤患者样本。	数字病理学	骨髓瘤	CRISPR/Cas9技术	NA	基因表达数据	涉及17个失调基因，13个特异性下调基因，以及多个骨髓瘤细胞系和患者样本。