单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-06-10	Hybrid Oncocytic Tumors (HOTs) in Birt-Hogg-Dubé Syndrome Patients-A Tale of Two Cities: Sequencing Analysis Reveals Dual Lineage Markers Capturing the 2 Cellular Populations of HOT 2024-Feb-01, The American journal of surgical pathology DOI:10.1097/PAS.0000000000002152 PMID:37994665	研究论文	本研究通过整合分析和单细胞RNA测序数据，鉴定出Birt-Hogg-Dubé综合征患者中混合嗜酸细胞肿瘤（HOT）的候选生物标志物L1CAM和LINC01187	发现L1CAM和LINC01187作为HOT的独特标志物，能够以棋盘格模式相互排斥地表达，区分HOT与其他肾癌亚型	研究样本可能有限，未涉及大规模临床验证	探索Birt-Hogg-Dubé综合征相关肾肿瘤的诊断标志物	Birt-Hogg-Dubé综合征患者的混合嗜酸细胞肿瘤（HOT）和正常肾组织	数字病理学	肾癌	RNA测序（包括批量测序和单细胞测序）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
22	2025-06-06	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson Syndrome and Toxic epidermal necrolysis 2024-Feb-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.26.568771 PMID:38405793	研究论文	本研究通过单细胞多组学测序技术，定义了Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）在组织特异性中的反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和TCR测序技术，全面评估SJS/TEN的细胞免疫病理机制，并发现SJS/TEN水疱液是驱动疾病病理的效应性CD8+ T细胞的丰富来源	样本量较小（17名患者），且仅针对SJS/TEN患者进行研究	研究SJS/TEN的细胞免疫病理机制	17名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	生物医学	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、TCR测序	NA	单细胞多组学数据	17名SJS/TEN患者的119,784个细胞
23	2025-06-06	Spatial analyses: Focusing on immune-stromal interactions to understand immunity in the tissue context 2024-02, Seminars in arthritis and rheumatism IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.semarthrit.2023.152319 PMID:38040516	研究论文	本文通过空间分析方法探讨免疫-基质相互作用，以理解组织环境中的免疫功能	结合多重免疫荧光组织学和机器学习方法识别罕见免疫细胞群，并发现其优先定位于纤维血管微环境	是否类似机制适用于其他纤维化相关疾病（如自身免疫性疾病）尚待进一步研究	理解免疫细胞在组织环境中的功能及其与微环境的相互作用	免疫细胞及其微环境	数字病理学	COVID-19诱导的肺纤维化	多重免疫荧光组织学、空间转录组学	机器学习	图像、转录组数据	多种人类组织
24	2025-06-05	Sequencing of Physically Interacting Cells in Human Kidney Allograft Rejection to Infer Contact-dependent Immune Cell Transcription 2024-02-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004762 PMID:37638864	research paper	该研究通过结合CD45阳性富集策略和基于测序的白细胞表面蛋白定量技术，分析了11例人类肾移植活检样本中的细胞间相互作用，并应用测序物理相互作用细胞计算方法解析了异型物理相互作用细胞的转录谱	开发了一种新的计算方法（sequencing physically interacting cells）来从单细胞RNA测序数据中推断物理相互作用细胞的转录程序，克服了空间信息丢失的挑战	样本量较小（仅11例活检样本），且仅针对肾移植排斥反应	研究人类肾移植排斥反应中免疫细胞间的接触依赖性转录调控	人类肾移植活检样本中的免疫细胞	生物信息学	肾移植排斥反应	scRNA-seq, Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing	sequencing physically interacting cells computational method	单细胞RNA测序数据	11例人类肾移植活检样本，生成31,203个高质量单细胞文库
25	2025-06-05	Multiomics Data Reveal the Important Role of ANXA2R in T Cell-mediated Rejection After Renal Transplantation 2024-02-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004754 PMID:37677931	研究论文	本研究通过多组学数据揭示了ANXA2R在肾移植后T细胞介导的排斥反应中的重要作用	首次将ANXA2R鉴定为与T细胞受体相关的新基因，并证实其在肾移植排斥反应中的关键作用	样本量相对较小（12个多组学数据集和23个病理切片）	阐明TCMR中的TCR库特征并鉴定新的潜在治疗靶点	肾移植患者的T细胞介导排斥反应	生物医学研究	肾脏疾病	多组学数据分析、TRUST4算法、免疫荧光染色、转录组分析	NA	多组学数据、转录组数据、单细胞转录组数据、免疫荧光图像	12个多组学数据集和23个病理切片
26	2025-06-03	SinCMat: A single-cell-based method for predicting functional maturation transcription factors 2024-02-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.12.006 PMID:38215756	research paper	本文提出了一种基于单细胞RNA测序的计算方法SinCMat，用于预测功能成熟转录因子	SinCMat是首个专门考虑功能性细胞成熟过程的计算方法，能够识别身份转录因子和信号依赖性转录因子对，共同驱动功能成熟的基因	NA	旨在生成组织特异性成熟和功能性细胞，推动再生医学的发展	功能成熟转录因子	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq)	NA	RNA-seq data	大规模应用于Mouse Cell Atlas和Tabula Sapiens数据集
27	2025-05-23	Endothelial cells drive organ fibrosis in mice by inducing expression of the transcription factor SOX9 2024-02-28, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abq4581 PMID:38416842	research paper	研究发现内皮细胞通过诱导转录因子SOX9的表达在小鼠中驱动器官纤维化	揭示了内皮细胞在纤维化过程中的关键作用，特别是通过SOX9转录因子促进纤维化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究内皮细胞在器官纤维化中的作用及其机制	小鼠模型和人类心脏组织	生物医学	心血管疾病, 肺纤维化, 肝纤维化	RNA测序, 单细胞RNA测序	小鼠基因编辑模型	基因表达数据	多种小鼠纤维化模型及人类心脏衰竭组织样本
28	2025-05-23	Lipocalin-2 expression identifies an intestinal regulatory neutrophil population during acute graft-versus-host disease 2024-02-21, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi1501 PMID:38381845	research paper	该研究通过单细胞RNA测序在小鼠急性移植物抗宿主病（aGVHD）中鉴定出一个表达脂质运载蛋白-2（LCN2）的中性粒细胞群体，并探讨了其在减轻aGVHD严重程度中的作用机制	首次发现LCN2表达的中性粒细胞群体通过调节巨噬细胞功能减轻aGVHD严重程度，并提出了LCN2作为aGVHD治疗新策略的可能性	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据仍需进一步验证	探索肠道组织耐受性在aGVHD中的作用机制并寻找潜在治疗靶点	小鼠模型和人类aGVHD患者肠道活检样本	免疫学	急性移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个aGVHD患者队列的肠道活检样本
29	2025-05-23	Integrating spatial and single-cell transcriptomics to characterize the molecular and cellular architecture of the ischemic mouse brain 2024-02-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adg1323 PMID:38324639	research paper	该研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，描述了缺血小鼠大脑的分子和细胞结构，并发现LGALS9-CD44信号通路在缺血性损伤后的重要作用	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，详细描述了缺血大脑的分子和细胞结构，并发现LGALS9-CD44信号通路的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	研究缺血性中风后非神经元细胞的分子和空间特征以及细胞间的相互作用	缺血小鼠大脑	digital pathology	cardiovascular disease	spatial transcriptomics, single-cell RNA sequencing	murine stroke model	transcriptomic data	19,777 spots sequenced
30	2025-05-23	CD23+IgG1+ memory B cells are poised to switch to pathogenic IgE production in food allergy 2024-02-07, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi0673 PMID:38324641	研究论文	该研究描述了在儿童花生过敏中，一种CD23+IgG1+记忆B细胞群体在2型免疫反应中出现，含有高亲和力的花生特异性克隆，并在激活后产生IgE生成细胞	发现了CD23+IgG1+记忆B细胞群体作为高亲和力致病性IgE生成细胞的前体，可能参与花生过敏的长期持续	研究主要针对儿童花生过敏，可能不适用于其他食物过敏或成人群体	探究食物过敏中B细胞记忆对持续性IgE反应的机制	儿童花生过敏患者	免疫学	食物过敏	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	儿童花生过敏患者样本
31	2025-05-23	Understanding the cell fate and behavior of progenitors at the origin of the mouse cardiac mitral valve 2024-02-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.12.006 PMID:38198889	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多色克隆分析，揭示了小鼠心脏二尖瓣起源祖细胞的命运决定及其衍生物在瓣膜小叶中的行为与分布	首次定义了祖细胞特化的代谢过程及其对瓣膜细胞亚型的贡献，并描述了心内膜细胞衍生克隆的特定生长和行为模式	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类二尖瓣发育的直接证据	探究心脏二尖瓣发育过程中祖细胞的命运决定机制及其衍生物的行为	小鼠胚胎和出生后二尖瓣的心内膜细胞及其衍生物	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 多色克隆分析	NA	基因表达数据	基因标记的心内膜细胞和显微解剖的小鼠胚胎及出生后二尖瓣组织
32	2025-05-22	Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics 2024-02-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006 PMID:38295793	研究论文	通过单细胞转录组学对人类胎儿性腺及生殖道进行表征	首次对男性和女性人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道进行单细胞转录组学分析，揭示了性别分化过程中的形态和分子变化	研究仅涵盖第一和第二孕期样本，未涉及更晚期的发育阶段	揭示人类胎儿性别特异性性腺发生和生殖道发育的分子机制	人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	第一和第二孕期的男性和女性人类胎儿性腺及生殖道样本
33	2025-05-22	The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER 2024-02-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001 PMID:38295794	研究论文	本文揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用调控植物根系穿透土壤的机制	首次发现PIF3在根系穿透土壤中的作用，并阐明其与FER的互作机制	研究主要基于拟南芥和大豆突变体，在其他植物中的普适性有待验证	探究植物根系穿透土壤的分子机制	拟南芥(Arabidopsis thaliana)和大豆(Glycine max)的根系	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 生化实验, 成像技术, 遗传学实验	NA	基因表达数据, 图像数据	拟南芥和大豆突变体
34	2025-05-19	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	介绍了一种名为空间病理组学工具包（SPT）的新工具，用于定量分析肾脏病理学中的足细胞核与组织学和空间转录组学数据	开发了SPT工具包，能够精确识别足细胞核、提取定量特征并分析空间关系，为肾脏病理学研究提供了创新方法	未提及具体样本量或工具在更广泛病理学应用中的验证情况	推进肾脏病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核的形态和纹理特征及其空间分布	digital pathology	renal pathology	spatial transcriptomics, Whole Slide Images (WSIs)	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
35	2025-05-03	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578066 PMID:38352515	meta-analysis	通过整合小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，研究上皮细胞可塑性在组织退化、再生和癌症中的作用	揭示了前列腺上皮细胞在正常、退化及癌症状态下的转录组相似性，并发现雄激素依赖性可塑性	研究主要基于转录组数据，可能缺乏蛋白质水平或功能实验的验证	探究前列腺上皮细胞的可塑性及其在前列腺癌发生和治疗反应中的作用	小鼠和人类前列腺的单细胞转录组数据	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新的scRNA-seq数据集
36	2025-05-03	Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia 2024-Feb, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC PMID:37874230	research paper	该研究探讨了细胞衰老在高氧性支气管肺发育不良（BPD）进展中的作用，并测试了几种潜在的治疗策略	首次提出细胞衰老在BPD进展中的关键作用，并验证了通过减少髓过氧化物酶氧化剂生成、内质网应激和细胞衰老来治疗BPD的潜在策略	研究主要基于动物模型，人类样本有限，临床转化需要进一步验证	探究细胞衰老在BPD发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	人类尸检肺组织和暴露于高氧环境的Sprague-Dawley大鼠幼崽	呼吸系统疾病研究	支气管肺发育不良	组织学检查、转录组学分析、免疫印迹、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）	组织样本、基因表达数据	人类尸检肺组织样本和实验大鼠
37	2025-05-02	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2024-Feb-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2 PMID:38077002	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，且其基因特征与骨髓中的造血祖细胞不同	首次在人类肺中鉴定出功能性造血祖细胞，并发现其具有独特的基因特征和造血潜力	研究未涉及这些肺源性造血祖细胞在疾病状态下的功能变化	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特征	成人肺组织中的CD34阳性造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
38	2025-05-02	Recruitment and Maintenance of CX3CR1+CD4+ T Cells during Helminth Infection 2024-02-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300451 PMID:38180236	研究论文	本研究通过命运映射小鼠模型和单细胞RNA测序分析，揭示了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持及其异质性	首次详细描述了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的动态变化及其维持机制，并发现BCL6在维持这些细胞中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持机制及其功能特性	CX3CR1+CD4+ T细胞	免疫学	蠕虫感染	命运映射小鼠模型、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型（急性Nippostrongylus brasiliensis和慢性Schistosoma mansoni感染模型）
39	2025-05-01	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高防护级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）不影响单细胞测序文库质量，为高防护级别实验室中的单细胞RNA测序提供了解决方案	仅测试了三种灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	解决高防护级别实验室中进行单细胞RNA测序时样本灭活与保存的技术难题	单细胞RNA测序文库	基因组学	病毒性疾病（埃博拉病毒、马尔堡病毒、拉沙病毒等）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	未明确说明具体样本数量
40	2025-04-27	Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics 2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13030188 PMID:38535532	review	本文综述了非洲锥虫病宿主-寄生虫相互作用的免疫学进展，包括单细胞转录组学的应用	介绍了利用单细胞和空间测序技术研究寄生虫生命周期阶段及宿主细胞的最新进展	NA	深入了解寄生虫生物学和宿主免疫，以开发新的疫苗接种和治疗策略	锥虫及其与哺乳动物宿主的相互作用	免疫学	非洲锥虫病	单细胞转录组学、空间测序	NA	转录组数据	NA