单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2025-01-22	Preclinical Evidence for the Glucocorticoid-Sparing Potential of a Dual Toll-Like Receptor 7/8 Inhibitor in Autoimmune Diseases 2024-02-15, The Journal of pharmacology and experimental therapeutics IF:3.1Q2 DOI:10.1124/jpet.123.001744 PMID:37673681	研究论文	本文探讨了双Toll样受体7/8抑制剂（TLR7/8i）在自身免疫疾病中减少糖皮质激素（GC）用量的潜力	研究发现TLR7/8抑制剂与糖皮质激素联合使用可增强GC的抗炎效果，特别是在髓系细胞中表现出协同效应	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索TLR7/8抑制剂在自身免疫疾病治疗中的潜力，以减少糖皮质激素的用量及其副作用	人类外周血单核细胞和小鼠狼疮模型	免疫学	系统性红斑狼疮	NanoString基因表达分析和单细胞RNA测序	小鼠狼疮模型	基因表达数据	人类外周血单核细胞和小鼠模型
42	2025-01-22	CD_99 G1 neutrophils modulate osteogenic differentiation of mesenchymal stem cells in the pathological process of ankylosing spondylitis 2024-Feb-15, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224107 PMID:37977819	研究论文	本研究旨在识别脊柱附着点内的细胞类型及其异质性，并探讨骨生成的潜在机制	发现了一种新的早期中性粒细胞亚群CD99_G1，在强直性脊柱炎中升高，并揭示了Adipo-CAR细胞与CD99_G1中性粒细胞之间的相互作用	样本量较小，仅包括5名强直性脊柱炎患者和3名健康个体	探讨强直性脊柱炎病理过程中的骨生成机制	脊柱附着点内的细胞群体	数字病理学	强直性脊柱炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	5名强直性脊柱炎患者和3名健康个体的40,065个单细胞
43	2025-01-22	Lack of affinity signature for germinal center cells that have initiated plasma cell differentiation 2024-02-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.12.010 PMID:38228150	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术追踪了针对疟原虫环子孢子蛋白的Igh B细胞在生发中心的发展，发现启动浆细胞分化的细胞群体在亲和力上与留在生发中心的细胞无显著差异	研究发现浆细胞分化的启动过程与亲和力无关，这一发现挑战了高亲和力细胞优先选择进入浆细胞库的传统观点	研究仅针对特定抗原（疟原虫环子孢子蛋白）的B细胞，可能不适用于其他抗原或免疫反应	探讨生发中心细胞启动浆细胞分化过程中亲和力的作用	针对疟原虫环子孢子蛋白的Igh B细胞	免疫学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
44	2025-01-22	An atlas of cells in the human tonsil 2024-02-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.01.006 PMID:38301653	研究论文	本文生成了人类扁桃体的细胞图谱，涵盖了超过556,000个细胞，使用了五种不同的数据模式进行分析	首次综合使用单细胞转录组、表观基因组、蛋白质组、免疫组库测序以及空间转录组学技术，全面解析人类扁桃体的细胞类型和状态	研究结果需要进一步验证，特别是在不同年龄段和病理条件下的适用性	解析人类扁桃体的细胞组成和功能，为免疫防御机制提供新的见解	人类扁桃体细胞	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、表观基因组测序、蛋白质组测序、免疫组库测序、空间转录组学	NA	单细胞数据	超过556,000个细胞
45	2025-01-22	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578066 PMID:38352515	研究论文	本文通过对小鼠和人类前列腺单细胞转录组的元分析，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用单细胞RNA测序技术，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并揭示了前列腺癌中的细胞异质性和可塑性	研究主要依赖于已发表和新生成的单细胞RNA测序数据集，可能存在数据质量和一致性的限制	研究前列腺组织在正常状态、退化、再生和癌症中的细胞状态和可塑性	小鼠和人类前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	多个已发表和新生成的单细胞RNA测序数据集
46	2025-01-16	Stem-like progenitor and terminally differentiated TFH-like CD4+ T cell exhaustion in the tumor microenvironment 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113797 PMID:38363680	研究论文	本文通过单细胞测序和小鼠模型，研究了肿瘤微环境中CD4滤泡辅助T细胞（TFH-like）的耗竭状态及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了CXCL13在肿瘤浸润的耗竭CD8 T细胞中高表达，诱导CD4滤泡辅助T细胞浸润，并发现部分T细胞具有细胞毒性，直接攻击表达主要组织相容性复合体-II的肿瘤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中进行验证	探讨肿瘤微环境中CD4 T细胞的耗竭状态及其在抗肿瘤免疫中的作用	肿瘤微环境中的CD4 T细胞	免疫学	癌症	单细胞测序	小鼠模型	单细胞测序数据	NA
47	2025-01-15	Endocardium gives rise to blood cells in zebrafish embryos 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113736 PMID:38308842	研究论文	本研究利用斑马鱼胚胎模型，证明了心内膜在造血过程中的作用，特别是髓系细胞和中性粒细胞的主要来源	首次在斑马鱼胚胎中明确证明心内膜是髓系细胞和中性粒细胞的主要来源，并揭示了Hedgehog信号通路在此过程中的作用	研究结果主要基于斑马鱼胚胎模型，尚未在哺乳动物胚胎中得到验证	探究心内膜在造血过程中的作用及其调控机制	斑马鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、时间推移成像、谱系追踪	NA	基因表达数据、成像数据	斑马鱼胚胎
48	2025-01-15	Spatiotemporal role of SETD2-H3K36me3 in murine pancreatic organogenesis 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113703 PMID:38265933	研究论文	本文通过多种测序技术研究了SETD2-H3K36me3在小鼠胰腺器官发生中的时空作用	揭示了SETD2在胰腺发育中的关键作用，特别是其在胰腺外分泌和内分泌谱系中的调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类胰腺发育的相似性尚需进一步验证	探讨组蛋白修饰在胰腺发育中的协调作用	小鼠胰腺	表观遗传学	胰腺疾病	CUT&Tag, ATAC-seq, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
49	2025-01-15	The single-cell transcriptome program of nodule development cellular lineages in Medicago truncatula 2024-02-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113747 PMID:38329875	研究论文	本文描述了Medicago truncatula根在早期根瘤发育过程中对根瘤菌的细胞类型特异性转录组反应	通过单细胞转录组分析，揭示了根瘤发育过程中细胞谱系的转录重编程，并鉴定了新的根瘤调控因子	研究主要集中于早期根瘤发育阶段，未涵盖整个根瘤发育过程	研究Medicago truncatula根在根瘤发育过程中对根瘤菌的细胞类型特异性转录组反应	Medicago truncatula根细胞	植物生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	野生型Jemalong A17和超结瘤突变体sunn-4的根细胞
50	2025-01-15	Single-cell RNA sequencing of cervical exfoliated cells reveals potential biomarkers and cellular pathogenesis in cervical carcinogenesis 2024-02-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06522-y PMID:38346944	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了宫颈脱落细胞，揭示了宫颈癌发生过程中的潜在生物标志物和细胞病理机制	首次在单细胞分辨率下描绘了宫颈病变进展过程中免疫细胞和上皮细胞的变化，并识别出一组脂质相关巨噬细胞作为预测低级别鳞状上皮内病变向高级别病变进展的生物标志物	样本量相对较小，仅包括15个样本，且未明确说明这些样本是否来自不同患者	探索宫颈癌发生过程中的细胞异质性和潜在生物标志物，以改进宫颈癌的早期筛查方法	宫颈脱落细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	56,173个宫颈脱落细胞，来自15个样本（包括正常宫颈、低级别鳞状上皮内病变、高级别鳞状上皮内病变和恶性肿瘤）
51	2025-01-12	Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412 PMID:38340723	研究论文	本文研究了Merkel细胞癌（MCC）患者中MCPyV特异性CD8 T细胞的频率与抗PD-1治疗反应之间的关系	通过使用MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学和T细胞受体（TCR）测序，首次在MCC患者中详细分析了MCPyV特异性T细胞的特征及其与抗PD-1治疗反应的关系	样本量较小（27名患者），且仅针对病毒驱动的MCC，可能不适用于其他类型的癌症	探讨MCPyV特异性CD8 T细胞在抗PD-1治疗中的作用及其与治疗反应的关系	Merkel细胞癌（MCC）患者	癌症免疫学	Merkel细胞癌	MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学、T细胞受体（TCR）测序	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据、TCR测序数据	27名MCC患者
52	2025-01-12	Pro-inflammatory feedback loops define immune responses to pathogenic Lentivirus infection 2024-02-05, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01290-y PMID:38317183	研究论文	本文通过研究不同致病性的慢病毒感染模型，揭示了促炎性反馈回路在免疫反应中的作用	利用单细胞转录组学和细胞间通讯技术，揭示了高致病性慢病毒感染导致炎症通路延迟、广泛且持续激活的机制	研究主要基于猪尾猕猴模型，可能无法完全反映人类HIV感染的情况	探讨慢病毒致病性的免疫机制	猪尾猕猴和不同致病性的SIV病毒变体	免疫学	艾滋病	单细胞转录组学、单细胞分辨率细胞间通讯技术	NA	单细胞转录组数据	猪尾猕猴感染不同致病性SIV病毒变体的队列
53	2025-01-04	Deciphering the heterogeneity of neutrophil cells within circulation and the lung cancer microenvironment pre- and post-operation 2024-02-06, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09850-z PMID:38319415	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌患者手术前后血液和肿瘤组织中的中性粒细胞亚群的分布，并开发了一种过表达率（OER）计算方法来评估中性粒细胞亚群的特异性	开发了过表达率（OER）计算方法，用于评估中性粒细胞亚群的特异性，并识别出具有潜在临床应用价值的基因组合	研究样本量有限，且仅针对非小细胞肺癌患者，未涵盖其他类型的癌症	评估非小细胞肺癌患者手术前后中性粒细胞亚群的分布及其特异性，以帮助诊断和预后评估	非小细胞肺癌患者手术前后的血液和肿瘤组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	非小细胞肺癌患者的肿瘤和癌旁组织、手术前后血液样本
54	2025-01-04	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad173 PMID:37772937	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了与脊索瘤进展相关的内质网应激相关CAF亚群	首次在脊索瘤中识别出高表达缺氧基因且功能富集于内质网应激的CAF亚群，并揭示了其与肿瘤细胞的空间分布关系	样本量相对较小，且仅针对脊索瘤进行研究，可能限制了结果的普适性	探讨脊索瘤中CAF的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重定量免疫荧光（QIF）	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、免疫荧光图像	72,097个单细胞（来自3个原发性和3个复发性肿瘤样本，以及3个髓核样本作为对照），126名患者的批量RNA测序数据，105名患者的QIF验证数据
55	2024-12-28	A New Graph Autoencoder-Based Consensus-Guided Model for scRNA-seq Cell Type Detection 2024-02, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2022.3190289 PMID:35857730	研究论文	本文提出了一种基于图自编码器的共识引导模型（scGAC），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的细胞类型检测	提出了一种新的基于图自编码器（GAE）的共识引导模型（scGAC），通过迭代学习相似性矩阵来整合最终的一致性相似性矩阵，从而提高细胞类型识别的准确性	未提及具体的数据集或实验结果的局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图自编码器（GAE）	单细胞RNA测序数据	NA
56	2024-12-24	PD-L1 regulates inflammatory programs of macrophages from human pluripotent stem cells 2024-02, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302461 PMID:37949473	研究论文	本文研究了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中的炎症调控作用	首次揭示了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中调控炎症程序的作用	实验中使用的PD-L1 KO细胞系和抑制剂的具体细节未在摘要中明确说明	探讨PD-L1在巨噬细胞发育和炎症调控中的作用	人类多能干细胞衍生的巨噬细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	PD-L1 KO人类多能干细胞及其衍生的巨噬细胞
57	2024-12-18	Single-cell RNA-seq reveals the metabolic status of immune cells response to immunotherapy in triple-negative breast cancer 2024-02, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.107926 PMID:38183706	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了三阴性乳腺癌中免疫细胞对免疫检查点阻断疗法的代谢状态及其与治疗反应的关系	本研究开发了一种分析流程，揭示了与免疫检查点阻断疗法结果相关的代谢异质性，并识别了非应答者富集的代谢亚亚型	本研究主要集中在三阴性乳腺癌中的免疫细胞代谢机制，未涵盖其他癌症类型或其他免疫疗法	阐明三阴性乳腺癌中免疫检查点阻断疗法非应答的代谢机制	三阴性乳腺癌中的免疫细胞及其代谢状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
58	2024-12-13	Multiomic profiling reveals metabolic alterations mediating aberrant platelet activity and inflammation in myeloproliferative neoplasms 2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172256 PMID:38060311	研究论文	研究揭示了骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者血小板异常活性和炎症的代谢改变	首次揭示了MPN患者中与PI3K/AKT/mTOR信号通路异常相关的代谢紊乱，并发现α-酮戊二酸（α-KG）补充能够显著减少血小板活化和炎症反应	研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未在人体中进行临床试验验证	探讨骨髓增殖性肿瘤患者血小板异常活性和炎症的代谢机制	骨髓增殖性肿瘤（MPN）患者的血小板和单核细胞	NA	血液肿瘤	单细胞RNA测序、蛋白质组学、代谢组学	NA	RNA、蛋白质、代谢物	包括MPN患者和Jak2 V617F-knockin小鼠的血小板和单核细胞样本
59	2024-12-12	Common mitochondrial deletions in RNA-Seq: evaluation of bulk, single-cell, and spatial transcriptomic datasets 2024-02-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05877-4 PMID:38368460	研究论文	本文评估了在批量、单细胞和空间转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	首次应用Splice-Break2管道对RNA-Seq数据进行常见线粒体DNA缺失的定量分析，并比较了不同类型转录组数据中的检测结果	研究仅限于已有的RNA-Seq数据集，未涉及其他类型的数据	评估在不同类型转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	常见线粒体DNA缺失在不同组织和疾病中的分布	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	1570个样本
60	2024-12-12	Molecularly stratified hypothalamic astrocytes are cellular foci for obesity 2024-Feb-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3748581/v1 PMID:38405925	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的特征识别算法，用于分子分层下丘脑星形胶质细胞，并揭示了它们在肥胖中的作用	本文创新性地引入了一种基于机器学习的特征识别算法，利用已发表的单细胞RNA测序数据作为参考图谱，逐步消除多效性和可诱导的细胞特征，揭示了健康下丘脑中基因调控网络（GRNs），并证明了不同表达的线粒体基因在胰岛素感应星形胶质细胞中的作用	本文主要集中在健康下丘脑星形胶质细胞的研究，未涉及其他脑区和病理状态下的星形胶质细胞	研究星形胶质细胞在健康大脑中的分子分层及其在肥胖中的作用	下丘脑星形胶质细胞及其与神经元的相互作用	神经科学	肥胖	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠模型