单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 540 篇文献，本页显示第 201 - 220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-08-04 |
MEF2C Hypofunction in GABAergic Cells Alters Sociability and Prefrontal Cortex Inhibitory Synaptic Transmission in a Sex-Dependent Manner
2024-Mar, Biological psychiatry global open science
DOI:10.1016/j.bpsgos.2024.100289
PMID:38390348
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研究论文 | 本研究探讨了MEF2C在GABA能细胞中的低功能对社交性和前额叶皮层抑制突触传递的影响，并呈现性别差异。 | 首次揭示了MEF2C在发育GABA能细胞中的低功能导致的性别特异性社交偏好缺陷和行为改变。 | 只在小鼠模型中进行研究，可能无法完全反映人类的情况。 | 研究MEF2C在GABA能细胞中的低功能如何影响社交行为及前额叶皮层的突触传递。 | 以小鼠为研究对象，聚焦于MEF2C低功能对GABA能细胞的影响。 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 电生理、单细胞转录组学、光遗传学 | 小鼠模型 | 基因表达数据、脑电图数据 | 使用了多个小鼠样本，具体样本数量未提及 |
| 202 | 2024-08-05 |
scX: A user-friendly tool for scRNA-seq exploration
2024-Mar-07, ArXiv
PMID:37961742
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研究论文 | 本论文介绍了scX，一个基于Shiny框架的R包，用于简化单细胞RNA测序的数据分析和可视化 | scX提供了一个用户友好的互动图形界面，使用户能够轻松访问关键的scRNA-seq分析 | 需要熟练的专业知识来处理和解释数据 | 研究旨在简化单细胞RNA测序实验的数据分析和可视化 | 单细胞RNA测序实验的数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据集 | NA |
| 203 | 2024-08-05 |
A distinct tumor microenvironment makes anaplastic thyroid cancer more lethal but immunotherapy sensitive than papillary thyroid cancer
2024-Mar-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173712
PMID:38478516
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研究论文 | 本文探讨了非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响 | 研究首次构建了甲状腺癌的单细胞图谱，并发现CXCL13+ T细胞在非分化甲状腺癌样本中的富集 | 缺乏对不同治疗方案长时间观察的临床数据 | 探究非分化甲状腺癌与乳头状甲状腺癌之间的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响 | 主要研究对象为非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 涉及的样本包括非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌样本，但具体样本数未列出 |
| 204 | 2024-08-05 |
Targeting HIV persistence in the tissue
2024-03-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000836
PMID:38169333
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研究论文 | 该文章探讨了针对HIV在组织中的持存现象的挑战和新策略。 | 文章提出了针对HIV持存的组织特定疗法，强调微环境的重要性以及使用新工具获得的详细信息。 | 未提及具体的实验数据或临床试验结果来支持所提出的策略。 | 研究HIV组织储存的复杂性及其消除策略。 | HIV感染者组织中的HIV储存及相关细胞。 | 数字病理学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选，mRNA技术，组织类器官 | NA | 组织样本 | NA |
| 205 | 2024-08-05 |
Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae180
PMID:38653489
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研究论文 | 该研究介绍了一种名为scGATE的新计算工具，用于推断特定细胞类型或状态的转录因子与基因之间的调控关系 | scGATE通过使用贝叶斯框架推断布尔规则，无需为每个布尔规则单独进行公式和可能性计算，从而显著减少了时间复杂度 | NA | 推断特定细胞类型或状态的基因调控网络 | 转录因子与基因的相互作用网络 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞多组学数据 | 使用小鼠组织和人血的合成及真实单细胞数据 |
| 206 | 2024-08-05 |
Investigation of cellular communication and signaling pathways in tumor microenvironment for high TP53-expressing osteosarcoma cells through single-cell RNA sequencing
2024-Mar-25, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-024-02318-4
PMID:38526643
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨高TP53表达骨肉瘤细胞在肿瘤微环境中的细胞间通信和信号通路 | 探究了高TP53表达骨肉瘤细胞与肿瘤微环境内相邻细胞类型之间的细胞间动态，识别了重要的信号通路 | 对细胞间通信网络的理解仍需更深入的研究 | 阐明骨肉瘤TME内细胞间通信网络的复杂性 | 高TP53表达骨肉瘤细胞及其周围的巨噬细胞、单核细胞、内皮细胞和PVLs | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 207 | 2024-08-04 |
Casp11 Deficiency Alters Subgingival Microbiota and Attenuates Periodontitis
2024-03, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345231221712
PMID:38197150
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研究论文 | 本研究探讨了Caspase-11介导的非经典焦亡、亚龈微生物群变化与巨噬细胞极化之间的相互作用 | 揭示了Caspase-11在牙周炎病理生理过程中的关键作用，并强调其对亚龈微生物群和巨噬细胞M1极化的影响 | 具体机制尚不清楚，需进一步研究以验证这些发现 | 探讨Caspase-11缺失对亚龈微生物群及牙周炎的影响 | 牙周炎患者的临床样本以及实验性牙周炎小鼠模型 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 临床样本 | 牙周炎患者的临床样本及实验性小鼠模型 |
| 208 | 2024-08-05 |
Tumor-infiltrating monocytic myeloid-derived suppressor cells contribute to the development of an immunosuppressive tumor microenvironment in gastric cancer
2024-03, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association
IF:6.0Q1
DOI:10.1007/s10120-023-01456-4
PMID:38217732
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研究论文 | 本研究探讨了不同免疫抑制细胞在胃癌免疫微环境发展中的作用 | 识别了肿瘤浸润的单核细胞来源抑制性细胞在胃癌免疫抑制微环境中的关键作用，尤其是IER3+ M-MDSCs | 研究主要集中于未治疗或对免疫检查点抑制剂(Ici)有抵抗性的胃癌患者的样本 | 探讨不同免疫抑制细胞类型在胃癌免疫微环境中的作用 | 未治疗或对免疫检查点抑制剂抵抗的胃癌患者的样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和多重免疫染色 | NA | 基因表达数据 | 未处理或免疫检查点抑制剂抵抗的胃癌患者样本 |
| 209 | 2024-08-04 |
Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae233
PMID:38770716
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研究论文 | 本文介绍了一种名为EMOGEA的RNA-seq数据分析框架，能够处理时间序列测量的基因表达数据 | 该框架综合考虑了测量不确定性，适用于低计数转录本的数据分析，有助于提取基因表达的动态特征 | 本文未提到具体的局限性 | 改善对动态现象中基因调控的理解，尤其是在肿瘤进展和药物反应过程中 | 主要涉及RNA-seq数据，特别是低计数转录本 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 时间序列数据 | 使用了斑马鱼胚胎和小鼠早期植入的实验数据进行验证 |
| 210 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs)
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae230
PMID:38739758
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞中的早期神经发育相关生物标志物及其调控网络 | 该文章揭示了539个差异表达基因及其在早期人脑发育中的功能角色，并构建了基因调控网络 | 研究中所使用的样本主要来自体外分化的胚胎干细胞，可能无法完全代表完整的生物体内发育过程 | 识别早期神经发育中的差异表达基因及其分子机制 | 人类胚胎干细胞在不同发育阶段的差异表达基因 | 数字病理学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 在hESC分化为神经元的体外实验中，共分析了26天（D26）和54天（D54）时的样本 |
| 211 | 2024-08-05 |
Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893
PMID:38416649
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研究论文 | 本文介绍了一种针对人类和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序的协议 | 该研究开发了一种新的工作流程，可以高效处理和标记单个脂肪组织样本的细胞核 | 单细胞RNA测序受到脂肪细胞大小和脆弱性以及商业试剂盒成本的限制 | 提出一种新的脂肪组织样本处理方法以提高测序效率 | 人类和小鼠的脂肪组织样本 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 212 | 2024-08-05 |
Terminally differentiated cytotoxic CD4+ T cells were clonally expanded in the brain lesion of radiation-induced brain injury
2024-03, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14682
PMID:38499993
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研究论文 | 本研究调查了放射性脑损伤中细胞毒性CD4+ T细胞的存在及其潜在作用 | 首次描述了放射性脑损伤病变中克隆扩增的CD4+ CTL亚群 | 样本规模仅限于四名RIBI患者，可能影响结果的普遍性 | 旨在更全面地理解放射性脑损伤中适应性免疫的作用 | 重点研究放射性脑损伤(RIBI)患者的细胞毒性CD4+ T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞数据 | 3934个CD4+ T细胞来自四名RIBI患者 |
| 213 | 2024-08-04 |
Tumoral and stromal hMENA isoforms impact tertiary lymphoid structure localization in lung cancer and predict immune checkpoint blockade response in patients with cancer
2024-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105003
PMID:38340557
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞中的hMENA亚型与三次淋巴结构（TLS）的关系及其对肺癌患者结果的影响 | 发现hMENA的选择性剪接是TLS相关肿瘤免疫微环境的重要未探索因素，且hMENA亚型可作为临床结果和ICB响应的潜在生物标志物 | 研究主要基于回顾性观察，可能存在样本选择偏倚 | 本研究旨在了解hMENA亚型如何影响肺癌的三次淋巴结构及其与免疫检查点抑制剂反应的关系 | 研究对象为非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序，免疫组化，空间转录组学 | NA | 组织样本，转录组数据 | N0 NSCLC患者的手术切除组织 |
| 214 | 2024-08-04 |
Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae202
PMID:38706319
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研究论文 | 本文提出了一种新方法IGAN，以推测细胞间通信及其上游/下游路径 | 首次能够估计两个特定单一空间相邻细胞之间的基因关联/网络 | 尚未说明此方法在多细胞系统中的应用限制 | 探索细胞间通信的机制和其相关的基因程序 | 针对单个相邻细胞的细胞间通信模式进行研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 公共数据集 | 多个人类细胞类型的数据集 |
| 215 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae209
PMID:38706317
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研究论文 | 本研究提出了一种双层特征传播的单细胞RNA测序数据插补方法，旨在解决技术噪声和稀疏性问题 | 提出了双层特征传播（scBFP）方法，通过两步图形基础的特征传播，改善了单细胞RNA测序数据的插补和去噪效果 | 方法可能在特定的复杂情况下仍然受到噪声传播的影响 | 本研究的目标是提高单细胞RNA测序数据处理的准确性和有效性 | 研究对象为单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 图形基础模型 | 基因表达数据 | 大量单细胞RNA样本 |
| 216 | 2024-08-04 |
AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae207
PMID:38701411
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研究论文 | 本文利用基于转录组数据的人工智能方法识别强效的诱导乳腺癌干细胞分化的小分子。 | 创新之处在于采用对抗学习方法解决不同数据域的适应性问题，从而有效识别和消除域特定偏差。 | 实验验证仅在MDA-MB-231和MCF7细胞中进行，样本可能存在局限性。 | 研究旨在寻找能够诱导乳腺癌干细胞分化的小分子。 | 研究对象为乳腺癌干细胞及其分化过程中的小分子。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-Seq | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 六个小分子在MDA-MB-231和MCF7细胞中进行检验 |
| 217 | 2024-08-05 |
scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae203
PMID:38701413
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研究论文 | 提出了一种高阶元素加权集成聚类方法scEWE，以分析单细胞RNA测序数据中的异质性 | 开发了一个基于高阶元素加权策略的自我代表性集成学习框架，优化了对个体细胞的聚类权重分配 | 针对特定数据集的性能验证，可能不适用于所有类型的单细胞RNA-seq数据 | 提高单细胞RNA测序数据的异质性分析性能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 计算机视觉 | NA | RNA-seq | 集成学习 | 单细胞RNA-seq数据 | NA |
| 218 | 2024-08-04 |
Molecular mechanisms underlying the therapeutic effects of Linggui Zhugan decoction in stroke: Insights from network pharmacology and single-cell transcriptomics analysis
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037482
PMID:38552092
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研究论文 | 本研究探讨了灵桂治肝汤在中风治疗中的作用机制 | 首次结合网络药理学和单细胞转录组分析揭示灵桂治肝汤的关键成分、靶点和通路 | 尚未完全阐明其疗效的具体分子机制 | 研究灵桂治肝汤在中风治疗中的分子机制 | 主要研究灵桂治肝汤的活性成分及其靶点 | 数字病理学 | 中风 | 网络药理学和单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据 | 144个潜在靶点与2035个中风相关基因的交集分析 |
| 219 | 2024-08-04 |
Mechanistic insights into FEN1-mediated drug sensitivity and risk signature in colon cancer: An integrative bioinformatics study
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037517
PMID:38552056
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研究论文 | 本研究探讨了FEN1在结肠癌中的表达及其与临床病理和预后的关系 | 提出了一个由FEN1导出的多基因预后风险标志，并揭示了FEN1表达水平与结肠癌转移潜力及药物敏感性之间的相互作用 | FEN1表达与预后的明显相关性未能得到确认 | 深入探讨FEN1在结肠癌中的作用，尤其是在药物敏感性和预后方面 | 结肠癌患者的FEN1表达及其与转移的关系 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序，基因集富集分析，Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus的多个数据集 |
| 220 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals comprehensive microenvironment and highlights the dysfuntional state of NK cells in endometrioid carcinoma
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037555
PMID:38552055
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了子宫内膜样癌（EEC）中的肿瘤微环境，重点是自然杀伤（NK）细胞的功能异常状态 | 发现了一种CD56dim_DNAJB1 NK细胞亚群，其具有低细胞毒性和高压力水平，显示出NK细胞在肿瘤微环境中的功能失调 | NA | 更好地理解EEC中的肿瘤微环境的多样性 | 21个样本，包括16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织，特别关注肿瘤浸润的NK细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 样本 | 21个样本（16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织） |