单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
221	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Ameliorative Effect of Oridonin on Septic Liver Injury 2024-03, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300542 PMID:38408269	研究论文	该文章主要研究了Oridonin对脓毒症肝损伤的改善作用及其机制	通过单细胞转录组学揭示Oridonin在脓毒症模型中的保护机制	实验主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探索Oridonin对脓毒症引起的生理变化的保护作用	脓毒症诱导的小鼠肝脏模型	数字病理学	脓毒症	单细胞转录组测序	NA	细胞数据	63,486个细胞
222	2024-08-04	Identification of Surface Markers and Functional Characterization of Myeloid Derived Suppressor Cell-Like Adherent Cells 2024-03, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300159 PMID:37986133	研究论文	本研究识别了髓源抑制细胞样附着细胞的基因特征及功能	本研究首次识别了特定的MLAC表面标记，为进一步研究这种细胞类型提供了重要工具	缺乏对MLAC特异性标记的了解在进一步特性化该细胞类型时造成限制	研究髓源抑制细胞样附着细胞在肿瘤微环境中的角色以及其特征	髓源抑制细胞样附着细胞的基因签名和功能特性	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	使用公共单细胞RNA-seq数据分析特定细胞群体
223	2024-08-05	Single-cell transcriptomic analysis reveals transcriptional and cell subpopulation differences between human and pig immune cells 2024-03, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-023-01456-9 PMID:37979077	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人类与猪免疫细胞之间的转录和细胞亚群差异	首次研究了人类和猪免疫细胞亚群之间的基因转录谱差异	样本量较小，仅包含两只猪和两位健康人类PBMCs	评估猪和人类之间基因转录的相似性和差异	研究对象为猪和人类的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	NA	10×基因组单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	2只猪和2位健康人类的PBMC
224	2024-08-04	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-Mar-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	本研究分析了系统性红斑狼疮患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	本研究揭示了系统性红斑狼疮患者在接种BNT162b2疫苗后存在明显的免疫反应缺陷	研究仅限于19名系统性红斑狼疮患者，样本量较小	了解系统性红斑狼疮患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	19名系统性红斑狼疮患者和56名健康对照志愿者	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	血液样本	19名系统性红斑狼疮患者，56名健康对照
225	2024-08-04	Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials 2024-Mar-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000866 PMID:38517078	review	本文回顾了数字病理学和空间组学在脂肪肝炎中的临床应用和发现潜力	文章创新点在于探讨了利用人工智能增强的数字病理学和空间组学方法，如何提高脂肪肝炎组织学解读的准确性	文章指出现有空间转录组学和蛋白组学技术的局限性，以及对这些工具和技术的知识空白	研究旨在探讨数字病理学与空间生物学的多模式整合对改善脂肪肝炎组织学解读的潜力	研究对象是肝病患者的组织样本，特别是与脂肪肝炎相关的组织切片	数字病理学	脂肪肝炎	数字病理学，空间转录组学，空间蛋白组学	人工智能算法，机器学习算法	图像，基因和蛋白表达数据	NA
226	2024-08-05	Integrated multiomics implicates dysregulation of ECM and cell adhesion pathways as drivers of severe COVID-associated kidney injury 2024-Mar-19, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.18.24304401 PMID:38562892	研究论文	本研究探讨了导致严重COVID相关肾损伤的机制，结合深度尿液蛋白组学和机器学习进行分析	通过整合多种组学数据，揭示了细胞外基质及细胞黏附通路在严重COVID肾损伤中的独特影响	研究样本及机制分析的复杂性可能限制了结果的普遍适用性	旨在理解严重COVID相关肾损伤的机制	住院COVID-19患者的尿液样本与肾小管细胞	数字病理学	COVID-19	深度蛋白组学, 单细胞RNA测序	随机森林算法	尿液蛋白质, 血浆蛋白质, 单细胞RNA测序	多个中心住院COVID-19患者的尿液样本
227	2024-08-05	Long noncoding RNA Malat1 protects against osteoporosis and bone metastasis 2024-Mar-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46602-3 PMID:38493144	研究论文	本研究发现长链非编码RNA Malat1在骨质疏松和骨转移中的保护作用	本研究首次揭示了MALAT1在骨吸收过程中的关键调控角色及其对骨质疏松和肿瘤骨转移的保护机制	本研究主要基于小鼠模型，临床应用性尚需进一步验证	探讨MALAT1在生理和病理过程中对骨质疏松及骨转移的影响	研究了MALAT1缺失对小鼠骨质疏松和黑色素瘤及乳腺肿瘤细胞骨转移的影响	数字病理学	骨质疏松	单细胞转录组分析	小鼠模型	临床骨样本	NA
228	2024-08-05	A Single-Cell Transcriptome of Bovine Milk Somatic Cells 2024-03-10, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15030349 PMID:38540408	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析牛奶中细胞，探讨乳腺的生物学特性	首次在单细胞水平上分析了高产乳牛的牛奶转录组	研究仅使用了两只荷斯坦奶牛的样本，结果的普遍适用性可能有限	探索牛奶产生过程中的细胞级机制	来自两只荷斯坦奶牛的乳液样本	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	2只牛的乳液样本，获得9313和14544个细胞
229	2024-08-04	Mapping the Cellular Biogeography of Human Bone Marrow Niches Using Single-Cell Transcriptomics and Proteomic Imaging 2024-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.14.585083 PMID:38559168	研究论文	本文使用单细胞转录组学和蛋白质组成像绘制了人类骨髓微环境的细胞生物地理学	首次全面构建了人类骨髓的空间分辨多组学图谱	研究主要集中于较小的样本量，可能无法代表所有人群	探索人类骨髓中非造血细胞的空间组织及其功能	29,325个富集的非造血骨髓细胞及18例个体的样品	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 和CO-检测通过索引 (CODEX) 多重成像	NA	图像和转录组数据	29,325个非造血骨髓细胞和18个个体样本
230	2024-08-05	Gene-expression memory-based prediction of cell lineages from scRNA-seq datasets 2024-Mar-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47158-y PMID:38553478	研究论文	该文章介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，用于从scRNA-seq数据集中识别细胞谱系	GEMLI能够从缺乏谱系信息的scRNA-seq数据中可靠地识别小到中型细胞谱系，并重建多细胞结构	该方法在技术上复杂，通常受限于时间分辨率	研究细胞分化过程中的遗传信息传递	人类乳腺癌活检样本中的细胞谱系	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	人类乳腺癌活检样本
231	2024-08-05	Endocrine islet β-cell subtypes with differential function are derived from biochemically distinct embryonic endocrine islet progenitors that are regulated by maternal nutrients 2024-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946483/v1 PMID:38496675	研究论文	这篇文章探讨了内分泌岛β细胞亚型的起源及其功能差异	本研究首次展示了胚胎内分泌岛前体的生化特性如何导致不同功能的β细胞亚型产生	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全概括人类的情况	旨在揭示β细胞亚型的产生机制及其与糖尿病的关联	研究对象为小鼠胚胎内分泌岛前体细胞及其衍生的β细胞亚型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序和DNA甲基化分析	组合细胞谱系追踪	基因表达数据	多个小鼠胚胎的内分泌岛前体细胞
232	2024-08-04	Navigating the landscapes of spatial transcriptomics: How computational methods guide the way 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1839 PMID:38527900	综述	本文综述了空间转录组数据挖掘的当前计算方法	提出了对现有分析理论和工具的更新和改革建议，以应对新的实验技术	数据分析和生物学见解生成的困难尚未完全解决	探讨空间转录组研究中的计算方法	空间转录组数据及其挖掘方法	计算生物学	NA	NA	NA	空间转录组数据	NA
233	2024-08-04	Spatial analysis toolkits for RNA in situ sequencing 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1842 PMID:38605484	综述	本文介绍了RNA原位测序（ISS）的生物信息学工具包及其数据分析流程	提出了适用于ISS数据分析的先进生物信息学工具，并详细审查了每种工具的应用及其与ISS数据的兼容性	未提及具体的实验实例支持工具的有效性	帮助研究者选择合适的工具以进行ISS数据分析	RNA原位测序（ISS）和相关数据分析工具	数字病理学	NA	原位测序（ISS）	NA	图像数据	NA
234	2024-08-04	MEF2C Hypofunction in GABAergic Cells Alters Sociability and Prefrontal Cortex Inhibitory Synaptic Transmission in a Sex-Dependent Manner 2024-Mar, Biological psychiatry global open science DOI:10.1016/j.bpsgos.2024.100289 PMID:38390348	研究论文	本研究探讨了MEF2C在GABA能细胞中的低功能对社交性和前额叶皮层抑制突触传递的影响，并呈现性别差异。	首次揭示了MEF2C在发育GABA能细胞中的低功能导致的性别特异性社交偏好缺陷和行为改变。	只在小鼠模型中进行研究，可能无法完全反映人类的情况。	研究MEF2C在GABA能细胞中的低功能如何影响社交行为及前额叶皮层的突触传递。	以小鼠为研究对象，聚焦于MEF2C低功能对GABA能细胞的影响。	神经科学	自闭症谱系障碍	电生理、单细胞转录组学、光遗传学	小鼠模型	基因表达数据、脑电图数据	使用了多个小鼠样本，具体样本数量未提及
235	2024-08-05	scX: A user-friendly tool for scRNA-seq exploration 2024-Mar-07, ArXiv PMID:37961742	研究论文	本论文介绍了scX，一个基于Shiny框架的R包，用于简化单细胞RNA测序的数据分析和可视化	scX提供了一个用户友好的互动图形界面，使用户能够轻松访问关键的scRNA-seq分析	需要熟练的专业知识来处理和解释数据	研究旨在简化单细胞RNA测序实验的数据分析和可视化	单细胞RNA测序实验的数据	数字病理学	NA	NA	NA	数据集	NA
236	2024-08-05	A distinct tumor microenvironment makes anaplastic thyroid cancer more lethal but immunotherapy sensitive than papillary thyroid cancer 2024-Mar-07, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173712 PMID:38478516	研究论文	本文探讨了非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响	研究首次构建了甲状腺癌的单细胞图谱，并发现CXCL13+ T细胞在非分化甲状腺癌样本中的富集	缺乏对不同治疗方案长时间观察的临床数据	探究非分化甲状腺癌与乳头状甲状腺癌之间的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响	主要研究对象为非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	涉及的样本包括非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌样本，但具体样本数未列出
237	2024-08-05	Targeting HIV persistence in the tissue 2024-03-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000836 PMID:38169333	研究论文	该文章探讨了针对HIV在组织中的持存现象的挑战和新策略。	文章提出了针对HIV持存的组织特定疗法，强调微环境的重要性以及使用新工具获得的详细信息。	未提及具体的实验数据或临床试验结果来支持所提出的策略。	研究HIV组织储存的复杂性及其消除策略。	HIV感染者组织中的HIV储存及相关细胞。	数字病理学	HIV/AIDS	单细胞RNA测序，CRISPR筛选，mRNA技术，组织类器官	NA	组织样本	NA
238	2024-08-05	Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae180 PMID:38653489	研究论文	该研究介绍了一种名为scGATE的新计算工具，用于推断特定细胞类型或状态的转录因子与基因之间的调控关系	scGATE通过使用贝叶斯框架推断布尔规则，无需为每个布尔规则单独进行公式和可能性计算，从而显著减少了时间复杂度	NA	推断特定细胞类型或状态的基因调控网络	转录因子与基因的相互作用网络	数字病理学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	使用小鼠组织和人血的合成及真实单细胞数据
239	2024-08-05	Investigation of cellular communication and signaling pathways in tumor microenvironment for high TP53-expressing osteosarcoma cells through single-cell RNA sequencing 2024-Mar-25, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-024-02318-4 PMID:38526643	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨高TP53表达骨肉瘤细胞在肿瘤微环境中的细胞间通信和信号通路	探究了高TP53表达骨肉瘤细胞与肿瘤微环境内相邻细胞类型之间的细胞间动态，识别了重要的信号通路	对细胞间通信网络的理解仍需更深入的研究	阐明骨肉瘤TME内细胞间通信网络的复杂性	高TP53表达骨肉瘤细胞及其周围的巨噬细胞、单核细胞、内皮细胞和PVLs	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA
240	2024-08-04	Casp11 Deficiency Alters Subgingival Microbiota and Attenuates Periodontitis 2024-03, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231221712 PMID:38197150	研究论文	本研究探讨了Caspase-11介导的非经典焦亡、亚龈微生物群变化与巨噬细胞极化之间的相互作用	揭示了Caspase-11在牙周炎病理生理过程中的关键作用，并强调其对亚龈微生物群和巨噬细胞M1极化的影响	具体机制尚不清楚，需进一步研究以验证这些发现	探讨Caspase-11缺失对亚龈微生物群及牙周炎的影响	牙周炎患者的临床样本以及实验性牙周炎小鼠模型	数字病理学	牙周炎	单细胞测序	小鼠模型	临床样本	牙周炎患者的临床样本及实验性小鼠模型