单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-07	Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.22.586316 PMID:38585776	研究论文	研究分析了系统性硬化症（SSc）的3D皮肤样组织模型在单细胞分辨率下的转录组（scRNA-seq）和表观遗传（scATAC-seq）特征	首次在单细胞水平上分析了SSc皮肤样组织模型的转录组和表观遗传特征，并鉴定了特定的纤维细胞亚群	NA	研究系统性硬化症的皮肤纤维化和内部器官受累的分子机制	系统性硬化症患者的自体纤维细胞、巨噬细胞和血浆构建的3D皮肤样组织模型	数字病理学	系统性硬化症	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组, 单细胞表观遗传	使用了来自系统性硬化症患者和健康对照捐赠者的纤维细胞、巨噬细胞和血浆
302	2024-08-04	Modeling interpretable correspondence between cell state and perturbation response with CellCap 2024-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.14.585078 PMID:38558987	研究论文	本研究提出CellCap，一种旨在对单细胞扰动实验进行端到端分析的深度生成模型	CellCap通过稀疏字典学习将细胞状态特异的扰动响应解构为一组转录响应程序，并通过点积交叉注意力来增强模型的解释能力	该研究主要评估CellCap在多个模拟场景下的模型可解释性，可能在某些实际应用中表现不佳	揭示细胞状态与扰动响应之间的关系，以深入理解细胞行为	使用单细胞转录组学和扰动数据集进行分析	数字病理学	NA	深度生成模型	生成模型	转录组数据	两个真实的单细胞扰动数据集
303	2024-08-07	Heterogeneity of layer 4 in visual areas of rhesus macaque cortex 2024-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.11.584345 PMID:38559123	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，详细研究了猕猴视觉皮层中五个相邻区域的细胞异质性，并开发了一种新的脑空间存档方法BrainSPACE。	开发了一种新的脑空间存档方法BrainSPACE，并首次揭示了猕猴视觉皮层中特定神经元亚型的分布和密度梯度。	NA	探索猕猴视觉皮层中相邻区域的细胞异质性和层次结构。	猕猴视觉皮层中的V1、V2、V4、MT和TEO区域。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），小分子荧光原位杂交	NA	基因表达数据	约100,000个来自视觉区域V1和V4的细胞核
304	2024-08-07	Self-assembly of differentiated dental pulp stem cells facilitates spheroid human dental organoid formation and prevascularization 2024-Mar-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v16.i3.287 PMID:38577232	研究论文	本研究展示了成人干细胞和人牙髓干细胞在体外低氧和条件培养基下的三维自组装，形成新型球形牙髓类器官并促进其血管化	本研究创新性地建立了体外血管化牙髓类器官模型，并阐明了再生过程中血管生成的新机制	牙髓类器官缺乏血管限制了其应用	提高干细胞移植后的存活率和恢复能力	成人干细胞、人牙髓干细胞和内皮细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	特定比例的预处理人牙髓干细胞与内皮细胞混合
305	2024-08-07	Ferroptosis biomarkers predict tumor mutation burden's impact on prognosis in HER2-positive breast cancer 2024-Mar-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v15.i3.391 PMID:38576597	研究论文	本研究旨在识别和评估HER2阳性乳腺癌中与铁死亡相关的新型生物标志物，并探讨其与肿瘤突变负荷对预后的影响。	开发了一个包含PROM2、SLC7A11、FANCD2和FH的四基因预测模型，并在TCGA和METABRIC队列中验证了其有效性。	NA	识别和评估HER2阳性乳腺癌中与铁死亡相关的新型生物标志物。	HER2阳性乳腺癌患者。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	mRNA表达数据	TCGA和METABRIC数据库中的HER2阳性乳腺癌患者。
306	2024-08-07	Regorafenib plus nivolumab in unresectable hepatocellular carcinoma: the phase 2 RENOBATE trial 2024-Mar, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-02824-y PMID:38374347	研究论文	研究评估了瑞戈非尼与纳武利尤单抗联合治疗不可切除肝细胞癌（uHCC）的疗效和安全性	首次在多中心、单臂、II期RENOBATE试验中测试了瑞戈非尼与纳武利尤单抗联合作为uHCC一线治疗的疗效	研究为单臂试验，且样本量较小，需要进一步的大规模随机对照试验验证	评估瑞戈非尼与纳武利尤单抗联合治疗不可切除肝细胞癌的疗效和安全性	不可切除的肝细胞癌患者	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	血液单个核细胞	42名患者
307	2024-08-07	Monocyte state 1 (MS1) cells in critically ill patients with sepsis or non-infectious conditions: association with disease course and host response 2024-03-19, Critical care (London, England) DOI:10.1186/s13054-024-04868-5 PMID:38504349	研究论文	本研究探讨了单核细胞状态1（MS1）细胞在重症监护病房（ICU）中患有脓毒症或非感染性疾病的患者中的分布及其与疾病进程和宿主反应的关系	首次使用转录组反卷积方法（CIBERSORTx）评估MS1细胞在脓毒症患者中的比例，并研究其与疾病严重程度和宿主反应失调的关系	研究未区分MS1细胞在幸存者和非幸存者之间或二次感染患者之间的差异	确定MS1细胞特征与疾病表现、预后和宿主反应特征之间的关联	脓毒症患者和ICU中无感染的患者	NA	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	332名脓毒症患者和215名无感染的ICU患者
308	2024-08-07	Monocytes Release Pro-Cathepsin D to Drive Blood-to-Brain Transcytosis in Diabetes 2024-Mar-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323622 PMID:38420756	研究论文	研究探讨了单核细胞释放的前胱天蛋白酶D在糖尿病中驱动血液到大脑的转胞吞作用中的作用	发现了循环中的前胱天蛋白酶D在糖尿病脑微血管病变发病机制中的新作用	NA	确定2型糖尿病进展中微血管并发症的潜在机制	人类单核细胞样本和表达人胱天蛋白酶D的转基因小鼠	NA	糖尿病	高通量RNA测序	NA	RNA	控制组和糖尿病患者的单核细胞样本
309	2024-08-07	Versican Promotes Cardiomyocyte Proliferation and Cardiac Repair 2024-03-26, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.066298 PMID:37886839	研究论文	研究探讨了versican在心肌细胞增殖和心脏修复中的作用	首次揭示了versican作为心脏成纤维细胞来源的促进增殖的蛋白聚糖，并阐明了其在促进成年心脏修复中的作用	NA	探究versican在心肌细胞增殖和心脏修复中的作用	新生和成年小鼠的心脏	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、液相色谱-质谱分析、Western blot、免疫染色、定量逆转录聚合酶链反应、Masson三色染色、超声心动图	NA	NA	新生和成年小鼠
310	2024-08-07	DESP demixes cell-state profiles from dynamic bulk molecular measurements 2024-Mar-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100729 PMID:38490205	research paper	本文介绍了一种名为DESP的算法，该算法利用单细胞RNA测序等独立估计的细胞状态比例，解析细胞状态对批量分子测量（特别是定量蛋白质组学）的相对贡献	DESP算法能够从批量分子测量中准确重建细胞状态特征，为研究细胞状态水平的蛋白质组和其他分子谱提供了一个可推广的计算框架	NA	开发一种算法，用于解析细胞状态对批量分子测量的贡献，并提供对细胞状态水平分子谱的研究方法	细胞状态对批量分子测量的贡献，特别是蛋白质组和转录组的测量	machine learning	NA	single-cell RNA sequencing, quantitative proteomics	DESP algorithm	proteome, transcriptome	NA
311	2024-08-07	Anchored-fusion enables targeted fusion search in bulk and single-cell RNA sequencing data 2024-Mar-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100733 PMID:38503288	研究论文	本文介绍了一种名为Anchored-fusion的高灵敏度融合基因检测工具，该工具能够锚定感兴趣的基因并恢复传统算法通常过滤掉的短读序列匹配	Anchored-fusion包含基于深度学习层次结构的模块，采用自蒸馏学习（HVLD）有效过滤假阳性融合片段，同时保持真实融合基因	NA	开发一种高灵敏度的融合基因检测工具，适用于低测序深度的应用	融合基因的检测	生物信息学	NA	RNA测序	深度学习	RNA测序数据	NA
312	2024-08-04	EIF2Ss, a Novel c-Myc-Correlated Gene Family, is Associated with Poor Prognosis and Immune Infiltration in Pancreatic Adenocarcinoma 2024-Mar-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2903119 PMID:38538250	研究论文	本研究分析了EIF2S基因家族在胰腺腺癌中的诊断、预后和治疗中的作用	发现EIF2S在胰腺腺癌组织中高表达，并与不良预后和免疫浸润相关	尚未报告EIF2S在PAAD中的具体功能机制	探讨EIF2S基因家族与胰腺腺癌的关系	胰腺腺癌患者的基因表达和生存情况	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），功能富集分析，免疫共沉淀，质谱分析，西方印迹	NA	基因表达数据	基于TCGA数据库，具体样本数未提供
313	2024-08-04	Construction of an immune predictive model and identification of TRIP6 as a prognostic marker and therapeutic target of CRC by integration of single-cell and bulk RNA-seq data 2024-Mar-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03658-w PMID:38430268	研究论文	本研究构建了一个免疫预测模型，并识别了TRIP6作为结直肠癌的预后标志物和治疗靶点	首次结合单细胞RNA测序和总RNA测序数据构建了结直肠癌的分子免疫预测模型	未能深入探讨模型的临床应用效果	识别结直肠癌患者的免疫状态，并构建预后模型以预测患者结果	结直肠癌患者的免疫细胞浸润和关键基因	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq，单细胞RNA-seq	逻辑回归模型	基因表达数据	包含来自GEO的结直肠癌单细胞RNA-seq数据和UCSC Xena的总RNA-seq数据
314	2024-08-04	Proteomic and transcriptomic profiling of brainstem, cerebellum and olfactory tissues in early- and late-phase COVID-19 2024-Mar, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01573-y PMID:38366144	研究论文	本文分析了不同阶段COVID-19患者脑干、脑小脑和嗅觉组织的蛋白质组和转录组特征	首次通过单核RNA测序和空间转录组学整合分析COVID-19不同阶段的神经炎症反应	研究对象为已故个体，可能会影响结果的临床适用性	探讨COVID-19过程中神经系统的免疫反应及其对神经功能的影响	不同阶段的COVID-19患者的脑干组织	数字病理学	COVID-19	单核RNA测序和空间转录组学	NA	组织样本	不同阶段的已故COVID-19患者脑干组织
315	2024-08-04	Mutational signature and prognosis in adenocarcinoma of the bladder 2024-03, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6239 PMID:38180342	研究论文	本文揭示了膀胱腺癌的突变和转录组特征，并评估了其与预后的关系	首次报告了膀胱腺癌中与化学致癌物相关的突变特征，并与预后相关联	样本数量较少，仅包含23名患者，可能限制结果的广泛适用性	揭示膀胱腺癌的突变和转录组特征	23名膀胱腺癌患者，包括16名原发性膀胱腺癌患者和7名尿管腺癌患者	数字病理学	膀胱癌	全外显子测序、全基因组测序、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	23个样本，包含16个原发性膀胱腺癌和7个尿管腺癌
316	2024-08-04	Integrative analysis of bulk and single-cell RNA-seq reveals the molecular characterization of the immune microenvironment and oxidative stress signature in melanoma 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28244 PMID:38560689	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤免疫微环境和氧化应激特征的异质性。	通过整合散装和单细胞RNA测序数据，识别出六种肿瘤亚群，并构建了预测风险模型。	研究主要集中在黑色素瘤上，可能无法推广至其他类型肿瘤。	旨在分析黑色素瘤的免疫微环境和氧化应激标志物的分子特征。	研究对象为黑色素瘤的细胞及其脉络中的免疫细胞。	数字病理学	黑色素瘤	RNA-seq	NA	单细胞和散装RNA测序数据	不明确提供样本数量
317	2024-08-04	SpatialcoGCN: deconvolution and spatial information-aware simulation of spatial transcriptomics data via deep graph co-embedding 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae130 PMID:38557675	研究论文	本文提出了一种名为SpatialcoGCN的深度图共嵌入框架，用于提高空间转录组数据的去卷积和模拟性能	该研究通过自监督的共图卷积网络模型显著改善了空间转录组数据的低空间分辨率和检测到的RNA转录本数量的问题	尚未提及具体的限制因素	探讨空间转录组数据中细胞的功能和相互作用	使用空间转录组数据和单细胞数据进行细胞组成的去卷积和模拟	数字病理学	乳腺癌	深度学习	共图卷积网络	空间转录组数据	模拟的空间转录组数据和来自人类导管癌、发育中人类心脏和小鼠大脑的真实数据集
318	2024-08-07	An immune cell map of human lung adenocarcinoma development reveals an anti-tumoral role of the Tfh-dependent tertiary lymphoid structure 2024-Mar-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101448 PMID:38458196	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了人肺腺癌发展过程中的免疫细胞图谱，揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在抗肿瘤中的作用	首次揭示了Tfh依赖的三级淋巴结构在人肺腺癌发展中的抗肿瘤作用，并通过IL-21-IL-21受体信号通路介导	研究主要基于小鼠模型，需要在人体中进一步验证	探究人肺腺癌发展过程中的免疫反应及其对患者生存的影响	人肺腺癌发展过程中的免疫细胞及其动态变化	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
319	2024-08-04	scNovel: a scalable deep learning-based network for novel rare cell discovery in single-cell transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae112 PMID:38555470	研究论文	该论文介绍了一种名为scNovel的深度学习网络，专注于单细胞转录组中稀有新细胞的发现	scNovel通过深度学习方法，在发现稀有的新细胞类型方面显著优于现有模型，且在多个数据集上表现出色	目前工具主要集中于一般细胞类型注释，对于发现新稀有细胞类型的挑战尚未得到充分解决	研究旨在推动稀有新细胞类型的发现，以促进生物医学领域的研究	研究对象为单细胞转录组数据中的稀有新细胞类型	数字病理学	新冠肺炎	单细胞RNA测序	深度学习神经网络	数据集	包含百万规模的数据集
320	2024-08-04	PANoptosis, an indicator of COVID-19 severity and outcomes 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae124 PMID:38555477	研究论文	本研究探讨了PANoptosis在COVID-19严重性和预后的指示作用	揭示了PANoptosis在COVID-19中的潜在作用及其调节免疫反应的机制	需要进一步的研究来澄清PANoptosis如何调节COVID-19中的免疫反应和预后	探讨PANoptosis作为COVID-19严重性的指标	针对COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞的生物信息学分析	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)和整体RNA测序	NA	RNA数据	使用了在线数据集的多个样本进行分析