单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-02-03	Zika virus co-opts microRNA networks to persist in placental niches detected by spatial transcriptomics 2024-02, American journal of obstetrics and gynecology IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.ajog.2023.08.012 PMID:37598997	研究论文	本文研究了寨卡病毒如何通过干扰胎盘微RNA网络在胎盘中持续存在，并利用空间转录组学技术检测了这一现象	揭示了寨卡病毒通过干扰胎盘微RNA网络在胎盘中持续存在的机制，并发现增强微RNA和RNA干扰途径可以挽救寨卡病毒相关的病理变化	研究主要依赖于体外实验和动物模型，尚未在人类临床环境中验证	探讨寨卡病毒在胎盘中持续存在和复制的机制，以及微RNA和RNA干扰途径在其中的作用	人类和小鼠的胎盘组织	分子生物学	寨卡病毒感染	Argonaute高通量测序、紫外交联免疫沉淀、Visium空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	5个供体的人类胎盘培养物、3个寨卡病毒阳性的人类胎盘样本、2个未感染对照、20只小鼠母体（共187个胎儿样本）、14个小鼠胎盘
22	2025-02-03	Computational cell-cell interaction technologies drive mechanistic and biomarker discovery in the tumor microenvironment 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103048 PMID:38142648	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术研究肿瘤微环境（TME）中细胞间相互作用（CCIs）的最新进展	利用scRNA-seq和ST技术揭示肿瘤微环境中的细胞间相互作用，推动肿瘤-免疫界面关键CCIs的发现	对肿瘤微环境中细胞异质性和相互作用伙伴的理解仍不完全，阻碍了完全药物反应的实现	研究肿瘤微环境中的细胞间相互作用，以发现可药物靶向的肿瘤生物标志物	肿瘤微环境中的细胞间相互作用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
23	2025-02-03	Strategies for dissecting the complexity of neurodevelopmental disorders 2024-02, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2023.10.009 PMID:37949722	综述	本文综述了当前用于解析神经发育障碍复杂性的策略，包括模型生物、诱导多能干细胞、单细胞测序技术和大规模并行报告分析	强调了基于单细胞CRISPR的筛选技术，该技术能够高效、准确、高通量地进行细胞转录组的基因组研究	未提及具体的研究限制	解析神经发育障碍的复杂性	神经发育障碍	生物医学	神经发育障碍	高通量测序、单细胞测序、CRISPR筛选	NA	基因组数据、转录组数据	NA
24	2025-02-03	Astrocyte ensheathment of calyx-forming axons of the auditory brainstem precedes accelerated expression of myelin genes and myelination by oligodendrocytes 2024-02, The Journal of comparative neurology IF:2.3Q1 DOI:10.1002/cne.25552 PMID:37916792	研究论文	本文研究了小鼠听觉脑干中形成杯状轴突的星形胶质细胞包裹现象，及其在少突胶质细胞髓鞘形成前的基因表达加速	首次证明小鼠MNTB中的星形胶质细胞在少突胶质细胞包裹和髓鞘压实之前广泛包裹生长的CH终末轴突	研究主要基于小鼠模型，可能不直接适用于人类	探讨早期出生后大脑发育中神经元和胶质细胞成熟之间的复杂相互作用，特别是髓鞘形成过程	小鼠内侧梯形体核（MNTB）中的星形胶质细胞和少突胶质细胞	神经科学	NA	RNA-Seq, 电子显微镜3D成像	NA	基因表达数据, 3D图像数据	小鼠出生后第6天至第14天的组织样本
25	2025-02-03	Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers 2024-02-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35030 PMID:37751191	研究论文	本文研究了子宫内膜癌中错配修复（MMR）/微卫星不稳定性（MSI）状态的不一致性及其对治疗的影响	揭示了MMR表达异质性在子宫内膜癌中的重要性，特别是亚克隆或异质性MMR表达与高复发率及肿瘤侵袭性的关联	研究样本量有限，且未对所有病例进行全转录组分析和下一代测序	评估子宫内膜癌中MMR/MSI状态测试的一致性及其异质性因素	666例子宫内膜癌病例	数字病理学	子宫内膜癌	免疫组织化学（IHC）、MSI测试、MLH1甲基化分析、全转录组分析、下一代测序	NA	病理图像、基因表达数据	666例子宫内膜癌病例
26	2025-02-03	Multi-omic analysis of human kidney tissue identified medulla-specific gene expression patterns 2024-Feb, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.10.024 PMID:37995909	研究论文	本文通过多组学分析揭示了人类肾脏髓质特有的基因表达模式	首次在成人肾脏中详细描述了髓质的基线基因表达和表观基因组特征，并整合了基因表达、染色质可及性和构象数据	样本量较小，仅来自五名男性患者的肿瘤邻近正常组织	研究肾脏髓质的基因表达和表观基因组特征，以理解其在肾脏功能和疾病中的作用	成人肾脏的皮质和髓质组织	基因组学	肾脏疾病	RNA-seq, ATAC-seq, Hi-C, 空间转录组学	NA	基因表达数据、染色质可及性数据、染色质构象数据、空间转录组数据	五名男性患者的肾脏组织样本
27	2025-02-03	Comprehensive Integration of Multiple Single-Cell Transcriptomic Data Sets Defines Distinct Cell Populations and Their Phenotypic Changes in Murine Atherosclerosis 2024-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320030 PMID:38152886	研究论文	本文通过整合多个单细胞转录组数据集，定义了小鼠动脉粥样硬化中的不同细胞群体及其表型变化	开发了一种基于报告基因表达量化的分类算法，用于研究平滑肌细胞向巨噬细胞表型的转分化	现有数据集的规模有限，且存在不一致或矛盾的结果，导致误解和争议	研究动脉粥样硬化的分子和遗传机制，解决单细胞RNA测序研究中报告结果不一致的问题	小鼠动脉粥样硬化中的细胞群体	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA测序	分类算法	单细胞转录组数据	多个已发表的单细胞RNA测序数据集
28	2025-02-03	Single-cell resolution of human airway epithelial cells exposed to bronchiolitis obliterans-associated chemicals 2024-02-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00304.2023 PMID:38084407	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，识别了暴露于与闭塞性细支气管炎（BO）相关化学物质后的人气道上皮细胞的转录组特征，以帮助解释BO的诱导机制	首次在单细胞分辨率下揭示了BO相关化学物质暴露后人气道上皮细胞的转录组变化，并识别了不同化学物质暴露下的功能通路差异	研究仅关注了两种化学物质（二乙酰和氮芥）的暴露，未涵盖其他可能的BO相关化学物质	揭示BO相关化学物质暴露后人气道上皮细胞的转录组特征，以解释BO的诱导机制	人气道上皮细胞	数字病理学	肺纤维化疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	75,663个单细胞
29	2025-02-03	Obesogenic diet disrupts tissue-specific mitochondrial gene signatures in the artery and capillary endothelium 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00109.2023 PMID:37982169	研究论文	本研究探讨了肥胖如何影响内皮细胞的代谢表型，特别是线粒体基因表达	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，揭示了肥胖饮食导致脂肪内皮细胞氧化磷酸化基因表达减少，进而导致肠系膜和脂肪内皮细胞的表型趋同	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	理解肥胖对内皮细胞代谢表型的影响，特别是线粒体基因表达的变化	小鼠和人类的脂肪和肠系膜内皮细胞	分子生物学	肥胖	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠脂肪和肠系膜内皮细胞，以及人类内脏脂肪的单核RNA测序数据
30	2025-02-03	Distribution of P2Y and P2X purinergic receptor expression within the intestine 2024-02-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00108.2023 PMID:37987757	研究论文	本文研究了P2Y和P2X嘌呤能受体在肠道中的分布及其在细胞外核苷酸信号传导中的作用	通过单细胞RNA测序数据分析了P2嘌呤能受体在肠道中的表达，并使用人类肠道类器官验证了这些受体的功能	研究主要依赖于体外模型（如肠道类器官和细胞系），可能无法完全反映体内情况	探索嘌呤能受体在肠道上皮细胞中的表达及其在细胞外核苷酸信号传导中的作用	人类肠道上皮细胞、肠道类器官和肠道细胞系（T84、Caco2、HT29）	分子生物学	肠道炎症和感染性疾病	单细胞RNA测序（RNAseq）	NA	RNA测序数据	人类肠道类器官和三种肠道细胞系
31	2024-10-04	Therapeutic application of human type 2 innate lymphoid cells via induction of granzyme B-mediated tumor cell death 2024-Feb-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.12.015 PMID:38211590	研究论文	研究探讨了人类2型先天淋巴细胞（ILC2s）通过诱导粒酶B介导的肿瘤细胞死亡的潜在治疗应用	首次发现人类ILC2s分泌粒酶B并直接裂解肿瘤细胞，通过DNAM-1-CD112/CD155相互作用调控FOXO1的失活，以及开发了一种可靠的平台用于ILC2s的2000倍扩增	研究主要集中在急性髓系白血病细胞和实体瘤模型，其他类型的肿瘤尚未涉及	探索人类ILC2s在肿瘤治疗中的潜在应用	人类2型先天淋巴细胞（ILC2s）及其在肿瘤细胞裂解中的作用	NA	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及急性髓系白血病细胞和实体瘤模型
32	2024-08-05	A review of computational methods for predicting cancer drug response at the single-cell level through integration with bulk RNAseq data 2024-02, Current opinion in structural biology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.sbi.2023.102745 PMID:38109840	review	本综述探讨了通过整合大规模 RNAseq 数据预测单细胞级别癌症药物反应的计算方法	综述了利用大规模药物筛选生成特定癌细胞组药物敏感性的创新方法	缺乏将单细胞 RNA 测序知识转化为治疗策略的具体探讨	旨在通过整合数据来提升癌症药物的精准治疗策略	研究对象包括各种癌症药物对不同癌细胞群的反应	数字病理学	癌症	RNAseq	NA	NA	NA
33	2025-02-03	Single-cell RNA sequencing of human prostate basal epithelial cells reveals zone-specific cellular populations and gene expression signatures 2024-02, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6227 PMID:37984408	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了人类前列腺基底上皮细胞在不同腺区中的细胞群体和基因表达特征	首次在前列腺基底细胞中识别出多个细胞群体和细胞类型特异性基因签名，这些签名可能在驱动前列腺疾病中起关键作用	研究主要基于体外培养的前列腺上皮细胞，可能无法完全反映体内情况	探讨前列腺基底细胞在不同腺区中的基因表达差异及其在前列腺疾病中的作用	人类前列腺基底上皮细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类前列腺和精囊的原代前列腺上皮细胞培养物
34	2025-02-03	Dissociation of murine oral mucosal tissues for single cell applications 2024-02, Journal of immunological methods IF:1.6Q4 DOI:10.1016/j.jim.2023.113605 PMID:38142927	研究论文	本文介绍了优化小鼠口腔黏膜组织解离方法的研究，提供了三种不同的协议，用于分离口腔黏膜中的主要细胞群	提出了三种不同的酶解方法，分别优先回收免疫细胞、基质细胞和上皮细胞，适用于健康和炎症状态下的研究	每种解离方法都有其局限性，可能因优先回收特定细胞类型而产生偏差	优化小鼠口腔黏膜组织的解离方法，以便更好地进行单细胞RNA测序和流式细胞术研究	小鼠口腔黏膜组织	单细胞技术	牙周炎	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	单细胞数据	NA
35	2025-02-03	Bitter taste receptors in the reproductive system: Function and therapeutic implications 2024-Feb, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31179 PMID:38219077	综述	本文综述了2型味觉受体（TAS2Rs）在生殖系统中的功能及其治疗潜力	探讨了TAS2Rs在生殖健康中的新角色，特别是在男性和女性生殖过程中的潜在功能及其在癌症治疗中的应用	缺乏遗传和功能研究，需要更多技术如单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9基因编辑来深入理解TAS2Rs在生殖中的作用	探索TAS2Rs在生殖系统中的功能及其作为治疗靶点的潜力	男性和女性生殖系统中的TAS2Rs	生殖医学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9基因编辑	NA	NA	NA
36	2025-02-03	Interleukin-10 signaling in somatosensory neurons controls CCL2 release and inflammatory response 2024-02, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.12.013 PMID:38081433	研究论文	本文研究了IL-10信号在感觉神经元中的作用，特别是其在调节CCL2释放和炎症反应中的功能	首次证明抗炎细胞因子通过直接结合感觉神经元上的受体来限制炎症	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨IL-10信号在感觉神经元中的免疫调节作用	小鼠的背根神经节（DRG）感觉神经元	免疫学	炎症相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
37	2025-02-03	Method for Collecting Single Epithelial Cells from the Mouse Larynx 2024-02, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.30970 PMID:37602769	研究论文	本文开发了一种从小鼠喉部收集单个上皮细胞的方法，以研究喉部上皮细胞的分子变化	开发了一种新的方法，能够从小鼠喉部可靠地收集单个上皮细胞，并最小化非喉部和非上皮细胞的污染	方法尚未在人类样本中验证，且收集的细胞数量有限	开发一种可靠的方法，从小鼠喉部收集单个上皮细胞，用于下游细胞和分子分析	小鼠喉部的上皮细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞样本	单个喉部收集6000-8000个细胞，三个组织合并收集35000-40000个细胞
38	2024-08-07	Partners in Crime: Inferring Cell-to-cell Interactions in Kidney Allograft Rejection From Single-cell RNA Sequencing 2024-Feb-01, Transplantation IF:5.3Q1 DOI:10.1097/TP.0000000000004763 PMID:37638872	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
39	2025-01-28	Resident Synovial Macrophages in Synovial Fluid: Implications for Immunoregulation in Infectious and Inflammatory Arthritis 2024-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560183 PMID:37873090	研究论文	本研究旨在识别滑液中的常驻滑膜巨噬细胞（RSM），并展示其迁移能力及可能引发慢性炎症反应的功能变化	首次在滑液中识别出RSM，并通过单细胞RNA测序揭示了这些细胞与CD56+细胞毒性树突状细胞和IDO+ M2巨噬细胞的转录相关性	研究样本量有限，且主要依赖于体外实验验证	探讨RSM在感染性和炎症性关节炎中的免疫调节作用	人类患者，特别是表现为未分化关节炎的患者	免疫学	关节炎	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA	NA	细胞数据、RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，涉及多临床环境下的患者
40	2025-01-23	Circulating myeloid-derived MMP8 in stress susceptibility and depression 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-07015-2 PMID:38326622	研究论文	本文探讨了循环髓系细胞特异性蛋白酶MMP8在应激易感性和抑郁症中的作用	揭示了MMP8在应激易感性和抑郁症中的新机制，并提出了针对外周免疫细胞来源的基质金属蛋白酶作为治疗应激相关神经精神疾病的新靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证	研究应激相关疾病如重度抑郁症的潜在机制	人类和应激易感小鼠	神经科学	抑郁症	质谱流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	血清样本和脑组织样本	人类和应激易感小鼠