单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-07	Single-cell multi-omics analysis of lineage development and spatial organization in the human fetal cerebellum 2024-Feb-26, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00656-1 PMID:38409116	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学分析，探讨了人类胎儿小脑从妊娠第13周到第18周的细胞多样性和发育程序的涌现。	本研究首次鉴定了跨物种保守的过渡性颗粒细胞前体，并揭示了小脑叶的物种特异性基因表达模式，以及小脑中潜在的神经上皮新簇。	NA	探索人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。	人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。	数字病理学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学分析	NA	基因表达数据	妊娠第13周到第18周的胎儿样本
302	2024-08-07	Human cytomegalovirus exploits STING signaling and counteracts IFN/ISG induction to facilitate infection of dendritic cells 2024-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45614-3 PMID:38409141	研究论文	研究人巨细胞病毒（HCMV）如何利用STING信号通路并对抗干扰素/干扰素刺激基因（IFN/ISG）的诱导，以促进树突状细胞的感染	首次揭示了HCMV通过激活STING信号通路并抑制干扰素-β的转录，从而促进其在树突状细胞中的复制	研究主要集中在单核细胞衍生的树突状细胞上，可能无法完全代表所有树突状细胞类型对HCMV的反应	探讨HCMV如何影响树突状细胞的免疫反应，以及病毒如何调控宿主的抗病毒反应	人巨细胞病毒（HCMV）和单核细胞衍生的树突状细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及的样本包括单核细胞衍生的树突状细胞的三个亚群
303	2024-08-04	An alternative splicing signature defines the basal-like phenotype and predicts worse clinical outcome in pancreatic cancer 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101411 PMID:38325381	研究论文	该研究揭示了一种与预后相关的亚型特异性剪接特征，并确定了QKI作为基础样亚型的决定因素	发现了PDAC亚型特异性的剪接特征，并阐明了QKI在基础样特征中的作用	尚未明确剪接异常在亚型特异性中的具体机制	探究胰腺癌中剪接失调与亚型特异性之间的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）及其不同亚型	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	NA	高等级原发肿瘤和转移病灶中的样本
304	2024-08-04	Surface CD52, CD84, and PTGER2 mark mature PMN-MDSCs from cancer patients and G-CSF-treated donors 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101380 PMID:38242120	研究论文	本研究关注来自癌症患者和接受G-CSF治疗的健康供体的成熟多形核髓源抑制细胞（mPMN-MDSCs）	识别了成熟PMN-MDSCs的新特征基因标记CD52、CD84和PTGER2	可能仅限于特定类型的肿瘤患者和供体的样本	精确分子表征循环的成熟PMN-MDSCs	来自癌症患者和G-CSF治疗供体的成熟PMN-MDSCs	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因数据	NA
305	2024-08-04	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537881 PMID:37162914	研究论文	本文提出了一种基于模型的单细胞RNA-seq数据降维新方法scGBM	scGBM利用泊松双线性模型处理RNA-seq数据，并引入快速估计算法以提高大规模数据集的计算效率	现有方法在处理大数据集时往往计算不可行，且对低维表示的不确定性量化不足	本研究旨在改进单细胞RNA-seq数据的降维分析	研究对象为单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	泊松双线性模型	NA	RNA-seq数据	涉及数百万个细胞的数据集
306	2024-08-04	Microfluidic-assisted single-cell RNA sequencing facilitates the development of neutralizing monoclonal antibodies against SARS-CoV-2 2024-02-13, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d3lc00749a PMID:38165771	研究论文	本研究探讨了微流控辅助的单细胞RNA测序在抗SARS-CoV-2中和单克隆抗体开发中的应用	提出了结合单细胞RNA测序技术的新方法，以提高中和单克隆抗体的开发效率	未提供具体的实验数据和样本量	研究开发有效的针对SARS-CoV-2的中和单克隆抗体	中和单克隆抗体候选者及其相关的B细胞转录组	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
307	2024-08-05	Indoximod-based chemo-immunotherapy for pediatric brain tumors: A first-in-children phase I trial 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad174 PMID:37715730	研究论文	本研究评估了用于儿科脑肿瘤的indoximod联合化疗免疫疗法的I期临床试验	首次在儿童中评估indoximod作为IDO途径抑制剂的安全性和有效性	样本量较小，研究期限较短，且主要关注于特定类型的脑肿瘤	探讨indoximod在儿童复发性脑肿瘤中的疗效和安全性	针对复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内在脑桥胶质瘤的儿童患者	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	血液样本	81名儿童患者
308	2024-08-04	CTISL: a dynamic stacking multi-class classification approach for identifying cell types from single-cell RNA-seq data 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae063 PMID:38317054	研究论文	提出了一种动态堆叠多类分类方法CTISL，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型	CTISL结合了多种分类器，采用二层堆叠模型来提高细胞类型的识别准确性	该研究可能仍需在更多的细胞类型和数据集上进行验证以评估其广泛适用性	研究目标是开发一个更准确的计算模型，以从scRNA-seq数据集中识别细胞类型	研究对象为人类和小鼠的scRNA-seq数据集中的细胞类型	机器学习	NA	RNA-seq	堆叠模型	基因表达数据	涉及17个人类和小鼠scRNA-seq数据集的24个基准实验
309	2024-08-04	scCancer2: data-driven in-depth annotations of the tumor microenvironment at single-level resolution 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae028 PMID:38243719	研究论文	本研究提出了一个数据驱动的框架，以深入注释肿瘤微环境中的细胞类型	开发了一个监督机器学习框架，能在新的数据集中计算地转移细胞子类型标签，并整合了空间转录组数据处理模块	研究中未使用内部机密参考细胞时的分类器表现有限	旨在提高对肿瘤微环境中细胞的准确注释，并改善恶性细胞的识别	使用来自15个单细胞RNA-seq数据集的细胞子类型注释共594个样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	监督机器学习分类器	基因表达数据，空间转录组数据	594个样本（来自15个数据集）以及175个样本（来自10种癌症类型）
310	2024-08-04	SpatialDDLS: an R package to deconvolute spatial transcriptomics data using neural networks 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae072 PMID:38366652	研究论文	本文介绍了SpatialDDLS，一个基于神经网络的算法，用于对空间转录组数据进行细胞类型解卷积	SpatialDDLS利用单细胞RNA测序数据来模拟混合转录组特征，并训练一个全连接神经网络以揭示每个点的细胞类型多样性	大多数现有平台无法达到单细胞分辨率，空间转录组技术在分辨率方面仍存在局限性	研究空间转录组数据的细胞类型解卷积	空间转录组数据中的细胞类型	数字病理学	NA	RNA测序	全连接神经网络	转录组数据	NA
311	2024-08-05	Identifying Spatial Co-occurrence in Healthy and InflAmed tissues (ISCHIA) 2024-Feb, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-023-00006-5 PMID:38225383	研究论文	该文章介绍了ISCHIA框架用于分析健康和炎症组织中细胞类型和转录物的空间共现。	提出了一种新的方法，通过分析转录组在条形码点上的空间关联，来重建细胞网络。	研究依赖于特定的空间转录组数据，可能不适用于其他类型的数据或不同的疾病背景。	研究空间转录组数据中细胞类型和转录物的共现关系。	应用ISCHIA框架于人类溃疡性结肠炎患者的Visium数据集。	数字病理学	肠道炎症	空间转录组学（ST）	NA	RNA序列	human ulcerative colitis patients的数据集
312	2024-08-07	Scbean: a python library for single-cell multi-omics data analysis 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae053 PMID:38290765	研究论文	Scbean是一个用户友好的Python库，用于单细胞多组学数据分析	Scbean提供了一个统一的界面，用于处理单细胞数据中的维度降低、批次效应消除、细胞标签转移和空间变异基因识别等任务，并利用GPU加速提高处理大规模数据集的能力	NA	开发一个高效的计算工具，用于单细胞多组学数据的有效分析	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	Python编程	NA	单细胞多组学数据	NA
313	2024-08-07	AGImpute: imputation of scRNA-seq data based on a hybrid GAN with dropouts identification 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae068 PMID:38317025	研究论文	本文提出了一种名为AGImpute的混合生成对抗网络，用于识别和填补单细胞RNA测序数据中的dropout事件	AGImpute通过动态阈值估计策略估计不同细胞中的dropout事件数量，并结合自编码器和生成对抗网络进行dropout事件的填补	NA	解决单细胞RNA测序数据分析中dropout事件带来的挑战	单细胞RNA测序数据中的dropout事件	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	生成对抗网络（GAN）	基因表达数据	两个模拟数据集和七个真实单细胞RNA测序数据集
314	2024-08-04	Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.03.565463 PMID:37961672	研究论文	本文提出了一种新模型，旨在优化单细胞RNA测序数据集的整合，解决批次效应问题	通过引入和比较一系列正则化约束，提出了结合VampPrior和循环一致性损失的新模型，提高了生物变异的保留和批次校正	依赖KL正则化强度调节会在不区分生物信息和批次信息的情况下去除两者	优化单细胞RNA测序数据集的整合，以改善批次效应的去除和生物变异的保留	不同的单细胞RNA测序数据集，包括跨器官、物种和不同协议的数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器（cVAE）	RNA序列数据	NA
315	2024-08-04	Bulk and single-cell sequencing identified a prognostic model based on the macrophage and lipid metabolism related signatures for osteosarcoma patients 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26091 PMID:38404899	研究论文	本研究利用大规模和单细胞测序技术，探讨了与巨噬细胞和脂质代谢相关的预后模型在骨肉瘤患者中的应用	创新地建立了一个基于巨噬细胞和脂质代谢的风险模型，为骨肉瘤患者的化疗效果提供了新的预测工具	未提及具体的样本量和外部验证的有效性	研究巨噬细胞的分化状态与骨肉瘤化疗效果间的关系	骨肉瘤患者及其免疫微环境	数字病理学	骨肉瘤	大规模和单细胞测序	风险模型	基因相关数据	NA
316	2024-08-07	Cutting-Edge Skin Ageing Research on tissue stem cell 2024-Feb-26, Journal of biochemistry IF:2.1Q4 DOI:10.1093/jb/mvae022 PMID:38408191	综述	本文综述了干细胞衰老的机制及其对健康的影响，并探讨了干细胞疗法在皮肤领域的应用潜力	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在干细胞研究中的进展	NA	探讨干细胞衰老的机制及其对健康的影响	干细胞及其在组织修复和再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
317	2024-08-07	Development of a CD8+ T cell associated signature for predicting the prognosis and immunological characteristics of gastric cancer by integrating single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-02-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54273-9 PMID:38402299	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种与CD8+ T细胞相关的预测胃癌预后和免疫特征的标志物	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的预测胃癌预后和免疫特征的标志物	本研究主要基于TCGA和GEO队列的数据，未来需要更多队列验证其普适性	开发一种能够预测胃癌预后和免疫特征的标志物	胃癌患者的预后和免疫特征	数字病理学	胃癌	RNA测序	LASSO回归	RNA测序数据	703个CD8+ T细胞特征基因，其中8个用于构建预测标志物
318	2024-08-04	Single-cell transcriptomics identifies the differentiation trajectory from inflammatory monocytes to pro-resolving macrophages in a mouse skin allergy model 2024-Feb-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46148-4 PMID:38396021	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示了小鼠皮肤过敏模型中炎症单核细胞向促解析巨噬细胞的分化轨迹	本研究阐明了Ly6C经典单核细胞向Ly6C促解析巨噬细胞的逐步分化过程	本研究局限于小鼠模型，未验证在人类过敏反应中的适用性	研究炎症单核细胞在小鼠皮肤过敏中向巨噬细胞的分化过程	研究对象为Ly6C经典单核细胞及其向促解析巨噬细胞的分化过程	数字病理学	NA	scRNA-seq，流式细胞术分析	NA	转录组数据	NA
319	2024-08-07	Kidney double positive T cells have distinct characteristics in normal and diseased kidneys 2024-02-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54956-3 PMID:38396136	研究论文	研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞（DPT细胞）的特征和功能	首次详细研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞的存在和功能	研究主要集中在小鼠模型和人类肾细胞癌样本，可能需要进一步研究以涵盖更广泛的肾脏疾病	探讨双阳性T细胞在肾脏中的存在、功能及其在肾脏损伤后的变化	小鼠肾脏中的双阳性T细胞，以及人类肾细胞癌患者的肾脏样本	NA	肾细胞癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠肾脏样本和人类肾细胞癌患者的肾脏样本
320	2024-08-04	Identifying PLAUR as a Pivotal Gene of Tumor Microenvironment and Regulating Mesenchymal Phenotype of Glioblastoma 2024-Feb-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16040840 PMID:38398231	研究论文	本研究确定了PLAUR作为胶质母细胞瘤肿瘤微环境的关键基因，并调控其间质表型	识别PLAUR作为胶质母细胞瘤间质表型的中心基因，揭示其在肿瘤相关巨噬细胞和胶质瘤细胞之间的配体-受体相互作用	尚未详细探讨PLAUR在不同肿瘤微环境条件下的具体作用机制	识别能够通过肿瘤内在和外在机制调节胶质母细胞瘤间质表型的基因	胶质母细胞瘤及其相关的微环境组成部分	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序，功能富集分析，WGCNA	BALB/c裸鼠异种移植模型	基因表达数据	涉及细胞系、原代胶质瘤细胞及BALB/c裸鼠的实验