单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2024-08-04	BPTF cooperates with MYCN and MYC to link neuroblastoma cell cycle control to epigenetic cellular states 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579816 PMID:38405949	研究论文	这篇文章探讨了核小体重塑因子BPTF如何与MYCN和MYC合作，将神经母细胞瘤细胞周期控制与表观遗传细胞状态联系起来	文章提出BPTF在神经母细胞瘤中扮演双重角色，既与MYCN/MYC共定位于细胞周期相关基因的启动子，又与CRC共定位于超级增强子以调节细胞身份	NA	探讨BPTF在神经母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的相关性	神经母细胞瘤细胞及其内在转录调控机制	数字病理学	神经母细胞瘤	Bulk RNA-seq, 单细胞测序, 组织微阵列, 免疫沉淀/质谱	NA	基因表达数据	NA
322	2024-08-07	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data Reveals Memory-like NK Cell Subset Associated with Mycobacterium tuberculosis Latency 2024-Feb-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13040293 PMID:38391906	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了外周血自然杀伤（NK）细胞的表型和分子特征，并探讨了NK细胞在结核分枝杆菌（Mtb）潜伏感染中的作用	本研究首次揭示了与结核分枝杆菌潜伏感染相关的记忆样NK细胞亚群，并通过流式细胞术验证了这些细胞的存在	研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探讨NK细胞在结核分枝杆菌潜伏感染中的作用及其分子特征	外周血NK细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA	小样本量
323	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals HIF1A as a Severity-Sensitive Immunological Scar in Circulating Monocytes of Convalescent Comorbidity-Free COVID-19 Patients 2024-Feb-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13040300 PMID:38391913	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了无并发症的COVID-19康复患者循环单核细胞中HIF1A作为敏感性免疫疤痕的作用	首次在单细胞水平上研究了无并发症COVID-19康复患者在不同时间点的转录组免疫细胞失调，并揭示了HIF1A在康复期的长期免疫作用	NA	研究无并发症COVID-19康复患者的免疫细胞转录组失调，以识别不同疾病严重程度的康复标志	无并发症的COVID-19康复患者的循环单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
324	2024-08-07	HHLA2 is more significantly associated with poor prognosis in TSCC than PD-L1 2024-Feb, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13514 PMID:38321252	研究论文	本研究旨在探讨HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的潜力，并与PD-L1进行比较	本研究发现HHLA2在舌鳞状细胞癌中表达上调，且与不良预后显著相关，可能成为比PD-L1更有效的免疫治疗靶点	NA	研究HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的作用及与PD-L1的比较	舌鳞状细胞癌中的HHLA2和PD-L1表达及预后影响	数字病理学	舌鳞状细胞癌	RNA测序, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	COX回归模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	RNA-seq数据来自TCGA，单细胞RNA测序数据来自GEO数据库
325	2024-08-07	Analytical Workflows for Single-Cell Multiomic Data Using the BD Rhapsody Platform 2024-Feb, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.963 PMID:38353375	研究论文	本文描述了一个详细的分析流程，包括六个管道，用于单细胞多组学数据的高质量分析	提出了一个包括六个管道的详细分析流程，用于处理和分析单细胞多组学数据	NA	开发一个高效的分析流程，以从单细胞多组学数据中提取生物学相关信息	单细胞多组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达矩阵	数千个单个细胞
326	2024-08-07	Recommendations on single-cell RNA sequencing of skin xenografts in the study of genetic skin diseases 2024-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15036 PMID:38389155	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
327	2024-08-07	Characterization of the m6A/m1A/m5C/m7G-related regulators on the prognosis and immune microenvironment of glioma by integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2024-Feb, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3666 PMID:38391150	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，分析了m6A、m1A、m5C和m7G相关调控因子在胶质瘤预后和免疫微环境中的作用	首次整合了四种RNA甲基化调控因子（m6A、m1A、m5C和m7G）在胶质瘤中的研究，并分析了它们与胶质瘤预后和肿瘤内异质性的关系	NA	探讨m6A/m1A/m5C/m7G相关调控因子在胶质瘤中的作用，并提供新的可靠的胶质瘤预后和治疗生物标志物	胶质瘤中的m6A/m1A/m5C/m7G相关调控因子及其与预后和免疫微环境的关系	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习方法和多元Cox回归分析	RNA序列数据	三个自有的单细胞RNA测序数据集和公开的批量RNA测序数据集
328	2024-08-07	Identifying molecular subtypes and tumor microenvironment infiltration signatures in kidney renal clear cell carcinoma based on stemness-associated disulfidptosis genes by integrating machine learning, single-cell analyses and experimental validation 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26094 PMID:38390172	研究论文	本研究通过整合机器学习、单细胞分析和实验验证，基于干细胞相关硫化物死亡基因识别肾透明细胞癌的分子亚型和肿瘤微环境浸润特征	首次识别出与硫化物死亡相关的两种分子亚型，并构建了包含九个基因的SADG特征，这些基因与肿瘤干细胞性和肿瘤微环境高度相关	NA	旨在阐明硫化物死亡在肾透明细胞癌进展中的作用	肾透明细胞癌患者及其分子亚型和肿瘤微环境特征	机器学习	肾癌	非负矩阵分解(NMF)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、最小绝对收缩和选择算子(LASSO) Cox回归分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用了三个独立的外部验证数据集和临床样本进行验证
329	2024-08-04	Integrating single-cell and spatially resolved transcriptomic strategies to survey the astrocyte response to stroke in male mice 2024-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45821-y PMID:38383565	研究论文	本研究描述了一种平台，结合空间解析单细胞转录组和蛋白质组的方法，以调查小鼠对中风的星形胶质细胞反应	创新点在于整合了Visium和10X Chromium的数据集，并采用tDISCO技术来确定星形胶质细胞的空间边界和分子特征	本研究主要集中在雄性小鼠的星形胶质细胞反应，结果可能不适用于其他性别或物种	本研究旨在探讨星形胶质细胞在缺血性中风中的异质性及其反应	研究对象为雄性小鼠中的星形胶质细胞	数字病理学	脑卒中	tDISCO、Visium、10X Chromium	NA	转录组数据、蛋白组数据	NA
330	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of anaplastic ependymoma and H3K27M-mutant diffuse midline glioma 2024-Feb-21, BMC neurology IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12883-024-03558-7 PMID:38383423	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤的细胞类型差异	揭示了两种脑肿瘤间的细胞异质性及其可能的细胞起源差异	NA	分析和比较两种常见脑肿瘤亚型的细胞类型差异	间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	11,219个细胞
331	2024-08-07	Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level 2024-02-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54113-w PMID:38383551	研究论文	本文通过3'单细胞RNA测序技术，研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）样本中L1表达的位点特异性，并探讨了化疗前后及健康女性输卵管样本中的L1表达情况。	首次在单细胞水平上研究了L1表达的位点特异性，并发现L1表达主要在癌细胞中，但也存在于其他细胞类型中，如癌症相关成纤维细胞。	由于L1元素的重复性，使用所选技术进行L1表达定量具有挑战性。	探讨L1在卵巢癌中的表达情况及其与化疗和MYC靶基因表达的关系。	高级别浆液性卵巢癌样本及健康女性输卵管样本。	数字病理学	卵巢癌	3'单细胞RNA测序	NA	RNA	11名患者的化疗前后HGSOC样本对及5名健康女性的输卵管样本
332	2024-08-04	Machine learning-based investigation of regulated cell death for predicting prognosis and immunotherapy response in glioma patients 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54643-3 PMID:38378721	研究论文	本研究探讨了调控细胞死亡对于预测胶质瘤患者预后和免疫治疗反应的影响	提出了一种基于机器学习的框架，用于筛选潜在的治疗候选者，并开发了RCD.GP基因对评分系统	调控细胞死亡的全面和系统性景观尚未完全研究和探索	研究胶质瘤中调控细胞死亡的角色并预测患者预后	聚焦于胶质母细胞瘤患者及其相关的RCD基因	机器学习	胶质瘤	qRT-PCR	Lasso, RSF, XgBoost, Enet, CoxBoost, Boruta	多组学数据，包括大规模数据、单细胞数据和蛋白质组数据	18个与RCD相关的标志物
333	2024-08-07	New generative methods for single-cell transcriptome data in bulk RNA sequence deconvolution 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54798-z PMID:38378978	研究论文	本研究探讨了一种新的数据生成方法sc-CMGAN及其基准生成方法（Copula、CTGAN和TVAE）在批量RNA序列反卷积中的应用，以解决基因表达异质性和参考单细胞RNA序列数据不足的问题	首次研究了数据增强对批量反卷积的影响，并提出了一种新的生成方法sc-CMGAN，该方法在提高反卷积准确性和鲁棒性方面表现出色	NA	旨在通过新的数据生成方法改善批量RNA序列反卷积的准确性和鲁棒性	批量RNA序列反卷积方法及其在疾病相关组织中细胞类型组成分析中的应用	数字病理学	NA	RNA序列	GAN	RNA序列数据	使用了四个公共数据集
334	2024-08-07	Neutrophil extracellular trap-associated risk index for predicting outcomes and response to Wnt signaling inhibitors in triple-negative breast cancer 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54888-y PMID:38379084	研究论文	本研究通过分析中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因，构建了一个风险指数，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）患者的预后和Wnt信号通路抑制剂的治疗反应	首次构建了基于NETs相关基因的风险指数，并验证了其在预测TNBC患者对Wnt信号通路抑制剂反应中的有效性	NA	研究NETs相关基因在TNBC中的作用，并开发一个风险指数以预测患者对Wnt信号通路抑制剂的反应	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA序列	使用了来自公共数据库的批量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详细说明
335	2024-08-07	Single-cell transcriptome landscape of circulating CD4+ T cell populations in autoimmune diseases 2024-Feb-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100473 PMID:38359792	研究论文	本研究通过基于分解的转录组特征化和典型聚类策略，评估了CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的作用	本研究首次识别了12个独立基因程序，这些程序控制着CD4 T细胞的异质性，并能解释典型聚类的模糊性	NA	揭示CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的转录组特征及其在疾病进展中的作用	循环中的CD4+ T细胞在自身免疫疾病中的转录组特征	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过180万个外周CD4 T细胞，来自953名个体
336	2024-08-07	CCDC66 mutations are associated with high myopia through affected cell mitosis 2024-Feb-21, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2023-109434 PMID:37852749	研究论文	本研究通过外显子测序和Sanger测序技术，鉴定了与高度近视（HM）相关的CCDC66基因突变，并探讨了其在细胞有丝分裂中的作用	首次发现CCDC66基因突变与高度近视的关联，并通过单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9系统揭示了该基因在视网膜发育中的功能	研究样本主要集中在家族性高度近视和散发的病例，可能需要更广泛的样本验证	识别与高度近视相关的致病基因，并探索其在高度近视发病机制中的作用	CCDC66基因及其在高度近视中的突变	遗传学	眼科疾病	外显子测序, Sanger测序, 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9	NA	基因序列, 细胞表达	一个高度近视家族，200例散发高度近视患者
337	2024-08-07	Lipocalin-2 expression identifies an intestinal regulatory neutrophil population during acute graft-versus-host disease 2024-Feb-21, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi1501 PMID:38381845	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在急性移植物抗宿主病（aGVHD）的小鼠模型中，发现了一种表达脂质运载蛋白2（LCN2）的肠道调节性中性粒细胞群体，并探讨了其在aGVHD中的作用机制。	首次鉴定出表达LCN2的肠道中性粒细胞群体，并揭示了LCN2通过诱导胰岛素样生长因子1受体（IGF-1R）信号在巨噬细胞中的作用，减少主要组织相容性复合体II类（MHCII）表达并增加白细胞介素-10（IL-10）产生，从而减轻aGVHD的严重程度。	NA	探讨LCN2在急性移植物抗宿主病中的作用及其机制，为aGVHD的治疗提供新的策略。	急性移植物抗宿主病（aGVHD）中的肠道中性粒细胞群体及其表达的脂质运载蛋白2（LCN2）。	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个aGVHD患者肠道活检样本
338	2024-08-04	Integrating single-cell and bulk expression data to identify and analyze cancer prognosis-related genes 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e25640 PMID:38379985	研究论文	本研究整合了单细胞和批量表达数据，以识别和分析与癌症预后相关的基因	该研究结合单细胞测序技术和批量表达分析，提高了对癌症预后相关生物标志物的识别能力	研究主要集中在乳腺癌和肺癌，对于其他类型癌症的适用性需要进一步验证	探讨利用单细胞和批量表达数据构建癌症预后模型的可能性	乳腺癌和肺癌的相关基因及其表达模式	数字病理学	乳腺癌, 肺癌	单细胞测序	Cox回归分析	基因表达数据	涉及多个乳腺癌和正常组织的样本
339	2024-08-04	Signature construction and molecular subtype identification based on liver-specific genes for prediction of prognosis, immune activity, and anti-cancer drug sensitivity in hepatocellular carcinoma 2024-Feb-19, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03242-3 PMID:38374122	研究论文	文章探讨了基于肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类及其预后、免疫活性和抗癌药物敏感性的预测	提出了肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类和五基因预后模型，提供了个性化治疗的新线索	样本数量及其来源可能限制了结果的普遍性	研究肝特异性基因在肝细胞癌中的作用和分类	研究对象为肝细胞癌患者的RNA测序数据及相应细胞系	数字病理学	肝癌	RNA测序	LASSO回归模型	基因表达数据	从TCGA、ICGC和GEO数据库获取的HCC样本
340	2024-08-07	Deconvolution at the single-cell level reveals ovarian cell-type-specific transcriptomic changes in PCOS 2024-Feb-19, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01195-w PMID:38373962	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据对多囊卵巢综合征（PCOS）中的卵巢细胞类型特异性转录组变化进行了解卷积分析	首次使用单细胞RNA测序数据对PCOS中的卵巢细胞类型进行解卷积分析，揭示了细胞类型特异性的转录组变化	研究仅基于30个样本（15个对照 vs 15个PCOS），样本量相对较小	探究PCOS中卵巢组织的分子改变和细胞组成	多囊卵巢综合征（PCOS）中的卵巢细胞类型	数字病理学	生殖内分泌疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	30个样本（15个对照 vs 15个PCOS）