单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-25	Immunosuppressive CD29+ Treg accumulation in the liver in mice on checkpoint inhibitor therapy 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330024 PMID:37770128	研究论文	本研究使用流式细胞术和单细胞RNA测序技术，探讨了免疫检查点抑制剂治疗前后小鼠肝脏中调节性T细胞（Tregs）的特征和变化	发现肝脏中的CD29+ Tregs在免疫检查点抑制剂治疗后数量翻倍，且这种扩张并非由PD-1表达的Tregs主导，而是CD29+ Tregs的特异性反应	NA	探讨免疫检查点抑制剂治疗对肝脏中调节性T细胞的影响及其在肿瘤免疫抵抗中的作用	小鼠肝脏中的调节性T细胞（Tregs）及其亚群CD29+ Tregs	免疫学	肿瘤	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	小鼠肝脏和脾脏中的Tregs
142	2024-08-25	Dictionary learning for integrative, multimodal and scalable single-cell analysis 2024-Feb, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01767-y PMID:37231261	研究论文	本文介绍了一种名为'桥接整合'的方法，用于跨模态整合单细胞数据集，使用多组学数据集作为分子桥接。	引入了'桥接整合'方法，通过多组学数据集的细胞元素构建字典，实现不同模态数据的整合和共享空间转换。	NA	开发一种新的方法来整合和比较不同分子模态的单细胞数据集。	单细胞测序数据集，包括转录组数据、染色质可及性、组蛋白修饰、DNA甲基化和蛋白质水平。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	字典学习	多组学数据	860万个人类免疫细胞
143	2024-08-18	Functional Contribution and Clinical Implication of Cancer-Associated Fibroblasts in Glioblastoma 2024-02-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0493 PMID:38060213	研究论文	本研究旨在揭示癌症相关成纤维细胞（CAF）在胶质母细胞瘤（GBM）中的分子特征、细胞作用及其在肿瘤发生中的潜在影响	首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，详细描述了CAF在GBM中的转录组特征及其与恶性GBM细胞的相互作用	研究主要基于体外细胞模型和转录组数据，未来研究需进一步验证临床样本中的发现	探索CAF在GBM中的功能贡献及其临床意义	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	涉及三个大型队列，包含批量RNA-seq数据和临床信息
144	2024-08-15	Single-cell atlas of the liver myeloid compartment before and after cure of chronic viral hepatitis 2024-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2023.02.040 PMID:36972796	研究论文	本研究利用基于板的单细胞RNA测序技术，深入分析了慢性丙型肝炎病毒（HCV）感染患者在接受直接作用抗病毒药物（DAAs）治疗前后肝脏髓系细胞的变化。	发现了治疗后细胞类型的特异性变化，如增殖的CD1C+常规树突状细胞的增加，以及病毒载量与治疗后干扰素刺激基因表达之间的反向关系。	NA	研究慢性病毒感染治愈后肝脏免疫系统的变化，为开发新的治疗策略提供见解。	慢性丙型肝炎病毒感染患者的肝脏髓系细胞。	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	慢性丙型肝炎病毒感染患者的肝脏细针抽吸样本
145	2024-08-14	The GATA transcriptional program dictates cell fate equilibrium to establish the maternal-fetal exchange interface and fetal development 2024-Feb-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2310502121 PMID:38346193	研究论文	本文研究了GATA转录因子在胎盘发育中的作用，特别是其在母胎交换界面建立中的关键角色	揭示了GATA2和GATA3在胎盘发育中的协同作用，以及它们在促进滋养层祖细胞向合体滋养层细胞分化中的重要性	NA	探讨GATA转录因子在胎盘发育和母胎交换界面建立中的作用	小鼠和人类的胎盘发育	NA	妊娠失败	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胚胎和人类滋养层干细胞
146	2024-08-07	Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling 2024-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.15.558001 PMID:37745478	研究论文	本文评估了七种高表现单细胞RNA测序批次校正技术在图像细胞分析中的应用效果	提出了一个评估框架和指标，用于未来评估新的批次校正方法	仅限于使用Cell Painting数据集进行评估	解决图像细胞分析数据集成和解释中的批次效应问题	七种不同的批次校正技术在图像细胞分析中的表现	计算机视觉	NA	scRNA-seq	混合模型	图像	使用的是最大的公开可访问图像数据集Cell Painting
147	2024-08-07	Studying temporal dynamics of single cells: expression, lineage and regulatory networks 2024-Feb, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-023-01090-5 PMID:38495440	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，通过计算方法研究细胞分化和细胞命运决定的时空动态	总结了轨迹推断（TI）、谱系追踪（LT）和基因调控网络（GRN）推断等不同计算方法的优势和局限	讨论了不同方法的局限性	探讨多细胞器官从单细胞到不同细胞类型的发育过程	研究细胞分化和细胞命运决定	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
148	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis deciphers heterogenous cancer stem-like cells in colorectal cancer and their organ-specific metastasis 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330243 PMID:38050068	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和空间转录组分析，揭示了结直肠癌中异质性癌症干细胞样细胞及其器官特异性转移的机制	首次通过综合分析揭示了结直肠癌中具有高PTPRO和ASCL2表达的干细胞样细胞群是转移的关键，并展示了这些细胞群在肝脏和卵巢转移中的特异性	NA	揭示结直肠癌中异质性癌症细胞的类型及其器官特异性转移的机制	结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移中的单细胞转录组	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移的样本
149	2024-08-04	Cell-type deconvolution of bulk-blood RNA-seq reveals biological insights into neuropsychiatric disorders 2024-02-01, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.018 PMID:38306997	研究论文	本研究通过对大规模血液RNA测序数据进行细胞类型解卷积，提供了精神疾病的生物学见解	本研究使用计算推断细胞类型比重和基因表达，发现了多个未通过常规分析得出的与精神疾病相关的基因	该研究的细胞类型特定信号可能仍会受到某些因素的影响，且未使用单细胞测序	探讨基因变异与精神疾病风险之间的因果机制	来自1730例患有双相情感障碍和精神分裂症个体的全血样本	数字病理学	精神疾病	RNA测序	NA	血液样本	1730个全血样本
150	2024-08-04	Landscape of Epstein-Barr virus gene expression and perturbations in cancer 2024-Feb-02, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3911441/v1 PMID:38352479	研究论文	该文章研究了EB病毒在癌症中的基因表达及其扰动	首次识别出RPMS1非编码RNA通过干扰素反应的破坏支持癌细胞特性	研究中未详细探讨癌细胞和健康细胞的具体环境交互	探索EB病毒在癌症中的基因表达及其对癌细胞特性的影响	研究与EB病毒相关的肿瘤及其细胞特性	数字病理学	NA	长读长单分子测序	NA	转录组数据	通过单细胞测序分离了来自同一组织活检的癌细胞和健康细胞
151	2024-08-05	Collagen induction of immune cells in the mammary glands during pregnancy 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00098.2023 PMID:37955336	研究论文	该研究评估了妊娠-哺乳周期中乳腺胶原蛋白的动态变化	本研究首次显示免疫细胞在乳腺胶原动态中发挥作用	本研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未能涵盖所有细胞类型的完整情况	阐明妊娠-哺乳周期中乳腺胶原的动态特征	乳腺组织中的免疫细胞和间质细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
152	2024-08-04	STIGMA: Single-cell tissue-specific gene prioritization using machine learning 2024-02-01, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.011 PMID:38228144	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA-seq数据的针对特定组织的基因优先排序方法STIGMA	STIGMA通过学习不同细胞类型在健康器官生成过程中的基因表达动态，弥补了现有方法未能捕捉细胞亚群体表达异质性的不足	未提及具体局限性	研究主要致力于利用单细胞转录组数据优先排序与罕见先天疾病相关的候选基因	研究对象包括小鼠肢体和人类胎心的单细胞RNA-seq数据集，以及特定先天性疾病患者的基因变异	机器学习	先天性疾病	单细胞RNA-seq（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及7,958个个体的研究，特定病例的样本数量未明确说明
153	2024-08-05	Astrocyte-like subpopulation of NG2 glia in the adult mouse cortex exhibits characteristics of neural progenitor cells 2024-02, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24471 PMID:37772368	研究论文	本研究探讨了成年小鼠皮层中NG2胶质细胞的特性及其在缺血后的功能	首次发现NG2胶质细胞具有神经祖细胞的表型，并显示其在缺血后可能发展为神经元样细胞	研究主要集中在小鼠模型中，结果是否适用于人类尚需进一步验证	调查缺血脑中NG2胶质细胞的特性及功能	使用转基因小鼠标记NG2表达细胞及其后代	数字病理学	脑缺血	单细胞RNA测序、膜片钳技术	NA	基因表达数据、免疫组化分析	转基因小鼠的不同亚群体，具体样本数量未说明
154	2024-08-05	Cell type evolution reconstruction across species through cell phylogenies of single-cell RNA sequencing data 2024-Feb, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-023-02281-9 PMID:38182680	研究论文	该论文探讨了细胞类型的起源和进化，利用单细胞RNA测序数据重建细胞谱系	首次通过显式的谱系学方法应用于单细胞数据，使用主成分作为谱系特征以构建细胞谱系	谱系构建依赖于现有的数据，可能受限于样本的多样性和数量	研究细胞类型的进化及其在不同物种之间的比较	来自五种远缘相关哺乳动物的眼细胞的比较单细胞数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	主成分分析	基因表达数据	五种哺乳动物的眼细胞数据集
155	2024-08-04	TFvelo: gene regulation inspired RNA velocity estimation 2024-Feb-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45661-w PMID:38360714	研究论文	TFvelo 是一种扩展 RNA 速度概念的模型，通过引入基因调控信息来提高模型的准确性	提出了一种不依赖剪接信息的 RNA 速度估计方法，结合了基因调控信息	可能在某些数据集上表现不佳，具体限制未在文中详细说明	提高 RNA 速度估计的准确性，拓宽其在单细胞数据上的应用	基因动态和细胞伪时间的推断	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	合成数据和多组单细胞 RNA-seq 数据集	具体样本数量未在文中说明
156	2024-08-04	Progress in single-cell multimodal sequencing and multi-omics data integration 2024-Feb, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-023-01092-3 PMID:38495443	综述	本文总结了单细胞多模态组学数据的实验方法和多组学数据整合的计算方法	提出了将多种单细胞组学技术整合以获得更全面的细胞状态	可能没有深入探讨每种整合技术的具体应用和局限性	旨在探讨单细胞多模态组学及其数据整合在理解细胞状态和基因调控中的应用	单细胞多模态组学技术和数据整合方法	数字病理学	NA	单细胞测序技术	NA	组学数据	NA
157	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals granzyme K-expressing cytotoxic Tfh cells in tertiary lymphoid structures in IgG4-RD 2024-02, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.019 PMID:37652139	研究论文	本研究揭示了在IgG4相关疾病患者的三级淋巴结构中表达颗粒酶K的细胞毒性Tfh细胞。	发现了一种新的HLA+GZMK+细胞毒性Tfh细胞亚群，并提出浸润的Tfr细胞可能抑制这些细胞的功能。	研究主要集中在IgG4相关疾病患者的特定组织，可能限制了结果的广泛适用性。	通过单细胞转录组学识别IgG4-RD患者三级淋巴结构中的GC-Tfh细胞亚群。	来自IgG4相关疾病患者的组织浸润T细胞。	数字病理	IgG4相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	已分析的样本来自IgG4相关疾病患者的受累病灶中的CD3+ T细胞
158	2024-08-05	Genome-wide meta-analysis implicates variation affecting mast cell biology in urticaria 2024-02, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.033 PMID:37690594	研究论文	本研究通过全基因组关联研究确定了影响荨麻疹易感性的基因组位点	识别了6个基因组位点与荨麻疹相关的常见遗传变异，这些位点涉及肥大细胞生物学中的特定基因	缺乏对其他种族或地区的研究结果，这可能限制了结果的普遍性	旨在确定影响荨麻疹易感性的基因组位点	研究对象为来自三个欧洲队列的荨麻疹病例和对照组	数字病理学	荨麻疹	全基因组关联研究	NA	遗传数据	14,306个荨麻疹病例和650,664个对照
159	2024-08-05	Unravelling the heterogeneity of oral squamous cell carcinoma by integrative analysis of single-cell and bulk transcriptome data 2024-02, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18108 PMID:38279519	研究论文	本研究通过单细胞和整体转录组数据的综合分析揭示了口腔鳞状细胞癌的异质性	识别出四种主要的肿瘤细胞亚群及其独特的分子特征和功能特性，并探讨其与肿瘤微环境的相互作用	研究可能没有涵盖所有潜在的亚群和与其相关的临床特征	探讨口腔鳞状细胞癌组织中肿瘤细胞的异质性及其与肿瘤微环境的相互作用	口腔鳞状细胞癌组织中的肿瘤细胞亚群及其功能特征	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
160	2024-08-05	A multi-dimensional approach to unravel the intricacies of lactylation related signature for prognostic and therapeutic insight in colorectal cancer 2024-02-28, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-04955-9 PMID:38419085	研究论文	该研究探讨了乳酸化在结直肠癌中的作用及其相关基因特征	该研究首创性地发现了结直肠癌中全球乳酸化的显著升高，并确认其作为CRC的独立预后因素	该研究的局限性未在摘要中明确提及	本研究旨在识别乳酸化相关基因与结直肠癌预后之间的关系	研究对象为结直肠癌患者的肿瘤组织及细胞系	数字病理学	结直肠癌	免疫组化、单细胞RNA测序、Cox回归和Lasso回归分析	NA	组织微阵列、基因组数据库、细胞系	在研究中涉及了多个结直肠癌患者的样本，但具体样本数量未在摘要中提供