单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-12-28	A New Graph Autoencoder-Based Consensus-Guided Model for scRNA-seq Cell Type Detection 2024-02, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2022.3190289 PMID:35857730	研究论文	本文提出了一种基于图自编码器的共识引导模型（scGAC），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的细胞类型检测	提出了一种新的基于图自编码器（GAE）的共识引导模型（scGAC），通过迭代学习相似性矩阵来整合最终的一致性相似性矩阵，从而提高细胞类型识别的准确性	未提及具体的数据集或实验结果的局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图自编码器（GAE）	单细胞RNA测序数据	NA
82	2024-12-24	PD-L1 regulates inflammatory programs of macrophages from human pluripotent stem cells 2024-02, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302461 PMID:37949473	研究论文	本文研究了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中的炎症调控作用	首次揭示了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中调控炎症程序的作用	实验中使用的PD-L1 KO细胞系和抑制剂的具体细节未在摘要中明确说明	探讨PD-L1在巨噬细胞发育和炎症调控中的作用	人类多能干细胞衍生的巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	PD-L1 KO人类多能干细胞及其衍生的巨噬细胞
83	2024-12-18	Single-cell RNA-seq reveals the metabolic status of immune cells response to immunotherapy in triple-negative breast cancer 2024-02, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107926 PMID:38183706	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了三阴性乳腺癌中免疫细胞对免疫检查点阻断疗法的代谢状态及其与治疗反应的关系	本研究开发了一种分析流程，揭示了与免疫检查点阻断疗法结果相关的代谢异质性，并识别了非应答者富集的代谢亚亚型	本研究主要集中在三阴性乳腺癌中的免疫细胞代谢机制，未涵盖其他癌症类型或其他免疫疗法	阐明三阴性乳腺癌中免疫检查点阻断疗法非应答的代谢机制	三阴性乳腺癌中的免疫细胞及其代谢状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
84	2024-12-13	Multiomic profiling reveals metabolic alterations mediating aberrant platelet activity and inflammation in myeloproliferative neoplasms 2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172256 PMID:38060311	研究论文	研究揭示了骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者血小板异常活性和炎症的代谢改变	首次揭示了MPN患者中与PI3K/AKT/mTOR信号通路异常相关的代谢紊乱，并发现α-酮戊二酸（α-KG）补充能够显著减少血小板活化和炎症反应	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未在人体中进行临床试验验证	探讨骨髓增殖性肿瘤患者血小板异常活性和炎症的代谢机制	骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的血小板和单核细胞	NA	血液肿瘤	单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学	NA	RNA、蛋白质、代谢物	包括MPN患者和Jak2 V617F-knockin小鼠的血小板和单核细胞样本
85	2024-12-12	Common mitochondrial deletions in RNA-Seq: evaluation of bulk, single-cell, and spatial transcriptomic datasets 2024-02-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05877-4 PMID:38368460	研究论文	本文评估了在批量、单细胞和空间转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	首次应用Splice-Break2管道对RNA-Seq数据进行常见线粒体DNA缺失的定量分析，并比较了不同类型转录组数据中的检测结果	研究仅限于已有的RNA-Seq数据集，未涉及其他类型的数据	评估在不同类型转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	常见线粒体DNA缺失在不同组织和疾病中的分布	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	1570个样本
86	2024-12-12	Molecularly stratified hypothalamic astrocytes are cellular foci for obesity 2024-Feb-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3748581/v1 PMID:38405925	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的特征识别算法，用于分子分层下丘脑星形胶质细胞，并揭示了它们在肥胖中的作用	本文创新性地引入了一种基于机器学习的特征识别算法，利用已发表的单细胞RNA测序数据作为参考图谱，逐步消除多效性和可诱导的细胞特征，揭示了健康下丘脑中基因调控网络（GRNs），并证明了不同表达的线粒体基因在胰岛素感应星形胶质细胞中的作用	本文主要集中在健康下丘脑星形胶质细胞的研究，未涉及其他脑区和病理状态下的星形胶质细胞	研究星形胶质细胞在健康大脑中的分子分层及其在肥胖中的作用	下丘脑星形胶质细胞及其与神经元的相互作用	神经科学	肥胖	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠模型
87	2024-12-12	Single-cell analysis of uterosacral ligament revealed cellular heterogeneity in women with pelvic organ prolapse 2024-02-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05808-3 PMID:38326542	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术分析了子宫骶韧带中的细胞异质性，揭示了盆腔器官脱垂（POP）的分子机制	首次构建了盆腔器官脱垂患者和对照组子宫骶韧带的单细胞转录组图谱，并发现了与细胞外基质和细胞粘附相关的受体-配体对的显著减少	NA	探讨盆腔器官脱垂的分子机制	盆腔器官脱垂患者和对照组的子宫骶韧带细胞	数字病理学	盆腔器官脱垂	单细胞RNA测序	NA	转录组	30,452个单细胞
88	2024-12-01	Massively parallel single-cell sequencing of diverse microbial populations 2024-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02157-7 PMID:38233503	研究论文	本文介绍了一种简单、稳健且可推广的高通量单细胞测序方法，用于多样性微生物群体中的目标基因座测序	开发了一种名为DoTA-seq的新方法，利用简单的液滴微流控设备进行高通量单细胞测序，适用于多样性微生物群体	NA	研究微生物群体中的单细胞遗传异质性	人类和小鼠肠道微生物群中的抗生素抗性基因和质粒	基因组学	NA	液滴微流控技术	NA	基因组数据	超过10个抗生素抗性基因和质粒
89	2024-12-01	SEVtras delineates small extracellular vesicles at droplet resolution from single-cell transcriptomes 2024-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02117-1 PMID:38049696	研究论文	本文介绍了一种名为SEVtras的算法，利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，从单细胞转录组中识别小细胞外囊泡（sEVs）并估计其分泌活性	SEVtras算法能够高效地捕获含有sEVs的液滴，并表征特定细胞类型的分泌活性，为研究sEVs的异质性和细胞行为提供了新的工具	NA	开发一种高吞吐量技术来解析sEVs的复杂异质性并揭示其分泌机制	小细胞外囊泡（sEVs）及其在肿瘤进展中的作用	单细胞测序	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	四个肿瘤scRNA-seq数据集
90	2024-11-29	JLONMFSC: Clustering scRNA-seq data based on joint learning of non-negative matrix factorization and subspace clustering 2024-02, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2023.11.019 PMID:38128706	研究论文	提出了一种基于联合学习非负矩阵分解和子空间聚类的单细胞RNA测序数据聚类方法JLONMFSC	结合了图正则化矩阵分解和低秩表示子空间聚类，以学习局部和全局特征，从而提高聚类性能	未提及	解决单细胞RNA测序数据的高维、稀疏和噪声问题，提高聚类效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	非负矩阵分解、子空间聚类	JLONMFSC	单细胞RNA测序数据	六个数据集
91	2024-11-20	Spatially Resolved Transcriptomic Signatures of Hippocampal Subregions and Arc-Expressing Ensembles in Active Place Avoidance Memory 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.30.573225 PMID:38260257	研究论文	研究通过bulk RNA测序和空间转录组学实验，分析了海马体背侧区域在主动位置回避记忆（APA）回忆后的基因表达变化	首次通过空间转录组学技术，揭示了海马体不同亚区域在APA记忆回忆后的基因表达差异，并发现了与突触可塑性和记忆相关的基因富集	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨海马体在主动位置回避记忆回忆过程中的基因表达变化及其机制	海马体背侧区域的CA1、CA3和齿状回（DG）亚区域	神经科学	NA	bulk RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	训练和未训练的小鼠样本
92	2024-11-17	Spatially Exploring RNA Biology in Archival Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues 2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.06.579143 PMID:38370833	研究论文	本文介绍了一种名为Patho-DBiT的技术，结合多聚腺苷酸化和确定性条形码，用于空间全覆盖转录组测序，特别适用于临床存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中的RNA生物学研究	Patho-DBiT技术能够在FFPE组织中进行空间共分析基因表达和RNA加工，揭示区域特异性剪接异构体，并进行高灵敏度的转录组映射	NA	探索福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的RNA生物学	人类疾病相关组织的RNA生物学	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	RNA	临床存档的FFPE肿瘤组织样本，存储时间长达五年
93	2024-11-15	Exploring biomarkers of Alzheimer's disease based on multi-omics and Mendelian randomisation analysis 2024-Feb, Annals of human biology IF:1.2Q4 DOI:10.1080/03014460.2024.2415035 PMID:39508514	研究论文	本研究通过结合多组学和孟德尔随机化分析，探索阿尔茨海默病的生物标志物	本研究创新性地整合了PET、SNP和基因表达数据，并使用AdaSMCCA、rAdaSMCCA和unAdaSMCCA算法进行高级相关性分析，以识别与阿尔茨海默病相关的关键区域、风险SNP位点和风险基因	NA	识别有效的阿尔茨海默病诊断和治疗生物标志物	阿尔茨海默病患者的多组学数据	生物信息学	阿尔茨海默病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
94	2024-11-13	Exploration of neuron heterogeneity in human heart failure with dilated cardiomyopathy through single-cell RNA sequencing analysis 2024-02-03, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-03739-9 PMID:38310240	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了DCM患者心脏衰竭中神经元的异质性及其在免疫和炎症反应中的潜在作用	研究仅限于GSE183852和GSE120895数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性	DCM患者和健康对照样本中的神经元	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	GSE183852数据集中的DCM患者和慢性心力衰竭患者及健康对照样本
95	2024-11-09	Pan-cancer scRNA-seq analysis reveals immunological and diagnostic significance of the peripheral blood mononuclear cells 2024-02-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddad187 PMID:37944069	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了癌症患者和健康供者外周血单核细胞的组成和状态差异，并探讨了这些特征在癌症诊断中的潜力	首次系统性地分析了癌症患者外周血单核细胞的免疫激活和分化状态，并基于这些特征构建了高敏感性的癌症诊断模型	研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的癌症和健康对照	探讨外周血单核细胞在癌症进展中的免疫反应及其在癌症诊断中的应用潜力	癌症患者和健康供者的外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	逻辑回归	RNA	262,025个外周血单核细胞，来自68个癌症样本和14个健康样本
96	2024-11-08	Diverse macrophage populations contribute to distinct manifestations of human cutaneous graft-versus-host disease 2024-02-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljad402 PMID:38010706	研究论文	研究了不同巨噬细胞群体在人类皮肤移植物抗宿主病中的不同表现	首次详细描述了单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的身份、起源和功能，并揭示了其在不同临床亚型中的动态作用	研究样本量较小，且仅限于急性皮肤移植物抗宿主病，可能无法全面反映所有类型移植物抗宿主病的情况	研究单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的作用，以期为治疗提供新策略	急性皮肤移植物抗宿主病患者中的单核吞噬细胞	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序和多重组织免疫荧光	NA	RNA	36名急性皮肤移植物抗宿主病患者
97	2024-11-07	Impacts of cryopreservation on phenotype and functionality of mononuclear cells in peripheral blood and ascites 2024-Feb, Journal of translational internal medicine IF:4.7Q1 DOI:10.2478/jtim-2023-0136 PMID:38525442	研究论文	研究了不同冷冻保存时间和额外冷冻-解冻循环对血液和腹水中单核细胞数量和功能的影响	首次探讨了不同冷冻保存条件对单核细胞亚型耐受性的影响	样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨冷冻保存对单核细胞表型和功能的影响	血液和腹水中的单核细胞	NA	卵巢癌	流式细胞术，单细胞测序	NA	细胞	21份血液样本和8份腹水样本
98	2024-11-04	High-Resolution Spatial Transcriptomic Atlas of Mouse Soleus Muscle: Unveiling Single Cell and Subcellular Heterogeneity in Health and Denervation 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582103 PMID:38464282	研究论文	本研究利用Seq-Scope技术，构建了小鼠比目鱼肌的高分辨率空间转录组图谱，揭示了健康和去神经化状态下肌肉细胞和亚细胞的异质性	本研究首次在亚微米空间分辨率下观察整个转录组，揭示了肌肉纤维、其他细胞类型和特定亚细胞结构的详细特征	NA	深入理解肌肉细胞转录组的多样性及其在去神经化反应中的变化	小鼠比目鱼肌在健康和去神经化状态下的基因表达	数字病理学	NA	Seq-Scope	NA	基因表达数据	小鼠比目鱼肌样本
99	2024-11-02	Deciphering Endothelial and Mesenchymal Organ Specification in Vascularized Lung and Intestinal Organoids 2024-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.06.577460 PMID:38370768	研究论文	研究构建了包含肺或肠上皮、器官型间质和血管的人多能干细胞衍生的类器官系统，以研究血管、间质和上皮在器官发生中的协同发育	通过精确的BMP调控实现中胚层和内胚层的共分化，生成多谱系类器官和肠道管模式；单细胞RNA测序揭示了内皮和间质的器官特异性，并发现了驱动肺和肠内皮特化的关键配体	NA	研究血管、间质和上皮在器官发生中的协同发育及其在器官特化中的作用	人多能干细胞衍生的肺和肠类器官系统	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
100	2024-10-29	A comparison of marker gene selection methods for single-cell RNA sequencing data 2024-02-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03183-0 PMID:38409056	研究论文	本文比较了59种用于单细胞RNA测序数据中标记基因选择的计算方法	首次全面评估了多种标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的表现	仅限于单细胞RNA测序数据，未涵盖其他类型的基因表达数据	评估和比较不同标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的性能	单细胞RNA测序数据中的标记基因选择方法	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个真实数据集和超过170个模拟数据集