单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2026-02-12	Mast cell activation disrupts interactions between endothelial cells and pericytes during early life allergic asthma 2024-Mar-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI173676 PMID:38487999	研究论文	本研究通过定量成像和空间转录组学揭示了早期生命过敏性哮喘中肥大细胞激活破坏内皮细胞与周细胞相互作用的机制	首次发现新生儿期过敏暴露通过肥大细胞蛋白酶（如类胰蛋白酶）驱动周细胞覆盖缺失，并利用空间转录组学在儿科哮喘活检中验证血管应激与肥大细胞激活通路的关联	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅来自活检样本的空间转录组学分析，样本量有限	探究早期生命过敏性哮喘对肺微循环的影响及肥大细胞在血管重塑中的作用	新生小鼠的肺组织切片（PCLSs）和儿科哮喘患者的气管内活检样本	数字病理学	哮喘	定量成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
2	2026-02-06	MEF2C Hypofunction in GABAergic Cells Alters Sociability and Prefrontal Cortex Inhibitory Synaptic Transmission in a Sex-Dependent Manner 2024-Mar, Biological psychiatry global open science DOI:10.1016/j.bpsgos.2024.100289 PMID:38390348	研究论文	本研究探讨了GABA能细胞中MEF2C功能减退如何以性别依赖的方式影响小鼠的社交行为和前额叶皮层抑制性突触传递	首次在GABA能细胞中特异性操纵Mef2c杂合性，揭示了其在雌性小鼠中导致社交偏好缺陷和抑制性神经元功能异常的性别特异性效应	研究仅在小鼠模型中进行，未直接验证人类MCHS患者中的类似机制，且样本量可能有限	探究MEF2C功能减退在GABA能神经元中对MCHS样表型的影响，特别是社交行为和神经环路功能	小鼠模型，特别是GABA能细胞中Mef2c杂合性的雌雄个体	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学、膜片钳电生理学、光遗传学、脑电图	小鼠遗传模型	基因表达数据、电生理记录、行为数据	未明确指定，但涉及雌雄小鼠的多个实验组	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
3	2026-02-05	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本研究探讨了Jagged1在肥胖小鼠胰岛Notch信号通路中的作用及其对胰岛素分泌缺陷的影响	首次通过单细胞RNA测序和遗传学模型，揭示了β细胞Jagged1在肥胖诱导的Notch信号激活中的充分性而非必要性	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源，限制了靶向β细胞Jagged1的治疗潜力	研究肥胖小鼠中β细胞Jagged1表达是否决定Notch信号异常及胰岛素分泌缺陷	高脂饮食或瘦素受体缺陷小鼠、2型糖尿病患者胰岛、诱导性β细胞特异性Jagged1转基因和功能缺失小鼠	糖尿病研究	2型糖尿病	单细胞RNA测序、葡萄糖耐量测试、葡萄糖刺激胰岛素分泌测定	转基因小鼠模型、功能缺失模型	基因表达数据、生理功能数据	未明确样本数量，但涉及多种小鼠模型和人类胰岛样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4	2026-02-03	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文提出了一种从前列腺癌患者临床样本中，从手术室到实验台进行单细胞处理的方案，并比较了人类转移性前列腺脊柱肿瘤的微环境	针对脊柱肿瘤组织异质性高、难以处理的特点，开发了从手术室到实验台的单细胞处理方案，用于骨性脊柱转移瘤的研究	NA	开发用于临床样本单细胞组学研究的方案，以识别预后标志物和治疗靶点	前列腺癌患者的脊柱转移瘤临床样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
5	2026-02-03	A deep learning adversarial autoencoder with dynamic batching displays high performance in denoising and ordering scRNA-seq data 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109027 PMID:38361616	研究论文	本文提出了一种名为动态批处理对抗自编码器（DB-AAE）的深度神经网络生成框架，用于有效去噪和排序单细胞RNA测序数据	DB-AAE直接捕获输入数据中的最优特征，增强特征保留能力，包括细胞类型特异性基因表达模式，并在去噪准确性和生物信号保留方面优于其他方法	NA	提高单细胞RNA测序数据的去噪质量和下游分析的可靠性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对抗自编码器	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
6	2026-01-14	Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment 2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306515 PMID:38229179	研究论文	本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术，揭示了口腔黏膜下纤维化（OSF）衍生的口腔鳞状细胞癌（OSCC）及其肿瘤微环境中的细胞空间分布、转录组和代谢组景观	首次在OSF衍生的OSCC组织中，利用空间多组学技术揭示了部分癌细胞在原位癌区域经历部分上皮-间质转化（pEMT），获得成纤维细胞样表型并参与胶原沉积，同时发现了异常的聚胺代谢在促进肿瘤发生和免疫逃逸中的关键作用	研究样本可能有限，且空间多组学技术的分辨率或覆盖范围可能存在技术限制，需要进一步验证和扩展研究	探究OSF恶性转化为OSCC的具体分子机制，包括细胞表型变化、肿瘤微环境相互作用及代谢重编程	OSF衍生的OSCC组织样本，包括癌细胞、成纤维细胞和免疫细胞	空间多组学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学（ST）、空间代谢组学（SM）	NA	空间转录组数据、空间代谢组数据	NA	NA	空间转录组学、空间代谢组学	NA	NA
7	2026-01-14	Single-Cell Sequencing Reveals Functional Alterations in Tuberculosis 2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305592 PMID:38192178	研究论文	本研究开发了一个整合单细胞RNA测序和细胞表面抗体测序的新技术平台，以揭示结核病患者免疫细胞功能异质性	开发了一个整合基因组和表型信息的新技术平台，首次在结核病研究中同时分析单细胞转录组和表面抗体序列	样本量相对较小，仅基于外周血单个核细胞，未涉及组织特异性免疫反应	阐明结核分枝杆菌与人类免疫细胞相互作用的功能异质性，以确定宿主免疫强度和结核病结局	原发性结核病患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞测序	结核病	单细胞RNA测序, 细胞表面抗体测序	NA	单细胞转录组数据, 抗体序列数据	23,990个外周血单个核细胞，来自新队列的原发性结核病患者和健康对照	NA	单细胞RNA测序, 单细胞多组学	NA	NA
8	2026-01-02	Spatial, transcriptomic and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition 2024-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2022.04.01.486135 PMID:41427296	研究论文	本研究通过多物种方法，结合空间转录组学和表观基因组学分析，揭示了背角神经元与慢性疼痛遗传易感性之间的关联	首次构建了包含恒河猴、人类和小鼠的综合单细胞图谱，并利用细胞分辨率空间转录组学绘制了物种保守神经元亚型的层状分布，发现了意外的组织模式	研究主要基于动物模型和体外数据，尚未在人类患者中进行直接验证，且非编码调控区域的机制解析仍需进一步功能实验	探究慢性疼痛遗传变异是否影响背角神经元的调控元件，以解析慢性疼痛的遗传基础	背角神经元，涉及恒河猴、人类和小鼠的脊髓组织	数字病理学	慢性疼痛	单细胞RNA测序，空间转录组学，单核开放染色质测序	NA	转录组数据，表观基因组数据，空间分布数据	多物种样本（恒河猴、人类、小鼠），具体数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学，单核ATAC-seq	NA	NA
9	2025-12-03	scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.01.543296 PMID:37333088	研究论文	本文介绍了scATAnno，一个用于自动注释单细胞ATAC测序数据的Python软件包	开发了基于大规模scATAC-seq参考图谱的自动注释工具，无需使用scRNA-seq数据，并整合了KNN和加权距离不确定性评分以提高准确性	NA	开发一种自动化工具，用于单细胞ATAC测序数据的细胞类型注释	单细胞ATAC测序数据	生物信息学	三阴性乳腺癌、基底细胞癌	单细胞ATAC测序	KNN	表观遗传数据	多个数据集，包括外周血单核细胞、三阴性乳腺癌和基底细胞癌样本	NA	单细胞ATAC-seq	NA	NA
10	2025-12-03	Regorafenib plus nivolumab in unresectable hepatocellular carcinoma: the phase 2 RENOBATE trial 2024-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-02824-y PMID:38374347	研究论文	本研究是一项多中心、单臂、II期临床试验，评估了瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为不可切除肝细胞癌一线治疗的疗效和安全性	首次在II期临床试验中评估瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为uHCC一线治疗的疗效，并通过单细胞RNA测序探索了长期应答者的免疫生物标志物	研究为单臂设计，缺乏对照组，样本量较小（42例患者）	评估瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为不可切除肝细胞癌一线治疗的疗效和安全性，并探索免疫应答的生物标志物	不可切除肝细胞癌患者	NA	肝癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据，单细胞RNA测序数据	42例患者	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
11	2025-11-19	Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning 2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585637 PMID:38562882	研究论文	开发了可解释的深度学习框架CytoTRACE 2，用于从单细胞RNA测序数据中表征细胞发育潜能和分化状态	首次在绝对尺度上量化细胞潜能，在31个数据集上优于现有方法，能够重建胚胎发育时间层次并发现与癌症预后相关的细胞表型	仅基于scRNA-seq数据，未整合其他组学数据验证	表征单细胞发育潜能和分化状态	人类和小鼠单细胞	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	深度学习	单细胞RNA测序数据	31个人类和小鼠scRNA-seq数据集，涵盖28种组织类型，62个时间点	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
12	2025-10-22	Universal recording of immune cell interactions in vivo 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07134-4 PMID:38448581	研究论文	开发了一种通用版本的LIPSTIC技术，用于记录体内免疫细胞间的物理相互作用	将LIPSTIC技术从依赖特定CD40L-CD40通路扩展到可记录任何受体-配体介导的细胞间相互作用	NA	开发能够普遍记录体内免疫细胞相互作用的技术	免疫细胞与非免疫细胞间的物理相互作用	免疫学	NA	LIPSTIC技术，单细胞转录组学	NA	细胞相互作用数据，转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
13	2025-10-18	Dysregulation of cell state dynamics during early stages of serous endometrial carcinogenesis 2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.15.585274 PMID:38562813	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了浆液性子宫内膜癌发生早期阶段的细胞状态动态失调机制	首次在SEC小鼠模型中系统描述了正常、癌前和发育异常子宫内膜的细胞类型和状态变化，发现了44个潜在早期诊断标志基因	研究基于小鼠模型，在人类中的临床验证仍需进一步研究	探索浆液性子宫内膜癌发生早期的分子和细胞动力学机制	小鼠子宫内膜组织（正常、癌前和发育异常阶段）	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据, 空间基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
14	2025-10-05	Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data 2024-Mar, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-024-00804-y PMID:41020135	研究论文	评估PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的可重复性和可转移性	通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力，创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征	对输入扰动敏感，原始版本存在可重复性问题	评估和改进监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的性能	12个单细胞RNA测序数据集，代表四种不同表型	机器学习	皮肤癌	单细胞RNA测序，监督学习，基因集变异分析	PENCIL框架	单细胞RNA测序数据	12个数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
15	2025-10-05	Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805 PMID:38309446	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了垂直袖状胃切除术对小鼠小肠上皮细胞的特异性影响	首次在单细胞分辨率下系统定义VSG对肠道上皮不同细胞谱系的特异性分子适应机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	阐明垂直袖状胃切除术诱导肠道适应性的细胞分子机制	小鼠小肠上皮细胞	单细胞组学	肥胖和糖尿病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	验证的小鼠模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
16	2025-10-05	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	系统性红斑狼疮患者对BNT162b2 SARS-CoV-2疫苗的先天性和适应性免疫应答受损	首次全面分析SLE患者接种mRNA疫苗后的先天与适应性免疫应答缺陷，并通过单细胞RNA测序发现疫苗诱导单核细胞群减少	样本量较小（19例SLE患者），未评估不同免疫抑制方案的具体影响	评估自身免疫疾病患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫应答特性	19例系统性红斑狼疮患者与56例健康对照志愿者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序，中和抗体检测，T细胞应答分析	NA	基因表达数据，免疫细胞计数数据	19例SLE患者，56例健康对照	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
17	2025-10-05	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本研究通过建立Son单倍体不足小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用	首次建立ZTTK综合征的小鼠模型，并系统阐明SON单倍体不足对多器官发育和造血谱系分化的影响机制	动物模型与人类疾病存在物种差异，部分病理机制仍需进一步验证	探究SON基因在器官发育和造血过程中的功能及其与ZTTK综合征的关联	Son单倍体不足小鼠模型	发育生物学	ZTTK综合征	单细胞转录组测序，表面标志物分析	小鼠疾病模型	基因表达数据，表型数据	未明确说明具体样本数量	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
18	2025-10-06	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07187-5 PMID:38509377	研究论文	本研究鉴定了一种表观遗传控制的记忆性星形胶质细胞亚群，该细胞在再次刺激时表现出加剧的促炎反应	首次发现星形胶质细胞具有表观遗传记忆能力，并阐明ACLY-p300代谢表观遗传轴在此过程中的调控机制	人类星形胶质细胞研究仅限于体外实验，需要更多体内验证	探究疾病相关星形胶质细胞亚群的稳定性及其在神经系统疾病中的作用机制	星形胶质细胞，实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型，多发性硬化症	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, ATAC-seq, ChIP-seq, FICSEQ, 体内CRISPR-Cas9基因编辑	NA	基因组学数据，表观遗传学数据，转录组数据	EAE急性和慢性模型，人类星形胶质细胞体外培养	NA	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 染色质免疫沉淀测序	NA	NA
19	2025-10-06	Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies 2024-03-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad011 PMID:37022699	综述	本文系统综述了单细胞RNA测序和空间转录组学数据中差异表达分析的最新进展与挑战	首次针对多条件、多样本实验设计下的scRNA-seq和SRT数据差异表达分析工具进行系统性梳理，并提供方法选择与开发指导	未进行实证方法比较，主要提供理论框架和综述性指导	探讨单细胞和空间转录组数据中差异表达分析的特殊挑战与发展方向	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组学(SRT)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
20	2025-10-06	An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data 2024-03-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac056 PMID:36752035	研究论文	提出一种改进的层次变分自编码器模型，利用单细胞RNA-seq数据自动估计细胞间通讯	结合层次变分自编码器和传递熵方法，无需依赖先验知识即可自动推断细胞间通讯关系	仅在人皮肤疾病和黑色素瘤数据集上进行了验证，需要更多数据集验证通用性	开发新方法准确估计肿瘤微环境中的细胞间通讯	单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯关系	生物信息学	皮肤疾病, 黑色素瘤	单细胞RNA测序	层次变分自编码器(HiVAE)	基因表达数据	NA	NA	single-cell RNA-seq	NA	NA