单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-03-02	Myeloid-specific ablation of Basp1 ameliorates diet-induced NASH in mice by attenuating pro-inflammatory signaling 2024-02-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000537 PMID:37505219	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，揭示了Basp1在NASH中的关键作用，并发现其在髓系细胞中的特异性失活可以减轻NASH的病理严重程度	首次发现Basp1在NASH中的关键调控作用，并通过髓系特异性失活Basp1减轻NASH病理	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨髓系细胞在NASH中的转录组重编程及其对疾病进展的贡献	小鼠和人类的NASH肝脏中的髓系细胞	生物医学	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）	批量RNA测序和单细胞RNA测序（sc-RNA seq）	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类NASH肝脏样本
42	2025-02-18	Transcriptomic landscape of endothelial cells: Key tumor microenvironment components indicating variable clinical outcomes in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Feb, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.23881 PMID:37449672	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中内皮细胞（ECs）的多样性及其对临床结果的影响	首次在PDAC中识别出七种不同的ECs簇，并探讨了它们与恶性细胞的相互作用及其对患者预后的影响	样本量相对较小，仅包括24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本	阐明PDAC肿瘤微环境中ECs的多样性及其对治疗效果和患者预后的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的内皮细胞（ECs）	生物信息学	胰腺癌	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	24个PDAC肿瘤和11个正常胰腺样本
43	2025-02-14	RNA-seq analysis reveals prenatal alcohol exposure is associated with placental inflammatory cells and gene expression 2024-Feb-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.147951 PMID:37918548	研究论文	本研究通过RNA-seq分析揭示了产前酒精暴露与胎盘炎症细胞和基因表达的关系	首次在胎盘细胞类型组成和转录组分析中考虑了细胞类型的影响，揭示了产前酒精暴露对胎盘细胞类型比例和炎症基因表达的影响	需要进一步研究以表征这些影响并评估胎盘炎症在胎儿酒精谱系障碍中的潜在功能作用	研究产前酒精暴露对胎盘细胞类型组成和基因表达的影响	35名重度饮酒孕妇和33名对照的胎盘样本	生物信息学	胎儿酒精谱系障碍	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	线性回归模型	RNA-seq数据	68名孕妇的胎盘样本
44	2025-02-13	Targeting metabolic sensing switch GPR84 on macrophages for cancer immunotherapy 2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03603-3 PMID:38349405	研究论文	本文探讨了通过靶向巨噬细胞上的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的潜力	发现并验证了GPR84作为调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）抗肿瘤表型的重要代谢感应开关，并展示了其激动剂6-OAU在增强抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证GPR84激动剂的效果	探索通过调控巨噬细胞的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的策略	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢感应开关GPR84	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	多个肿瘤模型的小鼠数据
45	2025-02-13	A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07042-7 PMID:38355792	研究论文	本文通过建立人类神经网络模型，揭示了ALS和FTLD中NPTX2的病理机制	通过诱导多能干细胞生成的iCoMoNSCs，建立了长期存活的功能性神经网络模型，揭示了TDP-43病理与NPTX2积累的直接联系	模型依赖于体外培养的细胞系统，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探索TDP-43病理的出现及其后果，特别是其在ALS和FTLD中的作用	诱导多能干细胞衍生的神经网络模型	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶变性（FTLD）	单细胞转录组学	iCoMoNSCs和iNets	单细胞转录组数据	NA
46	2025-02-09	Rapid anti-myeloma activity by T cells expressing an anti-BCMA CAR with a human heavy-chain-only antigen-binding domain 2024-Feb-07, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2023.12.018 PMID:38155568	研究论文	本文介绍了一种新型的完全人源化抗BCMA嵌合抗原受体（CAR）T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ，用于治疗多发性骨髓瘤（MM）的首次人体临床试验	开发了一种具有重链唯一抗原识别域、4-1BB域和CD3ζ域的完全人源化抗BCMA CAR，并首次在人体临床试验中验证其疗效	样本量较小（25名患者），且未进行长期随访以评估持久性疗效	评估新型CAR-T细胞疗法FHVH33-CD8BBZ在多发性骨髓瘤患者中的安全性和有效性	25名复发多发性骨髓瘤患者	生物医学工程	多发性骨髓瘤	嵌合抗原受体T细胞疗法（CAR-T）	NA	临床数据	25名复发多发性骨髓瘤患者
47	2025-02-03	Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease 2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN IF:8.5Q1 DOI:10.2215/CJN.0000000000000276 PMID:37533147	研究论文	本文通过分子研究分析了一名糖尿病肾病患者肾活检样本，揭示了肾小球新生血管化的分子特征	使用三维免疫荧光成像和空间转录组学技术，揭示了标准组织病理学方法低估的肾小球周围新生血管化，并发现了与血管生成信号、内皮细胞增殖和存活以及新血管成熟和稳定性相关的基因表达特征	研究仅基于单一病例，样本量有限，可能无法推广到所有糖尿病肾病患者	通过分子研究揭示糖尿病肾病患者肾小球新生血管化的分子特征，以补充和丰富肾活检的组织病理学诊断	一名66岁女性糖尿病肾病患者的肾活检样本	数字病理学	糖尿病肾病	三维免疫荧光成像、空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	1名患者的肾活检样本
48	2025-02-03	Prostacyclin Mitigates Renal Fibrosis by Activating Fibroblast Prostaglandin I 2 Receptor 2024-02-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000286 PMID:38062563	研究论文	本研究探讨了前列腺素I2（PGI2）及其受体PTGIR在肾脏纤维化和慢性肾病（CKD）进展中的作用	提供了PGI2在肾脏损伤/修复过程中通过减少纤维化和保护肾功能的新证据，并提出了PGI2/PTGIR作为CKD潜在治疗靶点的新见解	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	研究PGI2及其受体PTGIR在肾脏纤维化和CKD进展中的作用	PGI2、PTGIR、肾脏纤维化、慢性肾病	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	P tgis 和 Ptgir 缺陷小鼠模型及CKD患者的肾脏样本
49	2025-02-03	Zika virus co-opts microRNA networks to persist in placental niches detected by spatial transcriptomics 2024-02, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2023.08.012 PMID:37598997	研究论文	本文研究了寨卡病毒如何通过干扰胎盘微RNA网络在胎盘中持续存在，并利用空间转录组学技术检测了这一现象	揭示了寨卡病毒通过干扰胎盘微RNA网络在胎盘中持续存在的机制，并发现增强微RNA和RNA干扰途径可以挽救寨卡病毒相关的病理变化	研究主要依赖于体外实验和动物模型，尚未在人类临床环境中验证	探讨寨卡病毒在胎盘中持续存在和复制的机制，以及微RNA和RNA干扰途径在其中的作用	人类和小鼠的胎盘组织	分子生物学	寨卡病毒感染	Argonaute高通量测序、紫外交联免疫沉淀、Visium空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	5个供体的人类胎盘培养物、3个寨卡病毒阳性的人类胎盘样本、2个未感染对照、20只小鼠母体（共187个胎儿样本）、14个小鼠胎盘
50	2025-02-03	Computational cell-cell interaction technologies drive mechanistic and biomarker discovery in the tumor microenvironment 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103048 PMID:38142648	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术研究肿瘤微环境（TME）中细胞间相互作用（CCIs）的最新进展	利用scRNA-seq和ST技术揭示肿瘤微环境中的细胞间相互作用，推动肿瘤-免疫界面关键CCIs的发现	对肿瘤微环境中细胞异质性和相互作用伙伴的理解仍不完全，阻碍了完全药物反应的实现	研究肿瘤微环境中的细胞间相互作用，以发现可药物靶向的肿瘤生物标志物	肿瘤微环境中的细胞间相互作用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
51	2025-02-03	Strategies for dissecting the complexity of neurodevelopmental disorders 2024-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2023.10.009 PMID:37949722	综述	本文综述了当前用于解析神经发育障碍复杂性的策略，包括模型生物、诱导多能干细胞、单细胞测序技术和大规模并行报告分析	强调了基于单细胞CRISPR的筛选技术，该技术能够高效、准确、高通量地进行细胞转录组的基因组研究	未提及具体的研究限制	解析神经发育障碍的复杂性	神经发育障碍	生物医学	神经发育障碍	高通量测序、单细胞测序、CRISPR筛选	NA	基因组数据、转录组数据	NA
52	2025-02-03	Astrocyte ensheathment of calyx-forming axons of the auditory brainstem precedes accelerated expression of myelin genes and myelination by oligodendrocytes 2024-02, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25552 PMID:37916792	研究论文	本文研究了小鼠听觉脑干中形成杯状轴突的星形胶质细胞包裹现象，及其在少突胶质细胞髓鞘形成前的基因表达加速	首次证明小鼠MNTB中的星形胶质细胞在少突胶质细胞包裹和髓鞘压实之前广泛包裹生长的CH终末轴突	研究主要基于小鼠模型，可能不直接适用于人类	探讨早期出生后大脑发育中神经元和胶质细胞成熟之间的复杂相互作用，特别是髓鞘形成过程	小鼠内侧梯形体核（MNTB）中的星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	NA	RNA-Seq, 电子显微镜3D成像	NA	基因表达数据, 3D图像数据	小鼠出生后第6天至第14天的组织样本
53	2025-02-03	Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers 2024-02-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35030 PMID:37751191	研究论文	本文研究了子宫内膜癌中错配修复（MMR）/微卫星不稳定性（MSI）状态的不一致性及其对治疗的影响	揭示了MMR表达异质性在子宫内膜癌中的重要性，特别是亚克隆或异质性MMR表达与高复发率及肿瘤侵袭性的关联	研究样本量有限，且未对所有病例进行全转录组分析和下一代测序	评估子宫内膜癌中MMR/MSI状态测试的一致性及其异质性因素	666例子宫内膜癌病例	数字病理学	子宫内膜癌	免疫组织化学（IHC）、MSI测试、MLH1甲基化分析、全转录组分析、下一代测序	NA	病理图像、基因表达数据	666例子宫内膜癌病例
54	2025-02-03	Multi-omic analysis of human kidney tissue identified medulla-specific gene expression patterns 2024-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.10.024 PMID:37995909	研究论文	本文通过多组学分析揭示了人类肾脏髓质特有的基因表达模式	首次在成人肾脏中详细描述了髓质的基线基因表达和表观基因组特征，并整合了基因表达、染色质可及性和构象数据	样本量较小，仅来自五名男性患者的肿瘤邻近正常组织	研究肾脏髓质的基因表达和表观基因组特征，以理解其在肾脏功能和疾病中的作用	成人肾脏的皮质和髓质组织	基因组学	肾脏疾病	RNA-seq, ATAC-seq, Hi-C, 空间转录组学	NA	基因表达数据、染色质可及性数据、染色质构象数据、空间转录组数据	五名男性患者的肾脏组织样本
55	2025-02-03	Comprehensive Integration of Multiple Single-Cell Transcriptomic Data Sets Defines Distinct Cell Populations and Their Phenotypic Changes in Murine Atherosclerosis 2024-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320030 PMID:38152886	研究论文	本文通过整合多个单细胞转录组数据集，定义了小鼠动脉粥样硬化中的不同细胞群体及其表型变化	开发了一种基于报告基因表达量化的分类算法，用于研究平滑肌细胞向巨噬细胞表型的转分化	现有数据集的规模有限，且存在不一致或矛盾的结果，导致误解和争议	研究动脉粥样硬化的分子和遗传机制，解决单细胞RNA测序研究中报告结果不一致的问题	小鼠动脉粥样硬化中的细胞群体	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序	分类算法	单细胞转录组数据	多个已发表的单细胞RNA测序数据集
56	2025-02-03	Single-cell resolution of human airway epithelial cells exposed to bronchiolitis obliterans-associated chemicals 2024-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00304.2023 PMID:38084407	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，识别了暴露于与闭塞性细支气管炎（BO）相关化学物质后的人气道上皮细胞的转录组特征，以帮助解释BO的诱导机制	首次在单细胞分辨率下揭示了BO相关化学物质暴露后人气道上皮细胞的转录组变化，并识别了不同化学物质暴露下的功能通路差异	研究仅关注了两种化学物质（二乙酰和氮芥）的暴露，未涵盖其他可能的BO相关化学物质	揭示BO相关化学物质暴露后人气道上皮细胞的转录组特征，以解释BO的诱导机制	人气道上皮细胞	数字病理学	肺纤维化疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	75,663个单细胞
57	2025-02-03	Obesogenic diet disrupts tissue-specific mitochondrial gene signatures in the artery and capillary endothelium 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00109.2023 PMID:37982169	研究论文	本研究探讨了肥胖如何影响内皮细胞的代谢表型，特别是线粒体基因表达	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，揭示了肥胖饮食导致脂肪内皮细胞氧化磷酸化基因表达减少，进而导致肠系膜和脂肪内皮细胞的表型趋同	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	理解肥胖对内皮细胞代谢表型的影响，特别是线粒体基因表达的变化	小鼠和人类的脂肪和肠系膜内皮细胞	分子生物学	肥胖	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠脂肪和肠系膜内皮细胞，以及人类内脏脂肪的单核RNA测序数据
58	2025-02-03	Distribution of P2Y and P2X purinergic receptor expression within the intestine 2024-02-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00108.2023 PMID:37987757	研究论文	本文研究了P2Y和P2X嘌呤能受体在肠道中的分布及其在细胞外核苷酸信号传导中的作用	通过单细胞RNA测序数据分析了P2嘌呤能受体在肠道中的表达，并使用人类肠道类器官验证了这些受体的功能	研究主要依赖于体外模型（如肠道类器官和细胞系），可能无法完全反映体内情况	探索嘌呤能受体在肠道上皮细胞中的表达及其在细胞外核苷酸信号传导中的作用	人类肠道上皮细胞、肠道类器官和肠道细胞系（T84、Caco2、HT29）	分子生物学	肠道炎症和感染性疾病	单细胞RNA测序（RNAseq）	NA	RNA测序数据	人类肠道类器官和三种肠道细胞系
59	2024-10-04	Therapeutic application of human type 2 innate lymphoid cells via induction of granzyme B-mediated tumor cell death 2024-Feb-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.12.015 PMID:38211590	研究论文	研究探讨了人类2型先天淋巴细胞（ILC2s）通过诱导粒酶B介导的肿瘤细胞死亡的潜在治疗应用	首次发现人类ILC2s分泌粒酶B并直接裂解肿瘤细胞，通过DNAM-1-CD112/CD155相互作用调控FOXO1的失活，以及开发了一种可靠的平台用于ILC2s的2000倍扩增	研究主要集中在急性髓系白血病细胞和实体瘤模型，其他类型的肿瘤尚未涉及	探索人类ILC2s在肿瘤治疗中的潜在应用	人类2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其在肿瘤细胞裂解中的作用	NA	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及急性髓系白血病细胞和实体瘤模型
60	2024-08-05	A review of computational methods for predicting cancer drug response at the single-cell level through integration with bulk RNAseq data 2024-02, Current opinion in structural biology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.sbi.2023.102745 PMID:38109840	review	本综述探讨了通过整合大规模 RNAseq 数据预测单细胞级别癌症药物反应的计算方法	综述了利用大规模药物筛选生成特定癌细胞组药物敏感性的创新方法	缺乏将单细胞 RNA 测序知识转化为治疗策略的具体探讨	旨在通过整合数据来提升癌症药物的精准治疗策略	研究对象包括各种癌症药物对不同癌细胞群的反应	数字病理学	癌症	RNAseq	NA	NA	NA