单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2024-08-05	Identifying Spatial Co-occurrence in Healthy and InflAmed tissues (ISCHIA) 2024-Feb, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-023-00006-5 PMID:38225383	研究论文	该文章介绍了ISCHIA框架用于分析健康和炎症组织中细胞类型和转录物的空间共现。	提出了一种新的方法，通过分析转录组在条形码点上的空间关联，来重建细胞网络。	研究依赖于特定的空间转录组数据，可能不适用于其他类型的数据或不同的疾病背景。	研究空间转录组数据中细胞类型和转录物的共现关系。	应用ISCHIA框架于人类溃疡性结肠炎患者的Visium数据集。	数字病理学	肠道炎症	空间转录组学（ST）	NA	RNA序列	human ulcerative colitis patients的数据集
302	2024-08-07	Scbean: a python library for single-cell multi-omics data analysis 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae053 PMID:38290765	研究论文	Scbean是一个用户友好的Python库，用于单细胞多组学数据分析	Scbean提供了一个统一的界面，用于处理单细胞数据中的维度降低、批次效应消除、细胞标签转移和空间变异基因识别等任务，并利用GPU加速提高处理大规模数据集的能力	NA	开发一个高效的计算工具，用于单细胞多组学数据的有效分析	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	Python编程	NA	单细胞多组学数据	NA
303	2024-08-07	AGImpute: imputation of scRNA-seq data based on a hybrid GAN with dropouts identification 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae068 PMID:38317025	研究论文	本文提出了一种名为AGImpute的混合生成对抗网络，用于识别和填补单细胞RNA测序数据中的dropout事件	AGImpute通过动态阈值估计策略估计不同细胞中的dropout事件数量，并结合自编码器和生成对抗网络进行dropout事件的填补	NA	解决单细胞RNA测序数据分析中dropout事件带来的挑战	单细胞RNA测序数据中的dropout事件	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	生成对抗网络（GAN）	基因表达数据	两个模拟数据集和七个真实单细胞RNA测序数据集
304	2024-08-04	Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects 2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.03.565463 PMID:37961672	研究论文	本文提出了一种新模型，旨在优化单细胞RNA测序数据集的整合，解决批次效应问题	通过引入和比较一系列正则化约束，提出了结合VampPrior和循环一致性损失的新模型，提高了生物变异的保留和批次校正	依赖KL正则化强度调节会在不区分生物信息和批次信息的情况下去除两者	优化单细胞RNA测序数据集的整合，以改善批次效应的去除和生物变异的保留	不同的单细胞RNA测序数据集，包括跨器官、物种和不同协议的数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	条件变分自编码器（cVAE）	RNA序列数据	NA
305	2024-08-04	Bulk and single-cell sequencing identified a prognostic model based on the macrophage and lipid metabolism related signatures for osteosarcoma patients 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26091 PMID:38404899	研究论文	本研究利用大规模和单细胞测序技术，探讨了与巨噬细胞和脂质代谢相关的预后模型在骨肉瘤患者中的应用	创新地建立了一个基于巨噬细胞和脂质代谢的风险模型，为骨肉瘤患者的化疗效果提供了新的预测工具	未提及具体的样本量和外部验证的有效性	研究巨噬细胞的分化状态与骨肉瘤化疗效果间的关系	骨肉瘤患者及其免疫微环境	数字病理学	骨肉瘤	大规模和单细胞测序	风险模型	基因相关数据	NA
306	2024-08-07	Cutting-Edge Skin Ageing Research on tissue stem cell 2024-Feb-26, Journal of biochemistry IF:2.1Q4 DOI:10.1093/jb/mvae022 PMID:38408191	综述	本文综述了干细胞衰老的机制及其对健康的影响，并探讨了干细胞疗法在皮肤领域的应用潜力	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在干细胞研究中的进展	NA	探讨干细胞衰老的机制及其对健康的影响	干细胞及其在组织修复和再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
307	2024-08-07	Development of a CD8+ T cell associated signature for predicting the prognosis and immunological characteristics of gastric cancer by integrating single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-02-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54273-9 PMID:38402299	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种与CD8+ T细胞相关的预测胃癌预后和免疫特征的标志物	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的预测胃癌预后和免疫特征的标志物	本研究主要基于TCGA和GEO队列的数据，未来需要更多队列验证其普适性	开发一种能够预测胃癌预后和免疫特征的标志物	胃癌患者的预后和免疫特征	数字病理学	胃癌	RNA测序	LASSO回归	RNA测序数据	703个CD8+ T细胞特征基因，其中8个用于构建预测标志物
308	2024-08-04	Single-cell transcriptomics identifies the differentiation trajectory from inflammatory monocytes to pro-resolving macrophages in a mouse skin allergy model 2024-Feb-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46148-4 PMID:38396021	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示了小鼠皮肤过敏模型中炎症单核细胞向促解析巨噬细胞的分化轨迹	本研究阐明了Ly6C经典单核细胞向Ly6C促解析巨噬细胞的逐步分化过程	本研究局限于小鼠模型，未验证在人类过敏反应中的适用性	研究炎症单核细胞在小鼠皮肤过敏中向巨噬细胞的分化过程	研究对象为Ly6C经典单核细胞及其向促解析巨噬细胞的分化过程	数字病理学	NA	scRNA-seq，流式细胞术分析	NA	转录组数据	NA
309	2024-08-07	Kidney double positive T cells have distinct characteristics in normal and diseased kidneys 2024-02-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54956-3 PMID:38396136	研究论文	研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞（DPT细胞）的特征和功能	首次详细研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞的存在和功能	研究主要集中在小鼠模型和人类肾细胞癌样本，可能需要进一步研究以涵盖更广泛的肾脏疾病	探讨双阳性T细胞在肾脏中的存在、功能及其在肾脏损伤后的变化	小鼠肾脏中的双阳性T细胞，以及人类肾细胞癌患者的肾脏样本	NA	肾细胞癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠肾脏样本和人类肾细胞癌患者的肾脏样本
310	2024-08-04	Identifying PLAUR as a Pivotal Gene of Tumor Microenvironment and Regulating Mesenchymal Phenotype of Glioblastoma 2024-Feb-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16040840 PMID:38398231	研究论文	本研究确定了PLAUR作为胶质母细胞瘤肿瘤微环境的关键基因，并调控其间质表型	识别PLAUR作为胶质母细胞瘤间质表型的中心基因，揭示其在肿瘤相关巨噬细胞和胶质瘤细胞之间的配体-受体相互作用	尚未详细探讨PLAUR在不同肿瘤微环境条件下的具体作用机制	识别能够通过肿瘤内在和外在机制调节胶质母细胞瘤间质表型的基因	胶质母细胞瘤及其相关的微环境组成部分	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序，功能富集分析，WGCNA	BALB/c裸鼠异种移植模型	基因表达数据	涉及细胞系、原代胶质瘤细胞及BALB/c裸鼠的实验
311	2024-08-04	Harnessing the Transcriptional Signatures of CAR-T-Cells and Leukemia/Lymphoma Using Single-Cell Sequencing Technologies 2024-Feb-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25042416 PMID:38397092	综述	本文探讨了利用单细胞测序技术分析CAR-T细胞和白血病/淋巴瘤的转录特征	采用现代单细胞测序技术，深入剖析白血病细胞与CAR-T细胞的转录复杂性	未提及文章的具体限制	讨论导致CAR-T免疫治疗临床失败的潜在机制	探讨CAR-T细胞的生物特征和影响临床反应的机制	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
312	2024-08-04	Peripheral Lymphocytes in Primary Liver Cancers: Elevated NK and CD8+ T Cells and Dysregulated Selenium Metabolism 2024-Feb-14, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14020222 PMID:38397459	研究论文	该研究探讨了原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响，特别关注NK细胞和CD8+ T细胞的变化以及硒代谢的失调	首次揭示了原发性肝癌对外周血淋巴细胞数量和硒蛋白代谢的显著影响	该研究的样本可能有限，且主要数据来自特定数据库，可能存在选择偏倚	研究原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响	研究对象包括肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）患者的外周血淋巴细胞	数字病理学	肝癌	单细胞测序技术	Cox回归模型	细胞型数据，转录组数据，蛋白质组数据	研究涉及的样本数量不明确，主要来源于GEO数据库和肿瘤切除患者的外周血样本
313	2024-08-04	Microarray Gene Expression Analysis of Lesional Skin in Canine Pemphigus Foliaceus 2024-Feb-14, Veterinary sciences IF:2.0Q2 DOI:10.3390/vetsci11020089 PMID:38393106	研究论文	本研究旨在表征犬类脓疱性皮肤病患者皮肤损伤中的分子机制和生物通路变化	本研究发现犬类脓疱性皮肤病损伤与人类脓疱性皮肤损伤的免疫特征相似，提供了新的分子机制见解	研究样本量相对较小，仅包括7例病变皮肤和5例健康皮肤	阐明犬类脓疱性皮肤病的发病机制及其生物通路变化	犬类脓疱性皮肤病患者的损伤皮肤与健康皮肤样本	数字病理学	自体免疫性疾病	RNA微阵列	NA	基因表达数据	7例犬类脓疱性皮肤病患者和5例健康犬样本
314	2024-08-07	scMGCN: A Multi-View Graph Convolutional Network for Cell Type Identification in scRNA-seq Data 2024-Feb-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25042234 PMID:38396909	研究论文	本文介绍了一种名为scMGCN的多视角图卷积网络模型，用于从scRNA-seq数据中识别细胞类型	引入了多视角学习和多图构建方法来捕捉scRNA-seq数据中的全面细胞信息，并结合图卷积网络与注意力机制提取细胞间的高阶共享信息	NA	开发一种稳定且可解释的方法来从大规模scRNA-seq数据中识别细胞类型	scRNA-seq数据中的细胞类型	机器学习	NA	图卷积网络	多视角图卷积网络模型	scRNA-seq数据	多种数据集，包括单数据集、跨物种和跨平台实验
315	2024-08-07	Comparison of Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts as Donor Nuclei for Handmade Cloning in Sheep Using a Single-Cell Transcriptome 2024-Feb-10, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14040589 PMID:38396557	研究论文	本文比较了脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核在手工克隆绵羊中的应用，使用单细胞转录组学方法分析了八细胞胚胎的转录组特征。	首次探索了脐带间充质干细胞作为供体核在核转移技术中的应用，并提供了细胞重编程机制的新见解。	文章未明确提及研究的局限性。	研究旨在提高核转移技术的效率，并探索脐带间充质干细胞作为供体核的优势。	研究对象包括脐带间充质干细胞、成纤维细胞和八细胞胚胎。	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	研究涉及脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核的八细胞胚胎。
316	2024-08-04	Multimodal Single-Cell Sequencing of B Cells in Primary Sjögren's Syndrome 2024-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42683 PMID:37610265	研究论文	本研究探讨了原发性干燥综合征中B细胞的组成、基因表达和B细胞受体使用情况	该研究首次通过多模态单细胞测序揭示了B细胞的异质性和分子特征，提供了更深入的患者分层方法	样本量相对较小，可能影响结果的广泛适用性和统计力量	确定SSA/SSB抗体分层的原发性干燥综合征（pSS）患者中B细胞的角色	研究对象为6名SSA-、8名SSA+单阳性和10名SSA/SSB+双阳性的pSS患者及4名健康对照者	数字病理学	原发性干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞变异、多样性及连接（VDJ）基因测序（scVDJ-seq）	NA	单细胞数据	230,000个B细胞，涉及24名参与者（6名SSA-，8名SSA+，10名SSA/SSB+及4名健康对照）
317	2024-08-04	Tissue niches and immunopathology through the lens of spatial tissue profiling techniques 2024-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350484 PMID:37985207	评论	本研究讨论了空间组织在生物学中的基础作用及其对免疫系统的影响	结合多重组织学和空间转录组学技术，提供了蛋白质和基因表达模式的空间背景	承认空间组织剖析技术的挑战和局限性	探讨如何通过空间组织剖析改善对区域免疫的理解	重点关注组织生态位在健康和疾病中的作用	数字病理学	癌症	多重组织学和空间转录组学	NA	NA	NA
318	2024-08-04	Single-cell RNA-Seq reveals the earliest lineage specification and X chromosome dosage compensation in bovine preimplantation embryos 2024-Feb-29, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302035RR PMID:38363564	研究论文	该研究揭示了牛胚胎早期谱系特征和X染色体剂量补偿的情况。	利用单细胞转录组学和基因组编辑方法探讨了牛胚胎中的谱系特征和X染色体剂量补偿的时序和调控。	该研究主要集中在牛胚胎模型，可能无法直接推广到其他物种。	旨在通过使用牛胚胎模型深入理解早期胚胎发育中的调控机制。	研究对象为286个牛个体细胞的转录组。	数字病理学	NA	单细胞转录组学，基因组编辑	NA	转录组数据	286个牛个体细胞
319	2024-08-04	Cortical somatostatin long-range projection neurons and interneurons exhibit divergent developmental trajectories 2024-Feb-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.013 PMID:38086373	研究论文	研究了小鼠体内表达生长抑素的细胞的多样性及其发育过程	首次将单细胞RNA测序和空间转录组学结合，揭示了发育过程中生长抑素表达神经元的差异化轨迹	仅限于小鼠模型，可能无法完全代表其他哺乳动物的发育过程	探讨哺乳动物皮层抑制性神经元的细胞多样性及其发育机制	小鼠体内的生长抑素（SST+）表达细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
320	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of submandibular gland reveals collagen type XV-positive fibroblasts as a disease-characterizing cell population of IgG4-related disease 2024-02-20, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03289-7 PMID:38378635	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了IgG4相关疾病患者下颌下腺中的非免疫细胞，发现表达胶原蛋白XV的成纤维细胞可能是该疾病的特征性细胞群	首次揭示了胶原蛋白XV阳性成纤维细胞在IgG4相关疾病中的作用，并提出其可能作为疾病监测的标志物	NA	探讨IgG4相关疾病中非免疫细胞的特征及其潜在的生物标志物	IgG4相关疾病患者的下颌下腺非免疫细胞	数字病理学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	IgG4相关疾病患者的下颌下腺非免疫细胞样本