单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-04	Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs) 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae230 PMID:38739758	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞中的早期神经发育相关生物标志物及其调控网络	该文章揭示了539个差异表达基因及其在早期人脑发育中的功能角色，并构建了基因调控网络	研究中所使用的样本主要来自体外分化的胚胎干细胞，可能无法完全代表完整的生物体内发育过程	识别早期神经发育中的差异表达基因及其分子机制	人类胚胎干细胞在不同发育阶段的差异表达基因	数字病理学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	在hESC分化为神经元的体外实验中，共分析了26天（D26）和54天（D54）时的样本
242	2024-08-05	Terminally differentiated cytotoxic CD4+ T cells were clonally expanded in the brain lesion of radiation-induced brain injury 2024-03, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14682 PMID:38499993	研究论文	本研究调查了放射性脑损伤中细胞毒性CD4+ T细胞的存在及其潜在作用	首次描述了放射性脑损伤病变中克隆扩增的CD4+ CTL亚群	样本规模仅限于四名RIBI患者，可能影响结果的普遍性	旨在更全面地理解放射性脑损伤中适应性免疫的作用	重点研究放射性脑损伤(RIBI)患者的细胞毒性CD4+ T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	3934个CD4+ T细胞来自四名RIBI患者
243	2024-08-04	Tumoral and stromal hMENA isoforms impact tertiary lymphoid structure localization in lung cancer and predict immune checkpoint blockade response in patients with cancer 2024-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105003 PMID:38340557	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞中的hMENA亚型与三次淋巴结构（TLS）的关系及其对肺癌患者结果的影响	发现hMENA的选择性剪接是TLS相关肿瘤免疫微环境的重要未探索因素，且hMENA亚型可作为临床结果和ICB响应的潜在生物标志物	研究主要基于回顾性观察，可能存在样本选择偏倚	本研究旨在了解hMENA亚型如何影响肺癌的三次淋巴结构及其与免疫检查点抑制剂反应的关系	研究对象为非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞	数字病理学	肺癌	RNA测序，免疫组化，空间转录组学	NA	组织样本，转录组数据	N0 NSCLC患者的手术切除组织
244	2024-08-04	Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae202 PMID:38706319	研究论文	本文提出了一种新方法IGAN，以推测细胞间通信及其上游/下游路径	首次能够估计两个特定单一空间相邻细胞之间的基因关联/网络	尚未说明此方法在多细胞系统中的应用限制	探索细胞间通信的机制和其相关的基因程序	针对单个相邻细胞的细胞间通信模式进行研究	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	公共数据集	多个人类细胞类型的数据集
245	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae209 PMID:38706317	研究论文	本研究提出了一种双层特征传播的单细胞RNA测序数据插补方法，旨在解决技术噪声和稀疏性问题	提出了双层特征传播（scBFP）方法，通过两步图形基础的特征传播，改善了单细胞RNA测序数据的插补和去噪效果	方法可能在特定的复杂情况下仍然受到噪声传播的影响	本研究的目标是提高单细胞RNA测序数据处理的准确性和有效性	研究对象为单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图形基础模型	基因表达数据	大量单细胞RNA样本
246	2024-08-04	AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae207 PMID:38701411	研究论文	本文利用基于转录组数据的人工智能方法识别强效的诱导乳腺癌干细胞分化的小分子。	创新之处在于采用对抗学习方法解决不同数据域的适应性问题，从而有效识别和消除域特定偏差。	实验验证仅在MDA-MB-231和MCF7细胞中进行，样本可能存在局限性。	研究旨在寻找能够诱导乳腺癌干细胞分化的小分子。	研究对象为乳腺癌干细胞及其分化过程中的小分子。	数字病理学	乳腺癌	RNA-Seq	深度神经网络	基因表达数据	六个小分子在MDA-MB-231和MCF7细胞中进行检验
247	2024-08-05	scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae203 PMID:38701413	研究论文	提出了一种高阶元素加权集成聚类方法scEWE，以分析单细胞RNA测序数据中的异质性	开发了一个基于高阶元素加权策略的自我代表性集成学习框架，优化了对个体细胞的聚类权重分配	针对特定数据集的性能验证，可能不适用于所有类型的单细胞RNA-seq数据	提高单细胞RNA测序数据的异质性分析性能	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算机视觉	NA	RNA-seq	集成学习	单细胞RNA-seq数据	NA
248	2024-08-04	Molecular mechanisms underlying the therapeutic effects of Linggui Zhugan decoction in stroke: Insights from network pharmacology and single-cell transcriptomics analysis 2024-Mar-29, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000037482 PMID:38552092	研究论文	本研究探讨了灵桂治肝汤在中风治疗中的作用机制	首次结合网络药理学和单细胞转录组分析揭示灵桂治肝汤的关键成分、靶点和通路	尚未完全阐明其疗效的具体分子机制	研究灵桂治肝汤在中风治疗中的分子机制	主要研究灵桂治肝汤的活性成分及其靶点	数字病理学	中风	网络药理学和单细胞转录组分析	NA	基因组数据	144个潜在靶点与2035个中风相关基因的交集分析
249	2024-08-04	Mechanistic insights into FEN1-mediated drug sensitivity and risk signature in colon cancer: An integrative bioinformatics study 2024-Mar-29, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000037517 PMID:38552056	研究论文	本研究探讨了FEN1在结肠癌中的表达及其与临床病理和预后的关系	提出了一个由FEN1导出的多基因预后风险标志，并揭示了FEN1表达水平与结肠癌转移潜力及药物敏感性之间的相互作用	FEN1表达与预后的明显相关性未能得到确认	深入探讨FEN1在结肠癌中的作用，尤其是在药物敏感性和预后方面	结肠癌患者的FEN1表达及其与转移的关系	数字病理学	结肠癌	单细胞测序，基因集富集分析，Cox回归分析	NA	基因表达数据	使用了来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus的多个数据集
250	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals comprehensive microenvironment and highlights the dysfuntional state of NK cells in endometrioid carcinoma 2024-Mar-29, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000037555 PMID:38552055	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了子宫内膜样癌（EEC）中的肿瘤微环境，重点是自然杀伤（NK）细胞的功能异常状态	发现了一种CD56dim_DNAJB1 NK细胞亚群，其具有低细胞毒性和高压力水平，显示出NK细胞在肿瘤微环境中的功能失调	NA	更好地理解EEC中的肿瘤微环境的多样性	21个样本，包括16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织，特别关注肿瘤浸润的NK细胞	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	样本	21个样本（16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织）
251	2024-08-05	BAP1 is required prenatally for differentiation and maintenance of postnatal murine enteric nervous system 2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177771 PMID:38690732	研究论文	本文发现BAP1在胎儿期对小鼠肠道神经系统的分化和维持至关重要	首次阐明BAP1缺失对肠道神经元分化和早期存活的影响	未能探讨其他可能的表观遗传调节因子对ENS发育的影响	研究BAP1在胎儿期对肠道神经系统发展的重要性	Tyr-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经系统	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA序列数据	Tyrosinase-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经元样本
252	2024-08-04	CPPLS-MLP: a method for constructing cell-cell communication networks and identifying related highly variable genes based on single-cell sequencing and spatial transcriptomics data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae198 PMID:38678387	研究论文	提出了一种基于单细胞测序和空间转录组数据的新方法CPPLS-MLP，用于构建细胞间通信网络并识别相关的高度变异基因	该方法通过更准确地识别与细胞通信密切相关的高度变异基因，提供了一种新的视角来构建细胞间通信网络	目前尚未提及该方法在特定情境下的局限性或潜在问题	探索细胞间通信与高度变异基因之间的关系	重点研究细胞间通信网络及其相关的高度变异基因	数字病理学	NA	单细胞测序 (scRNA-seq), 空间转录组	CPPLS-MLP	基因表达数据	NA
253	2024-08-04	scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae188 PMID:38678389	研究论文	提出了一种名为scBOL的通用细胞类型识别框架，用于单细胞和空间转录组数据	首次提出了普遍细胞类型识别这一新任务，并设计了从双边原型对齐角度出发的端到端算法	该研究的限制未在摘要中具体说明	开发一种能够有效标注单细胞转录组数据的通用方法，适应于空间和非空间维度	单细胞转录组和空间转录组数据中的细胞类型	数字病理学	NA	自动编码器神经网络和图卷积网络	原型学习	转录组数据	NA
254	2024-08-05	scINRB: single-cell gene expression imputation with network regularization and bulk RNA-seq data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae148 PMID:38600665	研究论文	提出了一种基于网络正则化和批量RNA-seq数据的单细胞基因表达填充方法scINRB	scINRB通过网络正则化非负矩阵分解保持细胞间和基因间的相似性，并结合批量RNA-seq数据的信息	尽管scINRB表现出色，但研究的适用性和数据类型可能仍受限于特定的实验条件	开发一种准确且稳健的单细胞基因表达数据填充方法	主要研究单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失（dropout事件）	数字病理学	NA	RNA-seq	非负矩阵分解	数据集	在模拟和实验数据集上进行测试
255	2024-08-05	Role of Tumor-Associated Macrophages in Cervical Cancer: Integrating Classical Perspectives with Recent Technological Advances 2024-Mar-27, Life (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/life14040443 PMID:38672714	综述	本文综述了肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的作用及其影响	提出结合最新研究技术深入研究宫颈癌中的肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的研究相对较少	探讨肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌进展中的作用	肿瘤相关巨噬细胞及其对宫颈癌的影响	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序和空间RNA测序	NA	NA	NA
256	2024-08-05	Single-cell transcriptional signature-based drug repurposing and in vitro evaluation in colorectal cancer 2024-Mar-25, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12142-8 PMID:38528462	研究论文	本研究基于单细胞转录组特征进行药物重定位与结直肠癌的体外评估	使用单细胞RNA测序数据和转录特征进行药物重定位，发现12种FDA批准的新药用于结直肠癌治疗	虽然进行了体外评估，但缺乏体内评估数据	探索通过转录特征进行的药物重定位以提高结直肠癌的治疗效果	使用来自29名结直肠癌患者的91,103个单细胞RNA测序样本进行药物筛选	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	91,103个样本来自29名结直肠癌患者
257	2024-08-07	Effects of Regulating Hippo and Wnt on the Development and Fate Differentiation of Bovine Embryo 2024-Mar-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073912 PMID:38612721	研究论文	本研究探讨了Hippo和Wnt信号通路激动剂LPA和抑制剂DKK1对牛胚胎体外发育的影响	研究首次揭示了LPA和DKK1在牛胚胎分化和胚胎妊娠建立中的作用，并通过单细胞RNA测序深入分析了其对胚胎发育的影响	NA	旨在提高辅助生殖技术的产出，通过调节Hippo和Wnt信号通路改善牛胚胎的体外发育	牛胚胎的体外发育及其细胞命运分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	1203个基因在对照组和LPA/DKK1处理组之间表现出差异表达
258	2024-08-07	Identification and validation of the clinical prediction model and biomarkers based on chromatin regulators in colon cancer by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data 2024-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1886 PMID:38617504	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞RNA测序数据，在结肠癌中识别并验证基于染色质调控因子的临床预测模型和生物标志物	首次综合利用大量和单细胞RNA测序数据，构建基于染色质调控因子的结肠癌预后模型，并探讨其在免疫反应和药物敏感性中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；单细胞数据分析仅限于探索CRs在细胞中的表达及其相互作用	寻找可用于临床诊断和治疗的染色质调控因子，并探讨其作为关键CRs的原因	结肠癌中的染色质调控因子及其在临床诊断和治疗中的应用	数字病理学	结肠癌	RNA测序	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	32个与肿瘤相关的染色质调控因子
259	2024-08-04	Multi-Omics Profiling Reveals Phenotypic and Functional Heterogeneity of Neutrophils in COVID-19 2024-Mar-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073841 PMID:38612651	研究论文	本研究探讨了COVID-19中中性粒细胞的表型和功能异质性	识别和验证了COVID-19中中性粒细胞的异质性，并分析了不同亚群的功能	关于中性粒细胞表型的可塑性及其在COVID-19发病机制中的相对影响尚未得到充分阐明	识别COVID-19中中性粒细胞的异质性，并评估其各亚群的功能	健康供体和COVID-19患者的中性粒细胞亚群	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	RNA-seq和蛋白质组数据	来自健康供体和COVID-19患者的多种样本
260	2024-08-04	Comprehensive Analysis of Lung Adenocarcinoma and Brain Metastasis through Integrated Single-Cell Transcriptomics 2024-Mar-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073779 PMID:38612588	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学分析肺腺癌及其脑转移的肿瘤微环境	探索了肺腺癌脑转移的肿瘤微环境特征及细胞间相互作用的具体机制	本研究仅使用公开数据集，可能存在数据偏倚或样本代表性的限制	深入理解肺腺癌脑转移的肿瘤微环境及其特性	肺腺癌脑转移（LUAD-BM）及其不同阶段的原发肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用公开数据集中的多个样本，具体样本数量未提及