单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 535 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-04 |
scDrugPrio: a framework for the analysis of single-cell transcriptomics to address multiple problems in precision medicine in immune-mediated inflammatory diseases
2024-03-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01314-7
PMID:38509600
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研究论文 | 该文章提出了一个计算框架scDrugPrio，用于分析单细胞转录组数据，以提高免疫介导炎症疾病的药物优先选择和再利用 | scDrugPrio集成了细胞类型特异性的表达变化、改变的细胞间相互作用和药物性质，以选择和排名数千种药物 | 尽管适用于小鼠模型，但在相同诊断的患者中发现了显著的细胞和基因表达差异，可能导致对治疗反应的个体差异 | 研究免疫介导炎症疾病中的药物优先选择和个性化治疗 | 对不同患者的单细胞RNA测序数据进行分析，比较药物预测的变异性 | 数字病理学 | 免疫介导炎症疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 网络模型 | 基因表达数据 | 十一名克罗恩病患者的单细胞RNA测序数据 |
| 222 | 2024-08-04 |
ALKBH5-mediated m6A modification of IL-11 drives macrophage-to-myofibroblast transition and pathological cardiac fibrosis in mice
2024-Mar-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46357-x
PMID:38443404
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研究论文 | 本研究揭示了ALKBH5介导的m6A修饰如何驱动小鼠心脏巨噬细胞向肌成纤维细胞的转变及病理性心脏纤维化 | 本研究首次揭示了ALKBH5在心脏巨噬细胞转变和心脏纤维化中的作用机制，并识别了IL-11 mRNA作为ALKBH5介导的m6A去甲基化的靶标 | 本研究的结果主要基于小鼠模型，可能在临床应用上需要进一步验证 | 研究心脏巨噬细胞转变和心脏纤维化过程中ALKBH5的作用 | 心脏巨噬细胞及其在高血压诱导的病理条件下的转变 | 数字病理学 | 心脏病 | 单细胞转录组学、谱系追踪、旁体共生技术 | NA | mRNA | 小鼠模型 |
| 223 | 2024-08-04 |
scRNA-seq Reveals Novel Genetic Pathways and Sex Chromosome Regulation in Tribolium Spermatogenesis
2024-03-02, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evae059
PMID:38513111
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研究论文 | 该研究揭示了赤面粉甲虫中生殖细胞发生的新遗传通路和性染色体调控机制 | 首次展示了棉果科昆虫中生殖细胞发生的特异性标记和分子通路 | 研究主要集中在非模式生物，可能缺乏与已知编码分子的直接比较 | 探索赤面粉甲虫的生殖细胞发生过程及其分子基础 | 研究对象为赤面粉甲虫的成年雄性睾丸中的细胞群体 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年雄性赤面粉甲虫的睾丸样本 |
| 224 | 2024-08-05 |
Exploration of signature based on T cell-related genes in stomach adenocarcinoma by analysis of single cell sequencing data
2024-03-25, Aging
DOI:10.18632/aging.205687
PMID:38536020
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研究论文 | 本文研究了基于T细胞相关基因的胃腺癌特征。 | 创新点在于成功构建了基于T细胞相关基因的预后模型，并揭示了风险评分与免疫状态的差异。 | 本文未提及样本规模或具体实验设计的限制。 | 该研究的目的是探讨胃腺癌中T细胞相关基因的表达特征及其与预后的关系。 | 研究对象为胃癌患者的单细胞RNA测序数据。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | NA |
| 225 | 2024-08-04 |
Identification and validation of ferroptosis-related gene SLC2A1 as a novel prognostic biomarker in AKI
2024-03-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205669
PMID:38517368
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研究论文 | 本研究确定和验证了与铁死亡相关的基因SLC2A1在急性肾损伤中的新型预后生物标志物 | 首次确定SLC2A1作为急性肾损伤的诊断生物标志物，并探讨其在急性肾损伤进程中的作用 | 可能未能包括所有潜在的 ferroptosis 相关基因和其在不同背景下的作用 | 探讨与急性肾损伤相关的潜在铁死亡相关基因 | 急性肾损伤中的 ferroptosis 相关基因 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 生物信息学，Western blot，免疫组化（ICH），转染实验 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 涉及的样本数量和类型未明确说明 |
| 226 | 2024-08-05 |
Identification and validation of a novel signature based on macrophage marker genes for predicting prognosis and drug response in kidney renal clear cell carcinoma by integrated analysis of single cell and bulk RNA sequencing
2024-03-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205671
PMID:38517387
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研究论文 | 本研究首次基于巨噬细胞标记基因开发并验证了一个预测肾透明细胞癌患者整体生存率的模型 | 通过分析单细胞和整体RNA测序数据，识别并验证了244个巨噬细胞标记基因并建立了五基因预后签名 | 本文未提供巨噬细胞标记基因的临床相关性的详细信息 | 旨在探索巨噬细胞标记基因在肾透明细胞癌中的预后和药物反应预测能力 | 主要针对肾透明细胞癌（KIRC）患者进行研究 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因组数据 | NA |
| 227 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq reveal the characteristics of disulfidptosis and a prognostic signature in BLCA
2024-03-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205686
PMID:38507521
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研究论文 | 本文研究了与膀胱癌（BLCA）相关的二巯基凋亡特征及其预后标志。 | 本文首次构建了与二巯基凋亡相关的风险评分标志，并验证其在膀胱癌预后中的有效性。 | 本文限于具体的样本类型和数量，可能影响结果的普遍性。 | 探究二巯基凋亡在膀胱癌中的生物机制及其预后意义。 | 研究对象为膀胱癌患者中的二巯基凋亡相关基因及其表达模式。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序和常规RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究中分析了膀胱癌组织及相邻正常组织样本中的十个核心二巯基凋亡相关基因 |
| 228 | 2024-08-05 |
Single cell RNA-seq identifies a FOS/JUN-related monocyte signature associated with clinical response of heart failure patients with mesenchymal stem cell therapy
2024-03-20, Aging
DOI:10.18632/aging.205670
PMID:38517374
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别与心力衰竭患者干细胞治疗临床反应相关的FOS/JUN相关单核细胞特征。 | 首次发现与MSC治疗反应相关的CD14单核细胞亚群，并构建了基于单核细胞的预测模型。 | 样本量较小，仅涉及4名心力衰竭患者，可能影响研究结果的广泛适用性。 | 研究MSC治疗对心力衰竭患者的影响及相关生物标志物。 | 4名心力衰竭患者在MSC治疗前后的单核细胞样本。 | 数字病理学 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习模型 | 生物样本数据 | 4名心力衰竭患者 |
| 229 | 2024-08-04 |
Integrated single-cell sequencing, spatial transcriptome sequencing and bulk RNA sequencing highlights the molecular characteristics of parthanatos in gastric cancer
2024-03-18, Aging
DOI:10.18632/aging.205658
PMID:38499384
|
研究论文 | 本研究首次揭示了胃癌中parthanatos的单细胞和空间转录组学的分子特征 | 提出新的基于parthanatos信号的模型，用于区分个体异质性和预测胃癌患者的临床结果 | 研究中可能存在的特定肿瘤微环境复杂性和样本数量的限制未被详细讨论 | 探讨parthanatos在胃癌中的分子特征及其在临床结果中的应用 | 胃癌患者的肿瘤细胞及其微环境中的不同细胞类型 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序、空间转录组测序和大宗RNA测序 | NA | 组学数据 | NA |
| 230 | 2024-08-04 |
Comprehensive assessment of regulatory T-cells-related scoring system for predicting the prognosis, immune microenvironment and therapeutic response in hepatocellular carcinoma
2024-03-08, Aging
DOI:10.18632/aging.205649
PMID:38461439
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研究论文 | 本文探讨了一种新的Tregs相关评分系统来预测肝细胞癌的肿瘤免疫微环境、临床结果和个体化治疗 | 构建了一种新的Tregs相关生物标志物，具有良好的预后预测效能和稳定性 | 可能在样本选择和数据一致性上存在局限性，未来需要更多的研究来验证 | 研究肝细胞癌的预后和免疫微环境 | 肝细胞癌患者的Tregs及其相关生物标志物 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | Cox回归和LASSO回归 | 基因组数据 | 三组独立队列的数据 |
| 231 | 2024-08-05 |
Investigating the mechanisms of drug resistance and prognosis in ovarian cancer using single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing
2024-03-08, Aging
DOI:10.18632/aging.205628
PMID:38461424
|
研究论文 | 本文研究了卵巢癌中药物耐受性及预后的机制 | 揭示了不同表皮细胞亚群与卵巢癌预后的相关基因，特别是EPCs耐药性与氧化磷酸化通路之间的强关联 | 本文未详细探讨其他影响卵巢癌预后的因素 | 研究卵巢癌中药物耐受性与预后的机制 | 核心肿瘤细胞及其不同表皮细胞亚群 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | NA | NA |
| 232 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA combined with bulk RNA analysis to explore oxidative stress and energy metabolism factors and found a new prostate cancer oncogene MXRA8
2024-03-04, Aging
DOI:10.18632/aging.205599
PMID:38441550
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研究论文 | 本文探讨了氧化应激和能量代谢因素，并发现了一种新的前列腺癌致癌基因MXRA8 | 本研究首次整合单细胞RNA测序和总体RNA测序数据，识别了前列腺癌的分子亚型，并构建了风险评分模型 | 研究可能受到样本数量和异质性的限制，影响结果的普适性 | 旨在通过分析氧化应激和能量代谢相关基因，提升前列腺癌的预后评估和个性化治疗 | 前列腺癌患者及其组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序和总体RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | NA |
| 233 | 2024-08-04 |
Critical view on oligo(dT)-based RNA-seq: bias arising, modeling, and mitigating
2024-03-06, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyad190
PMID:37857456
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研究论文 | 本文探讨了基于oligo(dT)的RNA测序中存在的偏差及其缓解方法。 | 本研究识别了两个新的未被考虑的偏差，并发展出一种普适的缓解方法以减少这些偏差的影响。 | 研究可能未涵盖所有类型的RNA测序偏差，且其通用性需进一步验证。 | 研究的目的是理解和解决基于oligo(dT)的RNA测序数据中的偏差。 | 研究主要集中在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集及其分析上。 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据集 | NA |
| 234 | 2024-08-04 |
Dual-Targeting Nanovesicles Carrying CSF1/CD47 Identified from Single-Cell Transcriptomics of Innate Immune Cells in Heart Transplant for Alleviating Acute Rejection
2024-03, Advanced healthcare materials
IF:10.0Q1
DOI:10.1002/adhm.202302443
PMID:37962054
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研究论文 | 本文研究了双靶向纳米囊泡CSF1/CD47在心脏移植中的作用，以缓解急性排斥反应 | 提出了一种新型的CSF1/CD47双靶向纳米囊泡，通过调节Ly6G Ly6C抑制性巨噬细胞来减轻免疫排斥 | 研究主要集中在小鼠模型上，临床应用可能需要更多验证 | 探讨固有免疫细胞在心脏移植急性排斥反应中的动态变化和调控机制 | 研究了Ly6G Ly6C炎性巨噬细胞及其与中性粒细胞的相互信号传导 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 235 | 2024-08-04 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals the Ameliorative Effect of Oridonin on Septic Liver Injury
2024-03, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300542
PMID:38408269
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研究论文 | 该文章主要研究了Oridonin对脓毒症肝损伤的改善作用及其机制 | 通过单细胞转录组学揭示Oridonin在脓毒症模型中的保护机制 | 实验主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 探索Oridonin对脓毒症引起的生理变化的保护作用 | 脓毒症诱导的小鼠肝脏模型 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞转录组测序 | NA | 细胞数据 | 63,486个细胞 |
| 236 | 2024-08-04 |
Identification of Surface Markers and Functional Characterization of Myeloid Derived Suppressor Cell-Like Adherent Cells
2024-03, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300159
PMID:37986133
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研究论文 | 本研究识别了髓源抑制细胞样附着细胞的基因特征及功能 | 本研究首次识别了特定的MLAC表面标记，为进一步研究这种细胞类型提供了重要工具 | 缺乏对MLAC特异性标记的了解在进一步特性化该细胞类型时造成限制 | 研究髓源抑制细胞样附着细胞在肿瘤微环境中的角色以及其特征 | 髓源抑制细胞样附着细胞的基因签名和功能特性 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用公共单细胞RNA-seq数据分析特定细胞群体 |
| 237 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals transcriptional and cell subpopulation differences between human and pig immune cells
2024-03, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-023-01456-9
PMID:37979077
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了人类与猪免疫细胞之间的转录和细胞亚群差异 | 首次研究了人类和猪免疫细胞亚群之间的基因转录谱差异 | 样本量较小，仅包含两只猪和两位健康人类PBMCs | 评估猪和人类之间基因转录的相似性和差异 | 研究对象为猪和人类的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | NA | 10×基因组单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2只猪和2位健康人类的PBMC |
| 238 | 2024-08-04 |
Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials
2024-Mar-22, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000866
PMID:38517078
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review | 本文回顾了数字病理学和空间组学在脂肪肝炎中的临床应用和发现潜力 | 文章创新点在于探讨了利用人工智能增强的数字病理学和空间组学方法，如何提高脂肪肝炎组织学解读的准确性 | 文章指出现有空间转录组学和蛋白组学技术的局限性，以及对这些工具和技术的知识空白 | 研究旨在探讨数字病理学与空间生物学的多模式整合对改善脂肪肝炎组织学解读的潜力 | 研究对象是肝病患者的组织样本，特别是与脂肪肝炎相关的组织切片 | 数字病理学 | 脂肪肝炎 | 数字病理学，空间转录组学，空间蛋白组学 | 人工智能算法，机器学习算法 | 图像，基因和蛋白表达数据 | NA |
| 239 | 2024-08-05 |
Integrated multiomics implicates dysregulation of ECM and cell adhesion pathways as drivers of severe COVID-associated kidney injury
2024-Mar-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.03.18.24304401
PMID:38562892
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研究论文 | 本研究探讨了导致严重COVID相关肾损伤的机制，结合深度尿液蛋白组学和机器学习进行分析 | 通过整合多种组学数据，揭示了细胞外基质及细胞黏附通路在严重COVID肾损伤中的独特影响 | 研究样本及机制分析的复杂性可能限制了结果的普遍适用性 | 旨在理解严重COVID相关肾损伤的机制 | 住院COVID-19患者的尿液样本与肾小管细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 深度蛋白组学, 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 尿液蛋白质, 血浆蛋白质, 单细胞RNA测序 | 多个中心住院COVID-19患者的尿液样本 |
| 240 | 2024-08-05 |
Long noncoding RNA Malat1 protects against osteoporosis and bone metastasis
2024-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46602-3
PMID:38493144
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研究论文 | 本研究发现长链非编码RNA Malat1在骨质疏松和骨转移中的保护作用 | 本研究首次揭示了MALAT1在骨吸收过程中的关键调控角色及其对骨质疏松和肿瘤骨转移的保护机制 | 本研究主要基于小鼠模型，临床应用性尚需进一步验证 | 探讨MALAT1在生理和病理过程中对骨质疏松及骨转移的影响 | 研究了MALAT1缺失对小鼠骨质疏松和黑色素瘤及乳腺肿瘤细胞骨转移的影响 | 数字病理学 | 骨质疏松 | 单细胞转录组分析 | 小鼠模型 | 临床骨样本 | NA |