单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2024-08-04	Prior dengue virus serotype 3 infection modulates subsequent plasmablast responses to Zika virus infection in rhesus macaques 2024-Feb-13, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03160-23 PMID:38349142	研究论文	本研究探讨了先前登革热病毒3型感染如何影响恒河猴对寨卡病毒的浆细胞响应	本研究揭示了先前登革热病毒感染对后续寨卡病毒感染的抗体反应质量的影响	样本量较小，仅包括4只恒河猴	理解先前的登革热病毒感染如何影响后续的寨卡病毒免疫反应	研究对象为感染过登革热病毒3型的恒河猴	免疫学	寨卡病毒感染	单细胞测序	NA	生物样本	4只恒河猴
382	2024-08-07	Decoding the mechanisms of chimeric antigen receptor (CAR) T cell-mediated killing of tumors: insights from granzyme and Fas inhibition 2024-02-02, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06461-8 PMID:38307835	研究论文	研究揭示了嵌合抗原受体（CAR）T细胞介导的肿瘤杀伤机制，特别是通过抑制粒酶B和Fas的途径	发现CAR T细胞杀伤肿瘤的机制具有冗余性，需要同时抑制多个特定于肿瘤细胞的途径	研究主要集中在特定的细胞系和特定的抑制剂，可能需要进一步的临床验证	提高CAR T细胞治疗癌症的疗效并识别导致肿瘤逃逸的T细胞失败机制	CAR T细胞、肿瘤细胞、粒酶B抑制剂PI9、Fas途径	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	涉及多种肿瘤细胞系和患者输注产品
383	2024-08-07	Defining Endogenous Mitochondrial Transfer in Muscle After Rotator Cuff Injury 2024-02, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465231214225 PMID:38174367	研究论文	研究肩袖损伤后肌肉中纤维脂肪原性前体细胞（FAPs）向肌源性细胞的线粒体横向转移及其对β-激动剂处理的反应	描述了一种新的内源性线粒体转移过程，该过程在肩袖损伤后FAPs和肌源性细胞之间发生	尚未完全阐明FAPs发挥其有益作用的机制	研究FAPs向肌源性细胞的线粒体横向转移，并探讨β-激动剂对此过程的影响	纤维脂肪原性前体细胞（FAPs）和肌源性细胞	NA	肩袖损伤	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选，流式细胞术，荧光显微镜，旋转盘共聚焦显微镜，双光子显微镜	NA	RNA	小鼠模型，C2C12肌母细胞
384	2024-08-04	Alternative Polyadenylation Characterizes Epithelial and Fibroblast Phenotypic Heterogeneity in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-Feb-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16030640 PMID:38339391	研究论文	这篇文章探讨了3'非翻译区选择性聚腺苷酸化(3' UTR-APA)如何特征化胰腺导管腺癌中的表型异质性	文章首次揭示了3' UTR-APA事件在肿瘤细胞状态表型异质性中的作用	目前未能完全理解转录和表型异质性的机制驱动因素	研究3' UTR-APA如何影响肿瘤细胞状态的表型异质性	胰腺导管腺癌中的不同细胞状态	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	NA	最大的单细胞人胰腺导管腺癌(PDAC)数据集
385	2024-08-04	Identification of Hypoxia Prognostic Signature in Glioblastoma Multiforme Based on Bulk and Single-Cell RNA-Seq 2024-Feb-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16030633 PMID:38339384	研究论文	本研究旨在基于多组学分析识别脑胶质瘤中的缺氧预后标志	提出了一种由六个基因组成的缺氧相关预后标志，并揭示其与免疫细胞浸润的相关性	研究可能受限于公共数据库样本的选择和多组学分析的复杂性	识别缺氧相关的差异表达基因并构建脑胶质瘤患者的预后模型	脑胶质瘤患者的缺氧相关基因	数字病理	脑胶质瘤	RNA-Seq	Cox回归	基因表达数据	从多个公共数据库收集的样本数量不详
386	2024-08-04	Integrating leiomyoma genetics, epigenomics, and single-cell transcriptomics reveals causal genetic variants, genes, and cell types 2024-Feb-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45382-0 PMID:38326302	研究论文	本研究整合了基因组学、表观基因组学和单细胞转录组学，以揭示与子宫纤维瘤相关的遗传变异、基因和细胞类型	首次将多组学数据与特定位点的表观遗传编辑方法相结合，识别与疾病相关的基因和细胞类型	具体的遗传变异和基因靶点之间的因果关系仍然理解不足	探讨与子宫纤维瘤相关的遗传因素及其生物机制	与子宫纤维瘤相关的遗传变异和基因	数字病理学	NA	CRISPR	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞基因表达数据	24个与子宫纤维瘤相关的风险位点，394个基因
387	2024-08-07	The HSP90-MYC-CDK9 network drives therapeutic resistance in mantle cell lymphoma 2024-Feb-07, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00484-9 PMID:38326887	研究论文	研究探讨了在套细胞淋巴瘤中，HSP90-MYC-CDK9网络如何驱动对Bruton酪氨酸激酶抑制剂和CAR-T疗法的抗药性	揭示了HSP90-MYC-CDK9网络是治疗抗性的主要驱动力，并提出了药物联合靶向HSP90和CDK9以减少MYC活性的策略	NA	解析套细胞淋巴瘤中对Bruton酪氨酸激酶抑制剂和CAR-T疗法的连续抗药性的潜在机制	套细胞淋巴瘤患者样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	66个样本来自25名患者
388	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals that glial cells integrate homeostatic and circadian processes to drive sleep-wake cycles 2024-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01549-4 PMID:38263460	研究论文	本研究揭示了胶质细胞如何整合生理平衡和昼夜节律过程以驱动睡眠-觉醒周期	发现胶质细胞在睡眠生理平衡和昼夜节律之间的交互作用，以及其基因表达如何影响睡眠动态	研究限制在特定的果蝇模型，结果可能无法直接推广到其他物种	研究不同脑细胞群体中昼夜节律和睡眠生理过程的分子影响及其相互作用	成年人果蝇的大脑胶质细胞及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	成年人果蝇的大脑样本
389	2024-08-07	Newcastle disease virus infection remodels plasma phospholipid metabolism in chickens 2024-Feb-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.108962 PMID:38322989	研究论文	本文研究了新城疫病毒感染对鸡血浆磷脂代谢网络的影响	首次揭示了新城疫病毒感染如何重塑鸡血浆磷脂代谢网络	NA	探讨新城疫病毒感染对鸡血浆代谢网络的影响	鸡血浆磷脂代谢网络及肺组织细胞	NA	新城疫	代谢组学和脂质组学分析，单细胞RNA测序	NA	代谢数据，RNA序列数据	具体样本数量未提及
390	2024-08-07	A single cell atlas of circulating immune cells involved in diabetic retinopathy 2024-Feb-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109003 PMID:38327792	研究论文	本研究聚焦于探讨循环免疫细胞在糖尿病视网膜病变（DR）发展中的确切作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了健康对照组、非糖尿病视网膜病变患者和糖尿病视网膜病变患者循环免疫细胞中独特的差异表达基因和通路，并发现JUND在糖尿病视网膜病变患者PBMCs中的上调	NA	研究循环免疫细胞在糖尿病视网膜病变发展中的作用	糖尿病视网膜病变患者的循环免疫细胞和视网膜微血管内皮细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
391	2024-08-04	Spatial and single-cell analyses uncover links between ALKBH1 and tumor-associated macrophages in gastric cancer 2024-Feb-06, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03232-5 PMID:38317214	研究论文	这项研究揭示了ALKBH1与胃癌肿瘤相关巨噬细胞之间的联系	本研究通过多组学方法确认ALKBH1作为胃腺癌的潜在诊断生物标志物，并探讨了其在肿瘤免疫微环境中的作用	本研究的数据来源于公共数据库，可能受限于样本选择的代表性和数据的完整性	探讨ALKBH1在胃腺癌的临床和病理相关性及其在精准肿瘤学中的潜力	研究对象为60例胃腺癌患者样本及相关的公共基因组数据	数字病理学	胃癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	60例胃腺癌患者样本
392	2024-08-04	Smith-specific regulatory T cells halt the progression of lupus nephritis 2024-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45056-x PMID:38321013	研究论文	这篇文章研究了Smith特异性调节性T细胞在狼疮性肾炎进展中的作用	通过生物物理亲和力结合测定识别了HLA-DR15限制的免疫优势Sm T细胞表位，并利用高通量单细胞测序识别了高亲和力的Sm特异性T细胞受体	研究主要集中在特定的Sm T细胞受体，可能缺乏对其他自体反应性的考虑	探讨Sm特异性调节性T细胞在系统性红斑狼疮中的治疗潜力	对来自有抗Sm和HLA-DR15阳性的系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞进行研究	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞测序	人源化小鼠模型	细胞数据	来自系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞
393	2024-08-07	A clinically applicable connectivity signature for glioblastoma includes the tumor network driver CHI3L1 2024-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45067-8 PMID:38320988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和染料摄取方法建立了一种适用于临床的胶质母细胞瘤（GB）连接性特征，并通过细胞钙信号记录和临床相关性进行了验证	首次建立了基于单细胞RNA测序的胶质母细胞瘤连接性特征，并验证了其在患者预后中的应用	NA	研究胶质母细胞瘤的肿瘤微管（TM）连接性对肿瘤进展和治疗抵抗的影响	胶质母细胞瘤细胞及其连接性特征	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	包括来自患者的大量胶质母细胞瘤样本
394	2024-08-07	Integrated bioinformatics analysis of SEMA3C in tongue squamous cell carcinoma using machine-learning strategies 2024-Feb-06, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03247-y PMID:38321460	研究论文	本研究通过生物信息学分析和机器学习策略，识别并验证了舌鳞状细胞癌（TSCC）中的关键生物标志物SEMA3C	首次报道SEMA3C在舌鳞状细胞癌中的作用，表明其上调可能成为未来预测诊断、预防、预后评估和个性化医疗服务的关键潜在生物标志物	NA	旨在通过生物信息学分析识别和验证舌鳞状细胞癌的潜在生物标志物	舌鳞状细胞癌（TSCC）及其生物标志物SEMA3C	机器学习	口腔癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA表达数据	涉及来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的舌鳞状细胞癌患者的临床和RNA表达信息
395	2024-08-07	Single-cell analysis reveals alterations in cellular composition and cell-cell communication associated with airway inflammation and remodeling in asthma 2024-Feb-05, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02706-4 PMID:38317239	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了哮喘中气道炎症和重塑相关的细胞组成变化和细胞间通讯机制	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了哮喘模型中细胞组成和细胞间通讯的变化，特别是GdT17细胞和巨噬细胞在炎症和重塑中的作用	研究仅使用了小鼠模型，且样本量较小，可能限制了结果的普遍性和可靠性	确定哮喘中的关键细胞类型及其病理机制	哮喘中的细胞组成和细胞间通讯	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	16周龄的尘螨诱导哮喘小鼠模型3只和对照组3只
396	2024-08-04	Targeting Tumor Heterogeneity with Neoantigen-Based Cancer Vaccines 2024-02-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2042 PMID:38055891	综述	这篇综述讨论了以新抗原为基础的癌症疫苗的最新进展，强调了肿瘤异质性的挑战。	文章创新性地探讨了单细胞测序和人工智能在识别免疫原性新抗原方面的应用	文章提到当前在开发有效的新抗原疫苗方面的局限性	研究以新抗原为基础的疫苗的设计，以应对肿瘤异质性	主要研究对象是新抗原及其在癌症疫苗中的应用	数字病理学	癌症	单细胞测序, 人工智能	NA	NA	NA
397	2024-08-04	Bulk and single-cell alternative splicing analyses reveal roles of TRA2B in myogenic differentiation 2024-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13545 PMID:37705195	研究论文	本研究采用Iso-seq和scRNA-seq技术分析在肌肉发生过程中TRA2B的作用及其选择性剪接的复杂性	本研究识别了61,146种全长异构体和38,022个选择性剪接事件，并发现了TRA2B在肌肉分化中的不同作用	未具体提到样本来源和数量的具体信息	探索肌肉发生过程中的选择性剪接模式及其调控机制	主要研究TRA2B在肌肉细胞中的选择性剪接调控	数字病理学	NA	Iso-seq和scRNA-seq	NA	转录组数据	NA
398	2024-08-07	Sequencing of Physically Interacting Cells in Human Kidney Allograft Rejection to Infer Contact-dependent Immune Cell Transcription 2024-Feb-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004762 PMID:37638864	研究论文	本研究通过结合CD45阳性富集策略和基于测序的细胞表面蛋白定量方法，分析了11例人肾移植活检样本中的细胞间相互作用，并使用单细胞RNA测序技术推断接触依赖的免疫细胞转录情况。	本研究采用了一种新的计算方法来解析异型物理相互作用细胞的转录谱，这种方法补充了以往从单细胞RNA测序数据估计细胞间物理接触的方法。	由于空间信息的丢失，从单细胞RNA测序数据中推断细胞间相互作用的转录程序具有挑战性。	研究目的是推断人肾移植排斥反应中细胞间接触依赖的免疫细胞转录情况。	研究对象包括11例人肾移植活检样本中的免疫细胞及其相互作用。	数字病理学	肾移植排斥反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	11例人肾移植活检样本，生成了31,203个高质量的单细胞库
399	2024-08-07	The efficient generation of functional human hepatocytes from chemically induced pluripotent stem cells 2024-Feb, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13540 PMID:37814474	研究论文	本文开发了一种模拟肝母细胞两阶段发育的分化协议，从化学诱导的多能干细胞（hCiPSCs）高效生成肝前体细胞	首次通过模拟肝母细胞的两阶段发育过程，实现了从hCiPSCs高效生成肝前体细胞和肝细胞	NA	探索从多能干细胞中高效生成功能性人肝细胞的方法	化学诱导的多能干细胞（hCiPSCs）及其分化生成的肝前体细胞和肝细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
400	2024-08-07	An Analysis Regarding the Association Between DAZ Interacting Zinc Finger Protein 1 (DZIP1) and Colorectal Cancer (CRC) 2024-Feb-09, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-024-01065-1 PMID:38334905	研究论文	本研究探讨了DAZ相互作用锌指蛋白1（DZIP1）与结直肠癌（CRC）之间的关联	首次揭示了DZIP1在CRC中的作用，包括其在纤维母细胞恶性转化中的上调以及对上皮-间质转化（EMT）的促进作用	研究主要基于细胞和动物模型，需要在人体临床试验中进一步验证	揭示DZIP1在结直肠癌中的作用机制，为治疗提供新途径	DZIP1在结直肠癌中的表达及其对纤维母细胞和肿瘤细胞的影响	数字病理学	结直肠癌	scrna-seq	NA	临床样本数据	涉及细胞和异种移植裸鼠模型