单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 537 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals prognosis-associated cellular heterogeneity in the papillary thyroid carcinoma microenvironment
2024-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1594
PMID:38426403
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术揭示了乳头状甲状腺癌微环境中的预后相关细胞异质性 | 本文通过开发空间RNA临床分析方法，首次揭示了乳头状甲状腺癌微环境中的细胞异质性与预后之间的相关性 | 研究仅分析了五个乳头状甲状腺癌组织切片，样本量相对较小，可能影响结论的普适性 | 探讨乳头状甲状腺癌微环境中的细胞异质性及其对预后的影响 | 乳头状甲状腺癌患者的肿瘤组织切片 | 数字病理 | 甲状腺癌 | 空间转录组技术 | NA | RNA表达数据 | 5个乳头状甲状腺癌组织切片 |
| 282 | 2024-08-07 |
Unlocking the potential of T-cell metabolism reprogramming: Advancing single-cell approaches for precision immunotherapy in tumour immunity
2024-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1620
PMID:38468489
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序技术在解析T细胞亚群及其代谢状态中的应用，以及这些代谢途径如何影响肿瘤微环境中的T细胞功能 | 本文揭示了T细胞代谢重编程与免疫功能之间的相互作用，为精准免疫治疗提供了新的视角 | NA | 探索T细胞代谢与免疫功能之间的相互作用机制，以推动精准免疫治疗的发展 | T细胞的代谢途径及其在肿瘤微环境中的功能 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 283 | 2024-08-07 |
Mechanism and endoscopic-treatment-induced evolution of biliary non-anastomotic stricture after liver transplantation revealed by single-cell RNA sequencing
2024-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1622
PMID:38481381
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝移植后胆道非吻合口狭窄的机制及内镜治疗引起的演变 | 首次对胆道并发症患者的胆管进行单细胞转录组测序，分析了非吻合口狭窄及内镜治疗期间多种细胞类型的比例和表型变化 | 样本采集不足且缺乏公认的动物模型 | 揭示肝移植后胆道非吻合口狭窄的病理生理和遗传机制及内镜治疗引起的演变 | 肝移植后胆道非吻合口狭窄患者 | 数字病理学 | 肝移植并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自接受连续胆道支架植入的非吻合口狭窄患者的胆管样本 |
| 284 | 2024-08-07 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomes reveals COL4A1/2 facilitates the spatial organisation of stromal cells differentiation in breast phyllodes tumours
2024-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1611
PMID:38481388
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学数据，揭示了COL4A1/2在乳腺叶状肿瘤中促进间质细胞空间组织分化的作用 | 首次揭示了COL4A1/2在乳腺叶状肿瘤中间质细胞空间组织分化的作用，并发现了新的诊断标志物 | NA | 阐明乳腺叶状肿瘤中的细胞亚群组成和空间结构，并探索其发病机制中的诊断标志物 | 乳腺叶状肿瘤及其周围正常组织 | 数字病理学 | 乳腺肿瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫荧光实验、激光捕获显微切割、数据非依赖性采集质谱 | NA | 转录组数据 | 30个样本来自11个乳腺叶状肿瘤 |
| 285 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing reveals alterations in the peripheral blood mononuclear cell landscape and monocyte status during colorectal adenocarcinoma formation
2024-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1609
PMID:38488463
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils an Odc1-marked endothelial subpopulation critical for pathological angiogenesis
2024-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1640
PMID:38533645
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-08-04 |
Generation and Downstream Analysis of Single-Cell and Single-Nuclei Transcriptomes in Brain Organoids
2024-Mar-29, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66225
PMID:38619271
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研究论文 | 本研究提供了一种单细胞和单核转录组分析的新方法，适用于脑类器官的研究 | 通过使用单核而非完整细胞进行测序，克服了难以分离细胞类型的限制，使转录组分析具有更广泛的适用性 | 未提及具体的局限性 | 本研究旨在推动脑类器官研究中的单细胞转录组学应用 | 关注于脑类器官中的神经元和非神经元细胞类型 | 数字病理学 | NA | 转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 288 | 2024-08-05 |
Machine Learning-Based Characterization and Identification of Tertiary Lymphoid Structures Using Spatial Transcriptomics Data
2024-Mar-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073887
PMID:38612697
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研究论文 | 该研究利用空间转录组数据对三级淋巴结构进行表征和识别 | 首次应用机器学习技术识别三级淋巴结构的标记，并建立预测模型 | 目前对TLS标记的一致性仍有待进一步验证 | 旨在通过机器学习方法识别和预测三级淋巴结构 | 三级淋巴结构及其标记基因 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学 | 支持向量分类器 | 基因表达数据 | NA |
| 289 | 2024-08-07 |
Comparative Analysis of Single-Cell RNA Sequencing Methods with and without Sample Multiplexing
2024-Mar-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073828
PMID:38612639
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研究论文 | 本研究对比分析了有无样本多重化的单细胞RNA测序方法 | 首次对比了使用样本多重化的Parse Biosciences平台和未使用样本多重化的10x Genomics平台的单细胞RNA测序方法 | 研究仅使用了来自两名健康个体的PBMCs样本，可能限制了结果的普遍性 | 评估不同单细胞RNA测序方法在样本多重化与非多重化条件下的性能 | 来自两名健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 两名健康个体的PBMCs样本 |
| 290 | 2024-08-04 |
A comprehensive multi-omics analysis identifies a robust scoring system for cancer-associated fibroblasts and intervention targets in colorectal cancer
2024-Mar-13, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-023-05548-7
PMID:38478111
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研究论文 | 本研究建立了一个癌症相关成纤维细胞的评分系统，并识别了结直肠癌的干预靶点 | 创新性地开发了一个基于CAF基因评分的系统，用于评估结直肠癌患者的免疫微环境和预后 | 研究的局限性在于样本量和真实性的验证需要进一步的临床试验支持 | 研究癌症相关成纤维细胞在结直肠癌中的临床应用和生物学机制 | 癌症相关成纤维细胞及其在结直肠癌中的不同亚型 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 机器学习分析 | NA | 基因组数据 | 多个结直肠癌队列的样本 |
| 291 | 2024-08-07 |
Differentiation Potential of Hypodifferentiated Subsets of Nephrogenic Rests and Its Relationship to Prognosis in Wilms Tumor
2024 Mar-Apr, Fetal and pediatric pathology
IF:0.7Q4
DOI:10.1080/15513815.2024.2303081
PMID:38217324
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据进行伪时间分析，生成了一个与Wilms瘤分化相关的基因签名，用于预测儿童总体生存率，并探讨了肾源性残余向Wilms瘤的分化轨迹及其与预后的关系。 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了肾源性残余向Wilms瘤的分化轨迹，并开发了一个基于WTDRG的风险模型和临床适用的列线图。 | NA | 探讨Wilms瘤的发生机制及针对不良预后的干预措施。 | 肾源性残余和Wilms瘤。 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 292 | 2024-08-04 |
[Exploring the Role of PCDHGB4 in the Occurrence of Lung Squamous Cell Carcinoma Based on Bioinformatics Analysis]
2024-Mar-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer
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研究论文 | 本研究探讨了PCDHGB4在肺鳞癌发生中的作用及其潜在的预后价值 | 首次系统分析了PCDHGB4在肺鳞癌中的表达特征及其与肿瘤免疫和预后的关联 | 目前数据主要来源于单一数据库，可能存在样本选择偏倚 | 研究PCDHGB4在肺鳞癌发展中的作用及其预后潜力 | 主要研究对象为肺鳞癌患者中PCDHGB4的表达和相关临床特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 通过TCGA等数据库分析了大量肺鳞癌样本 |
| 293 | 2024-08-07 |
Canopy2: tumor phylogeny inference by bulk DNA and single-cell RNA sequencing
2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.18.585595
PMID:38562795
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研究论文 | 本文提出了一种名为Canopy2的贝叶斯框架，利用批量DNA和单细胞RNA测序数据来推断肿瘤谱系并进行突变分析 | Canopy2通过马尔可夫链蒙特卡洛方法处理单细胞数据的稀疏性和随机性，能够区分不同类型的零值（非癌细胞、随机突变和测序技术导致的零值） | NA | 研究旨在通过构建肿瘤细胞的谱系树来深入了解肿瘤的复杂性和异质性 | 肿瘤细胞的遗传组成和功能差异 | 数字病理学 | 乳腺癌, 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 批量DNA测序 | 贝叶斯框架 | DNA, RNA | 涉及乳腺癌和胶质母细胞瘤的数据 |
| 294 | 2024-08-07 |
miR-644a is a tumor cell-intrinsic mediator of sex bias in glioblastoma
2024-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.11.584443
PMID:38559056
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研究论文 | 本文研究了miR-644a在胶质母细胞瘤（GBM）中性别偏倚的肿瘤细胞内在介导作用 | 首次揭示了miR-644a在GBM中性别偏倚的肿瘤细胞内在介导作用 | NA | 探讨miR-644a在胶质母细胞瘤中性别偏倚的机制 | miR-644a及其在GBM中的性别偏倚作用 | NA | 脑瘤 | miRNA和mRNA测序 | NA | 测序数据 | 39名GBM患者（22名男性，17名女性）和110名GBM患者的单细胞RNA测序数据 |
| 295 | 2024-08-07 |
A vagal reflex evoked by airway closure
2024-Mar, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07144-2
PMID:38448588
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研究论文 | 本文研究了一种由气道闭合引发的迷走神经反射，该反射导致喘息现象 | 发现了由表达PVALB的迷走神经元介导的气道闭合反应，并揭示了神经上皮小体（NEBs）在肺机械感觉中的关键作用 | NA | 探讨气道闭合引发的迷走神经反射及其对呼吸功能的维持作用 | 迷走神经反射、神经上皮小体（NEBs）、表达PVALB的迷走神经元 | NA | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | NA |
| 296 | 2024-08-07 |
Oscillatory differentiation dynamics fundamentally restricts the resolution of pseudotime reconstruction algorithms
2024-03, Journal of the Royal Society, Interface
DOI:10.1098/rsif.2023.0537
PMID:38503342
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研究论文 | 本文理论性地展示了细胞分化过程中存在的动态振荡现象如何限制了伪时间重建算法的质量和分辨率 | 首次揭示了细胞分化过程中的振荡动态对伪时间重建算法分辨率的内在限制 | 指出了当前伪时间重建方法的固有局限性 | 探讨细胞分化过程中振荡动态对伪时间重建算法的影响 | 细胞分化过程中的动态振荡现象及其对伪时间重建算法的影响 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 297 | 2024-08-07 |
IRF1 governs the expression of SMARCC1 via the GCN5-SETD2 axis and actively engages in the advancement of osteoarthritis
2024-Mar, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2024.01.002
PMID:38586591
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研究论文 | 本研究分析了IRF1-GCN5-SETD2-SMARCC1轴在骨关节炎（OA）发展中的作用 | 发现IRF1通过GCN5和SETD2调控SMARCC1的表达，进而影响H3K27ac和H3K4me3修饰，促进M1巨噬细胞的极化，推动骨关节炎的进展 | NA | 分析IRF1-GCN5-SETD2-SMARCC1轴在骨关节炎发展中的功能 | IRF1、SMARCC1、GCN5、SETD2以及它们在骨关节炎中的作用 | NA | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 13名骨关节炎患者和7名无骨关节炎的骨折患者 |
| 298 | 2024-08-07 |
DELVE: feature selection for preserving biological trajectories in single-cell data
2024-Mar-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46773-z
PMID:38553455
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research paper | 本文介绍了一种名为DELVE的无监督特征选择方法，用于在单细胞数据中保留生物学轨迹 | DELVE采用自下而上的方法来减少混杂变异源的影响，并基于核心调控复合体从动态基因或蛋白质模块中建模细胞状态 | NA | 旨在识别能够稳健重现细胞轨迹的分子特征子集 | 单细胞数据中的生物学轨迹 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing, iterative immunofluorescence imaging | NA | single-cell data | NA |
| 299 | 2024-08-07 |
The remission status of AML patients after allo-HCT is associated with a distinct single-cell bone marrow T-cell signature
2024-Mar-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021815
PMID:38197505
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了急性髓系白血病（AML）患者在接受异基因造血干细胞移植（allo-HCT）100天后骨髓T淋巴细胞和CD34+细胞的特征，以识别与即将复发（REL）或持续完全缓解（CR）相关的T细胞特征。 | 研究首次揭示了在allo-HCT后，骨髓T细胞的特定单细胞特征与AML患者的缓解状态相关，并识别出ADGRG1/GPR56作为CR CD8+ T细胞的表面标记物。 | 研究样本量较小，仅涉及6名患者，可能影响结果的普遍性。 | 旨在识别与AML患者allo-HCT后缓解状态相关的T细胞特征。 | 急性髓系白血病患者的骨髓T淋巴细胞和CD34+细胞。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 6名AML患者 |
| 300 | 2024-08-04 |
HyGAnno: hybrid graph neural network-based cell type annotation for single-cell ATAC sequencing data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae152
PMID:38581422
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研究论文 | 本研究提出了一种新的自动化细胞注释方法HyGAnno，适用于单细胞ATAC测序数据 | HyGAnno通过并行图神经网络以半监督方式将细胞类型信息从标记良好的scRNA-seq参考转移到未标记的scATAC-seq目标，并利用全基因组可及性峰特征来促进训练过程 | 在一些数据集上，细胞预测的可靠性可能较低，影响注释的准确性 | 研究开发一种高效的细胞类型注释方法，以提高单细胞ATAC测序数据的细胞注释质量 | 本研究关注的对象是细胞类型注释，特别是针对单细胞ATAC测序数据的未标记样本 | 数字病理 | 肿瘤 | 图神经网络 | 并行图神经网络 | 单细胞ATAC测序数据 | 在多个数据集上评估，具体样本量未给出 |