单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 549 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-05 |
Protocol for flow cytometry-assisted single-nucleus RNA sequencing of human and mouse adipose tissue with sample multiplexing
2024-Mar-15, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102893
PMID:38416649
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研究论文 | 本文介绍了一种针对人类和小鼠脂肪组织的流式细胞术辅助单核RNA测序的协议 | 该研究开发了一种新的工作流程，可以高效处理和标记单个脂肪组织样本的细胞核 | 单细胞RNA测序受到脂肪细胞大小和脆弱性以及商业试剂盒成本的限制 | 提出一种新的脂肪组织样本处理方法以提高测序效率 | 人类和小鼠的脂肪组织样本 | 数字病理学 | NA | 流式细胞术 | NA | RNA | NA |
| 182 | 2024-08-05 |
Terminally differentiated cytotoxic CD4+ T cells were clonally expanded in the brain lesion of radiation-induced brain injury
2024-03, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.14682
PMID:38499993
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研究论文 | 本研究调查了放射性脑损伤中细胞毒性CD4+ T细胞的存在及其潜在作用 | 首次描述了放射性脑损伤病变中克隆扩增的CD4+ CTL亚群 | 样本规模仅限于四名RIBI患者，可能影响结果的普遍性 | 旨在更全面地理解放射性脑损伤中适应性免疫的作用 | 重点研究放射性脑损伤(RIBI)患者的细胞毒性CD4+ T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞数据 | 3934个CD4+ T细胞来自四名RIBI患者 |
| 183 | 2024-08-04 |
Tumoral and stromal hMENA isoforms impact tertiary lymphoid structure localization in lung cancer and predict immune checkpoint blockade response in patients with cancer
2024-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105003
PMID:38340557
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞中的hMENA亚型与三次淋巴结构（TLS）的关系及其对肺癌患者结果的影响 | 发现hMENA的选择性剪接是TLS相关肿瘤免疫微环境的重要未探索因素，且hMENA亚型可作为临床结果和ICB响应的潜在生物标志物 | 研究主要基于回顾性观察，可能存在样本选择偏倚 | 本研究旨在了解hMENA亚型如何影响肺癌的三次淋巴结构及其与免疫检查点抑制剂反应的关系 | 研究对象为非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤细胞和癌相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序，免疫组化，空间转录组学 | NA | 组织样本，转录组数据 | N0 NSCLC患者的手术切除组织 |
| 184 | 2024-08-04 |
Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae202
PMID:38706319
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研究论文 | 本文提出了一种新方法IGAN，以推测细胞间通信及其上游/下游路径 | 首次能够估计两个特定单一空间相邻细胞之间的基因关联/网络 | 尚未说明此方法在多细胞系统中的应用限制 | 探索细胞间通信的机制和其相关的基因程序 | 针对单个相邻细胞的细胞间通信模式进行研究 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 公共数据集 | 多个人类细胞类型的数据集 |
| 185 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae209
PMID:38706317
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研究论文 | 本研究提出了一种双层特征传播的单细胞RNA测序数据插补方法，旨在解决技术噪声和稀疏性问题 | 提出了双层特征传播（scBFP）方法，通过两步图形基础的特征传播，改善了单细胞RNA测序数据的插补和去噪效果 | 方法可能在特定的复杂情况下仍然受到噪声传播的影响 | 本研究的目标是提高单细胞RNA测序数据处理的准确性和有效性 | 研究对象为单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 图形基础模型 | 基因表达数据 | 大量单细胞RNA样本 |
| 186 | 2024-08-04 |
AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae207
PMID:38701411
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研究论文 | 本文利用基于转录组数据的人工智能方法识别强效的诱导乳腺癌干细胞分化的小分子。 | 创新之处在于采用对抗学习方法解决不同数据域的适应性问题，从而有效识别和消除域特定偏差。 | 实验验证仅在MDA-MB-231和MCF7细胞中进行，样本可能存在局限性。 | 研究旨在寻找能够诱导乳腺癌干细胞分化的小分子。 | 研究对象为乳腺癌干细胞及其分化过程中的小分子。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-Seq | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 六个小分子在MDA-MB-231和MCF7细胞中进行检验 |
| 187 | 2024-08-05 |
scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae203
PMID:38701413
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研究论文 | 提出了一种高阶元素加权集成聚类方法scEWE，以分析单细胞RNA测序数据中的异质性 | 开发了一个基于高阶元素加权策略的自我代表性集成学习框架，优化了对个体细胞的聚类权重分配 | 针对特定数据集的性能验证，可能不适用于所有类型的单细胞RNA-seq数据 | 提高单细胞RNA测序数据的异质性分析性能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞 | 计算机视觉 | NA | RNA-seq | 集成学习 | 单细胞RNA-seq数据 | NA |
| 188 | 2024-08-04 |
Molecular mechanisms underlying the therapeutic effects of Linggui Zhugan decoction in stroke: Insights from network pharmacology and single-cell transcriptomics analysis
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037482
PMID:38552092
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研究论文 | 本研究探讨了灵桂治肝汤在中风治疗中的作用机制 | 首次结合网络药理学和单细胞转录组分析揭示灵桂治肝汤的关键成分、靶点和通路 | 尚未完全阐明其疗效的具体分子机制 | 研究灵桂治肝汤在中风治疗中的分子机制 | 主要研究灵桂治肝汤的活性成分及其靶点 | 数字病理学 | 中风 | 网络药理学和单细胞转录组分析 | NA | 基因组数据 | 144个潜在靶点与2035个中风相关基因的交集分析 |
| 189 | 2024-08-04 |
Mechanistic insights into FEN1-mediated drug sensitivity and risk signature in colon cancer: An integrative bioinformatics study
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037517
PMID:38552056
|
研究论文 | 本研究探讨了FEN1在结肠癌中的表达及其与临床病理和预后的关系 | 提出了一个由FEN1导出的多基因预后风险标志，并揭示了FEN1表达水平与结肠癌转移潜力及药物敏感性之间的相互作用 | FEN1表达与预后的明显相关性未能得到确认 | 深入探讨FEN1在结肠癌中的作用，尤其是在药物敏感性和预后方面 | 结肠癌患者的FEN1表达及其与转移的关系 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序，基因集富集分析，Cox回归分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus的多个数据集 |
| 190 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals comprehensive microenvironment and highlights the dysfuntional state of NK cells in endometrioid carcinoma
2024-Mar-29, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000037555
PMID:38552055
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析了子宫内膜样癌（EEC）中的肿瘤微环境，重点是自然杀伤（NK）细胞的功能异常状态 | 发现了一种CD56dim_DNAJB1 NK细胞亚群，其具有低细胞毒性和高压力水平，显示出NK细胞在肿瘤微环境中的功能失调 | NA | 更好地理解EEC中的肿瘤微环境的多样性 | 21个样本，包括16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织，特别关注肿瘤浸润的NK细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 样本 | 21个样本（16个EEC肿瘤组织和5个相邻正常组织） |
| 191 | 2024-08-05 |
BAP1 is required prenatally for differentiation and maintenance of postnatal murine enteric nervous system
2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177771
PMID:38690732
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研究论文 | 本文发现BAP1在胎儿期对小鼠肠道神经系统的分化和维持至关重要 | 首次阐明BAP1缺失对肠道神经元分化和早期存活的影响 | 未能探讨其他可能的表观遗传调节因子对ENS发育的影响 | 研究BAP1在胎儿期对肠道神经系统发展的重要性 | Tyr-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经系统 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA序列数据 | Tyrosinase-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经元样本 |
| 192 | 2024-08-05 |
Mesenchymal stem cells alleviate mouse liver fibrosis by inhibiting pathogenic function of intrahepatic B cells
2024-Mar-28, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000831
PMID:38546278
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研究论文 | 该研究表明间充质干细胞通过抑制肝内B细胞的病理功能来减轻小鼠肝纤维化 | 首次提出肝内B细胞作为间充质干细胞的靶标，并阐明其在肝纤维化改善过程中的重要作用 | 本研究主要在小鼠模型中进行，尚需临床验证其对人类的适用性 | 探讨间充质干细胞如何通过调节肝内B细胞的功能来改善肝纤维化 | 小鼠模型及其肝纤维化过程中的肝内B细胞 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 小鼠（具体数量未提及） |
| 193 | 2024-08-04 |
CPPLS-MLP: a method for constructing cell-cell communication networks and identifying related highly variable genes based on single-cell sequencing and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae198
PMID:38678387
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研究论文 | 提出了一种基于单细胞测序和空间转录组数据的新方法CPPLS-MLP，用于构建细胞间通信网络并识别相关的高度变异基因 | 该方法通过更准确地识别与细胞通信密切相关的高度变异基因，提供了一种新的视角来构建细胞间通信网络 | 目前尚未提及该方法在特定情境下的局限性或潜在问题 | 探索细胞间通信与高度变异基因之间的关系 | 重点研究细胞间通信网络及其相关的高度变异基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 (scRNA-seq), 空间转录组 | CPPLS-MLP | 基因表达数据 | NA |
| 194 | 2024-08-04 |
scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae188
PMID:38678389
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研究论文 | 提出了一种名为scBOL的通用细胞类型识别框架，用于单细胞和空间转录组数据 | 首次提出了普遍细胞类型识别这一新任务，并设计了从双边原型对齐角度出发的端到端算法 | 该研究的限制未在摘要中具体说明 | 开发一种能够有效标注单细胞转录组数据的通用方法，适应于空间和非空间维度 | 单细胞转录组和空间转录组数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 自动编码器神经网络和图卷积网络 | 原型学习 | 转录组数据 | NA |
| 195 | 2024-08-05 |
scINRB: single-cell gene expression imputation with network regularization and bulk RNA-seq data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae148
PMID:38600665
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研究论文 | 提出了一种基于网络正则化和批量RNA-seq数据的单细胞基因表达填充方法scINRB | scINRB通过网络正则化非负矩阵分解保持细胞间和基因间的相似性，并结合批量RNA-seq数据的信息 | 尽管scINRB表现出色，但研究的适用性和数据类型可能仍受限于特定的实验条件 | 开发一种准确且稳健的单细胞基因表达数据填充方法 | 主要研究单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失（dropout事件） | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 非负矩阵分解 | 数据集 | 在模拟和实验数据集上进行测试 |
| 196 | 2024-08-05 |
Role of Tumor-Associated Macrophages in Cervical Cancer: Integrating Classical Perspectives with Recent Technological Advances
2024-Mar-27, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life14040443
PMID:38672714
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综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的作用及其影响 | 提出结合最新研究技术深入研究宫颈癌中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌中的研究相对较少 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞在宫颈癌进展中的作用 | 肿瘤相关巨噬细胞及其对宫颈癌的影响 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序和空间RNA测序 | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-05 |
Spatially resolved single-cell atlas of ascidian endostyle provides insight into the origin of vertebrate pharyngeal organs
2024-Mar-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi9035
PMID:38552007
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研究论文 | 这篇文章构建了小管状动物内腺的空间分辨率单细胞图谱，以揭示脊椎动物咽器官的起源 | 首次利用Stereo-seq和单细胞RNA测序揭示了小管状动物内腺的细胞组成和进化特征 | 研究主要集中在一种小管状动物身上，可能无法普遍适用于所有基底和声门生物 | 探讨脊椎动物咽器官的进化起源 | 小管状动物的内腺 | 数字病理学 | NA | Stereo-seq和单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因组数据 | 小管状动物的内腺细胞集合 |
| 198 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptional signature-based drug repurposing and in vitro evaluation in colorectal cancer
2024-Mar-25, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12142-8
PMID:38528462
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研究论文 | 本研究基于单细胞转录组特征进行药物重定位与结直肠癌的体外评估 | 使用单细胞RNA测序数据和转录特征进行药物重定位，发现12种FDA批准的新药用于结直肠癌治疗 | 虽然进行了体外评估，但缺乏体内评估数据 | 探索通过转录特征进行的药物重定位以提高结直肠癌的治疗效果 | 使用来自29名结直肠癌患者的91,103个单细胞RNA测序样本进行药物筛选 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 91,103个样本来自29名结直肠癌患者 |
| 199 | 2024-08-05 |
Illuminating the terminal nerve: Uncovering the link between GnRH-1 neuron and olfactory development
2024-03, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25599
PMID:38488687
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研究论文 | 本文揭示了GnRH-1神经元与嗅觉发育之间的联系 | 研究发现Prokr2在终末神经元中表达，并揭示了其在GnRH-1神经元形成和嗅球形态发生中的重要作用 | 关于嗅觉系统与GnRH-1发育之间的精确机制仍不清楚 | 探讨GnRH-1神经元和嗅觉系统发育之间的机制联系 | 关注嗅觉原神经元、终末神经元和GnRH-1神经元的发育过程 | 数字病理学 | Kallmann综合症 | 单细胞RNA测序 | NA | 神经元 | NA |
| 200 | 2024-08-07 |
Effects of Regulating Hippo and Wnt on the Development and Fate Differentiation of Bovine Embryo
2024-Mar-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25073912
PMID:38612721
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研究论文 | 本研究探讨了Hippo和Wnt信号通路激动剂LPA和抑制剂DKK1对牛胚胎体外发育的影响 | 研究首次揭示了LPA和DKK1在牛胚胎分化和胚胎妊娠建立中的作用，并通过单细胞RNA测序深入分析了其对胚胎发育的影响 | NA | 旨在提高辅助生殖技术的产出，通过调节Hippo和Wnt信号通路改善牛胚胎的体外发育 | 牛胚胎的体外发育及其细胞命运分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 1203个基因在对照组和LPA/DKK1处理组之间表现出差异表达 |