单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-12-12	Single-cell analysis of uterosacral ligament revealed cellular heterogeneity in women with pelvic organ prolapse 2024-02-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05808-3 PMID:38326542	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术分析了子宫骶韧带中的细胞异质性，揭示了盆腔器官脱垂（POP）的分子机制	首次构建了盆腔器官脱垂患者和对照组子宫骶韧带的单细胞转录组图谱，并发现了与细胞外基质和细胞粘附相关的受体-配体对的显著减少	NA	探讨盆腔器官脱垂的分子机制	盆腔器官脱垂患者和对照组的子宫骶韧带细胞	数字病理学	盆腔器官脱垂	单细胞RNA测序	NA	转录组	30,452个单细胞
62	2024-12-01	Massively parallel single-cell sequencing of diverse microbial populations 2024-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02157-7 PMID:38233503	研究论文	本文介绍了一种简单、稳健且可推广的高通量单细胞测序方法，用于多样性微生物群体中的目标基因座测序	开发了一种名为DoTA-seq的新方法，利用简单的液滴微流控设备进行高通量单细胞测序，适用于多样性微生物群体	NA	研究微生物群体中的单细胞遗传异质性	人类和小鼠肠道微生物群中的抗生素抗性基因和质粒	基因组学	NA	液滴微流控技术	NA	基因组数据	超过10个抗生素抗性基因和质粒
63	2024-12-01	SEVtras delineates small extracellular vesicles at droplet resolution from single-cell transcriptomes 2024-Feb, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02117-1 PMID:38049696	研究论文	本文介绍了一种名为SEVtras的算法，利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，从单细胞转录组中识别小细胞外囊泡（sEVs）并估计其分泌活性	SEVtras算法能够高效地捕获含有sEVs的液滴，并表征特定细胞类型的分泌活性，为研究sEVs的异质性和细胞行为提供了新的工具	NA	开发一种高吞吐量技术来解析sEVs的复杂异质性并揭示其分泌机制	小细胞外囊泡（sEVs）及其在肿瘤进展中的作用	单细胞测序	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	四个肿瘤scRNA-seq数据集
64	2024-11-29	JLONMFSC: Clustering scRNA-seq data based on joint learning of non-negative matrix factorization and subspace clustering 2024-02, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2023.11.019 PMID:38128706	研究论文	提出了一种基于联合学习非负矩阵分解和子空间聚类的单细胞RNA测序数据聚类方法JLONMFSC	结合了图正则化矩阵分解和低秩表示子空间聚类，以学习局部和全局特征，从而提高聚类性能	未提及	解决单细胞RNA测序数据的高维、稀疏和噪声问题，提高聚类效果	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	非负矩阵分解、子空间聚类	JLONMFSC	单细胞RNA测序数据	六个数据集
65	2024-11-20	Spatially Resolved Transcriptomic Signatures of Hippocampal Subregions and Arc-Expressing Ensembles in Active Place Avoidance Memory 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.30.573225 PMID:38260257	研究论文	研究通过bulk RNA测序和空间转录组学实验，分析了海马体背侧区域在主动位置回避记忆（APA）回忆后的基因表达变化	首次通过空间转录组学技术，揭示了海马体不同亚区域在APA记忆回忆后的基因表达差异，并发现了与突触可塑性和记忆相关的基因富集	研究仅限于小鼠模型，且样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨海马体在主动位置回避记忆回忆过程中的基因表达变化及其机制	海马体背侧区域的CA1、CA3和齿状回（DG）亚区域	神经科学	NA	bulk RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	训练和未训练的小鼠样本
66	2024-11-17	Spatially Exploring RNA Biology in Archival Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues 2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.06.579143 PMID:38370833	研究论文	本文介绍了一种名为Patho-DBiT的技术，结合多聚腺苷酸化和确定性条形码，用于空间全覆盖转录组测序，特别适用于临床存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中的RNA生物学研究	Patho-DBiT技术能够在FFPE组织中进行空间共分析基因表达和RNA加工，揭示区域特异性剪接异构体，并进行高灵敏度的转录组映射	NA	探索福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的RNA生物学	人类疾病相关组织的RNA生物学	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	RNA	临床存档的FFPE肿瘤组织样本，存储时间长达五年
67	2024-11-15	Exploring biomarkers of Alzheimer's disease based on multi-omics and Mendelian randomisation analysis 2024-Feb, Annals of human biology IF:1.2Q4 DOI:10.1080/03014460.2024.2415035 PMID:39508514	研究论文	本研究通过结合多组学和孟德尔随机化分析，探索阿尔茨海默病的生物标志物	本研究创新性地整合了PET、SNP和基因表达数据，并使用AdaSMCCA、rAdaSMCCA和unAdaSMCCA算法进行高级相关性分析，以识别与阿尔茨海默病相关的关键区域、风险SNP位点和风险基因	NA	识别有效的阿尔茨海默病诊断和治疗生物标志物	阿尔茨海默病患者的多组学数据	生物信息学	阿尔茨海默病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
68	2024-11-13	Exploration of neuron heterogeneity in human heart failure with dilated cardiomyopathy through single-cell RNA sequencing analysis 2024-02-03, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-03739-9 PMID:38310240	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了DCM患者心脏衰竭中神经元的异质性及其在免疫和炎症反应中的潜在作用	研究仅限于GSE183852和GSE120895数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探索扩张型心肌病（DCM）患者心脏衰竭中神经元的异质性	DCM患者和健康对照样本中的神经元	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	GSE183852数据集中的DCM患者和慢性心力衰竭患者及健康对照样本
69	2024-11-09	Pan-cancer scRNA-seq analysis reveals immunological and diagnostic significance of the peripheral blood mononuclear cells 2024-02-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddad187 PMID:37944069	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了癌症患者和健康供者外周血单核细胞的组成和状态差异，并探讨了这些特征在癌症诊断中的潜力	首次系统性地分析了癌症患者外周血单核细胞的免疫激活和分化状态，并基于这些特征构建了高敏感性的癌症诊断模型	研究样本量相对较小，且仅限于特定类型的癌症和健康对照	探讨外周血单核细胞在癌症进展中的免疫反应及其在癌症诊断中的应用潜力	癌症患者和健康供者的外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	逻辑回归	RNA	262,025个外周血单核细胞，来自68个癌症样本和14个健康样本
70	2024-11-08	Diverse macrophage populations contribute to distinct manifestations of human cutaneous graft-versus-host disease 2024-02-16, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljad402 PMID:38010706	研究论文	研究了不同巨噬细胞群体在人类皮肤移植物抗宿主病中的不同表现	首次详细描述了单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的身份、起源和功能，并揭示了其在不同临床亚型中的动态作用	研究样本量较小，且仅限于急性皮肤移植物抗宿主病，可能无法全面反映所有类型移植物抗宿主病的情况	研究单核吞噬细胞在急性皮肤移植物抗宿主病中的作用，以期为治疗提供新策略	急性皮肤移植物抗宿主病患者中的单核吞噬细胞	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序和多重组织免疫荧光	NA	RNA	36名急性皮肤移植物抗宿主病患者
71	2024-11-07	Impacts of cryopreservation on phenotype and functionality of mononuclear cells in peripheral blood and ascites 2024-Feb, Journal of translational internal medicine IF:4.7Q1 DOI:10.2478/jtim-2023-0136 PMID:38525442	研究论文	研究了不同冷冻保存时间和额外冷冻-解冻循环对血液和腹水中单核细胞数量和功能的影响	首次探讨了不同冷冻保存条件对单核细胞亚型耐受性的影响	样本量较小，可能影响结果的普适性	探讨冷冻保存对单核细胞表型和功能的影响	血液和腹水中的单核细胞	NA	卵巢癌	流式细胞术，单细胞测序	NA	细胞	21份血液样本和8份腹水样本
72	2024-11-04	High-Resolution Spatial Transcriptomic Atlas of Mouse Soleus Muscle: Unveiling Single Cell and Subcellular Heterogeneity in Health and Denervation 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582103 PMID:38464282	研究论文	本研究利用Seq-Scope技术，构建了小鼠比目鱼肌的高分辨率空间转录组图谱，揭示了健康和去神经化状态下肌肉细胞和亚细胞的异质性	本研究首次在亚微米空间分辨率下观察整个转录组，揭示了肌肉纤维、其他细胞类型和特定亚细胞结构的详细特征	NA	深入理解肌肉细胞转录组的多样性及其在去神经化反应中的变化	小鼠比目鱼肌在健康和去神经化状态下的基因表达	数字病理学	NA	Seq-Scope	NA	基因表达数据	小鼠比目鱼肌样本
73	2024-11-02	Deciphering Endothelial and Mesenchymal Organ Specification in Vascularized Lung and Intestinal Organoids 2024-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.06.577460 PMID:38370768	研究论文	研究构建了包含肺或肠上皮、器官型间质和血管的人多能干细胞衍生的类器官系统，以研究血管、间质和上皮在器官发生中的协同发育	通过精确的BMP调控实现中胚层和内胚层的共分化，生成多谱系类器官和肠道管模式；单细胞RNA测序揭示了内皮和间质的器官特异性，并发现了驱动肺和肠内皮特化的关键配体	NA	研究血管、间质和上皮在器官发生中的协同发育及其在器官特化中的作用	人多能干细胞衍生的肺和肠类器官系统	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
74	2024-10-30	Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer 2024-Feb, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.7053 PMID:38426622	综述	本文综述了乳腺组织和乳腺癌中巨噬细胞的异质性及其在正常乳腺发育和癌症进展中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在正常乳腺和乳腺癌组织中的细微异质性	NA	探讨巨噬细胞在乳腺发育和乳腺癌中的异质性及其潜在的治疗靶点	乳腺组织中的常驻巨噬细胞和乳腺癌中的肿瘤相关巨噬细胞	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
75	2024-10-29	A comparison of marker gene selection methods for single-cell RNA sequencing data 2024-02-26, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03183-0 PMID:38409056	研究论文	本文比较了59种用于单细胞RNA测序数据中标记基因选择的计算方法	首次全面评估了多种标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的表现	仅限于单细胞RNA测序数据，未涵盖其他类型的基因表达数据	评估和比较不同标记基因选择方法在单细胞RNA测序数据中的性能	单细胞RNA测序数据中的标记基因选择方法	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个真实数据集和超过170个模拟数据集
76	2024-10-29	Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748 PMID:37758326	研究论文	研究通过分子分析预测肝内胆管癌患者对化疗的反应	首次通过预处理分子谱预测肝内胆管癌患者对化疗的反应，并揭示了肿瘤与骨髓细胞动态变化对化疗反应的影响	需要进一步开发和验证该转录组特征以应用于精准化疗策略	研究肝内胆管癌患者在接受化疗后快速进展或长期生存的分子基础	肝内胆管癌患者及其诊断活检样本	数字病理学	肝内胆管癌	全转录组分析、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	一批具有可比基线特征的肝内胆管癌患者
77	2024-10-29	Scalable nonparametric clustering with unified marker gene selection for single-cell RNA-seq data 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579839 PMID:38405697	研究论文	本文介绍了一种名为NCLUSION的无参数聚类方法，用于单细胞RNA测序数据，能够在聚类的同时选择标记基因	NCLUSION采用贝叶斯稀疏先验的无穷混合模型，能够在聚类的同时识别标记基因，避免了用户指定的启发式方法和后选择差异表达分析的局限性	NA	解决当前单细胞RNA测序数据聚类方法中用户指定启发式和后选择差异表达分析的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	无穷混合模型	表达数据	多达数百万个细胞的数据集
78	2024-10-28	Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis 2024-Feb-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45665-6 PMID:38374043	研究论文	研究探讨了抗整合素疗法在溃疡性结肠炎中对不同细胞区室的影响	通过单细胞转录组和蛋白质组学分析，揭示了抗整合素疗法对单核吞噬细胞和淋巴细胞亚群的影响	研究主要集中在单细胞和空间多组学分析，未涉及其他治疗方法的比较	识别溃疡性结肠炎中促炎细胞并评估抗整合素疗法的效果	溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本	数字病理学	消化系统疾病	单细胞转录组学和蛋白质组学分析	NA	基因表达数据和蛋白质数据	健康对照组和接受抗整合素疗法或其他疗法的溃疡性结肠炎患者
79	2024-10-28	MarkerMap: nonlinear marker selection for single-cell studies 2024-Feb-14, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00339-3 PMID:38351188	研究论文	介绍了一种名为MarkerMap的生成模型，用于单细胞研究中的非线性标记选择	提出了MarkerMap模型，能够选择最小但最具信息量的基因集，用于细胞类型起源的识别和全转录组重构	未提及	开发一种可扩展的框架，用于监督和非监督标记选择，以提高单细胞研究的解释性	单细胞RNA-seq数据中的基因表达	机器学习	NA	单细胞RNA测序	生成模型	基因表达数据	未提及
80	2024-10-28	Single-cell RNA sequencing of mid-to-late stage spider embryos: new insights into spider development 2024-Feb-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09898-x PMID:38326752	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了中晚期蜘蛛胚胎的发育过程	首次对中晚期蜘蛛胚胎进行单细胞RNA测序，提供了对蜘蛛发育不同阶段的深入见解	仅限于对Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的研究，未涉及其他物种	探讨蜘蛛中晚期胚胎的发育过程及其细胞类型和组织的分化	Parasteatoda tepidariorum蜘蛛的中晚期胚胎	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	中晚期蜘蛛胚胎的单细胞样本