单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 535 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-04 |
Mutational signature and prognosis in adenocarcinoma of the bladder
2024-03, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6239
PMID:38180342
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研究论文 | 本文揭示了膀胱腺癌的突变和转录组特征，并评估了其与预后的关系 | 首次报告了膀胱腺癌中与化学致癌物相关的突变特征，并与预后相关联 | 样本数量较少，仅包含23名患者，可能限制结果的广泛适用性 | 揭示膀胱腺癌的突变和转录组特征 | 23名膀胱腺癌患者，包括16名原发性膀胱腺癌患者和7名尿管腺癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 全外显子测序、全基因组测序、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 23个样本，包含16个原发性膀胱腺癌和7个尿管腺癌 |
| 322 | 2024-08-04 |
Integrative analysis of bulk and single-cell RNA-seq reveals the molecular characterization of the immune microenvironment and oxidative stress signature in melanoma
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28244
PMID:38560689
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研究论文 | 本研究探讨了黑色素瘤免疫微环境和氧化应激特征的异质性。 | 通过整合散装和单细胞RNA测序数据，识别出六种肿瘤亚群，并构建了预测风险模型。 | 研究主要集中在黑色素瘤上，可能无法推广至其他类型肿瘤。 | 旨在分析黑色素瘤的免疫微环境和氧化应激标志物的分子特征。 | 研究对象为黑色素瘤的细胞及其脉络中的免疫细胞。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA-seq | NA | 单细胞和散装RNA测序数据 | 不明确提供样本数量 |
| 323 | 2024-08-04 |
SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information-aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae130
PMID:38557675
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpatialcoGCN的深度图共嵌入框架，用于提高空间转录组数据的去卷积和模拟性能 | 该研究通过自监督的共图卷积网络模型显著改善了空间转录组数据的低空间分辨率和检测到的RNA转录本数量的问题 | 尚未提及具体的限制因素 | 探讨空间转录组数据中细胞的功能和相互作用 | 使用空间转录组数据和单细胞数据进行细胞组成的去卷积和模拟 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 深度学习 | 共图卷积网络 | 空间转录组数据 | 模拟的空间转录组数据和来自人类导管癌、发育中人类心脏和小鼠大脑的真实数据集 |
| 324 | 2024-08-07 |
An immune cell map of human lung adenocarcinoma development reveals an anti-tumoral role of the Tfh-dependent tertiary lymphoid structure
2024-Mar-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101448
PMID:38458196
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了人肺腺癌发展过程中的免疫细胞图谱，揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在抗肿瘤中的作用 | 首次揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在人肺腺癌发展中的抗肿瘤作用，并通过IL-21-IL-21受体信号通路介导 | 研究主要基于小鼠模型，需要在人体中进一步验证 | 探究人肺腺癌发展过程中的免疫反应及其对患者生存的影响 | 人肺腺癌发展过程中的免疫细胞及其动态变化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 325 | 2024-08-04 |
scNovel: a scalable deep learning-based network for novel rare cell discovery in single-cell transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae112
PMID:38555470
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研究论文 | 该论文介绍了一种名为scNovel的深度学习网络，专注于单细胞转录组中稀有新细胞的发现 | scNovel通过深度学习方法，在发现稀有的新细胞类型方面显著优于现有模型，且在多个数据集上表现出色 | 目前工具主要集中于一般细胞类型注释，对于发现新稀有细胞类型的挑战尚未得到充分解决 | 研究旨在推动稀有新细胞类型的发现，以促进生物医学领域的研究 | 研究对象为单细胞转录组数据中的稀有新细胞类型 | 数字病理学 | 新冠肺炎 | 单细胞RNA测序 | 深度学习神经网络 | 数据集 | 包含百万规模的数据集 |
| 326 | 2024-08-04 |
PANoptosis, an indicator of COVID-19 severity and outcomes
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae124
PMID:38555477
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研究论文 | 本研究探讨了PANoptosis在COVID-19严重性和预后的指示作用 | 揭示了PANoptosis在COVID-19中的潜在作用及其调节免疫反应的机制 | 需要进一步的研究来澄清PANoptosis如何调节COVID-19中的免疫反应和预后 | 探讨PANoptosis作为COVID-19严重性的指标 | 针对COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞的生物信息学分析 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)和整体RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了在线数据集的多个样本进行分析 |
| 327 | 2024-08-04 |
Dysregulation of cell state dynamics during early stages of serous endometrial carcinogenesis
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.15.585274
PMID:38562813
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研究论文 | 本文提供了关于小鼠模型中正常、前发病和发病子宫内膜细胞类型及其状态的综合调查。 | 鉴定出44个基因作为早期诊断和预后标志物，并强调了腔上皮在SEC发病机制中的重要角色。 | 主要基于小鼠模型，可能与人类SEC的病理生理有所不同。 | 研究SEC早期阶段细胞状态动态和分子机制。 | 正常、前发病和发病子宫内膜的细胞类型及其状态。 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞转录组学和空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因组数据 | 44个基因 panel，涉及正常和病变子宫内膜样本 |
| 328 | 2024-08-04 |
Identification of spatially-resolved markers of malignant transformation in Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms
2024-Mar-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46994-2
PMID:38553466
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研究论文 | 该论文研究了乳头状粘液性肿瘤中的恶性转化的空间分辨标记 | 本研究确认了乳头状粘液性肿瘤的亚型特异性标记，为风险分层提供了新的分子依据 | 研究依赖于两个独立患者队列，但可能存在样本多样性和外部验证的不足 | 研究乳头状粘液性肿瘤中恶性转化的分子标记 | 调查乳头状粘液性肿瘤患者的亚型特异性分子标记 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 两个独立的患者队列 |
| 329 | 2024-08-07 |
Aberrant activated Notch1 promotes prostate enlargement driven by androgen signaling via disrupting mitochondrial function in mouse
2024-Mar-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05143-0
PMID:38538986
|
研究论文 | 本研究证明过度激活的Notch1信号在小鼠前列腺上皮细胞中通过增强增殖和抑制凋亡导致前列腺增大 | 揭示了过度激活的Notch1信号通过增加雄激素受体敏感性、破坏细胞线粒体代谢、增加活性氧和增加前体细胞数量诱导前列腺增大的机制，并发现N-乙酰-L-半胱氨酸治疗可以缓解这种过度激活引起的增生 | NA | 探讨Notch信号在前列腺增大和增生中的潜在调控机制 | 小鼠前列腺上皮细胞和人类良性前列腺增生患者 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | scRNA-seq | NA | 细胞 | 涉及小鼠和人类良性前列腺增生患者的样本 |
| 330 | 2024-08-07 |
Analysis of the effect of CCR7 on the microenvironment of mouse oral squamous cell carcinoma by single-cell RNA sequencing technology
2024-Mar-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03013-y
PMID:38539232
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析CCR7对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析CCR7基因敲除对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境中细胞类型和基因表达的影响 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类口腔鳞状细胞癌中验证CCR7的作用 | 探讨CCR7在口腔鳞状细胞癌微环境中的作用 | CCR7基因敲除小鼠和野生型小鼠的口腔鳞状细胞癌模型 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三只CCR7基因敲除小鼠和三只野生型小鼠 |
| 331 | 2024-08-07 |
Adipose stem cells control obesity-induced T cell infiltration into adipose tissue
2024-Mar-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113963
PMID:38492218
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪干细胞（ASCs）在肥胖诱导的脂肪组织中T细胞浸润的作用 | 首次揭示了脂肪干细胞通过上调C-C基序趋化因子配体5（CCL5）在肥胖早期阶段调控T细胞积累的关键作用 | NA | 阐明肥胖诱导的脂肪组织中T细胞浸润的机制 | 脂肪干细胞和T细胞 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用肥胖小鼠的脂肪干细胞和骨髓进行移植实验 |
| 332 | 2024-08-07 |
scRNA-Seq: First Atlas and Cellular Landscape of Lacrimal Sac: Implications in Primary Acquired Nasolacrimal Duct Obstruction Pathogenesis
2024-Mar-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.3.38
PMID:38551583
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研究论文 | 本研究旨在描述原发性获得性鼻泪管阻塞（PANDO）患者泪囊中个体细胞成分的转录变化，并尝试构建首个泪囊细胞图谱，以阐明可能驱动疾病发病机制的潜在机制。 | 本研究首次构建了泪囊细胞图谱，并揭示了T细胞、B细胞和上皮细胞在炎症反应中的作用以及细胞间信号网络的构建。 | NA | 描述PANDO患者泪囊中个体细胞成分的转录变化，并构建泪囊细胞图谱以阐明疾病发病机制。 | 泪囊样本中的个体细胞群体，包括上皮细胞和免疫细胞。 | 数字病理学 | 鼻泪管阻塞 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 5名患者的泪囊样本，共25,791个细胞 |
| 333 | 2024-08-07 |
Single-cell atlas of the small intestine throughout the human lifespan demonstrates unique features of fetal immune cells
2024-Mar-28, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2024.03.011
PMID:38555026
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了人类小肠在整个生命周期中的转录组图谱，特别关注免疫细胞，并揭示了胎儿期小肠免疫细胞的独特特征 | 首次展示了胎儿小肠免疫细胞的复杂免疫景观，并识别了其在整个生命周期中的变化 | NA | 探讨人类小肠黏膜免疫系统的发育过程及其在不同生命阶段的特点 | 人类小肠的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涵盖从第一孕期到成年的多个样本 |
| 334 | 2024-08-04 |
Systematic immune cell dysregulation and molecular subtypes revealed by single-cell RNA-seq of subjects with type 1 diabetes
2024-Mar-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01300-z
PMID:38539228
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病患者的免疫细胞失调及其分子亚型 | 首次在单细胞层面全面评估1型糖尿病中的免疫细胞表型 | 可能缺乏其他类型糖尿病的对照数据 | 评估1型糖尿病的免疫细胞特征及分子亚型 | 46名明显的1型糖尿病患者和31名匹配的对照者 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 46名1型糖尿病患者和31名对照者 |
| 335 | 2024-08-07 |
Pan-cancer evaluation of regulated cell death to predict overall survival and immune checkpoint inhibitor response
2024-Mar-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00570-5
PMID:38538696
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研究论文 | 本研究评估了调控细胞死亡（RCD）在泛癌水平上的状态及其与免疫检查点抑制剂（ICI）反应和总体生存率的关系 | 首次在泛癌水平上全面评估RCD状态及其相关特征，并开发了用于预测ICI反应和总体生存率的RCD签名 | NA | 探索RCD状态作为预测恶性肿瘤患者ICI反应和总体生存率的生物标志物的潜力 | RCD水平在30种癌症类型、29种正常组织和82个scRNA-Seq数据集中的2,573,921个细胞中的分布 | 数字病理学 | 泛癌 | scRNA-Seq | 机器学习算法 | 数据集 | 30种癌症类型，29种正常组织，2,573,921个细胞 |
| 336 | 2024-08-04 |
Cell Heterogeneity and Variability in Peripheral Nerve after Injury
2024-Mar-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25063511
PMID:38542483
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综述 | 本文总结了外周神经损伤后的细胞异质性和变异性。 | 本研究通过总结当前的测序数据，揭示了外周神经中特别是坐骨神经的细胞异质性。 | 没有提到具体的实验数据，主要依赖于现有文献的汇总。 | 研究外周神经的细胞组成和其在损伤后的变化。 | 探讨施旺细胞、成纤维细胞、免疫细胞和内皮细胞的细胞变异。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 测序数据 | NA |
| 337 | 2024-08-07 |
Subepithelial Stromal Cells: Their Roles and Interactions with Intestinal Epithelial Cells during Gut Mucosal Homeostasis and Regeneration
2024-Mar-17, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12030668
PMID:38540281
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综述 | 本文综述了肠道黏膜稳态和再生过程中上皮下基质细胞与肠上皮细胞的相互作用及其功能 | 利用单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、共聚焦显微镜和计算重构等新技术，识别和表征了特定的肠道间质干细胞亚群 | 由于缺乏大多数功能同质亚群的特异性标记，探索这些异质性肠道间质干细胞的功能仍然具有挑战性 | 旨在理解调控这些细胞激活的细胞途径及其在肠上皮再生过程中的相互作用 | 肠道间质干细胞及其在肠道形态发生、稳态和再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS), 共聚焦显微镜 | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-08-04 |
Unique Spatial Transcriptomic Profiling of the Murine Femoral Fracture Callus: A Preliminary Report
2024-Mar-16, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13060522
PMID:38534368
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研究论文 | 本文探讨了小鼠股骨骨折愈合过程中独特的空间转录组特征 | 使用Visium CytAssist空间转录组平台提供了首次空间完整的基因表达变化特征 | 未提及研究的具体限制 | 研究骨折愈合过程中基因表达的动态变化及其空间分布 | 采用BALB/c小鼠模型及其在转移性乳腺癌影响下的骨折愈合情况 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组技术 | NA | 组织切片 | BALB/c小鼠的样本，具体数量未提及 |
| 339 | 2024-08-04 |
A Retrospective View of the Triple-Negative Breast Cancer Microenvironment: Novel Markers, Interactions, and Mechanisms of Tumor-Associated Components Using Public Single-Cell RNA-Seq Datasets
2024-Mar-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16061173
PMID:38539508
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研究论文 | 该文章回顾了三阴性乳腺癌的肿瘤微环境，探讨了新的标记物、相互作用及相关机制 | 通过公共单细胞RNA测序数据集发现了特定的TNBC标记和细胞类型间的相互作用 | 该研究使用了公共数据集，可能限制了对特定临床背景的分析 | 寻找新的治疗靶点，以更好地理解三阴性乳腺癌的肿瘤微环境 | 分析三阴性乳腺癌肿瘤细胞及其微环境中的不同细胞类型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 利用公共单细胞RNA测序数据集分析多种细胞类型 |
| 340 | 2024-08-07 |
Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Elucidate the Etiology of Severe COVID-19
2024-Mar-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25063280
PMID:38542251
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，探讨了严重COVID-19的潜在病因及其与系统性自身免疫疾病的相似性 | 本研究首次综合分析了批量和单细胞RNA测序数据，揭示了严重COVID-19与炎症相关基因的上调关系 | NA | 阐明严重COVID-19的病因 | 严重COVID-19的基因表达模式及其与炎症综合征的关联 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 27项研究和8项meta分析的数据 |