单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-04-25	Multi-organ single-cell RNA sequencing in mice reveals early hyperglycemia responses that converge on fibroblast dysregulation 2024-02-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302003R PMID:38305779	研究论文	通过小鼠多器官单细胞RNA测序研究高血糖早期反应，揭示成纤维细胞失调的共性机制	首次在单细胞分辨率下进行多器官分析，揭示1型糖尿病早期高血糖引起的跨器官成纤维细胞保守性失调模式	研究仅使用雄性小鼠模型且观察时间限于8周，未涵盖性别差异和疾病晚期阶段	解析高血糖驱动的糖尿病并发症早期分子机制	链脲佐菌素诱导的1型糖尿病雄性小鼠模型的心脏、肾脏、肝脏和脾脏细胞	单细胞组学	糖尿病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	67,611个细胞（来自糖尿病和对照组小鼠的四个器官）
42	2025-04-23	Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.22.576756 PMID:38405830	研究论文	开发了一种名为'的方法，用于在哺乳动物基因组中多重生成和定位结构变异（SVs）	提出了一种基于'混洗盒'的新方法，能够同时生成多种SVs，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行识别和定位	诱导的SVs在细胞群体中随时间迅速减少，可能是由于Cre介导的毒性或对重排本身的负选择	系统探索SVs对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	基因组学	NA	Cre-loxP位点特异性重组、T7介导的转录、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	数千个基因组SVs在小鼠胚胎干细胞中诱导和定位
43	2025-04-15	Single-cell transcriptomics reveals cell atlas and identifies cycling tumor cells responsible for recurrence in ameloblastoma 2024-02-29, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00281-4 PMID:38424060	research paper	通过单细胞转录组学揭示成釉细胞瘤的细胞图谱，并识别导致复发的循环肿瘤细胞	首次在单细胞分辨率下揭示了成釉细胞瘤的细胞景观和复发机制，并发现EZH2介导的程序主导了循环肿瘤细胞的干性和复发	研究样本可能有限，且未涉及其他潜在的治疗靶点	探究成釉细胞瘤的肿瘤起始和复发机制	成釉细胞瘤的肿瘤细胞亚群	digital pathology	ameloblastoma	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	成釉细胞瘤患者来源的类器官
44	2025-04-15	Tim4 deficiency reduces CD301b+ macrophage and aggravates periodontitis bone loss 2024-02-28, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-023-00270-z PMID:38418808	研究论文	本研究探讨了Tim4缺乏如何减少CD301b+巨噬细胞并加剧牙周炎骨丢失	首次揭示了Tim4作为CD301b巨噬细胞的上游调控因子，通过p38 MAPK信号通路调节CD301b巨噬细胞表型	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究Tim4在牙周炎中对CD301b巨噬细胞的调控机制	CD301b巨噬细胞及其上游调控因子Tim4	免疫学	牙周炎	高通量RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量
45	2025-04-15	PRX1-positive mesenchymal stem cells drive molar morphogenesis 2024-02-19, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00277-0 PMID:38369512	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪模型，揭示了PRX1阳性间充质细胞在小鼠磨牙形态发生中的关键作用	发现了PRX1阳性间充质细胞通过Wnt5a-WNT信号通路调控牙齿形态的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类牙齿发育中验证	探究调控牙齿形态的关键因素	小鼠磨牙发育过程中的PRX1阳性间充质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序, 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	NA
46	2025-04-12	Characterizing Neutrophil Subtypes in Cancer Using scRNA Sequencing Demonstrates the Importance of IL1β/CXCR2 Axis in Generation of Metastasis-specific Neutrophils 2024-02-29, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0319 PMID:38358352	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录亚型及其发育谱系	首次全面比较健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录状态，并发现IL1β/CXCR2轴在转移特异性中性粒细胞生成中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究中性粒细胞在癌症中的异质性及其在转移过程中的作用机制	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌	scRNA测序	NA	RNA测序数据	公共数据集和独立生成的人类和小鼠数据集
47	2025-04-02	EBF1 Limits the Numbers of Cochlear Hair and Supporting Cells and Forms the Scala Tympani and Spiral Limbus during Inner Ear Development 2024-02-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1060-23.2023 PMID:38176908	研究论文	本研究探讨了早期B细胞因子1（EBF1）在小鼠内耳发育中的作用及其对听觉功能的影响	揭示了EBF1在内耳感觉上皮细胞中的表达及其对螺旋缘和鼓阶形成、柯蒂氏器和柯氏器官细胞数量的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究EBF1在小鼠内耳发育过程中的功能及其对听觉系统的影响	小鼠内耳发育过程中的细胞和组织	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠进行研究
48	2025-03-28	Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing 2024 Feb-Apr, Transcription DOI:10.1080/21541264.2024.2334110 PMID:38532542	综述	本文综述了细菌表型异质性通过单细胞RNA测序的研究进展	应用单细胞转录组学技术研究微生物群体，为细胞分化和细菌生态学提供新见解	NA	探讨微生物系统中的转录异质性及其在细胞生物学和异质性机制中的作用	细菌群体及其转录异质性	微生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
49	2025-03-22	Response to tumor-infiltrating lymphocyte adoptive therapy is associated with preexisting CD8+ T-myeloid cell networks in melanoma 2024-02-02, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adg7995 PMID:38306416	研究论文	本文研究了肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）过继细胞疗法（ACT）在转移性黑色素瘤患者中的疗效，并探讨了肿瘤微环境（TME）中的细胞状态及其相互作用	通过纵向样本分析，发现ACT响应者具有更高的基础肿瘤细胞内在免疫原性和突变负担，并揭示了响应者中丰富的基线肿瘤内和基质肿瘤反应性T细胞网络与激活的髓系细胞群	样本量较小，仅涉及13名患者，可能影响结果的普遍性	探索TIL-ACT疗法在转移性黑色素瘤患者中的疗效机制，并寻找潜在的生物标志物以改善患者选择和指导ACT临床试验设计	转移性黑色素瘤患者	肿瘤免疫学	黑色素瘤	bulk和单细胞RNA测序、全外显子测序、空间蛋白质组分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	13名转移性黑色素瘤患者
50	2025-03-17	Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation 2024-Feb-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45489-4 PMID:38336745	研究论文	本文研究了雄激素剥夺疗法（ADT）如何通过异常的核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌（DNPC），并揭示了HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路的共激活在这一过程中的作用	揭示了当前ADT通过异常的HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号，从而诱导DNPC的机制，并提出了XPO1和核糖体蛋白作为潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和临床样本，尚未在更大规模的人体试验中验证	探讨雄激素剥夺疗法（ADT）诱导双阴性前列腺癌（DNPC）的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	前列腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	人类DNPC样本和小鼠模型
51	2025-03-08	Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding 2024-Feb, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886 PMID:38246589	研究论文	本研究在小鼠后脑中鉴定出一种新的AgRP细胞群，这些细胞能够独立于下丘脑AgRP神经元刺激进食	首次在小鼠后脑中发现并表征了AgRP表达细胞群，揭示了后脑中央黑皮质系统具有促进食欲的成分	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于其他哺乳动物尚需进一步验证	探索中央黑皮质系统在调节进食和体重中的作用，特别是AgRP细胞的功能	小鼠后脑中的AgRP表达细胞	神经科学	NA	基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、DREADD技术、光遗传学刺激	NA	基因表达数据、细胞活性数据	多种转基因小鼠模型
52	2025-03-04	Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.02.577085 PMID:38370717	研究论文	本文通过空间转录组学和深度学习技术，研究了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	结合空间转录组学和深度学习分析，揭示了黑色素瘤治疗中细胞状态的时空变化和谱系选择	研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能不完全反映人体内的实际情况	研究BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性机制	BRAF突变黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习	深度学习	转录组数据，病理切片图像	患者来源的异种移植模型
53	2025-03-04	Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris 2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300312 PMID:38117802	研究论文	本文通过单细胞转录组和免疫组库分析，揭示了天疱疮（PV）中细胞状态和分子变化	首次结合5'单细胞RNA测序和V(D)J富集技术，分析了未经治疗和口服泼尼松治疗后的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本	研究样本量有限，且仅针对特定类型的PV（黏膜主导型）	揭示PV的病因和发病机制，特别是免疫细胞与上皮细胞之间的相互作用	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本	单细胞组学	天疱疮	5'单细胞RNA测序，V(D)J富集，免疫组化检测，多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组库数据	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本
54	2025-03-02	Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000537 PMID:37505219	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了Basp1在NASH中的关键作用，并发现其在髓系细胞中的特异性失活可以减轻NASH的病理严重程度	首次发现Basp1在NASH中的关键调控作用，并通过髓系特异性失活Basp1减轻NASH病理	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨髓系细胞在NASH中的转录组重编程及其对疾病进展的贡献	小鼠和人类的NASH肝脏中的髓系细胞	生物医学	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类NASH肝脏样本
55	2025-02-18	Transcriptomic landscape of endothelial cells: Key tumor microenvironment components indicating variable clinical outcomes in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Feb, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.23881 PMID:37449672	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中内皮细胞（ECs）的多样性及其对临床结果的影响	首次在PDAC中识别出七种不同的ECs簇，并探讨了它们与恶性细胞的相互作用及其对患者预后的影响	样本量相对较小，仅包括24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本	阐明PDAC肿瘤微环境中ECs的多样性及其对治疗效果和患者预后的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的内皮细胞（ECs）	生物信息学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本
56	2025-02-14	RNA-seq analysis reveals prenatal alcohol exposure is associated with placental inflammatory cells and gene expression 2024-Feb-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.147951 PMID:37918548	研究论文	本研究通过RNA-seq分析揭示了产前酒精暴露与胎盘炎症细胞和基因表达的关系	首次在胎盘细胞类型组成和转录组分析中考虑了细胞类型的影响，揭示了产前酒精暴露对胎盘细胞类型比例和炎症基因表达的影响	需要进一步研究以表征这些影响并评估胎盘炎症在胎儿酒精谱系障碍中的潜在功能作用	研究产前酒精暴露对胎盘细胞类型组成和基因表达的影响	35名重度饮酒孕妇和33名对照的胎盘样本	生物信息学	胎儿酒精谱系障碍	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	线性回归模型	RNA-seq数据	68名孕妇的胎盘样本
57	2025-02-13	Targeting metabolic sensing switch GPR84 on macrophages for cancer immunotherapy 2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03603-3 PMID:38349405	研究论文	本文探讨了通过靶向巨噬细胞上的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的潜力	发现并验证了GPR84作为调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）抗肿瘤表型的重要代谢感应开关，并展示了其激动剂6-OAU在增强抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证GPR84激动剂的效果	探索通过调控巨噬细胞的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的策略	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢感应开关GPR84	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	多个肿瘤模型的小鼠数据
58	2025-02-13	A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07042-7 PMID:38355792	研究论文	本文通过建立人类神经网络模型，揭示了ALS和FTLD中NPTX2的病理机制	通过诱导多能干细胞生成的iCoMoNSCs，建立了长期存活的功能性神经网络模型，揭示了TDP-43病理与NPTX2积累的直接联系	模型依赖于体外培养的细胞系统，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探索TDP-43病理的出现及其后果，特别是其在ALS和FTLD中的作用	诱导多能干细胞衍生的神经网络模型	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶变性（FTLD）	单细胞转录组学	iCoMoNSCs和iNets	单细胞转录组数据	NA
59	2025-02-09	Rapid anti-myeloma activity by T cells expressing an anti-BCMA CAR with a human heavy-chain-only antigen-binding domain 2024-Feb-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.12.018 PMID:38155568	研究论文	本文介绍了一种新型的完全人源化抗BCMA嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ，用于治疗多发性骨髓瘤（MM）的首次人体临床试验	开发了一种具有重链唯一抗原识别域、4-1BB域和CD3ζ域的完全人源化抗BCMA CAR，并首次在人体临床试验中验证其疗效	样本量较小（25名患者），且未进行长期随访以评估持久性疗效	评估新型CAR-T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ在多发性骨髓瘤患者中的安全性和有效性	25名复发多发性骨髓瘤患者	生物医学工程	多发性骨髓瘤	嵌合抗原受体T细胞疗法（CAR-T）	NA	临床数据	25名复发多发性骨髓瘤患者
60	2025-02-03	Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease 2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN IF:8.5Q1 DOI:10.2215/CJN.0000000000000276 PMID:37533147	研究论文	本文通过分子研究分析了一名糖尿病肾病患者肾活检样本，揭示了肾小球新生血管化的分子特征	使用三维免疫荧光成像和空间转录组学技术，揭示了标准组织病理学方法低估的肾小球周围新生血管化，并发现了与血管生成信号、内皮细胞增殖和存活以及新血管成熟和稳定性相关的基因表达特征	研究仅基于单一病例，样本量有限，可能无法推广到所有糖尿病肾病患者	通过分子研究揭示糖尿病肾病患者肾小球新生血管化的分子特征，以补充和丰富肾活检的组织病理学诊断	一名66岁女性糖尿病肾病患者的肾活检样本	数字病理学	糖尿病肾病	三维免疫荧光成像、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	1名患者的肾活检样本