单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-05-19	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	介绍了一种名为空间病理组学工具包（SPT）的新工具，用于定量分析肾脏病理学中的足细胞核与组织学和空间转录组学数据	开发了SPT工具包，能够精确识别足细胞核、提取定量特征并分析空间关系，为肾脏病理学研究提供了创新方法	未提及具体样本量或工具在更广泛病理学应用中的验证情况	推进肾脏病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核的形态和纹理特征及其空间分布	digital pathology	renal pathology	spatial transcriptomics, Whole Slide Images (WSIs)	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
22	2025-05-03	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578066 PMID:38352515	meta-analysis	通过整合小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，研究上皮细胞可塑性在组织退化、再生和癌症中的作用	揭示了前列腺上皮细胞在正常、退化及癌症状态下的转录组相似性，并发现雄激素依赖性可塑性	研究主要基于转录组数据，可能缺乏蛋白质水平或功能实验的验证	探究前列腺上皮细胞的可塑性及其在前列腺癌发生和治疗反应中的作用	小鼠和人类前列腺的单细胞转录组数据	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新的scRNA-seq数据集
23	2025-05-03	Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia 2024-Feb, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC PMID:37874230	research paper	该研究探讨了细胞衰老在高氧性支气管肺发育不良（BPD）进展中的作用，并测试了几种潜在的治疗策略	首次提出细胞衰老在BPD进展中的关键作用，并验证了通过减少髓过氧化物酶氧化剂生成、内质网应激和细胞衰老来治疗BPD的潜在策略	研究主要基于动物模型，人类样本有限，临床转化需要进一步验证	探究细胞衰老在BPD发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	人类尸检肺组织和暴露于高氧环境的Sprague-Dawley大鼠幼崽	呼吸系统疾病研究	支气管肺发育不良	组织学检查、转录组学分析、免疫印迹、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）	组织样本、基因表达数据	人类尸检肺组织样本和实验大鼠
24	2025-05-02	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2024-Feb-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2 PMID:38077002	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，且其基因特征与骨髓中的造血祖细胞不同	首次在人类肺中鉴定出功能性造血祖细胞，并发现其具有独特的基因特征和造血潜力	研究未涉及这些肺源性造血祖细胞在疾病状态下的功能变化	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特征	成人肺组织中的CD34阳性造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
25	2025-05-02	Recruitment and Maintenance of CX3CR1+CD4+ T Cells during Helminth Infection 2024-02-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300451 PMID:38180236	研究论文	本研究通过命运映射小鼠模型和单细胞RNA测序分析，揭示了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持及其异质性	首次详细描述了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的动态变化及其维持机制，并发现BCL6在维持这些细胞中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持机制及其功能特性	CX3CR1+CD4+ T细胞	免疫学	蠕虫感染	命运映射小鼠模型、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型（急性Nippostrongylus brasiliensis和慢性Schistosoma mansoni感染模型）
26	2025-05-01	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高防护级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）不影响单细胞测序文库质量，为高防护级别实验室中的单细胞RNA测序提供了解决方案	仅测试了三种灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	解决高防护级别实验室中进行单细胞RNA测序时样本灭活与保存的技术难题	单细胞RNA测序文库	基因组学	病毒性疾病（埃博拉病毒、马尔堡病毒、拉沙病毒等）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	未明确说明具体样本数量
27	2025-04-27	Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics 2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13030188 PMID:38535532	review	本文综述了非洲锥虫病宿主-寄生虫相互作用的免疫学进展，包括单细胞转录组学的应用	介绍了利用单细胞和空间测序技术研究寄生虫生命周期阶段及宿主细胞的最新进展	NA	深入了解寄生虫生物学和宿主免疫，以开发新的疫苗接种和治疗策略	锥虫及其与哺乳动物宿主的相互作用	免疫学	非洲锥虫病	单细胞转录组学、空间测序	NA	转录组数据	NA
28	2025-04-25	Multi-organ single-cell RNA sequencing in mice reveals early hyperglycemia responses that converge on fibroblast dysregulation 2024-02-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302003R PMID:38305779	研究论文	通过小鼠多器官单细胞RNA测序研究高血糖早期反应，揭示成纤维细胞失调的共性机制	首次在单细胞分辨率下进行多器官分析，揭示1型糖尿病早期高血糖引起的跨器官成纤维细胞保守性失调模式	研究仅使用雄性小鼠模型且观察时间限于8周，未涵盖性别差异和疾病晚期阶段	解析高血糖驱动的糖尿病并发症早期分子机制	链脲佐菌素诱导的1型糖尿病雄性小鼠模型的心脏、肾脏、肝脏和脾脏细胞	单细胞组学	糖尿病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	67,611个细胞（来自糖尿病和对照组小鼠的四个器官）
29	2025-04-23	Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.22.576756 PMID:38405830	研究论文	开发了一种名为'的方法，用于在哺乳动物基因组中多重生成和定位结构变异（SVs）	提出了一种基于'混洗盒'的新方法，能够同时生成多种SVs，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行识别和定位	诱导的SVs在细胞群体中随时间迅速减少，可能是由于Cre介导的毒性或对重排本身的负选择	系统探索SVs对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	基因组学	NA	Cre-loxP位点特异性重组、T7介导的转录、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	数千个基因组SVs在小鼠胚胎干细胞中诱导和定位
30	2025-04-15	Single-cell transcriptomics reveals cell atlas and identifies cycling tumor cells responsible for recurrence in ameloblastoma 2024-02-29, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00281-4 PMID:38424060	research paper	通过单细胞转录组学揭示成釉细胞瘤的细胞图谱，并识别导致复发的循环肿瘤细胞	首次在单细胞分辨率下揭示了成釉细胞瘤的细胞景观和复发机制，并发现EZH2介导的程序主导了循环肿瘤细胞的干性和复发	研究样本可能有限，且未涉及其他潜在的治疗靶点	探究成釉细胞瘤的肿瘤起始和复发机制	成釉细胞瘤的肿瘤细胞亚群	digital pathology	ameloblastoma	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	成釉细胞瘤患者来源的类器官
31	2025-04-15	Tim4 deficiency reduces CD301b+ macrophage and aggravates periodontitis bone loss 2024-02-28, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-023-00270-z PMID:38418808	研究论文	本研究探讨了Tim4缺乏如何减少CD301b+巨噬细胞并加剧牙周炎骨丢失	首次揭示了Tim4作为CD301b巨噬细胞的上游调控因子，通过p38 MAPK信号通路调节CD301b巨噬细胞表型	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究Tim4在牙周炎中对CD301b巨噬细胞的调控机制	CD301b巨噬细胞及其上游调控因子Tim4	免疫学	牙周炎	高通量RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量
32	2025-04-15	PRX1-positive mesenchymal stem cells drive molar morphogenesis 2024-02-19, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00277-0 PMID:38369512	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪模型，揭示了PRX1阳性间充质细胞在小鼠磨牙形态发生中的关键作用	发现了PRX1阳性间充质细胞通过Wnt5a-WNT信号通路调控牙齿形态的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类牙齿发育中验证	探究调控牙齿形态的关键因素	小鼠磨牙发育过程中的PRX1阳性间充质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序, 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	NA
33	2025-04-12	Characterizing Neutrophil Subtypes in Cancer Using scRNA Sequencing Demonstrates the Importance of IL1β/CXCR2 Axis in Generation of Metastasis-specific Neutrophils 2024-02-29, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0319 PMID:38358352	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录亚型及其发育谱系	首次全面比较健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录状态，并发现IL1β/CXCR2轴在转移特异性中性粒细胞生成中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究中性粒细胞在癌症中的异质性及其在转移过程中的作用机制	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌	scRNA测序	NA	RNA测序数据	公共数据集和独立生成的人类和小鼠数据集
34	2025-04-02	EBF1 Limits the Numbers of Cochlear Hair and Supporting Cells and Forms the Scala Tympani and Spiral Limbus during Inner Ear Development 2024-02-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1060-23.2023 PMID:38176908	研究论文	本研究探讨了早期B细胞因子1（EBF1）在小鼠内耳发育中的作用及其对听觉功能的影响	揭示了EBF1在内耳感觉上皮细胞中的表达及其对螺旋缘和鼓阶形成、柯蒂氏器和柯氏器官细胞数量的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究EBF1在小鼠内耳发育过程中的功能及其对听觉系统的影响	小鼠内耳发育过程中的细胞和组织	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠进行研究
35	2025-03-28	Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing 2024 Feb-Apr, Transcription DOI:10.1080/21541264.2024.2334110 PMID:38532542	综述	本文综述了细菌表型异质性通过单细胞RNA测序的研究进展	应用单细胞转录组学技术研究微生物群体，为细胞分化和细菌生态学提供新见解	NA	探讨微生物系统中的转录异质性及其在细胞生物学和异质性机制中的作用	细菌群体及其转录异质性	微生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
36	2025-03-22	Response to tumor-infiltrating lymphocyte adoptive therapy is associated with preexisting CD8+ T-myeloid cell networks in melanoma 2024-02-02, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adg7995 PMID:38306416	研究论文	本文研究了肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）过继细胞疗法（ACT）在转移性黑色素瘤患者中的疗效，并探讨了肿瘤微环境（TME）中的细胞状态及其相互作用	通过纵向样本分析，发现ACT响应者具有更高的基础肿瘤细胞内在免疫原性和突变负担，并揭示了响应者中丰富的基线肿瘤内和基质肿瘤反应性T细胞网络与激活的髓系细胞群	样本量较小，仅涉及13名患者，可能影响结果的普遍性	探索TIL-ACT疗法在转移性黑色素瘤患者中的疗效机制，并寻找潜在的生物标志物以改善患者选择和指导ACT临床试验设计	转移性黑色素瘤患者	肿瘤免疫学	黑色素瘤	bulk和单细胞RNA测序、全外显子测序、空间蛋白质组分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	13名转移性黑色素瘤患者
37	2025-03-17	Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation 2024-Feb-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45489-4 PMID:38336745	研究论文	本文研究了雄激素剥夺疗法（ADT）如何通过异常的核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌（DNPC），并揭示了HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路的共激活在这一过程中的作用	揭示了当前ADT通过异常的HGF/MET信号激活进一步升高Wnt/β-catenin信号，从而诱导DNPC的机制，并提出了XPO1和核糖体蛋白作为潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和临床样本，尚未在更大规模的人体试验中验证	探讨雄激素剥夺疗法（ADT）诱导双阴性前列腺癌（DNPC）的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	前列腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	人类DNPC样本和小鼠模型
38	2025-03-08	Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding 2024-Feb, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886 PMID:38246589	研究论文	本研究在小鼠后脑中鉴定出一种新的AgRP细胞群，这些细胞能够独立于下丘脑AgRP神经元刺激进食	首次在小鼠后脑中发现并表征了AgRP表达细胞群，揭示了后脑中央黑皮质系统具有促进食欲的成分	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于其他哺乳动物尚需进一步验证	探索中央黑皮质系统在调节进食和体重中的作用，特别是AgRP细胞的功能	小鼠后脑中的AgRP表达细胞	神经科学	NA	基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、DREADD技术、光遗传学刺激	NA	基因表达数据、细胞活性数据	多种转基因小鼠模型
39	2025-03-04	Spatiotemporal profiling defines persistence and resistance dynamics during targeted treatment of melanoma 2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.02.577085 PMID:38370717	研究论文	本文通过空间转录组学和深度学习技术，研究了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	结合空间转录组学和深度学习分析，揭示了黑色素瘤治疗中细胞状态的时空变化和谱系选择	研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能不完全反映人体内的实际情况	研究BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性机制	BRAF突变黑色素瘤细胞	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学，深度学习	深度学习	转录组数据，病理切片图像	患者来源的异种移植模型
40	2025-03-04	Single-Cell Transcriptomes and Immune Repertoires Reveal the Cell State and Molecular Changes in Pemphigus Vulgaris 2024-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300312 PMID:38117802	研究论文	本文通过单细胞转录组和免疫组库分析，揭示了天疱疮（PV）中细胞状态和分子变化	首次结合5'单细胞RNA测序和V(D)J富集技术，分析了未经治疗和口服泼尼松治疗后的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本	研究样本量有限，且仅针对特定类型的PV（黏膜主导型）	揭示PV的病因和发病机制，特别是免疫细胞与上皮细胞之间的相互作用	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本	单细胞组学	天疱疮	5'单细胞RNA测序，V(D)J富集，免疫组化检测，多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组库数据	未经治疗的PV患者的口腔黏膜病变和外周血样本，以及口服泼尼松治疗后的外周血样本