单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 540 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-05 |
BAP1 is required prenatally for differentiation and maintenance of postnatal murine enteric nervous system
2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177771
PMID:38690732
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研究论文 | 本文发现BAP1在胎儿期对小鼠肠道神经系统的分化和维持至关重要 | 首次阐明BAP1缺失对肠道神经元分化和早期存活的影响 | 未能探讨其他可能的表观遗传调节因子对ENS发育的影响 | 研究BAP1在胎儿期对肠道神经系统发展的重要性 | Tyr-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经系统 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA序列数据 | Tyrosinase-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经元样本 |
| 222 | 2024-08-04 |
CPPLS-MLP: a method for constructing cell-cell communication networks and identifying related highly variable genes based on single-cell sequencing and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae198
PMID:38678387
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研究论文 | 提出了一种基于单细胞测序和空间转录组数据的新方法CPPLS-MLP，用于构建细胞间通信网络并识别相关的高度变异基因 | 该方法通过更准确地识别与细胞通信密切相关的高度变异基因，提供了一种新的视角来构建细胞间通信网络 | 目前尚未提及该方法在特定情境下的局限性或潜在问题 | 探索细胞间通信与高度变异基因之间的关系 | 重点研究细胞间通信网络及其相关的高度变异基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 (scRNA-seq), 空间转录组 | CPPLS-MLP | 基因表达数据 | NA |
| 223 | 2024-08-04 |
scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae188
PMID:38678389
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研究论文 | 提出了一种名为scBOL的通用细胞类型识别框架，用于单细胞和空间转录组数据 | 首次提出了普遍细胞类型识别这一新任务，并设计了从双边原型对齐角度出发的端到端算法 | 该研究的限制未在摘要中具体说明 | 开发一种能够有效标注单细胞转录组数据的通用方法，适应于空间和非空间维度 | 单细胞转录组和空间转录组数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 自动编码器神经网络和图卷积网络 | 原型学习 | 转录组数据 | NA |
| 224 | 2024-08-05 |
scINRB: single-cell gene expression imputation with network regularization and bulk RNA-seq data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae148
PMID:38600665
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研究论文 | 提出了一种基于网络正则化和批量RNA-seq数据的单细胞基因表达填充方法scINRB | scINRB通过网络正则化非负矩阵分解保持细胞间和基因间的相似性，并结合批量RNA-seq数据的信息 | 尽管scINRB表现出色，但研究的适用性和数据类型可能仍受限于特定的实验条件 | 开发一种准确且稳健的单细胞基因表达数据填充方法 | 主要研究单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失（dropout事件） | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 非负矩阵分解 | 数据集 | 在模拟和实验数据集上进行测试 |
| 225 | 2024-08-05 |
Role of Tumor-Associated Macrophages in Cervical Cancer: Integrating Classical Perspectives with Recent Technological Advances
2024-Mar-27, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life14040443
PMID:38672714
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综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的作用及其影响 | 提出结合最新研究技术深入研究宫颈癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的研究相对较少 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌进展中的作用 | 肿瘤相关巨噬细胞及其对宫颈癌的影响 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序和空间RNA测序 | NA | NA | NA |
| 226 | 2024-08-05 |
Spatially resolved single-cell atlas of ascidian endostyle provides insight into the origin of vertebrate pharyngeal organs
2024-Mar-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi9035
PMID:38552007
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研究论文 | 这篇文章构建了小管状动物内腺的空间分辨率单细胞图谱，以揭示脊椎动物咽器官的起源 | 首次利用Stereo-seq和单细胞RNA测序揭示了小管状动物内腺的细胞组成和进化特征 | 研究主要集中在一种小管状动物身上，可能无法普遍适用于所有基底和声门生物 | 探讨脊椎动物咽器官的进化起源 | 小管状动物的内腺 | 数字病理学 | NA | Stereo-seq和单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因组数据 | 小管状动物的内腺细胞集合 |
| 227 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptional signature-based drug repurposing and in vitro evaluation in colorectal cancer
2024-Mar-25, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12142-8
PMID:38528462
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研究论文 | 本研究基于单细胞转录组特征进行药物重定位与结直肠癌的体外评估 | 使用单细胞RNA测序数据和转录特征进行药物重定位，发现12种FDA批准的新药用于结直肠癌治疗 | 虽然进行了体外评估，但缺乏体内评估数据 | 探索通过转录特征进行的药物重定位以提高结直肠癌的治疗效果 | 使用来自29名结直肠癌患者的91,103个单细胞RNA测序样本进行药物筛选 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 91,103个样本来自29名结直肠癌患者 |
| 228 | 2024-08-07 |
Effects of Regulating Hippo and Wnt on the Development and Fate Differentiation of Bovine Embryo
2024-Mar-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073912
PMID:38612721
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研究论文 | 本研究探讨了Hippo和Wnt信号通路激动剂LPA和抑制剂DKK1对牛胚胎体外发育的影响 | 研究首次揭示了LPA和DKK1在牛胚胎分化和胚胎妊娠建立中的作用，并通过单细胞RNA测序深入分析了其对胚胎发育的影响 | NA | 旨在提高辅助生殖技术的产出，通过调节Hippo和Wnt信号通路改善牛胚胎的体外发育 | 牛胚胎的体外发育及其细胞命运分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 1203个基因在对照组和LPA/DKK1处理组之间表现出差异表达 |
| 229 | 2024-08-07 |
Identification and validation of the clinical prediction model and biomarkers based on chromatin regulators in colon cancer by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data
2024-Mar-31, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-23-1886
PMID:38617504
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研究论文 | 本研究通过综合分析大量和单细胞RNA测序数据，在结肠癌中识别并验证基于染色质调控因子的临床预测模型和生物标志物 | 首次综合利用大量和单细胞RNA测序数据，构建基于染色质调控因子的结肠癌预后模型，并探讨其在免疫反应和药物敏感性中的作用 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；单细胞数据分析仅限于探索CRs在细胞中的表达及其相互作用 | 寻找可用于临床诊断和治疗的染色质调控因子，并探讨其作为关键CRs的原因 | 结肠癌中的染色质调控因子及其在临床诊断和治疗中的应用 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA测序 | LASSO-Cox回归模型 | RNA测序数据 | 32个与肿瘤相关的染色质调控因子 |
| 230 | 2024-08-04 |
Multi-Omics Profiling Reveals Phenotypic and Functional Heterogeneity of Neutrophils in COVID-19
2024-Mar-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073841
PMID:38612651
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研究论文 | 本研究探讨了COVID-19中中性粒细胞的表型和功能异质性 | 识别和验证了COVID-19中中性粒细胞的异质性，并分析了不同亚群的功能 | 关于中性粒细胞表型的可塑性及其在COVID-19发病机制中的相对影响尚未得到充分阐明 | 识别COVID-19中中性粒细胞的异质性，并评估其各亚群的功能 | 健康供体和COVID-19患者的中性粒细胞亚群 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | RNA-seq和蛋白质组数据 | 来自健康供体和COVID-19患者的多种样本 |
| 231 | 2024-08-04 |
Temporal Single-Cell Sequencing Analysis Reveals That GPNMB-Expressing Macrophages Potentiate Muscle Regeneration
2024-Mar-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4108866/v1
PMID:38585871
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研究论文 | 这篇文章揭示了GPNMB表达的巨噬细胞在肌肉再生中的作用 | 研究首次提供了伤后巨噬细胞转录组图谱，并强调了GPNMB巨噬细胞亚群在再生过程中的关键角色 | 对巨噬细胞亚群的异质性和功能转变的理解仍不够全面 | 研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性 | 特定时间点的骨骼肌 Injury 诱导后的单细胞RNA测序结果 | 数字病理学 | 肌肉损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 232 | 2024-08-04 |
Comprehensive Analysis of Lung Adenocarcinoma and Brain Metastasis through Integrated Single-Cell Transcriptomics
2024-Mar-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073779
PMID:38612588
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学分析肺腺癌及其脑转移的肿瘤微环境 | 探索了肺腺癌脑转移的肿瘤微环境特征及细胞间相互作用的具体机制 | 本研究仅使用公开数据集，可能存在数据偏倚或样本代表性的限制 | 深入理解肺腺癌脑转移的肿瘤微环境及其特性 | 肺腺癌脑转移（LUAD-BM）及其不同阶段的原发肿瘤 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用公开数据集中的多个样本，具体样本数量未提及 |
| 233 | 2024-08-04 |
SEGCECO: Subgraph Embedding of Gene expression matrix for prediction of CEll-cell COmmunication
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae160
PMID:38605638
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研究论文 | 本研究提出了一种名为SEGCECO的新方法，用于预测细胞间通信 | SEGCECO利用属性图卷积神经网络，从单细胞RNA-seq数据中预测细胞间通信，优于传统方法 | 高维和稀疏的单细胞RNA-seq数据使得将数据转化为图形格式变得困难，但我们通过SoptSC方法克服了这一限制 | 研究细胞间互动并提高对细胞通信的预测能力 | 来自人和小鼠胰腺组织的六个数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 属性图卷积神经网络 | 数据集 | 六个数据集 |
| 234 | 2024-08-04 |
stDiff: a diffusion model for imputing spatial transcriptomics through single-cell transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae171
PMID:38628114
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研究论文 | stDiff是一种通过单细胞转录组学增强空间转录组学的扩散模型 | stDiff利用单细胞RNA测序数据中的基因表达丰度关系，通过条件扩散模型来提升空间转录组学的表现 | 目前未提及具体的局限性 | 研究旨在提升空间转录组学的补全方法 | 研究对象为空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 扩散模型 | 条件扩散模型 | 转录组数据 | 16个数据集 |
| 235 | 2024-08-04 |
Attention-guided variational graph autoencoders reveal heterogeneity in spatial transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae173
PMID:38627939
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研究论文 | 本研究介绍了一种结合多头注意力块的变分图自编码器，用于揭示组织转录组中的异质性 | 提出了一种新颖的模型AttentionVGAE，通过整合切片图像、空间信息和基因表达，克服了传统方法中的局限 | 目前尚未解决的挑战是精确识别组织内的空间域 | 探索基因表达模式，以深入理解组织微环境中的功能 | 该研究对象为组织转录组和肿瘤异质性 | 数字病理学 | 肿瘤异质性 | 空间转录组技术 | 变分图自编码器 | 基因表达数据和切片图像 | NA |
| 236 | 2024-08-04 |
Hierarchal single-cell lineage tracing reveals differential fate commitment of CD8 T-cell clones in response to acute infection
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.21.586160
PMID:38585810
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA-seq和TCR-seq跟踪了急性病毒感染中内源性抗原特异性CD8 T细胞的命运承诺 | 本研究揭示了CD8 T细胞克隆在急性感染响应中表现出不同的命运承诺，并展示了具有不同TCR内在命运偏见的克隆的异质性 | 本研究未明确提到具体的局限性 | 阐明CD8 T细胞在急性感染中的分化过程和命运承诺 | 内源性抗原特异性CD8 T细胞及其克隆 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq, TCR-seq | CARLIN模型 | 基因组数据 | NA |
| 237 | 2024-08-07 |
Improving drug response prediction via integrating gene relationships with deep learning
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae153
PMID:38600666
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度学习的框架DIPK，通过自监督技术整合基因相互作用关系、基因表达谱和分子拓扑结构，以提高药物反应预测的准确性和鲁棒性 | DIPK框架能够整合多种有价值的信息，包括基因相互作用关系，从而在药物反应预测中表现出优于现有方法的性能 | NA | 提高癌症细胞系药物反应预测的准确性，以推进个性化癌症治疗 | 癌症细胞系的药物反应预测 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 238 | 2024-08-07 |
Topological and geometric analysis of cell states in single-cell transcriptomic data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae176
PMID:38632952
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGeom的工具，该工具通过分析细胞和基因网络的几何和拓扑结构，利用多尺度和多维结构来解析单细胞转录组数据的复杂高维结构 | scGeom工具通过分析细胞和基因网络的曲率和持久同调，揭示了单细胞转录组数据中的多尺度和多维结构 | NA | 开发一种新的计算工具，以更好地解析单细胞转录组数据中的细胞状态和类型 | 单细胞转录组数据中的细胞状态和类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 239 | 2024-08-07 |
Unveiling the Genetic Mechanism of Meat Color in Pigs through GWAS, Multi-Tissue, and Single-Cell Transcriptome Signatures Exploration
2024-Mar-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073682
PMID:38612491
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research paper | 本研究通过全基因组关联研究（GWAS）、多组织和单细胞转录组特征探索，揭示了猪肉颜色特性的遗传机制。 | 首次综合研究了猪肉颜色特性的遗传机制，并通过转录组关联研究（TWAS）分析了与肉色特性相关的候选基因表达。 | NA | 探索和分析猪肉颜色特性的遗传机制。 | 猪肉颜色特性及其遗传机制。 | NA | NA | GWAS, TWAS | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 涉及五个肉色特性和具有不同肉色特征的猪品种。 |
| 240 | 2024-08-04 |
PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns
2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.20.585926
PMID:38585819
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研究论文 | 本文提出PreTSA，一种高效的基因表达模式建模方法 | PreTSA在大规模单细胞和空间转录组数据中实现了计算效率显著提升 | NA | 研究大型数据集中基因表达模式 | 包括数百万个细胞的单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组数据 | 数百万个细胞 |