单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
421	2024-08-07	Correction to: Cellular heterogeneity in red and melanized focal muscle changes in farmed Atlantic salmon (Salmo salar) visualized by spatial transcriptomics 2024-Feb, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-023-03856-5 PMID:38158442	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
422	2024-08-07	Vitamin D3 reverses immune tolerance and enhances the cytotoxicity of effector T cells in coal pneumoconiosis 2024-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.115972 PMID:38218105	研究论文	本研究探讨了维生素D3在煤工尘肺病中调节淋巴细胞功能的作用机制	首次揭示了维生素D3通过调节CD4+ T细胞分化和减少调节性T细胞数量，增强CD8+效应T细胞的细胞毒性，从而减轻肺纤维化和症状	NA	阐明维生素D3在煤工尘肺病中调节免疫状态的机制	煤工尘肺病中的淋巴细胞	NA	职业病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
423	2024-08-05	Development and experimental validation of a machine learning-based disulfidptosis-related ferroptosis score for hepatocellular carcinoma 2024-Feb, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-023-01900-x PMID:37875647	研究论文	本研究开发了与二硫腺苷相关的铁死亡评分（DRF），用于评估肝细胞癌（HCC）患者预后与治疗反应	提出了一种新的评分系统（DRF评分），并通过多种技术验证其与HCC患者预后的关联	研究主要集中于特定基因的相关性，未深入探讨其它潜在的细胞死亡途径	研究与二硫腺苷相关的铁死亡基因在肝细胞癌中的作用	肝细胞癌患者的临床数据及相关基因	机器学习	肝癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	多变量Cox回归	基因表达数据	涉及的样本数量未明确提及，包含肝细胞癌患者的多组数据
424	2024-08-05	A New Method for Constructing Macrophage-Associated Predictors of Treatment Efficacy Based on Single-Cell Sequencing Analysis 2024 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000497 PMID:37982646	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞测序分析构建与巨噬细胞相关的治疗效果预测因子的方法。	文章创新性地构建了一个巨噬细胞风险评分（TRS），用于评估结直肠癌患者的预后和对化疗药物的敏感性。	未具体描述研究中潜在的局限性。	研究的目的是开发一个有效的预后指标以评估结直肠癌患者的治疗效果。	研究对象为结直肠癌患者，特别关注肿瘤相关巨噬细胞的作用。	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	Cox回归模型	基因表达数据	包括来自癌症基因组图谱和基因表达综合数据库的患者数据，具体样本量未提及
425	2024-08-07	Thrombospondin 2 is a key determinant of fibrogenesis in non-alcoholic fatty liver disease 2024-Feb, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.15792 PMID:38010940	研究论文	本研究旨在确定非酒精性脂肪肝病（NAFLD）中表达血栓调节蛋白2（THBS2/TSP2）的特定细胞，并探讨THBS2/TSP2上调的潜在机制	首次揭示了THBS2/TSP2在NAFLD患者肝星状细胞（HSCs）中的高表达，并发现其与纤维化进程的相关性	NA	研究THBS2/TSP2在NAFLD中的表达及其对纤维化的影响	非酒精性脂肪肝病（NAFLD）患者的肝细胞和肝星状细胞（HSCs）	NA	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量聚合酶链反应（qPCR）	NA	基因数据	分析了包含1433个可变基因的遗传数据集，使用了来自NAFLD患者的肝脏组织和LX-2细胞
426	2024-08-07	[Single-cell RNA sequencing combined experimental verifies the core genes of dendritic cells in chronic obstructive pulmonary disease] 2024-Feb, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology PMID:38284250	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）结合实验验证，识别慢性阻塞性肺疾病（COPD）中树突状细胞的核心基因	首次通过scRNA-Seq技术结合实验验证，识别出COPD中树突状细胞的核心基因IL1RN、S100A8和S100A9，并分析了它们在COPD发病机制中的作用	研究仅限于识别和验证特定基因，未涉及这些基因在临床治疗中的具体应用	识别和验证COPD中树突状细胞的核心基因，为后续的COPD免疫治疗提供靶点和理论基础	COPD中的树突状细胞及其核心基因	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	GSE173896数据集包含18个树突状细胞差异表达基因（DC-DEGs），GSE38974数据集包含646个差异表达基因（DEGs），最终识别出3个共同DC-DEGs
427	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals keratinocyte subpopulations contributing to psoriasis in corneum and granular layer 2024-Feb, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13572 PMID:38279596	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了角质形成细胞亚群在银屑病发病中的作用及其分子机制	首次详细描述了角质形成细胞在银屑病中的特定亚群及其相关的信号通路	NA	揭示与银屑病相关的角质形成细胞亚群及其分子机制	正常和银屑病皮肤组织中的角质形成细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	正常和银屑病皮肤组织的单细胞转录组数据
428	2024-08-05	A novel protein encoded by circKANSL1L regulates skeletal myogenesis via the Akt-FoxO3 signaling axis 2024-Feb, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2023.128609 PMID:38056741	研究论文	该文章报道了一种新型蛋白质circKANSL1L在骨骼肌生成中的作用	发现了由circKANSL1L编码的新型蛋白质及其在肌生成中的潜在功能	研究主要集中在猪的肌肉，可能不适用于其他物种	探究circKANSL1L如何通过Akt-FoxO3信号通路调控骨骼肌生成	Lantang和Landrace猪的长背肌肉样本	数字病理学	NA	circRNAome-seq和Ribo-seq	NA	代谢组学和单细胞转录组学数据	来自Lantang和Landrace小猪的长背肌肉样本
429	2024-08-07	Multiomics Data Reveal the Important Role of ANXA2R in T Cell-mediated Rejection After Renal Transplantation 2024-Feb-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004754 PMID:37677931	研究论文	本研究通过多组学数据分析，揭示了ANXA2R在肾移植后T细胞介导的排斥反应中的重要作用	首次发现ANXA2R作为T细胞受体相关的新关键基因，在T细胞介导的排斥反应中具有重要作用	NA	阐明T细胞介导的排斥反应中的T细胞受体谱景观，并识别新的潜在靶点	肾移植后T细胞介导的排斥反应中的T细胞受体谱	数字病理学	肾移植	多组学数据分析	TRUST4算法	转录组数据	12个多组学数据集和23个病理切片
430	2024-08-05	Exosomal lncCRLA is predictive for the evolvement and development of lung adenocarcinoma 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216588 PMID:38097132	研究论文	本研究揭示了lncCRLA在肺腺癌发展中的预测作用	发现plasmatic lncCRLA作为一种新型循环生物标志物，能够预测肺腺癌的发生和演变	研究主要集中在lncCRLA的作用机制，缺乏对其长期临床应用的验证	探讨lncCRLA在肺腺癌进展中的作用及其作为生物标志物的潜力	主要研究对象为肺腺癌细胞及其相关lncRNA	数字病理学	肺癌	单细胞测序、RNA-Mutect技术和空间转录组学	转基因小鼠模型	细胞和组织样本	使用了少量的肺腺癌细胞和转基因小鼠
431	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling of primary tumors and paired organoids of pancreatobiliary cancer 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216586 PMID:38081505	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了原发性胰胆道癌及其配对的类器官的转录组特征	揭示了原发肿瘤和其配对类器官在转录组水平上的异同，并确认了类器官模型在胰胆道癌研究中的应用前景	尚不清楚类器官是否能忠实反映原发胰胆道癌的异质性	探讨类器官模型在胰胆道癌的适用性	来自一例胆道癌和两例胰腺导管腺癌患者的原发肿瘤及其配对类器官	数字病理学	胰胆道癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	类器官模型	转录组数据	3个患者（1个胆管癌和2个胰腺导管腺癌）
432	2024-08-07	Single-Cell Mapping of Large and Small Arteries During Hypertensive Aging 2024-Feb-01, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glad188 PMID:37531301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了高血压老化过程中大动脉和小动脉的细胞组成和动脉重塑的变化	首次系统地描绘了高血压老化过程中血管壁细胞多样性和细胞间通讯动态变化的综合细胞图谱，并鉴定了骨桥蛋白（OPN）作为高血压老化过程中血管重塑的潜在调控因子	NA	探讨高血压老化过程中血管老化与高血压之间的相互作用	雄性Wistar Kyoto大鼠和雄性自发性高血压大鼠的主动脉、股动脉和肠系膜动脉	数字病理学	高血压	单细胞RNA测序	NA	RNA	12个数据集，包括16周和72周龄的雄性Wistar Kyoto大鼠和雄性自发性高血压大鼠的动脉样本
433	2024-08-07	Deciphering the immune modulation through deep transcriptomic profiling and therapeutic implications of DNA damage repair pattern in hepatocellular carcinoma 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216594 PMID:38135208	研究论文	本研究通过深度转录组分析和机器学习框架，探讨了DNA损伤修复（DDR）在肝细胞癌（HCC）中的免疫调节作用及其治疗意义	引入了一种创新的深度机器学习框架，用于精确评估DDR，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA-seq数据	NA	深入理解DDR在HCC中的作用及其对肿瘤微环境的影响，探索免疫调节机制	肝细胞癌（HCC）中的DNA损伤修复（DDR）及其对免疫细胞和免疫调节途径的影响	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA-seq，反相蛋白阵列（RPPA）	机器学习模型	RNA-seq数据	总共分析了85,628个细胞，包括1027名患者的数据和22个肝癌细胞系的RNA-seq数据
434	2024-08-05	The gut microbiota and its biogeography 2024-Feb, Nature reviews. Microbiology DOI:10.1038/s41579-023-00969-0 PMID:37740073	综述	本文探讨了肠道微生物群的生物地理学及其在生态系统中的重要性	文章介绍了更高分辨率的测序和单细胞数据在理解肠道微生物多样性方面的重要性	缺乏针对微观交互的系统长期研究	研究肠道微生物群的分布和多样性以及与宿主的关系	肠道微生物群落及其空间异质性	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
435	2024-08-05	Multi-omics data integration shines a light on the renal medulla 2024-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.11.014 PMID:38245213	研究论文	该文章研究了肾髓质在肾功能中的作用，并构建了肾髓质标记基因的参考集	创新点在于利用多组学数据整合来定义肾髓质的分子程序	获取高质量组织的挑战限制了对调控髓质的分子程序的表征	研究肾髓质在维持盐和水平衡中的作用	研究标记基因以定义肾髓质在肾功能中的角色	数字病理学	NA	基因表达、染色质可及性、长程染色体相互作用和空间转录组学	NA	NA	NA
436	2024-08-07	Specialized Retinal Endothelial Cells Modulate Blood-Retina Barrier in Diabetic Retinopathy 2024-Feb-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0368 PMID:37976214	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了视网膜内皮细胞的异质性和功能多样性，特别是在糖尿病视网膜病变中的作用	发现了一种新的糖尿病特异性视网膜内皮细胞群，并通过上调ACER2表达来减少神经酰胺含量和内皮细胞功能障碍的负反馈调节途径	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示视网膜内皮细胞的异质性和功能多样性，特别是在糖尿病视网膜病变中的作用	视网膜内皮细胞及其在糖尿病视网膜病变中的作用	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括非增生性糖尿病视网膜病变（NPDR）伴有或不伴有糖尿病黄斑水肿（DME/NDME）和活动性增生性DR（PDR）患者的血浆样本，以及糖尿病小鼠模型
437	2024-08-07	Changes in cuproptosis-related gene expression in periodontitis: An integrated bioinformatic analysis 2024-Feb-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2023.122388 PMID:38181851	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了牙周炎中铜死亡相关基因（CRGs）的表达变化及其生物学功能	首次全面分析了不同表达的CRGs（DE-CRGs）在牙周炎中的综合效应，并探讨了其与免疫浸润、免疫因子、线粒体功能障碍、诊断效能及预测药物的相关性	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限	探讨牙周炎中铜死亡相关基因的表达变化及其在疾病发生和治疗中的作用	牙周炎中的铜死亡相关基因及其生物学功能	NA	牙周病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了正常和牙周炎牙龈样本，具体数量未详细说明
438	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of liver immune microenvironment changes induced by microplastics in mice with non-alcoholic fatty liver 2024-Feb-20, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2023.168308 PMID:37977403	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了微塑料暴露下非酒精性脂肪肝小鼠肝脏免疫微环境的改变	首次揭示了微塑料暴露对非酒精性脂肪肝小鼠肝脏免疫细胞亚群的影响及其分子机制	研究仅限于小鼠模型，未来需在人体中验证相关发现	探究微塑料暴露对非酒精性脂肪肝小鼠肝脏免疫微环境的影响	非酒精性脂肪肝小鼠肝脏免疫细胞	数字病理学	非酒精性脂肪肝	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	43,480个细胞
439	2024-08-05	Spatial transcriptomic interrogation of the tumour-stroma boundary in a 3D engineered model of ameloblastoma 2024-Feb, Materials today. Bio DOI:10.1016/j.mtbio.2023.100923 PMID:38226014	研究论文	本文研究了在3D设计的肿瘤-基质模型中，肿瘤-基质边界的空间转录组学特征	首次展示了肿瘤细胞基因表达如何受到不同基质细胞存在的影响	研究可能限制在特定类型的基质细胞与肿瘤细胞之间的相互作用	研究肿瘤微环境中基质细胞对肿瘤行为的影响	使用工程化的多腔肿瘤体进行研究，以探讨不同基质对肿瘤细胞的影响	数字病理学	NA	空间转录组学	多腔肿瘤体	基因表达数据	多个工程化肿瘤模型样本
440	2024-08-07	Single-cell RNA Sequencing (scRNA-seq): Advances and Challenges for Cardiovascular Diseases (CVDs) 2024-Feb, Current problems in cardiology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.cpcardiol.2023.102202 PMID:37967800	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心血管疾病（CVDs）研究中的应用及其带来的挑战	scRNA-seq技术揭示了心脏和血管系统中先前未知的细胞类型及其在不同疾病病理中的相关性	NA	深入理解心血管疾病的基本机制，改进治疗策略和患者风险评估	心血管疾病及其相关细胞类型	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	NA