单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 534 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-09-14 |
SST-editing: in silico spatial transcriptomic editing at single-cell resolution
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae077
PMID:38341653
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的基因表达引导的免疫荧光图像编辑方法，用于空间转录组学数据 | 首次将生成对抗网络应用于空间转录组学数据的基因表达引导图像编辑 | 尚未在其他类型的生物医学图像数据上进行广泛验证 | 开发一种新的方法，能够在空间转录组学数据中实现基因表达引导的图像编辑 | 正常和肿瘤组织切片中的细胞级空间转录组数据 | 计算机视觉 | NA | 生成对抗网络（GAN） | GAN | 图像 | 正常和肿瘤组织切片中的细胞级空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-09-14 |
BERMAD: batch effect removal for single-cell RNA-seq data using a multi-layer adaptation autoencoder with dual-channel framework
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae127
PMID:38439545
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研究论文 | 本文提出了一种名为BERMAD的多层适应自编码器双通道框架，用于去除单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 创新点在于设计了多层适应架构和双通道框架，以解决批次效应去除中的欠校正和过校正问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中批次效应的去除问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-09-14 |
SpatialView: an interactive web application for visualization of multiple samples in spatial transcriptomics experiments
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae117
PMID:38444087
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研究论文 | 开发了一个名为SpatialView的交互式网络应用程序，用于可视化空间转录组学实验中的多个样本 | 填补了空间转录组学数据可视化工具的空白，提供了一个开源的基于浏览器的交互式应用程序 | NA | 开发一个交互式工具，以增强空间转录组学数据的可视化和分析能力 | 空间转录组学实验中的数据和结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个10× Genomics Visium ST实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-09-14 |
ICELLNET v2: a versatile method for cell-cell communication analysis from human transcriptomic data
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae089
PMID:38490248
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研究论文 | 本文介绍了ICELLNET的重大更新版本，扩展了配体-受体数据库并优化了单细胞RNA测序数据的分析框架 | 将ICELLNET的配体-受体数据库从380个扩展到1669个，整合了免疫交叉对话、细胞粘附和Wnt通路中的重要通信分子，并优化了单细胞RNA测序数据的分析框架 | NA | 开发和优化用于从转录组数据推断细胞间通信网络的方法 | 人类转录组数据中的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-09-13 |
Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14481
PMID:37986676
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法，揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制 | 首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法，识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块，并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型 | 研究样本量较小，且仅限于皮肤样本，未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性 | 揭示肥厚性瘢痕形成机制，并开发新的诊断和治疗标志物 | 肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因 | 机器学习 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 正常皮肤和肥厚性瘢痕样本 | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-09-06 |
CD52 mRNA expression predicts prognosis and response to immune checkpoint blockade in melanoma
2024-03, Pigment cell & melanoma research
IF:3.9Q2
DOI:10.1111/pcmr.13151
PMID:37975535
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研究论文 | 研究CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应预测价值 | 首次分析了CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和预测免疫检查点阻断反应的作用，并探讨了其与不同免疫细胞亚群和免疫检查点表达的关系 | 研究样本量有限，且仅基于TCGA数据库和单细胞RNA测序数据，缺乏临床试验验证 | 探讨CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应的预测价值 | CD52 mRNA表达在黑色素瘤中的预后和免疫检查点阻断反应 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA表达数据 | 445例未治疗的黑色素瘤患者和121例接受抗PD-1免疫检查点阻断的黑色素瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-09-05 |
Identification and functional activity of Nik related kinase (NRK) in benign hyperplastic prostate
2024-03-09, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05048-3
PMID:38459501
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研究论文 | 本研究旨在识别良性增生前列腺中的差异表达基因（DEGs），并探讨Nik相关激酶（NRK）在良性前列腺增生（BPH）中的作用 | 首次发现NRK在良性增生前列腺中显著上调，并与前列腺基质细胞的增殖、凋亡、细胞周期、迁移、纤维化和上皮-间质转化（EMT）过程相关 | NA | 识别良性增生前列腺中的差异表达基因，并探讨NRK在BPH中的作用 | 良性前列腺增生（BPH）中的差异表达基因和Nik相关激酶（NRK）的功能 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、western-blot、免疫组化染色、流式细胞术、伤口愈合实验、Transwell实验、CCK-8实验 | NA | RNA | 四个数据集，包括三个批量RNA测序和一个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-08-29 |
Human Pluripotent Stem Cells Derived Endothelial Cells Repair Choroidal Ischemia
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202302940
PMID:38115754
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研究论文 | 本文研究了从人多能干细胞衍生的内皮细胞修复脉络膜缺血的能力 | 首次证明了人多能干细胞衍生的内皮细胞能够整合到脉络膜血管中，并改善动物模型的视觉功能 | NA | 探索人多能干细胞衍生的内皮细胞在修复脉络膜缺血中的应用 | 人多能干细胞衍生的内皮细胞及其在脉络膜缺血修复中的作用 | NA | 年龄相关性黄斑变性，视网膜色素变性，病理性近视 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 涉及大鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-08-29 |
Unbiased Single-Cell Sequencing of Hematopoietic and Immune Cells from Aplastic Anemia Reveals the Contributors of Hematopoiesis Failure and Dysfunctional Immune Regulation
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202304539
PMID:38145351
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研究论文 | 本研究通过无偏差的单细胞RNA测序技术，构建了再生障碍性贫血患者的细胞图谱和微环境相互作用，揭示了造血功能衰竭和免疫调节功能障碍的贡献者。 | 发现了新的KIR CD8调节性T细胞亚群，并揭示了其参与免疫稳态的机制，以及铁死亡在造血干细胞破坏中的作用。 | NA | 揭示再生障碍性贫血的造血功能衰竭和免疫调节功能障碍的机制。 | 再生障碍性贫血患者的造血和免疫细胞。 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq | NA | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-08-29 |
Targeting the cGAS-STING Pathway Inhibits Peripheral T-cell Lymphoma Progression and Enhances the Chemotherapeutic Efficacy
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202306092
PMID:38145335
|
研究论文 | 本研究探讨了cGAS-STING通路在周围T细胞淋巴瘤（PTCL）进展中的作用及其机制 | 发现cGAS抑制剂能抑制肿瘤生长并损害DNA损伤修复，CLK1抑制能增强对cGAS抑制剂的敏感性 | NA | 研究cGAS-STING通路在PTCL中的作用，以优化治疗策略 | 周围T细胞淋巴瘤（PTCL） | NA | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-08-20 |
TDP-43 was Involved in Radiation-induced Neuronal Damage and May Not Through the BDNF/TrkB Pathway
2024-03-01, Radiation research
IF:2.5Q2
DOI:10.1667/RADE-23-00168.1
PMID:38235539
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研究论文 | 本研究探讨了TDP-43在辐射诱导的海马损伤中的作用，并评估了BDNF/TrkB通路是否参与此过程。 | 首次揭示了TDP-43在辐射诱导的神经元损伤中的作用，并发现BDNF/TrkB信号通路可能不参与此过程。 | 研究主要基于动物模型和体外细胞实验，需要进一步的人体研究来验证结果。 | 探究TDP-43在辐射诱导的认知功能障碍中的作用及其与BDNF/TrkB通路的关系。 | 辐射诱导认知功能障碍的大鼠模型及体外神经元细胞。 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大鼠海马组织及体外神经元细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-08-18 |
Heterogeneity and tumoral origin of medulloblastoma in the single-cell era
2024-03, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-02967-9
PMID:38355808
|
综述 | 本文综述了髓母细胞瘤的细胞异质性和肿瘤起源在单细胞技术时代的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了髓母细胞瘤各亚型的肿瘤内异质性和肿瘤起源，这是传统技术未能揭示的 | NA | 理解髓母细胞瘤的肿瘤发生和复发的机制 | 髓母细胞瘤的细胞异质性、细胞起源及肿瘤微环境内的相互作用网络 | 数字病理学 | 儿童脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-08-18 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Pre-existing COVID-19 Vulnerability Factors in Lung Cancer Patients
2024-03-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0692
PMID:38063850
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据，分析了COVID-19和肺癌患者的细胞变化，揭示了肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制 | 首次通过单细胞转录组学揭示了肺癌患者中COVID-19易感性的预存因素，包括上调的TMPRSS2表达、增强的巨噬细胞炎症反应、增加的T细胞反应抑制和升高的纤维化风险 | 研究仅限于特定的肺癌类型和COVID-19患者，可能需要进一步研究以验证这些发现在更广泛人群中的适用性 | 探讨肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制 | COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-08-16 |
Primary nasal viral infection rewires the tissue-scale memory response
2024-Mar-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.11.539887
PMID:38562902
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了小鼠鼻黏膜在初次和再次流感感染前后的细胞变化，揭示了组织层面记忆反应的重塑 | 首次详细描述了初次感染后鼻黏膜中细胞类型、亚型和状态的逐步变化，以及再次感染时加速和协调的髓样和淋巴样细胞反应 | NA | 探讨初次病毒感染如何塑造组织层面的记忆反应，为鼻靶向治疗和疫苗的合理设计提供依据 | 小鼠鼻黏膜在初次和再次流感感染前后的细胞变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 三个不同区域的鼻黏膜样本，包括初次和再次流感感染前后的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-08-14 |
Age-related dysregulation of the retinal transcriptome in African turquoise killifish
2024-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.21.581372
PMID:38559206
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研究论文 | 研究使用非洲蓝绿杀鱼作为模型，通过批量和单细胞RNA测序分析不同年龄组的视网膜转录组变化，揭示与年龄相关的视网膜退行性病变和视觉下降的分子机制 | 首次在非洲蓝绿杀鱼模型中结合批量和单细胞RNA测序技术，揭示了视网膜细胞类型特异性基因表达的变化，以及与年龄相关的分子通路变化 | 研究主要集中在分子层面，未来研究需要进一步验证这些分子变化如何影响视网膜的生理功能 | 探究年龄对视网膜稳态的生理和分子影响，以及这些变化如何导致视觉下降和相关疾病 | 非洲蓝绿杀鱼的视网膜 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三个年龄组（6周、12周和18周）的非洲蓝绿杀鱼视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-08-08 |
Enhancing the efficacy of vaccinia-based oncolytic virotherapy by inhibiting CXCR2-mediated MDSC trafficking
2024-03-29, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiad150
PMID:38066571
|
研究论文 | 研究通过抑制CXCR2介导的MDSC迁移，增强基于牛痘的溶瘤病毒疗法的疗效 | 首次证实CXCR2作为治疗靶点，通过特异性小分子抑制剂阻断PMN-MDSC迁移，增强溶瘤病毒疗法的抗肿瘤效果 | NA | 探索通过抑制CXCR2介导的MDSC迁移，提高溶瘤病毒疗法的抗肿瘤效果 | 牛痘病毒疗法在恶性间皮瘤模型中的应用及MDSC在肿瘤微环境中的作用 | NA | 恶性间皮瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 3个同基因癌症模型 | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-08-08 |
Tumor-infiltrating γδ T cells as targets of immune checkpoint blockade in melanoma
2024-03-29, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae023
PMID:38324004
|
研究论文 | 本研究分析了黑色素瘤中肿瘤浸润性γδ T细胞与免疫检查点受体之间的关联，旨在开发创新的联合免疫治疗策略。 | 研究揭示了γδ T细胞在黑色素瘤免疫反应中的潜在作用，并发现ICI治疗对不同γδ T细胞亚群的影响存在差异。 | NA | 探索γδ T细胞与免疫检查点受体在黑色素瘤中的相互作用，以开发新的治疗策略。 | γδ T细胞、免疫检查点受体、黑色素瘤。 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及黑色素瘤患者的临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals recruitment of the M2-like CCL8high macrophages in Lewis lung carcinoma-bearing mice following hypofractionated radiotherapy
2024-03-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05118-6
PMID:38528587
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了在小鼠Lewis肺癌模型中，经过低分割放疗后，M2样CCL8高表达巨噬细胞的招募情况 | 首次揭示了低分割放疗通过上调免疫抑制基因，促进CCL8高表达巨噬细胞的浸润和重编程，从而形成免疫抑制的肿瘤微环境 | NA | 探究肿瘤相关巨噬细胞在放疗后的重编程机制及其对肿瘤微环境的影响 | 小鼠Lewis肺癌模型中的肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-08-08 |
Immunological profile of lactylation-related genes in Crohn's disease: a comprehensive analysis based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-03-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05092-z
PMID:38521905
|
研究论文 | 本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，探讨了乳酸化相关基因在克罗恩病中的免疫学特征 | 首次系统分析了乳酸化相关基因在克罗恩病发病机制中的作用，并利用单细胞测序数据揭示了不同免疫细胞中乳酸化水平的差异 | 研究仅基于公开数据库中的数据，未涉及临床样本的直接验证 | 探讨乳酸化相关基因在克罗恩病中的免疫学特征及其在疾病发病机制中的作用 | 克罗恩病患者肠道中的乳酸化相关基因及其在免疫细胞中的表达 | 数字病理学 | 克罗恩病 | RNA测序 | NA | RNA | 使用了三个克罗恩病相关的数据集（GSE16879, GSE75214, 和 GSE112366） | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-08-08 |
Potential anti-tumor effects of regulatory T cells in the tumor microenvironment: a review
2024-03-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05104-y
PMID:38509593
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综述 | 本文综述了调节性T细胞（Tregs）在肿瘤微环境中的潜在抗肿瘤作用 | Tregs在肿瘤微环境中展现出显著的可塑性和功能多样性，不仅支持肿瘤进展，还表现出抗肿瘤活性 | NA | 总结Tregs的潜在抗肿瘤作用，并强调其在肿瘤治疗策略中的重要性 | 调节性T细胞（Tregs）及其在肿瘤微环境中的功能 | NA | 恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序（ScRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |