单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-05	Unravelling the heterogeneity of oral squamous cell carcinoma by integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data 2024-02, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18108 PMID:38279519	研究论文	本研究通过单细胞和整体转录组数据的综合分析揭示了口腔鳞状细胞癌的异质性	识别出四种主要的肿瘤细胞亚群及其独特的分子特征和功能特性，并探讨其与肿瘤微环境的相互作用	研究可能没有涵盖所有潜在的亚群和与其相关的临床特征	探讨口腔鳞状细胞癌组织中肿瘤细胞的异质性及其与肿瘤微环境的相互作用	口腔鳞状细胞癌组织中的肿瘤细胞亚群及其功能特征	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
142	2024-08-05	A multi-dimensional approach to unravel the intricacies of lactylation related signature for prognostic and therapeutic insight in colorectal cancer 2024-02-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04955-9 PMID:38419085	研究论文	该研究探讨了乳酸化在结直肠癌中的作用及其相关基因特征	该研究首创性地发现了结直肠癌中全球乳酸化的显著升高，并确认其作为CRC的独立预后因素	该研究的局限性未在摘要中明确提及	本研究旨在识别乳酸化相关基因与结直肠癌预后之间的关系	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤组织及细胞系	数字病理学	结直肠癌	免疫组化、单细胞RNA测序、Cox回归和Lasso回归分析	NA	组织微阵列、基因组数据库、细胞系	在研究中涉及了多个结直肠癌患者的样本，但具体样本数量未在摘要中提供
143	2024-08-04	Metabolic heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma revealed by single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics 2024-02-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04848-x PMID:38414015	研究论文	本研究揭示了透明细胞肾细胞癌的代谢异质性	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢变化	研究主要集中在透明细胞肾细胞癌，可能不适用于其他肿瘤类型	分析透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境的代谢重编程	透明细胞肾细胞癌及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	转录组数据	195个样本
144	2024-08-05	Integrative single-cell transcriptomic analyses reveal the cellular ontological and functional heterogeneities of primary and metastatic liver tumors 2024-02-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04947-9 PMID:38414027	研究论文	本文阐述了原发性和转移性肝肿瘤细胞生态的本体论和功能异质性	通过单细胞转录组学分析，揭示了肝肿瘤微环境中新发现的细胞群体及其功能差异	本研究主要基于已获得的转录组数据，可能存在样本偏差	明确原发性和转移性肝肿瘤细胞生态系统的异质性	原发性肝肿瘤、转移性肝肿瘤及非肿瘤肝组织的细胞	数字病理学	肝癌	scRNA-seq、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
145	2024-08-05	Decoding the transcriptional heterogeneity, differentiation lineage, clinical significance in tissue-resident memory CD8 T cell of the small intestine by single-cell analysis 2024-02-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04978-2 PMID:38403590	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了小肠组织驻留记忆CD8 T细胞的转录异质性、分化谱系及临床意义	首次整合scRNA-seq和scTCR-seq数据探索小肠Trm细胞的异质性和其发育途径	未详细探讨Trm细胞在不同组织中的功能差异以及其他细胞类型的影响	研究小肠组织驻留记忆T细胞的转录特征和发育路径	小肠中的组织驻留记忆CD8 T细胞	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq和scTCR-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
146	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Communication in Diabetic Retinopathy 2024-Feb-21, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303286652240214110511 PMID:38988068	研究论文	本研究首次基于单细胞RNA测序调查了RPE细胞在糖尿病视网膜病变中的细胞间信号传递机制	该研究首次揭示了RPE细胞在糖尿病视网膜病变进展中传递信号的作用	该研究依赖于小鼠模型，可能不能完全代表人类疾病	研究糖尿病视网膜病变中视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞之间的受体-配体通信	小鼠视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞的通信	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用GEO数据库的一个小鼠单细胞RNA测序数据集 (GSE178121)
147	2024-08-05	A single-cell atlas of the murine pancreatic ductal tree identifies novel cell populations with potential implications in pancreas regeneration and exocrine pathogenesis 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582044 PMID:38463969	研究论文	本文通过单细胞转录组测序全面描述了小鼠胰腺导管的异质性，识别了新的细胞群体，可能对胰腺再生和外分泌病理有重要影响	识别出15个胰腺健康状态下共存的导管细胞群体，并揭示了其在组织形成和内分泌分化中的潜力	主要研究集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类胰腺的复杂特征	研究胰腺导管细胞的异质性及其在胰腺再生和外分泌病理中的作用	小鼠胰腺导管的不同细胞群体	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞数据	使用胰腺伤害模型、胰腺肿瘤样本，以及健康胰腺样本
148	2024-08-04	A statistical learning method for simultaneous copy number estimation and subclone clustering with single-cell sequencing data 2024-02-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278098.123 PMID:38290978	研究论文	本研究开发了一种基于融合套索模型的亚克隆聚类方法FLCNA，旨在同时检测单细胞DNA测序数据中的拷贝数异常(CNA)	FLCNA方法通过融合套索模型实现了同时检测CNA和亚克隆聚类，克服了现有方法可能产生的错误结果	未提及具体的限制	研究旨在改善在复杂细胞群体中亚克隆识别的准确性	研究对象为乳腺癌的单细胞DNA测序数据集	数字病理学	乳腺癌	单细胞DNA测序（scDNA-seq）	融合套索模型	基因组数据	未提及具体样本量
149	2024-08-04	A Bayesian framework to study tumor subclone-specific expression by combining bulk DNA and single-cell RNA sequencing data 2024-02-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278234.123 PMID:38195207	研究论文	本研究开发了一种Bayesian框架scBayes，以结合肿瘤亚克隆特定的基因表达和基因组数据。	提出了一种新方法，通过结合bulk DNA测序和单细胞RNA测序数据，填补了肿瘤亚克隆结构与转录组异质性之间的缺口。	使用了模拟数据及生物学数据集进行验证，但缺乏更广泛的临床数据。	研究肿瘤亚克隆特定的基因表达，为癌症的演化和耐药机制提供新的见解。	针对来自同一肿瘤的bulk DNA和单细胞RNA测序数据进行分析。	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序，bulk DNA测序	Bayesian模型	基因组数据和RNA测序数据	使用生物数据集和模拟数据集进行验证，具体样本规模未明确说明
150	2024-08-05	Data integration and inference of gene regulation using single-cell temporal multimodal data with scTIE 2024-02-07, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.277960.123 PMID:38190633	研究论文	本研究提出scTIE，一种整合时间多模态数据并推测基因调控关系的方法	scTIE通过使用自编码器和迭代最优传输，联合分析不同时间点的细胞数据，提供了对细胞转态变化的预测	该研究主要集中在单细胞数据集的整合上，可能对其他类型的数据整合不适用	旨在通过整合和推断基因调控关系，理解细胞状态变化的机制	研究对象为不同时间点的单细胞样本	数字病理学	NA	scRNA-seq 和 scATAC-seq	自编码器	时间序列的多模态数据	使用多种合成和真实的时间多模态数据集进行验证
151	2024-08-05	Transcriptional programs mediating neuronal toxicity and altered glial-neuronal signaling in a Drosophila knock-in tauopathy model 2024-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.02.578624 PMID:38352559	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas基因编辑技术构建了前额叶痴呆的果蝇模型，并探讨了神经元功能障碍和死亡的分子机制	该研究使用自有基因编辑方法忠实地重现了人类疾病的遗传背景与表型特征	该研究使用的模型可能无法完全代表人类疾病的所有复杂性	研究前额叶痴呆中tau蛋白突变导致的神经元毒性及胶质细胞-神经元信号改变的分子机制	进行单细胞RNA测序分析的果蝇，具体包括tau P251L突变体和对照果蝇	数字病理	前额叶痴呆	CRISPR-Cas基因编辑	突变体模型	单细胞RNA测序数据	约130,000个细胞
152	2024-08-04	An atlas of cell-type-specific interactome networks across 44 human tumor types 2024-02-12, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01303-w PMID:38347596	研究论文	本研究提出了一种涵盖44种人类肿瘤类型的细胞类型特异性相互作用网络图谱。	开发了名为CellNetdb的数据门户，为研究人员提供细胞类型特异性相互作用网络的全面资源，并识别了不同肿瘤类型中的共同特征和差异。	尚未明确指出具体的研究限制	研究细胞类型中特异性相互作用网络以及其在肿瘤微环境中的作用。	563名患者和44种不同类型的肿瘤样本。	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	563个患者的样本，涉及44种不同的肿瘤类型
153	2024-08-05	Soluble PD-L1 reprograms blood monocytes to prevent cerebral edema and facilitate recovery after ischemic stroke 2024-02, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.12.007 PMID:38070624	研究论文	这篇文章探讨了可溶性PD-L1如何通过重新编程血液单核细胞来预防脑水肿并促进缺血性中风后的恢复。	相关研究首次展示了PD-1阳性单核细胞作为sPD-L1的治疗靶点的潜力。	研究在小鼠模型中进行，实际临床应用的效果和安全性仍需进一步验证。	研究PD-L1在急性缺血性中风恢复中的治疗潜力。	研究对象为急性缺血性中风患者的循环单核细胞以及小鼠模型。	数字病理学	缺血性中风	单细胞RNA测序	小鼠中动脉闭塞（MCAO）模型	生物样本	涉及人类患者和小鼠模型，具体样本量未列明
154	2024-08-05	Unlocking the potential of senescence-related gene signature as a diagnostic and prognostic biomarker in sepsis: insights from meta-analyses, single-cell RNA sequencing, and in vitro experiments 2024-02-26, Aging DOI:10.18632/aging.205574 PMID:38412321	研究论文	该研究开发了一个与衰老相关的基因特征，以作为脓毒症的诊断和预后生物标志物	研究揭示了衰老相关基因在脓毒症中的诊断和预后价值，并提供了新的生物标志物候选	研究中样本来自单一基因表达数据库，可能影响结果的普适性	探讨衰老相关基因特征作为脓毒症的生物标志物的潜力	研究对象包括脓毒症样本和健康对照样本	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	Cox回归模型	基因表达数据	42个对照样本和760个脓毒症样本
155	2024-08-04	Single-Cell RNA-seq reveals transcriptomic modulation of Alzheimer's disease by activated protein C 2024-02-21, Aging DOI:10.18632/aging.205624 PMID:38385967	研究论文	单细胞RNA测序揭示了激活蛋白C对阿尔茨海默病的转录组调节	研究发现激活蛋白C能够通过下调炎症过程和恢复神经系统功能来改善阿尔茨海默病模型的小鼠的认知功能	未提及研究的局限性	探讨激活蛋白C在阿尔茨海默病进展中的潜在影响	使用5xFAD阿尔茨海默病小鼠模型与野生型小鼠进行比较研究	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用5xFAD小鼠和野生型小鼠进行比较
156	2024-08-04	Single-cell transcriptomics identifies senescence-associated secretory phenotype (SASP) features of testicular aging in human 2024-02-12, Aging DOI:10.18632/aging.205538 PMID:38349859	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了人类睾丸老化的细胞衰老相关分泌表型特征	首次使用单细胞RNA测序分析睾丸老化的细胞间通讯网络，并识别了衰老睾丸中主要表达于莱迪格细胞的SASP相关基因	尚无法提前预测睾丸老化的发生	探讨睾丸老化的分子机制及其细胞衰老相关分泌表型特征	主要研究对象为不同年龄组的人类睾丸样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用GEO数据库中的数据，涉及年轻组与老年组的样本
157	2024-08-04	Machine learning constructs a T cell-related signature for predicting prognosis and drug sensitivity in ovarian cancer 2024-02-09, Aging DOI:10.18632/aging.205536 PMID:38345575	研究论文	本文构建了一个T细胞相关的预后标志以预测卵巢癌的预后和药物敏感性	使用10种不同的机器学习算法构建了TRS预测卵巢癌患者的临床结果和免疫治疗反应	本文的限制未详细说明	研究卵巢癌中T细胞相关标志物与预后及药物敏感性之间的关系	卵巢癌患者	机器学习	卵巢癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据	多个数据集，包括TCGA和其他GSE数据集
158	2024-08-05	Anoikis-related gene signature is associated with immune infiltration and predicts the prognosis of non-small cell lung cancer 2024-02-07, Aging DOI:10.18632/aging.205522 PMID:38329444	研究论文	本文探讨了与anoikis相关的基因签名与非小细胞肺癌的免疫浸润相关，并预测其预后	提出了一个基于与anoikis相关的基因的预后模型，并分析了其与免疫特征的相关性	未详细讨论其他可能影响免疫浸润的因素	探讨anoikis在非小细胞肺癌患者中的预后价值和治疗指导	研究对象为非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	基因组数据	使用了来自RNA测序的数据集，样本量未具体说明
159	2024-08-04	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data revealed disulfidptosis genes-based molecular subtypes and a prognostic signature in lung adenocarcinoma 2024-02-05, Aging DOI:10.18632/aging.205509 PMID:38319721	研究论文	本文进行了一项单细胞和bulk RNA测序数据的综合分析，揭示了基于二硫化物凋亡基因的分子亚型和预后特征	本文首次提出并验证了基于二硫化物凋亡基因的预后风险模型DRG评分，推动了肺腺癌的免疫治疗和化疗研究	研究中可能存在样本量限制和数据来源的偏倚	探索二硫化物凋亡基因在肺腺癌中的作用及其预后价值	本研究主要针对肺腺癌患者样本，通过单细胞RNA测序和bulk RNA测序分析	数字病理学	肺癌	RNA测序	Cox回归和LASSO回归	基因表达数据	TCGA样本和GSE131907数据集中的单细胞样本
160	2024-08-04	scGIST: gene panel design for spatial transcriptomics with prioritized gene sets 2024-02-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03185-y PMID:38408997	研究论文	本文提出了一个名为scGIST的工具，用于设计优先考虑特定基因的单细胞空间转录组面板	scGIST是一个受限特征选择工具，能够在不影响细胞类型检测精度的情况下设计面板	该工具面板大小受限于基因数，且依赖于荧光原位杂交技术	研究旨在改善单细胞空间转录组技术中的基因面板设计	研究对象包括不同细胞类型的标记基因及其他感兴趣基因	数字病理学	NA	荧光原位杂交	NA	NA	NA