单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-09-11	Reprogramming macrophage by targeting VEGF and CD40 potentiates OX40 immunotherapy 2024-02-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149546 PMID:38266314	研究论文	研究通过靶向VEGF和CD40重编程巨噬细胞，增强OX40免疫疗法的抗肿瘤效果	首次分析了抗OX40治疗对巨噬细胞的抗肿瘤作用，并发现VEGF和CD40信号通路的动态变化，提出这些可能是提高抗OX40激动剂疗效的潜在联合靶点	研究仅限于体外实验和细胞水平的分析，尚未进行临床试验验证	探索提高OX40免疫疗法抗肿瘤疗效的机制和策略	肿瘤浸润免疫细胞、巨噬细胞、VEGF和CD40信号通路	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个时间点的肿瘤浸润免疫细胞样本
142	2024-09-06	A Cell Cycle-aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-cell RNA-seq and ATAC-seq 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578213 PMID:38352302	研究论文	本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于去除单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异	首次提出了一种计算模型来研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应	未提及	研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应	单细胞RNA测序和ATAC测序数据的集成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	细胞周期感知网络（CCAN）	单细胞RNA测序数据，单细胞ATAC测序数据	多个基准数据集
143	2024-09-01	Variable expression of MECP2, CDKL5, and FMR1 in the human brain: Implications for gene restorative therapies 2024-Feb-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2312757121 PMID:38386709	研究论文	本文通过元分析单细胞转录组学数据，研究了MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性，并探讨了这些变异性对基因修复疗法的潜在影响	首次系统地分析了MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑不同发育阶段、不同脑区和多个供体中的表达变异性，为基因修复疗法提供了新的治疗窗口和潜在的生物标志物	文章中提到的基因疗法、基因编辑和选择性Xi激活方法在脑组织渗透和整体递送方面仍面临挑战	探讨MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性，以及这些变异性对基因修复疗法的影响	MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性	神经发育	神经发育障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个供体和多个脑区的数据
144	2024-08-29	Highly Accurate Estimation of Cell Type Abundance in Bulk Tissues Based on Single-Cell Reference and Domain Adaptive Matching 2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306329 PMID:38072669	研究论文	本文介绍了一种名为SCROAM的新型计算方法，用于基于单细胞参考和域自适应匹配，准确估计大量组织中的细胞类型丰度	SCROAM方法通过将单细胞和大量RNA测序数据转换到共享特征空间，有效消除了潜在空间中的分布差异，从而提高了细胞类型识别的准确性	NA	旨在提高对复杂组织细胞组成的识别准确性，以更好地理解疾病发病机制、早期诊断和预防	单细胞和大量RNA测序数据，以及小鼠脊髓组织	数字病理学	肝癌，胶质母细胞瘤	RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及小鼠脊髓组织和多种癌症组织
145	2024-08-29	Targeting YAP1-regulated Glycolysis in Fibroblast-Like Synoviocytes Impairs Macrophage Infiltration to Ameliorate Diabetic Osteoarthritis Progression 2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202304617 PMID:38044289	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨糖尿病性骨关节炎中滑膜细胞的组成，发现纤维母细胞样滑膜细胞中YAP1调控的糖酵解增加是导致滑膜巨噬细胞浸润和极化的关键因素，并开发了一种新型纳米粒子治疗策略。	首次揭示YAP1/TXNIP信号轴在纤维母细胞样滑膜细胞中调控糖酵解的作用，并开发了一种针对糖尿病性骨关节炎的新型治疗策略。	NA	探讨糖尿病性骨关节炎中免疫细胞与纤维母细胞样滑膜细胞的相互作用及其在疾病进展中的作用。	糖尿病性骨关节炎患者的滑膜细胞及纤维母细胞样滑膜细胞。	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及糖尿病性骨关节炎患者的滑膜细胞及db/db糖尿病骨关节炎小鼠模型。
146	2024-08-29	Pan-Cancer Single-Nucleus Total RNA Sequencing Using snHH-Seq 2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202304755 PMID:38010945	研究论文	本文开发了一种名为snHH-seq的高通量和高灵敏度方法，用于对临床冷冻样本中的单个细胞核进行总RNA测序，并应用于多种肿瘤类型的研究。	snHH-seq方法结合了随机引物和预索引策略，能够在单个细胞核水平上检测总RNA，为肿瘤异质性研究提供了新的工具。	NA	研究肿瘤异质性及其对肿瘤进展和癌症治疗的影响。	单个细胞核中的总RNA。	数字病理学	多种肿瘤类型	snHH-seq	NA	RNA序列数据	超过730,000个单个细胞核，来自32名不同肿瘤类型的患者
147	2024-08-29	Deciphering Immune Landscape Remodeling Unravels the Underlying Mechanism for Synchronized Muscle and Bone Aging 2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202304084 PMID:38088531	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了人体肌肉和骨骼的衰老相关转录动力学，揭示了脂质相关巨噬细胞（TREM2 Macs）在肌肉和骨骼衰老中的作用及其分子机制。	首次揭示了TREM2 Macs在肌肉和骨骼同步衰老中的保守作用，并阐明了其通过CD6-ALCAM信号通路调节SPP1表达的机制。	研究仅限于人体肌肉和骨骼的单细胞RNA测序分析，未涉及其他组织或动物模型。	探究肌肉和骨骼同步衰老的潜在机制。	人体肌肉和骨骼的衰老过程及其相关细胞和分子机制。	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人体肌肉和骨骼样本
148	2024-08-28	Single-cell RNA sequencing reveals association of aberrant placental trophoblasts and FN1 reduction in late-onset fetal growth restriction 2024-02, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2023.12.022 PMID:38160601	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了异常胎盘滋养层细胞与FN1减少在晚发型胎儿生长受限中的关联	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了胎盘细胞的异质性，并探讨了滋养层亚型在胎儿生长受限发病机制中的细胞和分子水平作用	研究样本量较小，仅包括四名孕妇的胎盘样本，可能影响结果的普遍性	旨在表征胎盘细胞在单细胞水平的异质性，并研究滋养层亚型在胎儿生长受限发病机制中的作用	胎盘细胞，特别是滋养层细胞及其亚型	数字病理学	胎儿生长受限	单细胞RNA测序	NA	细胞	39,161个细胞，来自两名正常孕妇和两名患有胎儿生长受限的孕妇的胎盘
149	2024-08-28	MZB1-expressing cells are essential for local immunoglobulin production in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-02, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2023.10.008 PMID:37852603	研究论文	研究MZB1阳性B细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中的作用及其对局部免疫球蛋白过度产生的影响	首次揭示了MZB1在CRSwNP中与局部IgE产生的关系，并通过单细胞RNA测序等技术详细分析了MZB1阳性B细胞的特征	研究主要集中在CRSwNP患者，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他疾病或更广泛的人群	探讨MZB1阳性B细胞在CRSwNP中的作用及其对局部免疫球蛋白产生的影响	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者中的MZB1阳性B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫组织化学，免疫荧光染色，Western blot，QuantiGene Plex assay，B-cell ImmunoSpot assay，Luminex assay，酶联免疫吸附试验	NA	单细胞RNA测序数据	CRSwNP患者与健康对照组的鼻组织和外周血单个核细胞
150	2024-08-25	Immunosuppressive CD29+ Treg accumulation in the liver in mice on checkpoint inhibitor therapy 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330024 PMID:37770128	研究论文	本研究使用流式细胞术和单细胞RNA测序技术，探讨了免疫检查点抑制剂治疗前后小鼠肝脏中调节性T细胞（Tregs）的特征和变化	发现肝脏中的CD29+ Tregs在免疫检查点抑制剂治疗后数量翻倍，且这种扩张并非由PD-1表达的Tregs主导，而是CD29+ Tregs的特异性反应	NA	探讨免疫检查点抑制剂治疗对肝脏中调节性T细胞的影响及其在肿瘤免疫抵抗中的作用	小鼠肝脏中的调节性T细胞（Tregs）及其亚群CD29+ Tregs	免疫学	肿瘤	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠肝脏和脾脏中的Tregs
151	2024-08-18	Functional Contribution and Clinical Implication of Cancer-Associated Fibroblasts in Glioblastoma 2024-02-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0493 PMID:38060213	研究论文	本研究旨在揭示癌症相关成纤维细胞（CAF）在胶质母细胞瘤（GBM）中的分子特征、细胞作用及其在肿瘤发生中的潜在影响	首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，详细描述了CAF在GBM中的转录组特征及其与恶性GBM细胞的相互作用	研究主要基于体外细胞模型和转录组数据，未来研究需进一步验证临床样本中的发现	探索CAF在GBM中的功能贡献及其临床意义	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	涉及三个大型队列，包含批量RNA-seq数据和临床信息
152	2024-08-15	Single-cell atlas of the liver myeloid compartment before and after cure of chronic viral hepatitis 2024-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.02.040 PMID:36972796	研究论文	本研究利用基于板的单细胞RNA测序技术，深入分析了慢性丙型肝炎病毒（HCV）感染患者在接受直接作用抗病毒药物（DAAs）治疗前后肝脏髓系细胞的变化。	发现了治疗后细胞类型的特异性变化，如增殖的CD1C+常规树突状细胞的增加，以及病毒载量与治疗后干扰素刺激基因表达之间的反向关系。	NA	研究慢性病毒感染治愈后肝脏免疫系统的变化，为开发新的治疗策略提供见解。	慢性丙型肝炎病毒感染患者的肝脏髓系细胞。	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	慢性丙型肝炎病毒感染患者的肝脏细针抽吸样本
153	2024-08-14	The GATA transcriptional program dictates cell fate equilibrium to establish the maternal-fetal exchange interface and fetal development 2024-Feb-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2310502121 PMID:38346193	研究论文	本文研究了GATA转录因子在胎盘发育中的作用，特别是其在母胎交换界面建立中的关键角色	揭示了GATA2和GATA3在胎盘发育中的协同作用，以及它们在促进滋养层祖细胞向合体滋养层细胞分化中的重要性	NA	探讨GATA转录因子在胎盘发育和母胎交换界面建立中的作用	小鼠和人类的胎盘发育	NA	妊娠失败	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎和人类滋养层干细胞
154	2024-08-07	Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling 2024-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.15.558001 PMID:37745478	研究论文	本文评估了七种高表现单细胞RNA测序批次校正技术在图像细胞分析中的应用效果	提出了一个评估框架和指标，用于未来评估新的批次校正方法	仅限于使用Cell Painting数据集进行评估	解决图像细胞分析数据集成和解释中的批次效应问题	七种不同的批次校正技术在图像细胞分析中的表现	计算机视觉	NA	scRNA-seq	混合模型	图像	使用的是最大的公开可访问图像数据集Cell Painting
155	2024-08-07	Studying temporal dynamics of single cells: expression, lineage and regulatory networks 2024-Feb, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-023-01090-5 PMID:38495440	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，通过计算方法研究细胞分化和细胞命运决定的时空动态	总结了轨迹推断（TI）、谱系追踪（LT）和基因调控网络（GRN）推断等不同计算方法的优势和局限	讨论了不同方法的局限性	探讨多细胞器官从单细胞到不同细胞类型的发育过程	研究细胞分化和细胞命运决定	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
156	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis deciphers heterogenous cancer stem-like cells in colorectal cancer and their organ-specific metastasis 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330243 PMID:38050068	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和空间转录组分析，揭示了结直肠癌中异质性癌症干细胞样细胞及其器官特异性转移的机制	首次通过综合分析揭示了结直肠癌中具有高PTPRO和ASCL2表达的干细胞样细胞群是转移的关键，并展示了这些细胞群在肝脏和卵巢转移中的特异性	NA	揭示结直肠癌中异质性癌症细胞的类型及其器官特异性转移的机制	结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移中的单细胞转录组	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移的样本
157	2024-08-04	Cell-type deconvolution of bulk-blood RNA-seq reveals biological insights into neuropsychiatric disorders 2024-02-01, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.018 PMID:38306997	研究论文	本研究通过对大规模血液RNA测序数据进行细胞类型解卷积，提供了精神疾病的生物学见解	本研究使用计算推断细胞类型比重和基因表达，发现了多个未通过常规分析得出的与精神疾病相关的基因	该研究的细胞类型特定信号可能仍会受到某些因素的影响，且未使用单细胞测序	探讨基因变异与精神疾病风险之间的因果机制	来自1730例患有双相情感障碍和精神分裂症个体的全血样本	数字病理学	精神疾病	RNA测序	NA	血液样本	1730个全血样本
158	2024-08-04	Landscape of Epstein-Barr virus gene expression and perturbations in cancer 2024-Feb-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3911441/v1 PMID:38352479	研究论文	该文章研究了EB病毒在癌症中的基因表达及其扰动	首次识别出RPMS1非编码RNA通过干扰素反应的破坏支持癌细胞特性	研究中未详细探讨癌细胞和健康细胞的具体环境交互	探索EB病毒在癌症中的基因表达及其对癌细胞特性的影响	研究与EB病毒相关的肿瘤及其细胞特性	数字病理学	NA	长读长单分子测序	NA	转录组数据	通过单细胞测序分离了来自同一组织活检的癌细胞和健康细胞
159	2024-08-05	Collagen induction of immune cells in the mammary glands during pregnancy 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00098.2023 PMID:37955336	研究论文	该研究评估了妊娠-哺乳周期中乳腺胶原蛋白的动态变化	本研究首次显示免疫细胞在乳腺胶原动态中发挥作用	本研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未能涵盖所有细胞类型的完整情况	阐明妊娠-哺乳周期中乳腺胶原的动态特征	乳腺组织中的免疫细胞和间质细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
160	2024-08-04	STIGMA: Single-cell tissue-specific gene prioritization using machine learning 2024-02-01, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.011 PMID:38228144	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA-seq数据的针对特定组织的基因优先排序方法STIGMA	STIGMA通过学习不同细胞类型在健康器官生成过程中的基因表达动态，弥补了现有方法未能捕捉细胞亚群体表达异质性的不足	未提及具体局限性	研究主要致力于利用单细胞转录组数据优先排序与罕见先天疾病相关的候选基因	研究对象包括小鼠肢体和人类胎心的单细胞RNA-seq数据集，以及特定先天性疾病患者的基因变异	机器学习	先天性疾病	单细胞RNA-seq（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及7,958个个体的研究，特定病例的样本数量未明确说明