单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-10-29	Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748 PMID:37758326	研究论文	研究通过分子分析预测肝内胆管癌患者对化疗的反应	首次通过预处理分子谱预测肝内胆管癌患者对化疗的反应，并揭示了肿瘤与骨髓细胞动态变化对化疗反应的影响	需要进一步开发和验证该转录组特征以应用于精准化疗策略	研究肝内胆管癌患者在接受化疗后快速进展或长期生存的分子基础	肝内胆管癌患者及其诊断活检样本	数字病理学	肝内胆管癌	全转录组分析、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一批具有可比基线特征的肝内胆管癌患者
102	2024-10-29	Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579839 PMID:38405697	研究论文	本文介绍了一种名为NCLUSION的无参数聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，能够在聚类的同时选择标记基因	NCLUSION采用贝叶斯稀疏先验的无穷混合模型，能够在聚类的同时识别标记基因，避免了用户指定的启发式方法和后选择差异表达分析的局限性	NA	解决当前单细胞RNA测序数据聚类方法中用户指定启发式和后选择差异表达分析的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	无穷混合模型	表达数据	多达数百万个细胞的数据集
103	2024-10-28	Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis 2024-Feb-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45665-6 PMID:38374043	研究论文	研究探讨了抗整合素疗法在溃疡性结肠炎中对不同细胞区室的影响	通过单细胞转录组和蛋白质组学分析，揭示了抗整合素疗法对单核吞噬细胞和淋巴细胞亚群的影响	研究主要集中在单细胞和空间多组学分析，未涉及其他治疗方法的比较	识别溃疡性结肠炎中促炎细胞并评估抗整合素疗法的效果	溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本	数字病理学	消化系统疾病	单细胞转录组学和蛋白质组学分析	NA	基因表达数据和蛋白质数据	健康对照组和接受抗整合素疗法或其他疗法的溃疡性结肠炎患者
104	2024-10-28	MarkerMap: nonlinear marker selection for single-cell studies 2024-Feb-14, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00339-3 PMID:38351188	研究论文	介绍了一种名为MarkerMap的生成模型，用于单细胞研究中的非线性标记选择	提出了MarkerMap模型，能够选择最小但最具信息量的基因集，用于细胞类型起源的识别和全转录组重构	未提及	开发一种可扩展的框架，用于监督和非监督标记选择，以提高单细胞研究的解释性	单细胞RNA-seq数据中的基因表达	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成模型	基因表达数据	未提及
105	2024-10-28	Single-cell RNA sequencing of mid-to-late stage spider embryos: new insights into spider development 2024-Feb-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09898-x PMID:38326752	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了中晚期蜘蛛胚胎的发育过程	首次对中晚期蜘蛛胚胎进行单细胞RNA测序，提供了对蜘蛛发育不同阶段的深入见解	仅限于对Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的研究，未涉及其他物种	探讨蜘蛛中晚期胚胎的发育过程及其细胞类型和组织的分化	Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的中晚期胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	中晚期蜘蛛胚胎的单细胞样本
106	2024-10-28	High-throughput identification of the spatial origins of Drosophila optic lobe neurons using single-cell mRNA-sequencing 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.05.578975 PMID:38370610	研究论文	本文通过单细胞mRNA测序技术，识别了果蝇视叶神经元的空间起源	本文首次通过单细胞mRNA测序技术，高吞吐量地确定了所有视叶神经元的空间起源，并发现了OPC的两个新空间亚区	本文主要集中在视叶神经元的空间起源研究，未涉及其他发育阶段或机制的详细探讨	研究果蝇视叶神经元的空间起源及其在发育过程中的基因表达影响	果蝇视叶神经元的空间起源及其基因表达	NA	NA	单细胞mRNA测序	NA	基因表达数据	来自不同OPC空间域的细胞
107	2024-10-28	Spatial Transcriptomics Suggests That Alterations Occur in the Preneoplastic Breast Microenvironment of BRCA1/2 Mutation Carriers 2024-02-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0489 PMID:37878345	研究论文	本文利用空间转录组学研究了BRCA1/2突变携带者癌前乳腺微环境中的缺陷和微环境变化	首次揭示了BRCA1/2突变携带者癌前乳腺组织中空间定义的受体-配体相互作用，并发现了β1-整合素介导的自分泌信号在BRCA2缺陷乳腺上皮细胞中与BRCA1缺陷细胞的差异	NA	研究BRCA1/2突变携带者癌前乳腺微环境中的缺陷和微环境变化	BRCA1/2突变携带者和非携带者的癌前乳腺组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	BRCA1/2突变携带者和非携带者的癌前乳腺组织样本
108	2024-10-28	Resolving the heterogeneous tumour microenvironment in cardiac myxoma through single-cell and spatial transcriptomics 2024-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1581 PMID:38318640	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学技术解析心脏粘液瘤的异质性肿瘤微环境	首次在单细胞和空间分辨率上全面表征心脏粘液瘤的肿瘤微环境，揭示了粘液瘤肿瘤细胞的分化机制和免疫微环境的特征	NA	解析心脏粘液瘤的肿瘤微环境，为开发针对不适合手术患者的新疗法提供依据	心脏粘液瘤患者的肿瘤样本	数字病理学	心脏肿瘤	单细胞转录组测序和Visium CytAssist空间转录组学	NA	转录组数据	34759个细胞
109	2024-10-28	Sulfotransferase SULT2B1 facilitates colon cancer metastasis by promoting SCD1-mediated lipid metabolism 2024-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1587 PMID:38372484	研究论文	本文研究了硫转移酶SULT2B1在结肠癌转移中的作用及其机制	首次揭示了SULT2B1作为结肠癌转移的新型肿瘤标志物，并阐明了其通过促进SCD1介导的脂质代谢促进结肠癌转移的机制	NA	探讨硫转移酶SULT2B1在结肠癌转移中的作用及其机制	结肠癌细胞及其转移机制	NA	结肠癌	单细胞测序和蛋白质组学	NA	NA	NA
110	2024-10-28	FAVA: high-quality functional association networks inferred from scRNA-seq and proteomics data 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae010 PMID:38192003	研究论文	本文介绍了一种名为FAVA的新方法，用于从单细胞RNA测序和蛋白质组学数据中推断高质量的功能关联网络	FAVA利用变分自编码器将高维数据压缩到低维空间，从而提高了从高维组学数据中推断网络的准确性	NA	开发一种新的方法来推断蛋白质功能关联网络，特别是针对研究较少的蛋白质	单细胞RNA测序和蛋白质组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序、蛋白质组学	变分自编码器	基因表达数据、蛋白质数据	超过0.5百万个条件，预测了1039个研究较少的蛋白质之间的4210个相互作用
111	2024-10-28	Identifying squalene epoxidase as a metabolic vulnerability in high-risk osteosarcoma using an artificial intelligence-derived prognostic index 2024-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1586 PMID:38372422	研究论文	本研究通过结合10种机器学习算法，建立了一个基于转录组数据预测骨肉瘤患者总体生存率的模型，并发现角鲨烯环氧化酶（SQLE）作为高风险骨肉瘤患者的代谢脆弱点	本研究首次将人工智能衍生的预后指数（AIDPI）应用于骨肉瘤患者的分层，并验证了SQLE作为潜在治疗靶点的有效性	本研究主要基于转录组数据，未涵盖所有可能的生物标志物和治疗靶点	识别新的生物标志物以分层高风险骨肉瘤患者并指导治疗	骨肉瘤患者及其转录组、基因组和表观基因组数据	机器学习	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	转录组数据	254个样本
112	2024-10-28	Redefining Mucosal Inflammation with Spatial Genomics 2024-02, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345231216114 PMID:38166489	研究论文	本文讨论了空间基因组学技术在重新定义黏膜炎症中的作用	引入空间转录组学方法，避免了组织样本的解离，保留了细胞间的空间关系	讨论了空间测序技术的局限性和未来发展方向	探讨空间技术如何帮助我们更好地理解复杂的黏膜系统	人类口腔黏膜及其在健康和疾病中的分子和细胞特征	基因组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
113	2024-10-27	The implication of integrative multiple RNA modification-based subtypes in gastric cancer immunotherapy and prognosis 2024-Feb-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.108897 PMID:38318382	研究论文	本研究全面探讨了多种RNA修饰对胃癌的影响，并开发了一种预测模型来评估其对免疫治疗和预后的影响	首次综合研究多种RNA修饰对胃癌的影响，并开发了基于Stepwise Regression和Random Survival Forest算法的预测模型	NA	探讨多种RNA修饰对胃癌免疫治疗和预后的影响	胃癌样本中的多种RNA修饰	数字病理学	胃癌	RNA测序	随机生存森林	基因表达数据	1,946个胃癌样本
114	2024-10-27	Genetically inspired organoids prevent joint degeneration and alleviate chondrocyte senescence via Col11a1-HIF1α-mediated glycolysis-OXPHOS metabolism shift 2024-02, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1574 PMID:38314968	研究论文	研究报告了COL11A1基因与髋关节发育不良（DDH）的关联，并通过基因工程器官模型预防关节退化和减轻软骨细胞衰老	首次报道了COL11A1基因与DDH的关联，并开发了一种基于COL11A1过表达的器官模型用于预防关节退化和减轻软骨细胞衰老	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中进行验证	探索COL11A1基因在髋关节发育不良和关节退化中的作用，并开发新的治疗方法	髋关节发育不良患者、Col11a1基因敲除小鼠、软骨细胞	生物医学	骨关节疾病	全基因组关联研究（GWAS）、外显子测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因数据、单细胞RNA测序数据	不同人群的家族性DDH患者、Col11a1基因敲除小鼠
115	2024-10-21	Downregulation of N4-acetylcytidine modification in myeloid cells attenuates immunotherapy and exacerbates hepatocellular carcinoma progression 2024-02, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02510-9 PMID:38040817	研究论文	研究了N4-乙酰胞苷修饰在髓系细胞中下调对肝细胞癌进展和免疫治疗的影响	首次探讨了N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证	探讨N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用	髓系细胞和肝细胞癌	数字病理学	肝癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序、RNA免疫沉淀测序、酪胺信号放大分析	NA	RNA	小鼠模型和肝细胞癌患者的组织样本
116	2024-10-21	Modulation of canonical Wnt signaling regulates peribiliary mesenchymal identity during homeostasis and injury 2024-02-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000368 PMID:38251878	研究论文	研究了Wnt信号通路在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的作用，特别是在稳态和损伤情况下的变化	首次采用完全体内方法结合转录组分析，揭示了Wnt4、Wnt5a和Wnt7b在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的关键作用	研究主要集中在体内实验，未涉及体外实验验证	探讨外周胆管周围间充质细胞身份的分子驱动因素及其在损伤情况下的变化	外周胆管周围间充质细胞（PMCs）及其在损伤情况下的变化	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
117	2024-10-21	Molecular Insights From Multiomics Studies of Physical Activity 2024-02-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/dbi23-0004 PMID:38241506	研究论文	本文探讨了多组学技术在理解身体活动分子效应中的应用	利用多组学技术（包括代谢组学、蛋白质组学、磷酸蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序和表观基因组学）系统地研究身体活动引起的分子变化	NA	探讨多组学技术如何提供关于身体活动系统效应的新见解	身体活动的分子效应及其在器官间的整合响应	NA	NA	多组学技术（代谢组学、蛋白质组学、磷酸蛋白质组学、脂质组学、单细胞RNA测序、表观基因组学）	NA	NA	NA
118	2024-10-21	Single-cell landscape identifies the immunophenotypes and microenvironments of HBV-positive and HBV-negative liver cancer 2024-02-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000364 PMID:38251896	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析HBV阳性和阴性肝癌的免疫表型和微环境	首次系统地比较了HBV阳性和阴性肝癌的肿瘤微环境，揭示了HBV感染对免疫治疗反应的影响	研究仅限于单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的数据或技术	深入理解HBV感染对肝细胞癌免疫微环境的影响，并设计更有效的免疫治疗策略	HBV阳性和阴性肝细胞癌的肿瘤微环境和免疫表型	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括HBV阳性和阴性肝细胞癌的多个样本
119	2024-10-19	Aneuploid embryonic stem cells drive teratoma metastasis 2024-Feb-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45265-4 PMID:38316790	研究论文	研究探讨了非整倍体胚胎干细胞驱动的畸胎瘤转移机制	首次证明了非整倍体胚胎干细胞衍生的畸胎瘤能够转移到多个器官，且不需要额外的拷贝数变异	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类癌症中验证	探索非整倍体在癌症转移中的因果关系	非整倍体和二倍体胚胎干细胞衍生的畸胎瘤	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胚胎干细胞及其衍生的畸胎瘤
120	2024-10-18	vSPACE: Exploring Virtual Spatial Representation of Articular Chondrocytes at the Single-Cell Level 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.07.577817 PMID:38370845	研究论文	本文介绍了一种名为vSPACE的新方法，用于在二维空间中虚拟表示单细胞RNA测序数据，特别是人类关节软骨细胞	vSPACE方法通过模拟空间转录组技术，在虚拟二维图中展示了人类关节软骨细胞的区域分布模式，揭示了可解释且在不同供体中一致的基因表达模式	NA	开发一种新的方法来虚拟表示单细胞RNA测序数据，揭示人类关节软骨细胞的区域分布模式	人类关节软骨细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	6名健康供体的样本