单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-08-07	Identification and validation of the clinical prediction model and biomarkers based on chromatin regulators in colon cancer by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data 2024-Mar-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1886 PMID:38617504	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞RNA测序数据，在结肠癌中识别并验证基于染色质调控因子的临床预测模型和生物标志物	首次综合利用大量和单细胞RNA测序数据，构建基于染色质调控因子的结肠癌预后模型，并探讨其在免疫反应和药物敏感性中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在样本选择偏倚；单细胞数据分析仅限于探索CRs在细胞中的表达及其相互作用	寻找可用于临床诊断和治疗的染色质调控因子，并探讨其作为关键CRs的原因	结肠癌中的染色质调控因子及其在临床诊断和治疗中的应用	数字病理学	结肠癌	RNA测序	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	32个与肿瘤相关的染色质调控因子
202	2024-08-04	Multi-Omics Profiling Reveals Phenotypic and Functional Heterogeneity of Neutrophils in COVID-19 2024-Mar-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073841 PMID:38612651	研究论文	本研究探讨了COVID-19中中性粒细胞的表型和功能异质性	识别和验证了COVID-19中中性粒细胞的异质性，并分析了不同亚群的功能	关于中性粒细胞表型的可塑性及其在COVID-19发病机制中的相对影响尚未得到充分阐明	识别COVID-19中中性粒细胞的异质性，并评估其各亚群的功能	健康供体和COVID-19患者的中性粒细胞亚群	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	RNA-seq和蛋白质组数据	来自健康供体和COVID-19患者的多种样本
203	2024-08-04	Temporal Single-Cell Sequencing Analysis Reveals That GPNMB-Expressing Macrophages Potentiate Muscle Regeneration 2024-Mar-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4108866/v1 PMID:38585871	研究论文	这篇文章揭示了GPNMB表达的巨噬细胞在肌肉再生中的作用	研究首次提供了伤后巨噬细胞转录组图谱，并强调了GPNMB巨噬细胞亚群在再生过程中的关键角色	对巨噬细胞亚群的异质性和功能转变的理解仍不够全面	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的作用及其表型多样性	特定时间点的骨骼肌 Injury 诱导后的单细胞RNA测序结果	数字病理学	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
204	2024-08-04	Comprehensive Analysis of Lung Adenocarcinoma and Brain Metastasis through Integrated Single-Cell Transcriptomics 2024-Mar-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073779 PMID:38612588	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学分析肺腺癌及其脑转移的肿瘤微环境	探索了肺腺癌脑转移的肿瘤微环境特征及细胞间相互作用的具体机制	本研究仅使用公开数据集，可能存在数据偏倚或样本代表性的限制	深入理解肺腺癌脑转移的肿瘤微环境及其特性	肺腺癌脑转移（LUAD-BM）及其不同阶段的原发肿瘤	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用公开数据集中的多个样本，具体样本数量未提及
205	2024-08-04	SEGCECO: Subgraph Embedding of Gene expression matrix for prediction of CEll-cell COmmunication 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae160 PMID:38605638	研究论文	本研究提出了一种名为SEGCECO的新方法，用于预测细胞间通信	SEGCECO利用属性图卷积神经网络，从单细胞RNA-seq数据中预测细胞间通信，优于传统方法	高维和稀疏的单细胞RNA-seq数据使得将数据转化为图形格式变得困难，但我们通过SoptSC方法克服了这一限制	研究细胞间互动并提高对细胞通信的预测能力	来自人和小鼠胰腺组织的六个数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	属性图卷积神经网络	数据集	六个数据集
206	2024-08-04	stDiff: a diffusion model for imputing spatial transcriptomics through single-cell transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae171 PMID:38628114	研究论文	stDiff是一种通过单细胞转录组学增强空间转录组学的扩散模型	stDiff利用单细胞RNA测序数据中的基因表达丰度关系，通过条件扩散模型来提升空间转录组学的表现	目前未提及具体的局限性	研究旨在提升空间转录组学的补全方法	研究对象为空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	扩散模型	条件扩散模型	转录组数据	16个数据集
207	2024-08-04	Attention-guided variational graph autoencoders reveal heterogeneity in spatial transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae173 PMID:38627939	研究论文	本研究介绍了一种结合多头注意力块的变分图自编码器，用于揭示组织转录组中的异质性	提出了一种新颖的模型AttentionVGAE，通过整合切片图像、空间信息和基因表达，克服了传统方法中的局限	目前尚未解决的挑战是精确识别组织内的空间域	探索基因表达模式，以深入理解组织微环境中的功能	该研究对象为组织转录组和肿瘤异质性	数字病理学	肿瘤异质性	空间转录组技术	变分图自编码器	基因表达数据和切片图像	NA
208	2024-08-04	Hierarchal single-cell lineage tracing reveals differential fate commitment of CD8 T-cell clones in response to acute infection 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.21.586160 PMID:38585810	研究论文	本研究使用单细胞RNA-seq和TCR-seq跟踪了急性病毒感染中内源性抗原特异性CD8 T细胞的命运承诺	本研究揭示了CD8 T细胞克隆在急性感染响应中表现出不同的命运承诺，并展示了具有不同TCR内在命运偏见的克隆的异质性	本研究未明确提到具体的局限性	阐明CD8 T细胞在急性感染中的分化过程和命运承诺	内源性抗原特异性CD8 T细胞及其克隆	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq, TCR-seq	CARLIN模型	基因组数据	NA
209	2024-08-07	Transcript-specific enrichment enables profiling rare cell states via scRNA-seq 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.27.587039 PMID:38586040	研究论文	本文介绍了一种名为PERFF-seq的新技术，通过RNA Flow-FISH与测序结合，实现了对复杂细胞混合物中特定RNA转录本存在与否定义的亚群进行scRNA-seq分析	PERFF-seq技术能够克服传统流式分选的限制，无需细胞表面标记和高保真抗体，即可对稀有细胞状态进行富集和分析	NA	开发一种新的技术方法，用于对稀有细胞状态进行scRNA-seq分析	免疫细胞群和脑组织中的细胞核	单细胞基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	免疫细胞群（141,227个细胞）和脑组织（29,522个细胞核）
210	2024-08-07	Improving drug response prediction via integrating gene relationships with deep learning 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae153 PMID:38600666	研究论文	本研究提出了一种基于深度学习的框架DIPK，通过自监督技术整合基因相互作用关系、基因表达谱和分子拓扑结构，以提高药物反应预测的准确性和鲁棒性	DIPK框架能够整合多种有价值的信息，包括基因相互作用关系，从而在药物反应预测中表现出优于现有方法的性能	NA	提高癌症细胞系药物反应预测的准确性，以推进个性化癌症治疗	癌症细胞系的药物反应预测	机器学习	NA	深度学习	深度神经网络	基因表达数据	NA
211	2024-08-07	Topological and geometric analysis of cell states in single-cell transcriptomic data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae176 PMID:38632952	研究论文	本文介绍了一种名为scGeom的工具，该工具通过分析细胞和基因网络的几何和拓扑结构，利用多尺度和多维结构来解析单细胞转录组数据的复杂高维结构	scGeom工具通过分析细胞和基因网络的曲率和持久同调，揭示了单细胞转录组数据中的多尺度和多维结构	NA	开发一种新的计算工具，以更好地解析单细胞转录组数据中的细胞状态和类型	单细胞转录组数据中的细胞状态和类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
212	2024-08-07	Unveiling the Genetic Mechanism of Meat Color in Pigs through GWAS, Multi-Tissue, and Single-Cell Transcriptome Signatures Exploration 2024-Mar-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25073682 PMID:38612491	research paper	本研究通过全基因组关联研究（GWAS）、多组织和单细胞转录组特征探索，揭示了猪肉颜色特性的遗传机制。	首次综合研究了猪肉颜色特性的遗传机制，并通过转录组关联研究（TWAS）分析了与肉色特性相关的候选基因表达。	NA	探索和分析猪肉颜色特性的遗传机制。	猪肉颜色特性及其遗传机制。	NA	NA	GWAS, TWAS	NA	基因组数据, 转录组数据	涉及五个肉色特性和具有不同肉色特征的猪品种。
213	2024-08-04	PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.20.585926 PMID:38585819	研究论文	本文提出PreTSA，一种高效的基因表达模式建模方法	PreTSA在大规模单细胞和空间转录组数据中实现了计算效率显著提升	NA	研究大型数据集中基因表达模式	包括数百万个细胞的单细胞和空间转录组数据	数字病理学	NA	转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	数百万个细胞
214	2024-08-04	Molecular architecture of primate specific neural circuit formation 2024-Mar-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4082064/v1 PMID:38562839	研究论文	本研究分析了豚鼠皮层发育过程中的基因表达动态，揭示了灵长类特有神经回路形成的分子机制	首次应用空间转录组学技术识别灵长类发展中的轴突引导分子，并发现其在皮层不同区域具有独特的时空表达模式	研究仅限于豚鼠皮层，可能无法完全代表其他灵长类或人类的大脑发育机制	旨在理解灵长类特定神经回路形成的分子机制	豚鼠皮层发育过程中的基因表达变化	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及，但关注了豚鼠皮层的多个关键区域和时间点
215	2024-08-04	[High expression of UBE2S promotes progression of hepatocellular carcinoma by increasing cancer cell stemness] 2024-Mar-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2024.03.06 PMID:38597436	研究论文	本研究调查了UBE2S在肝细胞癌微环境中不同细胞类型的表达及其对HCC细胞增殖和干性影响	揭示了UBE2S在肝细胞癌细胞干性中的重要作用，并首次在HCC微环境中展示了其与T细胞的高表达相关性和不良预后	未能详细探讨UBE2S在其他癌症类型中的作用以及其潜在的分子机制	深入研究UBE2S在肝细胞癌中的表达及其生物学功能	主要针对肝细胞癌细胞和微环境中的T细胞进行研究	数字病理	肝癌	免疫组化，免疫荧光染色，单细胞测序	NA	临床样本数据，单细胞数据	基于TCGA和CPTAC数据库的多组肝细胞癌样本，具体样本量未提供
216	2024-08-07	Application of Single Cell Gene Expression Technologies to Neurotoxicology 2024-Mar, Current opinion in toxicology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.cotox.2023.100458 PMID:38617035	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序技术在神经毒理学研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术，可以测量单个细胞的转录组，有助于验证和表征多细胞类型样本中的细胞类型，并理解不同细胞类型对毒性刺激的响应	需要进一步研究以将毒理学数据转化为对人类健康的具体影响，并理解物种间的差异	探索单细胞RNA测序技术在神经毒理学中的应用，以更好地理解神经毒性机制	研究不同神经细胞类型对毒性刺激的特异性反应和选择性脆弱性	基因表达技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
217	2024-08-07	Hapln1 promotes dedifferentiation and proliferation of iPSC-derived cardiomyocytes by promoting versican-based GDF11 trapping 2024-Mar, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2023.09.013 PMID:38618242	研究论文	本研究探讨了Hapln1在诱导多能干细胞（iPSC）衍生的心肌细胞去分化和增殖中的潜在调控作用及其在心肌梗死治疗中的价值	首次揭示了Hapln1通过促进基于versican的GDF11捕获，进而激活TGF-β/SMAD2/3信号通路，刺激iPSC衍生心肌细胞的去分化和增殖	研究主要基于体外细胞实验和成年小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探索Hapln1在心肌细胞去分化和增殖中的调控作用及其在心肌梗死治疗中的潜在价值	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞（hiPSC-CMs）和成年小鼠心肌梗死模型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了hiPSC-CMs和成年小鼠心肌梗死模型
218	2024-08-04	Single-cell transcriptomics of the human parasite Schistosoma mansoni first intra-molluscan stage reveals tentative tegumental and stem-cell regulators 2024-03-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55790-3 PMID:38472267	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人类寄生虫血吸虫在第一内螺旋阶段的潜在皮层和干细胞调控因子	首次使用单细胞转录组技术分析血吸虫的内螺旋阶段，识别并验证了多个细胞群体及其生物学过程	内螺旋阶段的细胞和分子机制仍然理解不足	探讨血吸虫在内螺旋阶段的发育机制	血吸虫S. mansoni的母体孢子囊单细胞	数字病理学	NA	10X Genomics Chromium平台	NA	单细胞转录组数据	NA
219	2024-08-07	Identification of SARS-CoV-2-specific T cell and its receptor 2024-03-27, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01537-6 PMID:38539271	研究论文	本研究开发了一种机器学习模型，能够基于TCR序列特征区分COVID-19患者和健康个体，并识别了与SARS-CoV-2特异性T细胞及其受体相关的TCR库	首次精确识别了疫苗诱导的SARS-CoV-2特异性TCR和T细胞免疫机制，并展示了这些T细胞的高细胞毒性和延长生存期	NA	识别SARS-CoV-2特异性T细胞及其受体，为开发有效的免疫策略提供理论基础	SARS-CoV-2特异性T细胞和TCR，以及疫苗诱导的细胞免疫	机器学习	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫库测序（IR-seq），流式细胞术	机器学习模型	TCR序列	HLA-A*02疫苗接种个体
220	2024-08-04	Identification of TMZ resistance-associated histone post-translational modifications in glioblastoma using multi-omics data 2024-03, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.14649 PMID:38448295	研究论文	本文探讨了在多组学数据中识别与 TMZ 耐药性相关的组蛋白翻译后修饰。	研究发现 H3K9ac 可能通过促进 SP1 转录因子的招募来增强 MGMT 转录，从而驱动 GBM 耐药性。	本研究主要分析了 TMZ 处理的少量 GBM 细胞系，可能缺乏临床样本的充分代表性。	探讨 GBM 耐药性机制，特别是与组蛋白翻译后修饰相关的机制。	建立了两个 TMZ 耐药的 GBM 细胞系，并分析了其转录组序列。	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组测序	NA	多组学数据	建立了两个 TMZ 耐药的 GBM 细胞系