单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 447 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-11-20 |
Spatially Resolved Transcriptomic Signatures of Hippocampal Subregions and Arc-Expressing Ensembles in Active Place Avoidance Memory
2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.30.573225
PMID:38260257
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研究论文 | 研究通过bulk RNA测序和空间转录组学实验，分析了海马体背侧区域在主动位置回避记忆（APA）回忆后的基因表达变化 | 首次通过空间转录组学技术，揭示了海马体不同亚区域在APA记忆回忆后的基因表达差异，并发现了与突触可塑性和记忆相关的基因富集 | 研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨海马体在主动位置回避记忆回忆过程中的基因表达变化及其机制 | 海马体背侧区域的CA1、CA3和齿状回（DG）亚区域 | 神经科学 | NA | bulk RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 训练和未训练的小鼠样本 |
| 102 | 2024-11-17 |
Spatially Exploring RNA Biology in Archival Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues
2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.06.579143
PMID:38370833
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Patho-DBiT的技术，结合多聚腺苷酸化和确定性条形码，用于空间全覆盖转录组测序，特别适用于临床存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中的RNA生物学研究 | Patho-DBiT技术能够在FFPE组织中进行空间共分析基因表达和RNA加工，揭示区域特异性剪接异构体，并进行高灵敏度的转录组映射 | NA | 探索福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的RNA生物学 | 人类疾病相关组织的RNA生物学 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | RNA | 临床存档的FFPE肿瘤组织样本，存储时间长达五年 |
| 103 | 2024-11-15 |
Exploring biomarkers of Alzheimer's disease based on multi-omics and Mendelian randomisation analysis
2024-Feb, Annals of human biology
IF:1.2Q4
DOI:10.1080/03014460.2024.2415035
PMID:39508514
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研究论文 | 本研究通过结合多组学和孟德尔随机化分析，探索阿尔茨海默病的生物标志物 | 本研究创新性地整合了PET、SNP和基因表达数据，并使用AdaSMCCA、rAdaSMCCA和unAdaSMCCA算法进行高级相关性分析，以识别与阿尔茨海默病相关的关键区域、风险SNP位点和风险基因 | NA | 识别有效的阿尔茨海默病诊断和治疗生物标志物 | 阿尔茨海默病患者的多组学数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析、单细胞转录组测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 104 | 2024-11-13 |
Exploration of neuron heterogeneity in human heart failure with dilated cardiomyopathy through single-cell RNA sequencing analysis
2024-02-03, BMC cardiovascular disorders
IF:2.0Q3
DOI:10.1186/s12872-024-03739-9
PMID:38310240
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了DCM患者心脏衰竭中神经元的异质性及其在免疫和炎症反应中的潜在作用 | 研究仅限于GSE183852和GSE120895数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性 | 探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性 | DCM患者和健康对照样本中的神经元 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | GSE183852数据集中的DCM患者和慢性心力衰竭患者及健康对照样本 |
| 105 | 2024-11-09 |
Pan-cancer scRNA-seq analysis reveals immunological and diagnostic significance of the peripheral blood mononuclear cells
2024-02-01, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddad187
PMID:37944069
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了癌症患者和健康供者外周血单核细胞的组成和状态差异，并探讨了这些特征在癌症诊断中的潜力 | 首次系统性地分析了癌症患者外周血单核细胞的免疫激活和分化状态，并基于这些特征构建了高敏感性的癌症诊断模型 | 研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的癌症和健康对照 | 探讨外周血单核细胞在癌症进展中的免疫反应及其在癌症诊断中的应用潜力 | 癌症患者和健康供者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归 | RNA | 262,025个外周血单核细胞，来自68个癌症样本和14个健康样本 |
| 106 | 2024-11-08 |
Diverse macrophage populations contribute to distinct manifestations of human cutaneous graft-versus-host disease
2024-02-16, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljad402
PMID:38010706
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研究论文 | 研究了不同巨噬细胞群体在人类皮肤移植物抗宿主病中的不同表现 | 首次详细描述了单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的身份、起源和功能，并揭示了其在不同临床亚型中的动态作用 | 研究样本量较小，且仅限于急性皮肤移植物抗宿主病，可能无法全面反映所有类型移植物抗宿主病的情况 | 研究单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的作用，以期为治疗提供新策略 | 急性皮肤移植物抗宿主病患者中的单核吞噬细胞 | NA | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序和多重组织免疫荧光 | NA | RNA | 36名急性皮肤移植物抗宿主病患者 |
| 107 | 2024-11-07 |
Impacts of cryopreservation on phenotype and functionality of mononuclear cells in peripheral blood and ascites
2024-Feb, Journal of translational internal medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.2478/jtim-2023-0136
PMID:38525442
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研究论文 | 研究了不同冷冻保存时间和额外冷冻-解冻循环对血液和腹水中单核细胞数量和功能的影响 | 首次探讨了不同冷冻保存条件对单核细胞亚型耐受性的影响 | 样本量较小，可能影响结果的普适性 | 探讨冷冻保存对单核细胞表型和功能的影响 | 血液和腹水中的单核细胞 | NA | 卵巢癌 | 流式细胞术，单细胞测序 | NA | 细胞 | 21份血液样本和8份腹水样本 |
| 108 | 2024-11-04 |
High-Resolution Spatial Transcriptomic Atlas of Mouse Soleus Muscle: Unveiling Single Cell and Subcellular Heterogeneity in Health and Denervation
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582103
PMID:38464282
|
研究论文 | 本研究利用Seq-Scope技术，构建了小鼠比目鱼肌的高分辨率空间转录组图谱，揭示了健康和去神经化状态下肌肉细胞和亚细胞的异质性 | 本研究首次在亚微米空间分辨率下观察整个转录组，揭示了肌肉纤维、其他细胞类型和特定亚细胞结构的详细特征 | NA | 深入理解肌肉细胞转录组的多样性及其在去神经化反应中的变化 | 小鼠比目鱼肌在健康和去神经化状态下的基因表达 | 数字病理学 | NA | Seq-Scope | NA | 基因表达数据 | 小鼠比目鱼肌样本 |
| 109 | 2024-11-02 |
Deciphering Endothelial and Mesenchymal Organ Specification in Vascularized Lung and Intestinal Organoids
2024-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.06.577460
PMID:38370768
|
研究论文 | 研究构建了包含肺或肠上皮、器官型间质和血管的人多能干细胞衍生的类器官系统，以研究血管、间质和上皮在器官发生中的协同发育 | 通过精确的BMP调控实现中胚层和内胚层的共分化，生成多谱系类器官和肠道管模式；单细胞RNA测序揭示了内皮和间质的器官特异性，并发现了驱动肺和肠内皮特化的关键配体 | NA | 研究血管、间质和上皮在器官发生中的协同发育及其在器官特化中的作用 | 人多能干细胞衍生的肺和肠类器官系统 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 110 | 2024-10-29 |
A comparison of marker gene selection methods for single-cell RNA sequencing data
2024-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03183-0
PMID:38409056
|
研究论文 | 本文比较了59种用于单细胞RNA测序数据中标记基因选择的计算方法 | 首次全面评估了多种标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的表现 | 仅限于单细胞RNA测序数据，未涵盖其他类型的基因表达数据 | 评估和比较不同标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的性能 | 单细胞RNA测序数据中的标记基因选择方法 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 14个真实数据集和超过170个模拟数据集 |
| 111 | 2024-10-29 |
Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748
PMID:37758326
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研究论文 | 研究通过分子分析预测肝内胆管癌患者对化疗的反应 | 首次通过预处理分子谱预测肝内胆管癌患者对化疗的反应，并揭示了肿瘤与骨髓细胞动态变化对化疗反应的影响 | 需要进一步开发和验证该转录组特征以应用于精准化疗策略 | 研究肝内胆管癌患者在接受化疗后快速进展或长期生存的分子基础 | 肝内胆管癌患者及其诊断活检样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全转录组分析、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一批具有可比基线特征的肝内胆管癌患者 |
| 112 | 2024-10-29 |
Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579839
PMID:38405697
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研究论文 | 本文介绍了一种名为NCLUSION的无参数聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，能够在聚类的同时选择标记基因 | NCLUSION采用贝叶斯稀疏先验的无穷混合模型，能够在聚类的同时识别标记基因，避免了用户指定的启发式方法和后选择差异表达分析的局限性 | NA | 解决当前单细胞RNA测序数据聚类方法中用户指定启发式和后选择差异表达分析的局限性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 无穷混合模型 | 表达数据 | 多达数百万个细胞的数据集 |
| 113 | 2024-10-28 |
Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis
2024-Feb-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45665-6
PMID:38374043
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研究论文 | 研究探讨了抗整合素疗法在溃疡性结肠炎中对不同细胞区室的影响 | 通过单细胞转录组和蛋白质组学分析，揭示了抗整合素疗法对单核吞噬细胞和淋巴细胞亚群的影响 | 研究主要集中在单细胞和空间多组学分析，未涉及其他治疗方法的比较 | 识别溃疡性结肠炎中促炎细胞并评估抗整合素疗法的效果 | 溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞转录组学和蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据和蛋白质数据 | 健康对照组和接受抗整合素疗法或其他疗法的溃疡性结肠炎患者 |
| 114 | 2024-10-28 |
MarkerMap: nonlinear marker selection for single-cell studies
2024-Feb-14, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00339-3
PMID:38351188
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研究论文 | 介绍了一种名为MarkerMap的生成模型，用于单细胞研究中的非线性标记选择 | 提出了MarkerMap模型，能够选择最小但最具信息量的基因集，用于细胞类型起源的识别和全转录组重构 | 未提及 | 开发一种可扩展的框架，用于监督和非监督标记选择，以提高单细胞研究的解释性 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成模型 | 基因表达数据 | 未提及 |
| 115 | 2024-10-28 |
Single-cell RNA sequencing of mid-to-late stage spider embryos: new insights into spider development
2024-Feb-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09898-x
PMID:38326752
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了中晚期蜘蛛胚胎的发育过程 | 首次对中晚期蜘蛛胚胎进行单细胞RNA测序，提供了对蜘蛛发育不同阶段的深入见解 | 仅限于对Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的研究，未涉及其他物种 | 探讨蜘蛛中晚期胚胎的发育过程及其细胞类型和组织的分化 | Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的中晚期胚胎 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 中晚期蜘蛛胚胎的单细胞样本 |
| 116 | 2024-10-28 |
High-throughput identification of the spatial origins of Drosophila optic lobe neurons using single-cell mRNA-sequencing
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.05.578975
PMID:38370610
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研究论文 | 本文通过单细胞mRNA测序技术，识别了果蝇视叶神经元的空间起源 | 本文首次通过单细胞mRNA测序技术，高吞吐量地确定了所有视叶神经元的空间起源，并发现了OPC的两个新空间亚区 | 本文主要集中在视叶神经元的空间起源研究，未涉及其他发育阶段或机制的详细探讨 | 研究果蝇视叶神经元的空间起源及其在发育过程中的基因表达影响 | 果蝇视叶神经元的空间起源及其基因表达 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自不同OPC空间域的细胞 |
| 117 | 2024-10-28 |
Spatial Transcriptomics Suggests That Alterations Occur in the Preneoplastic Breast Microenvironment of BRCA1/2 Mutation Carriers
2024-02-01, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0489
PMID:37878345
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研究论文 | 本文利用空间转录组学研究了BRCA1/2突变携带者癌前乳腺微环境中的缺陷和微环境变化 | 首次揭示了BRCA1/2突变携带者癌前乳腺组织中空间定义的受体-配体相互作用，并发现了β1-整合素介导的自分泌信号在BRCA2缺陷乳腺上皮细胞中与BRCA1缺陷细胞的差异 | NA | 研究BRCA1/2突变携带者癌前乳腺微环境中的缺陷和微环境变化 | BRCA1/2突变携带者和非携带者的癌前乳腺组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | BRCA1/2突变携带者和非携带者的癌前乳腺组织样本 |
| 118 | 2024-10-28 |
Resolving the heterogeneous tumour microenvironment in cardiac myxoma through single-cell and spatial transcriptomics
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1581
PMID:38318640
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研究论文 | 研究通过单细胞和空间转录组学技术解析心脏粘液瘤的异质性肿瘤微环境 | 首次在单细胞和空间分辨率上全面表征心脏粘液瘤的肿瘤微环境，揭示了粘液瘤肿瘤细胞的分化机制和免疫微环境的特征 | NA | 解析心脏粘液瘤的肿瘤微环境，为开发针对不适合手术患者的新疗法提供依据 | 心脏粘液瘤患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞转录组测序和Visium CytAssist空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 34759个细胞 |
| 119 | 2024-10-28 |
Sulfotransferase SULT2B1 facilitates colon cancer metastasis by promoting SCD1-mediated lipid metabolism
2024-02, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1587
PMID:38372484
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研究论文 | 本文研究了硫转移酶SULT2B1在结肠癌转移中的作用及其机制 | 首次揭示了SULT2B1作为结肠癌转移的新型肿瘤标志物，并阐明了其通过促进SCD1介导的脂质代谢促进结肠癌转移的机制 | NA | 探讨硫转移酶SULT2B1在结肠癌转移中的作用及其机制 | 结肠癌细胞及其转移机制 | NA | 结肠癌 | 单细胞测序和蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 120 | 2024-10-28 |
FAVA: high-quality functional association networks inferred from scRNA-seq and proteomics data
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae010
PMID:38192003
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FAVA的新方法，用于从单细胞RNA测序和蛋白质组学数据中推断高质量的功能关联网络 | FAVA利用变分自编码器将高维数据压缩到低维空间，从而提高了从高维组学数据中推断网络的准确性 | NA | 开发一种新的方法来推断蛋白质功能关联网络，特别是针对研究较少的蛋白质 | 单细胞RNA测序和蛋白质组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序、蛋白质组学 | 变分自编码器 | 基因表达数据、蛋白质数据 | 超过0.5百万个条件，预测了1039个研究较少的蛋白质之间的4210个相互作用 |