单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
241	2024-08-05	A Single-Cell Transcriptome of Bovine Milk Somatic Cells 2024-03-10, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15030349 PMID:38540408	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析牛奶中细胞，探讨乳腺的生物学特性	首次在单细胞水平上分析了高产乳牛的牛奶转录组	研究仅使用了两只荷斯坦奶牛的样本，结果的普遍适用性可能有限	探索牛奶产生过程中的细胞级机制	来自两只荷斯坦奶牛的乳液样本	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	2只牛的乳液样本，获得9313和14544个细胞
242	2024-08-04	Mapping the Cellular Biogeography of Human Bone Marrow Niches Using Single-Cell Transcriptomics and Proteomic Imaging 2024-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.14.585083 PMID:38559168	研究论文	本文使用单细胞转录组学和蛋白质组成像绘制了人类骨髓微环境的细胞生物地理学	首次全面构建了人类骨髓的空间分辨多组学图谱	研究主要集中于较小的样本量，可能无法代表所有人群	探索人类骨髓中非造血细胞的空间组织及其功能	29,325个富集的非造血骨髓细胞及18例个体的样品	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 和CO-检测通过索引 (CODEX) 多重成像	NA	图像和转录组数据	29,325个非造血骨髓细胞和18个个体样本
243	2024-08-05	Gene-expression memory-based prediction of cell lineages from scRNA-seq datasets 2024-Mar-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47158-y PMID:38553478	研究论文	该文章介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，用于从scRNA-seq数据集中识别细胞谱系	GEMLI能够从缺乏谱系信息的scRNA-seq数据中可靠地识别小到中型细胞谱系，并重建多细胞结构	该方法在技术上复杂，通常受限于时间分辨率	研究细胞分化过程中的遗传信息传递	人类乳腺癌活检样本中的细胞谱系	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	人类乳腺癌活检样本
244	2024-08-05	Endocrine islet β-cell subtypes with differential function are derived from biochemically distinct embryonic endocrine islet progenitors that are regulated by maternal nutrients 2024-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946483/v1 PMID:38496675	研究论文	这篇文章探讨了内分泌岛β细胞亚型的起源及其功能差异	本研究首次展示了胚胎内分泌岛前体的生化特性如何导致不同功能的β细胞亚型产生	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全概括人类的情况	旨在揭示β细胞亚型的产生机制及其与糖尿病的关联	研究对象为小鼠胚胎内分泌岛前体细胞及其衍生的β细胞亚型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序和DNA甲基化分析	组合细胞谱系追踪	基因表达数据	多个小鼠胚胎的内分泌岛前体细胞
245	2024-08-04	Navigating the landscapes of spatial transcriptomics: How computational methods guide the way 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1839 PMID:38527900	综述	本文综述了空间转录组数据挖掘的当前计算方法	提出了对现有分析理论和工具的更新和改革建议，以应对新的实验技术	数据分析和生物学见解生成的困难尚未完全解决	探讨空间转录组研究中的计算方法	空间转录组数据及其挖掘方法	计算生物学	NA	NA	NA	空间转录组数据	NA
246	2024-08-04	Spatial analysis toolkits for RNA in situ sequencing 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1842 PMID:38605484	综述	本文介绍了RNA原位测序（ISS）的生物信息学工具包及其数据分析流程	提出了适用于ISS数据分析的先进生物信息学工具，并详细审查了每种工具的应用及其与ISS数据的兼容性	未提及具体的实验实例支持工具的有效性	帮助研究者选择合适的工具以进行ISS数据分析	RNA原位测序（ISS）和相关数据分析工具	数字病理学	NA	原位测序（ISS）	NA	图像数据	NA
247	2024-08-04	MEF2C Hypofunction in GABAergic Cells Alters Sociability and Prefrontal Cortex Inhibitory Synaptic Transmission in a Sex-Dependent Manner 2024-Mar, Biological psychiatry global open science DOI:10.1016/j.bpsgos.2024.100289 PMID:38390348	研究论文	本研究探讨了MEF2C在GABA能细胞中的低功能对社交性和前额叶皮层抑制突触传递的影响，并呈现性别差异。	首次揭示了MEF2C在发育GABA能细胞中的低功能导致的性别特异性社交偏好缺陷和行为改变。	只在小鼠模型中进行研究，可能无法完全反映人类的情况。	研究MEF2C在GABA能细胞中的低功能如何影响社交行为及前额叶皮层的突触传递。	以小鼠为研究对象，聚焦于MEF2C低功能对GABA能细胞的影响。	神经科学	自闭症谱系障碍	电生理、单细胞转录组学、光遗传学	小鼠模型	基因表达数据、脑电图数据	使用了多个小鼠样本，具体样本数量未提及
248	2024-08-05	scX: A user-friendly tool for scRNA-seq exploration 2024-Mar-07, ArXiv PMID:37961742	研究论文	本论文介绍了scX，一个基于Shiny框架的R包，用于简化单细胞RNA测序的数据分析和可视化	scX提供了一个用户友好的互动图形界面，使用户能够轻松访问关键的scRNA-seq分析	需要熟练的专业知识来处理和解释数据	研究旨在简化单细胞RNA测序实验的数据分析和可视化	单细胞RNA测序实验的数据	数字病理学	NA	NA	NA	数据集	NA
249	2024-08-05	A distinct tumor microenvironment makes anaplastic thyroid cancer more lethal but immunotherapy sensitive than papillary thyroid cancer 2024-Mar-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173712 PMID:38478516	研究论文	本文探讨了非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响	研究首次构建了甲状腺癌的单细胞图谱，并发现CXCL13+ T细胞在非分化甲状腺癌样本中的富集	缺乏对不同治疗方案长时间观察的临床数据	探究非分化甲状腺癌与乳头状甲状腺癌之间的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响	主要研究对象为非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	涉及的样本包括非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌样本，但具体样本数未列出
250	2024-08-05	Targeting HIV persistence in the tissue 2024-03-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000836 PMID:38169333	研究论文	该文章探讨了针对HIV在组织中的持存现象的挑战和新策略。	文章提出了针对HIV持存的组织特定疗法，强调微环境的重要性以及使用新工具获得的详细信息。	未提及具体的实验数据或临床试验结果来支持所提出的策略。	研究HIV组织储存的复杂性及其消除策略。	HIV感染者组织中的HIV储存及相关细胞。	数字病理学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序，CRISPR筛选，mRNA技术，组织类器官	NA	组织样本	NA
251	2024-08-05	Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae180 PMID:38653489	研究论文	该研究介绍了一种名为scGATE的新计算工具，用于推断特定细胞类型或状态的转录因子与基因之间的调控关系	scGATE通过使用贝叶斯框架推断布尔规则，无需为每个布尔规则单独进行公式和可能性计算，从而显著减少了时间复杂度	NA	推断特定细胞类型或状态的基因调控网络	转录因子与基因的相互作用网络	数字病理学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	使用小鼠组织和人血的合成及真实单细胞数据
252	2024-08-05	Investigation of cellular communication and signaling pathways in tumor microenvironment for high TP53-expressing osteosarcoma cells through single-cell RNA sequencing 2024-Mar-25, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-024-02318-4 PMID:38526643	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨高TP53表达骨肉瘤细胞在肿瘤微环境中的细胞间通信和信号通路	探究了高TP53表达骨肉瘤细胞与肿瘤微环境内相邻细胞类型之间的细胞间动态，识别了重要的信号通路	对细胞间通信网络的理解仍需更深入的研究	阐明骨肉瘤TME内细胞间通信网络的复杂性	高TP53表达骨肉瘤细胞及其周围的巨噬细胞、单核细胞、内皮细胞和PVLs	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
253	2024-08-04	Casp11 Deficiency Alters Subgingival Microbiota and Attenuates Periodontitis 2024-03, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231221712 PMID:38197150	研究论文	本研究探讨了Caspase-11介导的非经典焦亡、亚龈微生物群变化与巨噬细胞极化之间的相互作用	揭示了Caspase-11在牙周炎病理生理过程中的关键作用，并强调其对亚龈微生物群和巨噬细胞M1极化的影响	具体机制尚不清楚，需进一步研究以验证这些发现	探讨Caspase-11缺失对亚龈微生物群及牙周炎的影响	牙周炎患者的临床样本以及实验性牙周炎小鼠模型	数字病理学	牙周炎	单细胞测序	小鼠模型	临床样本	牙周炎患者的临床样本及实验性小鼠模型
254	2024-08-05	Tumor-infiltrating monocytic myeloid-derived suppressor cells contribute to the development of an immunosuppressive tumor microenvironment in gastric cancer 2024-03, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association IF:6.0Q1 DOI:10.1007/s10120-023-01456-4 PMID:38217732	研究论文	本研究探讨了不同免疫抑制细胞在胃癌免疫微环境发展中的作用	识别了肿瘤浸润的单核细胞来源抑制性细胞在胃癌免疫抑制微环境中的关键作用，尤其是IER3+ M-MDSCs	研究主要集中于未治疗或对免疫检查点抑制剂(Ici)有抵抗性的胃癌患者的样本	探讨不同免疫抑制细胞类型在胃癌免疫微环境中的作用	未治疗或对免疫检查点抑制剂抵抗的胃癌患者的样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和多重免疫染色	NA	基因表达数据	未处理或免疫检查点抑制剂抵抗的胃癌患者样本
255	2024-08-05	Terminally differentiated cytotoxic CD4+ T cells were clonally expanded in the brain lesion of radiation-induced brain injury 2024-03, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14682 PMID:38499993	研究论文	本研究调查了放射性脑损伤中细胞毒性CD4+ T细胞的存在及其潜在作用	首次描述了放射性脑损伤病变中克隆扩增的CD4+ CTL亚群	样本规模仅限于四名RIBI患者，可能影响结果的普遍性	旨在更全面地理解放射性脑损伤中适应性免疫的作用	重点研究放射性脑损伤(RIBI)患者的细胞毒性CD4+ T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞数据	3934个CD4+ T细胞来自四名RIBI患者
256	2024-08-04	Tumoral and stromal hMENA isoforms impact tertiary lymphoid structure localization in lung cancer and predict immune checkpoint blockade response in patients with cancer 2024-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105003 PMID:38340557	研究论文	本研究探讨了肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞中的hMENA亚型与三次淋巴结构（TLS）的关系及其对肺癌患者结果的影响	发现hMENA的选择性剪接是TLS相关肿瘤免疫微环境的重要未探索因素，且hMENA亚型可作为临床结果和ICB响应的潜在生物标志物	研究主要基于回顾性观察，可能存在样本选择偏倚	本研究旨在了解hMENA亚型如何影响肺癌的三次淋巴结构及其与免疫检查点抑制剂反应的关系	研究对象为非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞	数字病理学	肺癌	RNA测序，免疫组化，空间转录组学	NA	组织样本，转录组数据	N0 NSCLC患者的手术切除组织
257	2024-08-04	Molecular mechanisms underlying the therapeutic effects of Linggui Zhugan decoction in stroke: Insights from network pharmacology and single-cell transcriptomics analysis 2024-Mar-29, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000037482 PMID:38552092	研究论文	本研究探讨了灵桂治肝汤在中风治疗中的作用机制	首次结合网络药理学和单细胞转录组分析揭示灵桂治肝汤的关键成分、靶点和通路	尚未完全阐明其疗效的具体分子机制	研究灵桂治肝汤在中风治疗中的分子机制	主要研究灵桂治肝汤的活性成分及其靶点	数字病理学	中风	网络药理学和单细胞转录组分析	NA	基因组数据	144个潜在靶点与2035个中风相关基因的交集分析
258	2024-08-04	Mechanistic insights into FEN1-mediated drug sensitivity and risk signature in colon cancer: An integrative bioinformatics study 2024-Mar-29, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000037517 PMID:38552056	研究论文	本研究探讨了FEN1在结肠癌中的表达及其与临床病理和预后的关系	提出了一个由FEN1导出的多基因预后风险标志，并揭示了FEN1表达水平与结肠癌转移潜力及药物敏感性之间的相互作用	FEN1表达与预后的明显相关性未能得到确认	深入探讨FEN1在结肠癌中的作用，尤其是在药物敏感性和预后方面	结肠癌患者的FEN1表达及其与转移的关系	数字病理学	结肠癌	单细胞测序，基因集富集分析，Cox回归分析	NA	基因表达数据	使用了来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus的多个数据集
259	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals comprehensive microenvironment and highlights the dysfuntional state of NK cells in endometrioid carcinoma 2024-Mar-29, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000037555 PMID:38552055	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了子宫内膜样癌（EEC）中的肿瘤微环境，重点是自然杀伤（NK）细胞的功能异常状态	发现了一种CD56dim_DNAJB1 NK细胞亚群，其具有低细胞毒性和高压力水平，显示出NK细胞在肿瘤微环境中的功能失调	NA	更好地理解EEC中的肿瘤微环境的多样性	21个样本，包括16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织，特别关注肿瘤浸润的NK细胞	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	样本	21个样本（16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织）
260	2024-08-05	BAP1 is required prenatally for differentiation and maintenance of postnatal murine enteric nervous system 2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177771 PMID:38690732	研究论文	本文发现BAP1在胎儿期对小鼠肠道神经系统的分化和维持至关重要	首次阐明BAP1缺失对肠道神经元分化和早期存活的影响	未能探讨其他可能的表观遗传调节因子对ENS发育的影响	研究BAP1在胎儿期对肠道神经系统发展的重要性	Tyr-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经系统	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA序列数据	Tyrosinase-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经元样本