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当前共找到 535 篇文献，本页显示第 281 - 300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 281 | 2024-08-05 |
Gene-expression memory-based prediction of cell lineages from scRNA-seq datasets
2024-Mar-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47158-y
PMID:38553478
|
研究论文 | 该文章介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，用于从scRNA-seq数据集中识别细胞谱系 | GEMLI能够从缺乏谱系信息的scRNA-seq数据中可靠地识别小到中型细胞谱系，并重建多细胞结构 | 该方法在技术上复杂，通常受限于时间分辨率 | 研究细胞分化过程中的遗传信息传递 | 人类乳腺癌活检样本中的细胞谱系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 人类乳腺癌活检样本 | NA | NA | NA | NA |
| 282 | 2024-08-04 |
Navigating the landscapes of spatial transcriptomics: How computational methods guide the way
2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA
DOI:10.1002/wrna.1839
PMID:38527900
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综述 | 本文综述了空间转录组数据挖掘的当前计算方法 | 提出了对现有分析理论和工具的更新和改革建议，以应对新的实验技术 | 数据分析和生物学见解生成的困难尚未完全解决 | 探讨空间转录组研究中的计算方法 | 空间转录组数据及其挖掘方法 | 计算生物学 | NA | NA | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 283 | 2024-08-04 |
Spatial analysis toolkits for RNA in situ sequencing
2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA
DOI:10.1002/wrna.1842
PMID:38605484
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综述 | 本文介绍了RNA原位测序（ISS）的生物信息学工具包及其数据分析流程 | 提出了适用于ISS数据分析的先进生物信息学工具，并详细审查了每种工具的应用及其与ISS数据的兼容性 | 未提及具体的实验实例支持工具的有效性 | 帮助研究者选择合适的工具以进行ISS数据分析 | RNA原位测序（ISS）和相关数据分析工具 | 数字病理学 | NA | 原位测序（ISS） | NA | 图像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 284 | 2024-08-05 |
scX: A user-friendly tool for scRNA-seq exploration
2024-Mar-07, ArXiv
PMID:37961742
|
研究论文 | 本论文介绍了scX，一个基于Shiny框架的R包，用于简化单细胞RNA测序的数据分析和可视化 | scX提供了一个用户友好的互动图形界面，使用户能够轻松访问关键的scRNA-seq分析 | 需要熟练的专业知识来处理和解释数据 | 研究旨在简化单细胞RNA测序实验的数据分析和可视化 | 单细胞RNA测序实验的数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 285 | 2024-08-05 |
A distinct tumor microenvironment makes anaplastic thyroid cancer more lethal but immunotherapy sensitive than papillary thyroid cancer
2024-Mar-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173712
PMID:38478516
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研究论文 | 本文探讨了非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响 | 研究首次构建了甲状腺癌的单细胞图谱，并发现CXCL13+ T细胞在非分化甲状腺癌样本中的富集 | 缺乏对不同治疗方案长时间观察的临床数据 | 探究非分化甲状腺癌与乳头状甲状腺癌之间的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响 | 主要研究对象为非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 涉及的样本包括非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌样本，但具体样本数未列出 | NA | NA | NA | NA |
| 286 | 2024-08-05 |
Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae180
PMID:38653489
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研究论文 | 该研究介绍了一种名为scGATE的新计算工具，用于推断特定细胞类型或状态的转录因子与基因之间的调控关系 | scGATE通过使用贝叶斯框架推断布尔规则，无需为每个布尔规则单独进行公式和可能性计算，从而显著减少了时间复杂度 | NA | 推断特定细胞类型或状态的基因调控网络 | 转录因子与基因的相互作用网络 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞多组学数据 | 使用小鼠组织和人血的合成及真实单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 287 | 2024-08-05 |
Investigation of cellular communication and signaling pathways in tumor microenvironment for high TP53-expressing osteosarcoma cells through single-cell RNA sequencing
2024-Mar-25, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-024-02318-4
PMID:38526643
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨高TP53表达骨肉瘤细胞在肿瘤微环境中的细胞间通信和信号通路 | 探究了高TP53表达骨肉瘤细胞与肿瘤微环境内相邻细胞类型之间的细胞间动态，识别了重要的信号通路 | 对细胞间通信网络的理解仍需更深入的研究 | 阐明骨肉瘤TME内细胞间通信网络的复杂性 | 高TP53表达骨肉瘤细胞及其周围的巨噬细胞、单核细胞、内皮细胞和PVLs | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 288 | 2024-08-04 |
Casp11 Deficiency Alters Subgingival Microbiota and Attenuates Periodontitis
2024-03, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345231221712
PMID:38197150
|
研究论文 | 本研究探讨了Caspase-11介导的非经典焦亡、亚龈微生物群变化与巨噬细胞极化之间的相互作用 | 揭示了Caspase-11在牙周炎病理生理过程中的关键作用，并强调其对亚龈微生物群和巨噬细胞M1极化的影响 | 具体机制尚不清楚，需进一步研究以验证这些发现 | 探讨Caspase-11缺失对亚龈微生物群及牙周炎的影响 | 牙周炎患者的临床样本以及实验性牙周炎小鼠模型 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 临床样本 | 牙周炎患者的临床样本及实验性小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 289 | 2024-08-05 |
Tumor-infiltrating monocytic myeloid-derived suppressor cells contribute to the development of an immunosuppressive tumor microenvironment in gastric cancer
2024-03, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association
IF:6.0Q1
DOI:10.1007/s10120-023-01456-4
PMID:38217732
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研究论文 | 本研究探讨了不同免疫抑制细胞在胃癌免疫微环境发展中的作用 | 识别了肿瘤浸润的单核细胞来源抑制性细胞在胃癌免疫抑制微环境中的关键作用，尤其是IER3+ M-MDSCs | 研究主要集中于未治疗或对免疫检查点抑制剂(Ici)有抵抗性的胃癌患者的样本 | 探讨不同免疫抑制细胞类型在胃癌免疫微环境中的作用 | 未治疗或对免疫检查点抑制剂抵抗的胃癌患者的样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和多重免疫染色 | NA | 基因表达数据 | 未处理或免疫检查点抑制剂抵抗的胃癌患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 290 | 2024-08-05 |
Terminally differentiated cytotoxic CD4+ T cells were clonally expanded in the brain lesion of radiation-induced brain injury
2024-03, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14682
PMID:38499993
|
研究论文 | 本研究调查了放射性脑损伤中细胞毒性CD4+ T细胞的存在及其潜在作用 | 首次描述了放射性脑损伤病变中克隆扩增的CD4+ CTL亚群 | 样本规模仅限于四名RIBI患者，可能影响结果的普遍性 | 旨在更全面地理解放射性脑损伤中适应性免疫的作用 | 重点研究放射性脑损伤(RIBI)患者的细胞毒性CD4+ T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞数据 | 3934个CD4+ T细胞来自四名RIBI患者 | NA | NA | NA | NA |
| 291 | 2024-08-04 |
Tumoral and stromal hMENA isoforms impact tertiary lymphoid structure localization in lung cancer and predict immune checkpoint blockade response in patients with cancer
2024-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105003
PMID:38340557
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞中的hMENA亚型与三次淋巴结构（TLS）的关系及其对肺癌患者结果的影响 | 发现hMENA的选择性剪接是TLS相关肿瘤免疫微环境的重要未探索因素，且hMENA亚型可作为临床结果和ICB响应的潜在生物标志物 | 研究主要基于回顾性观察，可能存在样本选择偏倚 | 本研究旨在了解hMENA亚型如何影响肺癌的三次淋巴结构及其与免疫检查点抑制剂反应的关系 | 研究对象为非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序，免疫组化，空间转录组学 | NA | 组织样本，转录组数据 | N0 NSCLC患者的手术切除组织 | NA | NA | NA | NA |
| 292 | 2024-08-04 |
Molecular mechanisms underlying the therapeutic effects of Linggui Zhugan decoction in stroke: Insights from network pharmacology and single-cell transcriptomics analysis
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037482
PMID:38552092
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研究论文 | 本研究探讨了灵桂治肝汤在中风治疗中的作用机制 | 首次结合网络药理学和单细胞转录组分析揭示灵桂治肝汤的关键成分、靶点和通路 | 尚未完全阐明其疗效的具体分子机制 | 研究灵桂治肝汤在中风治疗中的分子机制 | 主要研究灵桂治肝汤的活性成分及其靶点 | 数字病理学 | 中风 | 网络药理学和单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据 | 144个潜在靶点与2035个中风相关基因的交集分析 | NA | NA | NA | NA |
| 293 | 2024-08-04 |
Mechanistic insights into FEN1-mediated drug sensitivity and risk signature in colon cancer: An integrative bioinformatics study
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037517
PMID:38552056
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研究论文 | 本研究探讨了FEN1在结肠癌中的表达及其与临床病理和预后的关系 | 提出了一个由FEN1导出的多基因预后风险标志，并揭示了FEN1表达水平与结肠癌转移潜力及药物敏感性之间的相互作用 | FEN1表达与预后的明显相关性未能得到确认 | 深入探讨FEN1在结肠癌中的作用，尤其是在药物敏感性和预后方面 | 结肠癌患者的FEN1表达及其与转移的关系 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序，基因集富集分析，Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus的多个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 294 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals comprehensive microenvironment and highlights the dysfuntional state of NK cells in endometrioid carcinoma
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037555
PMID:38552055
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了子宫内膜样癌（EEC）中的肿瘤微环境，重点是自然杀伤（NK）细胞的功能异常状态 | 发现了一种CD56dim_DNAJB1 NK细胞亚群，其具有低细胞毒性和高压力水平，显示出NK细胞在肿瘤微环境中的功能失调 | NA | 更好地理解EEC中的肿瘤微环境的多样性 | 21个样本，包括16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织，特别关注肿瘤浸润的NK细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 样本 | 21个样本（16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织） | NA | NA | NA | NA |
| 295 | 2024-08-05 |
BAP1 is required prenatally for differentiation and maintenance of postnatal murine enteric nervous system
2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177771
PMID:38690732
|
研究论文 | 本文发现BAP1在胎儿期对小鼠肠道神经系统的分化和维持至关重要 | 首次阐明BAP1缺失对肠道神经元分化和早期存活的影响 | 未能探讨其他可能的表观遗传调节因子对ENS发育的影响 | 研究BAP1在胎儿期对肠道神经系统发展的重要性 | Tyr-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经系统 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA序列数据 | Tyrosinase-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经元样本 | NA | NA | NA | NA |
| 296 | 2024-08-04 |
CPPLS-MLP: a method for constructing cell-cell communication networks and identifying related highly variable genes based on single-cell sequencing and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae198
PMID:38678387
|
研究论文 | 提出了一种基于单细胞测序和空间转录组数据的新方法CPPLS-MLP，用于构建细胞间通信网络并识别相关的高度变异基因 | 该方法通过更准确地识别与细胞通信密切相关的高度变异基因，提供了一种新的视角来构建细胞间通信网络 | 目前尚未提及该方法在特定情境下的局限性或潜在问题 | 探索细胞间通信与高度变异基因之间的关系 | 重点研究细胞间通信网络及其相关的高度变异基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 (scRNA-seq), 空间转录组 | CPPLS-MLP | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 297 | 2024-08-04 |
scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae188
PMID:38678389
|
研究论文 | 提出了一种名为scBOL的通用细胞类型识别框架，用于单细胞和空间转录组数据 | 首次提出了普遍细胞类型识别这一新任务，并设计了从双边原型对齐角度出发的端到端算法 | 该研究的限制未在摘要中具体说明 | 开发一种能够有效标注单细胞转录组数据的通用方法，适应于空间和非空间维度 | 单细胞转录组和空间转录组数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 自动编码器神经网络和图卷积网络 | 原型学习 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 298 | 2024-08-05 |
scINRB: single-cell gene expression imputation with network regularization and bulk RNA-seq data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae148
PMID:38600665
|
研究论文 | 提出了一种基于网络正则化和批量RNA-seq数据的单细胞基因表达填充方法scINRB | scINRB通过网络正则化非负矩阵分解保持细胞间和基因间的相似性，并结合批量RNA-seq数据的信息 | 尽管scINRB表现出色，但研究的适用性和数据类型可能仍受限于特定的实验条件 | 开发一种准确且稳健的单细胞基因表达数据填充方法 | 主要研究单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失（dropout事件） | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 非负矩阵分解 | 数据集 | 在模拟和实验数据集上进行测试 | NA | NA | NA | NA |
| 299 | 2024-08-05 |
Role of Tumor-Associated Macrophages in Cervical Cancer: Integrating Classical Perspectives with Recent Technological Advances
2024-Mar-27, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life14040443
PMID:38672714
|
综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的作用及其影响 | 提出结合最新研究技术深入研究宫颈癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的研究相对较少 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌进展中的作用 | 肿瘤相关巨噬细胞及其对宫颈癌的影响 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序和空间RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 300 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptional signature-based drug repurposing and in vitro evaluation in colorectal cancer
2024-Mar-25, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12142-8
PMID:38528462
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研究论文 | 本研究基于单细胞转录组特征进行药物重定位与结直肠癌的体外评估 | 使用单细胞RNA测序数据和转录特征进行药物重定位，发现12种FDA批准的新药用于结直肠癌治疗 | 虽然进行了体外评估，但缺乏体内评估数据 | 探索通过转录特征进行的药物重定位以提高结直肠癌的治疗效果 | 使用来自29名结直肠癌患者的91,103个单细胞RNA测序样本进行药物筛选 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 91,103个样本来自29名结直肠癌患者 | NA | NA | NA | NA |