单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils tumor heterogeneity and immune microenvironment between subungual and plantar melanoma 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57640-8 PMID:38528036	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）之间的肿瘤异质性和免疫微环境差异	首次详细比较了SM和PM在基因表达、拷贝数变异（CNV）及肿瘤相关通路（如NF-κb和Wnt）的差异，并揭示了免疫微环境中特定轴（EPHA3-EFNA1和TIGIT-NECTIN2）的表达情况	研究样本仅限于SM和PM患者，可能无法完全代表所有类型的黑色素瘤	探索不同亚型黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫微环境	指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24,789个单细胞
322	2024-08-07	Identification of the shared hub gene signatures and molecular mechanisms between HIV-1 and pulmonary arterial hypertension 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55645-x PMID:38528047	研究论文	本研究通过分析HIV-1和肺动脉高压（PAH）的微阵列数据，利用WGCNA、GO和通路富集分析等方法，识别了两者之间的共享枢纽基因和分子机制	首次揭示了HIV-1与PAH之间通过I型干扰素（IFN）途径的共享分子机制，并确定了关键枢纽基因ISG15和IFI27	NA	阐明HIV-1感染与肺动脉高压之间的分子机制	HIV-1感染和肺动脉高压的共享枢纽基因及其分子机制	数字病理学	肺动脉高压	WGCNA, GO和通路富集分析, CIBERSORT, scRNA-seq	NA	微阵列数据, scRNA-seq数据	NA
323	2024-08-07	Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains antitumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47 2024-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00691-z PMID:38200243	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌组织，发现肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞在免疫抑制特征上显著增加，且Sirpα在这些细胞中的表达增强，与肿瘤进展抵抗性相关。	首次揭示了Sirpα在肿瘤相关髓系细胞中独立于CD47的免疫抑制作用，并展示了Sirpα缺乏通过重编程肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫活性的机制。	NA	探究肿瘤相关髓系细胞中Sirpα的免疫抑制机制及其对结直肠癌免疫治疗的影响。	结直肠癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
324	2024-08-07	Single Cell Analysis of Lung Lymphatic Endothelial Cells and Lymphatic Responses during Influenza Infection 2024-Mar, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.35534/jrbtm.2024.10003 PMID:38529320	研究论文	研究了流感感染期间肺淋巴内皮细胞和淋巴反应的单细胞分析	发现了流感感染期间肺淋巴内皮细胞中存在的新的PD-L1亚群	NA	探讨感染期间淋巴系统的重塑过程	肺淋巴内皮细胞和淋巴反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
325	2024-08-07	Siglec9 + tumor-associated macrophages predict prognosis and therapeutic vulnerability in patients with colon cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111771 PMID:38430807	研究论文	研究探讨了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达模式及其临床意义	首次全面分析了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达及其对预后和辅助化疗反应的影响	研究为回顾性分析，可能存在选择偏倚	评估Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的临床意义及治疗潜力	结肠癌患者中的Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结肠癌	免疫组织化学、免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	组织样本	两个不同医疗中心的临床队列
326	2024-08-07	UFL1 ablation in T cells suppresses PD-1 UFMylation to enhance anti-tumor immunity 2024-Mar-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.01.024 PMID:38377992	研究论文	本研究探讨了UFMylation在T细胞中的生理作用，特别是UFL1 E3连接酶在调节PD-1 UFMylation和增强抗肿瘤免疫中的作用。	首次揭示了UFL1通过促进PD-1 UFMylation来拮抗PD-1的泛素化和降解，以及AMPK通过磷酸化UFL1来破坏PD-1 UFMylation的机制。	NA	探究UFMylation在T细胞中的生理作用及其在癌症治疗中的潜在应用。	UFL1 E3连接酶在T细胞中的功能及其对PD-1 UFMylation的影响。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	Ufl1条件性敲除小鼠
327	2024-08-07	Molecular assessment of intratumoral immune cell subsets and potential mechanisms of resistance to odronextamab, a CD20×CD3 bispecific antibody, in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2024-Mar-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008338 PMID:38519055	研究论文	本研究评估了复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者肿瘤内免疫细胞亚群及对CD20×CD3双特异性抗体odronextamab的耐药机制。	研究发现了肿瘤程序性死亡配体1表达与odronextamab反应性增加之间的潜在联系，以及CD20表达通过失活基因突变作为耐药机制的可能性。	研究主要集中在复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者，可能不适用于其他类型的淋巴瘤或疾病。	旨在探索复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者对odronextamab的耐药机制及潜在的生物标志物。	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者及其肿瘤内免疫细胞亚群。	数字病理学	淋巴瘤	免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序和全基因组测序	NA	基因组数据	参与ELM-1研究的复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者
328	2024-08-04	Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis 2024-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15243 PMID:38316626	研究论文	该文章研究了脑转移乳腺癌患者的免疫微环境	本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌脑转移患者的免疫微环境，为非侵入性研究方法提供了新视角	研究仅限于脑转移乳腺癌患者，可能无法普遍适用于其他类型的癌症	分析乳腺癌脑转移患者的免疫细胞特征和微环境	乳腺癌脑转移患者的脑脊液中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	脑转移乳腺癌患者的脑脊液样本
329	2024-08-07	Lower respiratory tract single-cell RNA sequencing and neutrophil extracellular trap profiling of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: a single centre, retrospective, observational study 2024-03, The Lancet. Microbe DOI:10.1016/S2666-5247(23)00368-3 PMID:38280387	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和嗜中性粒细胞外捕获物（NETs）分析，探讨了COVID-19相关肺曲霉病（CAPA）患者的免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	首次详细描述了CAPA患者的免疫细胞景观，特别是嗜中性粒细胞的成熟轨迹和NETs的形成，以及这些特征与患者预后的关系	本研究为回顾性观察研究，样本量有限，且仅在一个中心进行	旨在描述重症COVID-19患者，无论是否伴有CAPA，其免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	重症COVID-19患者，包括伴有和不伴有CAPA的患者	数字病理学	COVID-19相关肺曲霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	43份支气管肺泡灌洗样本，59名患者
330	2024-08-07	Identification, sorting and profiling of functional killer cells via the capture of fluorescent target-cell lysate 2024-Mar, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01089-z PMID:37652987	研究论文	本文介绍了一种名为PAINTKiller的流式细胞术兼容检测方法，用于准确识别和分离共培养物中的功能性杀伤细胞亚群	该方法通过检测被裂解细胞内荧光蛋白在裂解细胞表面的标记，实现了对杀伤细胞亚群的精确识别和分离	NA	开发一种新的检测方法，用于评估细胞介导的细胞毒性，并能够识别和分离细胞毒性效应细胞的亚群	功能性杀伤细胞亚群的识别和分离	细胞生物学	NA	流式细胞术	NA	细胞	NA
331	2024-08-07	Single-cell and bulk RNA sequencing highlights the role of M1-like infiltrating macrophages in antibody-mediated rejection after kidney transplantation 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27865 PMID:38524599	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了肾移植后抗体介导排斥反应中M1样浸润巨噬细胞的作用	首次详细描述了肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的亚群及其在病理和预后中的作用	研究主要基于已有的数据库和临床数据，未涉及前瞻性临床试验	探讨肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的表型、起源和机制	肾移植后抗体介导排斥反应中的巨噬细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五份肾移植后活检样本
332	2024-08-04	Dynamic video recognition for cell-encapsulating microfluidic droplets 2024-Mar-25, The Analyst DOI:10.1039/d4an00022f PMID:38441128	研究论文	本研究探讨了在微流体液滴视频识别中应用弱监督细胞计数网络的软件	提出了一种实时视频处理方法，能够在没有监督位置信息的情况下准确定位液滴和被包覆的细胞，并显著减少标注工作量	未提及研究的具体限制	优化液滴微流控技术中的质量控制，并提高基于视频识别的细胞包覆评估	主要研究不同微流体结构中包覆六种类型细胞/珠子的液滴	数字病理学	NA	弱监督细胞计数网络	NA	视频	六种类型的细胞/珠子液滴
333	2024-08-04	Spatial High-resolution Analysis of Gene Expression Levels in Tendons 2024-Mar-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65852 PMID:38526117	method paper	本文集中于使用新型原位杂交实验分析肌腱组织中基因表达水平的空间方法	提出了一种新的在单细胞水平上检测目标RNA的技术，并增强了对肌腱细胞的分子表征	尚未讨论在多种动物模型或人类肌腱组织分析中的潜在局限性	研究和分析肌腱中基因表达水平的空间分布	肌腱组织中的特定细胞以及其他富含基质的组织如骨、软骨和韧带	数字病理学	NA	原位杂交	NA	NA	不同动物模型和人类肌腱组织的样本
334	2024-08-04	Dynamic YAP expression in the non-parenchymal liver cell compartment controls heterologous cell communication 2024-Mar-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05126-1 PMID:38436764	研究论文	该文章探讨了YAP和TAZ在小鼠非实质性肝细胞中的动态表达如何控制细胞间的通信。	提出了一种新的机制，说明YAP如何通过影响非实质性细胞的细胞间通信来促进炎症。	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚不清楚	研究YAP和TAZ的失活对肝细胞特征和细胞间通信的影响	使用了专门缺失YAP和TAZ的小鼠模型进行观察	数字病理学	肝脏疾病	免疫组化，单细胞测序，蛋白质组学	NA	组织样本，血清	YAPKO和DKO小鼠，具体样本数量未提及
335	2024-08-07	Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46912-6 PMID:38519500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了头颈部鳞状细胞癌在不同阶段的肿瘤生态系统进展轨迹	首次揭示了恶性上皮细胞的转录发育轨迹及由TFDP1调控的肿瘤生成上皮亚群，并发现了POSTN纤维母细胞和SPP1巨噬细胞在肿瘤进展中的浸润增加及其与恶性细胞的相互作用增强	NA	旨在更好地表征头颈部鳞状细胞癌的肿瘤进展轨迹	头颈部鳞状细胞癌的正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织样本	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织样本，包括正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织
336	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis identifies a tumor immune microenvironment-related lncRNA signature in lung adenocarcinoma 2024-Mar-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01866-5 PMID:38519942	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与肺腺癌肿瘤免疫微环境相关的长非编码RNA（lncRNA）特征	首次开发了一种基于肿瘤免疫微环境相关lncRNA的特征（TRLS），该特征在预测肺腺癌患者总体生存方面表现出色，并显示出对免疫治疗的敏感性	NA	开发一种新的工具，用于肺腺癌患者的个性化治疗和预后管理	肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境相关的lncRNA	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	机器学习框架	RNA测序数据	1368名肺腺癌患者
337	2024-08-07	Involvement of TGFBI-TAGLN axis in cancer stem cell property of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57478-0 PMID:38514830	研究论文	本研究探讨了TGFBI在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其通过TAGLN轴促进癌症干细胞特性的机制	首次揭示了TGFBI通过上调TAGLN促进HNSCC中癌症干细胞特性的新机制	NA	阐明TGFBI对HNSCC细胞恶性行为的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	使用TCGA数据库中的RNA测序数据进行验证
338	2024-08-04	Transcriptomic changes associated with oral immunotherapy for food allergy 2024-Mar, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology IF:4.3Q1 DOI:10.1111/pai.14106 PMID:38520061	综述	这篇综述总结了与口服免疫疗法相关的转录通路的最新进展	采用单细胞测序等技术，提供了对口服免疫疗法后基因表达变化的新见解	对长期和明确临床结果相关的免疫特征的研究仍然不足	研究口服免疫疗法后免疫机制的转录变化	关注过敏性食物患者在接受口服免疫疗法后的基因表达变化	数字病理学	食物过敏	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
339	2024-08-04	Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals 2024-Mar, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29539 PMID:38516755	研究论文	本研究评估了SARS-CoV-2疫苗接种后近期异基因移植患者与健康个体的CD8+ T细胞反应的比较	该研究首次通过单细胞转录组学分析比较了异基因移植患者与健康个体对疫苗接种的CD8+ T细胞反应	研究中保护性抗体浓度仅在40%的患者中检测到，且样本数量可能影响结论	研究目的在于模拟分析异基因造血干细胞移植患者的免疫反应和疫苗效应	研究对象为近期接受异基因移植的患者及健康疫苗接种者	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，T细胞受体/B细胞受体分析	NA	基因表达数据，免疫学数据	NA
340	2024-08-04	Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754 PMID:38428147	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞	识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因，提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点	本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰，针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议	探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因	本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA-seq和总体RNA-seq	NA	基因表达数据	包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本