单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-10-12	Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease 2024-02-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53993-2 PMID:38351241	研究论文	研究优化空间分辨单细胞转录组数据集以研究临床肝病	开发了一种空间分辨单细胞数据集生成框架，用于研究基因表达和细胞间相互作用	空间转录组技术尚未达到单细胞分辨率，需要多种反卷积方法来预测每个转录组'点'中的单个细胞类型	优化空间分辨单细胞转录组数据集以深入研究临床肝病	从正常或纤维化患者中获取的匹配样本	数字病理学	肝病	空间转录组学和单核RNA测序	NA	转录组数据	24种独特的肝细胞表型
122	2024-10-12	Macrophage profiling in atherosclerosis: understanding the unstable plaque 2024-02, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-01023-z PMID:38244055	综述	本文综述了巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的作用及其对斑块稳定性的影响	重新定义了传统的巨噬细胞模型，引入了基于深度无偏单细胞方法的多种免疫和非免疫细胞群	NA	探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的表型和功能特性，以及单细胞RNA测序研究在免疫学方面的进展	巨噬细胞在动脉粥样硬化斑块中的作用及其对斑块稳定性的影响	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
123	2024-10-09	Brief Report: Comprehensive Clinicogenomic Profiling of Small Cell Transformation From EGFR-Mutant NSCLC Informs Potential Therapeutic Targets 2024-Feb, JTO clinical and research reports IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jtocrr.2023.100623 PMID:38357092	研究论文	本研究对EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者进行了临床和基因组特征的回顾性分析，并探讨了潜在的治疗靶点	首次对EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者进行了全面的临床基因组分析，并揭示了潜在的治疗靶点	研究样本量较小，需要进一步的大规模研究来验证结果	探讨EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的临床和基因组特征，并寻找潜在的治疗靶点	EGFR突变型非小细胞肺癌转化为小细胞肺癌的患者	数字病理学	肺癌	下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、临床数据	34例患者
124	2024-10-06	Multiomics identifies metabolic subtypes based on fatty acid degradation allocating personalized treatment in hepatocellular carcinoma 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000553 PMID:37540187	研究论文	本文通过多组学分析，基于脂肪酸降解途径对肝细胞癌进行分子分类，并评估其指导个性化治疗的能力	本文首次基于脂肪酸降解途径对肝细胞癌进行分子分类，并发现不同亚型对特定治疗的响应差异	本文的样本量较小，且主要基于已有的公开数据集进行分析，需要进一步的临床验证	开发基于脂肪酸降解途径的肝细胞癌分子分类，并评估其指导个性化治疗的能力	肝细胞癌患者及其肿瘤微环境	数字病理学	肝癌	RNA测序、PCR阵列、脂质组学、代谢组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	41名肝细胞癌患者，其中17名接受PD-1治疗
125	2024-09-28	cnnImpute: missing value recovery for single cell RNA sequencing data 2024-02-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53998-x PMID:38365936	研究论文	本文介绍了一种基于卷积神经网络（CNN）的方法cnnImpute，用于恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值	提出了cnnImpute，一种新颖的基于卷积神经网络的方法，用于解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题	未提及	开发一种有效的方法来恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值	单细胞RNA测序数据中的缺失值	机器学习	NA	单细胞RNA测序	卷积神经网络（CNN）	RNA测序数据	未提及
126	2024-09-21	A human stomach cell type transcriptome atlas 2024-Feb-14, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01812-5 PMID:38355543	研究论文	本文通过整合相关分析方法，利用未分选的胃RNAseq数据，预测了人类胃细胞类型的转录组特征	首次详细描述了胃细胞类型的基因富集谱，并发现了与胃癌进展相关的非编码基因	NA	识别细胞类型特异性基因及其在不同条件下的修饰，以增进对人类健康和疾病的理解	胃细胞类型的转录组特征	NA	胃癌	RNA-seq	NA	RNA	359名个体
127	2024-09-20	A Large-Scale Meta-Analysis Reveals Positive Feedback between Macrophages and T Cells That Sensitizes Tumors to Immunotherapy 2024-02-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2006 PMID:38117502	研究论文	本研究通过大规模的元分析揭示了巨噬细胞和T细胞之间的正反馈机制，增强了肿瘤对免疫治疗的敏感性	本研究发现了与ICI治疗结果相关的可靠标志物，包括肿瘤突变负荷、IFNG和PDCD1表达，以及巨噬细胞和T细胞之间的相互作用	本研究依赖于大规模的多组学数据，可能存在数据异质性和样本偏倚的问题	旨在通过大规模元分析发现预测免疫检查点抑制剂治疗反应的可靠生物标志物	ICI治疗的3037名患者，涉及14种实体瘤的遗传和/或转录组学数据	数字病理学	NA	多组学分析	多变量模型	遗传和转录组学数据	3037名ICI治疗的患者
128	2024-09-20	scKWARN: Kernel-weighted-average robust normalization for single-cell RNA-seq data 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae008 PMID:38237908	研究论文	本文介绍了一种名为scKWARN的单细胞RNA-seq数据稳健归一化方法	scKWARN通过核加权平均技术，不依赖于特定的数据分布或计数-深度关系，能够有效校正已知或隐藏的技术混杂因素	NA	开发一种新的单细胞RNA-seq数据归一化方法，以校正技术偏差并保留生物异质性	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	核加权平均	NA	RNA-seq数据	NA
129	2024-09-19	Single-cell and whole-transcriptome sequencing of lymph node metastasis-related gene signature: A large-scale pan-cancer cohort, machine learning and experimental study 2024-Feb-19, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001144 PMID:38385962	研究论文	研究通过单细胞和全转录组测序，结合机器学习和实验方法，构建了一个基于淋巴结转移相关基因的评分模型，用于预测癌症患者的生存和药物敏感性	首次通过综合分析淋巴结转移相关基因，构建了一个新的评分模型，能够准确预测患者的生存和药物敏感性，并揭示了淋巴结转移的机制	NA	构建一个基于淋巴结转移相关基因的评分模型，用于预测癌症患者的生存和药物敏感性，并揭示淋巴结转移的机制	淋巴结转移相关基因、癌症患者的生存和药物敏感性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、全转录组测序、机器学习、Cox回归分析	评分模型	基因测序数据	33种癌症类型的数据，包括10,071例原发患者和5,036例测试患者
130	2024-09-14	Forseti: A mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.01.577813 PMID:38370848	研究论文	开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定scRNA-seq读取的剪接状态	提出了Forseti模型，通过结合绑定亲和力模型和片段长度分布模型，能够概率性地分配scRNA-seq读取的剪接状态	NA	开发一种方法来恢复scRNA-seq数据中模糊读取的剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度	scRNA-seq数据中的剪接状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	预测模型	RNA序列数据	NA
131	2024-09-14	Phenotype prediction from single-cell RNA-seq data using attention-based neural networks 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae067 PMID:38390963	研究论文	本文提出了一种基于注意力机制神经网络的单细胞RNA测序数据表型预测方法ScRAT	ScRAT通过使用mixup模块增加训练样本数量，并采用多头注意力机制学习每个表型中最具信息量的细胞，无需依赖给定的细胞类型注释	NA	开发一种能够在有限样本数量下准确预测疾病表型的方法	单细胞RNA测序数据中的细胞表型	机器学习	NA	单细胞RNA测序	注意力机制神经网络	基因表达数据	三个公开的COVID数据集
132	2024-09-11	Reprogramming macrophage by targeting VEGF and CD40 potentiates OX40 immunotherapy 2024-02-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.149546 PMID:38266314	研究论文	研究通过靶向VEGF和CD40重编程巨噬细胞，增强OX40免疫疗法的抗肿瘤效果	首次分析了抗OX40治疗对巨噬细胞的抗肿瘤作用，并发现VEGF和CD40信号通路的动态变化，提出这些可能是提高抗OX40激动剂疗效的潜在联合靶点	研究仅限于体外实验和细胞水平的分析，尚未进行临床试验验证	探索提高OX40免疫疗法抗肿瘤疗效的机制和策略	肿瘤浸润免疫细胞、巨噬细胞、VEGF和CD40信号通路	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个时间点的肿瘤浸润免疫细胞样本
133	2024-09-06	A Cell Cycle-aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-cell RNA-seq and ATAC-seq 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578213 PMID:38352302	研究论文	本文开发了一种细胞周期感知网络（CCAN），用于去除单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应，同时保留细胞类型特异性变异	首次提出了一种计算模型来研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应	未提及	研究单细胞多组学数据集成中的细胞周期效应	单细胞RNA测序和ATAC测序数据的集成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	细胞周期感知网络（CCAN）	单细胞RNA测序数据，单细胞ATAC测序数据	多个基准数据集
134	2024-09-01	Variable expression of MECP2, CDKL5, and FMR1 in the human brain: Implications for gene restorative therapies 2024-Feb-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2312757121 PMID:38386709	研究论文	本文通过元分析单细胞转录组学数据，研究了MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性，并探讨了这些变异性对基因修复疗法的潜在影响	首次系统地分析了MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑不同发育阶段、不同脑区和多个供体中的表达变异性，为基因修复疗法提供了新的治疗窗口和潜在的生物标志物	文章中提到的基因疗法、基因编辑和选择性Xi激活方法在脑组织渗透和整体递送方面仍面临挑战	探讨MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性，以及这些变异性对基因修复疗法的影响	MECP2、CDKL5和FMR1基因在人脑中的表达变异性	神经发育	神经发育障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个供体和多个脑区的数据
135	2024-08-29	Highly Accurate Estimation of Cell Type Abundance in Bulk Tissues Based on Single-Cell Reference and Domain Adaptive Matching 2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202306329 PMID:38072669	研究论文	本文介绍了一种名为SCROAM的新型计算方法，用于基于单细胞参考和域自适应匹配，准确估计大量组织中的细胞类型丰度	SCROAM方法通过将单细胞和大量RNA测序数据转换到共享特征空间，有效消除了潜在空间中的分布差异，从而提高了细胞类型识别的准确性	NA	旨在提高对复杂组织细胞组成的识别准确性，以更好地理解疾病发病机制、早期诊断和预防	单细胞和大量RNA测序数据，以及小鼠脊髓组织	数字病理学	肝癌，胶质母细胞瘤	RNA测序	NA	RNA测序数据	涉及小鼠脊髓组织和多种癌症组织
136	2024-08-29	Targeting YAP1-regulated Glycolysis in Fibroblast-Like Synoviocytes Impairs Macrophage Infiltration to Ameliorate Diabetic Osteoarthritis Progression 2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202304617 PMID:38044289	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨糖尿病性骨关节炎中滑膜细胞的组成，发现纤维母细胞样滑膜细胞中YAP1调控的糖酵解增加是导致滑膜巨噬细胞浸润和极化的关键因素，并开发了一种新型纳米粒子治疗策略。	首次揭示YAP1/TXNIP信号轴在纤维母细胞样滑膜细胞中调控糖酵解的作用，并开发了一种针对糖尿病性骨关节炎的新型治疗策略。	NA	探讨糖尿病性骨关节炎中免疫细胞与纤维母细胞样滑膜细胞的相互作用及其在疾病进展中的作用。	糖尿病性骨关节炎患者的滑膜细胞及纤维母细胞样滑膜细胞。	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及糖尿病性骨关节炎患者的滑膜细胞及db/db糖尿病骨关节炎小鼠模型。
137	2024-08-29	Pan-Cancer Single-Nucleus Total RNA Sequencing Using snHH-Seq 2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202304755 PMID:38010945	研究论文	本文开发了一种名为snHH-seq的高通量和高灵敏度方法，用于对临床冷冻样本中的单个细胞核进行总RNA测序，并应用于多种肿瘤类型的研究。	snHH-seq方法结合了随机引物和预索引策略，能够在单个细胞核水平上检测总RNA，为肿瘤异质性研究提供了新的工具。	NA	研究肿瘤异质性及其对肿瘤进展和癌症治疗的影响。	单个细胞核中的总RNA。	数字病理学	多种肿瘤类型	snHH-seq	NA	RNA序列数据	超过730,000个单个细胞核，来自32名不同肿瘤类型的患者
138	2024-08-29	Deciphering Immune Landscape Remodeling Unravels the Underlying Mechanism for Synchronized Muscle and Bone Aging 2024-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202304084 PMID:38088531	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了人体肌肉和骨骼的衰老相关转录动力学，揭示了脂质相关巨噬细胞（TREM2 Macs）在肌肉和骨骼衰老中的作用及其分子机制。	首次揭示了TREM2 Macs在肌肉和骨骼同步衰老中的保守作用，并阐明了其通过CD6-ALCAM信号通路调节SPP1表达的机制。	研究仅限于人体肌肉和骨骼的单细胞RNA测序分析，未涉及其他组织或动物模型。	探究肌肉和骨骼同步衰老的潜在机制。	人体肌肉和骨骼的衰老过程及其相关细胞和分子机制。	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人体肌肉和骨骼样本
139	2024-08-28	Single-cell RNA sequencing reveals association of aberrant placental trophoblasts and FN1 reduction in late-onset fetal growth restriction 2024-02, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2023.12.022 PMID:38160601	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了异常胎盘滋养层细胞与FN1减少在晚发型胎儿生长受限中的关联	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了胎盘细胞的异质性，并探讨了滋养层亚型在胎儿生长受限发病机制中的细胞和分子水平作用	研究样本量较小，仅包括四名孕妇的胎盘样本，可能影响结果的普遍性	旨在表征胎盘细胞在单细胞水平的异质性，并研究滋养层亚型在胎儿生长受限发病机制中的作用	胎盘细胞，特别是滋养层细胞及其亚型	数字病理学	胎儿生长受限	单细胞RNA测序	NA	细胞	39,161个细胞，来自两名正常孕妇和两名患有胎儿生长受限的孕妇的胎盘
140	2024-08-28	MZB1-expressing cells are essential for local immunoglobulin production in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-02, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2023.10.008 PMID:37852603	研究论文	研究MZB1阳性B细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中的作用及其对局部免疫球蛋白过度产生的影响	首次揭示了MZB1在CRSwNP中与局部IgE产生的关系，并通过单细胞RNA测序等技术详细分析了MZB1阳性B细胞的特征	研究主要集中在CRSwNP患者，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他疾病或更广泛的人群	探讨MZB1阳性B细胞在CRSwNP中的作用及其对局部免疫球蛋白产生的影响	慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者中的MZB1阳性B细胞	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序，流式细胞术，免疫组织化学，免疫荧光染色，Western blot，QuantiGene Plex assay，B-cell ImmunoSpot assay，Luminex assay，酶联免疫吸附试验	NA	单细胞RNA测序数据	CRSwNP患者与健康对照组的鼻组织和外周血单个核细胞