单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
1	2025-12-03	scATAnno: Automated Cell Type Annotation for single-cell ATAC Sequencing Data 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.01.543296 PMID:37333088	研究论文	本文介绍了scATAnno，一个用于自动注释单细胞ATAC测序数据的Python软件包	开发了基于大规模scATAC-seq参考图谱的自动注释工具，无需使用scRNA-seq数据，并整合了KNN和加权距离不确定性评分以提高准确性	NA	开发一种自动化工具，用于单细胞ATAC测序数据的细胞类型注释	单细胞ATAC测序数据	生物信息学	三阴性乳腺癌、基底细胞癌	单细胞ATAC测序	KNN	表观遗传数据	多个数据集，包括外周血单核细胞、三阴性乳腺癌和基底细胞癌样本	NA	单细胞ATAC-seq	NA	NA
2	2025-12-03	Regorafenib plus nivolumab in unresectable hepatocellular carcinoma: the phase 2 RENOBATE trial 2024-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-02824-y PMID:38374347	研究论文	本研究是一项多中心、单臂、II期临床试验，评估了瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为不可切除肝细胞癌一线治疗的疗效和安全性	首次在II期临床试验中评估瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为uHCC一线治疗的疗效，并通过单细胞RNA测序探索了长期应答者的免疫生物标志物	研究为单臂设计，缺乏对照组，样本量较小（42例患者）	评估瑞戈非尼联合纳武利尤单抗作为不可切除肝细胞癌一线治疗的疗效和安全性，并探索免疫应答的生物标志物	不可切除肝细胞癌患者	NA	肝癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据，单细胞RNA测序数据	42例患者	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
3	2025-11-19	Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning 2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585637 PMID:38562882	研究论文	开发了可解释的深度学习框架CytoTRACE 2，用于从单细胞RNA测序数据中表征细胞发育潜能和分化状态	首次在绝对尺度上量化细胞潜能，在31个数据集上优于现有方法，能够重建胚胎发育时间层次并发现与癌症预后相关的细胞表型	仅基于scRNA-seq数据，未整合其他组学数据验证	表征单细胞发育潜能和分化状态	人类和小鼠单细胞	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	深度学习	单细胞RNA测序数据	31个人类和小鼠scRNA-seq数据集，涵盖28种组织类型，62个时间点	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
4	2025-10-22	Universal recording of immune cell interactions in vivo 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07134-4 PMID:38448581	研究论文	开发了一种通用版本的LIPSTIC技术，用于记录体内免疫细胞间的物理相互作用	将LIPSTIC技术从依赖特定CD40L-CD40通路扩展到可记录任何受体-配体介导的细胞间相互作用	NA	开发能够普遍记录体内免疫细胞相互作用的技术	免疫细胞与非免疫细胞间的物理相互作用	免疫学	NA	LIPSTIC技术，单细胞转录组学	NA	细胞相互作用数据，转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
5	2025-10-18	Dysregulation of cell state dynamics during early stages of serous endometrial carcinogenesis 2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.15.585274 PMID:38562813	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了浆液性子宫内膜癌发生早期阶段的细胞状态动态失调机制	首次在SEC小鼠模型中系统描述了正常、癌前和发育异常子宫内膜的细胞类型和状态变化，发现了44个潜在早期诊断标志基因	研究基于小鼠模型，在人类中的临床验证仍需进一步研究	探索浆液性子宫内膜癌发生早期的分子和细胞动力学机制	小鼠子宫内膜组织（正常、癌前和发育异常阶段）	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据, 空间基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
6	2025-10-05	Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data 2024-Mar, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-024-00804-y PMID:41020135	研究论文	评估PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的可重复性和可转移性	通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力，创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征	对输入扰动敏感，原始版本存在可重复性问题	评估和改进监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的性能	12个单细胞RNA测序数据集，代表四种不同表型	机器学习	皮肤癌	单细胞RNA测序，监督学习，基因集变异分析	PENCIL框架	单细胞RNA测序数据	12个数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
7	2025-10-05	Intestinal epithelial adaptations to vertical sleeve gastrectomy defined at single-cell resolution 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110805 PMID:38309446	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了垂直袖状胃切除术对小鼠小肠上皮细胞的特异性影响	首次在单细胞分辨率下系统定义VSG对肠道上皮不同细胞谱系的特异性分子适应机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	阐明垂直袖状胃切除术诱导肠道适应性的细胞分子机制	小鼠小肠上皮细胞	单细胞组学	肥胖和糖尿病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	验证的小鼠模型	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
8	2025-10-05	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	系统性红斑狼疮患者对BNT162b2 SARS-CoV-2疫苗的先天性和适应性免疫应答受损	首次全面分析SLE患者接种mRNA疫苗后的先天与适应性免疫应答缺陷，并通过单细胞RNA测序发现疫苗诱导单核细胞群减少	样本量较小（19例SLE患者），未评估不同免疫抑制方案的具体影响	评估自身免疫疾病患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫应答特性	19例系统性红斑狼疮患者与56例健康对照志愿者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序，中和抗体检测，T细胞应答分析	NA	基因表达数据，免疫细胞计数数据	19例SLE患者，56例健康对照	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
9	2025-10-05	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本研究通过建立Son单倍体不足小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用	首次建立ZTTK综合征的小鼠模型，并系统阐明SON单倍体不足对多器官发育和造血谱系分化的影响机制	动物模型与人类疾病存在物种差异，部分病理机制仍需进一步验证	探究SON基因在器官发育和造血过程中的功能及其与ZTTK综合征的关联	Son单倍体不足小鼠模型	发育生物学	ZTTK综合征	单细胞转录组测序，表面标志物分析	小鼠疾病模型	基因表达数据，表型数据	未明确说明具体样本数量	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
10	2025-10-06	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07187-5 PMID:38509377	研究论文	本研究鉴定了一种表观遗传控制的记忆性星形胶质细胞亚群，该细胞在再次刺激时表现出加剧的促炎反应	首次发现星形胶质细胞具有表观遗传记忆能力，并阐明ACLY-p300代谢表观遗传轴在此过程中的调控机制	人类星形胶质细胞研究仅限于体外实验，需要更多体内验证	探究疾病相关星形胶质细胞亚群的稳定性及其在神经系统疾病中的作用机制	星形胶质细胞，实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型，多发性硬化症	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, ATAC-seq, ChIP-seq, FICSEQ, 体内CRISPR-Cas9基因编辑	NA	基因组学数据，表观遗传学数据，转录组数据	EAE急性和慢性模型，人类星形胶质细胞体外培养	NA	单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 染色质免疫沉淀测序	NA	NA
11	2025-10-06	Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies 2024-03-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad011 PMID:37022699	综述	本文系统综述了单细胞RNA测序和空间转录组学数据中差异表达分析的最新进展与挑战	首次针对多条件、多样本实验设计下的scRNA-seq和SRT数据差异表达分析工具进行系统性梳理，并提供方法选择与开发指导	未进行实证方法比较，主要提供理论框架和综述性指导	探讨单细胞和空间转录组数据中差异表达分析的特殊挑战与发展方向	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组学(SRT)数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
12	2025-10-06	An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data 2024-03-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac056 PMID:36752035	研究论文	提出一种改进的层次变分自编码器模型，利用单细胞RNA-seq数据自动估计细胞间通讯	结合层次变分自编码器和传递熵方法，无需依赖先验知识即可自动推断细胞间通讯关系	仅在人皮肤疾病和黑色素瘤数据集上进行了验证，需要更多数据集验证通用性	开发新方法准确估计肿瘤微环境中的细胞间通讯	单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯关系	生物信息学	皮肤疾病, 黑色素瘤	单细胞RNA测序	层次变分自编码器(HiVAE)	基因表达数据	NA	NA	single-cell RNA-seq	NA	NA
13	2025-10-06	Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion 2024-03-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad017 PMID:37208992	研究论文	提出一种基于深度信息融合的单细胞RNA-seq数据聚类方法scDeepFC	通过深度信息融合网络同时利用基因属性信息和细胞拓扑结构，结合ZINB模型处理dropout事件	NA	解决单细胞转录组数据聚类和插补的计算挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA-seq	深度自编码器, 图卷积网络	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
14	2025-10-06	Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19 2024-03-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad025 PMID:37340787	研究论文	通过整合单细胞RNA测序数据和全基因组关联分析数据，识别与甲型流感病毒感染和COVID-19相关的显著细胞类型	首次将流感GWAS数据与scRNA-seq数据整合分析，识别不同人群中的疾病相关细胞类型	需要更多后续研究的关注和验证	揭示与流感疾病相关的细胞类型，为理解发病机制提供线索	甲型流感病毒和COVID-19	生物信息学	呼吸道传染病	单细胞RNA测序, 全基因组关联分析	RolyPoly, LDSC-cts	基因组数据, 单细胞转录组数据	约70,000个细胞	NA	single-cell RNA-seq	NA	NA
15	2025-10-06	AI identifies potent inducers of breast cancer stem cell differentiation based on adversarial learning from gene expression data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae207 PMID:38701411	研究论文	基于对抗学习从基因表达数据中识别有效的乳腺癌干细胞分化诱导剂	开发了一种基于对抗学习的深度神经网络模型，能够有效消除不同数据域间的特异性偏差	仅基于转录组学数据，未考虑其他分子层面的信息	识别能够诱导乳腺癌干细胞分化的小分子化合物	乳腺癌干细胞(MDA-MB-231和MCF7细胞系)	机器学习	乳腺癌	单细胞RNA测序	深度神经网络, 对抗学习	基因表达数据	来自未处理人诱导多能干细胞不同分化阶段的公开单细胞RNA-Seq数据，以及LINCS数据库中的药物诱导基因表达谱	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
16	2025-10-06	scCRT: a contrastive-based dimensionality reduction model for scRNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae204 PMID:38701412	研究论文	提出了一种基于对比学习的降维模型scCRT，用于单细胞RNA测序数据的轨迹推断	整合了细胞级成对模块和集群级对比模块，充分利用上游分析的先验信息学习准确的细胞表示	NA	开发专门用于单细胞RNA测序轨迹推断的降维方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习降维模型	基因表达数据	54个真实数据集和81个合成数据集，总计135个数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
17	2025-10-06	scEWE: high-order element-wise weighted ensemble clustering for heterogeneity analysis of single-cell RNA-sequencing data 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae203 PMID:38701413	研究论文	提出一种基于高阶元素加权策略的单细胞RNA测序数据集成聚类方法scEWE	提出高阶元素加权策略，为单个细胞分配不同的基聚类权重，并提取细胞间的高阶信息增强相似性关系表示能力	NA	改进单细胞RNA测序数据的异质性分析性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成学习框架	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
18	2025-10-06	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	研究论文	开发了一个名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据是否适合轨迹推断并量化分析决策对轨迹属性的影响	提出了首个通过数据驱动评估来指导单细胞轨迹分析决策选择的框架，减少了方法选择的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序轨迹推断中分析方法选择的不确定性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
19	2025-10-06	Single-cell RNA-seq data analysis reveals functionally relevant biomarkers of early brain development and their regulatory footprints in human embryonic stem cells (hESCs) 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae230 PMID:38739758	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类胚胎干细胞早期神经元发育过程中的差异表达基因及其调控网络	首次在人类胚胎干细胞神经元分化过程中系统识别了539个差异表达基因，并构建了包含转录因子和miRNA的基因调控网络	研究仅基于体外培养的干细胞分化模型，未验证在体内环境中的适用性	阐明早期人类大脑发育的分子机制和转录调控动态	人类胚胎干细胞(hESCs)及其分化至神经元的细胞	单细胞组学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	人类胚胎干细胞分化第26天和第54天的单细胞样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
20	2025-10-06	Error modelled gene expression analysis (EMOGEA) provides a superior overview of time course RNA-seq measurements and low count gene expression 2024-03-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae233 PMID:38770716	研究论文	提出一种名为EMOGEA的RNA-seq数据分析框架，专门用于处理时序RNA-seq数据和低计数基因表达分析	开发了能够整合测量不确定性的分析框架，特别适用于监测动态现象，并能处理低计数转录本和小倍数变化的基因表达	NA	改进时序RNA-seq数据的分析方法，提高对动态基因调控过程的理解	时序RNA-seq数据，包括斑马鱼胚胎发育和小鼠植入前胚胎的单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	EMOGEA框架	RNA-seq数据，单细胞RNA-seq数据	NA	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA