单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 449 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-08-07 |
Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level
2024-02-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54113-w
PMID:38383551
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研究论文 | 本文通过3'单细胞RNA测序技术，研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）样本中L1表达的位点特异性，并探讨了化疗前后及健康女性输卵管样本中的L1表达情况。 | 首次在单细胞水平上研究了L1表达的位点特异性，并发现L1表达主要在癌细胞中，但也存在于其他细胞类型中，如癌症相关成纤维细胞。 | 由于L1元素的重复性，使用所选技术进行L1表达定量具有挑战性。 | 探讨L1在卵巢癌中的表达情况及其与化疗和MYC靶基因表达的关系。 | 高级别浆液性卵巢癌样本及健康女性输卵管样本。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 3'单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名患者的化疗前后HGSOC样本对及5名健康女性的输卵管样本 |
| 342 | 2024-08-04 |
Machine learning-based investigation of regulated cell death for predicting prognosis and immunotherapy response in glioma patients
2024-02-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54643-3
PMID:38378721
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研究论文 | 本研究探讨了调控细胞死亡对于预测胶质瘤患者预后和免疫治疗反应的影响 | 提出了一种基于机器学习的框架，用于筛选潜在的治疗候选者，并开发了RCD.GP基因对评分系统 | 调控细胞死亡的全面和系统性景观尚未完全研究和探索 | 研究胶质瘤中调控细胞死亡的角色并预测患者预后 | 聚焦于胶质母细胞瘤患者及其相关的RCD基因 | 机器学习 | 胶质瘤 | qRT-PCR | Lasso, RSF, XgBoost, Enet, CoxBoost, Boruta | 多组学数据，包括大规模数据、单细胞数据和蛋白质组数据 | 18个与RCD相关的标志物 |
| 343 | 2024-08-07 |
New generative methods for single-cell transcriptome data in bulk RNA sequence deconvolution
2024-02-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54798-z
PMID:38378978
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研究论文 | 本研究探讨了一种新的数据生成方法sc-CMGAN及其基准生成方法（Copula、CTGAN和TVAE）在批量RNA序列反卷积中的应用，以解决基因表达异质性和参考单细胞RNA序列数据不足的问题 | 首次研究了数据增强对批量反卷积的影响，并提出了一种新的生成方法sc-CMGAN，该方法在提高反卷积准确性和鲁棒性方面表现出色 | NA | 旨在通过新的数据生成方法改善批量RNA序列反卷积的准确性和鲁棒性 | 批量RNA序列反卷积方法及其在疾病相关组织中细胞类型组成分析中的应用 | 数字病理学 | NA | RNA序列 | GAN | RNA序列数据 | 使用了四个公共数据集 |
| 344 | 2024-08-07 |
Neutrophil extracellular trap-associated risk index for predicting outcomes and response to Wnt signaling inhibitors in triple-negative breast cancer
2024-02-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54888-y
PMID:38379084
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研究论文 | 本研究通过分析中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因，构建了一个风险指数，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）患者的预后和Wnt信号通路抑制剂的治疗反应 | 首次构建了基于NETs相关基因的风险指数，并验证了其在预测TNBC患者对Wnt信号通路抑制剂反应中的有效性 | NA | 研究NETs相关基因在TNBC中的作用，并开发一个风险指数以预测患者对Wnt信号通路抑制剂的反应 | 三阴性乳腺癌（TNBC）患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了来自公共数据库的批量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详细说明 |
| 345 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome landscape of circulating CD4+ T cell populations in autoimmune diseases
2024-Feb-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100473
PMID:38359792
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研究论文 | 本研究通过基于分解的转录组特征化和典型聚类策略，评估了CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的作用 | 本研究首次识别了12个独立基因程序，这些程序控制着CD4 T细胞的异质性，并能解释典型聚类的模糊性 | NA | 揭示CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的转录组特征及其在疾病进展中的作用 | 循环中的CD4+ T细胞在自身免疫疾病中的转录组特征 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过180万个外周CD4 T细胞，来自953名个体 |
| 346 | 2024-08-07 |
CCDC66 mutations are associated with high myopia through affected cell mitosis
2024-Feb-21, Journal of medical genetics
IF:3.5Q2
DOI:10.1136/jmg-2023-109434
PMID:37852749
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研究论文 | 本研究通过外显子测序和Sanger测序技术，鉴定了与高度近视（HM）相关的CCDC66基因突变，并探讨了其在细胞有丝分裂中的作用 | 首次发现CCDC66基因突变与高度近视的关联，并通过单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9系统揭示了该基因在视网膜发育中的功能 | 研究样本主要集中在家族性高度近视和散发的病例，可能需要更广泛的样本验证 | 识别与高度近视相关的致病基因，并探索其在高度近视发病机制中的作用 | CCDC66基因及其在高度近视中的突变 | 遗传学 | 眼科疾病 | 外显子测序, Sanger测序, 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9 | NA | 基因序列, 细胞表达 | 一个高度近视家族，200例散发高度近视患者 |
| 347 | 2024-08-04 |
Integrating single-cell and bulk expression data to identify and analyze cancer prognosis-related genes
2024-Feb-29, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e25640
PMID:38379985
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研究论文 | 本研究整合了单细胞和批量表达数据，以识别和分析与癌症预后相关的基因 | 该研究结合单细胞测序技术和批量表达分析，提高了对癌症预后相关生物标志物的识别能力 | 研究主要集中在乳腺癌和肺癌，对于其他类型癌症的适用性需要进一步验证 | 探讨利用单细胞和批量表达数据构建癌症预后模型的可能性 | 乳腺癌和肺癌的相关基因及其表达模式 | 数字病理学 | 乳腺癌, 肺癌 | 单细胞测序 | Cox回归分析 | 基因表达数据 | 涉及多个乳腺癌和正常组织的样本 |
| 348 | 2024-08-04 |
Signature construction and molecular subtype identification based on liver-specific genes for prediction of prognosis, immune activity, and anti-cancer drug sensitivity in hepatocellular carcinoma
2024-Feb-19, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03242-3
PMID:38374122
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研究论文 | 文章探讨了基于肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类及其预后、免疫活性和抗癌药物敏感性的预测 | 提出了肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类和五基因预后模型，提供了个性化治疗的新线索 | 样本数量及其来源可能限制了结果的普遍性 | 研究肝特异性基因在肝细胞癌中的作用和分类 | 研究对象为肝细胞癌患者的RNA测序数据及相应细胞系 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 从TCGA、ICGC和GEO数据库获取的HCC样本 |
| 349 | 2024-08-07 |
Deconvolution at the single-cell level reveals ovarian cell-type-specific transcriptomic changes in PCOS
2024-Feb-19, Reproductive biology and endocrinology : RB&E
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s12958-024-01195-w
PMID:38373962
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据对多囊卵巢综合征（PCOS）中的卵巢细胞类型特异性转录组变化进行了解卷积分析 | 首次使用单细胞RNA测序数据对PCOS中的卵巢细胞类型进行解卷积分析，揭示了细胞类型特异性的转录组变化 | 研究仅基于30个样本（15个对照 vs 15个PCOS），样本量相对较小 | 探究PCOS中卵巢组织的分子改变和细胞组成 | 多囊卵巢综合征（PCOS）中的卵巢细胞类型 | 数字病理学 | 生殖内分泌疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 30个样本（15个对照 vs 15个PCOS） |
| 350 | 2024-08-04 |
The cycling and aging mouse female reproductive tract at single-cell resolution
2024-Feb-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.01.021
PMID:38325365
|
研究论文 | 本研究系统性地表征了小鼠女性生殖道在生殖周期、妊娠和衰老过程中的形态学和基因表达变化 | 通过单细胞和空间转录组学分析，首次揭示了成纤维细胞在生殖道重塑中的中心和器官特异性角色 | 未提及具体的样本量和实验限制 | 探究生殖周期和衰老如何影响女性生殖道的重塑 | 小鼠的卵巢、输卵管、子宫、宫颈和阴道 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 351 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing to understand host-virus interactions
2024-Feb, Virologica Sinica
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.virs.2023.11.009
PMID:38008383
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析宿主与病毒相互作用中的应用及其优缺点 | scRNA-seq技术能够以单细胞分辨率分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用 | NA | 深入探讨scRNA-seq在病毒学研究中的应用，以更好地理解致病机制并发现更有效的治疗策略 | 宿主与病毒的相互作用及免疫图谱 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录本 | NA |
| 352 | 2024-08-07 |
Genome-wide DNA methylation of lesional and peri-lesional skin in vitiligo: a comparative and integrated analysis of multi-omics in Chinese population
2024-Feb, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-023-02630-5
PMID:38182908
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研究论文 | 本研究通过比较和整合分析中国人群中白癜风病变和周围皮肤的全基因组DNA甲基化情况 | 首次报道了临床白癜风及其周围皮肤的综合DNA甲基化图谱 | NA | 研究白癜风病变和周围皮肤的DNA甲基化特征，并整合转录组数据以识别差异甲基化和表达基因 | 白癜风患者的病变皮肤、周围皮肤和健康皮肤样本 | 数字病理学 | 白癜风 | Illumina 850K甲基化芯片 | NA | DNA甲基化数据和转录组数据 | 6个病变皮肤样本，6个周围皮肤样本，8个健康皮肤样本 |
| 353 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis dissects lncRNA-associated gene networks in Arabidopsis
2024-Feb-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2023.100717
PMID:37715446
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了拟南芥中长非编码RNA（lncRNA）相关的基因调控网络 | 首次在单细胞分辨率下绘制了lncRNA及其相关基因调控网络的转录异质性图谱 | NA | 探索植物lncRNA生物学中的单细胞数据整合分析能力，并深入了解lncRNA表达特异性和相关基因调控 | 拟南芥中的lncRNA及其相关基因调控网络 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 28个已发表的单细胞RNA测序数据集 |
| 354 | 2024-08-07 |
Systems Analysis of Immune Changes after B-cell Depletion in Autoimmune Multiple Sclerosis
2024-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.07.576204
PMID:38370778
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了B细胞耗竭后在多发性硬化症患者中免疫景观的变化 | 首次全面揭示了B细胞耗竭治疗多发性硬化症后免疫细胞类型特异性变化及其功能影响 | NA | 探索B细胞耗竭疗法对多发性硬化症患者免疫系统的影响 | 多发性硬化症患者的免疫细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 355 | 2024-08-04 |
Breaks for Precision Medicine in Cancer: Development and Prospects of Spatiotemporal Transcriptomics
2024-Feb, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals
DOI:10.1089/cbr.2023.0116
PMID:38181185
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综述 | 本文回顾了时空转录组学在癌症研究中的整合策略及其最新进展 | 提出时空转录组学与单细胞RNA测序的数据整合，为癌症精确治疗提供新思路 | 对时空转录组学的整体应用仍处于初步探索阶段 | 揭示癌症的基因表达空间模式和细胞群体的空间异质性 | 癌症患者与细胞群体的基因表达及微环境相互作用 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | 生物数据 | NA |
| 356 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing in melanoma: what have we learned so far?
2024-Feb, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.104969
PMID:38241976
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综述 | 本文回顾了单细胞RNA测序在黑色素瘤中的应用及其带来的见解 | 探讨了单细胞测序技术如何促进对黑色素瘤异质性的理解 | 未明确列出局限性 | 分析黑色素瘤中的肿瘤内异质性及其对治疗反应的影响 | 黑色素瘤细胞及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 357 | 2024-08-07 |
Genomic profiling and associated B cell lineages delineate the efficacy of neoadjuvant anti-PD-1-based therapy in oesophageal squamous cell carcinoma
2024-Feb, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.104971
PMID:38244291
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研究论文 | 本研究通过整合全外显子测序、单细胞RNA测序和免疫荧光数据，分析了24名接受新辅助PD-1抑制剂联合紫杉醇和铂类化疗的食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的样本，以确定与治疗反应的相关性 | 研究发现DNA错配修复（MMR）途径的改变在最佳反应患者中频繁出现，并与肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）相关。此外，识别了B细胞在ESCC中的二分发展轨迹，其中LMO2+生发中心B细胞在响应肿瘤中富集，而CD55+记忆B细胞与组合治疗的较差反应相关 | NA | 旨在通过全面的肿瘤MMR途径改变和肿瘤内B细胞特征评估，改进接受新辅助化疗免疫治疗的ESCC患者的筛选和管理 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）患者 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 全外显子测序、单细胞RNA测序、免疫荧光 | NA | 基因组数据、转录组数据、免疫数据 | 24名患者 |
| 358 | 2024-08-07 |
High-dimensional profiling of regulatory T cells in psoriasis reveals an impaired skin-trafficking property
2024-Feb, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.104985
PMID:38306895
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研究论文 | 本研究通过高维39标记质谱流式细胞术(CyTOF)面板，深入分析了31名银屑病患者和32名健康对照者的皮肤归巢调节性T细胞(Tregs)的免疫景观，并结合体外趋化因子介导的Treg迁移实验、免疫荧光成像以及公共单细胞RNA测序数据，揭示了银屑病患者Tregs的皮肤归巢特性受损。 | 首次深入探索了银屑病患者皮肤归巢Tregs的分子特性，发现CLAhi Tregs和CLAhiCCR5+ Tregs在银屑病患者中的总体减少，以及功能标记物CD39和FoxP3的升高，CCR7表达增加而CCR4和CLA表达减少，这些变化与疾病严重程度相关。 | NA | 探究银屑病患者皮肤归巢调节性T细胞的分子特性和功能状态。 | 银屑病患者的皮肤归巢调节性T细胞。 | 免疫学 | 银屑病 | 质谱流式细胞术(CyTOF) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 31名银屑病患者和32名健康对照者 |
| 359 | 2024-08-04 |
scRNA-seq revealed high stemness epithelial malignant cell clusters and prognostic models of lung adenocarcinoma
2024-02-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54135-4
PMID:38355636
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA-seq分析识别肿瘤干细胞相关的预后模型，以预测肺腺癌的预后、化疗药物及免疫治疗效果 | 本研究提出了一种基于干细胞相关基因的模型，以预测肺腺癌的预后和免疫微环境 | 该研究的样本量及数据来源可能限制了结论的广泛适用性 | 研究肺腺癌的预后因素及干细胞特征 | 样本包括高干细胞特征的恶性上皮细胞和肺腺癌患者的肿瘤样本 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | CoxBoost + RSF模型 | 转录组数据 | NA |
| 360 | 2024-08-04 |
Biomarkers and prognostic factors of PD-1/PD-L1 inhibitor-based therapy in patients with advanced hepatocellular carcinoma
2024-Feb-14, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-023-00535-z
PMID:38355603
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综述 | 本文总结了PD-1/PD-L1抑制剂在晚期肝细胞癌患者中的生物标志物和预后因素。 | 首次通过评估单细胞测序和空间转录组学的最新进展，揭示肿瘤异质性以及其生物标志物与预后的关系 | 可能缺乏关于某些预后因素和生物标志物的具体临床应用示例 | 探讨晚期肝细胞癌患者中使用PD-1/PD-L1抑制剂的生物标志物与预后因素 | 晚期肝细胞癌患者及其肿瘤微环境中的相关标志物 | 数字病理学 | 肝癌 | NGS, 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | 临床数据, 生物标志物分析 | NA |