单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-19	Deciphering the molecular pathways underlying dopaminergic neuronal damage in Parkinson's disease associated with SARS-CoV-2 infection 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108200 PMID:38428099	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了SARS-CoV-2感染与帕金森病中多巴胺能神经元损伤的分子通路	揭示了COVID-19与帕金森病在多巴胺能神经元中的共同发病机制，并开发了疾病诊断和进展预测模型	需要进一步的实验验证和临床试验来确认研究结果的可靠性和应用性	探讨SARS-CoV-2感染与帕金森病中多巴胺能神经元损伤的分子机制	COVID-19和帕金森病患者的多巴胺能神经元	数字病理学	帕金森病	转录组分析、单细胞测序、分子对接模拟、分子动力学模拟	机器学习模型	转录组数据	包括COVID-19和帕金森病患者的样本以及MPTP诱导的帕金森病小鼠模型
2	2024-12-19	SinCWIm: An imputation method for single-cell RNA sequence dropouts using weighted alternating least squares 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108225 PMID:38442556	研究论文	本文提出了一种基于加权交替最小二乘法（WALS）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据缺失值填补方法SinCWIm	SinCWIm方法利用Pearson相关系数和层次聚类量化零值的置信度，并结合WALS进行矩阵分解，通过异常值去除和数据校正操作使填补结果接近实际数值	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的缺失值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	加权交替最小二乘法（WALS）	基因表达矩阵	8个单细胞测序数据集
3	2024-12-19	Multiscale differential geometry learning of networks with applications to single-cell RNA sequencing data 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108211 PMID:38422960	研究论文	本文首次引入多尺度微分几何（MDG）策略，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析中的挑战	首次将多尺度微分几何应用于单细胞RNA测序数据分析，通过构建多尺度细胞间交互流形来揭示细胞网络中的复杂关系	NA	探索单细胞RNA测序数据分析的新方法，揭示细胞网络中的复杂关系	单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多尺度微分几何（MDG）	基因表达数据	NA
4	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatial T-cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Mar-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585657 PMID:38562799	研究论文	研究揭示了化疗诱导的高级别浆液性卵巢癌中，髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次发现化疗通过髓系网络中的巨噬细胞延长抗原呈递，导致CD8+ T细胞的空间性重分布和耗竭，并提出了通过免疫检查点阻断与化疗结合来增强CD8+ T细胞活性的新策略	研究样本仅限于高级别浆液性卵巢癌，且样本量相对较小，可能限制了结果的普适性	揭示化疗对肿瘤微环境的时空重塑效应，并探索新的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本及其化疗前后的免疫细胞状态	NA	卵巢癌	单细胞和空间分析	NA	单细胞和空间转录组数据	97个高级别浆液性卵巢癌样本
5	2024-12-18	A novel PCDscore based on programmed cell death-related genes can effectively predict prognosis and therapy responses of colon adenocarcinoma 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107933 PMID:38217978	研究论文	本研究基于程序性细胞死亡相关基因，开发了一种新的PCDscore评分系统，用于预测结肠腺癌的预后和治疗反应	首次综合分析了所有已知的程序性细胞死亡相关基因，建立了PCDscore评分系统，并验证了其在结肠腺癌预后和治疗反应预测中的有效性	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证	开发一种新的评分系统，用于预测结肠腺癌患者的预后和治疗反应	结肠腺癌患者的预后和治疗反应	数字病理学	结肠癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了TCGA-COAD、GSE17538和GSE39582队列的数据，包括2013-2017年和2018-2019年的结直肠癌样本
6	2024-12-18	The multifaceted roles of COL4A4 in lung adenocarcinoma: An integrated bioinformatics and experimental study 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107896 PMID:38217972	研究论文	本研究综合生物信息学和实验方法，探讨了COL4A4在肺腺癌中的多方面作用	首次报道了COL4A4在肺腺癌中的重要性，并揭示了其在肿瘤微环境重塑、免疫调节和药物抗性中的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨COL4A4在肺腺癌中的作用及其潜在机制	COL4A4在肺腺癌中的表达及其与临床参数、肿瘤微环境、药物抗性和免疫治疗反应的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自公共数据库的COL4A4表达数据、单细胞测序数据和临床数据
7	2024-12-18	Identification of the key DNA damage response genes for predicting immunotherapy and chemotherapy efficacy in lung adenocarcinoma based on bulk, single-cell RNA sequencing, and spatial transcriptomics 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108078 PMID:38340438	研究论文	本文通过bulk RNA测序、单细胞RNA测序和空间转录组学分析，识别出EGLN3作为预测肺腺癌免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	首次通过多组学数据分析识别出EGLN3作为肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因，并验证了其在不同数据集中的预测能力	研究主要基于公共数据库和现有数据集，缺乏体内实验验证	识别并验证肺腺癌中预测免疫治疗和化疗疗效的关键DNA损伤反应基因	肺腺癌患者的肿瘤组织和相关基因表达	数字病理学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，包括bulk RNA测序和单细胞RNA测序数据
8	2024-12-18	Identifying potential ligand-receptor interactions based on gradient boosted neural network and interpretable boosting machine for intercellular communication analysis 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108110 PMID:38367445	研究论文	本文介绍了一种名为CellGiQ的高置信度配体-受体相互作用预测框架，用于细胞间通信分析	本研究的创新点在于基于机器学习方法识别高置信度的配体-受体相互作用，并设计了多种验证方法	由于缺乏“金标准”数据集，评估配体-受体相互作用介导的细胞间通信结果仍然是一个挑战	开发一种高置信度的配体-受体相互作用预测框架，以改进细胞间通信分析	配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	梯度提升神经网络和可解释提升机	RNA	涉及人类HNSCC组织的多个数据集
9	2024-12-18	Chromatin region binning of gene expression for improving embryo cell subtype identification 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108049 PMID:38290319	研究论文	本文介绍了一种基于染色质区域分箱的方法scChrBin，用于改进胚胎细胞亚型识别	提出了scChrBin方法，将scRNA-seq数据转换为基于染色质的矩阵，以揭示胚胎发育和谱系分化的动态	NA	改进胚胎细胞亚型识别的准确性	哺乳动物胚胎发育过程中的染色质区域和基因表达	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个单细胞胚胎数据集
10	2024-12-15	Intercellular communication atlas reveals Oprm1 as a neuroprotective factor for retinal ganglion cells 2024-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46428-z PMID:38467611	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了细胞间通讯在视网膜神经节细胞（RGC）存活中的作用，并验证了μ-阿片受体（Oprm1）在视网膜损伤模型中的神经保护作用	首次揭示了细胞间通讯在视网膜神经节细胞存活中的作用，并发现了Oprm1作为神经保护因子的潜力	研究主要集中在视网膜损伤模型中，未来需要进一步验证其在其他神经系统疾病中的作用	探讨细胞间通讯对视网膜神经节细胞存活的影响，并验证Oprm1的神经保护作用	视网膜神经节细胞及其在视网膜损伤后的存活机制	神经科学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
11	2024-12-15	Profiling human brain vascular cells using single-cell transcriptomics and organoids 2024-Mar, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-023-00929-1 PMID:38102365	研究论文	本文描述了一种通过单细胞转录组学和类器官研究人类大脑血管细胞的协议扩展	提出了一个简单、高效的方法，通过FACS纯化胎脑内皮细胞和壁细胞，并将其应用于下游实验，包括转录组学、培养和类器官移植	实验需要在24小时内完成，且不同转录组和表观基因组协议所需时间可能不同	研究大脑发育过程中血管生成与神经生成之间的功能联系	人类大脑的血管细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	少量组织
12	2024-12-14	Segregation of morphogenetic regulatory function of Shox2 from its cell fate guardian role in sinoatrial node development 2024-03-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06039-2 PMID:38553636	研究论文	研究探讨了Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与其细胞命运守护角色之间的分离	首次展示了Shox2在窦房结发育中细胞命运决定与形态发生调控功能的分离	研究仅限于Shox2和Nkx2-5的共同失活对窦房结发育的影响，未探讨其他可能的调控因子	探讨Shox2在窦房结发育中的双重角色及其相互关系	Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与细胞命运守护角色	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Shox2突变体、Nkx2-5突变体及两者的共同失活突变体（dKO）的窦房结细胞
13	2024-12-14	Endothelial gene regulatory elements associated with cardiopharyngeal lineage differentiation 2024-03-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06017-8 PMID:38514806	研究论文	研究识别了与心脏咽弓中胚层分化相关的内皮细胞基因调控元件	通过整合染色质重塑和基因表达数据与单细胞RNA测序数据，识别了101个内皮细胞基因的潜在调控元件，并使用机器学习策略预测增强子	研究主要基于小鼠胚胎数据，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性	识别和验证在心脏咽弓中胚层分化过程中激活的内皮细胞基因调控元件	内皮细胞基因调控元件及其在心脏咽弓中胚层分化中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠胚胎
14	2024-12-13	ScLinear predicts protein abundance at single-cell resolution 2024-03-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05958-4 PMID:38438709	研究论文	本文介绍了一种基于线性回归的方法scLinear，用于预测单细胞蛋白质丰度	scLinear比现有方法更高效，且不降低准确性，同时具有可解释性	未提及	开发一种高效且准确的单细胞蛋白质丰度预测方法	单细胞蛋白质丰度	机器学习	NA	线性回归	线性回归	RNA表达数据	未提及
15	2024-12-13	Single Cell High Dimensional Analysis of Human Peripheral Blood Mononuclear Cells Reveals Unique Intermediate Monocyte Subsets Associated with Sex Differences in Coronary Artery Disease 2024-Mar-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25052894 PMID:38474140	研究论文	研究通过单细胞高维分析人类外周血单核细胞，揭示了与冠状动脉疾病性别差异相关的独特中间单核细胞亚群	首次在单细胞水平上识别出与冠状动脉疾病严重程度相关的中间单核细胞亚群，并发现这些亚群在女性中表现出更强的相关性	研究样本量较小，且仅限于冠状动脉疾病患者，可能限制了结果的普适性	探讨中间单核细胞亚群在冠状动脉疾病进展中的作用及其性别差异	人类外周血单核细胞及其在冠状动脉疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组和蛋白质分析	NA	单细胞数据	61名冠状动脉疾病患者的外周血单核细胞
16	2024-12-12	Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning 2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585637 PMID:38562882	研究论文	本文介绍了一种名为CytoTRACE 2的可解释深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中绝对尺度上表征细胞潜能和分化状态	CytoTRACE 2在31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集中，表现优于现有方法，能够恢复实验确定的潜能水平和分化状态，并重建小鼠胚胎发生的时间层次结构	NA	开发一种新的方法来表征单细胞的潜能和分化状态，并应用于健康和疾病中的单细胞分化景观	单细胞RNA测序数据中的细胞潜能和分化状态	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	RNA测序数据	31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集
17	2024-12-12	Chronic SIV-Induced neuroinflammation disrupts CCR7+ CD4+ T cell immunosurveillance in the rhesus macaque brain 2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175332 PMID:38470479	研究论文	研究慢性SIV感染引发的神经炎症如何破坏恒河猴大脑中CCR7+ CD4+ T细胞的免疫监视功能	首次结合单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学和流式细胞术，揭示了CCR7+ CD4+ T细胞在脑中的独特亚群及其功能特性	研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨慢性SIV感染对大脑中CCR7+ CD4+ T细胞免疫监视功能的影响	恒河猴大脑中的CCR7+ CD4+ T细胞及其在神经炎症中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学、流式细胞术	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	恒河猴样本
18	2024-12-10	Integrated analysis of disulfidptosis-related immune genes signature to boost the efficacy of prognostic prediction in gastric cancer 2024-Mar-25, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03294-5 PMID:38528532	研究论文	研究探讨了二硫化物应激相关免疫基因在胃癌中的潜在生物标志物价值，并构建了一个预测模型	首次揭示了二硫化物应激相关免疫基因在胃癌中的潜在生物标志物价值	NA	探索二硫化物应激与免疫相关基因在胃癌中的内在关联，并评估其作为生物标志物的潜力	胃癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	Cox和LASSO分析	基因表达数据	63对胃癌组织样本
19	2024-12-08	Cell-specific housekeeping role of lncRNAs in COVID-19-infected and recovered patients 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae023 PMID:38426128	研究论文	研究了lncRNA在COVID-19感染和康复患者中的时空表达动态及其在调节疾病和康复中的功能	首次使用单细胞RNA测序技术分析了lncRNA在健康、SARS-CoV-2感染和康复个体中的时空表达动态，并发现了调节免疫功能的细胞类型特异性lncRNA	研究主要集中在lncRNA的表达变化，未深入探讨其具体的调控机制	探讨lncRNA在COVID-19感染和康复患者中的时空表达模式及其功能	lncRNA在健康、SARS-CoV-2感染和康复个体中的表达及其对免疫功能的调节作用	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康、SARS-CoV-2感染和康复个体
20	2024-12-08	Comparative analysis of cell-cell communication at single-cell resolution 2024-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01782-z PMID:37169965	研究论文	本文介绍了一种名为Scriabin的灵活且可扩展的框架，用于在单细胞分辨率下进行细胞间通信的比较分析	Scriabin能够在不进行细胞聚合或降采样的情况下，准确恢复预期的细胞间通信边并识别被聚合方法掩盖的通信网络	NA	揭示健康和疾病中微环境与表型关系的完整结构	细胞间通信的比较分析	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用多个已发表的图谱规模数据集、遗传扰动筛选和直接实验验证