单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-05	Single cell RNA-seq identifies a FOS/JUN-related monocyte signature associated with clinical response of heart failure patients with mesenchymal stem cell therapy 2024-03-20, Aging DOI:10.18632/aging.205670 PMID:38517374	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别与心力衰竭患者干细胞治疗临床反应相关的FOS/JUN相关单核细胞特征。	首次发现与MSC治疗反应相关的CD14单核细胞亚群，并构建了基于单核细胞的预测模型。	样本量较小，仅涉及4名心力衰竭患者，可能影响研究结果的广泛适用性。	研究MSC治疗对心力衰竭患者的影响及相关生物标志物。	4名心力衰竭患者在MSC治疗前后的单核细胞样本。	数字病理学	心力衰竭	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	机器学习模型	生物样本数据	4名心力衰竭患者
182	2024-08-04	Integrated single-cell sequencing, spatial transcriptome sequencing and bulk RNA sequencing highlights the molecular characteristics of parthanatos in gastric cancer 2024-03-18, Aging DOI:10.18632/aging.205658 PMID:38499384	研究论文	本研究首次揭示了胃癌中parthanatos的单细胞和空间转录组学的分子特征	提出新的基于parthanatos信号的模型，用于区分个体异质性和预测胃癌患者的临床结果	研究中可能存在的特定肿瘤微环境复杂性和样本数量的限制未被详细讨论	探讨parthanatos在胃癌中的分子特征及其在临床结果中的应用	胃癌患者的肿瘤细胞及其微环境中的不同细胞类型	数字病理学	胃癌	单细胞测序、空间转录组测序和大宗RNA测序	NA	组学数据	NA
183	2024-08-04	Comprehensive assessment of regulatory T-cells-related scoring system for predicting the prognosis, immune microenvironment and therapeutic response in hepatocellular carcinoma 2024-03-08, Aging DOI:10.18632/aging.205649 PMID:38461439	研究论文	本文探讨了一种新的Tregs相关评分系统来预测肝细胞癌的肿瘤免疫微环境、临床结果和个体化治疗	构建了一种新的Tregs相关生物标志物，具有良好的预后预测效能和稳定性	可能在样本选择和数据一致性上存在局限性，未来需要更多的研究来验证	研究肝细胞癌的预后和免疫微环境	肝细胞癌患者的Tregs及其相关生物标志物	数字病理学	肝癌	单细胞测序	Cox回归和LASSO回归	基因组数据	三组独立队列的数据
184	2024-08-05	Investigating the mechanisms of drug resistance and prognosis in ovarian cancer using single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2024-03-08, Aging DOI:10.18632/aging.205628 PMID:38461424	研究论文	本文研究了卵巢癌中药物耐受性及预后的机制	揭示了不同表皮细胞亚群与卵巢癌预后的相关基因，特别是EPCs耐药性与氧化磷酸化通路之间的强关联	本文未详细探讨其他影响卵巢癌预后的因素	研究卵巢癌中药物耐受性与预后的机制	核心肿瘤细胞及其不同表皮细胞亚群	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	NA	NA
185	2024-08-05	Single-cell RNA combined with bulk RNA analysis to explore oxidative stress and energy metabolism factors and found a new prostate cancer oncogene MXRA8 2024-03-04, Aging DOI:10.18632/aging.205599 PMID:38441550	研究论文	本文探讨了氧化应激和能量代谢因素，并发现了一种新的前列腺癌致癌基因MXRA8	本研究首次整合单细胞RNA测序和总体RNA测序数据，识别了前列腺癌的分子亚型，并构建了风险评分模型	研究可能受到样本数量和异质性的限制，影响结果的普适性	旨在通过分析氧化应激和能量代谢相关基因，提升前列腺癌的预后评估和个性化治疗	前列腺癌患者及其组织样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序和总体RNA测序	风险评分模型	基因表达数据	NA
186	2024-08-04	Critical view on oligo(dT)-based RNA-seq: bias arising, modeling, and mitigating 2024-03-06, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyad190 PMID:37857456	研究论文	本文探讨了基于oligo(dT)的RNA测序中存在的偏差及其缓解方法。	本研究识别了两个新的未被考虑的偏差，并发展出一种普适的缓解方法以减少这些偏差的影响。	研究可能未涵盖所有类型的RNA测序偏差，且其通用性需进一步验证。	研究的目的是理解和解决基于oligo(dT)的RNA测序数据中的偏差。	研究主要集中在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集及其分析上。	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	数据集	NA
187	2024-08-04	Dual-Targeting Nanovesicles Carrying CSF1/CD47 Identified from Single-Cell Transcriptomics of Innate Immune Cells in Heart Transplant for Alleviating Acute Rejection 2024-03, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202302443 PMID:37962054	研究论文	本文研究了双靶向纳米囊泡CSF1/CD47在心脏移植中的作用，以缓解急性排斥反应	提出了一种新型的CSF1/CD47双靶向纳米囊泡，通过调节Ly6G Ly6C抑制性巨噬细胞来减轻免疫排斥	研究主要集中在小鼠模型上，临床应用可能需要更多验证	探讨固有免疫细胞在心脏移植急性排斥反应中的动态变化和调控机制	研究了Ly6G Ly6C炎性巨噬细胞及其与中性粒细胞的相互信号传导	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	基因组数据	NA
188	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics Reveals the Ameliorative Effect of Oridonin on Septic Liver Injury 2024-03, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300542 PMID:38408269	研究论文	该文章主要研究了Oridonin对脓毒症肝损伤的改善作用及其机制	通过单细胞转录组学揭示Oridonin在脓毒症模型中的保护机制	实验主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探索Oridonin对脓毒症引起的生理变化的保护作用	脓毒症诱导的小鼠肝脏模型	数字病理学	脓毒症	单细胞转录组测序	NA	细胞数据	63,486个细胞
189	2024-08-04	Identification of Surface Markers and Functional Characterization of Myeloid Derived Suppressor Cell-Like Adherent Cells 2024-03, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202300159 PMID:37986133	研究论文	本研究识别了髓源抑制细胞样附着细胞的基因特征及功能	本研究首次识别了特定的MLAC表面标记，为进一步研究这种细胞类型提供了重要工具	缺乏对MLAC特异性标记的了解在进一步特性化该细胞类型时造成限制	研究髓源抑制细胞样附着细胞在肿瘤微环境中的角色以及其特征	髓源抑制细胞样附着细胞的基因签名和功能特性	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	使用公共单细胞RNA-seq数据分析特定细胞群体
190	2024-08-05	Single-cell transcriptomic analysis reveals transcriptional and cell subpopulation differences between human and pig immune cells 2024-03, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-023-01456-9 PMID:37979077	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了人类与猪免疫细胞之间的转录和细胞亚群差异	首次研究了人类和猪免疫细胞亚群之间的基因转录谱差异	样本量较小，仅包含两只猪和两位健康人类PBMCs	评估猪和人类之间基因转录的相似性和差异	研究对象为猪和人类的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	NA	10×基因组单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	2只猪和2位健康人类的PBMC
191	2024-08-04	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-Mar-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	本研究分析了系统性红斑狼疮患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	本研究揭示了系统性红斑狼疮患者在接种BNT162b2疫苗后存在明显的免疫反应缺陷	研究仅限于19名系统性红斑狼疮患者，样本量较小	了解系统性红斑狼疮患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	19名系统性红斑狼疮患者和56名健康对照志愿者	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	血液样本	19名系统性红斑狼疮患者，56名健康对照
192	2024-08-04	Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials 2024-Mar-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000866 PMID:38517078	review	本文回顾了数字病理学和空间组学在脂肪肝炎中的临床应用和发现潜力	文章创新点在于探讨了利用人工智能增强的数字病理学和空间组学方法，如何提高脂肪肝炎组织学解读的准确性	文章指出现有空间转录组学和蛋白组学技术的局限性，以及对这些工具和技术的知识空白	研究旨在探讨数字病理学与空间生物学的多模式整合对改善脂肪肝炎组织学解读的潜力	研究对象是肝病患者的组织样本，特别是与脂肪肝炎相关的组织切片	数字病理学	脂肪肝炎	数字病理学，空间转录组学，空间蛋白组学	人工智能算法，机器学习算法	图像，基因和蛋白表达数据	NA
193	2024-08-05	Integrated multiomics implicates dysregulation of ECM and cell adhesion pathways as drivers of severe COVID-associated kidney injury 2024-Mar-19, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.18.24304401 PMID:38562892	研究论文	本研究探讨了导致严重COVID相关肾损伤的机制，结合深度尿液蛋白组学和机器学习进行分析	通过整合多种组学数据，揭示了细胞外基质及细胞黏附通路在严重COVID肾损伤中的独特影响	研究样本及机制分析的复杂性可能限制了结果的普遍适用性	旨在理解严重COVID相关肾损伤的机制	住院COVID-19患者的尿液样本与肾小管细胞	数字病理学	COVID-19	深度蛋白组学, 单细胞RNA测序	随机森林算法	尿液蛋白质, 血浆蛋白质, 单细胞RNA测序	多个中心住院COVID-19患者的尿液样本
194	2024-08-05	Long noncoding RNA Malat1 protects against osteoporosis and bone metastasis 2024-Mar-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46602-3 PMID:38493144	研究论文	本研究发现长链非编码RNA Malat1在骨质疏松和骨转移中的保护作用	本研究首次揭示了MALAT1在骨吸收过程中的关键调控角色及其对骨质疏松和肿瘤骨转移的保护机制	本研究主要基于小鼠模型，临床应用性尚需进一步验证	探讨MALAT1在生理和病理过程中对骨质疏松及骨转移的影响	研究了MALAT1缺失对小鼠骨质疏松和黑色素瘤及乳腺肿瘤细胞骨转移的影响	数字病理学	骨质疏松	单细胞转录组分析	小鼠模型	临床骨样本	NA
195	2024-08-05	A Single-Cell Transcriptome of Bovine Milk Somatic Cells 2024-03-10, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15030349 PMID:38540408	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析牛奶中细胞，探讨乳腺的生物学特性	首次在单细胞水平上分析了高产乳牛的牛奶转录组	研究仅使用了两只荷斯坦奶牛的样本，结果的普遍适用性可能有限	探索牛奶产生过程中的细胞级机制	来自两只荷斯坦奶牛的乳液样本	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	2只牛的乳液样本，获得9313和14544个细胞
196	2024-08-04	Mapping the Cellular Biogeography of Human Bone Marrow Niches Using Single-Cell Transcriptomics and Proteomic Imaging 2024-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.14.585083 PMID:38559168	研究论文	本文使用单细胞转录组学和蛋白质组成像绘制了人类骨髓微环境的细胞生物地理学	首次全面构建了人类骨髓的空间分辨多组学图谱	研究主要集中于较小的样本量，可能无法代表所有人群	探索人类骨髓中非造血细胞的空间组织及其功能	29,325个富集的非造血骨髓细胞及18例个体的样品	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) 和CO-检测通过索引 (CODEX) 多重成像	NA	图像和转录组数据	29,325个非造血骨髓细胞和18个个体样本
197	2024-08-05	Gene-expression memory-based prediction of cell lineages from scRNA-seq datasets 2024-Mar-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47158-y PMID:38553478	研究论文	该文章介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，用于从scRNA-seq数据集中识别细胞谱系	GEMLI能够从缺乏谱系信息的scRNA-seq数据中可靠地识别小到中型细胞谱系，并重建多细胞结构	该方法在技术上复杂，通常受限于时间分辨率	研究细胞分化过程中的遗传信息传递	人类乳腺癌活检样本中的细胞谱系	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	人类乳腺癌活检样本
198	2024-08-05	Endocrine islet β-cell subtypes with differential function are derived from biochemically distinct embryonic endocrine islet progenitors that are regulated by maternal nutrients 2024-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946483/v1 PMID:38496675	研究论文	这篇文章探讨了内分泌岛β细胞亚型的起源及其功能差异	本研究首次展示了胚胎内分泌岛前体的生化特性如何导致不同功能的β细胞亚型产生	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全概括人类的情况	旨在揭示β细胞亚型的产生机制及其与糖尿病的关联	研究对象为小鼠胚胎内分泌岛前体细胞及其衍生的β细胞亚型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序和DNA甲基化分析	组合细胞谱系追踪	基因表达数据	多个小鼠胚胎的内分泌岛前体细胞
199	2024-08-04	Navigating the landscapes of spatial transcriptomics: How computational methods guide the way 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1839 PMID:38527900	综述	本文综述了空间转录组数据挖掘的当前计算方法	提出了对现有分析理论和工具的更新和改革建议，以应对新的实验技术	数据分析和生物学见解生成的困难尚未完全解决	探讨空间转录组研究中的计算方法	空间转录组数据及其挖掘方法	计算生物学	NA	NA	NA	空间转录组数据	NA
200	2024-08-04	Spatial analysis toolkits for RNA in situ sequencing 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1842 PMID:38605484	综述	本文介绍了RNA原位测序（ISS）的生物信息学工具包及其数据分析流程	提出了适用于ISS数据分析的先进生物信息学工具，并详细审查了每种工具的应用及其与ISS数据的兼容性	未提及具体的实验实例支持工具的有效性	帮助研究者选择合适的工具以进行ISS数据分析	RNA原位测序（ISS）和相关数据分析工具	数字病理学	NA	原位测序（ISS）	NA	图像数据	NA