单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-10-28	Identifying squalene epoxidase as a metabolic vulnerability in high-risk osteosarcoma using an artificial intelligence-derived prognostic index 2024-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1586 PMID:38372422	研究论文	本研究通过结合10种机器学习算法，建立了一个基于转录组数据预测骨肉瘤患者总体生存率的模型，并发现角鲨烯环氧化酶（SQLE）作为高风险骨肉瘤患者的代谢脆弱点	本研究首次将人工智能衍生的预后指数（AIDPI）应用于骨肉瘤患者的分层，并验证了SQLE作为潜在治疗靶点的有效性	本研究主要基于转录组数据，未涵盖所有可能的生物标志物和治疗靶点	识别新的生物标志物以分层高风险骨肉瘤患者并指导治疗	骨肉瘤患者及其转录组、基因组和表观基因组数据	机器学习	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	转录组数据	254个样本
122	2024-10-28	Redefining Mucosal Inflammation with Spatial Genomics 2024-02, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231216114 PMID:38166489	研究论文	本文讨论了空间基因组学技术在重新定义黏膜炎症中的作用	引入空间转录组学方法，避免了组织样本的解离，保留了细胞间的空间关系	讨论了空间测序技术的局限性和未来发展方向	探讨空间技术如何帮助我们更好地理解复杂的黏膜系统	人类口腔黏膜及其在健康和疾病中的分子和细胞特征	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
123	2024-10-27	The implication of integrative multiple RNA modification-based subtypes in gastric cancer immunotherapy and prognosis 2024-Feb-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.108897 PMID:38318382	研究论文	本研究全面探讨了多种RNA修饰对胃癌的影响，并开发了一种预测模型来评估其对免疫治疗和预后的影响	首次综合研究多种RNA修饰对胃癌的影响，并开发了基于Stepwise Regression和Random Survival Forest算法的预测模型	NA	探讨多种RNA修饰对胃癌免疫治疗和预后的影响	胃癌样本中的多种RNA修饰	数字病理学	胃癌	RNA测序	随机生存森林	基因表达数据	1,946个胃癌样本
124	2024-10-27	Genetically inspired organoids prevent joint degeneration and alleviate chondrocyte senescence via Col11a1-HIF1α-mediated glycolysis-OXPHOS metabolism shift 2024-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1574 PMID:38314968	研究论文	研究报告了COL11A1基因与髋关节发育不良（DDH）的关联，并通过基因工程器官模型预防关节退化和减轻软骨细胞衰老	首次报道了COL11A1基因与DDH的关联，并开发了一种基于COL11A1过表达的器官模型用于预防关节退化和减轻软骨细胞衰老	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中进行验证	探索COL11A1基因在髋关节发育不良和关节退化中的作用，并开发新的治疗方法	髋关节发育不良患者、Col11a1基因敲除小鼠、软骨细胞	生物医学	骨关节疾病	全基因组关联研究（GWAS）、外显子测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因数据、单细胞RNA测序数据	不同人群的家族性DDH患者、Col11a1基因敲除小鼠
125	2024-10-21	Downregulation of N4-acetylcytidine modification in myeloid cells attenuates immunotherapy and exacerbates hepatocellular carcinoma progression 2024-02, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02510-9 PMID:38040817	研究论文	研究了N4-乙酰胞苷修饰在髓系细胞中下调对肝细胞癌进展和免疫治疗的影响	首次探讨了N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证	探讨N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用	髓系细胞和肝细胞癌	数字病理学	肝癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序、RNA免疫沉淀测序、酪胺信号放大分析	NA	RNA	小鼠模型和肝细胞癌患者的组织样本
126	2024-10-21	Modulation of canonical Wnt signaling regulates peribiliary mesenchymal identity during homeostasis and injury 2024-02-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000368 PMID:38251878	研究论文	研究了Wnt信号通路在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的作用，特别是在稳态和损伤情况下的变化	首次采用完全体内方法结合转录组分析，揭示了Wnt4、Wnt5a和Wnt7b在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的关键作用	研究主要集中在体内实验，未涉及体外实验验证	探讨外周胆管周围间充质细胞身份的分子驱动因素及其在损伤情况下的变化	外周胆管周围间充质细胞（PMCs）及其在损伤情况下的变化	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
127	2024-10-21	Molecular Insights From Multiomics Studies of Physical Activity 2024-02-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/dbi23-0004 PMID:38241506	研究论文	本文探讨了多组学技术在理解身体活动分子效应中的应用	利用多组学技术（包括代谢组学、蛋白质组学、磷酸蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序和表观基因组学）系统地研究身体活动引起的分子变化	NA	探讨多组学技术如何提供关于身体活动系统效应的新见解	身体活动的分子效应及其在器官间的整合响应	NA	NA	多组学技术（代谢组学、蛋白质组学、磷酸蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序、表观基因组学）	NA	NA	NA
128	2024-10-21	Single-cell landscape identifies the immunophenotypes and microenvironments of HBV-positive and HBV-negative liver cancer 2024-02-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000364 PMID:38251896	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析HBV阳性和阴性肝癌的免疫表型和微环境	首次系统地比较了HBV阳性和阴性肝癌的肿瘤微环境，揭示了HBV感染对免疫治疗反应的影响	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的数据或技术	深入理解HBV感染对肝细胞癌免疫微环境的影响，并设计更有效的免疫治疗策略	HBV阳性和阴性肝细胞癌的肿瘤微环境和免疫表型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括HBV阳性和阴性肝细胞癌的多个样本
129	2024-10-19	Aneuploid embryonic stem cells drive teratoma metastasis 2024-Feb-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45265-4 PMID:38316790	研究论文	研究探讨了非整倍体胚胎干细胞驱动的畸胎瘤转移机制	首次证明了非整倍体胚胎干细胞衍生的畸胎瘤能够转移到多个器官，且不需要额外的拷贝数变异	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类癌症中验证	探索非整倍体在癌症转移中的因果关系	非整倍体和二倍体胚胎干细胞衍生的畸胎瘤	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胚胎干细胞及其衍生的畸胎瘤
130	2024-10-12	Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease 2024-02-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53993-2 PMID:38351241	研究论文	研究优化空间分辨单细胞转录组数据集以研究临床肝病	开发了一种空间分辨单细胞数据集生成框架，用于研究基因表达和细胞间相互作用	空间转录组技术尚未达到单细胞分辨率，需要多种反卷积方法来预测每个转录组'点'中的单个细胞类型	优化空间分辨单细胞转录组数据集以深入研究临床肝病	从正常或纤维化患者中获取的匹配样本	数字病理学	肝病	空间转录组学和单核RNA测序	NA	转录组数据	24种独特的肝细胞表型
131	2024-10-12	Macrophage profiling in atherosclerosis: understanding the unstable plaque 2024-02, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-01023-z PMID:38244055	综述	本文综述了巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的作用及其对斑块稳定性的影响	重新定义了传统的巨噬细胞模型，引入了基于深度无偏单细胞方法的多种免疫和非免疫细胞群	NA	探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的表型和功能特性，以及单细胞RNA测序研究在免疫学方面的进展	巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的作用及其对斑块稳定性的影响	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
132	2024-10-09	Brief Report: Comprehensive Clinicogenomic Profiling of Small Cell Transformation From EGFR-Mutant NSCLC Informs Potential Therapeutic Targets 2024-Feb, JTO clinical and research reports IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jtocrr.2023.100623 PMID:38357092	研究论文	本研究对EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者进行了临床和基因组特征的回顾性分析，并探讨了潜在的治疗靶点	首次对EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者进行了全面的临床基因组分析，并揭示了潜在的治疗靶点	研究样本量较小，需要进一步的大规模研究来验证结果	探讨EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的临床和基因组特征，并寻找潜在的治疗靶点	EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者	数字病理学	肺癌	下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、临床数据	34例患者
133	2024-10-06	Multiomics identifies metabolic subtypes based on fatty acid degradation allocating personalized treatment in hepatocellular carcinoma 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000553 PMID:37540187	研究论文	本文通过多组学分析，基于脂肪酸降解途径对肝细胞癌进行分子分类，并评估其指导个性化治疗的能力	本文首次基于脂肪酸降解途径对肝细胞癌进行分子分类，并发现不同亚型对特定治疗的响应差异	本文的样本量较小，且主要基于已有的公开数据集进行分析，需要进一步的临床验证	开发基于脂肪酸降解途径的肝细胞癌分子分类，并评估其指导个性化治疗的能力	肝细胞癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肝癌	RNA测序、PCR阵列、脂质组学、代谢组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	41名肝细胞癌患者，其中17名接受PD-1治疗
134	2024-09-28	cnnImpute: missing value recovery for single cell RNA sequencing data 2024-02-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53998-x PMID:38365936	研究论文	本文介绍了一种基于卷积神经网络（CNN）的方法cnnImpute，用于恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值	提出了cnnImpute，一种新颖的基于卷积神经网络的方法，用于解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题	未提及	开发一种有效的方法来恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序	卷积神经网络（CNN）	RNA测序数据	未提及
135	2024-09-21	A human stomach cell type transcriptome atlas 2024-Feb-14, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01812-5 PMID:38355543	研究论文	本文通过整合相关分析方法，利用未分选的胃RNAseq数据，预测了人类胃细胞类型的转录组特征	首次详细描述了胃细胞类型的基因富集谱，并发现了与胃癌进展相关的非编码基因	NA	识别细胞类型特异性基因及其在不同条件下的修饰，以增进对人类健康和疾病的理解	胃细胞类型的转录组特征	NA	胃癌	RNA-seq	NA	RNA	359名个体
136	2024-09-20	A Large-Scale Meta-Analysis Reveals Positive Feedback between Macrophages and T Cells That Sensitizes Tumors to Immunotherapy 2024-02-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2006 PMID:38117502	研究论文	本研究通过大规模的元分析揭示了巨噬细胞和T细胞之间的正反馈机制，增强了肿瘤对免疫治疗的敏感性	本研究发现了与ICI治疗结果相关的可靠标志物，包括肿瘤突变负荷、IFNG和PDCD1表达，以及巨噬细胞和T细胞之间的相互作用	本研究依赖于大规模的多组学数据，可能存在数据异质性和样本偏倚的问题	旨在通过大规模元分析发现预测免疫检查点抑制剂治疗反应的可靠生物标志物	ICI治疗的3037名患者，涉及14种实体瘤的遗传和/或转录组学数据	数字病理学	NA	多组学分析	多变量模型	遗传和转录组学数据	3037名ICI治疗的患者
137	2024-09-20	scKWARN: Kernel-weighted-average robust normalization for single-cell RNA-seq data 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae008 PMID:38237908	研究论文	本文介绍了一种名为scKWARN的单细胞RNA-seq数据稳健归一化方法	scKWARN通过核加权平均技术，不依赖于特定的数据分布或计数-深度关系，能够有效校正已知或隐藏的技术混杂因素	NA	开发一种新的单细胞RNA-seq数据归一化方法，以校正技术偏差并保留生物异质性	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	核加权平均	NA	RNA-seq数据	NA
138	2024-09-19	Single-cell and whole-transcriptome sequencing of lymph node metastasis-related gene signature: A large-scale pan-cancer cohort, machine learning and experimental study 2024-Feb-19, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001144 PMID:38385962	研究论文	研究通过单细胞和全转录组测序，结合机器学习和实验方法，构建了一个基于淋巴结转移相关基因的评分模型，用于预测癌症患者的生存和药物敏感性	首次通过综合分析淋巴结转移相关基因，构建了一个新的评分模型，能够准确预测患者的生存和药物敏感性，并揭示了淋巴结转移的机制	NA	构建一个基于淋巴结转移相关基因的评分模型，用于预测癌症患者的生存和药物敏感性，并揭示淋巴结转移的机制	淋巴结转移相关基因、癌症患者的生存和药物敏感性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、全转录组测序、机器学习、Cox回归分析	评分模型	基因测序数据	33种癌症类型的数据，包括10,071例原发患者和5,036例测试患者
139	2024-09-14	Forseti: A mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.01.577813 PMID:38370848	研究论文	开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定scRNA-seq读取的剪接状态	提出了Forseti模型，通过结合绑定亲和力模型和片段长度分布模型，能够概率性地分配scRNA-seq读取的剪接状态	NA	开发一种方法来恢复scRNA-seq数据中模糊读取的剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度	scRNA-seq数据中的剪接状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	预测模型	RNA序列数据	NA
140	2024-09-14	Phenotype prediction from single-cell RNA-seq data using attention-based neural networks 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae067 PMID:38390963	研究论文	本文提出了一种基于注意力机制神经网络的单细胞RNA测序数据表型预测方法ScRAT	ScRAT通过使用mixup模块增加训练样本数量，并采用多头注意力机制学习每个表型中最具信息量的细胞，无需依赖给定的细胞类型注释	NA	开发一种能够在有限样本数量下准确预测疾病表型的方法	单细胞RNA测序数据中的细胞表型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	注意力机制神经网络	基因表达数据	三个公开的COVID数据集