单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2025-09-18	Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805 PMID:38309446	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了垂直袖状胃切除术（VSG）对小鼠小肠上皮细胞类型特异性基因表达和代谢通路的调控作用	首次在单细胞分辨率下系统定义VSG对肠道上皮不同细胞谱系的影响，并发现VSG特异性恢复线粒体呼吸和细胞代谢通路	研究基于小鼠模型，结果向人类临床转化的适用性仍需验证	探究垂直袖状胃切除术（VSG）对肠道上皮细胞的分子水平适应机制	小鼠小肠上皮细胞	单细胞组学	肥胖与糖尿病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	验证性小鼠模型（具体数量未明确说明）
2	2025-09-09	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	本研究全面分析了系统性红斑狼疮患者接种BNT162b2疫苗后的先天和适应性免疫应答，并与健康对照组进行比较	首次在SLE患者中同时评估疫苗诱导的先天免疫和适应性免疫应答，并发现免疫抑制治疗仅影响抗体应答而非T细胞应答	样本量较小（19例SLE患者），且未评估疫苗对临床保护效果的影响	评估SLE患者对BNT162b2疫苗的免疫应答特性	19例系统性红斑狼疮患者和56例健康对照志愿者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），中和抗体检测，T细胞应答分析	NA	基因表达数据，免疫测定数据	19例SLE患者和56例健康对照
3	2025-09-09	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本研究开发了ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的关键作用	首次创建了Son单倍体不足小鼠模型，成功模拟人类ZTTK综合征表型，并通过单细胞转录组分析揭示了造血谱系发育异常的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类细胞或临床样本中进行直接验证	探究SON基因功能缺失在器官发育和造血过程中的作用机制	Son+/-基因敲除小鼠	生物医学研究	ZTTK综合征	基因敲除、表面标志物分析、单细胞转录组测序	动物模型	基因表达数据、表型数据	未明确说明具体样本数量，使用Son+/-小鼠模型
4	2025-08-29	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07187-5 PMID:38509377	研究论文	本研究识别了一种表观遗传控制的记忆性星形胶质细胞亚群，其在再次刺激时表现出加剧的促炎反应，并促进中枢神经系统病理	首次揭示了星形胶质细胞通过ACLY-p300表观遗传机制形成免疫记忆，并证实其在多发性硬化症病理中的关键作用	主要基于EAE动物模型，人类数据主要来自体外实验和组织样本分析，需要更多临床验证	探究疾病相关星形胶质细胞的稳定性及其对过去刺激事件的整合能力	星形胶质细胞亚群，特别是在多发性硬化症和实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的细胞	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序，ATAC-seq，ChIP-seq，FIND-seq，体内CRISPR-Cas9基因扰动	NA	基因组学数据，表观遗传学数据，免疫组织化学数据	EAE急性和慢性模型动物，人类星形胶质细胞体外培养，多发性硬化症病变组织样本
5	2025-08-05	AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae207 PMID:38701411	研究论文	利用基于对抗学习的人工智能方法，从基因表达数据中识别能够有效诱导乳腺癌干细胞分化的小分子	采用对抗学习方法消除不同数据域间的偏差，基于转录组数据预测小分子的分化诱导能力	仅验证了六种高分分子中的五种，样本量有限	开发针对乳腺癌干细胞的靶向治疗策略	乳腺癌干细胞（MDA-MB-231和MCF7细胞系）	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度神经网络（DNN）与对抗学习	基因表达数据	公开可用的未处理人类诱导多能干细胞单细胞RNA-Seq数据及LINCS数据库药物诱导基因表达谱
6	2025-08-05	scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae204 PMID:38701412	研究论文	本文介绍了一种名为scCRT的新型降维模型，用于单细胞RNA测序数据的轨迹推断	scCRT整合了细胞级和集群级的对比学习模块，以利用上游分析的先验信息，提高轨迹推断的准确性	未明确提及具体局限性	开发一种专门用于单细胞RNA测序轨迹推断的降维模型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对比学习模型	基因表达数据	54个真实数据集和81个合成数据集，总计135个数据集
7	2025-08-05	scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae203 PMID:38701413	研究论文	提出了一种名为scEWE的高阶元素加权集成聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的异质性分析	提出了一种基于自表示集成学习框架的高阶元素加权策略，能够为单个细胞分配不同的基础聚类权重，并提取细胞间的高阶信息	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据异质性分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	集成学习框架	基因表达数据	未明确提及具体样本量
8	2025-08-04	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	研究论文	本文介绍了一种名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹特性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动评估减少轨迹推断分析中的不确定性和决策负担	未提及具体的数据集限制或框架的适用范围	解决单细胞RNA测序轨迹推断中方法选择和参数不确定性的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
9	2025-08-04	Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs) 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae230 PMID:38739758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞，揭示早期大脑发育的功能相关生物标志物及其调控网络	利用scRNA-seq技术识别早期神经元发育中的差异表达基因，并通过富集分析和构建基因调控网络揭示其功能角色和相互作用	研究仅基于体外培养的hESCs分化数据，可能无法完全反映体内发育的复杂性	阐明早期人类大脑发育的分子机制和转录动态	人类胚胎干细胞（hESCs）及其分化过程中的神经元	生物信息学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	hESCs体外分化至神经元第26天（D26）和第54天（D54）的scRNA-seq数据
10	2025-08-04	Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae233 PMID:38770716	研究论文	本文介绍了一种名为EMOGEA的框架，用于分析RNA-seq数据，该框架结合了测量不确定性，并特别适用于监测动态现象的数据	EMOGEA框架通过结合测量不确定性和特殊的时间序列数据建模方法，提供了对RNA-seq数据的更优分析，特别适用于低表达量转录本的研究	NA	改进RNA-seq数据的分析方法，特别是在时间序列和低表达量基因的研究中	时间序列RNA-seq数据，包括批量样本和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	EMOGEA	RNA-seq数据	斑马鱼胚胎发育的RNA-seq研究和小鼠植入前胚胎的scRNA-seq研究
11	2025-08-04	Revealing cell-cell communication pathways with their spatially coupled gene programs 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae202 PMID:38706319	研究论文	本文提出了一种名为IGAN的新方法，用于推断细胞间通讯（CCC）及其上下游通路	首次能够估计两个特定空间相邻单细胞之间的基因关联/网络，并探索配体/受体的上下游通路	NA	理解细胞间通讯的调控机制	细胞间通讯及其基因关联网络	空间转录组学	NA	空间转录组学	IGAN	空间转录组数据	多个公共数据集
12	2025-08-04	Single-cell RNA sequencing data imputation using bi-level feature propagation 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae209 PMID:38706317	research paper	该研究提出了一种基于双层特征传播的单细胞RNA测序数据插补方法，以解决数据稀疏性和技术噪声问题	提出了scBFP方法，通过两步图特征传播同时利用基因-基因和细胞-细胞关系进行数据插补和去噪	依赖于初始噪声数据构建的图结构，可能存在噪声传播风险	解决单细胞RNA测序数据中的技术噪声、丢失事件和稀疏性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图特征传播	基因表达数据	NA
13	2025-08-04	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本研究探讨了β细胞中Jagged1表达对肥胖小鼠胰岛Notch活性和胰岛素分泌缺陷的影响	揭示了Jagged1在肥胖小鼠和2型糖尿病患者胰岛中的增加及其对Notch信号的影响，并探索了Jagged1中和抗体的潜在治疗价值	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源，这限制了Jagged1作为治疗靶点的潜力	研究肥胖小鼠和2型糖尿病患者中β细胞Jagged1表达对Notch信号和胰岛素分泌功能的影响	高脂饮食喂养的小鼠、瘦素受体缺陷小鼠(db/db)以及2型糖尿病患者的胰岛	糖尿病研究	2型糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、葡萄糖耐量测试、葡萄糖刺激胰岛素分泌(GSIS)实验	诱导性β细胞特异性Jag1转基因小鼠(β-Jag1TG)和功能丧失小鼠(iβ-Jag1KO)	基因表达数据、生理功能测试数据	高脂饮食喂养小鼠、db/db小鼠和2型糖尿病患者的胰岛样本
14	2025-07-26	CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens 2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.17.585235 PMID:38558968	研究论文	介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码解决方案，用于CRISPR筛选	开发了一种与mRNA嵌入条形码兼容的多重扰动系统，提高了条形码检测效率和解码效率	未明确提及具体限制	改进CRISPR筛选中的多重扰动和解码技术	遗传元素和表型	基因编辑	NA	CRISPR, SpCas9, 单细胞测序	NA	mRNA条形码	未明确提及样本数量
15	2025-07-25	Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade 2024-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957 PMID:37851052	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和多重免疫组化染色技术，探讨了默克尔细胞癌（MCC）中免疫抑制性髓系细胞的特征及其与PD-1通路阻断抵抗的相关性	首次在MCC中详细描述了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的免疫抑制特性及其与PD-1阻断治疗抵抗的关联	样本量相对较小（单细胞转录组学9例，免疫组化54例），且未明确验证TAMs与CD8 T细胞空间相互作用的临床意义	探究MCC中髓系细胞的免疫抑制特性及其对免疫治疗响应的影响	默克尔细胞癌患者肿瘤组织中的髓系细胞和CD8 T细胞	肿瘤免疫学	默克尔细胞癌	单细胞转录组学，多重免疫组化染色（multiplex IHC）	NA	转录组数据，免疫组织化学图像数据	单细胞转录组学分析9例患者，免疫组化分析54例患者治疗前肿瘤样本
16	2025-07-22	Regional analysis to delineate intrasample heterogeneity with RegionalST 2024-03-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae186 PMID:38579257	research paper	介绍了一种名为RegionalST的计算方法，用于分析空间转录组数据中的样本内异质性	首次提出了一种能够量化细胞类型混合与相互作用、识别感兴趣子区域并进行跨区域细胞类型特异性差异分析的计算方法	未提及具体的技术限制或数据局限性	开发计算工具以解决空间转录组数据分析中的跨区域信息利用问题	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
17	2025-07-22	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Patient Myeloid-Derived Suppressor Cells and the Response to Inhibition of Bruton's Tyrosine Kinase 2024-03-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0572 PMID:38015751	研究论文	通过单细胞RNA测序分析患者髓源性抑制细胞及其对布鲁顿酪氨酸激酶抑制的反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析BTK抑制剂ibrutinib对不同癌症患者MDSC基因表达的影响	研究仅针对有限数量的癌症类型（乳腺癌、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌）	研究BTK抑制剂ibrutinib对MDSC基因表达的影响及其在免疫检查点治疗中的作用	髓源性抑制细胞（MDSC）	生物医学	癌症（乳腺癌、黑色素瘤、头颈部鳞状细胞癌）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自乳腺癌、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者的MDSC样本
18	2025-07-22	Diacylglycerols and Lysophosphatidic Acid, Enriched on Lipoprotein(a), Contribute to Monocyte Inflammation 2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319937 PMID:38269588	研究论文	研究脂蛋白(a)中的二酰基甘油和溶血磷脂酸对单核细胞炎症的影响	首次发现脂蛋白(a)中的二酰基甘油和溶血磷脂酸在单核细胞炎症中的作用，并揭示了其通过NLRP3炎症小体的部分机制	样本量较小（高Lp(a)组12人，低/正常组13人），且为体外实验，需进一步体内验证	探索脂蛋白(a)中除氧化磷脂外其他促炎介质的致动脉粥样硬化作用	人类单核细胞、动脉粥样硬化斑块	心血管疾病研究	心血管疾病	非靶向脂质组学、RNA测序、ELISA、Western blot、跨内皮迁移实验、免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	脂质组学数据、基因表达数据、蛋白质数据	25人（高Lp(a)组12人，低/正常组13人）+动脉粥样硬化斑块样本
19	2025-07-22	Bioengineered hydrogels enhance ex vivo preservation of patient-derived tumor explants for drug evaluation 2024-03, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2023.122460 PMID:38246018	研究论文	本文展示了生物工程水凝胶如何通过识别关键基质参数显著提高患者来源肿瘤切片（PDTS）的体外存活率，相较于传统培养系统	利用生物工程水凝胶增强PDTS的存活率，并保持肿瘤微环境中细胞-细胞通信网络，包括免疫检查点配体-受体相互作用	研究主要针对头颈癌患者，可能不适用于其他类型的癌症	提高患者来源肿瘤切片的体外存活率，以更好地评估药物效果	患者来源的肿瘤切片（PDTS）	生物医学工程	头颈癌	单细胞RNA测序、高维流式细胞术	NA	分子读数、细胞群数据	患者来源的肿瘤切片（具体数量未提及）
20	2025-07-21	Single-cell epigenomic dysregulation of Systemic Sclerosis fibroblasts via CREB1/EGR1 axis in self-assembled human skin equivalents 2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.22.586316 PMID:38585776	研究论文	本研究通过单细胞转录组和表观基因组分析，探讨了系统性硬化症（SSc）成纤维细胞在自组装人类皮肤等效物中的表观基因组失调机制	首次在单细胞分辨率下分析了SSc 3D皮肤样模型的转录组和表观遗传特征，并鉴定了FB1 APOE表达成纤维细胞在SSc组织中的富集及其与巨噬细胞的互作机制	研究仅使用了自组装皮肤等效物模型，未直接验证在患者体内的情况	探究系统性硬化症皮肤纤维化的分子机制	系统性硬化症患者和健康对照的成纤维细胞、巨噬细胞和血浆	数字病理学	系统性硬化症	scRNA-seq, scATAC-seq	3D皮肤等效物模型	单细胞转录组数据、表观基因组数据	使用SSc患者和健康对照供体的细胞