单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-04	Exploring Transcriptional Regulation of Beta Cell SASP by Brd4-Associated Proteins and Cell Cycle Control Protein p21 2024-Mar-06, Epigenomes IF:2.5Q3 DOI:10.3390/epigenomes8010010 PMID:38534794	研究论文	这篇文章探讨了Brd4相关蛋白和细胞周期控制蛋白p21对β细胞SASP的转录调控。	揭示了Brd4与多种蛋白绑定，并探讨了p21在β细胞SASP机制中的作用。	在NIT-1细胞中，p21的RNAi干扰对细胞活力或SASP没有显著影响，这可能限制了对p21功能的全面理解。	探讨在1型糖尿病模型中β细胞SASP的转录调控机制。	使用NOD小鼠模型的β细胞系NIT-1作为研究对象。	数字病理学	1型糖尿病	RNA干扰	NA	单细胞RNA测序数据	NOD小鼠模型中的小鼠β细胞和来自对照、自身抗体阳性及1型糖尿病供体的人类β细胞
302	2024-08-04	Population-level comparisons of gene regulatory networks modeled on high-throughput single-cell transcriptomics data 2024-Mar, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00597-5 PMID:38438786	研究论文	该文章介绍了一种名为SCORPION的工具，通过高通量单细胞转录组数据重建可比较的基因调控网络	SCORPION使用信息传递算法重建基因调控网络，并在合成数据上优于12种现有技术，显示其准确识别不同细胞间调控网络差异的能力	文章未讨论SCORPION在不同生物背景下的适应性	研究旨在实现单细胞RNA测序数据在群体水平的基因调控网络比较	文章研究了来自结直肠癌及其相邻健康组织的200,436个单细胞的基因调控网络	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	NA	单细胞 RNA 测序数据	200,436个单细胞
303	2024-08-07	Schnurri-3 controls osteogenic fate of Adipoq-lineage progenitors in bone marrow 2024-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.01.008 PMID:38549808	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型，探讨了Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的作用及其对骨形成和骨折愈合的影响	首次揭示了Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的功能，及其对骨形成和骨折愈合的促进作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证其临床应用潜力	探讨Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的作用及其对骨形成和骨折愈合的影响	Adipoq谱系前体细胞和Schnurri-3基因	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA序列数据	小鼠和人类样本
304	2024-08-07	Predicting mechanism of immune response in microsatellite instability colorectal cancer 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28120 PMID:38545192	研究论文	本研究利用计算程序分析单细胞RNA测序数据，识别出微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-CRC）中特定的表达程序，并探讨了这些程序与免疫反应和转移功能的关系	首次通过非负矩阵分解（NMF）识别出MSI-CRC特有的三个复发模块，并发现这些模块与代谢和炎症反应功能富集相关	研究主要集中在MSI-CRC的免疫反应机制，未涉及微卫星稳定性（MSS）结直肠癌的比较分析	探讨微卫星不稳定性结直肠癌中免疫反应的预测机制	微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-CRC）的免疫反应和转移功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	涉及多个结直肠癌细胞系的单细胞RNA测序数据
305	2024-08-07	Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex 2024-Mar-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn9998 PMID:38536915	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和条形码细胞系追踪技术，探讨了哺乳动物大脑皮层发育中平行细胞系的分子多样性和其发展轨迹	发现了在具有扩展胚区和大脑皮层折叠的物种中，如人类，存在多类放射状胶质细胞（RGCs）启动平行细胞系，这些细胞系最终汇聚成一类新生神经元	研究主要集中在雪貂和人类，未涵盖所有哺乳动物物种	揭示哺乳动物大脑皮层发育中细胞系的多样性和平行发展机制	哺乳动物大脑皮层的细胞系及其分子多样性	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及雪貂和人类大脑皮层的多个胚区样本
306	2024-08-07	A p53 score derived from TP53 CRISPR/Cas9 HMCLs predicts survival and reveals a major role of BAX in the response to BH3 mimetics 2024-Mar-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021581 PMID:38096363	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术从TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)中衍生出TP53-/-克隆，建立了严格的p53依赖性基因表达谱，并开发了一个功能性p53评分系统，该评分系统涉及13个在p53沉默时特异性下调的基因。	本研究首次建立了一个功能性p53评分系统，能够有效识别双等位TP53失活的骨髓瘤患者样本，并预测其总体生存率。此外，研究还发现p53调控的BAX表达对骨髓瘤细胞对BH3模拟物的敏感性有直接影响，并且MCL1和BCL2 BH3模拟物的组合显示出协同效应。	研究主要集中在骨髓瘤细胞系和患者样本上，未来需要进一步验证该评分系统在其他癌症类型中的应用。	建立一个功能性p53评分系统，以识别双等位TP53失活的骨髓瘤细胞，并研究p53调控的BAX在骨髓瘤细胞对BH3模拟物反应中的作用。	TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)，以及骨髓瘤患者样本。	数字病理学	骨髓瘤	CRISPR/Cas9技术	NA	基因表达数据	涉及17个失调基因，13个特异性下调基因，以及多个骨髓瘤细胞系和患者样本。
307	2024-08-07	Poor clinical outcomes and immunoevasive contexture in CD161+CD8+ T cells barren human pancreatic cancer 2024-Mar-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008694 PMID:38531664	研究论文	本研究探讨了CD161+CD8+ T细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）中的预后价值及其分子特征	首次确认肿瘤浸润性CD161+CD8+ T细胞作为PDAC独立预后指标，并发现其与CA19-9水平结合可增强生存预测能力	需要进一步研究验证CD161+CD8+ T细胞在风险分层和治疗策略优化中的作用	阐明CD161+CD8+ T细胞在PDAC中的预后价值及其分子特征	CD161+CD8+ T细胞在PDAC中的作用	肿瘤学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	186名接受根治性切除的PDAC患者
308	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the immune features and viral tropism in the central nervous system of mice infected with Japanese encephalitis virus 2024-Mar-26, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03071-1 PMID:38532383	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了日本脑炎病毒感染小鼠中枢神经系统后的免疫特征和病毒趋向性	首次通过单细胞RNA测序揭示了日本脑炎病毒对小鼠大脑中不同神经亚型的病毒趋向性和细胞组成的改变	NA	探讨日本脑炎病毒在小鼠中枢神经系统中的作用机制及其对神经损伤和炎症的影响	日本脑炎病毒感染的小鼠中枢神经系统细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	88,000个单细胞
309	2024-08-07	Unveiling the functional heterogeneity of cytokine-primed human umbilical cord mesenchymal stem cells through single-cell RNA sequencing 2024-Mar-26, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01219-3 PMID:38532459	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了由不同细胞因子预处理的脐带间充质干细胞的功能异质性及其分子机制	本研究首次在单细胞水平上揭示了细胞因子预处理对间充质干细胞异质性、生物功能及其功能亚群的调控作用	NA	揭示细胞因子预处理的间充质干细胞的细胞异质性、功能亚群及分子机制	脐带间充质干细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及IFN-γ、TNF-α、IL-4、IL-6、IL-15和IL-17预处理的脐带间充质干细胞
310	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Endometrium Reveals ISL1 as a Potential Biomarker for Diagnosis and Treatment 2024-Mar-13, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2903100 PMID:38538277	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了子宫内膜小细胞神经内分泌癌的转录组，揭示了ISL1作为潜在的诊断和治疗生物标志物	首次在子宫内膜小细胞神经内分泌癌中探讨了ISL1的表达及其作为生物标志物的潜力	研究样本量较小，仅基于单一病例的样本进行分析	探索子宫内膜小细胞神经内分泌癌的诊断和治疗标志物	子宫内膜小细胞神经内分泌癌及其细胞内的ISL1表达	数字病理学	妇科肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单一病例样本
311	2024-08-07	Brooklyn plots to identify co-expression dysregulation in single cell sequencing 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad112 PMID:38213836	研究论文	本文通过构建软件包并使用'布鲁克林图'分析单细胞RNA测序数据，识别基因组相关邻近基因的共表达失调	发现单细胞RNA测序数据中基因组相关邻近基因的共表达全局变化，并开发了一种新的分析方法	NA	探索人类疾病中改变的开放染色质区域对基因表达的影响	单细胞RNA测序数据中的基因共表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	约10 MB的基因组间隔
312	2024-08-04	Comprehensive single-cell analysis reveals heterogeneity of fibroblast subpopulations in ovarian cancer tissue microenvironment 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27873 PMID:38533040	研究论文	该研究揭示了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的异质性。	首次较为全面地分析了卵巢癌组织微环境中成纤维细胞亚群的特性及其在TGFβ信号通路中的功能。	对成纤维细胞亚群的特定功能了解仍然不够充分。	探讨卵巢癌组织中成纤维细胞亚群的异质性及其在癌症进展中的作用。	卵巢癌组织样本中的成纤维细胞亚群。	数字病理学	卵巢癌	单细胞测序	NA	RNA-seq	32个卵巢癌样本和3226个公共数据库中的大规模RNA-seq数据
313	2024-08-04	Modulator of TMB-associated immune infiltration (MOTIF) predicts immunotherapy response and guides combination therapy 2024-Mar-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2024.01.025 PMID:38320897	研究论文	本研究开发了一种新工具MOTIF，用于预测免疫疗法响应并指导联合治疗	MOTIF将肿瘤突变负担(TMB)与CD8 T细胞浸润之间的关系进行了综合分析，提供了新的预测模型	该研究主要基于已有的RNA-seq数据，没有进行前瞻性临床试验	研究旨在提高TMB水平高的癌症患者对免疫检查点抑制剂的响应	研究对象是9311个肿瘤样本及84个单细胞RNA-seq数据集	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	NA	RNA数据	9311个肿瘤样本和84个人类单细胞RNA-seq数据集
314	2024-08-07	Prognostic prediction using a gene signature developed based on exhausted T cells for liver cancer patients 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28156 PMID:38533068	研究论文	本研究基于T细胞耗竭的关键预后基因开发了一个用于肝癌患者的预后预测模型	利用单细胞RNA测序数据和基因共表达网络分析，结合Lasso和多/单变量Cox分析构建了一个新的风险评分系统，并开发了一个能够预测不同风险组免疫浸润和免疫治疗敏感性的诺模图	NA	开发一个基于T细胞耗竭的关键预后基因的预后预测模型，以改善肝癌患者的临床治疗	肝癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	风险评分系统	单细胞RNA测序数据	18,413个细胞
315	2024-08-04	Integration of Single-Cell and Bulk RNA-seq Data to Identify the Cancer-Associated Fibroblast Subtypes and Risk Model in Glioma 2024-Mar-27, Biochemical genetics IF:2.1Q3 DOI:10.1007/s10528-024-10751-3 PMID:38536568	研究论文	本研究通过整合单细胞和大规模RNA测序数据识别胶质瘤中的癌症相关成纤维细胞亚型及风险模型	创新性地使用单细胞RNA-seq和多种算法识别并验证了23个预后CAF标志物，并建立了新的CAF相关特征模型(CRS)	本研究的限制未在摘要中提及	研究目的在于识别胶质瘤中CAF标志物，以促进新型诊断和治疗方法的开发	研究对象为1333个胶质瘤样本	数字病理学	NA	RNA-seq	最小绝对收缩和选择算子回归模型	样本数据	1333个胶质瘤样本
316	2024-08-04	Single-cell assessment of primary and stem cell-derived human trophoblast organoids as placenta-modeling platforms 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.023 PMID:38359834	研究论文	评估人类滋养层干细胞衍生的类器官作为胎盘建模平台	首次将单细胞转录组学应用于评估滋养层类器官的发育细胞轨迹和转录调控过程	滋养层类器官在成分、分化和发育转录驱动因素方面存在一定的偏差	研究滋养层发育和人类胎盘形成	新鲜分离的早孕滋养层和建立的滋养层干细胞细胞系衍生的类器官	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	NA	新鲜分离的早孕滋养层和建立的滋养层干细胞细胞系
317	2024-08-07	scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.01.543296 PMID:37333088	研究论文	介绍scATAnno，一个用于自动注释scATAC-seq数据的Python包	scATAnno通过整合查询数据与参考图谱，无需使用scRNA-seq数据即可实现准确的细胞类型注释，并引入了基于KNN和加权距离的不确定性评分来提高注释准确性	NA	开发一个自动注释scATAC-seq数据的工具	scATAC-seq数据中的细胞类型	单细胞测序	NA	scATAC-seq	KNN	scATAC-seq数据	多个数据集，包括外周血单个核细胞（PBMC）、三阴性乳腺癌（TNBC）和基底细胞癌（BCC）
318	2024-08-07	Construction of single-cell cross-species chromatin accessibility landscapes with combinatorial-hybridization-based ATAC-seq 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.015 PMID:38330939	研究论文	本文开发了一种基于组合杂交的单细胞ATAC-seq方法（CH-ATAC-seq），用于构建斑马鱼、果蝇和蚯蚓的单细胞可及染色质图谱，并分析了跨物种的基因调控保守性和差异性	开发了基于组合杂交的CH-ATAC-seq方法，首次构建了非哺乳动物物种的单细胞候选顺式调控元件图谱	NA	探索脊椎动物和无脊椎动物之间保守的调控程序	斑马鱼、果蝇、蚯蚓以及人类、猴子和小鼠的单细胞可及染色质	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）	NA	基因组数据	152种不同主要细胞类型，约0.8百万个细胞类型特异的候选顺式调控元件
319	2024-08-07	Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm 2024-Mar-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019 PMID:38354738	研究论文	本研究利用Wnt剂量依赖性诱导程序，通过单细胞RNA测序分析hiPSCs在退出多能性时对Wnt激动剂CHIR-99021剂量递增反应的细胞类型和基因活性，以探索干细胞分化的分子调控机制	本研究首次发现小分子药物tranilast能协同激活Wnt信号传导，促进心脏谱系分化，并通过体外和体内实验验证了其效果	NA	探索Wnt信号传导在细胞谱系发育中的作用，并寻找调控干细胞分化的药物	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）和鹌鹑胚胎	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	多元回归模型	基因表达数据	NA
320	2024-08-07	Nephroblastoma-specific dysregulated gene SNHG15 with prognostic significance: scRNA-Seq with bulk RNA-Seq data and experimental validation 2024-Mar-25, Discover. Oncology DOI:10.1007/s12672-024-00946-w PMID:38526609	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（RNA-Seq）数据，识别并验证了在肾母细胞瘤（WT）中具有预后意义的失调基因SNHG15。	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了SNHG15在肾母细胞瘤中的预后价值及其功能机制。	实验仅限于G401细胞系，未来研究需在更多细胞系和临床样本中验证SNHG15的作用。	探索肾母细胞瘤中的预后标志物及其分子机制。	肾母细胞瘤组织中的SNHG15基因及其在细胞增殖、迁移和凋亡中的作用。	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（RNA-Seq）	NA	RNA	基于scRNA-seq数据识别了20个簇，并注释了10种细胞类型