单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 447 篇文献，本页显示第 161 - 180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-05 |
Astrocyte-like subpopulation of NG2 glia in the adult mouse cortex exhibits characteristics of neural progenitor cells
2024-02, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24471
PMID:37772368
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研究论文 | 本研究探讨了成年小鼠皮层中NG2胶质细胞的特性及其在缺血后的功能 | 首次发现NG2胶质细胞具有神经祖细胞的表型，并显示其在缺血后可能发展为神经元样细胞 | 研究主要集中在小鼠模型中，结果是否适用于人类尚需进一步验证 | 调查缺血脑中NG2胶质细胞的特性及功能 | 使用转基因小鼠标记NG2表达细胞及其后代 | 数字病理学 | 脑缺血 | 单细胞RNA测序、膜片钳技术 | NA | 基因表达数据、免疫组化分析 | 转基因小鼠的不同亚群体，具体样本数量未说明 |
| 162 | 2024-08-05 |
Cell type evolution reconstruction across species through cell phylogenies of single-cell RNA sequencing data
2024-Feb, Nature ecology & evolution
IF:13.9Q1
DOI:10.1038/s41559-023-02281-9
PMID:38182680
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研究论文 | 该论文探讨了细胞类型的起源和进化，利用单细胞RNA测序数据重建细胞谱系 | 首次通过显式的谱系学方法应用于单细胞数据，使用主成分作为谱系特征以构建细胞谱系 | 谱系构建依赖于现有的数据，可能受限于样本的多样性和数量 | 研究细胞类型的进化及其在不同物种之间的比较 | 来自五种远缘相关哺乳动物的眼细胞的比较单细胞数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 主成分分析 | 基因表达数据 | 五种哺乳动物的眼细胞数据集 |
| 163 | 2024-08-04 |
TFvelo: gene regulation inspired RNA velocity estimation
2024-Feb-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45661-w
PMID:38360714
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研究论文 | TFvelo 是一种扩展 RNA 速度概念的模型，通过引入基因调控信息来提高模型的准确性 | 提出了一种不依赖剪接信息的 RNA 速度估计方法，结合了基因调控信息 | 可能在某些数据集上表现不佳，具体限制未在文中详细说明 | 提高 RNA 速度估计的准确性，拓宽其在单细胞数据上的应用 | 基因动态和细胞伪时间的推断 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 合成数据和多组单细胞 RNA-seq 数据集 | 具体样本数量未在文中说明 |
| 164 | 2024-08-04 |
Progress in single-cell multimodal sequencing and multi-omics data integration
2024-Feb, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-023-01092-3
PMID:38495443
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综述 | 本文总结了单细胞多模态组学数据的实验方法和多组学数据整合的计算方法 | 提出了将多种单细胞组学技术整合以获得更全面的细胞状态 | 可能没有深入探讨每种整合技术的具体应用和局限性 | 旨在探讨单细胞多模态组学及其数据整合在理解细胞状态和基因调控中的应用 | 单细胞多模态组学技术和数据整合方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 组学数据 | NA |
| 165 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals granzyme K-expressing cytotoxic Tfh cells in tertiary lymphoid structures in IgG4-RD
2024-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.019
PMID:37652139
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研究论文 | 本研究揭示了在IgG4相关疾病患者的三级淋巴结构中表达颗粒酶K的细胞毒性Tfh细胞。 | 发现了一种新的HLA+GZMK+细胞毒性Tfh细胞亚群，并提出浸润的Tfr细胞可能抑制这些细胞的功能。 | 研究主要集中在IgG4相关疾病患者的特定组织，可能限制了结果的广泛适用性。 | 通过单细胞转录组学识别IgG4-RD患者三级淋巴结构中的GC-Tfh细胞亚群。 | 来自IgG4相关疾病患者的组织浸润T细胞。 | 数字病理 | IgG4相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 已分析的样本来自IgG4相关疾病患者的受累病灶中的CD3+ T细胞 |
| 166 | 2024-08-05 |
Genome-wide meta-analysis implicates variation affecting mast cell biology in urticaria
2024-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.033
PMID:37690594
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研究论文 | 本研究通过全基因组关联研究确定了影响荨麻疹易感性的基因组位点 | 识别了6个基因组位点与荨麻疹相关的常见遗传变异，这些位点涉及肥大细胞生物学中的特定基因 | 缺乏对其他种族或地区的研究结果，这可能限制了结果的普遍性 | 旨在确定影响荨麻疹易感性的基因组位点 | 研究对象为来自三个欧洲队列的荨麻疹病例和对照组 | 数字病理学 | 荨麻疹 | 全基因组关联研究 | NA | 遗传数据 | 14,306个荨麻疹病例和650,664个对照 |
| 167 | 2024-08-05 |
Unravelling the heterogeneity of oral squamous cell carcinoma by integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data
2024-02, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18108
PMID:38279519
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研究论文 | 本研究通过单细胞和整体转录组数据的综合分析揭示了口腔鳞状细胞癌的异质性 | 识别出四种主要的肿瘤细胞亚群及其独特的分子特征和功能特性，并探讨其与肿瘤微环境的相互作用 | 研究可能没有涵盖所有潜在的亚群和与其相关的临床特征 | 探讨口腔鳞状细胞癌组织中肿瘤细胞的异质性及其与肿瘤微环境的相互作用 | 口腔鳞状细胞癌组织中的肿瘤细胞亚群及其功能特征 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 168 | 2024-08-05 |
A multi-dimensional approach to unravel the intricacies of lactylation related signature for prognostic and therapeutic insight in colorectal cancer
2024-02-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04955-9
PMID:38419085
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研究论文 | 该研究探讨了乳酸化在结直肠癌中的作用及其相关基因特征 | 该研究首创性地发现了结直肠癌中全球乳酸化的显著升高，并确认其作为CRC的独立预后因素 | 该研究的局限性未在摘要中明确提及 | 本研究旨在识别乳酸化相关基因与结直肠癌预后之间的关系 | 研究对象为结直肠癌患者的肿瘤组织及细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序、Cox回归和Lasso回归分析 | NA | 组织微阵列、基因组数据库、细胞系 | 在研究中涉及了多个结直肠癌患者的样本，但具体样本数量未在摘要中提供 |
| 169 | 2024-08-04 |
Metabolic heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma revealed by single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics
2024-02-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04848-x
PMID:38414015
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研究论文 | 本研究揭示了透明细胞肾细胞癌的代谢异质性 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢变化 | 研究主要集中在透明细胞肾细胞癌，可能不适用于其他肿瘤类型 | 分析透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境的代谢重编程 | 透明细胞肾细胞癌及其肿瘤微环境中的多种细胞类型 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 195个样本 |
| 170 | 2024-08-05 |
Integrative single-cell transcriptomic analyses reveal the cellular ontological and functional heterogeneities of primary and metastatic liver tumors
2024-02-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04947-9
PMID:38414027
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研究论文 | 本文阐述了原发性和转移性肝肿瘤细胞生态的本体论和功能异质性 | 通过单细胞转录组学分析，揭示了肝肿瘤微环境中新发现的细胞群体及其功能差异 | 本研究主要基于已获得的转录组数据，可能存在样本偏差 | 明确原发性和转移性肝肿瘤细胞生态系统的异质性 | 原发性肝肿瘤、转移性肝肿瘤及非肿瘤肝组织的细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-seq、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 171 | 2024-08-05 |
Decoding the transcriptional heterogeneity, differentiation lineage, clinical significance in tissue-resident memory CD8 T cell of the small intestine by single-cell analysis
2024-02-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04978-2
PMID:38403590
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了小肠组织驻留记忆CD8 T细胞的转录异质性、分化谱系及临床意义 | 首次整合scRNA-seq和scTCR-seq数据探索小肠Trm细胞的异质性和其发育途径 | 未详细探讨Trm细胞在不同组织中的功能差异以及其他细胞类型的影响 | 研究小肠组织驻留记忆T细胞的转录特征和发育路径 | 小肠中的组织驻留记忆CD8 T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq和scTCR-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 172 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Communication in Diabetic Retinopathy
2024-Feb-21, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
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研究论文 | 本研究首次基于单细胞RNA测序调查了RPE细胞在糖尿病视网膜病变中的细胞间信号传递机制 | 该研究首次揭示了RPE细胞在糖尿病视网膜病变进展中传递信号的作用 | 该研究依赖于小鼠模型，可能不能完全代表人类疾病 | 研究糖尿病视网膜病变中视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞之间的受体-配体通信 | 小鼠视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞的通信 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用GEO数据库的一个小鼠单细胞RNA测序数据集 (GSE178121) |
| 173 | 2024-08-05 |
A single-cell atlas of the murine pancreatic ductal tree identifies novel cell populations with potential implications in pancreas regeneration and exocrine pathogenesis
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582044
PMID:38463969
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序全面描述了小鼠胰腺导管的异质性，识别了新的细胞群体，可能对胰腺再生和外分泌病理有重要影响 | 识别出15个胰腺健康状态下共存的导管细胞群体，并揭示了其在组织形成和内分泌分化中的潜力 | 主要研究集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类胰腺的复杂特征 | 研究胰腺导管细胞的异质性及其在胰腺再生和外分泌病理中的作用 | 小鼠胰腺导管的不同细胞群体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 使用胰腺伤害模型、胰腺肿瘤样本，以及健康胰腺样本 |
| 174 | 2024-08-04 |
A statistical learning method for simultaneous copy number estimation and subclone clustering with single-cell sequencing data
2024-02-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278098.123
PMID:38290978
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研究论文 | 本研究开发了一种基于融合套索模型的亚克隆聚类方法FLCNA，旨在同时检测单细胞DNA测序数据中的拷贝数异常(CNA) | FLCNA方法通过融合套索模型实现了同时检测CNA和亚克隆聚类，克服了现有方法可能产生的错误结果 | 未提及具体的限制 | 研究旨在改善在复杂细胞群体中亚克隆识别的准确性 | 研究对象为乳腺癌的单细胞DNA测序数据集 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞DNA测序（scDNA-seq） | 融合套索模型 | 基因组数据 | 未提及具体样本量 |
| 175 | 2024-08-04 |
A Bayesian framework to study tumor subclone-specific expression by combining bulk DNA and single-cell RNA sequencing data
2024-02-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278234.123
PMID:38195207
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研究论文 | 本研究开发了一种Bayesian框架scBayes，以结合肿瘤亚克隆特定的基因表达和基因组数据。 | 提出了一种新方法，通过结合bulk DNA测序和单细胞RNA测序数据，填补了肿瘤亚克隆结构与转录组异质性之间的缺口。 | 使用了模拟数据及生物学数据集进行验证，但缺乏更广泛的临床数据。 | 研究肿瘤亚克隆特定的基因表达，为癌症的演化和耐药机制提供新的见解。 | 针对来自同一肿瘤的bulk DNA和单细胞RNA测序数据进行分析。 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序，bulk DNA测序 | Bayesian模型 | 基因组数据和RNA测序数据 | 使用生物数据集和模拟数据集进行验证，具体样本规模未明确说明 |
| 176 | 2024-08-05 |
Data integration and inference of gene regulation using single-cell temporal multimodal data with scTIE
2024-02-07, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277960.123
PMID:38190633
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研究论文 | 本研究提出scTIE，一种整合时间多模态数据并推测基因调控关系的方法 | scTIE通过使用自编码器和迭代最优传输，联合分析不同时间点的细胞数据，提供了对细胞转态变化的预测 | 该研究主要集中在单细胞数据集的整合上，可能对其他类型的数据整合不适用 | 旨在通过整合和推断基因调控关系，理解细胞状态变化的机制 | 研究对象为不同时间点的单细胞样本 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq 和 scATAC-seq | 自编码器 | 时间序列的多模态数据 | 使用多种合成和真实的时间多模态数据集进行验证 |
| 177 | 2024-08-05 |
Transcriptional programs mediating neuronal toxicity and altered glial-neuronal signaling in a Drosophila knock-in tauopathy model
2024-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.02.578624
PMID:38352559
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas基因编辑技术构建了前额叶痴呆的果蝇模型，并探讨了神经元功能障碍和死亡的分子机制 | 该研究使用自有基因编辑方法忠实地重现了人类疾病的遗传背景与表型特征 | 该研究使用的模型可能无法完全代表人类疾病的所有复杂性 | 研究前额叶痴呆中tau蛋白突变导致的神经元毒性及胶质细胞-神经元信号改变的分子机制 | 进行单细胞RNA测序分析的果蝇，具体包括tau P251L突变体和对照果蝇 | 数字病理 | 前额叶痴呆 | CRISPR-Cas基因编辑 | 突变体模型 | 单细胞RNA测序数据 | 约130,000个细胞 |
| 178 | 2024-08-04 |
An atlas of cell-type-specific interactome networks across 44 human tumor types
2024-02-12, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01303-w
PMID:38347596
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研究论文 | 本研究提出了一种涵盖44种人类肿瘤类型的细胞类型特异性相互作用网络图谱。 | 开发了名为CellNetdb的数据门户，为研究人员提供细胞类型特异性相互作用网络的全面资源，并识别了不同肿瘤类型中的共同特征和差异。 | 尚未明确指出具体的研究限制 | 研究细胞类型中特异性相互作用网络以及其在肿瘤微环境中的作用。 | 563名患者和44种不同类型的肿瘤样本。 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 563个患者的样本，涉及44种不同的肿瘤类型 |
| 179 | 2024-08-05 |
Soluble PD-L1 reprograms blood monocytes to prevent cerebral edema and facilitate recovery after ischemic stroke
2024-02, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2023.12.007
PMID:38070624
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研究论文 | 这篇文章探讨了可溶性PD-L1如何通过重新编程血液单核细胞来预防脑水肿并促进缺血性中风后的恢复。 | 相关研究首次展示了PD-1阳性单核细胞作为sPD-L1的治疗靶点的潜力。 | 研究在小鼠模型中进行，实际临床应用的效果和安全性仍需进一步验证。 | 研究PD-L1在急性缺血性中风恢复中的治疗潜力。 | 研究对象为急性缺血性中风患者的循环单核细胞以及小鼠模型。 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序 | 小鼠中动脉闭塞（MCAO）模型 | 生物样本 | 涉及人类患者和小鼠模型，具体样本量未列明 |
| 180 | 2024-08-05 |
Unlocking the potential of senescence-related gene signature as a diagnostic and prognostic biomarker in sepsis: insights from meta-analyses, single-cell RNA sequencing, and in vitro experiments
2024-02-26, Aging
DOI:10.18632/aging.205574
PMID:38412321
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研究论文 | 该研究开发了一个与衰老相关的基因特征，以作为脓毒症的诊断和预后生物标志物 | 研究揭示了衰老相关基因在脓毒症中的诊断和预后价值，并提供了新的生物标志物候选 | 研究中样本来自单一基因表达数据库，可能影响结果的普适性 | 探讨衰老相关基因特征作为脓毒症的生物标志物的潜力 | 研究对象包括脓毒症样本和健康对照样本 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 42个对照样本和760个脓毒症样本 |