单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 535 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-07 |
miR-644a is a tumor cell-intrinsic mediator of sex bias in glioblastoma
2024-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.11.584443
PMID:38559056
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研究论文 | 本文研究了miR-644a在胶质母细胞瘤（GBM）中性别偏倚的肿瘤细胞内在介导作用 | 首次揭示了miR-644a在GBM中性别偏倚的肿瘤细胞内在介导作用 | NA | 探讨miR-644a在胶质母细胞瘤中性别偏倚的机制 | miR-644a及其在GBM中的性别偏倚作用 | NA | 脑瘤 | miRNA和mRNA测序 | NA | 测序数据 | 39名GBM患者（22名男性，17名女性）和110名GBM患者的单细胞RNA测序数据 |
| 302 | 2024-08-07 |
A vagal reflex evoked by airway closure
2024-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07144-2
PMID:38448588
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研究论文 | 本文研究了一种由气道闭合引发的迷走神经反射，该反射导致喘息现象 | 发现了由表达PVALB的迷走神经元介导的气道闭合反应，并揭示了神经上皮小体（NEBs）在肺机械感觉中的关键作用 | NA | 探讨气道闭合引发的迷走神经反射及其对呼吸功能的维持作用 | 迷走神经反射、神经上皮小体（NEBs）、表达PVALB的迷走神经元 | NA | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA |
| 303 | 2024-08-07 |
Oscillatory differentiation dynamics fundamentally restricts the resolution of pseudotime reconstruction algorithms
2024-03, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2023.0537
PMID:38503342
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研究论文 | 本文理论性地展示了细胞分化过程中存在的动态振荡现象如何限制了伪时间重建算法的质量和分辨率 | 首次揭示了细胞分化过程中的振荡动态对伪时间重建算法分辨率的内在限制 | 指出了当前伪时间重建方法的固有局限性 | 探讨细胞分化过程中振荡动态对伪时间重建算法的影响 | 细胞分化过程中的动态振荡现象及其对伪时间重建算法的影响 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 304 | 2024-08-07 |
IRF1 governs the expression of SMARCC1 via the GCN5-SETD2 axis and actively engages in the advancement of osteoarthritis
2024-Mar, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2024.01.002
PMID:38586591
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研究论文 | 本研究分析了IRF1-GCN5-SETD2-SMARCC1轴在骨关节炎（OA）发展中的作用 | 发现IRF1通过GCN5和SETD2调控SMARCC1的表达，进而影响H3K27ac和H3K4me3修饰，促进M1巨噬细胞的极化，推动骨关节炎的进展 | NA | 分析IRF1-GCN5-SETD2-SMARCC1轴在骨关节炎发展中的功能 | IRF1、SMARCC1、GCN5、SETD2以及它们在骨关节炎中的作用 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 13名骨关节炎患者和7名无骨关节炎的骨折患者 |
| 305 | 2024-08-07 |
DELVE: feature selection for preserving biological trajectories in single-cell data
2024-Mar-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46773-z
PMID:38553455
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research paper | 本文介绍了一种名为DELVE的无监督特征选择方法，用于在单细胞数据中保留生物学轨迹 | DELVE采用自下而上的方法来减少混杂变异源的影响，并基于核心调控复合体从动态基因或蛋白质模块中建模细胞状态 | NA | 旨在识别能够稳健重现细胞轨迹的分子特征子集 | 单细胞数据中的生物学轨迹 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing, iterative immunofluorescence imaging | NA | single-cell data | NA |
| 306 | 2024-08-07 |
The remission status of AML patients after allo-HCT is associated with a distinct single-cell bone marrow T-cell signature
2024-Mar-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021815
PMID:38197505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了急性髓系白血病（AML）患者在接受异基因造血干细胞移植（allo-HCT）100天后骨髓T淋巴细胞和CD34+细胞的特征，以识别与即将复发（REL）或持续完全缓解（CR）相关的T细胞特征。 | 研究首次揭示了在allo-HCT后，骨髓T细胞的特定单细胞特征与AML患者的缓解状态相关，并识别出ADGRG1/GPR56作为CR CD8+ T细胞的表面标记物。 | 研究样本量较小，仅涉及6名患者，可能影响结果的普遍性。 | 旨在识别与AML患者allo-HCT后缓解状态相关的T细胞特征。 | 急性髓系白血病患者的骨髓T淋巴细胞和CD34+细胞。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 6名AML患者 |
| 307 | 2024-08-04 |
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae152
PMID:38581422
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研究论文 | 本研究提出了一种新的自动化细胞注释方法HyGAnno，适用于单细胞ATAC测序数据 | HyGAnno通过并行图神经网络以半监督方式将细胞类型信息从标记良好的scRNA-seq参考转移到未标记的scATAC-seq目标，并利用全基因组可及性峰特征来促进训练过程 | 在一些数据集上，细胞预测的可靠性可能较低，影响注释的准确性 | 研究开发一种高效的细胞类型注释方法，以提高单细胞ATAC测序数据的细胞注释质量 | 本研究关注的对象是细胞类型注释，特别是针对单细胞ATAC测序数据的未标记样本 | 数字病理 | 肿瘤 | 图神经网络 | 并行图神经网络 | 单细胞ATAC测序数据 | 在多个数据集上评估，具体样本量未给出 |
| 308 | 2024-08-04 |
Modeling interpretable correspondence between cell state and perturbation response with CellCap
2024-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.14.585078
PMID:38558987
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研究论文 | 本研究提出CellCap，一种旨在对单细胞扰动实验进行端到端分析的深度生成模型 | CellCap通过稀疏字典学习将细胞状态特异的扰动响应解构为一组转录响应程序，并通过点积交叉注意力来增强模型的解释能力 | 该研究主要评估CellCap在多个模拟场景下的模型可解释性，可能在某些实际应用中表现不佳 | 揭示细胞状态与扰动响应之间的关系，以深入理解细胞行为 | 使用单细胞转录组学和扰动数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 深度生成模型 | 生成模型 | 转录组数据 | 两个真实的单细胞扰动数据集 |
| 309 | 2024-08-07 |
Heterogeneity of layer 4 in visual areas of rhesus macaque cortex
2024-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.11.584345
PMID:38559123
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，详细研究了猕猴视觉皮层中五个相邻区域的细胞异质性，并开发了一种新的脑空间存档方法BrainSPACE。 | 开发了一种新的脑空间存档方法BrainSPACE，并首次揭示了猕猴视觉皮层中特定神经元亚型的分布和密度梯度。 | NA | 探索猕猴视觉皮层中相邻区域的细胞异质性和层次结构。 | 猕猴视觉皮层中的V1、V2、V4、MT和TEO区域。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），小分子荧光原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 约100,000个来自视觉区域V1和V4的细胞核 |
| 310 | 2024-08-07 |
Self-assembly of differentiated dental pulp stem cells facilitates spheroid human dental organoid formation and prevascularization
2024-Mar-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v16.i3.287
PMID:38577232
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研究论文 | 本研究展示了成人干细胞和人牙髓干细胞在体外低氧和条件培养基下的三维自组装，形成新型球形牙髓类器官并促进其血管化 | 本研究创新性地建立了体外血管化牙髓类器官模型，并阐明了再生过程中血管生成的新机制 | 牙髓类器官缺乏血管限制了其应用 | 提高干细胞移植后的存活率和恢复能力 | 成人干细胞、人牙髓干细胞和内皮细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 特定比例的预处理人牙髓干细胞与内皮细胞混合 |
| 311 | 2024-08-07 |
Ferroptosis biomarkers predict tumor mutation burden's impact on prognosis in HER2-positive breast cancer
2024-Mar-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v15.i3.391
PMID:38576597
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研究论文 | 本研究旨在识别和评估HER2阳性乳腺癌中与铁死亡相关的新型生物标志物，并探讨其与肿瘤突变负荷对预后的影响。 | 开发了一个包含PROM2、SLC7A11、FANCD2和FH的四基因预测模型，并在TCGA和METABRIC队列中验证了其有效性。 | NA | 识别和评估HER2阳性乳腺癌中与铁死亡相关的新型生物标志物。 | HER2阳性乳腺癌患者。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA表达数据 | TCGA和METABRIC数据库中的HER2阳性乳腺癌患者。 |
| 312 | 2024-08-07 |
Regorafenib plus nivolumab in unresectable hepatocellular carcinoma: the phase 2 RENOBATE trial
2024-Mar, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-02824-y
PMID:38374347
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研究论文 | 研究评估了瑞戈非尼与纳武利尤单抗联合治疗不可切除肝细胞癌（uHCC）的疗效和安全性 | 首次在多中心、单臂、II期RENOBATE试验中测试了瑞戈非尼与纳武利尤单抗联合作为uHCC一线治疗的疗效 | 研究为单臂试验，且样本量较小，需要进一步的大规模随机对照试验验证 | 评估瑞戈非尼与纳武利尤单抗联合治疗不可切除肝细胞癌的疗效和安全性 | 不可切除的肝细胞癌患者 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液单个核细胞 | 42名患者 |
| 313 | 2024-08-07 |
Monocyte state 1 (MS1) cells in critically ill patients with sepsis or non-infectious conditions: association with disease course and host response
2024-03-19, Critical care (London, England)
DOI:10.1186/s13054-024-04868-5
PMID:38504349
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研究论文 | 本研究探讨了单核细胞状态1（MS1）细胞在重症监护病房（ICU）中患有脓毒症或非感染性疾病的患者中的分布及其与疾病进程和宿主反应的关系 | 首次使用转录组反卷积方法（CIBERSORTx）评估MS1细胞在脓毒症患者中的比例，并研究其与疾病严重程度和宿主反应失调的关系 | 研究未区分MS1细胞在幸存者和非幸存者之间或二次感染患者之间的差异 | 确定MS1细胞特征与疾病表现、预后和宿主反应特征之间的关联 | 脓毒症患者和ICU中无感染的患者 | NA | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 332名脓毒症患者和215名无感染的ICU患者 |
| 314 | 2024-08-07 |
Monocytes Release Pro-Cathepsin D to Drive Blood-to-Brain Transcytosis in Diabetes
2024-Mar-29, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323622
PMID:38420756
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研究论文 | 研究探讨了单核细胞释放的前胱天蛋白酶D在糖尿病中驱动血液到大脑的转胞吞作用中的作用 | 发现了循环中的前胱天蛋白酶D在糖尿病脑微血管病变发病机制中的新作用 | NA | 确定2型糖尿病进展中微血管并发症的潜在机制 | 人类单核细胞样本和表达人胱天蛋白酶D的转基因小鼠 | NA | 糖尿病 | 高通量RNA测序 | NA | RNA | 控制组和糖尿病患者的单核细胞样本 |
| 315 | 2024-08-07 |
Versican Promotes Cardiomyocyte Proliferation and Cardiac Repair
2024-03-26, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 研究探讨了versican在心肌细胞增殖和心脏修复中的作用 | 首次揭示了versican作为心脏成纤维细胞来源的促进增殖的蛋白聚糖，并阐明了其在促进成年心脏修复中的作用 | NA | 探究versican在心肌细胞增殖和心脏修复中的作用 | 新生和成年小鼠的心脏 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、液相色谱-质谱分析、Western blot、免疫染色、定量逆转录聚合酶链反应、Masson三色染色、超声心动图 | NA | NA | 新生和成年小鼠 |
| 316 | 2024-08-07 |
DESP demixes cell-state profiles from dynamic bulk molecular measurements
2024-Mar-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100729
PMID:38490205
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research paper | 本文介绍了一种名为DESP的算法，该算法利用单细胞RNA测序等独立估计的细胞状态比例，解析细胞状态对批量分子测量（特别是定量蛋白质组学）的相对贡献 | DESP算法能够从批量分子测量中准确重建细胞状态特征，为研究细胞状态水平的蛋白质组和其他分子谱提供了一个可推广的计算框架 | NA | 开发一种算法，用于解析细胞状态对批量分子测量的贡献，并提供对细胞状态水平分子谱的研究方法 | 细胞状态对批量分子测量的贡献，特别是蛋白质组和转录组的测量 | machine learning | NA | single-cell RNA sequencing, quantitative proteomics | DESP algorithm | proteome, transcriptome | NA |
| 317 | 2024-08-07 |
Anchored-fusion enables targeted fusion search in bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-Mar-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100733
PMID:38503288
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Anchored-fusion的高灵敏度融合基因检测工具，该工具能够锚定感兴趣的基因并恢复传统算法通常过滤掉的短读序列匹配 | Anchored-fusion包含基于深度学习层次结构的模块，采用自蒸馏学习（HVLD）有效过滤假阳性融合片段，同时保持真实融合基因 | NA | 开发一种高灵敏度的融合基因检测工具，适用于低测序深度的应用 | 融合基因的检测 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 深度学习 | RNA测序数据 | NA |
| 318 | 2024-08-04 |
EIF2Ss, a Novel c-Myc-Correlated Gene Family, is Associated with Poor Prognosis and Immune Infiltration in Pancreatic Adenocarcinoma
2024-Mar-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2903119
PMID:38538250
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研究论文 | 本研究分析了EIF2S基因家族在胰腺腺癌中的诊断、预后和治疗中的作用 | 发现EIF2S在胰腺腺癌组织中高表达，并与不良预后和免疫浸润相关 | 尚未报告EIF2S在PAAD中的具体功能机制 | 探讨EIF2S基因家族与胰腺腺癌的关系 | 胰腺腺癌患者的基因表达和生存情况 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能富集分析，免疫共沉淀，质谱分析，西方印迹 | NA | 基因表达数据 | 基于TCGA数据库，具体样本数未提供 |
| 319 | 2024-08-04 |
Construction of an immune predictive model and identification of TRIP6 as a prognostic marker and therapeutic target of CRC by integration of single-cell and bulk RNA-seq data
2024-Mar-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03658-w
PMID:38430268
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研究论文 | 本研究构建了一个免疫预测模型，并识别了TRIP6作为结直肠癌的预后标志物和治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序和总RNA测序数据构建了结直肠癌的分子免疫预测模型 | 未能深入探讨模型的临床应用效果 | 识别结直肠癌患者的免疫状态，并构建预后模型以预测患者结果 | 结直肠癌患者的免疫细胞浸润和关键基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq，单细胞RNA-seq | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 包含来自GEO的结直肠癌单细胞RNA-seq数据和UCSC Xena的总RNA-seq数据 |
| 320 | 2024-08-04 |
Proteomic and transcriptomic profiling of brainstem, cerebellum and olfactory tissues in early- and late-phase COVID-19
2024-Mar, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01573-y
PMID:38366144
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研究论文 | 本文分析了不同阶段COVID-19患者脑干、脑小脑和嗅觉组织的蛋白质组和转录组特征 | 首次通过单核RNA测序和空间转录组学整合分析COVID-19不同阶段的神经炎症反应 | 研究对象为已故个体，可能会影响结果的临床适用性 | 探讨COVID-19过程中神经系统的免疫反应及其对神经功能的影响 | 不同阶段的COVID-19患者的脑干组织 | 数字病理学 | COVID-19 | 单核RNA测序和空间转录组学 | NA | 组织样本 | 不同阶段的已故COVID-19患者脑干组织 |