单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-07	Metabolic Landscape of Osteosarcoma: Reprogramming of Lactic Acid Metabolism and Metabolic Communication 2024-Feb-22, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2902083 PMID:38420794	研究论文	本研究探讨了乳酸代谢在骨肉瘤微环境中的重编程及其对肿瘤侵袭、生长和肿瘤微环境的影响	首次揭示了骨肉瘤中乳酸代谢的高亚群及其与其他亚群的独特代谢通信模式，并确定了与乳酸代谢相关的重要基因NDUFAF6	NA	探索骨肉瘤微环境中乳酸代谢的重编程及其对肿瘤侵袭、生长和肿瘤微环境的影响	骨肉瘤细胞的乳酸代谢及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞基因表达数据分析	NA	转录组数据	涉及骨肉瘤样本的单细胞RNA测序数据
282	2024-08-05	Immune Response Associated Gene Signatures in Aortic Dissection Compared to Aortic Aneurysm 2024-Feb-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2902064 PMID:38420822	研究论文	该文章研究了与免疫反应相关的基因在主动脉夹层和主动脉瘤中的差异	本研究识别了37个在主动脉夹层中显著失调的基因，这些基因之前未与此病相关联	样本量较小，且研究仅限于特定基因的分析，可能无法全面反映所有相关的生物过程	探讨主动脉夹层中免疫系统的作用及相关基因的特征	以主动脉夹层患者、主动脉瘤患者及对照组为对象进行基因表达分析	数字病理学	主动脉夹层	微阵列技术和RNA-seq	NA	基因表达数据	主动脉夹层4个、主动脉瘤3个及对照组的RNA样本，共37个分析数据点
283	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Identified Core Genes and Transcription Factors in Mesenchymal Cell Differentiation during Liver Cirrhosis 2024-Feb-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2902062 PMID:38420807	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，识别了肝硬化过程中间质细胞分化中的核心基因和转录因子	首次通过单细胞转录组和批量RNA测序数据，揭示了肝纤维化过程中间质细胞分化的核心基因和转录因子	小鼠模型在反映人类疾病进展和结果方面可能不够准确	研究肝纤维化和肝硬化中间质细胞分化的机制	人肝硬化和健康肝脏组织以及小鼠健康和纤维化肝脏的间质细胞	数字病理学	肝硬化	单细胞转录组测序, RNA测序	NA	转录组数据	超过50,000个人类单细胞和多个小鼠肝脏样本
284	2024-08-04	Extracting, filtering and simulating cellular barcodes using CellBarcode tools 2024-Feb, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00595-7 PMID:38374363	研究论文	介绍CellBarcode和CellBarcodeSim工具，以提高细胞条形码的提取和过滤效率	提供了一种新的工具包，支持多种条形码类型的提取和过滤，并探索影响条形码识别的因素	目前工具在支持的条形码类型多样性和分析策略上存在局限	开发更灵活有效的条形码提取与过滤工具	细胞条形码，从批量或单细胞测序数据中提取	数字病理学	NA	PCR，测序	NA	生物数据	NA
285	2024-08-07	Single-cell transcriptomic profiling reveals immune cell heterogeneity in acute myeloid leukaemia peripheral blood mononuclear cells after chemotherapy 2024-Feb, Cellular oncology (Dordrecht) DOI:10.1007/s13402-023-00853-2 PMID:37615858	研究论文	本研究使用单细胞转录组测序技术分析了急性髓系白血病（AML）患者在接受化疗后的外周血单个核细胞（PBMC）的免疫细胞异质性	本研究首次揭示了AML患者化疗后PBMC中T细胞、自然杀伤细胞（NK细胞）、单核细胞、树突状细胞（DCs）和造血干细胞前体（HSC-Prog）的亚群多样性及其转录因子和染色体拷贝数变异（CNV）的显著变化	NA	探索AML患者化疗后的免疫微环境，为精准医疗和免疫治疗提供见解	AML患者化疗后的PBMC微环境	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5名AML患者和6名健康捐赠者的PBMC
286	2024-08-07	Normalizing need not be the norm: count-based math for analyzing single-cell data 2024-Feb, Theory in biosciences = Theorie in den Biowissenschaften DOI:10.1007/s12064-023-00408-x PMID:37947999	研究论文	本文提出了一种不进行归一化处理，而是利用基于计数的代数方法来分析单细胞数据的新方法	本文创新地避免了归一化和转换步骤，采用基于计数的代数方法来分析单细胞RNA测序数据，这种方法更简单直观，且避免了常见转换带来的问题	NA	探索不进行归一化处理的新方法来分析单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	计数数据	NA
287	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing identifies senescence as therapeutic target in rhabdomyolysis-induced acute kidney injury 2024-Feb-28, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfad199 PMID:37697719	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在横纹肌溶解诱导的急性肾损伤模型中，识别出与细胞衰老相关的过渡性巨噬细胞亚群，并探讨了衰老抑制剂的治疗潜力。	首次揭示了横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中存在与细胞衰老相关的过渡性巨噬细胞亚群，并证明了衰老抑制剂在肾保护中的作用。	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证；衰老抑制剂的具体作用机制和长期效果仍需进一步研究。	探索横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中免疫细胞的变化，特别是细胞衰老在其中的作用，并评估衰老抑制剂的治疗效果。	横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中的免疫细胞，特别是巨噬细胞和肾小管上皮细胞。	数字病理学	肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	约17,000个单细胞
288	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing reveals roles of unique retinal microglia types in early diabetic retinopathy 2024-Feb-26, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-024-01282-3 PMID:38409074	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了独特的视网膜小胶质细胞类型在早期糖尿病视网膜病变中的作用	首次定义了三种新的小胶质细胞亚型，并构建了一个涉及小胶质细胞和其他视网膜细胞的炎症网络	样本量较小，仅包含五个视网膜标本，可能影响结果的普适性	探讨早期糖尿病视网膜病变中小胶质细胞的变化及其在炎症反应中的作用	采用SD大鼠捐赠的视网膜标本分析早期糖尿病视网膜病变中的细胞变化	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	细胞	五个视网膜标本
289	2024-08-04	Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics 2024-Feb-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006 PMID:38295793	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析人类胎儿性腺及其相邻生殖道的特征	首次系统性描述了人类胎儿生殖道的细胞成分及其在性别分化过程中的变化	相邻生殖道的某些细胞群体可能尚未被充分表征	探讨人类胎儿性特异性性腺发生及生殖道的发展	人类胎儿的性腺及其相邻生殖道	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	男性和女性人类胎儿样本来自妊娠的第一和第二三个月
290	2024-08-07	The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER 2024-Feb-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001 PMID:38295794	研究论文	研究揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用控制根穿透土壤的机制	首次阐明了PIF3通过与FER相互作用调控根穿透土壤的过程，并通过单细胞RNA测序揭示了根帽细胞的独特细胞聚类模式	研究主要集中在拟南芥和大豆上，可能需要进一步验证在其他植物中的普遍性	探究PIF3如何通过与FER相互作用控制根穿透土壤	拟南芥和大豆的根穿透能力	植物生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及拟南芥和大豆的突变体
291	2024-08-07	Single-cell multi-omics analysis of lineage development and spatial organization in the human fetal cerebellum 2024-Feb-26, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00656-1 PMID:38409116	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学分析，探讨了人类胎儿小脑从妊娠第13周到第18周的细胞多样性和发育程序的涌现。	本研究首次鉴定了跨物种保守的过渡性颗粒细胞前体，并揭示了小脑叶的物种特异性基因表达模式，以及小脑中潜在的神经上皮新簇。	NA	探索人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。	人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。	数字病理学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学分析	NA	基因表达数据	妊娠第13周到第18周的胎儿样本
292	2024-08-07	Human cytomegalovirus exploits STING signaling and counteracts IFN/ISG induction to facilitate infection of dendritic cells 2024-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45614-3 PMID:38409141	研究论文	研究人巨细胞病毒（HCMV）如何利用STING信号通路并对抗干扰素/干扰素刺激基因（IFN/ISG）的诱导，以促进树突状细胞的感染	首次揭示了HCMV通过激活STING信号通路并抑制干扰素-β的转录，从而促进其在树突状细胞中的复制	研究主要集中在单核细胞衍生的树突状细胞上，可能无法完全代表所有树突状细胞类型对HCMV的反应	探讨HCMV如何影响树突状细胞的免疫反应，以及病毒如何调控宿主的抗病毒反应	人巨细胞病毒（HCMV）和单核细胞衍生的树突状细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及的样本包括单核细胞衍生的树突状细胞的三个亚群
293	2024-08-04	An alternative splicing signature defines the basal-like phenotype and predicts worse clinical outcome in pancreatic cancer 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101411 PMID:38325381	研究论文	该研究揭示了一种与预后相关的亚型特异性剪接特征，并确定了QKI作为基础样亚型的决定因素	发现了PDAC亚型特异性的剪接特征，并阐明了QKI在基础样特征中的作用	尚未明确剪接异常在亚型特异性中的具体机制	探究胰腺癌中剪接失调与亚型特异性之间的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）及其不同亚型	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	NA	高等级原发肿瘤和转移病灶中的样本
294	2024-08-04	Surface CD52, CD84, and PTGER2 mark mature PMN-MDSCs from cancer patients and G-CSF-treated donors 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101380 PMID:38242120	研究论文	本研究关注来自癌症患者和接受G-CSF治疗的健康供体的成熟多形核髓源抑制细胞（mPMN-MDSCs）	识别了成熟PMN-MDSCs的新特征基因标记CD52、CD84和PTGER2	可能仅限于特定类型的肿瘤患者和供体的样本	精确分子表征循环的成熟PMN-MDSCs	来自癌症患者和G-CSF治疗供体的成熟PMN-MDSCs	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因数据	NA
295	2024-08-04	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537881 PMID:37162914	研究论文	本文提出了一种基于模型的单细胞RNA-seq数据降维新方法scGBM	scGBM利用泊松双线性模型处理RNA-seq数据，并引入快速估计算法以提高大规模数据集的计算效率	现有方法在处理大数据集时往往计算不可行，且对低维表示的不确定性量化不足	本研究旨在改进单细胞RNA-seq数据的降维分析	研究对象为单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	泊松双线性模型	NA	RNA-seq数据	涉及数百万个细胞的数据集
296	2024-08-04	Microfluidic-assisted single-cell RNA sequencing facilitates the development of neutralizing monoclonal antibodies against SARS-CoV-2 2024-02-13, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d3lc00749a PMID:38165771	研究论文	本研究探讨了微流控辅助的单细胞RNA测序在抗SARS-CoV-2中和单克隆抗体开发中的应用	提出了结合单细胞RNA测序技术的新方法，以提高中和单克隆抗体的开发效率	未提供具体的实验数据和样本量	研究开发有效的针对SARS-CoV-2的中和单克隆抗体	中和单克隆抗体候选者及其相关的B细胞转录组	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
297	2024-08-05	Indoximod-based chemo-immunotherapy for pediatric brain tumors: A first-in-children phase I trial 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad174 PMID:37715730	研究论文	本研究评估了用于儿科脑肿瘤的indoximod联合化疗免疫疗法的I期临床试验	首次在儿童中评估indoximod作为IDO途径抑制剂的安全性和有效性	样本量较小，研究期限较短，且主要关注于特定类型的脑肿瘤	探讨indoximod在儿童复发性脑肿瘤中的疗效和安全性	针对复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内在脑桥胶质瘤的儿童患者	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	血液样本	81名儿童患者
298	2024-08-04	CTISL: a dynamic stacking multi-class classification approach for identifying cell types from single-cell RNA-seq data 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae063 PMID:38317054	研究论文	提出了一种动态堆叠多类分类方法CTISL，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型	CTISL结合了多种分类器，采用二层堆叠模型来提高细胞类型的识别准确性	该研究可能仍需在更多的细胞类型和数据集上进行验证以评估其广泛适用性	研究目标是开发一个更准确的计算模型，以从scRNA-seq数据集中识别细胞类型	研究对象为人类和小鼠的scRNA-seq数据集中的细胞类型	机器学习	NA	RNA-seq	堆叠模型	基因表达数据	涉及17个人类和小鼠scRNA-seq数据集的24个基准实验
299	2024-08-04	scCancer2: data-driven in-depth annotations of the tumor microenvironment at single-level resolution 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae028 PMID:38243719	研究论文	本研究提出了一个数据驱动的框架，以深入注释肿瘤微环境中的细胞类型	开发了一个监督机器学习框架，能在新的数据集中计算地转移细胞子类型标签，并整合了空间转录组数据处理模块	研究中未使用内部机密参考细胞时的分类器表现有限	旨在提高对肿瘤微环境中细胞的准确注释，并改善恶性细胞的识别	使用来自15个单细胞RNA-seq数据集的细胞子类型注释共594个样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	监督机器学习分类器	基因表达数据，空间转录组数据	594个样本（来自15个数据集）以及175个样本（来自10种癌症类型）
300	2024-08-04	SpatialDDLS: an R package to deconvolute spatial transcriptomics data using neural networks 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae072 PMID:38366652	研究论文	本文介绍了SpatialDDLS，一个基于神经网络的算法，用于对空间转录组数据进行细胞类型解卷积	SpatialDDLS利用单细胞RNA测序数据来模拟混合转录组特征，并训练一个全连接神经网络以揭示每个点的细胞类型多样性	大多数现有平台无法达到单细胞分辨率，空间转录组技术在分辨率方面仍存在局限性	研究空间转录组数据的细胞类型解卷积	空间转录组数据中的细胞类型	数字病理学	NA	RNA测序	全连接神经网络	转录组数据	NA