单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 444 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-07 |
Single-cell multi-omics analysis of lineage development and spatial organization in the human fetal cerebellum
2024-Feb-26, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-024-00656-1
PMID:38409116
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学分析，探讨了人类胎儿小脑从妊娠第13周到第18周的细胞多样性和发育程序的涌现。 | 本研究首次鉴定了跨物种保守的过渡性颗粒细胞前体，并揭示了小脑叶的物种特异性基因表达模式，以及小脑中潜在的神经上皮新簇。 | NA | 探索人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。 | 人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学分析 | NA | 基因表达数据 | 妊娠第13周到第18周的胎儿样本 | NA | NA | NA | NA |
| 322 | 2024-08-07 |
Human cytomegalovirus exploits STING signaling and counteracts IFN/ISG induction to facilitate infection of dendritic cells
2024-Feb-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45614-3
PMID:38409141
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研究论文 | 研究人巨细胞病毒（HCMV）如何利用STING信号通路并对抗干扰素/干扰素刺激基因（IFN/ISG）的诱导，以促进树突状细胞的感染 | 首次揭示了HCMV通过激活STING信号通路并抑制干扰素-β的转录，从而促进其在树突状细胞中的复制 | 研究主要集中在单核细胞衍生的树突状细胞上，可能无法完全代表所有树突状细胞类型对HCMV的反应 | 探讨HCMV如何影响树突状细胞的免疫反应，以及病毒如何调控宿主的抗病毒反应 | 人巨细胞病毒（HCMV）和单核细胞衍生的树突状细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及的样本包括单核细胞衍生的树突状细胞的三个亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 323 | 2024-08-04 |
Microfluidic-assisted single-cell RNA sequencing facilitates the development of neutralizing monoclonal antibodies against SARS-CoV-2
2024-02-13, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d3lc00749a
PMID:38165771
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研究论文 | 本研究探讨了微流控辅助的单细胞RNA测序在抗SARS-CoV-2中和单克隆抗体开发中的应用 | 提出了结合单细胞RNA测序技术的新方法，以提高中和单克隆抗体的开发效率 | 未提供具体的实验数据和样本量 | 研究开发有效的针对SARS-CoV-2的中和单克隆抗体 | 中和单克隆抗体候选者及其相关的B细胞转录组 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 324 | 2024-08-04 |
CTISL: a dynamic stacking multi-class classification approach for identifying cell types from single-cell RNA-seq data
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae063
PMID:38317054
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研究论文 | 提出了一种动态堆叠多类分类方法CTISL，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型 | CTISL结合了多种分类器，采用二层堆叠模型来提高细胞类型的识别准确性 | 该研究可能仍需在更多的细胞类型和数据集上进行验证以评估其广泛适用性 | 研究目标是开发一个更准确的计算模型，以从scRNA-seq数据集中识别细胞类型 | 研究对象为人类和小鼠的scRNA-seq数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 堆叠模型 | 基因表达数据 | 涉及17个人类和小鼠scRNA-seq数据集的24个基准实验 | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2024-08-04 |
scCancer2: data-driven in-depth annotations of the tumor microenvironment at single-level resolution
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae028
PMID:38243719
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研究论文 | 本研究提出了一个数据驱动的框架，以深入注释肿瘤微环境中的细胞类型 | 开发了一个监督机器学习框架，能在新的数据集中计算地转移细胞子类型标签，并整合了空间转录组数据处理模块 | 研究中未使用内部机密参考细胞时的分类器表现有限 | 旨在提高对肿瘤微环境中细胞的准确注释，并改善恶性细胞的识别 | 使用来自15个单细胞RNA-seq数据集的细胞子类型注释共594个样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 监督机器学习分类器 | 基因表达数据，空间转录组数据 | 594个样本（来自15个数据集）以及175个样本（来自10种癌症类型） | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-08-04 |
SpatialDDLS: an R package to deconvolute spatial transcriptomics data using neural networks
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae072
PMID:38366652
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研究论文 | 本文介绍了SpatialDDLS，一个基于神经网络的算法，用于对空间转录组数据进行细胞类型解卷积 | SpatialDDLS利用单细胞RNA测序数据来模拟混合转录组特征，并训练一个全连接神经网络以揭示每个点的细胞类型多样性 | 大多数现有平台无法达到单细胞分辨率，空间转录组技术在分辨率方面仍存在局限性 | 研究空间转录组数据的细胞类型解卷积 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 全连接神经网络 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-08-05 |
Identifying Spatial Co-occurrence in Healthy and InflAmed tissues (ISCHIA)
2024-Feb, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-023-00006-5
PMID:38225383
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研究论文 | 该文章介绍了ISCHIA框架用于分析健康和炎症组织中细胞类型和转录物的空间共现。 | 提出了一种新的方法，通过分析转录组在条形码点上的空间关联，来重建细胞网络。 | 研究依赖于特定的空间转录组数据，可能不适用于其他类型的数据或不同的疾病背景。 | 研究空间转录组数据中细胞类型和转录物的共现关系。 | 应用ISCHIA框架于人类溃疡性结肠炎患者的Visium数据集。 | 数字病理学 | 肠道炎症 | 空间转录组学（ST） | NA | RNA序列 | human ulcerative colitis patients的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 328 | 2024-08-07 |
Scbean: a python library for single-cell multi-omics data analysis
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae053
PMID:38290765
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研究论文 | Scbean是一个用户友好的Python库，用于单细胞多组学数据分析 | Scbean提供了一个统一的界面，用于处理单细胞数据中的维度降低、批次效应消除、细胞标签转移和空间变异基因识别等任务，并利用GPU加速提高处理大规模数据集的能力 | NA | 开发一个高效的计算工具，用于单细胞多组学数据的有效分析 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | Python编程 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-08-07 |
AGImpute: imputation of scRNA-seq data based on a hybrid GAN with dropouts identification
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae068
PMID:38317025
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研究论文 | 本文提出了一种名为AGImpute的混合生成对抗网络，用于识别和填补单细胞RNA测序数据中的dropout事件 | AGImpute通过动态阈值估计策略估计不同细胞中的dropout事件数量，并结合自编码器和生成对抗网络进行dropout事件的填补 | NA | 解决单细胞RNA测序数据分析中dropout事件带来的挑战 | 单细胞RNA测序数据中的dropout事件 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络（GAN） | 基因表达数据 | 两个模拟数据集和七个真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2024-08-04 |
Bulk and single-cell sequencing identified a prognostic model based on the macrophage and lipid metabolism related signatures for osteosarcoma patients
2024-Feb-29, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26091
PMID:38404899
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研究论文 | 本研究利用大规模和单细胞测序技术，探讨了与巨噬细胞和脂质代谢相关的预后模型在骨肉瘤患者中的应用 | 创新地建立了一个基于巨噬细胞和脂质代谢的风险模型，为骨肉瘤患者的化疗效果提供了新的预测工具 | 未提及具体的样本量和外部验证的有效性 | 研究巨噬细胞的分化状态与骨肉瘤化疗效果间的关系 | 骨肉瘤患者及其免疫微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 大规模和单细胞测序 | 风险模型 | 基因相关数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 331 | 2024-08-07 |
Cutting-Edge Skin Ageing Research on tissue stem cell
2024-Feb-26, Journal of biochemistry
IF:2.1Q4
DOI:10.1093/jb/mvae022
PMID:38408191
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综述 | 本文综述了干细胞衰老的机制及其对健康的影响，并探讨了干细胞疗法在皮肤领域的应用潜力 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在干细胞研究中的进展 | NA | 探讨干细胞衰老的机制及其对健康的影响 | 干细胞及其在组织修复和再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2024-08-07 |
Development of a CD8+ T cell associated signature for predicting the prognosis and immunological characteristics of gastric cancer by integrating single-cell and bulk RNA-sequencing
2024-02-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54273-9
PMID:38402299
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种与CD8+ T细胞相关的预测胃癌预后和免疫特征的标志物 | 本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的预测胃癌预后和免疫特征的标志物 | 本研究主要基于TCGA和GEO队列的数据，未来需要更多队列验证其普适性 | 开发一种能够预测胃癌预后和免疫特征的标志物 | 胃癌患者的预后和免疫特征 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序 | LASSO回归 | RNA测序数据 | 703个CD8+ T细胞特征基因，其中8个用于构建预测标志物 | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics identifies the differentiation trajectory from inflammatory monocytes to pro-resolving macrophages in a mouse skin allergy model
2024-Feb-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46148-4
PMID:38396021
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了小鼠皮肤过敏模型中炎症单核细胞向促解析巨噬细胞的分化轨迹 | 本研究阐明了Ly6C经典单核细胞向Ly6C促解析巨噬细胞的逐步分化过程 | 本研究局限于小鼠模型，未验证在人类过敏反应中的适用性 | 研究炎症单核细胞在小鼠皮肤过敏中向巨噬细胞的分化过程 | 研究对象为Ly6C经典单核细胞及其向促解析巨噬细胞的分化过程 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq，流式细胞术分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2024-08-04 |
Identifying PLAUR as a Pivotal Gene of Tumor Microenvironment and Regulating Mesenchymal Phenotype of Glioblastoma
2024-Feb-19, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16040840
PMID:38398231
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研究论文 | 本研究确定了PLAUR作为胶质母细胞瘤肿瘤微环境的关键基因，并调控其间质表型 | 识别PLAUR作为胶质母细胞瘤间质表型的中心基因，揭示其在肿瘤相关巨噬细胞和胶质瘤细胞之间的配体-受体相互作用 | 尚未详细探讨PLAUR在不同肿瘤微环境条件下的具体作用机制 | 识别能够通过肿瘤内在和外在机制调节胶质母细胞瘤间质表型的基因 | 胶质母细胞瘤及其相关的微环境组成部分 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞测序，功能富集分析，WGCNA | BALB/c裸鼠异种移植模型 | 基因表达数据 | 涉及细胞系、原代胶质瘤细胞及BALB/c裸鼠的实验 | NA | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-08-04 |
Harnessing the Transcriptional Signatures of CAR-T-Cells and Leukemia/Lymphoma Using Single-Cell Sequencing Technologies
2024-Feb-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25042416
PMID:38397092
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综述 | 本文探讨了利用单细胞测序技术分析CAR-T细胞和白血病/淋巴瘤的转录特征 | 采用现代单细胞测序技术，深入剖析白血病细胞与CAR-T细胞的转录复杂性 | 未提及文章的具体限制 | 讨论导致CAR-T免疫治疗临床失败的潜在机制 | 探讨CAR-T细胞的生物特征和影响临床反应的机制 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-08-04 |
Microarray Gene Expression Analysis of Lesional Skin in Canine Pemphigus Foliaceus
2024-Feb-14, Veterinary sciences
IF:2.0Q2
DOI:10.3390/vetsci11020089
PMID:38393106
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研究论文 | 本研究旨在表征犬类脓疱性皮肤病患者皮肤损伤中的分子机制和生物通路变化 | 本研究发现犬类脓疱性皮肤病损伤与人类脓疱性皮肤损伤的免疫特征相似，提供了新的分子机制见解 | 研究样本量相对较小，仅包括7例病变皮肤和5例健康皮肤 | 阐明犬类脓疱性皮肤病的发病机制及其生物通路变化 | 犬类脓疱性皮肤病患者的损伤皮肤与健康皮肤样本 | 数字病理学 | 自体免疫性疾病 | RNA微阵列 | NA | 基因表达数据 | 7例犬类脓疱性皮肤病患者和5例健康犬样本 | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2024-08-07 |
scMGCN: A Multi-View Graph Convolutional Network for Cell Type Identification in scRNA-seq Data
2024-Feb-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25042234
PMID:38396909
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMGCN的多视角图卷积网络模型，用于从scRNA-seq数据中识别细胞类型 | 引入了多视角学习和多图构建方法来捕捉scRNA-seq数据中的全面细胞信息，并结合图卷积网络与注意力机制提取细胞间的高阶共享信息 | NA | 开发一种稳定且可解释的方法来从大规模scRNA-seq数据中识别细胞类型 | scRNA-seq数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 图卷积网络 | 多视角图卷积网络模型 | scRNA-seq数据 | 多种数据集，包括单数据集、跨物种和跨平台实验 | NA | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-08-07 |
Comparison of Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts as Donor Nuclei for Handmade Cloning in Sheep Using a Single-Cell Transcriptome
2024-Feb-10, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani14040589
PMID:38396557
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研究论文 | 本文比较了脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核在手工克隆绵羊中的应用，使用单细胞转录组学方法分析了八细胞胚胎的转录组特征。 | 首次探索了脐带间充质干细胞作为供体核在核转移技术中的应用，并提供了细胞重编程机制的新见解。 | 文章未明确提及研究的局限性。 | 研究旨在提高核转移技术的效率，并探索脐带间充质干细胞作为供体核的优势。 | 研究对象包括脐带间充质干细胞、成纤维细胞和八细胞胚胎。 | 干细胞研究 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 研究涉及脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核的八细胞胚胎。 | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-08-04 |
Multimodal Single-Cell Sequencing of B Cells in Primary Sjögren's Syndrome
2024-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.42683
PMID:37610265
|
研究论文 | 本研究探讨了原发性干燥综合征中B细胞的组成、基因表达和B细胞受体使用情况 | 该研究首次通过多模态单细胞测序揭示了B细胞的异质性和分子特征，提供了更深入的患者分层方法 | 样本量相对较小，可能影响结果的广泛适用性和统计力量 | 确定SSA/SSB抗体分层的原发性干燥综合征（pSS）患者中B细胞的角色 | 研究对象为6名SSA-、8名SSA+单阳性和10名SSA/SSB+双阳性的pSS患者及4名健康对照者 | 数字病理学 | 原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞变异、多样性及连接（VDJ）基因测序（scVDJ-seq） | NA | 单细胞数据 | 230,000个B细胞，涉及24名参与者（6名SSA-，8名SSA+，10名SSA/SSB+及4名健康对照） | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-08-04 |
Tissue niches and immunopathology through the lens of spatial tissue profiling techniques
2024-Feb, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350484
PMID:37985207
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评论 | 本研究讨论了空间组织在生物学中的基础作用及其对免疫系统的影响 | 结合多重组织学和空间转录组学技术，提供了蛋白质和基因表达模式的空间背景 | 承认空间组织剖析技术的挑战和局限性 | 探讨如何通过空间组织剖析改善对区域免疫的理解 | 重点关注组织生态位在健康和疾病中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | 多重组织学和空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |